Identifikatioun vun serum proteome Ënnerschrëfte vu lokalen fortgeschratt a metastatic gastric Kriibs: e Pilot Etude

Identifikatioun vun serum proteome Ënnerschrëfte vu lokalen fortgeschratt a metastatic gastric Kriibs: e Pilot Etude VerfÜgung méiglech VerfÜgung Background VerfÜgung D'gastric Kriibs ass eng vun de meeschte gemeinsam an déidlech Kriibs weltwäit. Déi initial asymptomatic Entwécklung a weider nonspecific Symptomer Resultat zu Diagnos um fortgeschratt Etapp mat aarmséileg hätt. Nach, kee klinesch nëtzlech biomarkers sinn fir dëst malignancy sinn, an invasiv gastrointestinal endoscopy bleift déi eenzeg zouverlässeg Optioun am Moment. Dofir, et ass e Besoin fir Entdeckung vun klinesch nëtzlech noninvasive diagnostic an /oder prognostic Instrument wéi eng alternativ (oder komplementar) fir aktuell diagnostic Handwierksgeschir. Hei anzeschätzen mir fir serum Proteinen charakteristesch fir lokal an invasiv gastric Kriibs VerfÜgung Method VerfÜgung Pre-Behandlung Bluttprouwen sech vu Patienten gesammelt mat festgestallte gastric adenocarcinoma op der anerer Etapp vun der Krankheet ze sichen:. 35 Patiente mat lokalen fortgeschratt Kriibs an 18 Patiente mat metastatic Kriibs; 50 gesond Donateuren sech och als eng Kontroll Grupp abegraff. Déi niddreg-molekulare-Gewiicht Ëmwandlung vun serum proteome war vun der Mass spectrometry MALDI-Ënnerportal profiléiert (dh, endogenous peptidome), an de ganzen proteome Komponente sech vum LC-MS /MS Gewier Approche identifizéiert an zum laachen. VerfÜgung Resultater
Multicomponent peptidome Ënnerschrëfte waren Teamchef gutt Diskriminatioun tëscht gesond Kontrollen a Kriibs Patienten, souwéi tëscht Patienten mat lokalen fortgeschratt a metastatic Kriibs erlaabt. Desweideren, datt e LC-MS /MS Approche 49 serum Proteinen mat verschiddene Heefegkeeten tëscht gesond Donateuren a Kriibs Patienten (virun allem am Zesummenhang Proteinen mat inflammation a Fouss Phase Äntwert). Ausserdeem, 19 serum Proteinen mat verschiddene Heefegkeeten tëscht Patienten mat lokalen fortgeschratt a metastatic Kriibs sech identifizéiert (dorënner Proteinen verbonne mat cytokine /chemokine Äntwert an ukuerbelt vun definitiv Saieren). weder peptidome profiling nach Gewier proteomics Allerdéngs Approche fonnt erlaabt serum Komponente tëscht zwee subgroups vun Patienten mat lokal Krankheet discriminating deen entweder entwéckelt oder net entwéckelen Investitiounen am Suivi. VerfÜgung Konklusiounen VerfÜgung D'molekulare Ënnerscheeder tëschent lokale fortgeschratt a metastatic gastric Kriibs, wéi och méi kloer Ënnerscheeder tëscht gesond Persounen a Kriibs Patienten, hunn Reflexiounen um Niveau vun serum proteome markéiert. Allerdéngs hu mir och keng Beweiser déi Fonctiounen vun Pre-Behandlung serum proteome e Risiko vu Kriibs Weiderleede vun Patienten behandelt wéinst lokal Krankheet soe konnt. Trotzdem, presentéiert Donnéeën Potential Dës engem serum proteome Ënnerschrëft-baséiert uweist zu Diagnos vun gastric Kriibs confirméiert. VerfÜgung Schlësselwieder VerfÜgung Mo. Kriibs Early Diagnos Neoplasms Proteomics biologesch lues Background VerfÜgung Gastric Kriibs ass déi véiert stäerkste gemeinsam Kriibs an der zweete Spëtzekandidat Ursaach vum Kriibs-Zesummenhang Doud weltwäit. Dëse Kriibs besonnesch afflicts Populatiounen vun Osten Asien, an Osteuropa, an Deeler vun Central a Südamerika, an den morbidity Taux ass zweemol méi héich fir Männer wéi Fraen [1]. D'malignancy ass mat nonspecific Symptomer verbonnen oder souguer asymptomatic Entwécklung vun hire Grondsteen, déi um Bal Etappen am Diagnos Resultater oft. Etapp vun gastric Kriibs deemolegt Weltbild staark mat aarmséileg hätt. Laut dem Rapport National Cancer Data Base, 5-Joer Iwwerliewe Tarif fir Etapp IA war 78% an et waren nëmmen méi op all Etapp fir ronn 7% fir mat Etapp IIIB oder Bühn IV Krankheet diagnostizéiert Patienten [2]. Sou, kéint fréi Diagnos vun gastric Kriibs radikal Efficacitéit vun Behandlung Erhéijung an hätt fir dës fatale Krankheet verbesseren. Am Moment huet d'effizientesten diagnostic Outil fir ze erkennen gastric Kriibs bleift engem gastrointestinal endoscopy, nach dëst invasiv technique ass net gëeegent fir grouss-Skala Kontroll. Leider gëtt et keng Alternativ Net-invasiv biomarkers sinn, well de Toast gastrointestinal entholl lues wéi CEA, CA 19-9 oder CA benotzt 72-4 fir fréi Diagnos vun dëser Kriibs wéinst hirem nidderegen Empfindlechkeet a Spezifizitéit genuch sinn (20-30 %) [3-5]. Majoritéit vun gastric Kriibs Fäll (iwwer 90%) sinn als adenocarcinomas klassifizéiert. Méi kuerzem véier molekulare bestemmt vun gastric adenocarcinoma sech op Frankräich profiling geliwwert merci fir d'Cancer Genom Atlas Projet ënnerscheeden [6]. Allerdéngs bleift d'Wëssen op molekulare heterogeneity a Biologie vun dëser Kriibs, dorënner seng Entwécklung a Mechanisme vun Werdegang, zimlech limitéiert nach. Dofir, beschäftegt sech eng dréngend brauchen fir Identifikatioun vun klinesch relevant biomarkers net nëmmen den fréi Diagnos awer och hätt an Cepheid vun Behandlung Resultat. VerfÜgung Séminairen proteomics ass eng wichteg Approche zu Entdeckung vun biomarkers vun gastric Kriibs [7]. Et ass allgemeng ugeholl, datt Blutt proteome eng villverspriechend Quell vun Roman biomarkers vun dëser Kriibs ass, dorënner besonnesch wäertvoll lues fir fréi ze erkennen vun der Krankheet an Iwwerwachung vun Äntwert ze färten [8]. Mass spectrometry-baséiert profiling vun der Héich-molekulare-Gewiicht Ëmwandlung vun serum proteome, sou endogenous peptidome genannt, Teamchef Multi-peptide Ënnerschrëfte mat Potential Dës zu Klassifikatioun an Diagnos vun verschidden Kriibs Zorte [9-13]. E puer Wierker goufen publizéiert datt MALDI /SELDI-baséiert profiling vun serum /Plasma petidome fir Diagnos vun gastric Kriibs lant, deen peptide Ënnerschrëfte proposéiert, datt gesond Donateuren a Patienten mat gastric Kriibs erlaabt discriminating, oder mat engem Cours vun enger Krankheet [verbonne Ënnerschreften ,,,0],14-22]. Verschidden Deeler vun esou Ënnerschrëfte sech weider als Fragmenter vun KNG1 identifizéiert [18], APOC1 an APOA2 [19], Saá [20], TBB5 an TYB4 [22] oder FIBA ​​[23, 24]. Méi kuerzem, gouf tëscht gastric Kriibs Patienten an Patient mat benign gastric Krankheeten [25] zu diskriminéieren Pre-ausgewielt engem Rot vu biomarkers vun serum Proteinen komponéiert baséiert op preclinical Maus Modell (afamin, clusterin, VDBP an haptoglobin) validéiert. Trotzdem, keent vun proposéiert serum proteome Ënnerschreften vun gastric Kriibs ass iwwerall akzeptéiert an nach an Medeziner Praxis applizéiert. VerfÜgung Hei anzeschätzen mir proteome Charakteristike vun Pre-Behandlung serum mat Risiko Metastasen vun gastric Kriibs verbonne zu Markenzeeche. Zwou Zorte vun proteomic analyséiert goufen gesuergt: (1) de niddereg-molekulare-Gewiicht Ëmwandlung vun serum proteome war profiléiert vun der MALDI-Ënnerportal Mass spectrometry, (2) d'ganzt proteome Komponente sech identifizéiert an zum laachen vum LC-MS /MS der Verdauung mat trypsin (eng "Gewier proteomics" Approche). Gruppe vu virdrun onbehandelt Patienten mat lokalen fortgeschratt gastric Kriibs an metastatic Krankheet sech zu dëser Etude Coursë (e reagéiert Grupp vun gesond Persounen war als Referenz analyséiert); esou ëmfaassend proteomic Analyse gouf vun engem Grupp vun Caucasians Patienten mat gastric Kriibs fir d'éischte Kéier opgeféiert. Serum proteome Ënnerschrëft datt tëscht Patienten mat lokalen fortgeschratt Kriibs an metastatic Kriibs ënnerscheet sech vun deem Pilot Etude festgestallt, nach Fonctiounen spezifesch fir Patiente mat lokalen fortgeschratt Krankheet op Zäit vun Diagnos, déi schlussendlech entwéckelt Investitiounen sech net op dësem Niveau observéiert. VerfÜgung Method
Charakteristiken vum Patient Gruppen zu fofzeg-dräi Patienten mat virdrun onbehandelt Fro-bewisen huet gastric adenocarcinoma an dëser Etude qualifizéiert: 35 Patiente mat lokalen fortgeschratt Kriibs, dorënner 16 Patiente mat Metastasen während Therapie entwéckelt oder Suivi an 19 Patiente mat kee Metastasen während Suivi fonnt, a 18 Patiente mat metastatic Kriibs. De Fonds Grupp aus véier Patienten mat wäit verbreet ze Single Uergel an 14 Patiente mat gestaut Multiple Uergel; Équipe Organer abegraff peritoneum (13 Fäll), Liewer (aacht Fäll), haett (dräi Fäll), aner Plazen (aacht Fäll). Am Allgemengen, Inklusioun Critèren Équipe: Osteuropa Coopérative Zukunft Group (ECOG) Leeschtung Status vun 0-2, Alter 20-85 Joer, serum creatinine Niveau &Si besteet; 1,5 mg /dl, serum bilirubin Niveau &Si besteet; 2.0 mg /dl, engem granulocyte zielen > 1500 Zellen /μl an enger platelet Grof > 100.000 Zellen /μl, iwwerdeems Exklusioun Critèren Équipe: virdrun malignancy, virdrun betäubt, radiotherapy Chimiotherapie goen. D'pretreatment Stadium op kierperlech Ënnersichung baséiert, esophagogastroscopy mat biopsies, CT vun de Polizisten beleidegt an Broscht Ënnersichung vum X-Ray oder CT. Fofzeg sex- an Alter-stemmt Krankheet-gratis vertruede waren wéi enger Kontroll Grupp abegraff. All Etude souzen Caucasians (~ 65% Männer) mat dem Alter an der Rei 34-74 Joer. Table 1 weist méi detailléiert Informatiounen iwwer analyséiert Gruppen. D'Etude gouf vun der passenden IFLA- Comité ofgeseent, an all Leit, déi am Kader vun dëser Etude gëtt Awëllegung besot hunn, bewosst a fräiwëlleg participation.Table 1 Charakteristiken vun Donateur Gruppen wéi iwwregens an der Etude VerfÜgung Group /Parameter VerfÜgung gesond Kontroll
Cancer Patienten (all Fäll)
kennen mat lokalen fortgeschratt Kriibs
kennen mat metastatic Kriibs VerfÜgung Nee verbreet

Op
Number (n) VerfÜgung 50 zu 53 zu 19 zu 16 zu 18 VerfÜgung Sex (M /F) VerfÜgung 30/20 VerfÜgung 37/16 VerfÜgung 12/7 zu 13/3 zu 12/6 VerfÜgung Alter (Joer) VerfÜgung 28-60 (Steiren 50) VerfÜgung 34-74 (Steiren 59)
36-70 (Steiren 59) VerfÜgung 34-73 (Steiren 58) VerfÜgung 35-74 (Steiren 60) VerfÜgung entholl Standuert VerfÜgung Uewerstad drëtt VerfÜgung - VerfÜgung 15 (28%) VerfÜgung 3 (16%) zu 6 (37%) zu 6 (33%) zu Middle drëtt VerfÜgung - VerfÜgung 31 (59%) 13 (68%) VerfÜgung
9 (57%) VerfÜgung 9 (50%) VerfÜgung niddreg drëtt VerfÜgung - VerfÜgung 7 (13%) VerfÜgung 3 (16%) VerfÜgung 1 (6%)
3 (17%) VerfÜgung Histological Schouljoer VerfÜgung G1-G2 VerfÜgung - VerfÜgung 16 (30%) zu 10 (53%) VerfÜgung 3 (19%) VerfÜgung 3 ( 17%) VerfÜgung G3 VerfÜgung - VerfÜgung 29 (55%) zu 8 (42%) zu 11 (69%) zu 10 (56%) VerfÜgung net uginn
- VerfÜgung 8 (15%) VerfÜgung 1 (5%) VerfÜgung 2 (12%) VerfÜgung 5 (27%) VerfÜgung primär entholl VerfÜgung cT1-T3 VerfÜgung -
50 (94%) zu 19 (100%) 16 (100%)
15 (83%) VerfÜgung cT4 VerfÜgung - VerfÜgung 3 (6%) VerfÜgung 0 (0%) VerfÜgung 0 (0%) VerfÜgung 3 (17%) VerfÜgung Lymph Node VerfÜgung cN0 VerfÜgung - VerfÜgung 20 (38%) zu 13 (68%) VerfÜgung 5 (31%) zu 2 (11%) VerfÜgung CN1-N3 VerfÜgung - VerfÜgung 33 (62%) zu 6 (32%) zu 11 (69%) VerfÜgung 16 (89%) VerfÜgung Metastasen (éischter) VerfÜgung cM0 VerfÜgung - VerfÜgung 35 (66%) zu 19 (100%) VerfÜgung 16 (100%) VerfÜgung 0 (0%) VerfÜgung cM1 VerfÜgung - VerfÜgung 18 (34%) VerfÜgung 0 (0%) VerfÜgung 0 (0%) VerfÜgung 18 (100%) VerfÜgung Group vun Patienten mat lokalen fortgeschratt Kriibs bei Zäit vun Diagnos sech weider gedeelt war Ënnergrupp wou entweder kee verbreet (Kontroll) oder Verbreedung hannereneen Kriibs /verbreet (wäiter Metastasen) nogewise gouf VerfÜgung Virbereedunge serum Echantillon VerfÜgung Blutt Pre-Behandlung gesammelt huet an engem 5 ml Vacutainer Tube (Becton-Dickinson), fir 30 min bei Raumtemperatur incubated ze erlaben Brittany an dann fir 10 min bei 1000g VerfÜgung centrifuged d'Bluddung ze läschen. D'serum war bei -70 ° C bis benotzen aliquoted an gespäichert VerfÜgung Profiling vum Héich-molekulare-Gewiicht Ëmwandlung vun VerfÜgung serum proteome Ier Analyse Echantillon waren 1 verdënntem:. 5 mat gefiermt 20% acetonitrile (ACN) mat an 25 mm ammonium bicarbonate, an duerno vun centrifugation duerch Amicon Ultra Eenheeten (50 kDa präventive) fir d 'räich héich-molekulare Gewiicht Proteinen Filter, besonnesch albumin. Direkt virun Analyse Echantillon sech duerch Luede op ZipTip C18 microcolumns (EMD Millipore) desalted a konzentréiert, an dann mat 1 μl vun Matrixentgasung Léisung (Boverie Léisung vun alpha-cyano-4-hydroxy-cinnamic Seier an 30% ACN /H _{2O an 0,1% TFA) direkt op der 800 μm AnchorChip ™ (Bruker Daltonics) Plack. D'Analyse gouf gemaach andems en UltrafleXtreme MALDI-Ënnerportal Mass Spektrometer (Bruker Daltonics); den Organer hunn an der linear Modus, a positiv Protonen sech an der Mass Rei tëscht 1000 an 12.000 Da opgeholl. D'Echantillon waren am zweete a fir all Fleck zwee Spektren sech Qualifikatiounen iewer. Mass Eechung war no all véier Echantillon benotzt Protein Eechung Standard ech (Bruker Daltonics) gesuergt. Randomization an spären war am Spektren Umeldung fir eng méiglech gefouert Effekt ze verhënneren. Uschléissend der raw Daten ze TXT Fichieren exportéiert war an der Spektralklass Komponente sech preprocessed vun eisem Grupp geschaf Bioinformatik algorithms benotzt, déi Formatioun och, Detectioun an Entféierung vun sou vill Senn maan Profiler vun Dixon d'Q Test (Single Spektre vu ronn 5% vun Echantillon geläscht goufen), averaging vun technesch Widerhuelung, baseline Entféierung an normalization vun der total ioun aktuell. D'Spektren smoothing, Héichpunkt hierhalen, binning a statistesch Analyse huet mat standing Spectrolyzer Software (Versioun 1.0.21.3590, MedicWave). VerfÜgung LC-MS /MS Analyse vun serum proteome Komponente VerfÜgung Serum Echantillon mat 5 mm dithiothreitol reduzéiert sech fir 5 min bei 95 ° C, dann alkylated mat 10 mm iodoacetamide fir 20 min an der Däischtert bei Raumtemperatur, an duerno Nuecht op 37 ° C mat trypsin (Promega) verdaut. D'Analyse gouf op Dionex Ultimate 3000 RSLC nanoLC System verbonne standing zu Q Exactive Orbitrap Mass Spektrometer (Thermo Fisher Wëssenschaftlech); all Prouf war getrennt analyséiert. Tryptic peptides (2,5 μg vun peptides) sech op ëmgedréint Phase vergiess PepMap RSLC Kolonn nanoViper C18 getrennt (75 μm × 25 cm, 2 μm Granulatioun), andeems der acetonitrile packt (vu 4 bis 60%, an 0,1% formic Seier) bei 30 ° C an engem Flux Taux vu 250 NL /min (fir 230 min). D'Spektrometer war an der Daten-ofhängeg MS /MS Mode mat Ëmfro Katalogiséierung chrétienne op eng Opléisung vun 70.000 op m /Z 200 Da zu MS Mode an 17.500 bei m /Z 200 Da zu MS2 Modus, bzw. Fonctionnementskäschten. D'Spektren waren am Scanner m /Z Palette 300-2000 am positive ioun Modus opgeholl. Héich Energie collisional dissociation (HCD) ioun véiermol war mat normalized Kollisioun Energien gesaat 25. Protein Identifikatioun Leeschtung war fir peptide schwéier mat enger Präzisioun Toleranz 10 ppm Mënsch Datebank Schwäizer-PROT standing benotzt an 0,05 Da fir ofgesprengt ioun Sonnemassen. D'Heefegkeeten vun identifizéiert Proteinen goufen ugeholl MaxQuant 1.4.1.1 Software benotzen. VerfÜgung statistique a Bioinformatik Analysë VerfÜgung Fir all Komponent vun MALDI Mass Profiler de Verglach tëscht Gruppe vun Donateuren Leeschtung war den t Test no Mooss Transformatioun vun Daten de Student benotzt. Multi-Komponent classifiers ware gebaut a mat der SVM-baséiert Approche getest benotzt Spectrolyzer Software (Versioun 1.0.21.3590, MedicWave). Bedeitung vun Differenzen an Heefegkeeten vun Proteinen vun LC-MS /MS laachen sech mat der t Test oder de Mann-Whitney Test je Normalitéit vun Donnéeën (Typ vun Verdeelung évaluéieren gouf ugeholl der Shapiro-Wilk Test mat, der Lilliefors Test an de F Test fir homogeneity vun variances), an der Nemenyi Test fir pairwise Vergläicher. Am Allgemengen, p = 0,05 war ausser MALDI profiling wéi engem statisteschen Bedeitung loung ausgewielt wou de Bonferroni Verbesserung fir Multiple Testen applizéiert gouf. D'Empiresch Proteomic Ontologie Knowledge Base (wire-KB), déi ugemellt m /Z Wäerter ze bekannt peptide /Proteinen [26] annotates, war hypothetesch Identifikatiouns- vun der Spektal Komponente (0,5% Mass Genauegkeet Plafong war Nodeems) zu uginn agestallt. Lëscht vun de Genen ze identifizéiert Proteinen entspriechend war um GO Begrëffer forcéiert gProfiler benotzt (http: //biit CS féier ee /gprofiler /...); d'Bedeitung vun de Begrëff iwwer-Representatioun war mat der hypergeometric Verdeelung Test évaluéieren. Fir funktionell Relatiounen tëscht identifizéiert Proteinen ze visualiséieren Genen entspriechend waren um GeneMANIA Cytoscape Plugin fir Passerelle Interaktioun Netzwierker forcéiert (http:. //Säiten genemania org /Plugin /.) VerfÜgung Resultater VerfÜgung Mass. endogenous peptidome Profiler vun der serum (déi héich-molekulare-Gewiicht Ëmwandlung vun serum proteome) waren déi MALDI-Ënnerportal spectrometry am ganze Grupp vun 53 Patiente mat gastric Kriibs an 50 reagéiert gesond Donateuren charakteriséiert. Dës Analyse erlaabt eis gesamt Ofschloss vun Differenzen an souvill tëscht subgroups vun analyséiert Individuen fir Asses. Am Allgemengen, 255 Spektralklass Komponente (peptide Protonen) waren ënnerscheeden am analyséiert Mass Gamme (Figebam. 1a), an Heefegkeeten vun 101 Komponente réischt statistesch Blannschlécher ënnert Verglach Gruppen (no der Bonferroni Korrektur géint Multiple test). Table 2 Klengegkeeten Zuelen vun serum peptidome Komponente datt besonnesch Gruppen vun Donateuren ënnerscheet. Déi grouss Differenzen an Heefegkeeten vun spezifesch serum Komponente sech tëscht Kriibs Patienten a gesond Donateuren (ongeféier 39% vun ugemellt Komponente reveled statistesch Differenze) observéiert. Grouss Ënnerscheeder waren och tëscht Patienten mat lokalen fortgeschratt Kriibs (all Fäll) an Patienten mat metastatic Kriibs (ronn 9% vun ugemellt Komponente reveled statistesch Differenze) observéiert; dëst ass wichteg, datt ähnlech Zuel vun aneren Deeler observéiert goufen, wann Patienten mat metastatic Kriibs mat béiden subgroups mat lokal Krankheet Verglach sech getrennt (i.e., Grupp wou wäit verbreet vun Kriibs während Suivi an Grupp ouni Beweiser vun Krankheet erwëscht gouf). Coherently, gutt leeschtungsfäeg classifiers op Charakteristike vun serum peptidome gebaut Basis ginn hätt, datt mat lokalen avancéiert oder metastatic Kriibs getrennt Verglach Gruppe vun gesond Donateuren a Patienten (déi AUC Moossnahm fir SVM-baséiert classifier iwwer 90% an all Fall war). An markéiert Kontrast, war kee statistesch groussen Ënnerscheed fonnt wou zwee subgroups vun Patienten mat lokalen fortgeschratt Kriibs (deen entweder entwéckelt oder net Metastasen während Suivi entwéckelt) verglach huet (den AUC vun SVM-baséiert classifier ënner 50% ass). Figur 1b Kaddoen Beispiller vun serum peptidome Komponente mat vill verschiddene Heefegkeeten ënnert Verglach Gruppen. Dëst ass remarkabel dass ënnert petidome Komponente datt souwuel gesond Kontrolle vu Kriibs Patienten an Patienten aus Patienten mat metastatic Krankheet mat lokalen fortgeschratt Kriibs ënnerscheet et zu Fragmenter vun fibrinopeptide A (FIBA) verschidden Deeler datt putatively gehéiert huet. Dës abegraff Komponente mat registréiert m /Z Wäert 1088,7, 5903,5 an 5916,6 Da bedeitend an serum vun Kriibs Patienten downregulated, an Komponente 1469,9 an 1626,0 Da mat Ofstand méi Heefegkeeten an serum vun Patienten mat metastatic Krankheet wéi bei Patienten mat lokalen fortgeschratt Kriibs (kuckt Lalumi . 1b; Weider Fichier 1: Table S1). Mir Sputnik molekulare Ënnerscheeder tëschent lokale fortgeschratt a metastatic gastric Kriibs (souwéi Differenzen tëscht gesond Individuën an Patienten mat gastric Kriibs am allgemengen) Reflexioun um Niveau vun serum peptidome hunn. Allerdéngs Charakteristike vun peptidome vun Pre-Behandlung serum onwahrscheinlech fir Iwwregens hätt vun der während /no der Behandlung verbreet Krankheet applizéiert ginn hätt. Figebam. 1 Profil vun endogenous serum peptidome vun Patienten mat gastric Kriibs. eng duerchschnëttlech Mass Spektrum vun der Gamme vun 1000-10,000 Da. b Beispiller vun serum peptidome Voleten, déi Heefegkeeten tëscht Echantillon vun gesond Kontrollen a verschiddene Gruppe vu Patiente mat Mo. Kriibs verschidde waren. Boxplots VerfÜgung minimum weisen, manner quartile, Steiren, ieweschte quartile, maximal Wäerter, an outliers; Stärecher VerfÜgung Differenze markéiert (p &Si besteet; 0,05 mat der Bonferroni Korrektur) VerfÜgung Table 2 Nummere vun serum peptidome Komponente mat Heefegkeeten verschiddene tëscht Verglach Gruppen vu Persounen VerfÜgung Groups /Differenzen
Control vs. Kriibs (all Fäll)
lokal fortgeschratt vs. metastatic Kriibs
lokal /keng verbreet vs. metastatic Kriibs VerfÜgung lokal /verbreet vs. metastatic Kriibs
lokal /keng verbreet vs. lokal /verbreet Kriibs VerfÜgung n
50 vs. 53 zu 35 vs. 18 zu 19 vs. 18 zu 16 vs. 18 zu 19 vs p &Si besteet 16 VerfÜgung. 0,05 VerfÜgung 182 VerfÜgung 88 zu 74 zu 75 zu 11 VerfÜgung FDR VerfÜgung 7% zu 14% zu 17% zu 17% zu 100% VerfÜgung p &Si besteet; 0,05 /Bonferroni VerfÜgung 101 VerfÜgung 23 zu 11 zu 16 zu 0 VerfÜgung AUC (SVM) VerfÜgung 0,94 VerfÜgung 0,91 VerfÜgung 0.92 VerfÜgung 0,97 VerfÜgung 0,48 VerfÜgung sinn Zuelen dës Deeler vun aneren, datt loung vun statisteschen Bedeitung p erreecht = 0,05 (mat entspriechende FDR Estimatioun) oder loung mat der Korrektur Bonferroni verstäerkt, a Muecht vun SVM classifier vun peptidome Komponente (Zeeche vun der AUC Wäert) gebaut
an der zweeter Etapp ausgewielt mir Echantillon vun 12 gesond Donateuren an zéng Patiente vun all Ënnergrupp Kriibs ähnlechen Alter (medians iwwer 56 Joer) an den Undeel vun Geschlechter (ca. 80% vun Männercher) am Verglach subgroups ze sécheren. Dës Echantillon sech fir weider analyséiert benotzt baséiert op der Gewier LC-MS /MS Approche. Am Allgemengen, ronn 450 Proteinen goufen analyséiert serum Echantillon identifizéiert. Niveau vun 234 serum Proteinen sech zu Echantillon laachen aus jidfer vun 42 Persounen gesammelt, dorënner 129 eenzegaarteg serum Proteinen net ze immunoglobulins dinn (105 immunoglobulins an IG-Zesummenhang Proteinen, souwéi putative uncharacterized Proteinen, sech aus weider analyséiert ausgeschloss); Table S2: komplett Daten ginn an der Weider Fichier 1 presentéiert. Et waren 49 serum Proteinen mat Heefegkeeten verschiddene tëscht gesond Donateuren a Patienten mat gastric Kriibs (p Wäert &Si besteet; 0,05; geschate FDR Wäert = 13%): 41 Proteinen upregulated sech während aacht Proteinen am Blutt vu Kriibs Patienten downregulated waren (Proteinen opgezielt an Table 3;. Beispiller vun Lalumi 2). Dëst ass remarkabel dass ähnlech Musteren vun Kriibs-Zesummenhang upregulation oder downregulation vun serum Proteinen war an all do subgroups vun Kriibs Patienten observéiert (obwuel kleng Gréisst vun analyséiert Gruppen kéint statistesch Bedeitung vun Differenzen reduzéieren; gesinn Weider Fichier 1: Table S3). Desweideren, waren et 19 serum Proteinen mat Heefegkeeten verschiddene tëscht Patienten mat lokalen fortgeschratt a metastatic Kriibs (p Wäert &Si besteet; 0,05; geschate FDR Wäert = 34%): dräi Proteinen upregulated sech während 16 Proteinen am Blutt vu Patienten mat metastatic Krankheet downregulated goufen. Dëst ass remarkabel dass Heefegkeeten vun C-reaktiv FAQ a angiogenin allgemeng Cancers Echantillon upregulated weider an metastatic Echantillon fräi, während Heefegkeeten vun carbonic anhydrase 1 allgemeng Kriibs Echantillon downregulated weider an metastatic Echantillon ofgeholl (Table 3). Ausserdeem, Musteren vun Differenzen tëscht Echantillon vun Patienten mat metastatic Kriibs an all Patienten mat lokal Krankheet goufen zréckbehalen wann zwou kleng subgroups vun Patienten mat lokalen fortgeschratt Kriibs pairwise sech am Verglach mat metastatic Kriibs (kuckt Weider Fichier 1: Table S4). Wéinst dem Iwwerfloss vun nëmmen ee FAQ (antithrombin-3) statistesch groussen Ënnerscheed zougedréckt a wou souwuel subgroups vun Patienten mat lokalen fortgeschratt Kriibs verglach goufen (Heefegkeet vun dëser FAQ war den héchsten am Grupp vu Patiente mat lokal Krankheet déi verbreet net während verfollegen). Mir Sputnik Multi-FAQ Ënnerschrëft fir Klassifikatioun vun Pre-Behandlung serum Echantillon vun gastric Kriibs Patienten identifizéiert ginn hätt, deen aus entweder lokalen avancéiert oder metastatic Krankheet gelidden. Allerdéngs konnt Charakteristike vun serum proteome net Patienten mat lokal Krankheet z'ënnerscheeden, datt während Suivi nom treatment.Table 3 aneren serum Proteinen VerfÜgung Protein Numm
Protein voll Numm VerfÜgung verbreet VerfÜgung Gene Numm
Control /Kriibs VerfÜgung lokal /metastatic
Verhältnis
p Wäert
Verhältnis
p Wäert VerfÜgung
zu A1AG1 VerfÜgung Alpha-1-Seier glycoprotein 1 VerfÜgung ORM1 VerfÜgung 0,67
0,0008
1.00 VerfÜgung 0,5824 VerfÜgung A1AG2 VerfÜgung Alpha- 1-Seier glycoprotein 2 VerfÜgung ORM2 VerfÜgung 0,68
0,0006
1.00 VerfÜgung 0,7414 VerfÜgung A1AT VerfÜgung Alpha-1-antitrypsin VerfÜgung SERPINA1 VerfÜgung 0,50
&Si besteet; 0,0001
1,03 VerfÜgung 0,6441 VerfÜgung A1BG VerfÜgung Alpha-1B-glycoprotein VerfÜgung A1BG VerfÜgung 0,76
0,0072
zu 1,04 VerfÜgung 0,5824 VerfÜgung A2GL VerfÜgung Leucine-räiche alpha-2-glycoprotein VerfÜgung LRG1 0,46
0,0016
0,80 VerfÜgung 0,4414 VerfÜgung AACT VerfÜgung Alpha-1-antichymotrypsin VerfÜgung SERPINA3 VerfÜgung 0,54
0,0007
0,97 VerfÜgung 0,9124 VerfÜgung ADIPO VerfÜgung reguléieren VerfÜgung ADIPOQ VerfÜgung 0,41
0,0092
1,60 VerfÜgung 0,3442 VerfÜgung AFAM VerfÜgung Afamin VerfÜgung AFM VerfÜgung 1,30
0,0355 VerfÜgung
zu 0,5824 VerfÜgung ANGI VerfÜgung Angiogenin VerfÜgung ANG VerfÜgung 0,30
0,0465
0,24
0,0294
APOA1 VerfÜgung Apolipoprotein AI VerfÜgung APOA1 VerfÜgung 0,47
&Si besteet; 0,0001
1,31
0,0235
APOC1 VerfÜgung Apolipoprotein CI
APOC1 VerfÜgung 0,25
&Si besteet; 0,0001
1,52 VerfÜgung 0,1183 VerfÜgung APOC3 VerfÜgung Apolipoprotein C-III VerfÜgung APOC3 VerfÜgung 1,82 VerfÜgung
0,0108
1,20 VerfÜgung 0,5824 VerfÜgung APOE VerfÜgung Apolipoprotein E VerfÜgung APOE VerfÜgung 0,62
0,0040
1,01 VerfÜgung 0,6441
APOF VerfÜgung Apolipoprotein F VerfÜgung APOF VerfÜgung 0,64
0,0085
0,80 VerfÜgung 0,5235 VerfÜgung APOM VerfÜgung Apolipoprotein M VerfÜgung APOM VerfÜgung 0.92 VerfÜgung 0,4275 VerfÜgung 1,51
0,0263
C1S VerfÜgung Zousaz C1s subcomponent VerfÜgung C1S VerfÜgung 0,70
0,0016
1,22 VerfÜgung 0,0748 VerfÜgung CAH1 VerfÜgung Carbonic anhydrase 1 VerfÜgung CA1 VerfÜgung 2,96
0,0173
2,41
0,0143
CBG VerfÜgung Corticosteroid-verbindlech globulin VerfÜgung SERPINA6 VerfÜgung 0,53
0,0117
1,08 VerfÜgung 0,7749 VerfÜgung CD14 VerfÜgung Monocyte antigen CD14 VerfÜgung CD14 VerfÜgung 0,56
0,0033
1,21 VerfÜgung 0,1658 VerfÜgung CERU VerfÜgung Ceruloplasmin VerfÜgung CP VerfÜgung 0,67
0,0013
1.05
0,6129 VerfÜgung CFAB VerfÜgung Faktor B Zousaz VerfÜgung CFB VerfÜgung 0,61
0,0006
1,11 VerfÜgung 0,6441 VerfÜgung CO2 VerfÜgung Zousaz C2
C2 VerfÜgung 0,64
0,0475
1,57 VerfÜgung 0,0679 VerfÜgung CO4A VerfÜgung C4-A Zousaz VerfÜgung C4A VerfÜgung 0,87
0,0435
0,94 VerfÜgung 0,7749 VerfÜgung CO4B VerfÜgung Zousaz C4-B VerfÜgung C4B VerfÜgung 0,73
0,0127
0,99 VerfÜgung 0,5526
CO5 VerfÜgung Zousaz C5 VerfÜgung C5 VerfÜgung 0.77
0,0085
0,91 VerfÜgung 0,8776 VerfÜgung CO6 VerfÜgung Komponent C6 Zousaz VerfÜgung C6 VerfÜgung 0,64
0,0013
0,97 VerfÜgung 0,8431 VerfÜgung CO8G VerfÜgung Komponent C8 ESO Zousaz VerfÜgung C8G 0,66
0,0137 VerfÜgung
1,12 VerfÜgung 0,4679 VerfÜgung CO9 VerfÜgung Komponent C9 VerfÜgung C9 Zousaz VerfÜgung 0,42
&Si besteet; 0,0001
0,93 VerfÜgung 0,9124 VerfÜgung CRP
C-reaktiv FAQ VerfÜgung CRP VerfÜgung &Si besteet; 0,01
0,0389
0,15
0,0414
CXCL7 VerfÜgung Platelet Basis FAQ
PPBP VerfÜgung 0,83 VerfÜgung 0,1516 VerfÜgung 1,53
0,0030
FETUA VerfÜgung Alpha-2-t-glycoprotein VerfÜgung AHSG VerfÜgung 0,90 VerfÜgung 0,3095 VerfÜgung 1.34
0,0068
FHR1 VerfÜgung PROT Zousaz Faktor H-dinn. VerfÜgung 1 VerfÜgung CFHR1 0,66 VerfÜgung 0,0725 VerfÜgung 1,30
0,0366
GPX3 VerfÜgung Glutathione peroxidase 3 VerfÜgung GPX3 VerfÜgung 0.92 VerfÜgung 0,6065}