Azonosítása szérum proteomot aláírások lokálisan előrehaladott vagy metasztatikus gyomorrák: a kísérleti tanulmány

Azonosítása szérum proteomot aláírások lokálisan előrehaladott vagy metasztatikus gyomorrák: a kísérleti tanulmány katalógusa Abstract katalógusa Háttér katalógusa A gyomorrák egyik leggyakoribb és halálos daganat világszerte. A kezdeti tünetmentes fejlesztésére és további specifikus tünetek eredményez diagnózis az előrehaladott állapotban rossz prognózissal. Mégis, nincs klinikailag hasznos biomarkerek áll rendelkezésre ez a rosszindulatú daganat, és az invazív gasztrointesztinális endoszkópia marad az egyetlen megbízható lehetőség az adott pillanatban. Ezért szükség van a felfedezés a klinikailag használható noninvazív diagnosztikai és /vagy prognosztikai eszköz alternatívájaként (vagy kiegészítik) aktuális diagnosztikai eszközöket. Itt arra törekedtünk, hogy keressen szérum proteinek jellegzetes helyi és invazív gyomorrák.
Módszerek
előkezelése vérmintákat gyűjtöttünk betegek diagnosztizált gyomor adenokarcinóma a különböző betegség stádiuma: 35 beteg lokálisan előrehaladott rák és 18 beteg áttétes rák; 50 egészséges donorból is tartalmaz, mint a kontroll csoport. Az alacsony molekulatömegű frakció szérum proteom (azaz endogén peptidkészlet) volt profilos a MALDI-TOF tömegspektroszkópia, valamint az egész proteomot komponenseket azonosítottuk és mennyiségileg az LC-MS /MS shotgun megközelítés.
Eredmények
többkomponensű peptidkészlet aláírások kiderült, hogy hagyjuk a jó közötti megkülönböztetés és az egészséges kontrollok rákos betegek, valamint a betegek között lokálisan előrehaladott és áttétes rák. Sőt, egy LC-MS /MS megközelítés feltárta 49 szérum proteinek különböző bőségeknek között egészséges donorok és a rákos betegek (elsősorban kapcsolódó fehérjéket gyulladás és az akut fázis válasz). Továbbá 19 szérum fehérjék különböző bőségeknek között kezelt, lokálisan előrehaladott vagy metasztatikus daganatos azonosítottunk (beleértve kapcsolódó fehérjéket citokin /kemokin válasz és az anyagcsere a nukleinsavak). Azonban sem peptidkészlet profilalkotás sem shotgun proteomikai megközelítés lehetővé tette kimutatására savókomponensek megkülönböztetésére két alcsoport betegek helyi betegségben szenvedő fejlett vagy nem alakult ki áttét a követés alatt. Katalógusa Következtetések katalógusa A molekuláris különbségek lokálisan előrehaladott vagy metasztatikus gyomorrák, valamint több nyilvánvaló különbségek egészséges egyének és daganatos betegek, jelölt reflexió szintű szérum proteom. Azonban nincs bizonyíték, hogy a funkciók előkezelés szérum proteomot tudta megjósolni a rák kockázatát terjesztés kezelt betegek miatt a helyi betegség. Mindazonáltal bemutatott adatok megerősítették lehetséges alkalmazhatóságáról szérum proteomot aláírás-alapú biomarker diagnosztikát gyomorrák. Katalógusa Kulcsszavak katalógusa Gyomorrák korai diagnózis Daganatok proteomikai biológiai markerek Háttér katalógusa gyomorrák a negyedik leggyakoribb rák és a második vezető oka a rák okozta halál világszerte. Ez a rák különösen sújtja populációk Kelet-Ázsiában, Kelet-Európában, és részei Közép-és Dél-Amerikában, és a megbetegedési arány kétszer magasabb a férfiak, mint a nők esetében. [1] A rosszindulatú daganat társul specifikus tünetek, vagy akár tünetmentes fejlesztés korai szakaszában jár, ami gyakran vezet diagnózis előrehaladott szakaszában. Szakaszában gyomorrák erősen korrelál rossz prognózissal. Szerint a National Cancer Data Base jelentés 5 éves túlélési arány IA stádiumú volt 78%, és ez jelentősen csökkent minden egyes szakaszban mintegy 7% diagnosztizált betegek IIIB vagy IV-betegség [2]. Így a korai diagnózis gyomorrák esetleg radikálisan növeli a kezelés hatékonyságának és javítja a prognózist erre halálos betegség. Jelenleg a leghatékonyabb diagnosztikai eszköz a kimutatására gyomorrák továbbra is gasztrointesztinális endoszkópia, mégis ez invazív technika nem alkalmas nagyméretű szűrés. Sajnos, nincs más non-invazív biomarkerek elérhető, mert az általánosan használt gasztrointesztinális tumormarkerek, mint a CEA, CA 19-9 vagy a CA 72-4 nem elegendő a korai diagnózis ez a rák miatt alacsony érzékenység és specificitás (20-30 %) [3-5]. Többsége gyomorrák esetben (90% feletti) sorolják adenocarcinoma. Újabban négy molekuláris altípusát gyomor adenokarcinóma különböztettek alapján genomi profilalkotás szállított köszönhetően a Cancer Genome Atlas projekt [6]. Ugyanakkor az ismeretek molekuláris heterogenitása és a biológia ez a rák, beleértve a fejlesztési és mechanizmusokat a progresszió, elég korlátozott tartalom. Ezért sürgősen azonosításához klinikailag releváns biomarkerek vonatkozik nemcsak a korai diagnózis, hanem prognózis és a becslés a kezelés kimenetelét.
Klinikai proteomika fontos megközelítés felfedezése biomarkerek gyomorrák [7]. Általánosan elfogadott, hogy a vér proteomot egy ígéretes forrása újszerű biomarkerek ez a rák, beleértve a különösen értékes markerek korai felismerése, a betegség és ellenőrzésére a kezelésre adott válasz [8]. Tömegspektrometria alapú profilalkotás az alacsony molekulasúlyú frakció szérum proteoma, úgynevezett endogén peptidkészlet, kiderült, több peptid aláírást potenciális alkalmazhatóságát az osztályozás és a diagnózis a különböző ráktípusok [9-13]. Néhány művek tették közzé, hogy a feltárt MALDI /SELDI-alapú profilalkotás szérum /plazma petidome diagnosztizálásához gyomorrák, amely azt javasolta, peptid aláírásokat, amely lehetővé tette diszkrimináló egészséges donorok és gyomorrákos betegeknél, vagy aláírást társított során a betegség [ ,,,0],14-22]. Számos komponenseit ilyen aláírások tovább azonosított fragmensek KNG1 [18], APOC1 és APOA2 [19], SAA [20], TBB5 és TYB4 [22] vagy a FIBA ​​[23, 24]. Újabban egy panel biomarkerek álló szérum fehérje előre kiválasztott alapuló preklinikai egérmodellben (afamin, ciusterint, VDBP és haptoglobinszintet) validált, hogy megkülönböztesse a gyomorrák betegek és jóindulatú gyomorfekély betegségek [25]. Ennek ellenére nem javasolt a szérum proteomot aláírások gyomorrák már széles körben elfogadott és alkalmazott klinikai gyakorlatban még.
Itt célja jellemezni proteomot jellemzői előkezelés szérum járó kockázat metasztázis gyomorrák. Kétféle proteomikai elemzéseket végeztünk: (1) az alacsony molekulatömegű frakció szérum proteom volt profilos a MALDI-TOF tömegspektroszkópia, (2) az egész proteomot komponenseket azonosítottuk és mennyiségileg LC-MS /MS után emésztés tripszin (a "shotgun proteomika" megközelítés). Csoportjai, korábban nem kezelt, lokálisan előrehaladott gyomorrák és a metasztatikus betegség vontak be, ez a tanulmány (a csoportjában az egészséges egyének elemezték, mint a referencia); ilyen átfogó proteomikai elemzést végeztünk egy csoport kaukázusiak betegek gyomorrák az első alkalommal. A szérum proteomot aláírás, hogy a differenciált betegek között lokálisan előrehaladott rákos és metasztatikus rák kimutatható volt a kísérleti tanulmányban, mégis különleges kialakítású betegeknél lokálisan előrehaladott betegség a diagnózis felállításakor, aki végül kifejlesztett áttéteket nem figyelhető meg ezen a szinten. Katalógusa Módszerek
jellemzői betegcsoportok
Ötvenhárom, korábban nem kezelt, biopsziával igazolt gyomor adenokarcinóma minősítették be a vizsgálatba: 35 beteg a lokálisan előrehaladott rák, így 16 beteg áttétes fejlett terápia alatt vagy a nyomon követés és 19 betegnél nincs kimutatható áttét a követési idő alatt, és 18 beteg áttétes rák. Az utóbbi csoport négy beteg távoli átterjedt az egyetlen szerv, és 14 beteg átterjedt több szervet; érintett szervek szerepelnek hashártya (13 eset), máj (nyolc eset), tüdő (három eset), egyéb helyeken (nyolc eset). Általában integráció szempontja volt: Eastern Cooperative Oncology Group (ECOG) teljesítmény státusz 0-2, életkor 20-85 év, szérum kreatinin szint < 1,5 mg /dl szérum bilirubin szint < 2,0 mg /dl, a granulocytaszámot > 1500 sejt /ul és vérlemezkeszám > 100.000 sejt /ul, míg a kizárási kritériumok részt: előző rosszindulatú korábbi műtét, sugárterápia vagy kemoterápia. Az előkezelés stádium alapján fizikális vizsgálat, esophagogastroscopy biopsziás, CT a has és a mellkas vizsgálata röntgen vagy CT. Ötven nemben és korban illesztett betegségtől mentes donorokat, mint a kontroll csoportban. Minden tanulmány résztvevői voltak a kaukázusi (~ 65% férfi) az életkor tartományban 34-74 év. Az 1. táblázat részletesebb információt elemzett csoportok. A tanulmány által jóváhagyott megfelelő etikai bizottság, és minden személy, akik részt vesznek ebben a vizsgálatban informált beleegyező feltüntetve azok tudatos és önkéntes participation.Table 1 Jellemzői donor csoportok részt a vizsgálatban katalógusa Csoport /paraméter katalógusa
Egészséges kontroll Matton Rákbetegek (minden esetben) Matton kezelt, lokálisan előrehaladott rákos Matton metasztatikus daganatos
Nem terjedt katalógusa
Spread Matton száma (n) hotelben 50 katalógusa 53 katalógusa 19 katalógusa 16 katalógusa 18 katalógusa Nem (F /F) hotelben 30/20 katalógusa 37/16 katalógusa 07/12 katalógusa 13/3 katalógusa 06/12 katalógusa Életkor (év) hotelben 28-60 (medián 50) hotelben 34-74 (medián 59)
36-70 (medián 59) hotelben 34-73 (medián 58) hotelben 35-74 (medián 60) hotelben tumor helyét katalógusa Felső harmadik
- 15 (28%)
3 (16%) hotelben 6 (37%) hotelben 6 (33%) hotelben Közép harmadik
- 31 (59%) hotelben 13 (68%)
9 (57%) hotelben 9 (50%) hotelben Alsó harmadik
- 7 (13%) hotelben 3 (16%) hotelben 1 (6%)
3 (17%) hotelben szövettani grade katalógusa G1-G2 -
16 (30%) hotelben 10 (53%) hotelben 3 (19%) hotelben 3 ( 17%) hotelben G3
- 29 (55%) hotelben 8 (42%) hotelben 11 (69%) hotelben 10 (56%) hotelben Nincs megadva
- www.Booked.hu 8 (15%) hotelben 1 (5%) hotelben 2 (12%) hotelben 5 (27%) hotelben elsődleges daganat katalógusa Ct1-T3 katalógusa -
50 (94%) hotelben 19 (100%) hotelben 16 (100%) hotelben 15 (83%) hotelben CT4
- 3 (6%) hotelben 0 (0%) hotelben 0 (0%) hotelben 3 (17%) hotelben nyirokcsomó katalógusa CN0
- 20 (38%) hotelben 13 (68%)
5 (31%) hotelben 2 (11%) hotelben CN1-N3 -
33 (62%) hotelben 6 (32%) hotelben 11 (69%) katalógusa 16 (89%) hotelben metasztázis (kezdeti) hotelben cM0
- 35 (66%) hotelben 19 (100%) hotelben 16 (100%) hotelben 0 (0%) hotelben cM1
- 18 (34%) hotelben 0 (0%) hotelben 0 (0%) hotelben 18 (100%) hotelben csoport betegeknek, akiknek lokálisan előrehaladott rák a diagnózis idején voltak további osztása alcsoportban, ahol vagy nincs spread (kontroll), vagy egymást követő rák terjesztési /spread (távoli áttét) mutattunk katalógusa előkészítése szérum minták katalógusa előkezelése gyűjtjük a vért, egy 5 ml-es Vacutainer Cső (Becton-Dickinson), 30 percig inkubáljuk szobahőmérsékleten, hogy lehetővé tegye véralvadás és azután lecentrifugáltuk 1000 g katalógusa 10 percig, hogy eltávolítsuk a vérrög. A szérumot mintákra osztottuk, és -70 ° C-on tároltuk felhasználásig.
Profilalkotás az alacsony molekulatömegű frakció szérum proteom katalógusa Mielőtt elemzés mintákat hígítottuk 1: 5 arányban tartalmazó pufferrel 20% -os acetonitril (ACN) és 25 mM ammónium-hidrogén-karbonát, majd szűrjük centrifugálással keresztül Amicon Ultra egységek (50 kDa cut-off) eltávolítására a bőséges nagy molekulatömegű fehérjék, különösen albumin. Közvetlenül az elemzés előtt a mintákat sómentesítettük és koncentráltuk felrakodás ZipTip C18 microcolumns (EMD Millipore), majd eluáljuk 1 ul mátrix oldat (telített vizes alfa-ciano-4-hidroxi-fahéjsav, 30% ACN /H 2O és 0,1% TFA) közvetlenül a 800 um AnchorChip ™ (Bruker Daltonics) lemez. Az elemzés történhet egy UltrafleXtreme MALDI-TOF tömegspektrométer (Bruker Daltonics); Az analizátor dolgozott lineáris módot, és pozitív ionokat kell jegyezni a tömeg közötti tartományban 1000 és 12000 Da. A mintákat foltos két példányban és minden helyszínen két spektrumokat. Mass kalibrálás után végeztük négyévente mintákból Protein kalibráló standard I (Bruker Daltonics). Randomizá- blokkokban használták spektrumok regisztrációs hogy elkerülje a lehetséges batch hatást. Ezután a nyers adatokat exportálták TXT fájlokat, és a spektrális komponensek előfeldoigozott segítségével bioinformatikai algoritmusok létre a csoportban, amely tartalmazza az összehangolás, felderítése és eltávolítása kiugró profilok Dixon Q-teszt (egyszeri spektrumokat kivettük mintegy 5% -a minta), átlagosan műszaki ismétlődik, kiindulási eltávolítása és normalizálódása a teljes ion áram. A spektrumokat simítás, csúcs szedés, binning és a statisztikai elemzést végeztük Spectrolyzer szoftver (verzió 1.0.21.3590, MedicWave).
LC-MS /MS analízis a szérum proteom alkatrészek
szérummintákat csökkentett 5 mM ditiotreitolt számára 5 perc, 95 ° C-on, majd alkilezzük, 10 mM jód-acetamidot 20 percig sötétben, szobahőmérsékleten, és utána emésztettük éjszakán át, 37 ° C-on tripszinnel (Promega). Az analízist Dionex UltiMate 3000 RSLC nanoLC rendszer csatlakozik Q Exactive Orbitrap tömegspektrométer (Thermo Fisher Scientific); minden mintát külön-külön elemeztük. Triptikus peptidjeinek (2,5 ug peptidek) választjuk szét fordított fázisú Acclaim PepMap RSLC nanoViper C18 oszlop (75 um x 25 cm-es, 2 um granulálás) alkalmazásával acetonitril gradiens (4-60%, 0,1% hangyasav), 30 ° C és az áramlási sebesség 250 nl /perc (230 perc alatt). A spektrométert működő adat-függő MS /MS üzemmódban felmérés vizsgál szerzett a felbontása 70.000 m /z 200 Da MS módban, és 17.500 m /z 200 Da MS2 módban, ill. A spektrumokat vettünk fel a szkennelési m /z tartományban 300-2000 pozitív ion módban. Magasabb energia ütköztető disszociáció (HCD) ion fragmentáció végeztünk normalizált ütközési energiákat állítva 25. Protein azonosító végeztünk Swiss-Prot humán adatbázis pontossággal tolerancia 10 ppm peptid tömegek és 0,05 Da fragmens ion tömegek. Az egyedszámok azonosított fehérjék becsültük meg MaxQuant 1.4.1.1 szoftver. Katalógusa statisztikai és bioinformatikai elemzések katalógusa minden eleme MALDI tömeggel profilok összehasonlítását csoportok adományozók segítségével végeztük Student t-teszt után logaritmikus transzformáció az adatok. Többkomponensű osztályozók építettek, és teszteltük a SVM-alapú megközelítés segítségével Spectrolyzer szoftver (verzió 1.0.21.3590, MedicWave). Jelentősége különbségek bőségeknek fehérjék mennyiségét LC-MS /MS módszer szerint ítéltük a t-próbát, illetve Mann-Whitney tesztet függően normalitás adatok (típus eloszlás becslése a Shapiro-Wilk teszt, a Lilliefors teszt és az F teszt homogenitását varianciák), és a Neményi teszt páronkénti összehasonlítás. Általában, p = 0,05-t választották a statisztikai szignifikancia küszöböt kivéve MALDI profilalkotás, ahol a Bonferroni korrekciót többszörös vizsgálatra került sor. Az empirikus proteomikai Ontológia Tudásbázis (EPO-KB), ami annotates regisztrált m /z érték az ismert peptid /fehérje [26], alkalmazunk a rendelni feltételezett azonosítása spektrumok komponensek (0,5% tömeg pontosságát határt hagyjuk). Listája megfelelő gének azonosított fehérjék jegyzetekkel GO kifejezések használata gProfiler (http: //biit. Cs. Ut. Ee /gprofiler /); Az a kifejezés jelentését, felülreprezentáltsága kiértékelését a hipergeometrikus eloszlás vizsgálatot. Annak érdekében, hogy szemléltesse a funkcionális kapcsolatok között azonosított fehérjék megfelelő gének annotált a GeneMANIA Cytoscape plugin útvonal interakciós hálózatok (http: //oldalon. Genemania. Org /plugint /). Katalógusa Eredmények katalógusa Mass profilok a szérum endogén peptidkészlet (az alacsony molekulatömegű frakció szérum proteom) jellemeztük MALDI-TOF spektrometria az egész csoport 53 gyomorrákos betegeknél és 50 illesztett egészséges donorok. Ez az elemzés lehetővé tette számunkra, hogy felmérjük általános mértéke közötti különbségeket és hasonlóságokat alcsoportok vizsgált egyének. Általában 255 spektrális komponensek (peptid ionok) különböztetett a vizsgált tömeg tartományban (1A.), És bőségeknek 101 alkatrészek kiderült statisztikailag szignifikáns eltérésekkel szemben csoportok (miután a Bonferroni korrekció ellen több vizsgálat). A 2. táblázat számait szérum peptidkészlet komponensek differenciált bizonyos csoportjai donorok. A fő különbség a bőségeknek specifikus szérum komponensek között nem figyeltek meg daganatos betegek és az egészséges donorok (mintegy 39% -a regisztrált alkatrészek élvezte statisztikailag szignifikáns különbség). Nagy különbségek voltak megfigyelhetők a betegek között, akiknek lokálisan előrehaladott rákos (minden esetben) és a metasztatikus karcinóma (mintegy 9% -a regisztrált alkatrészek élvezte statisztikailag szignifikáns különbségek); Ez figyelemre méltó, hogy hasonló számú differenciáló elemek észleltek, amikor a metasztatikus daganatos összevetettük a két alcsoportba helyi betegség külön (azaz csoport, ahol távoli rák terjedését vizsgálat során nyomon követés és csoportos tünetmentesek). Koherens, jól teljesítő osztályozók épülhet elemeire épülő szérum peptidkészlet elválasztó képest csoportok egészséges donoroknak és betegeknek, akiknek lokálisan előrehaladott vagy áttétes rák (az AUC intézkedés SVM-alapú osztályozót 90% fölött volt minden esetben). Szöges ellentétben, nem volt statisztikailag szignifikáns különbség volt kimutatható, amikor két alcsoportra betegeknek, akiknek lokálisan előrehaladott rák (aki akár fejlett, akár nem fejlődött metasztázis követés alatt) hasonlítottuk össze (az AUC-SVM-alapú osztályozót 50% alatti). 1b ábra példákat mutat a szérum peptidkészlet komponensek jelentősen eltérő bőségeknek között összehasonlítva csoportok. Ez figyelemre méltó, hogy ezek között petidome összetevők, hogy a differenciált mind az egészséges kontroll rákos betegek, lokálisan előrehaladott rák áttétes betegségben volt több összetevő feltehetően megfelelt darabjai fibrinopeptid (FIBA). Ezek közé tartozott a komponensek regisztrált m /z érték 1088,7, 5903,5 és 5916,6 Da jelentősen csökkent expressziót szérum rákbetegek és alkatrészek 1469,9 és 1626,0 Da kifejezetten magasabb bőségeknek szérum betegek metasztatikus betegségben, mint azoknál a betegeknél, akiknek lokálisan előrehaladott rák (lásd . 1b; Kiegészítő fájl 1: táblázat S1). Arra a következtetésre jutottunk, hogy a molekuláris különbségek lokálisan előrehaladott vagy metasztatikus gyomorrák (valamint a különbségek az egészséges egyének és gyomorrákos betegeknél általában) van reflexió a szérum peptidkészlet. Azonban jellemzői peptidkészlet előkezelési szérum lehetne valószínűtlen alkalmazni a betegség prognózisa terjedt alatt /a kezelés után. Ábra. 1 profilja endogén peptidkészlet betegek gyomorrák. egy átlagos tömegspektrum a tartományban 1000-10,000 Da. b Példák a szérum peptidkészlet alkatrészek, amelyek bőségeknek voltak különböző minták között egészséges kontrollok és a különböző csoportok betegek gyomorrák. Boxplots
mutatják minimum, alsó kvartilis, medián, felső kvartilis, a legnagyobb érték, és a kiugró; csillag katalógusa jelzett szignifikáns különbséget (p < 0,05 a Bonferroni korrekció) hotelben 2. táblázat számok szérum peptidkészlet komponensek bőségeknek különbözött képest egyének csoportja katalógusa csoportok /különbségek
kontroll vs. rák (minden esetben) Matton Lokálisan előrehaladott vs. áttétes rák
Helyi /nem terjedt vs. áttétes rák
Helyi /terjedését vs. áttétes rák Matton helyi /nem terjedt vs. helyi /terjedése rák
n
50 vs. 53 katalógusa 35 vs. 18 katalógusa 19 vs. 18 katalógusa 16 vs. 18 katalógusa 19 vs . 16 katalógusa p < 0,05 katalógusa 182 katalógusa 88 katalógusa 74 katalógusa 75 katalógusa 11
FDR
7% katalógusa 14% katalógusa 17% katalógusa 17% katalógusa 100%
p < 0.05 /Bonferroni
101 katalógusa 23 katalógusa 11 katalógusa 16
0 katalógusa AUC (SVM) hotelben 0,94 katalógusa 0.91 katalógusa 0,92 katalógusa 0,97 katalógusa 0,48
jelenik számok differenciáló elemek, amely elérte a statisztikai szignifikancia küszöböt p = 0,05 (megfelelő FDR becslés) vagy küszöbérték erősödött a Bonferroni korrekciót, és erejét SVM osztályozó épült peptidkészlet alkatrészek (jellemezhető az AUC-érték)
a második lépésben kiválasztott mintákat 12 egészséges donorok és tíz beteg minden rákos alcsoport, hogy biztosítsa a hasonló korú (felező körülbelül 56 év) és aránya nemek (mintegy 80% -át férfiak) a szemben alcsoportok. Ezeket a mintákat használtuk a további elemzések alapján a shotgun LC-MS /MS megközelítés. Általában mintegy 450 fehérjéket azonosítottak elemeztük szérum mintákban. Szintje 234 szérum fehérjék mennyiségileg vett mintákban az egyes 42 egyének, beleértve a 129 egyedi szérum fehérjék nem kapcsolódó immunglobulinok (105 immunglobulinok és Ig-kapcsolatos fehérjék, valamint a feltételezett nem jellemzett fehérjék, kizártuk a további elemzések); teljes adatok kerülnek bemutatásra a kiegészítő fájl 1: táblázat S2. Voltak 49 szérum fehérjék bőségeknek különbözött az egészséges donorok és gyomorrákos betegeknél (p-érték < 0,05; becsült FDR value = 13%): 41 fehérjéket fokozódik, míg nyolc fehérjéket downregulált vér daganatos betegek (fehérjék táblázatban felsorolt 3; példákat ábrán. 2). Ez figyelemre méltó, hogy hasonló minták rákkal kapcsolatos upregulation vagy downregulation szérum fehérje volt megfigyelhető minden ott alcsoportokban a rákos betegek (bár kisebb méretű elemzett csoportok csökkentheti a statisztikai szignifikancia különbségek; lásd Kiegészítő fájl 1: táblázat S3). Sőt, voltak 19 szérum fehérjék bőségeknek különböző betegek között lokálisan előrehaladott vagy metasztatikus daganatok (p-érték < 0,05; becsült FDR value = 34%): három fehérjéket serkentett míg 16 fehérjéket downregulált vérben betegek metasztatikus betegség. Ez figyelemre méltó, hogy egyedszámok a C-reaktív fehérje és angiogenin általában fokozódik rák mintákban tovább nőtt metasztatikus mintákban, míg egyedszámok a karboanhidráz 1 Általában downregulált daganatos mintákban tovább csökkent metasztatikus mintákban (3. táblázat). Továbbá minták közötti különbségek betegektől származó mintákban áttétes rák és az összes beteg helyi fertőzés is megmarad, amikor két kisebb alcsoportokra lokálisan előrehaladott mellrákban szenvedő páronként összehasonlítva áttétes rák (lásd az árucsoport Kiegészítő fájl 1. táblázat S4). Másrészt, a bőség csak egy fehérje (antitrombin-3) statisztikailag szignifikáns különbséget mutattak, amikor mindkét alcsoportban betegek lokálisan előrehaladott rákos összehasonlítottuk (rengeteg e fehérje volt a legmagasabb csoport betegek helyi fertőzés, akik nem terjedt közben follow-up). Arra a következtetésre jutottunk, hogy a multi-protein aláírás lehetett azonosítani besorolásának előkezelés szérum mintákat gyomorrákos betegek, akik szenvedtek vagy lokálisan előrehaladott vagy áttétes betegség. Azonban jellemzői szérum proteomot nem tudott különbséget tenni a betegek a helyi betegség terjedését a követés alatt, miután a treatment.Table 3 differenciálás szérumfehérjékkel katalógusa Protein név Matton Protein teljes nevét Matton Gene neve Matton vezérlés /rák
Helyi és /vagy metasztatikus Matton Ratio Matton p értéke Matton Ratio Matton p
katalógusa A1AG1 katalógusa Alfa-1-savas glikoprotein 1 katalógusa ORM1
0,67 Matton 0,0008 Matton 1,00 katalógusa 0,5824 katalógusa A1AG2 katalógusa alfa- 1-savas glikoprotein 2

• Trendek és eredmények kezelésére gyomorrák elmúlt két évtizedben az egyetlen kelet-európai központja: a kohorsz vizsgálat
• Elsődleges gyomor lymphoma egy katona formájában jelentkező akut gasztrointesztinális bleeding