Forskergruppen undersøgte 33 raske voksne deltagere i deres undersøgelse. En gruppe på 22 frivillige blev undersøgt i løbet af influenzasæsonen 2014-2015, og den anden gruppe med 11 frivillige blev undersøgt i løbet af influenzasæsonen 2015-2016. Gruppen på 22 frivillige havde høj allerede eksisterende immunitet over for influenzavirusstammerne i sæsoninfluenzavaccinen 2014-2015. Gruppen på 11 frivillige havde lav immunitet over for sæsoninfluenzavaccinens virusstammer 2015-2016.
Alle undersøgelsesdeltagere modtog en sæsonbetonet influenzavaccine. Halvdelen af deltagerne i hver gruppe modtog også et fem-dages kursus med et bredspektret antibiotikabehandling (bestående af neomycin, vancomycin, og metronidazol) gennem munden, inden vaccinationen modtages. Ved at analysere afføring og blodserumprøver taget på forskellige tidspunkter op til et år efter vaccination, forskerne sporede deltagernes immunrespons over for influenzavaccinerne, såvel som organismenes mangfoldighed og overflod i deres tarmmikrobiomer.
Som forventet, de fleste deltagere, der modtog antibiotika, oplevede reducerede niveauer af tarmbakterier. Ud over, blandt 2015-2016-deltagerne, der tidligere havde ringe immunitet over for sæsonbetingede influenzavirusvaccinstammer, et kursus af antibiotika hindrede deres immunrespons over for en af de tre influenzavirusstammer i vaccinen, en H1N1 A/Californien-specifik virus. Dette indikerer sandsynligvis, at hvis de udsættes for denne H1N1 -virus efter vaccination, disse deltagere ville være mindre beskyttet mod infektion med denne stamme end mennesker, der ikke havde modtaget antibiotika, ifølge forfatterne. Dette fund understøtter tidligere forskningsresultater hos mus.
Forskerne fandt også ud af, at mennesker, der tog antibiotika, oplevede ændringer i deres immunsystem, der fremmer en pro-inflammatorisk tilstand, ligner en tilstand, der ses hos ældre voksne, der har modtaget influenzavacciner. Efterforskerne mener, at denne proinflammatoriske tilstand er relateret til den proces, hvorved mikrobiomet regulerer metabolismen af galdesyre-med færre mikroorganismer, denne proces er forstyrret. Menneskers mikrobiomer ændrer sig naturligt, når de ældes, og forskerne foreslår, at yderligere forskning om disse veje kunne give indsigt i, hvorfor ældre voksne reagerer forskelligt på influenzavaccination, og hvorfor de generelt har et svagere immunsystem.