Identifikacija serum proteinskih podpisov lokalno napredovalega in metastatskega raka želodca od: pilot study

Identifikacija serumskih proteinskih podpisov lokalno napredovalega in metastatskega raka želodca: pilotna študija
Abstract
Ozadje
raka želodca, je ena izmed najpogostejši in rak smrtnik po vsem svetu. Začetni asimptomatski razvoj in nadaljnje nespecifični simptomi povzroči diagnozo v fazi s slabo prognozo. Vendar pa ni klinično uporabne biomarkerjev so na voljo za ta malignosti, in invazivne prebavil endoskopija edina zanesljiva možnost v tem trenutku. Zato obstaja potreba po odkritju klinično uporabne neinvazivno diagnostiko in /ali prognostičnega orodja kot alternativa (ali dopolnitev) za tekoče diagnostična orodja. Tukaj smo želeli poiskati beljakovine v serumu značilnih za lokalno in invazivnega raka želodca
metod
vzorci predobdelave krvi smo zbrali pri bolnikih z diagnosticirano adenokarcinomom želodca v različnih fazah bolezni. 35 bolnikov z lokalno napredovalim rakom in 18 bolnikov z metastatskim rakom; 50 zdravih darovalcev bili vključeni tudi kot kontrolno skupino. frakcija z nizko molekulsko maso serumu proteoma (tj endogeni peptidome) je profilirana, ki jih masne spektrometrije MALDI-TOF, in so bile ugotovljene in količinsko se celi deli Proteome s puško pristop LC-MS /MS.
Rezultati
Multikomponentni peptidome podpisi so pokazala, da je dovoljeno dobro diskriminacijo med zdravimi in bolniki z rakom, kot tudi med bolniki z lokalno napredovalo in metastatskega raka. Poleg tega pristop LC-MS /MS je pokazala 49 serumskih proteinov z različnimi številčnosti med zdravih darovalcih in bolnikih z rakom (pretežno beljakovine, povezane z vnetjem in akutni odziv faze). Poleg tega so bile ugotovljene 19 serumskih beljakovin z različnimi številčnosti med bolniki z lokalno napredovalo in metastatskega raka (vključno beljakovin, povezanih z citokinov /odgovor kemokinski in metabolizem nukleinskih kislin). Vendar pristop niti peptidome profiliranje niti šibrenice proteinomike dovoljeno odkrivanje serumu komponente razlikovanja med dve podskupini bolnikov z lokalno boleznijo, ki bodisi razvite ali se ni razvila metastaze med spremljanjem.
Sklepi
molekularne razlike med lokalno napredovalim in metastatskim rak želodca, kot tudi bolj očitne razlike med zdravih posameznikih in bolnikih z rakom, ki so označeni premislek na ravni serumskega proteoma. Vendar pa nimamo nobenih dokazov, da bi funkcije pred začetkom zdravljenja v serumu proteoma napovedujejo tveganje za širjenje raka pri bolnikih, ki se zdravijo zaradi lokalne bolezni. Kljub temu pa je predstavil podatke potrdili potencialno uporabnost biomarker za serum Proteome na osnovi podpisov v diagnostiki raka želodca.
Ključne besede
rak želodca Zgodnja diagnoza neoplazme Proteomika biološki označevalci Ozadje
raka želodca je četrti najpogostejši rak in drugi vodilni vzrok smrti zaradi raka po vsem svetu. Ta rak še posebej prizadene populacije vzhodni Aziji, vzhodni Evropi in delih Srednje in Južne Amerike, in je stopnja obolevnosti je dvakrat višja pri moških kot pri ženskah [1]. Maligne bolezni je povezana s nespecifičnih simptomov ali celo asimptomatsko razvoja v povojih, kar pogosto privede do diagnoze v poznejših fazah. Faza rakom želodca močno povezana s slabo prognozo. Glede na poročilo National Cancer baza podatkov, je 5-letno preživetje za oder IA 78% in je precej padla na vsaki stopnji na približno 7% za bolnike z diagnozo bolezni stopnji IIIB ali faza IV [2]. Tako je lahko zgodnje odkrivanje raka želodca bistveno povečati učinkovitost zdravljenja in izboljša prognozo te usodne bolezni. Trenutno najbolj učinkovito diagnostično orodje za odkrivanje raka želodca ostaja gastrointestinalni endoskopijo, vendar to invazivni tehnika ni primerna za presejanje obsežno. Na žalost ni na voljo nobene alternativne neinvazivni biomarkerjev, saj so pogosto uporabljene v prebavilih tumorski označevalci, kot so CEA, CA 19-9 ali CA 72-4 zadostujejo za zgodnje odkrivanje tega raka zaradi nizke občutljivosti in specifičnosti (20-30 %) [3-5]. Večina primerov želodčnega raka (nad 90%) so razvrščeni kot adenokarcinome. V zadnjem času molekularna podtipi adenokarcinomom želodca so bili priznani na podlagi genomskih profiliranja dostavljenih zaradi projekta Cancer Genome Atlas [6]. Vendar pa je znanje o molekularni heterogenosti in biologiji te vrste raka, vključno z njegovim razvojem in mehanizmov za napredovanje, ostaja še precej omejen. Zato je nujno potrebno za identifikacijo klinično pomembnih biomarkerjev ne nanaša samo na zgodnjo diagnozo, temveč tudi prognoze in napoved izida zdravljenja.
Klinični proteinomiko je pomemben pristop k odkrivanje biomarkerjev raka želodca [7]. Na splošno velja, da je kri proteoma obetaven vir novih biomarkerjev tega raka, vključno s posebej dragocenih označevalcev za zgodnje odkrivanje bolezni in spremljanje odziva na zdravljenje [8]. Masno na osnovi spektrometrija profiliranje frakcije z nizko molekulsko maso v serumu proteoma, tako imenovani endogeni peptidome, razkrila več peptidov podpisovanje potencialno uporabnost pri razvrščanju in diagnozo različnih vrst raka [9-13]. Nekaj ​​dela so bila objavljena, da raziskati MALDI /temeljijo na SELDI profiliranje serum /plazma petidome z diagnozo raka želodca, v katerem je predlagala peptidnih podpisov, da dovoljene diskriminacijo zdravih darovalcev in bolnikov z rakom želodca ali podpisov, povezanih s potekom bolezni [ ,,,0],14-22]. Več komponente teh podpisov je bilo nadalje ugotovljeno, da fragmenti KNG1 [18], APOC1 in APOA2 [19], SPS [20], TBB5 in TYB4 [22] ali FIBA ​​[23, 24]. V zadnjem času je žirija biomarkerjev v sestavi beljakovine v serumu predhodno izbrani na podlagi predkliničnih mišji model (afamin, klusterina, VDBP in haptoglobin) je potrdila, da razlikuje med bolniki želodca z rakom in bolnika z benignih želodčnih bolezni [25]. Kljub temu pa nobena od predlaganih proteinskih podpisov v serumu rakom želodca je bila široko sprejeta in se uporablja v klinični praksi še ni.
Tu namenjen za označevanje Proteome značilnosti serumu pred zdravljenjem povezano s tveganjem za metastaz raka želodca. so bili izvedeni dve vrsti proteomskimi analiz: (1) frakcija z nizko molekulsko maso v serumu proteoma je profiliran s masne spektrometrije MALDI-TOF, (2) so bili identificirani in količinsko z LC-MS /MS po razkroju na celi komponente proteinskih z tripsina (za "šibrenice proteinomiko" pristop). Skupine predhodno nezdravljenih bolnikih z lokalno napredovalim rakom želodca in metastazami so vključili te študije (ujemajočo se skupino zdravih posameznikov, smo analizirali kot referenco); kot celovita proteomskimi analiza je bila izvedena v skupini bolnikov belci z rakom želodca prvič. Serum proteoma podpis, ki razlikuje med bolnikih z lokalno napredovalim rakom in rakom metastatskim je bila odkrita v tem pilotne študije, ki še ima specifičen za bolnike z lokalno napredovalo boleznijo v času diagnoze, ki sčasoma razvile metastaze niso opazili na tej ravni.
Metode
Značilnosti skupin bolnikov
triinpetdeset bolnikov s predhodno nezdravljeni-biopsijo dokazana adenokarcinomom želodca so usposobljeni v tej študiji: 35 bolnikov z lokalno napredovalega raka, vključno z 16 bolnikov z metastazami razvitih med zdravljenjem ali nadaljnje spremljanje in 19 bolnikov z ne zazna metastaze med spremljanjem, in 18 bolnikov z metastatskim rakom. Slednja skupina je bila sestavljena iz štirih bolnikov z daljno širjenje z enega organa in 14 bolnikih s širjenjem do več organov; vpleteni organi vključeni potrebušnice (13 primerov), jetra (osem primerov), pljuč (trije primeri), druge lokacije (osem primerov). Na splošno velja, merila za vključitev vključeni: status Eastern Cooperative Oncology Group (ECOG) opravljanje 0-2, starost 20-85 let, stopnja <kreatinina v serumu, 1,5 mg /dl, serum raven bilirubina < 2,0 mg /dl, grof granulocitne > 1500 celic /ul in število trombocitov > 100.000 celic /ul, medtem ko merila za izključitev, ki sodelujejo: prejšnja malignosti, prejšnji kirurgija, radioterapija ali kemoterapija. Predhodna obdelava uprizoritev, ki temelji na fizičnem pregledu esophagogastroscopy z biopsije, CT trebuha in prsnega koša izpitom z rentgenskimi žarki ali CT. Petdeset spolno in starostno ujema darovalci brez bolezni so bili vključeni kot kontrolno skupino. Vsi udeleženci raziskave so bili belci (~ 65% moških), s starostjo na razpon 34-74 let. Tabela 1 prikazuje podrobnejše informacije o analiziranih skupin. Študija je odobril ustrezni Odbor za etiko, in vse osebe, ki so bile udeležene v tej študiji, če soglasja, ki so izrazili zavestno in prostovoljno participation.Table 1 Značilnosti skupin donatorjev, ki je vključena v študiji
Group /parameter

zdravih kontrolnih
bolnikov z rakom (vsi primeri)
bolniki z lokalno napredovalim rakom
bolnikih z metastatskim rakom
št širjenje

Spread
Število (n)
50
53
19
16
18
Spol (M /F)
30/20
37/16
07/12
13/3
06/12
Starost (leta)
28-60 (mediana 50)
34-74 (mediana 59)
36-70 (mediana 59)
34-73 (mediana 58)
35-74 (mediana 60)
Tumor lokacija
Zgornji tretji -
15 (28%)
3 (16%)
6 (37%)
6 (33%)
srednji tretjini -
31 (59%)
13 (68%)
9 (57%)
9 (50%)
spodnje tretjine -
7 (13%)
3 (16%)
1 (6%)
3 (17%)
histološki razred
G1-G2 -
16 (30%)
10 (53%)
3 (19%)
3 ( 17%)
G3 -
29 (55%)
8 (42%)
11 (69%)
10 (56%)
Ni določeno
-
8 (15%)
1 (5%)
2 (12%)
5 (27%)
Primarni tumor
CT1-T3
-
50 (94%)
19 (100%)
16 (100%)
15 (83%)
CT4 -
3 (6%)
0 (0%)
0 (0%)
3 (17%)
limfnega vozla
cN0 -
20 (38%)
13 (68%)
5 (31%)
2 (11%)
CN1-N3 -
33 (62%)
6 (32%)
11 (69%)
16 (89%)
Metastasis (začetna)
CM0 -
35 (66%)
19 (100%)
16 (100%)
0 (0%)
cM1 -
18 (34%)
0 (0%)
0 (0%)
18 (100%)
skupine bolnikov z lokalno napredovalim rakom v času diagnoze so nadalje razdeljena na podskupine, kjer niti ni širjenje (nadzor) ali zaporedno raka razširjanje /širjenja (oddaljena metastaz) je bila odkrita
je Priprava vzorcev seruma
predobdelava krvi, zbranih v 5 ml Vacutainer cev (Becton-Dickinson), inkubirali 30 minut pri sobni temperaturi, da se omogoči strjevanje krvi in ​​nato centrifugiramo pri 1000 g
10 minut, da odstranimo strdek. Serum smo alikvote in shranili pri -70 ° C do uporabe
profiliranju frakcije z nizko molekulsko teže serum proteinskih
od Preden so vzorci analiza razredčimo v razmerju 1: 5. S pufrom, ki vsebuje 20% acetonitrila (ACN) in 25 mM amonijev bikarbonat, nato filtriramo s centrifugiranjem skozi Amicon Ultra enot (50 kDa cut-off) za odstranjevanje bogate visoko molekularno težo proteinov, predvsem na albumin. Tik pred Vzorce za analizo smo razsolimo in koncentriramo z nalaganjem na ZipTip C18 mikrokolonah (EMD Millipore) in nato eluiramo z 1 ul raztopine matriko (nasičeno raztopino alfa-ciano-4-hidroksi-cimetove kisline v 30% ACN /H <sub>2O in 0,1% TFA) direktno na 800 mikrometrov AnchorChip ™ (Bruker Daltonics) plošče. Analiza je bila opravljena s pomočjo UltrafleXtreme MALDI-TOF masni spektrometer (Bruker Daltonics); analizator delal v linearnem načinu, in pozitivni ioni so zabeležili v obsegu mase med 1000 in 12.000 Da. Vzorce smo opazili v dveh izvodih in za vsako mesto dve spektre smo pridobili. Mass kalibracije smo izvedli vsakih štirih vzorcev s pomočjo beljakovin kalibracijskega standarda I (Bruker Daltonics). Randomizacijo v blokih je bila uporabljena v spektrov registraciji, da se prepreči morebitno učinek serije. Nato je surovi podatki izvozijo v TXT datotek in spektralne komponente so vnaprej obdela z uporabo bioinformatike algoritmov, ustvarjene v naši skupini, ki je vključevala poravnavo, odkrivanje in odstranjevanje nepravih profilov s testom Q Dixon je (posamezni spektri so bili odstranjeni iz približno 5% vzorcev), v povprečju tehničnih ponovitev, izhodiščno odstranitev in normalizacijo celotne tokom. Spektri glajenje, vrh trganje, binning in statistične analize smo izvedli s pomočjo Spectrolyzer programske opreme (različica 1.0.21.3590, MedicWave).
LC-MS /MS analizo komponent proteinskih serumu
so Serumski vzorci zmanjšala s 5 mM ditiotreitola za 5 min pri 95 ° C, nato pa alkiliramo z 10 mM jodacetamid 20 min v temi pri sobni temperaturi in nato razgradili preko noči pri 37 ° C z tripsinom (Promega). Analiza je bila izvedena na Dionex Ultimate 3000 RSLC nanoLC sistem priključen na Q Exactive Orbitrap masni spektrometer (Thermo Fisher Scientific); vsak vzorec je bil analiziran ločeno. Triptičnih peptidov (2,5 ug peptidov) ločimo na reverzno fazni Acclaim PepMap RSLC nanoViper C18 kolone (75 mikrometrov x 25 cm, 2 um granulacije) z uporabo acetonitrila gradienta (od 4 do 60% pri 0,1% mravljinčne kisline) pri 30 ° C C in pretok 250 nL /min (pri 230 min). Spektrometer je delovala v podatkovnem odvisna od MS /MS načinu z anketnih skenira, pridobljenih z ločljivostjo 70.000 na m /z 200 Da v načinu MS in 17.500 pri m /z 200 Da v načinu MS2 oz. V spektre smo posneli v skeniranje m /z razponu 300-2000 v pozitivnem načinu ionov. Večja energetska collisional disociacije (HCD) ion razdrobljenost je bila izvedena z normiranimi trkov energije iz do 25. identifikacija Protein je bila izvedena s pomočjo Swiss-Prot človeško bazo podatkov z natančnim tolerance 10 ppm za peptidnih mase in 0,05 Da za fragment ionske mase. Na številčnost identificiranih proteinov so bile ocenjene z uporabo MaxQuant 1.4.1.1 programske opreme.
Statistični in bioinformatika analiz
Za vsako komponento MALDI mase profili primerjavo med skupinami darovalcev je bila izvedena s testom t študenta po logaritemsko transformacijo podatkov. Multi-komponentni razvrščevalniki so bile zgrajene in preizkušene s pristopom, ki temelji-SVM uporabo Spectrolyzer programske opreme (različica 1.0.21.3590, MedicWave). Pomen razlike v številčnosti proteinov LC-MS /MS količinsko so bile ocenjene s testom t ali test Mann-Whitney, odvisno od normalnosti podatkov (vrsta porazdelitve je bila ocenjena s testom Shapiro-Wilk, test Lilliefors in F test homogenosti varianc), in preskus Nemenyi za parne primerjave. Na splošno, p = 0,05 je bila izbrana kot statističnega praga pomembnosti, razen MALDI profiliranje, kjer je bil uporabljen popravek Bonferroni za večkratno testiranje. Empirični proteomskimi ontologija zbirke znanja (EPO-KB), ki označi registrirana m /ž vrednosti znanih peptidnih /beljakovine [26], je bila uporabljena za dodelitev hipotetično identifikacijo komponent spektrov (0,5% mejna masa natančnost bilo dovoljeno). Seznam genov, ki ustrezajo identificiranih proteinov je označi GO pogoji uporabe gProfiler (http: //biit cs ut ee /gprofiler /...); pomen izraza nad zastopanost je bila ocenjena s testom hipergeometrično distribucije. Za prikaz funkcionalnih odnosov med identificiranih proteinov ustreznimi geni so bile zabeležene na GeneMANIA Cytoscape plugin za interakcij pot omrežja (http: //. Strani genemania org /plugin /.)
Rezultati
Mass. profili serumu endogenega peptidome (nizko molekulsko maso frakcije v serumu proteoma) je bilo značilno MALDI-TOF spektrometrijo v celotni skupini 53 bolnikov z rakom želodca in 50 izravnanih zdravih darovalcev. Ta analiza nam je omogočilo oceniti splošno stopnjo podobnosti in razlike med podskupinami analiziranih posameznikov. Na splošno je bilo 255 spektralne komponente (peptida ioni) razlikuje v analiziranem obsegu mase (sl. 1a) in številčnost 101 komponent je pokazala statistično značilno razliko med primerjanih skupin (po popravku Bonferroni proti večkratnega preskušanja). Tabela 2 prikazuje število serumskih komponent peptidome, ki se razlikujejo po posameznih skupin donatorjev. med bolniki z rakom in zdravih darovalcev so opazili velike razlike v številčnosti posameznih komponent v serumu (približno 39% registriranih komponent so uživali statistično pomembne razlike). Opazili so tudi velike razlike med bolniki z lokalno napredovalim rakom (vsi primeri) in pri bolnikih z metastatskim rakom (približno 9% registriranih komponent so uživali statistično pomembne razlike); to je treba omeniti, da so bili, ko so bili bolniki z metastatskim rakom v primerjavi z obeh podskupinah z lokalnim boleznijo posebej opazili podobne številke razlikovanja komponent (to je skupina, v kateri je bila odkrita daleč širjenje raka med spremljanjem in skupine brez znakov bolezni). V skladu s tem bi lahko dobro opravljajo razvrščevalniki zgrajena na osnovi značilnosti serumu peptidome ki loči primerjavi skupine zdravih darovalcih in bolnikih z lokalno napredovalega ali metastatskega raka (AUC ukrep za razvrščanje temelji SVM je več kot 90% v vsakem primeru). V ostrem nasprotju, ni statistično značilne razlike so odkrili, ko so primerjali dve podskupini bolnikov z lokalno napredovalim rakom (ki so bodisi razvite ali pa niso razvile metastaz med spremljanjem) (AUC razvrščanje temelji SVM je pod 50%). Slika 1b prikazuje primere serumskih komponent peptidome z bistveno različnimi številčnosti med primerjanih skupin. To je treba omeniti, da je bilo med petidome komponent, ki se razlikujejo tako zdrave kontrole pri bolnikih z rakom in bolnikih z lokalno napredovalim rakom pri bolnikih z metastazami več komponent, ki domnevno sovpadala s fragmenti fibrinopeptide A (FIBA). Med njimi so bili deli z registriranim m /z vrednosti 1088.7, 5903.5 in 5916,6 Da na bistveno navzdol reguliranih v serumu bolnikov z rakom, in komponent, 1469.9 in 1626.0 Da z občutno višjimi številčnosti v serumu bolnikov z metastatsko boleznijo kot pri bolnikih z lokalno napredovalim rakom (glej sliko . 1b, Dodatna datoteka 1: Tabela S1). Ugotovili smo, da imajo molekularne razlike med lokalno napredovalega in metastatskega raka želodca (kot tudi razlike med zdravimi posamezniki in bolniki z rakom želodca v splošno) razmišljanje na ravni serumu peptidome. Vendar pa se lahko lastnosti peptidome seruma predobdelave se verjetno uporabljajo za prognozo bolezni širijo med /po zdravljenju. Fig. 1 Profil endogenega serumu peptidome bolnikov z rakom želodca. Povprečni masni spekter v območju 1000-10,000 Da. b Primeri serumskih komponent peptidome, ki so številčnost razlikuje med vzorci iz zdravih kontrol in različnih skupinah bolnikov z rakom na želodcu. Boxplots
kažejo minimum, spodnji kvartil, mediana, zgornji kvartil, mejne vrednosti, in ubežnikov; zvezdice
označene pomembne razlike (p < 0,05 s popravkom Bonferroni)
Tabela 2 Število serum peptidome komponent z številčnosti različnih med primerjanih skupin posameznikov
skupin /razlike
Nadzorna vs rak (vsi primeri)
lokalno napredovalo proti metastatskega raka
Local /ni razširjeno v primerjavi metastatskega raka
Local /razpršenim vs metastatskega raka
lokalni /no širjenje vs. lokalni /širjenja raka
n
50 vs. 53
35 vs. 18
19 vs. 18
16 vs. 18
19 vs . 16
p < 0.05
182
88
74
75
11
FDR
7%
14%
17%
17%
100%
p < 0,05 /Bonferroni
101
23
11
16
0
AUC (SVM)
0,94
0,91
0.92
0,97
0,48
Prikazani so številke razlikovanje komponente, ki so dosegle prag statistične pomembnosti p = 0,05 (z ustrezno oceno FDR) ali prag za okrepljen z Bonferronijev popravek, in moč SVM klasifikatorja zgrajene iz peptidome komponent (značilna vrednost AUC)
v drugem koraku smo izbrali vzorce 12 zdravih darovalcev in deset bolnikov iz vsake raka podskupine za zagotovitev podobne starosti (mediano približno 56 let) in delež spolov (cca 80% moških) v primerjavi podskupin. Te vzorce smo uporabili za nadaljnje analize na osnovi puško LC-MS /MS pristopom. Na splošno so bile ugotovljene okoli 450 beljakovin v analiziranih vzorcih seruma. Ravni 234 beljakovine v serumu so bile količinsko v vzorcih iz vsake od 42 posameznikov, vključno s 129 edinstvene beljakovine v serumu, ki niso povezani imunoglobuline (105 imunoglobulinov in sorodnih-Ig proteinov, kot tudi domnevne uncharacterized beljakovine, so bili izključeni iz nadaljnje analize); popolni podatki so predstavljeni v dodatni datoteki 1: Tabela S2. Je bilo 49 serumskih proteinov z številčnosti različnih zdravih darovalcev in bolnikov z rakom želodca (p vrednost < 0,05; ocenjena FDR vrednost = 13%): 41 proteine ​​smo molekul, medtem ko smo osem proteini navzdol reguliranih v krvi rakavih bolnikov (proteinov navedenih v tabeli 3;. primere v sliki 2). To je treba omeniti, da so opazili podobne vzorce, povezanih z rakom uravnavanjem ali downregulation serumskih proteinov v vseh tam podskupinah bolnikov z rakom (čeprav morda manjša velikost analiziranih skupin zmanjšanje statistične značilnosti razlik; glej dodatno datoteko 1: Tabela S3). Poleg tega je bilo 19 serumskih beljakovin z številčnosti različnih med bolniki z lokalno napredovalo in metastatskega raka (p vrednost < 0,05; ocenjena FDR vrednost = 34%): tri proteine ​​smo molekul, medtem ko je bilo 16 proteini navzdol reguliranih v krvi bolnikov z metastatsko boleznijo. To je treba omeniti, da je številčnost C-reaktivnega proteina in angiogenin splošno povečana pri raka vzorcih dodatno povečal v metastatskih vzorcev, medtem ko številčnost karboanhidraze 1. splošno navzdol reguliranih v vzorcih raka dodatno zmanjšal v metastatskih vzorcev (tabela 3). Poleg tega so bili vzorci razlik med vzorci iz bolnikih z metastatskim rakom in vseh bolnikih z lokalno bolezni ostane nespremenjeno, ko sta bili dve manjši podskupini bolnikov z lokalno napredovalim rakom paroma primerjali z metastatskim rakom (glej dodatno datoteko 1: Tabela S4). Po drugi strani pa je obilica samo enega proteina (antitrombina-3) je pokazala statistično značilno razliko, ko so primerjali obe podskupine bolnikov z lokalno napredovalim rakom (številčnost tega proteina je bila najvišja v skupini bolnikov z lokalno boleznijo, ki ne širijo med spremljanje). Ugotovili smo, da bi lahko več beljakovin podpis identificiran za razvrščanje vzorcev seruma pred zdravljenjem bolnikov z rakom želodca, ki so utrpeli bodisi lokalno napredovalo ali metastatsko boleznijo. Vendar pa lastnosti serumu proteoma ni mogoče ločiti bolnike z lokalno bolezni, ki se širijo med spremljanjem po treatment.Table 3 Razlikovanje serumskih proteinov
ime Protein
Protein polno ime
imenom Gene
Control /rak
Lokalni /metastatskega
Ratio
p vrednost
Razmerje
p vrednost

A1AG1
alfa-1-kisli glikoprotein 1
ORM1
0,67
0,0008
1,00
0,5824
A1AG2
Alpha 1-kisli glikoprotein 2
ORM2
0,68
0,0006
1,00
0,7414
A1AT
alfa-1 antitripsin
SERPINA1
0,50
< 0,0001
1.03
0,6441
A1BG
Alpha-1B-glikoprotein
A1BG
0,76
0.0072

1.04
0,5824
A2GL
levcin bogati alfa-2-glikoprotein
LRG1
0,46
0,0016
0,80
0.4414
AACT
alfa-1-antikemotripsina
SERPINA3
0,54
0,0007
0,97
0.9124
ADIPO
adiponektina
ADIPOQ
0,41
0,0092
1.60
0,3442
AFAM
Afamin
AFM
1,30
0,0355

1.06
0.5824
ANGI
Angiogenin
Ang
0,30
0,0465
0,24
0,0294
APOA1
apolipoproteina AI
APOA1
0,47
< 0,0001
1.31
0,0235
APOC1
apolipoprotein CI
APOC1
0,25
< 0,0001
1,52
0,1183
APOC3
Apolipoprotein C-III
APOC3
1.82

0,0108
1.20
0,5824
APOE
apolipoprotein E
APOE
0,62
0,0040
1.01
0,6441
APOF
apolipoproteina F
APOF
0,64
0,0085
0,80
0,5235
APOM
apolipoproteina M
APOM
0,92
0,4275
1,51
0,0263
C1S
dopolnilo C1S podkomponenta
C1S
0,70
0,0016
1.22
0,0748
CAH1
karboanhidraze 1
CA1
2.96
0,0173
2.41
0,0143
CBG
kortikosteroidi globulina, ki veže
SERPINA6
0,53
0,0117
1,08
0,7749
CD14
monocitov antigenov CD14
CD14
0,56
0,0033
1.21
0,1658
CERU
ceruloplazmin
CP
0,67
0,0013
1,05
0,6129
CFAB
dopolnitev faktor B
CFB
0,61
0,0006
1.11
0,6441
CO2
dopolnilo C2
C2
0,64
0,0475
1.57
0,0679
CO4A
dopolnitev C4-A
C4A
0,87
0.0435
0,94
0,7749
CO4B
dopolnilo C4-B
C4B
0,73
0,0127
0,99
0.5526
CO5
komplementa C5
C5
0,77
0,0085
0,91
0,8776
CO6
dopolnitev sestavnega C6
C6
0,64
0,0013
0,97
0,8431
CO8G
dopolnitev komponente C8 gama
C8G
0,66
0,0137

1.12
0,4679
CO9
dopolnitev komponenta C9
C9
0,42
< 0,0001
0,93
0,9124
CRP
C-reaktivnega proteina
CRP
< 0,01
0,0389
0,15
0,0414
CXCL7
trombocitov bazični protein
PPBP
0,83
0,1516
1,53
0,0030
FETUA
Alpha-2-HS-glikoproteina
AHSG
0,90
0,3095
1.34
0,0068
FHR1
dopolnitev faktorja, povezanih s H prot. 1
CFHR1
0,66
0,0725
1,30
0,0366
GPX3
glutation peroksidaze 3
GPX3
0,92
0.6065</sub>