Identifikavimas proteomos parašais lokaliai išplitusiu ir skrandžio vėžiui Serumas: bandomasis tyrimas

Identifikavimas proteomos parašais lokaliai išplitusiu ir skrandžio vėžiui serumo: bandomasis tyrimas
tezės
Background Viesbutis The skrandžio vėžys yra viena iš labiausiai paplitusių ir mirtingojo vėžio visame pasaulyje. Pradinė besimptomė plėtra ir toliau nespecifinių simptomų sukelti diagnozę prie pažengęs su blogos prognozės. Tačiau kliniškai naudingas biologiniai žymenys yra prieinami šiame piktybinių navikų, ir invazinės virškinimo endoskopija lieka vienintelis patikimas variantas šiuo metu. Taigi, yra atradimas kliniškai naudingas neinvazinę diagnostinę ir /arba prognostinį priemonė kaip alternatyva būtinybė (arba papildyti) dabartiniams diagnostikos įrankius. Čia mes siekiama ieškoti serumo baltymų būdingų vietos ir invazinės skrandžio vėžio
metodai
Pirminio apdorojimo kraujo mėginiai buvo imami iš pacientų, kuriems diagnozuota skrandžio adenokarcinoma tuo kitu ligos stadijoje. 35 pacientai, sergantys vietiškai išplitusio vėžio ir 18 pacientams, sergantiems metastazavusiu vėžiu; 50 sveiki donorams taip pat buvo įtrauktos kaip kontroline grupe. Mažos molekulinės masės frakcija serume proteomos (ty endogeninio peptidome) buvo profiliuoti pagal MALDI-TOF masės spektrometrija, ir kurie buvo identifikuoti ir kiekybiškai visa proteomos komponentų LC-MS /MS karabinai požiūrio.
Rezultatai
daugiakomponentė peptidome parašai buvo atskleista, kad leido gerą diskriminacijos sveikų ir vėžiu sergantiems pacientams, taip pat tarp sergančių vietoje progresavusiu ir metastazavusiu vėžiu. Be to, LC-MS /požiūris atskleidė 49 kraujo serumo baltymų su skirtingais gausos tarp sveikiems donorams ir pacientams, sergantiems vėžiu (daugiausia baltymų, susijusių su uždegimu ir ūminės fazės atsakas). Be to, buvo nustatyta 19 serumo baltymai su skirtingais gausos tarp pacientų, sergančių lokaliai išplitusiu ir metastazavusiu vėžiu (įskaitant baltymų, susijusių su citokinų /chemokino atsako ir metabolizmas nukleino rūgščių). Tačiau nei peptidome profiliavimas, nei staigaus proteomiką metodą
leido aptikti serume komponentus diskriminuoti dviejų pogrupių pacientams, sergantiems vietos liga, arba sukurti ar neatsirado metastazių metu tolesnių. Išvados Viesbutis The molekulinės skirtumų tarp vietiškai išplitusiu ir metastazavusiu skrandžio vėžį, o taip pat daugiau akivaizdūs skirtumai tarp sveikų žmonių ir vėžiu sergantiems pacientams, kurie pažymėti refleksiją kraujo serume, proteomos lygiu. Tačiau mes neturime įrodymų, kad funkcijos paruošiamojo apdorojimo serume proteomos gali nuspėti vėžio sklaidos riziką pacientams, gydytiems dėl vietos ligą. Nepaisant to, pristatytas duomenys patvirtino galimą taikymą serumo proteomos parašo pagrindu biologinis į diagnostikos skrandžio vėžio.
Raktiniai žodžiai
Skrandžio vėžys Ankstyva diagnozė navikai Proteomika biologiniams žymenims faktai
Skrandžio vėžys yra ketvirtoji dažniausia vėžio ir antroji pagrindinė priežastis, dėl vėžio susijusių mirčių visame pasaulyje. Tai vėžys ypač kamuoja populiacijas Rytų Azijoje, Rytų Europoje, ir dalių Centrinėje ir Pietų Amerikoje, ir sergamumas yra dvigubai didesnė vyrų nei moterų [1]. Piktybinių navikų yra susiję su nespecifinių simptomų ar net besimptomė vystymosi ankstyvojoje stadijoje, kurios dažnai sukelia diagnozavimo stadijose. Etapas skrandžio vėžiu stipriai koreliuoja su blogos prognozės. Pagal Nacionalinio vėžio duomenų bazės ataskaitą, 5 metų išgyvenamumas etapo IA buvo 78%, o tai iš esmės sumažėjo kiekviename etape iki maždaug 7% pacientams, kuriems diagnozuotas III B etapas ar IV stadijos liga [2]. Taigi, anksti diagnozuoti skrandžio vėžį gali radikaliai padidinti veiksmingumą gydant ir pagerinti prognozę šiam mirtina liga. Šiuo metu labiausiai efektyvus diagnostikos priemonė aptikimo skrandžio vėžio lieka skrandžio ir žarnyno endoskopija, dar ši invazinė technika yra netinka didelio masto patikrinimo. Deja, nėra alternatyvių neinvaziniai biologiniai žymenys galima, nes dažniausiai naudojami virškinamojo trakto navikų žymenys, pavyzdžiui, CEA, CA 19-9 ar CA 72-4 nepakanka anksti diagnozuoti šią vėžiu dėl jų mažo jautrumo ir specifiškumo (20-30 %) [3-5]. Dauguma skrandžio vėžio atvejų (90%) yra klasifikuojami kaip adenokarcinomos. Visai neseniai keturi molekulinės potipiai skrandžio adenokarcinoma buvo išskirti remiantis genomo profiliavimo pristatytų dėka vėžys genomo Atlas projekto [6]. Tačiau žinios apie molekulinę heterogeniškumo ir biologijos šio vėžio, įskaitant jos plėtros ir mechanizmų progresavimo, išlieka gana ribotas dar. Taigi, skubiai reikia identifikuoti kliniškai reikšmingoms biologinių žymenų susijęs ne tik ankstyvą diagnostiką, bet ir prognozę ir prognozuoti gydymo rezultatus.
Klinikiniai proteomikoje yra svarbus požiūris į atradimą biologinių žymenų skrandžio vėžio [7]. Visuotinai pripažįstama, kad kraujo Proteome yra perspektyvi šaltinis naujų biologinių žymenų šio vėžio, įskaitant ypač vertingų žymekliai ankstyvam ligos ir stebėsenos atsako į gydymą [8]. Masių spektrometrija pagrindu profiliavimas žemos molekulinės masės frakcija serume proteomos, vadinamas endogeninis peptidome atskleidė kelių peptidų parašus su potencialiu taikymo klasifikacija ir diagnozės įvairių rūšių vėžio [9-13]. Keli darbai buvo paskelbta, kad ištirta MALDI /SELDI pagrindu profiliavimas serumas /plazminiu petidome diagnozuoti skrandžio vėžį, kurioje pasiūlytos peptidų parašus, kad leidžiama diskriminuoti sveikiems donorams ir pacientams su skrandžio vėžiu, ar parašus, susijusius su ligos [žinoma ,,,0],14-22]. Keli komponentai Tokių parašų buvo toliau nustatyta, fragmentai KNG1 [18], APOC1 ir APOA2 [19], SAS [20], TBB5 ir TYB4 [22] arba "FIBA [23, 24]. Visai neseniai, iš biologinių žymenų, sudarytų iš kraujo serumo baltymų skydelis anksto atrinktų remiantis ikiklinikinių pelės modelio (afamin, clusterin, VDBP ir haptoglobinas) buvo patvirtintas diskriminuoti skrandžio vėžiu sergantiems pacientams ir pacientams, sergantiems gerybine skrandžio ligų [25]. Nepaisant to, nė vienas iš siūlomų serumo proteomos parašais skrandžio vėžio buvo plačiai priimta ir taikoma klinikinėje praktikoje dar.
Čia mes siekiama apibūdinti proteomos savybes prieš gydymą serume susijęs su rizika metastazių skrandžio vėžio. buvo atliktas dviejų tipų proteominius analizės: (1) mažos molekulinės masės frakcija iš serumo proteomos buvo profiliuoti pagal MALDI-TOF masės spektrometrija, (2) buvo nustatyti ir kiekybiškai įvertinti LC-MS /MS po virškinimo visa proteomos komponentai su tripsinu (a karabinai proteomiką "metodas). Grupės anksčiau negydytiems pacientams, sergantiems lokaliai išplitusiu skrandžio vėžiu ir metastazavusiu krūties vėžiu buvo įtraukti į šį tyrimą (A atitiko grupės sveikų asmenų buvo analizuojamas kaip nuoroda); tokių kompleksinių PROTEOMIKOS analizė buvo atlikta baltųjų pacientų grupėje su skrandžio vėžio pirmą kartą. Serumas Proteome parašas, kad diferencijuoti tarp pacientų su lokaliai išplitusiu vėžiu ir metastazavusiu vėžiu buvo aptiktas šio bandomojo tyrimo, dar YPATUMAI pacientams, sergantiems lokaliai progresavusia liga metu diagnozuoti kuris neturėjo metastazes nepastebėta šiame lygmenyje.
Metodai
Charakteristikos pacientų grupėms
penkiasdešimt trys pacientai, kurių anksčiau negydyta biopsijos įrodyta skrandžio adenokarcinoma buvo kvalifikuoti į šio tyrimo: 35 pacientai, sergantys vietiškai išplitusiu vėžiu, įskaitant 16 pacientų, sergančių metastazių išsivysčiusių gydymo metu arba TOLESNI VEIKSMAI iR 19 pacientams, sergantiems nėra aptikta metastazių metu tolesnių ir 18 pacientams, sergantiems metastazavusiu vėžiu. Pastaroji grupė susidėjo iš keturių pacientų, sergančių toli plitimo į vieno organo ir 14 ligonių, sergančių išplito į daugelio organų; pažeistų organų įtraukti pilvaplėvės (13 atvejai), kepenis (aštuoni atvejai), plaučių (trys atvejai), kitas vietas (aštuoniais atvejais). Apskritai, įtraukimo į tyrimą kriterijai dalyvauja: Rytų kooperatinės onkologijos grupės (ECOG) veiklos statusas 0-2, amžius 20-85 metų, serumo kreatinino lygis < 1,5 mg /dl, serumo bilirubino lygis < 2,0 mg /dl, granulocitų skaičius > 1500 ląstelių /mikrol ir trombocitų > 100000 ląstelių /ml, o atmetimo kriterijai susiję: ankstesnis piktybinis navikas, ankstesnę chirurgija, radioterapija arba chemoterapija. Pirminio apdorojimo sustojimo remiantis fizinę apžiūrą, esophagogastroscopy su biopsijos, KT pilvo ir krūtinės ląstos tyrimas rentgeno ar kompiuterinės tomografijos. Penkiasdešimt lytinius ir atitinkamo amžiaus liga be donorai buvo įtrauktos kaip kontroline grupe. Visi tyrimo dalyviai buvo baltaodžių (~ 65% vyrų) su amžiumi nuotolio 34-74 metų. Iš 1 lentelės matyti išsamesnę informaciją apie analizuojamų grupių. Tyrimas buvo patvirtinta atitinkamos etikos komiteto, ir visi asmenys, kurie dalyvauja šiame tyrime jeigu informuotam sutikimui nurodant jų sąmoningas ir savanoriškas participation.Table 1 Charakteristikos donorų grupių, įtrauktas į studijų pervežimas Grupė /parametras

sveikų
vėžio pacientai (visi atvejai)
pacientai sergantiems lokaliai išplitusiu vėžiu

pacientams, sergantiems metastazavusiu vėžiu
Nėra plitimą

Skleiskite
skaičius (n)
50
53
19
16
18
Lytis (V /M)
30/20
37/16
12/7
13/3
12/6
Amžius (metai)
28-60 (mediana 50)
34-74 (mediana 59)
36-70 (mediana 59)
34-73 (mediana 58)
35-74 (mediana 60)
naviko vietą
viršutinis trečdalis -
15 (28%)
3 (16%)
6 (37%)
6 (33%)
viduriniame trečdalyje -
31 (59%)
13 (68%)
9 (57%)
9 (50%)
apatinis trečdalis -
7 (13%)
3 (16%)
1 (6%)
3 (17%)
histologinis laipsnio
G1-G2 -
16 (30%)
10 (53%)
3 (19%)
3 ( 17%)
G3 -
29 (55%)
8 (42%)
11 (69%)
10 (56%)
Nenurodyta
- CR.LT 8 (15%)
1 (5%)
2 (12%)
5 (27%)
Pirminis navikas
CT1-T3 UAB -
50 (94%)
19 (100%)
16 (100%)
15 (83%)
CT4 -
(6%)
3 0 (0%)
0 (0%)
3 (17%)
Limfmazgių
cN0 -
20 (38%)
13 (68%)
5 (31%)
2 (11%)
CN1-N3 -
33 (62%)
6 (32%)
11 (69%)
16 (89%)
Metastazė (pradinis)
cM0 -
35 (66%)
19 (100%)
16 (100%)
0 (0%)
cM1 -
18 (34%)
0 (0%)
0 (0%)
18 (100%)
grupės pacientams, sergantiems lokaliai išplitusiu vėžiu metu diagnozė buvo dar padalinti į pogrupio kur nors plitimas (kontrolė) arba eilės vėžio sklaidos /plitimo (tolima, metastazės) buvo aptikta
paruošimas serumo mėginiai
paruošiamasis apdorojimas, kraujo buvo surinkta į 5 ml talpos Vacutainer vamzdis ( "Becton-Dickinson), inkubuojamos 30 min kambario temperatūroje, kad būtų galima krešėjimo ir tada centrifuguojamas 1000g
10 min pašalinti krešulys. Serume buvo padalinamas alikvotinėmis dalimis ir saugomi -70 ° C temperatūroje, kol naudojimas
profiliavimo mažos molekulinės masės frakcijos serume proteomos
prieš analizę mėginiai buvo praskiestas 1: 5. Su buferis, kuriame yra 20% acetonitrilo (ACN) ir 25 mM amonio bikarbonatas, ir po to filtruojamas centrifuguojant per Amikon ultra vienetų (50 kDa atskyrimo) pašalinti gausiai didelės molekulinės masės baltymų, ypač albumino. Iš karto prieš analizės mėginiai buvo gėlinta ir koncentruojamas užnešant ZipTip C18 microcolumns (EMD Millipore "), ir tada eliuojami 1 įxL matricos tirpalo (sotaus tirpalo alfa-ciano-4-hidroksi-cinamono rūgšties 30% ACN /H <sub>2O ir 0,1% TFA) tiesiai ant 800 mkm AnchorChip ™ (Brukher Daltonics) plokštės. Analizė buvo atliekama naudojant UltrafleXtreme MALDI-TOF masių spektrometrą (Brukher Daltonics); analizatorius dirbo linijiniu režimu ir teigiami jonai buvo registruojami masės diapazone tarp 1000 ir 12000 Da. Bandiniai buvo pastebėtas egzemplioriais ir kiekvienam vietoje du spektrai buvo įsigytos. Mišios kalibravimas buvo atliktas po to kas ketverius mėginių, naudojant baltymų kalibravimo etalono I (Brukher Daltonics). Tikimybių blokais buvo naudojamas spektrų registravimo, kad būtų išvengta galimo partijos poveikį. Po žalias duomenys buvo eksportuojami į TXT failus ir spektrinės komponentai buvo preprocessed naudojant bioinformatikos algoritmus sukūrė mūsų grupės, kuri įtraukta suvedimas, aptikimo ir pašalinimo išskirčių profilių Dixon Q testas (atskiri spektrai buvo pašalintas iš maždaug 5% mėginių), vidutiniškai techninių kartojasi, pradine pašalinimo ir normalizuoti viso jonų srovė. Spektras išlyginimo, piko skinti, rozdzielników ir statistinė analizė buvo atlikta naudojant Spectrolyzer programinę įrangą (versija 1.0.21.3590, MedicWave).
LC-MS /analizė serumo proteomos komponentų
Serumo mėginiai buvo sumažintas su 5 mm ditiotreitolą už 5 min, esant 95 ° C temperatūroje, tada alkilinamas su 10 mM iodoacetamide 20 min tamsoje kambario temperatūroje, o po to suardomas per naktį 37 ° C su tripsino (Promega). Analizė buvo atliekama DIONEX Ultimate 3000 RSLC nanoLC sistema, prijungta prie K Exactive Orbitrap masės spektrometru (Thermo Fisher Scientific); Kiekvienas mėginys buvo analizuojamas atskirai. Triptinius peptidai (2,5 mikrogramo peptidų) buvo atskirta nuo atvirkštinės fazės Pripažinimas PepMap RSLC nanoViper C18 kolonėlę (75 mkm × 25 cm, 2 mkm granuliavimo) naudojant acetonitrilo gradientas (nuo 4 iki 60%, 0,1% skruzdžių rūgšties) 30 ° kampu C, o srauto greitis 250 NL /min (230 min). Spektrometras veikė duomenų priklausoma MS /MS režimu apklausos nuskaito įgytas esant 70,000 raiška m /z 200 da MS režimu ir 17,500 ne m /z 200 DA MS2 režimu, atitinkamai. Spektrų buvo įrašyti SCAN m /z intervale 300-2000 į teigiamą jonų režimu. Didesnis energijos Zderzeniowy disociacijos (HCD) jonų fragmentacija buvo atliktas su normalizuotų susidūrimo energijos nustatytus iki 25. Baltymų identifikavimas buvo atliekami naudojant Šveicarijos PROT žmogaus duomenų bazę su tikslumo tolerancijos 10 ppm peptidų mases ir 0,05 Da už fragmentas jonų masių. Identifikuotų baltymų gausa buvo apskaičiuotas naudojant MaxQuant 1.4.1.1 programinę įrangą.
Statistiniai ir bioinformatikos analizuoja
Už kiekvieną MALDI masės komponento profilius tarp grupių donorų buvo atliktas naudojant Stjudento t testą po logaritminis transformacijos duomenis palyginimas. Daugiakomponenčiai klasifikatoriai buvo pastatytas ir išbandytas su SVM-paremtą metodą, naudojant Spectrolyzer programinę įrangą (versija 1.0.21.3590, MedicWave). Reikšmė skirtumų gausos baltymų kiekybiškai LC-MS /MS buvo vertinami naudojant t testas arba Mann-Whitney testą, priklausomai nuo normalumo duomenis (tipas pasiskirstymo buvo nustatyta naudojant Šapiro-Wilk testą, Lilliefors testą ir F testas homogeniškumo dispersijų) ir Nemenyi testas poravimas palyginimų. Apskritai, p = 0,05 buvo pasirinkta kaip statistinio reikšmingumo riba, išskyrus MALDI profiliavimo, kurios buvo pateptos Bonferroni korekcija daugkartiniam bandymai. Empirinio PROTEOMIKOS Ontologija Žinių bazės (EPT KB), kuris annotates registruotas m /z reikšmes žinomų peptidų /baltymų [26], buvo įdarbintas priskirti hipotetinę identifikuoti spektrų komponentų (0,5% masės tikslumas riba buvo leista). Sąrašas genų, atitinkančių nustatytus baltymų buvo komentuojami ne GO sąlygomis naudojant gProfiler (http: //biit CS UT ee /gprofiler /...); iš virš atstovavimo laikotarpiu reikšmė buvo įvertintas naudojant irstiniai testą. Siekiant vizualizuoti funkcinius ryšius tarp nustatytų baltymų, atitinkančių genus buvo komentuojami tuo GeneMANIA Cytoscape įskiepiai už kelias sąveikos tinklų (http: //. Puslapių genemania org /įskiepiai /).
Rezultatai
masę. profiliai serume endogeninio peptidome (žemos molekulinės masės frakcija serume proteomos) buvo būdingas MALDI-TOF spektrometrijos visai grupei 53 pacientams, sergantiems skrandžio vėžiu ir 50 suderintų sveikiems donorams. Ši analizė leido įvertinti, bendrą laipsnį skirtumų ir panašumų tarp pogrupių analizuojamų asmenų. Apskritai, 255 spektrinės komponentai (peptidų jonai) buvo išskirti per analizuotą masės diapazone (1a pav.), Ir gausa 101 komponentų atskleidė statistiškai reikšmingą pokytį tarp lyginant grupes (po Bonferroni korekcijos prieš kelis bandymus). 2 lentelė Dovanos numeriai serumo peptidome komponentų, kurie diferencijuotų atskirų grupių donorai. buvo pastebėtas Pagrindiniai skirtumai gausos konkrečių serumo komponentų tarp vėžiu sergančių pacientų ir sveikų donorų (apie 39% registruotų komponentų Atskleisti statistiškai reikšmingų skirtumų). Dideli skirtumai taip pat buvo pastebėta tarp pacientų su lokaliai išplitusiu vėžiu (visi atvejai) ir pacientams, sergantiems metastazavusiu vėžiu (apie 9% registruotų komponentų Atskleisti statistiškai reikšmingų skirtumų); tai Pažymėtina, kad buvo pastebėtas panašūs numeriai diferencijuoti komponentų, kai pacientams, sergantiems metastazavusiu vėžiu, palyginus su abiejų pogrupių su vietos ligą atskirai (t.y. grupė, kurioje buvo aptikta tolima plitimas vėžio per tolesnius veiksmus ir grupės be įrodymų ligos). Nuosekliai, gerai atliekantys klasifikatoriai gali būti pastatytas remiantis bruožų serume peptidome, kad atskirtų, palyginti grupes sveikiems donorams ir pacientams, sergantiems vietiškai išplitusiu ar metastazavusiu vėžiu (AUC priemonę SVM-paremtą klasifikatorių buvo virš 90% kiekvienu atveju). Ryškiai, statistiškai reikšmingas skirtumas buvo aptiktas, kai buvo lyginami du pogrupiai pacientų sergantiems lokaliai išplitusiu vėžiu (kurie arba išsivysčiusi ar ne sukūrė metastazių metu tolesnių) (iš SVM-paremtą klasifikatoriaus AUC buvo mažesnis nei 50%). 1b paveiksle pateikiamas pavyzdžių serumo peptidome komponentų su labai skiriasi gausos tarp lyginant grupes. Tai Pažymėtina, kad tarp petidome komponentų, kurie diferencijuotų tiek sveikų nuo vėžio ir pacientams, sergantiems lokaliai išplitusiu vėžiu pacientų su metastazavusio buvo keletas komponentų, kurie putatively atitiko fragmentai fibrinopeptide A (FIBA). Apėmė komponentai su registruotu m /z vertės 1088.7, 5903.5 ir 5916,6 da reikšmingai downregulated kraujo serume pacientams, sergantiems vėžiu, ir komponentai, 1469.9 ir 1626.0 Da su žymiai didesnėmis gausos kraujo serume pacientams, sergantiems metastazavusiu krūties vėžiu, nei pacientams, sergantiems lokaliai išplitusiu vėžiu (žr . 1b; Papildoma failą 1: lentelė S1). Mes išvadą, kad molekuliniai skirtumai tarp lokaliai išplitusiu ir skrandžio vėžiui (taip pat skirtumus tarp sveikų asmenų ir pacientų, sergančių skrandžio vėžiu apskritai) turi refleksiją serumo peptidome lygiu. Tačiau bruožai peptidome paruošiamojo apdorojimo serume gali būti tikėtina taikomas prognozės ligos plitimui per /po gydymo. Pav. 1 profilis serume endogeninio peptidome pacientams, sergantiems skrandžio vėžiu. minimalus vidutinis masės spektras į 1000-10,000 Da diapazone. b pavyzdžiai serumo peptidome komponentų, kurie gausa buvo skirtingi mėginių iš sveikų ir įvairių grupių pacientams, sergantiems skrandžio vėžiu. Boxplots
parodyti minimumą, sumažinti kvartilis, mediana, viršutinę kvartilis, maksimalius dydžius, ir nutolę; žvaigždutes
pažymėti reikšmingi skirtumai (p < 0,05 su Bonferroni korekcijos)
2 lentelė Skaičiai serumas peptidome komponentų gausos skiriasi lyginant grupių asmenų
Grupės /skirtumai
Valdymo vs Vėžys (visi atvejai)
lokaliai progresavusiam vs metastazavusiu vėžiu

Vietinis /plitimas vs metastazavusiu vėžiu
Vietinis /plitimo vs metastazavusiu vėžiu
vietinis /plitimas vs vietos /plitimo vėžio
N
50 vs 53
35 vs 18
19 vs 18
16 vs 18
19 vs . 16
p < 0,05
182
88
74
75
11
FDR
7%
14%
17%
17%
100%
p < 0,05 /Bonferroni
101
23
11
16
0
AUC (SVM)
0.94 0.91
0.92
0,97
0.48
Parodyta yra numeriai diferencijuojant komponentus, kurie pasiekė ribą Statistinis reikšmingumas p = 0,05 (su atitinkamomis FDR įvertinimą) arba slenkstį sustiprintą su Bonferroni korekcijos, ir galia SVM klasifikatorius pastatytas iš peptidome komponentų (būdingas AUC vertė)
antrame žingsnyje mes atrinko 12 sveikų donorų ir dešimties pacientų iš kiekvienos vėžio pogrupio užtikrinti panašaus amžiaus (medianas apie 56 metų), o dalį lyčių (apie 80% vyrų) į palyginti pogrupius. Šie pavyzdžiai buvo naudojami atlikti tolesnę analizę, remiantis šautuvo LC-MS /MS metodu. Apskritai, apie 450 baltymai buvo nustatyta tirtų serumo mėginiuose. Lygiai 234 kraujo serumo baltymų buvo kiekybiškai surinktų iš kiekvieno 42 asmenų mėginių, įskaitant 129 unikalių serumo baltymų, nesusijusių su imunoglobulinų (105 imunoglobulinų ir Ig susijusių baltymų, taip pat spėjamas nežinomo baltymų, buvo pašalinti iš tolesnės analizės); išsamūs duomenys pateikiami papildomame faile 1: Stalas S2. Nebuvo 49 serumo baltymų turintys gausos skirtingų tarp sveikiems donorams ir pacientams, sergantiems skrandžio vėžiu (p reikšmė < 0,05; Apskaičiuota FDR vertė = 13%): 41 baltymai buvo aktyvinama o aštuoni baltymai buvo downregulated kraujo vėžiu sergančių pacientų (baltymų lentelėje išvardytų 3; 2 pavyzdžiai pav).. Tai Pažymėtina, kad panašūs modeliai vėžio susijusių ląstelę arba downregulation serumo baltymų buvo pastebėtas visi ten pogrupių vėžiu sergančių pacientų (nors mažesnio dydžio tirtų grupių gali sumažinti statistinį reikšmingumą skirtumų, žr Papildoma failą 1: Stalas S3). Be to, ten buvo 19 serumo baltymų turintys gausos skirtingų tarp pacientų su lokaliai išplitusiu ir metastazavusiu vėžiu (p reikšmė < 0,05; Apskaičiuota FDR value = 34%): trys baltymai buvo aktyvinama o 16 baltymai buvo downregulated kraujyje pacientams, sergantiems metastazavusiu krūties vėžiu. Tai Pažymėtina, kad gausa C-reaktyviojo baltymo ir angiogenin paprastai aktyvinama visų vėžio mėginiai toliau didėjo metastazavusiu mėginių, o gausa karboanhidrazės 1 paprastai downregulated vėžiu mėginių toliau mažėjo metastazavusiu mėginių (3 lentelė). Be to, modeliai skirtumų tarp mėginių iš pacientams, sergantiems metastazavusiu vėžiu ir visiems pacientams, sergantiems vietos ligos buvo palikti, kai du mažesni pogrupiai pacientų sergantiems lokaliai išplitusiu vėžiu buvo Porinis palyginti su metastazavusiu vėžiu (žr Papildoma failą 1: Stalas S4). Kita vertus, gausa tik vienas baltymo (antitrombino-3) nustatytas statistiškai reikšmingas skirtumas, kai buvo palyginti abi pacientams, sergantiems lokaliai išplitusio vėžio pogrupių (gausa šio baltymo buvo didžiausias grupės pacientams, sergantiems vietos liga, kuri Neskleiskite metu Sekti). Mes išvadą, kad kelių baltymų parašas gali būti nustatyti iš anksto valymo serumo mėginiuose skrandžio vėžiu sergantiems pacientams, kurie nukentėjo nuo abiejų lokaliai progresavusio arba metastazavusio klasifikacija. Tačiau bruožai proteomos serume negalėjo atskirti pacientus su vietos liga, kuri plinta per tolesnius po treatment.Table 3 diferencijavimas serumo baltymų
Baltymai pavadinimas
Baltymai pavardę pervežimas pervežimas Gene pavadinimas
Valdymo /vėžys

local /metastazavusiu

santykis
p reikšmė
Santykis pervežimas pervežimas p reikšmė

A1AG1
alfa-1 rūgščiojo glikoproteino 1
ORM1
0,67
0,0008
1.00
0,5824
A1AG2
alfa 1-rūgšties glikoproteinas 2
ORM2
0,68
0,0006
1,00 0,7414
A1AT
Alfa-1 antitripsino
SERPINA1
0,50
< 0,0001
1.03
0,6441
A1BG
Alfa-1B-glikoproteino
A1BG
0.76
0.0072

1,04
0,5824
A2GL
Leucinas turtingas alfa-2-glikoproteino
LRG1
0.46
0,0016
0,80
0.4414
AACT
alfa-1 antichymotrypsin pervežimas SERPINA3 pervežimas 0,54 pervežimas pervežimas 0.0007 pervežimas pervežimas 0,97 pervežimas 0.9124 pervežimas Adipo
adiponektino
ADIPOQ
0,41
0,0092
1.60
0,3442
AFAM
Afamin
AFM
1.30
0,0355

1,06
0.5824
Angi
Angiogenin
Ang
0,30
0,0465
0,24
0,0294
APOA1
apolipoproteino AI
APOA1
0,47
< 0,0001
1.31
0,0235
APOC1
apolipoproteinų PI
APOC1
0,25
< 0,0001
1.52
0,1183
APOC3
Apolipoproteinų, C-III
APOC3
1.82

0,0108
1.20
0,5824
APOE
apolipoproteino E
APOE
0,62
0,0040
1.01
0,6441
APOF
apolipoproteino F
APOF
0,64
0,0085
0,80
0,5235
APOM
apolipoproteino m
APOM
0,92
0,4275
1.51
0,0263
C1S
komplemento C1S ingrediento
C1S
0,70
0,0016
1.22
0,0748
CAH1
karboanhidrazės 1
CA1
2.96
0,0173
2.41
0,0143
CBG
kortikosteroidus surišančio globulino
SERPINA6
0,53
0,0117
1.08
0,7749
CD14
monocitų antigeno CD14
CD14 pervežimas 0,56
0,0033
1.21
0,1658
ceru
ceruloplazminu
KP
0,67
0,0013
1,05
0,6129
CFAB
Papildykite faktoriaus B
CFB
0.61

0,0006

1.11
0,6441
CO2
komplemento C2
C2
0,64
0,0475
1.57
0,0679
CO4A
Papildykite C4-A
C4A
0,87

0.0435
0.94
0,7749
CO4B
komplemento C4-B
C4B
0,73
0,0127
0.99
0.5526
CO5
komplemento C5
C5
0,77
0,0085
0.91
0,8776
CO6
Papildykite komponentų C6
C6
0,64
0,0013
0,97
0,8431
CO8G
Papildykite komponentų C8 gama
C8G
0,66
0,0137

1.12
0,4679
CO9
Papildykite komponentas C9
C9
0,42
< 0,0001
0.93
0,9124
CRB
C reaktyvusis baltymas
CRB
< 0,01
0,0389
0,15
0,0414
CXCL7
Trombocitų pagrindinė baltymų
PPBP
0.83
0,1516
1.53
0,0030
FETUA
Alfa-2-SS-glikoproteino
AHSG
0.90
0,3095
1.34
0,0068
FHR1
Papildykite faktoriaus H susijusių PROT. 1
CFHR1
0,66
0,0725
1.30
0,0366
GPX3
glutationas peroksidazės 3
GPX3
0,92 pervežimas 0.6065</sub>