Tunnistaminen seerumin prote- allekirjoitukset paikallisesti edenneen ja metastaattinen mahasyövässä: pilottitutkimus

Tunnistaminen seerumin prote- allekirjoitukset paikallisesti edenneen ja metastaattinen mahasyövässä: pilottitutkimus
tiivistelmä
tausta
mahasyöpä on yksi yleisimmistä ja kuolevainen syöpä maailmassa. Alkuperäinen oireettomia kehittämisen ja epäspesifisiä oireita aiheuttaa diagnoosi on pitkälle edennyt huonon ennusteen. Silti, ei kliinisesti käyttökelpoisia biomarkkereita ovat saatavilla tämän maligniteetin, ja invasiivisia ruoansulatuskanavan tähystys on ainoa luotettava vaihtoehto tällä hetkellä. Näin ollen on olemassa tarve löytö kliinisesti hyödyllisiä noninvasive diagnostinen ja /tai ennustetyövälineenä vaihtoehtona (tai täydentää) nykyiselle diagnostisia työkaluja. Täällä pyrimme etsimään seerumin proteiineihin ominainen paikallisille ja invasiivisen mahasyövässä. Tool Menetelmät
Esikäsittely verinäytteet kerättiin potilailta, joilla on diagnosoitu mahalaukun adenokarsinooman on eri vaiheessa taudin: 35 potilaalla oli paikallisesti levinnyt syöpä ja 18 Metastasoivassa syöpä; 50 terveistä luovuttajista myös toimii vertailuryhmänä. Alhaisen moolimassan osa seerumin Proteome (eli endogeeninen peptidomin) oli profiloitu MALDI-TOF-massaspektrometrialla, ja koko proteomiin komponentit tunnistettiin ja kvantifioidaan LC-MS /MS haulikko lähestymistapa.
Tulokset
monikomponenttikahvassa peptidomin allekirjoitusten paljastui, että sallitaan hyvä syrjiä terveiden verrokkien ja syöpäpotilaita, sekä potilaiden välillä paikallisesti levinnyttä ja metastaattinen. Lisäksi LC-MS /MS lähestymistapa paljasti 49 seerumin proteiineihin eri runsaus terveiden luovuttajien ja syöpäpotilailla (pääasiassa proteiineja tulehdukseen ja akuutin vaiheen vaste). Lisäksi 19 seerumin proteiineja eri runsaus välillä potilailla oli paikallisesti levinnyt ja metastaattinen tunnistettiin (mukaan lukien proteiinit, jotka liittyvät sytokiinien /kemokiinin vasteen ja aineenvaihduntaa nukleiinihappojen). Kumpikaan ei kuitenkaan peptidomin profilointi eikä haulikko proteomiikka lähestymistapa antoi havaitsemiseksi seerumikomponentit erotteleva kahden potilasalaryhmissä paikallisten tautia jotka joko kehitetty tai ei kehittynyt etäpesäkkeitä seurannan aikana.
Johtopäätökset
molekyylien väliset erot paikallisesti edenneen ja metastasoituneen mahasyövän sekä suurimpia eroja terveiden yksilöiden ja syöpäpotilaiden, ovat merkinneet heijastus tasolla seerumin proteomiin. Emme kuitenkaan ole mitään todisteita siitä, että ominaisuudet esikäsittely seerumin Proteome voisi ennustaa syöpäriskin levittämisen hoidetuilla potilailla johtuen paikallisen sairaus. Kuitenkin Esitetyt tiedot vahvistivat potentiaalia sovellettavuus seerumin proteomista allekirjoituspohjaiset biomarkkereiden diagnostiikka mahasyövän.
Avainsanat
Mahasyöpä Varhainen diagnoosi kasvaimet Proteomiikka biologisia merkkiaineita Background
Mahasyöpä on neljänneksi yleisin syöpä ja toiseksi suurin syy syöpään liittyvät kuolemat maailmanlaajuisesti. Tämä syöpä erityisesti kärsii väestön Itä-Aasiassa, Itä-Euroopassa, ja osaa Keski- ja Etelä-Amerikassa, ja sairastavuus on kaksi kertaa suurempi miehillä kuin naisilla [1]. Pahanlaatuisen liittyy epäspesifinen oireita tai jopa oireetonta kehityksen alkuvaiheessa, mikä usein johtaa diagnoosi vaiheissa. Vaiheessa mahasyövän vahvasti korreloi huonon ennusteen. Mukaan National Cancer Data Base raportti, 5 vuoden pysyvyys vaiheessa IA oli 78% ja se laski huomattavasti kussakin vaiheessa noin 7% potilaista diagnosoitu vaiheen III B tai vaiheen IV tauti [2]. Täten varhainen diagnoosi mahasyöpä saattaa radikaalisti lisätä hoidon tehokkuutta ja parantaa ennustetta tälle kohtalokas sairaus. Tällä hetkellä tehokkain diagnostisen välineen mahasyövän edelleen ruoansulatuskanavan endoskopia, mutta tämä invasiivinen tekniikka ei sovellu suuren mittakaavan seulontaan. Valitettavasti ei ole olemassa vaihtoehtoista ei-invasiivisia biomarkkerit käytettävissä, koska yleisesti käytetty ruoansulatuskanavan kasvainmerkkiaineet kuten CEA, CA 19-9 tai CA 72-4 ovat riittämättömiä varhaiseen diagnosointiin tämä syöpä johtuu niiden alhainen herkkyys ja spesifisyys (20-30 %) [3-5]. Suurin osa mahasyöpä tapauksissa (yli 90%) on luokiteltu adenokarsinoomat. Viime aikoina neljä molekyyli- alatyyppejä mahalaukun adenokarsinooman erottuivat perustuvat genomiseen profilointi toimitetaan ansiosta Cancer Genome Atlas projekti [6]. Kuitenkin tietoa molekyyli- heterogeenisyys ja biologiaan tämä syöpä, mukaan lukien sen kehitys ja mekanismit etenemisen, jää melko rajallinen vielä. Siksi pikaisesti tunnistamiseksi kliinisesti merkittäviä biomarkkereiden koskee paitsi varhaisen diagnoosin, mutta myös ennustetta ja ennustamista hoitotulokseen.
Kliininen proteomiikka on tärkeä lähestymistapa löytö biomarkkerit mahasyövän [7]. On yleisesti hyväksyttyä, että veren Proteomi lupaava lähde uusien biomarkkereiden tämän syövän, mukaan lukien erityisen arvokas merkkiaineita varhainen havaitseminen taudin ja seuranta hoitovasteesi [8]. Massaspektrometria-pohjainen profilointi alhaisen molekyylipainon osa seerumin Proteome, ns endogeenisen peptidomin, paljasti multi-peptidi allekirjoituksia potentiaalisten soveltuvuutta luokitteluun ja diagnoosiin eri syöpätyyppien [9-13]. Muutama töitä on julkaistu, että tutkittu MALDI /SELDI-pohjainen profilointi seerumin /plasman petidome diagnosointiin mahalaukun syövän, joka ehdotti peptidi allekirjoitusta, jotka mahdollistivat erotteleva terveiden luovuttajien ja potilaiden mahalaukun syöpä, tai allekirjoituksia liittyy tietenkin sairauden [ ,,,0],14-22]. Useita osia tällaisen allekirjoitusten tunnistettiin edelleen fragmentteina KNG1 [18], APOC1 ja APOA2 [19], SAA: [20], TBB5 ja TYB4 [22], tai FIBA ​​[23, 24]. Viime aikoina paneeli biomarkkerit koostuu seerumin proteiinien ennalta valitun perustuu prekliinisissä hiirimallissa (afamin, klusteriinin, VDBP ja haptoglobiini) on validoitu syrjiä mahasyöpäpotilaista ja potilas on hyvänlaatuinen mahasairauksia [25]. Tosin yhtäkään ehdotettu seerumin prote- allekirjoitukset mahasyövän on laajalti hyväksytty ja sovellettu kliinisessä työssä vielä.
Tässä pyrittiin luonnehtimaan proteomiin ominaisuuksia esikäsittely seerumi liittyvät etäpesäkkeiden riski mahalaukun syövän. Kahdenlaisia ​​proteomiikka-analyysit suoritettiin: (1) alhaisen molekyylipainon fraktion seerumin prote- on profiloitu MALDI-TOF-massaspektrometrialla, (2) koko proteomin komponentit tunnistettiin ja kvantifioidaan LC-MS /MS: n hajotuksen jälkeen trypsiinillä (a "haulikko proteomiikka" lähestymistapa). Ryhmät aiemmin hoitamattomia potilaita, joilla on paikallisesti edennyt mahasyöpä ja etäpesäkkeitä otettiin Tämän tutkimuksen (sovitetun ryhmä terveitä yksilöitä analysoitiin vertailukohtana); tällaisia ​​kattavia proteomiikka-analyysi suoritettiin joukko valkoihoisten potilaiden mahalaukun syövän ensimmäistä kertaa. Seerumin Proteomi allekirjoitus, joka erotteli potilailla, joilla on paikallisesti edennyt syöpä ja metastaattinen havaittiin tässä pilottitutkimuksessa, mutta on tarjolla erityisiä potilaille, joilla on paikallisesti edennyt sairaus heti diagnoosin joka lopulta kehittyi etäpesäkkeitä ei havaittu tällä tasolla. Tool Menetelmät
Ominaisuudet potilasryhmien
Viisikymmentäkolme potilailla, joilla on aiemmin hoitamaton biopsialla mahalaukun adenokarsinooman luokiteltiin tähän tutkimus: 35 potilaalla oli paikallisesti levinnyt syöpä, mukaan lukien 16 potilasta, joilla etäpesäkkeitä kehittyi hoidon aikana tai seurannan ja 19 potilaalla, ei havaittu etäpesäkkeitä seurannan aikana, ja 18 potilasta, joilla oli metastaattinen syöpä. Jälkimmäinen ryhmä koostui neljästä potilaiden kaukaisiin levisi yhden elimen ja 14 potilasta, joilla levitä useisiin elimiin; mukana elimiä olivat vatsakalvon (13 tapausta), maksan (kahdeksan tapausta), keuhkojen (kolme tapausta), muut sijainnit (kahdeksan tapausta). Yleensä kriteereillä mukana: Eastern Cooperative Oncology Group (ECOG) suorituskyky oli 0-2, ikä 20-85 vuotta, seerumin kreatiniinitaso < 1,5 mg /dl, seerumin bilirubiini taso < 2,0 mg /dl, joka on granulosyyttiarvot > 1500 solua /ul ja verihiutaleet > 100000 solua /ul, kun taas hylkäämiskriteerejä mukana: edellinen maligniteetti, edellinen leikkaus, sädehoito tai kemoterapia. Esikäsittelyn lavastus perustuva lääkärintarkastus, esophagogastroscopy jossa koepaloja, CT vatsan ja rintakehän tutkii röntgen- tai CT. Viisikymmentä, sukupuolen ja iän sovitettu taudista vapaan luovuttajien sisällytettiin vertailuryhmällä. Kaikki tutkimuksessa osallistujat olivat valkoihoisilla (~ 65% miehistä) kanssa ikä välillä 34-74 vuotta. Taulukossa 1 on esitetty tarkempia tietoja analysoidaan ryhmistä. Tutkimuksen hyväksyi asianmukaisen eettisen komitean, ja kaikki henkilöt, jotka olivat osallistu tähän tutkimukseen edellyttäen tietoisen suostumuksen ilmenee heidän tajuissaan ja vapaaehtoiset participation.Table 1 ominaisuudet rahoittajaryhmän kirjoilla osaksi tutkimuksen
Group /parametri

Terve ohjaus
Syöpäpotilaat (kaikissa tapauksissa)
potilaat, joilla on paikallisesti edennyt syöpä
Metastasoivassa syöpä
Ei leviäminen

Levitä
Number (n)
50
53
19
16
18
Sukupuoli (M /N) B 30/20
37/16
12/7
13/3
12/6
Ikä (vuosia)
28-60 (mediaani 50)
34-74 (mediaani 59)
36-70 (mediaani 59) B 34-73 (mediaani 58) B 35-74 (mediaani 60) B kasvain sijainti
Ylä kolmas
- 15 (28%)
3 (16%) B-6 (37%) B 6 (33%) B Lähi kolmas
- 31 (59%) B 13 (68%)
9 (57%)
9 (50%) B alempi kolmas
- 7 (13%) B-3 (16%) B-1 (6%)
3 (17%) B Histologinen luokan
G1-G2 -
16 (30%) B 10 (53%) B-3 (19%) B-3 ( 17%) B-G3
- 29 (55%) B-8 (42%) B 11 (69%) B 10 (56%) B Ei määritelty
-
8 (15%) B 1 (5%) B 2 (12%) B-5 (27%) B Ensisijainen kasvain
CT1-T3
-
50 (94%) B 19 (100%) B 16 (100%) B 15 (83%) B CT4
- 3 (6%) B 0 (0%) B 0 (0%) B 3 (17%) B Imusolmuke
CN0
- 20 (38%) B 13 (68%)
5 (31%) B 2 (11%) B-CN1-N3 -
33 (62%) B-6 (32%) B 11 (69%)
16 (89%) B etäpesäke (alustava) B CM0
- 35 (66%) B 19 (100%) B 16 (100%) B 0 (0%) B cM1
- 18 (34%) B 0 (0%) B 0 (0%)
18 (100%) B-ryhmän potilaille, joilla on paikallisesti edennyt syöpä klo diagnoosi oli edelleen jaettu alaryhmä, jossa joko ei leviä (kontrolli) tai peräkkäisiä syöpä levitys /leviäminen (etäpesäkkeiden) havaittiin
valmistaminen seeruminäytteitä
esikäsittely verta kerättiin 5 ml: n Vacutainer Tube (Becton-Dickinson), inkuboitiin 30 minuutin ajan huoneenlämpötilassa, jotta hyytymistä ja sentrifugoitiin sitten 1000 g: llä
10 min poistamiseksi hyytymistä. Seerumi jaettiin eriin ja varastoitiin -70 ° C: ssa käyttöön asti.
Profilointi alhaisen molekyylipainon osa seerumin prote-
Ennen analysointia näytteet laimennettiin 1: 5 puskuriin, joka sisältää 20% asetonitriiliä (ACN), ja 25 mM ammoniumbikarbonaattia ja sitten suodatetaan sentrifugoimalla Amicon Ultra yksikköä (50 kDa cut-off) poistamiseksi runsas suurimolekyylipainoinen proteiineista, erityisesti albumiiniin. Välittömästi ennen analyysiä näytteitä poistettiin suola ja konsentroitiin lastataan ZipTip C18 mikropylväillä (EMD Millipore), ja eluoitiin sitten 1 ui matriisiliuosta (kyllästetty liuos alfa-syaani-4-hydroksi-kanelihapon 30% ACN /H <sub>2O ja 0,1% TFA) suoraan 800 um AnchorChip ™ (Bruker Daltonics) levy. Analyysi tehtiin käyttämällä UltrafleXtreme MALDI-ToF-massaspektrometri (Bruker Daltonics); analysaattorin työskenteli lineaaritilaa, ja positiiviset ionit kirjattiin massan välillä 1000 ja 12000 Da. Näytteet nähtiin kahtena ja kunkin täplän kahden spektrin hankittu. Massan kalibrointi suoritettiin jokaisen neljän näytteen avulla Protein kalibrointi Standard I (Bruker Daltonics). Satunnaistaminen lohkoissa käytettiin spektrien rekisteröinti välttää mahdollinen erän vaikutus. Jälkeenpäin raakadata vietiin TXT tiedostoja ja spektrin komponentit esikäsitellään käyttämällä bioinformatiikan algoritmeja luotu ryhmämme, joka sisältyi linjaus, tunnistamiseen ja poistamiseen poikkeavien profiilien Dixonin Q testiä (single spektrit poistettiin noin 5% näytteistä), keskimäärin teknisten toistoja, lähtötilanteen poisto ja normalisoimiseen kaikkien ionien virtaa. Spektrit tasoitus, huippu poiminta, laatikointi ja tilastollinen analyysi suoritettiin käyttäen Spectrolyzer ohjelmistoa (versio 1.0.21.3590, MedicWave).
LC-MS /MS-analyysi seerumin proteomista komponenttien
Seeruminäytteet pelkistettiin 5 mM ditiotreitolia varten 5 min 95 ° C: ssa, sitten alkyloida 10 mM jodiasetamidilla 20 min pimeässä huoneen lämpötilassa, ja sen jälkeen digestoitiin yön yli 37 ° C: ssa trypsiinin (Promega). Analyysi suoritettiin Dionex Ultimate 3000 RSLC nanoLC System kytketty Q Exactive Orbitrap massaspektrometriin (Thermo Fisher Scientific); kukin näyte analysoitiin erikseen. Trypsiinipeptidit (2,5 ug peptidiä) erotettiin käänteisfaasi-Acclaim PepMap RSLC nanoViper C18-pylväs (75 pm x 25 cm, 2 um granulointi) käyttäen asetonitriilin gradienttia (4-60%, 0,1% muurahaishappoa), 30 ° C ja virtausnopeudella 250 nl /min (230 min). Spektrometri toimineen tietojen riippuva MS /MS-tilassa kyselyn skannaa hankittu resoluutiolla 70000 m /z 200 Da MS-tilassa ja 17.500 m /z 200 Da MS2 tilassa, tässä järjestyksessä. Spektrit kirjattiin skannauksen m /z alue 300-2000 positiivinen ioni-tilassa. Energian collisional dissosiaatio (HCD) ioni pirstoutuminen suoritettiin normalisoitu törmäysenergialla asetettu 25. Proteiini tunnistus suoritettiin käyttämällä Swiss-Prot ihmisen tietokanta tarkkuudella toleranssi 10 ppm peptidin massat ja 0,05 Da ioniosan massoja. Runsaus tunnistettu proteiinien arvioitiin käyttäen MaxQuant 1.4.1.1 ohjelmistoa.
Tilastolliset ja bioinformatiikan analyysit
Kunkin komponentin MALDI massan profiilit vertailusta luovuttajaryhmiä suoritettiin käyttäen t-testiä jälkeen logaritminen muunnos tietoja. Multi-komponentti luokittelijoiden rakennettiin ja testattiin SVM lähestymistavan avulla Spectrolyzer ohjelmistoa (versio 1.0.21.3590, MedicWave). Merkitys erojen runsaus proteiinien määrällisesti LC-MS /MS arvioitiin käyttäen t-testiä tai Mann-Whitney testi riippuen normaaliuden tietojen (tyyppi jakelun arvioitiin käyttämällä Shapiro-Wilk testissä Lilliefors testi ja F testi tasalaatuisuus varianssien), ja Nemenyi testi pairwise vertailuja. Yleisesti, p = 0,05 valittiin tilastollisen merkittävyyden kynnysarvo, paitsi MALDI profiloinnin, jossa Bonferronin korjauksen useita testaus on sovellettu. Empiirinen proteomiikan ontologia Knowledge Base (EPO-KB), joka lämpökuvien rekisteröity m /z-arvot tunnetuille peptidi /proteiinit [26], käytettiin määrittää hypoteettista tunnistamisen spektrien komponenttien (0,5% massa tarkkuus raja sallittu). Luettelo vastaavien geenien tunnistettu proteiineihin selityksin GO termejä käyttäen gProfiler (http: //BiiT. Cs. Ut. Ee /gprofiler /); merkityksen termi yliedustus arvioitiin käyttäen Hypergeometrinen jakelu testi. Jotta visualisoida toiminnallisia suhteita tunnistettu proteiinien vastaavien geenien selityksin klo GeneMANIA Cytoscape plugin reitin vuorovaikutuksen verkkoja (http: //sivuja. Genemania. Org /plugin /).
Tulokset
Mass profiilit seerumin endogeenisen peptidomin (matalan molekyylipainon osa seerumin proteomista) karakterisoitiin MALDI-ToF spektrometria koko ryhmässä 53 potilasta, joilla mahalaukun syövän ja 50 terveisiin luovuttajilta. Tämä analyysi antoi meille mahdollisuuden aasin yleistä verran eroja ja yhtäläisyyksiä alaryhmiä analysoitiin yksilöitä. Yleensä 255 spektrikomponentit (peptidi ionit) olivat eritellään analysoitu massa-alue (Fig. 1a), ja runsaus 101 komponenttien paljasti tilastollisesti merkittävän vaihtelun verrattuna ryhmiin (kun Bonferronin korjauksen vastaan ​​useita testaus). Taulukko 2 esittelee numerot seerumin peptidomin komponentteja että eriytetty erityisesti luovuttajaryhmiä. Suurimmat erot runsaus erityisiä seerumin komponenttien ei havaittu syöpäpotilaiden ja terveillä luovuttajilla (noin 39% rekisteröidyistä komponenttien reveled tilastollisesti merkitseviä eroja). Merkittäviä eroja on myös havaittu potilailla, joilla on paikallisesti edennyt syöpä (kaikissa tapauksissa) ja Metastasoivassa syöpää (noin 9% rekisteröidyistä komponenttien reveled tilastollisesti merkitseviä eroja); tämä on huomattava, että samanlainen määrä erilaistumaan komponenttien havaittiin kun Metastasoivassa syöpää verrattiin molemmissa osaryhmään paikallisen sairaus erikseen (so ryhmä, jossa kaukainen syövän leviämisen havaittiin seurannan aikana ja ryhmä ilman todisteita taudista). Johdonmukaisesti menestyneille luokittelijoiden voitaisiin rakentaa perustuu ominaisuuksiin seerumin peptidomin joka erotti verrattuna ryhmät terveiden luovuttajien ja potilaille, joilla on paikallisesti edennyt tai metastaattinen (AUC toimenpide SVM-pohjainen luokittelija oli yli 90% kussakin tapauksessa). Selvänä sijaan ei havaittu tilastollisesti merkitsevää eroa ei havaittu, kun kaksi potilailla, joiden paikallisesti edennyt syöpä (jotka joko kehittyneiden tai ei kehittynyt etäpesäkkeiden seuranta-aikana) verrattiin (AUC SVM-pohjainen luokittelija oli alle 50%). Kuva 1b esittää esimerkkejä seerumin peptidomin komponenttien merkitsevästi erilainen runsaus keskuudessa verrattuna ryhmissä. Tämä on huomionarvoista, että joukossa petidome komponentteja että eriytetty sekä terveiden verrokkien syöpäpotilaista ja potilaille, joilla on paikallisesti edennyt syöpä potilaista, joilla on metastaattinen sairaus oli useita komponentteja, jotka oletettavasti vastasi fragmentteja Fibrinopeptidi A (FIBA). Näihin sisältyvät komponentit rekisteröity m /z-arvo 1088,7, 5903,5 ja 5916,6 Da merkittävästi vaimentua seerumissa syöpäpotilaiden ja komponenttien 1469,9 ja 1626,0 Da kanssa selvästi suurempi runsaus seerumissa potilailla etäpesäkkeitä kuin potilailla, joilla on paikallisesti edennyt syöpä (ks . 1b; Muita tiedosto 1: Taulukko S1). Olemme päätellä, että molekyyli erot paikallisesti levinneen ja metastasoituneen mahasyövässä (sekä eroja terveiden yksilöiden ja potilaiden mahalaukun syöpä yleensä) on pohdintaa tasolla seerumin peptidomin. Kuitenkin piirteitä peptidomin esikäsittelyn seerumi voidaan todennäköisesti soveltaa taudin ennusteen levinnyt aikana /hoidon jälkeen. Kuva. 1 profiili endogeenista seerumin peptidomin potilaiden mahalaukun syöpä. keskinkertaiset massaspektri välillä 1000-10,000 Da. b Esimerkkejä seerumin peptidomin komponentteja, jotka runsaus olivat erilaiset näytteet terveiden verrokkien ja eri potilasryhmien mahasyöpä. Boxplots
osoittavat vähintään alakvartiili, mediaani, yläkvartiili, maksimiarvot, ja harha; tähdellä
merkitty merkittäviä eroja (p < 0,05 kanssa Bonferronin korjaus) B Taulukko 2 Numerot seerumia peptidomin komponenttien runsaus eroa verrattuna yksilöryhmät
Ryhmät /erot
Ohjaus vs. syöpä (kaikissa tapauksissa)
Paikallisesti edennyt vs. metastaattinen
Local /leviämisen vs. metastaattinen
Local /leviäminen vs. metastaattinen
paikallinen /leviämisen vs. paikallinen /leviäminen syövän
n
50 vs. 53
35 vs. 18
19 vs. 18
16 vs. 18
19 vs . 16
p < 0.05
182
88
74
75
11
FDR
7%
14%
17%
17%
100%
p < 0,05 /Bonferroni
101
23
11
16
0
AUC (SVM) B 0,94
0,91
0,92
0,97
0,48
Näkyy ovat numerot erottaa komponentteja, jotka saavutetaan kynnys tilastollisen merkityksen p = 0,05 (vastaavien FDR arvio) tai kynnys vahvistettava Bonferronin korjauksen, ja voima SVM luokittelija rakennettu peptidomin komponenttien (ominaista AUC-arvo)
toisessa vaiheessa valitsimme näytteitä 12 terveiden luovuttajien ja kymmenen potilasta kustakin syöpään alaryhmä turvata samanikäisiä (mediaanit noin 56 vuotta) ja osuus sukupuolten (noin 80% miehistä) in verrattuna alaryhmiin. Näitä näytteitä käytettiin edelleen perustuvat analyysit haulikon LC-MS /MS-lähestymistapaa. Yleensä noin 450 proteiinit tunnistettiin analysoitiin seeruminäytteistä. Tasot 234 seerumin proteiinit kvantitoitiin otetuista näytteistä kukin 42 yksilöiden, mukaan lukien 129 ainutlaatuinen seerumin proteiineihin, jotka eivät liity immunoglobuliineja (105 immunoglobuliinit ja Ig-sukuiset proteiinit, samoin kuin oletetun tuntemattomia proteiineja, jätettiin pois jatkotutkimuksiin); täydelliset tiedot esitetään Additional tiedosto 1: Taulukko S2. Oli 49 seerumin proteiineja runsaus eri terveiden luovuttajien ja potilaiden mahalaukun syöpä (p-arvo < 0,05; arvioitu FDR arvo = 13%): 41 proteiinit voimistuvan, kun kahdeksan proteiinit vaimentua veressä syöpäpotilailla (proteiinien taulukossa 3, esimerkit kuvassa. 2). Tämä on huomionarvoista, että samankaltaista syöpään liittyvien säätelyä tai alisäätely seerumin proteiineihin havaittiin kaikissa siellä alaryhmissä syöpäpotilailla (vaikka pienempiä analysoiduista ryhmien voisi vähentää tilastollista merkitystä erot; ks Additional tiedosto 1: Taulukko S3). Lisäksi oli 19 seerumin proteiineja runsaus eri potilaiden välillä paikallisesti levinnyttä ja metastaattinen (p-arvo < 0,05; arvioitu FDR arvo = 34%): kolme proteiinit voimistuvan, kun 16-proteiinit vaimentua veressä metastasoivaa tautia sairastavaa potilasta. Tämä on huomionarvoista, että runsaus C-reaktiivisen proteiinin ja angiogeniini yleensä yläreguloituja syövissä näytteistä entisestään metastaattisessa näytteissä, kun taas runsaus hiilihappoanhydraasin 1 yleisesti vaimentua syöpänäytteissä laskivat edelleen metastaattisessa näytteistä (taulukko 3). Lisäksi kuviot eroista näytteiden Metastasoivassa syöpää ja kaikilla potilailla paikallisten tauti oli säilytetty kun kaksi pienempää potilailla, joiden paikallisesti edennyt syöpä olivat pareittain verrattuna metastaattinen syöpä (ks Additional tiedosto 1: Taulukko S4). Toisaalta, runsaasti vain yhden proteiinin (antitrombiini-3) osoitti tilastollisesti merkitsevää eroa, kun molemmat potilailla, joiden paikallisesti edennyt syöpä verrattiin (runsaasti tämän proteiinin oli eniten potilasryhmässä paikallisten tautia, jotka eivät levitä aikana seuranta). Olemme päätellä, että monen proteiini allekirjoitus voitu erottaa luokittelua esikäsittelyn seeruminäytteistä mahasyöpäpotilaista, jotka kärsivät joko paikallisesti levinnyt tai etäpesäkkeitä. Kuitenkin ominaisuudet seerumin proteomista voinut erottaa potilaat paikallisten tauti leviää seurannan aikana, kun treatment.Table 3 eriyttäminen seerumin proteiineihin
Protein nimi
Protein koko nimi
Gene nimi
Ohjaus /syöpä
Local /metastaattinen
Ratio
p arvo
Ratio
p-arvo

A1AG1
Alfa-1-glykoproteiiniin 1
ORM1
0,67
0,0008
1,00
0,5824
A1AG2
Alfa- 1-glykoproteiiniin 2
ORM2
0,68
0,0006
1,00
0,7414
A1AT
Alfa-1-antitrypsiini
SERPINA1
0.50
< 0,0001
1,03
0,6441
A1BG
Alpha-1B-glykoproteiinin
A1BG
0,76
0,0072

1.04
0,5824
A2GL
leusiinirikkaita alfa-2-glykoproteiini
LRG1
0,46
0,0016
0,80
0,4414
AACT
Alfa-1-antikymotrypsiini
SERPINA3
0,54
0,0007
0,97
0,9124
ADIPO
Adiponectin
ADIPOQ
0,41
0,0092
1,60
0,3442
AFAM
Afamin
AFM
1,30
0,0355

1,06
0,5824
ANGI
angiogeniini
ANG
0,30
0,0465
0,24
0,0294
APOA1
apolipoproteiini AI
APOA1
0,47
< 0,0001
1,31
0,0235
APOC1
apolipoproteiini CI
APOC1
0,25
< 0,0001
1,52
0,1183
APOC3
apolipoproteiini Apo C-III
APOC3
1,82

0,0108
1.20
0,5824
APOE
apolipoproteiini E
APOE
0,62
0,0040
1.01
0,6441
APOF
apolipoproteiini F
APOF
0,64
0,0085
0,80
0,5235
APOM
apolipoproteiini M
APOM
0,92
0,4275
1,51
0,0263
C1S
täydennyksessä C1s -aliosa
C1S
0,70
0,0016
1,22
0,0748
CAH1
Hiilihappoanhydraasi 1
CA1
2,96
0,0173
2,41
0,0143
CBG
kortikosteroideja sitovan globuliinin
SERPINA6
0,53
0,0117
1,08
0,7749
CD14
monosyyttien antigeeni CD14
CD14
0.56
0,0033
1.21
0,1658
CERU
keruloplasmiini
CP
0,67
0,0013
1,05
0,6129
cFabin
Täydennä tekijä B
CFB
0,61
0,0006
1,11
0,6441
CO2
täydennyksessä C2
C2
0,64
0,0475
1,57
0,0679
CO4A
Täydennä C4-A
C4A
0,87
0,0435
0,94
0,7749
CO4B
täydennyksessä C4-B
C4B
0,73
0,0127
0.99
0,5526
CO5
täydennyksessä C5
C5
0,77
0,0085
0,91
0,8776
CO6
komplementtikomponentti C6
C6
0,64
0,0013
0,97
0,8431
CO8G
komplementtikomponentti C8 gamma
C8G
0,66
0,0137

1.12
0,4679
CO9
komplementtikomponentti C9
C9
0,42
< 0,0001
0,93
0,9124
CRP
C-reaktiivisen proteiinin
CRP
< 0,01
0,0389
0,15
0,0414
CXCL7
Verihiutaleiden emäksinen proteiini
PPBP
0,83
0,1516
1,53
0,0030
FETUA
Alpha-2-HS-glykoproteiini
AHSG
0,90
0,3095
1.34
0,0068
FHR1
komplementtifaktori H liittyviä prot. 1
CFHR1
0,66
0,0725
1,30
0,0366
GPX3
glutationiperoksidaasi- 3
GPX3
0,92
0,6065</sub>