Het onderzoeksteam onderzocht 33 gezonde volwassen deelnemers aan hun studie. Een groep van 22 vrijwilligers werd bestudeerd tijdens het griepseizoen 2014-2015, en de tweede groep met 11 vrijwilligers werd bestudeerd tijdens het griepseizoen 2015-2016. De groep van 22 vrijwilligers had een hoge reeds bestaande immuniteit tegen de influenzavirusstammen in het seizoensgriepvaccin 2014-2015. De groep van 11 vrijwilligers had een lage immuniteit tegen de virusstammen van het seizoensgriepvaccin 2015-2016.
Alle deelnemers aan de studie kregen een seizoensgriepvaccin. De helft van de deelnemers in elke groep kreeg ook een vijfdaagse kuur met een breedspectrum antibioticakuur (bestaande uit neomycine, vancomycine, en metronidazol) via de mond voordat u het vaccin krijgt toegediend. Door ontlastings- en bloedserummonsters te analyseren die op verschillende tijdstippen zijn genomen tot een jaar na vaccinatie, de onderzoekers volgden de immuunrespons van de deelnemers op de griepvaccins, evenals de diversiteit en overvloed van de organismen in hun darmmicrobioom.
Zoals verwacht, de meeste deelnemers die antibiotica kregen, ondervonden verminderde niveaus van darmbacteriën. In aanvulling, onder de deelnemers van 2015-2016 die weinig eerdere immuniteit hadden tegen de seizoensinfluenzavirusvaccinstammen, een antibioticakuur belemmerde hun immuunrespons op een van de drie influenzavirusstammen in het vaccin, een H1N1 A/Californië-specifiek virus. Dit geeft waarschijnlijk aan dat als ze na vaccinatie aan dit H1N1-virus worden blootgesteld, deze deelnemers zouden minder beschermd zijn tegen infectie met die stam dan mensen die geen antibiotica hadden gekregen, volgens de auteurs. Deze bevinding ondersteunt eerdere onderzoeksresultaten bij muizen.
De onderzoekers ontdekten ook dat mensen die antibiotica slikten veranderingen in hun immuunsysteem ervoeren die een pro-inflammatoire toestand bevorderden, vergelijkbaar met een aandoening die wordt gezien bij oudere volwassenen die griepvaccins hebben gekregen. De onderzoekers geloven dat deze pro-inflammatoire toestand verband houdt met het proces waarbij het microbioom het metabolisme van galzuur reguleert - met minder micro-organismen, dit proces wordt verstoord. Het microbioom van mensen verandert op natuurlijke wijze naarmate ze ouder worden, en de onderzoekers suggereren dat verder onderzoek naar deze routes inzicht zou kunnen geven in waarom oudere volwassenen anders reageren op griepvaccinatie en waarom ze in het algemeen een zwakker immuunsysteem hebben.