Identifikácia séra proteomu podpisov lokálne pokročilým a metastatickým karcinómom žalúdka: pilotné štúdie

Identifikácia séra proteomu podpisov lokálne pokročilým a metastatickým karcinómom žalúdka: pilotnej štúdie
abstraktné
pozadia
The rakovinou žalúdka je jedným z najčastejších a smrteľnú rakovinu po celom svete. Počiatočný asymptomatická vývoj a ďalšie nešpecifické symptómy viesť k diagnóze v pokročilom štádiu so zlou prognózou. Zatiaľ žiadne klinicky užitočnými biomarkery sú k dispozícii pre tento malignity a invazívne gastrointestinálne endoskopie zostáva jedinou spoľahlivou voľbou v túto chvíľu. Z toho dôvodu, že je potrebné pre objav klinicky užitočných neinvazívna diagnostické a /alebo prognostické nástroje, ako alternatíva (alebo doplnok) pre súčasné diagnostické nástroje. Tu sme sa zamerali na hľadanie sérové ​​proteíny charakteristické pre miestne a invazívne rakovina žalúdka
metódy
predbežnej úpravy boli odoberané vzorky krvi od pacientov s diagnostikovanou adenokarcinómom žalúdka v rôznom stupni ochorenia :. 35 pacientov s lokálne pokročilého karcinómu a 18 pacientov s karcinómom; 50 zdravých darcov boli tiež zahrnuté ako kontrolná skupina. frakcie s nízkou molekulovou hmotnosťou sérového proteomu (tj endogénne peptidomu) bol profilované pomocou hmotnostnej spektrometrie MALDI-TOF, a boli identifikované a kvantifikované celý zložky proteomu podľa brokovnice prístup LC-MS /MS.
Výsledky
Viaczložkové peptidomu podpisov bolo zistené, že nemá dobré rozlíšenie medzi zdravými kontrolami a pacientmi s nádorovým ochorením, rovnako ako u pacientov s lokálne pokročilým a metastatickým karcinómom. Okrem toho prístup LC-MS /MS ukázala, 49 sérových proteínov s rôznymi hojnosti medzi zdravých darcov a pacientov s rakovinou (prevažne proteíny spojené so zápalom a reakcie akútnej fázy). Ďalej boli identifikované 19 sérové ​​proteíny s rôznymi hojnosti medzi pacientmi s lokálne pokročilým a metastatickým karcinómom (vrátane proteínov, spojených s cytokínov /chemokiny reakciu a metabolizmu nukleových kyselín). Avšak ani peptidomu profilovanie ani brokovnica proteomiky prístup umožnil detekciu zložiek séra diskrimináciu medzi dvoch podskupín pacientov s miestnym ochorením, ktorí buď vyvinuté alebo nevyvinula metastázy v priebehu sledovania.
Závery
molekulárnych rozdielov medzi lokálne pokročilým a metastázujúci rakovina žalúdka, ako aj ďalšie zjavné rozdiely medzi zdravými jedincami a pacientmi s nádorovým ochorením, boli označené odraz na úrovni sérového proteomu. Avšak, nemáme žiadny dôkaz, že funkcie pred začiatkom liečby v sére proteomu mohol predpovedať riziko šírenia rakoviny u pacientov liečených kvôli miestnemu ochorenia. Avšak, predstavila dáta potvrdila potenciálna použiteľnosť sérum proteomem podpisu založené na biomarkeru v oblasti diagnostiky rakoviny žalúdka.
Kľúčové
rakovina žalúdka Včasná diagnóza nádory proteomiky biologické markery pozadí
rakovina žalúdka je štvrtým najbežnejším typom rakoviny a druhou najčastejšou príčinou úmrtí na nádorové ochorenie na celom svete. Táto rakovina postihuje predovšetkým obyvateľov východnej Ázie, východnej Európy, a časti Strednej a Južnej Ameriky, a miera chorobnosti je dvakrát vyššia u mužov ako u žien [1]. Malignity je spojená s nešpecifickými príznakmi, alebo dokonca asymptomatickou vývoja v jeho raných etapách, čo často vedie k diagnóze v pokročilom štádiu. Štádium rakoviny žalúdka silne koreluje so zlou prognózou. Podľa správy National Cancer Data Base, 5-ročné prežitie pre javiskové IA bola 78% a klesla v podstate v každej fáze až 7% u pacientov s diagnózou chorobou štádium IIIB alebo štádium IV [2]. Tak, včasná diagnóza rakoviny žalúdka by mohla radikálne zvýšiť účinnosť liečby a zlepšiť prognózu pre tento smrteľné choroby. V súčasnej dobe je najúčinnejší diagnostický nástroj pre detekciu karcinómu žalúdka zostáva gastrointestinálne endoskopie, napriek tomu tento invazívne postup nie je vhodný pre skríning vo veľkom meradle. Bohužiaľ, neexistuje žiadna alternatíva neinvazívny biomarkery k dispozícii, pretože bežne používané gastrointestinálne nádorové markery ako CEA, CA 19-9 alebo CA 72-4 sú nedostatočné pre včasnú diagnostiku tejto rakoviny vzhľadom k ich nízkej citlivosti a špecifickosti (20-30 %) [3-5]. Väčšina prípadov rakoviny žalúdka (nad 90%), sú klasifikované ako adenokarcinómov. V poslednej dobe štyri molekulárnej podtypy adenokarcinómom žalúdka boli rozlíšené na základe genómovej profilovanie dosiahnuté vďaka projektu Cancer Genome Atlas [6]. Avšak, poznatky o molekulárnej heterogenitu a biológiu tejto rakoviny, vrátane jej vývoja a mechanizmy progresie, stále ešte pomerne obmedzené. Z toho dôvodu naliehavá potreba pre identifikáciu klinicky relevantných biomarkerov sa týka nielen včasnú diagnostiku, ale aj prognózu a predikciu výsledkov liečby.
Klinická proteomiky je dôležitý prístup k objaveniu biomarkerov rakoviny žalúdka [7]. Je všeobecne známe, že krvné proteomu je sľubným zdrojom nových biomarkerov tejto rakoviny, vrátane najmä cenných markerov pre včasnú detekciu ochorení a monitorovanie odpovede na liečbu [8]. Hmotnostnej spektrometrie na základe profilovania frakcie s nízkou molekulovou hmotnosťou v sére proteomu, tzv endogénne peptidomu, ukázal, multi-peptidové podpisov s potenciálne použiteľnosť v klasifikácii a diagnostike rôznych typov rakoviny [9-13]. Niekoľko práce boli publikované, ktorý preskúmal MALDI /Šelda založené na profilovanie séra /plazmy petidome pre diagnostiku rakoviny žalúdka, ktorý navrhoval peptidové podpisov, ktoré dovolili diskrimináciu zdravých darcov a pacientov s rakovinou žalúdka alebo podpisy spojené s priebehu choroby [ ,,,0],14-22]. Niektoré súčasti týchto podpisov boli ďalej označené ako fragmenty KNG1 [18], APOC1 a APOA2 [19], SAA [20], TBB5 a TYB4 [22] alebo FIBA ​​[23, 24]. Viac nedávno, panel biomarkerov zložených z sérové ​​proteíny vopred vybrané na základe predklinické myšiam modelu (afamin, klusterinu, VDBP a haptoglobin) bol overený rozlišovať medzi pacientmi s rakovinou žalúdka a pacient s benígnych žalúdočných ochorení [25]. Avšak, žiadny z navrhnutých v sére proteomu podpisy karcinómu žalúdka bol široko akceptovaný a uplatňovaný v klinickej praxi doteraz.
Tu sme sa zamerali charakterizovať proteomu vlastnosti predbežného ošetrenia séra spojené s rizikom metastázy karcinómu žalúdka. Sa uskutočnili dva typy proteomických analýz: (1) frakcia s nízkou molekulovou hmotnosťou v sére proteomu bol profilovaný podľa hmotnostnej spektrometrie MALDI-TOF, (2) celých zložky proteomu boli identifikované a kvantifikované pomocou LC-MS /MS po štiepenie s trypsínom (prístupu "brokovnica proteomiky"). Skupiny predtým neliečených pacientov s lokálne pokročilou rakovinou žalúdka a prítomnosť metastáz boli zaradení do tejto štúdie (uzavreté skupina zdravých jedincov sa analyzovala ako referencie); ako komplexný proteomická analýza bola vykonaná v skupine pacientov s karcinómom žalúdka belochov prvýkrát. Sérum Proteome podpis, ktoré rozlišujú medzi pacientmi s lokálne pokročilým karcinómom a metastatického karcinómu bola zistená u tejto pilotnej štúdie, napriek tomu predstavuje špecifický pre pacientov s lokálne pokročilým ochorením v čase stanovenia diagnózy, ktorí sa nakoniec vyvinuli metastázy neboli pozorované na tejto úrovni.
Metódy
Charakteristika skupín pacientov
Päťdesiat traja pacienti s neliečeným biopsiou preukázanú adenokarcinómom žalúdka boli kvalifikované do tejto štúdie: 35 pacientov s lokálne pokročilou rakovinou, vrátane 16 pacientov s metastázami rozvinie počas liečby alebo následného sledovania a 19 pacientov s žiadnu detegovanou metastáz pri sledovaní, a 18 pacientov s karcinómom. Druhá skupina sa skladala zo štyroch pacientov s vzdialenej rozšírenie do jedného orgánu a 14 pacientov sa rozšírila do viacerých orgánov; zúčastnené orgány zahrnuté pobrušnicu (13 prípadov), pečeň (osem prípadov), karcinómu pľúc (tri prípady), na ďalšie miesta (osem prípadov). Všeobecne platí, že kritériá pre zaradenie zapojený: Stav Eastern Cooperative Oncology Group výkonnosti (ECOG) 0-2, vek 20-85 rokov, sérum hladiny kreatinínu < 1,5 mg /dl, hladina bilirubínu v sére < 2,0 mg /dl, je počet granulocytov > 1500 buniek /ul a krvných doštičiek > 100.000 buniek /ml, zatiaľ čo vylučovacie kritériá podieľajú: predchádzajúca zhubný nádor, predchádzajúce chirurgický zákrok, rádioterapia alebo chemoterapia. Predbežné spracovanie inscenácie vychádza z fyzikálneho vyšetrenia, esophagogastroscopy s biopsia, CT brucha a hrudníka vyšetrenie röntgenovým alebo CT. Päťdesiat pohlavné a vekové-uzavreté bez príznakov ochorenia darcovia boli zaradení ako kontrolná skupina. Všetci účastníci štúdie boli belochov (~ 65% mužov) s vekom v rozmedzí 34-74 rokov. Tabuľka 1 ukazuje podrobnejšie informácie o analyzovaných skupín. Štúdia bola schválená príslušnou etickou komisiou, a všetky osoby, ktoré boli zúčastňujúci sa tejto štúdie za predpokladu, informovaný súhlas s uvedením ich vedomé a dobrovoľné participation.Table 1 Charakteristika darcovských skupín zapísaní do štúdia
Group /parameter

zdravých kontrolných
pacientov s rakovinou (vo všetkých prípadoch)
pacienti s lokálne pokročilým karcinómom
pacientov s karcinómom
nešíri

Šírenie EU Počet (n)
50
53
19
16
18
Pohlavie (M /Ž)
30/20
37/16
12/7 13/3
12/6
vek (roky)
28-60 (medián 50)
34-74 (medián 59)
36-70 (medián 59)
34-73 (medián 58)
35-74 (medián 60)
umiestnenie nádoru
hornej tretine -
15 (28%) Sims 3 (16%)
6 (37%)
6 (33%)
prostrednej tretine -
31 (59%)
13 (68%)
9 (57%)
9 (50%)
dolnej tretine -
7 (13%) Sims 3 (16%)
1 (6%)
3 (17%)
histologického stupňa
G1-G2 -
16 (30%)
10 (53%) Sims 3 (19%) Sims 3 ( 17%)
G3 -
29 (55%)
8 (42%)
11 (69%)
10 (56%)
neurčené
-
8 (15%)
1 (5%)
2 (12%)
5 (27%)
Primárne tumor
CT1-T3
-
50 (94%)
19 (100%)
16 (100%)
15 (83%)
CT4 -
3 (6%)
0 (0%)
0 (0%) Sims 3 (17%)
lymfatických uzlín
cN0 -
20 (38%)
13 (68%)
5 (31%)
2 (11%)
CN1-N3 -
33 (62%)
6 (32%)
11 (69%)
16 (89%)
metastázy (počiatočná)
CM0 -
35 (66%)
19 (100%)
16 (100%)
0 (0%)
cm1 -
18 (34%)
0 (0%)
0 (0%)
18 (100%)
skupiny pacienti s lokálne pokročilým karcinómom v čase stanovenia diagnózy boli ďalej rozdelené na podskupiny, kde buď nie je spread (kontrola) alebo po sebe idúcich rakoviny šírenia /šírenia (vzdialených metastáz) bola zistená
Príprava sérum
predúpravy krv bola odobratá do 5ml Vacutainer Tube (Becton-Dickinson), inkubované počas 30 minút pri izbovej teplote, aby zrážanie a potom sa odstredí pri 1000 g počas 10 minút
pre odstránenie zrazeniny. Sérum sa rozdelí na alikvótne a skladuje pri teplote -70 ° C až do použitia
profilovanie frakcie s nízkou molekulovou hmotnosťou v sére proteomu
Pred boli vzorky na analýzu zriedi v pomere 1: 5. S pufrom s obsahom 20% acetonitrilu (ACN) a 25 mM hydrogénuhličitan amónny a potom sa filtruje odstreďovaním cez Amicon Ultra jednotiek (50 kDa cut-off) pre odstránenie značnej váhy proteínov s vysokou molekulárnou, najmä albumín. Bezprostredne predtým, ako vzorky na analýzu boli odsolenie a zahustí nanesením ZipTip C18 mikrokolonách (EMD Millipore), a potom sa vymýva 1 ul roztokom matrix (nasýteným roztokom alfa-kyano-4-hydroxy-škoricovej kyseliny v 30% ACN /H <sub>2O a 0,1% TFA), priamo na 800 um AnchorChip ™ (Bruker Daltonics) dosky. Analýza bola vykonaná za použitia hmotnostného spektrometra UltrafleXtreme MALDI-TOF (Bruker Daltonics); analyzátor pracuje v lineárnom režime, a kladné ióny boli zaznamenané v rozsahu hmotnosťou medzi 1000 a 12,000 Da. Vzorky boli nanesené v dvoch vyhotoveniach a pre každú škvrnu dve spektra bol zhotovený. Mass kalibrácia bola vykonaná po každých štyroch vzorkách s použitím Protein Calibration Standard I (Bruker Daltonics). Randomizácia v blokoch bol použitý v spektier registrácii, aby nedošlo k dávkový efekt. Potom sa hrubá dáta bola exportovaná do TXT a spektrálne zložky boli vopred spracovaný pomocou bioinformatických algoritmov vytvorených v našej skupine, ktorá zahŕňala vyrovnanie, detekcia a odstránenie odchýlkami profilov podľa Dixona Q testu (single spektra bola odstránená od asi 5% vzoriek), priemerovanie technických opakuje, základné odstraňovanie a normalizáciu celkového iónového prúdu. Spektra vyhladzovanie, vrchol zber, Binning a štatistické analýzy boli vykonané za použitia softvéru Spectrolyzer (verzia 1.0.21.3590, MedicWave).
LC-MS /MS analýzu proteomu zložiek séra
Vzorky séra boli znížené s 5 mM dithiothreitolu pre 5 min pri 95 ° C, potom sa alkyluje s 10 mM jodacetamidu po dobu 20 minút v tme pri teplote miestnosti, a potom štiepi cez noc pri 37 ° C s trypsínom (Promega). Analýza bola vykonaná na Dionex Ultimate 3000 RSLC nanoLC systém pripojený k Q Exactive Orbitrap hmotnostného spektrometra (Thermo Fisher Scientific); každú vzorku bol analyzovaný oddelene. Tryptické peptidy (2,5 ug peptidov), boli separované na reverznej fáze, Acclaim PepMap RSLC nanoViper C18 (75 um x 25 cm, 2 um granulácie) za použitia acetonitrilového gradientu (od 4 do 60%, v 0,1% kyselina mravčia) pri 30 ° C C a prietokové rýchlosti 250 nl /min (pre 230 min). Spektrometer bol pôsobiaci v dátovom závislé režime MS /MS s prehľadom preverovanie získaných pri rozlíšení 70.000 pri m /z 200 Da v režime MS a 17,500 pri m /z 200 Da v režime MS2, resp. Spektra bola zaznamenaná v rozmedzí skenovanie m /z 300-2000 v pozitívnom iontovom móde. Vyššia energetická kolízne fragmentácia iónový disociácia (HCD) bola vykonaná s normalizovaných zrážkovej energie nastavená na hodnotu 25. Identifikácia proteínov bola vykonaná pomocou Swiss-Prot ľudské databázu s presnosťou tolerancie 10 ppm pre peptidové masy a 0,05 Da pre fragment iónové masy. Abundances identifikovaných proteínov sa odhadli pomocou MaxQuant 1.4.1.1 softvéru.
Štatistický a bioinformatiky analýzy
pre každý komponent MALDI profilov porovnanie medzi skupinami darcov bolo vykonané pomocou t testu Studentov po logaritmickej transformácii dát. Viaczložkové classifiers boli stavané a testované s prístupom SVM so sídlom pomocou softvéru Spectrolyzer (verzia 1.0.21.3590, MedicWave). Významnosť rozdielov v hojnosti proteínov kvantifikované pomocou LC-MS /MS boli hodnotené za použitia t-testu alebo Mann-Whitneyho testu v závislosti na normalite dát (spôsob distribúcie bol odhadnutý pomocou testu Shapiro-Wilk, test Lilliefors a F test na homogenitu odchýlok), a test Neményi pre párová porovnanie. Všeobecne, p = 0,05 bol vybraný ako štatistického prahu významnosti okrem MALDI profilovanie, kde bola použitá Bonferroniho korekcia pre viac testovania. Empirická Proteomická Ontology Knowledge Base (EPO-KB), ktorá anotácii registrovaná m /z hodnôt známych peptidov /proteínov [26], bola použitá pre priradenie hypotetické identifikáciu zložiek spektra (0,5% hmotnostného limitu presnosti bola povolená). Zoznam génov zodpovedajúcich identifikovaných proteínov bola komentárom pri uvedení do prevádzky z hľadiska použitia gProfiler (http: //biit sk ut EE /gprofiler /...); Význam termínu nadmerné zastúpenie bola hodnotená s použitím testu Hypergeometrické rozdelenie. Pre vizualizáciu funkčných vzťahov medzi identifikovaných proteínov, ktoré zodpovedajú gény boli komentovaný na GeneMANIA Cytoscape plugin pre dráha interakcií siete (http: //. Stránkach genemania org /plugin /.)
Výsledky
Mass. profily endogénnej peptidomu séra (frakcia s nízkou molekulovou hmotnosťou v sére proteomu) boli charakterizované MALDI-TOF spektrometrie v celej skupine 53 pacientov s rakovinou žalúdka a 50 spárovaných zdravých darcov. Táto analýza nám umožnila zhodnotiť celkovú mieru rozdieloch a podobnostiach medzi podskupiny analyzovaných jedincov. Všeobecne platí, že 255 spektrálna zložky (peptidy ióny) boli odlíšené v analyzovanom rozsahu hmotnosťou (obr. 1a), a abundances 101 dielov odhalila štatisticky významné rozdiely medzi skupinami v porovnaní (po korekcii Bonferroniho proti roztrúsenej testovanie). Tabuľka 2 predstavuje čísla séra peptidomu komponentov, ktoré diferencovaných určitým skupinám darcov. boli pozorované veľké rozdiely v hojnosti určitých komponentov v sére medzi pacientmi s rakovinou a zdravých darcov (cca 39% z registrovaných zložiek vyžíval štatisticky významné rozdiely). Boli tiež pozorované veľké rozdiely medzi pacientmi s lokálne pokročilým karcinómom (všetky prípadov) au pacientov s karcinómom (asi 9% z registrovaných zložiek vyžíval štatisticky významné rozdiely); To je pozoruhodné, že podobné čísla rozlíšiť zložiek boli u pacientov s karcinómom boli porovnané s oboma podskupinami s miestnym ochorením oddelene pozorovaný (tj., Skupina, kde bol zistený vzdialený šírenie rakoviny počas následných krokoch a skupinou bez známok ochorenia). Koherentným, aj vykonávajúci triediče mohol byť postavený na základe vlastností v sére peptidomu že oddelených porovnaní skupiny zdravých darcov a pacientov s lokálne pokročilým alebo metastatickým karcinómom (AUC opatrenia pre SVM so sídlom v číselníku bol vyšší ako v oboch prípadoch 90%). V ostrom kontraste, žiadny štatisticky významný rozdiel bol zistený, keď boli porovnané dve podskupiny pacientov s lokálne pokročilým karcinómom (ktorí buď vyvinul, alebo nie vyvinuté metastáz pri sledovaní) (AUC SVM so sídlom v číselníku bol nižší ako 50%). Obrázok 1b uvádza príklady séra peptidomu súčiastok s výrazne odlišnými abundances medzi porovnávaných skupinách. To je pozoruhodné, že medzi petidome komponentov, ktoré diferencovaných ako zdravých kontrol od pacientov s nádorovým ochorením a u pacientov s lokálne pokročilého karcinómu u pacientov s metastatickým ochorením bolo niekoľko zložiek, ktoré domnele zodpovedali fragmenty fibrinopeptidu A (FIBA). Tie zahŕňali komponenty s registrovaných m /z hodnotou 1088.7, 5903.5 a 5916,6 Da výrazne downregulated v sére pacientov s rakovinou, a súčasti 1469.9 a 1626.0 Da s výrazne vyššími hojnosti v sére pacientov s metastatickým ochorením ako u pacientov s lokálne pokročilým karcinómom (pozri obr . 1b; Ďalší súbor 1: Tabuľka S1). Došli sme k záveru, že molekulárnej rozdiely medzi lokálne pokročilého a metastatického karcinómu žalúdka (ako aj rozdiely medzi zdravých jedincov a pacientov s rakovinou žalúdka všeobecne) majú odraz na úrovni sérového peptidomu. Avšak, rysy peptidomu predprípravu sére by mohol byť pravdepodobne použité pre prognózu ochorenia šíri počas /po liečbe. Obr. 1 Profil endogénneho sérového peptidomu pacientov s rakovinou žalúdka. Priemerná hmotnostné spektrum v rozsahu 1000-10,000 Da. b Príklady séra peptidomu zložiek, ktoré boli abundances rozdiel medzi vzorkami od zdravých kontrol a rôznych skupín pacientov s rakovinou žalúdka. Boxplots
vykazujú minimálne, dolný kvartil, medián, horný kvartil, maximálne hodnoty a odľahlé hodnoty; Hviezdičky
označené štatisticky významné rozdiely (p menšie ako 0,05 s Bonferroniho korekcia)
Tabuľka 2 Počty sérum peptidomu zložiek s rôznymi hojnosti medzi porovnávaných skupín jednotlivcov
skupín /rozdiely
kontrola vs. rakovina (vo všetkých prípadoch)
lokálne pokročilým vs. metastatické rakovina
Miestny /nešíri vs. metastatické rakovinu
Miestny /šírenia vs. metastatické rakovinu
miestna /nešíri vs. miestnej rakoviny /spread
n
50 vs. 53
35 vs. 18
19 vs. 18
16 vs. 18
19 vs. . 16
p < 0,05
182
88
74
75
11
FDR
7%
14%
17%
17%
100%
p < 0.05 /Bonferroniho
101
23
11
16
0
AUC (SVM)
0,94
0,91
0,92
0,97 0,48

Zobrazené sú počty rozlišovanie súčasti, ktoré dosiahli hranicu štatistickej významnosti p = 0,05 (s zodpovedajúcim odhadu FDR) alebo prah posilnený Bonferroniho korekcie a silu SVM klasifikátor postavené zo peptidomu komponentov (charakterizovaná AUC hodnoty)
v druhom kroku sme zvolili vzorky 12 zdravých darcov a desiatich pacientov z každej rakoviny podskupiny pre zaistenie rovnakého veku (mediány asi 56 rokov) a pomer pohlaví (cca 80% u mužov) v porovnaní podskupín. Tieto vzorky boli použité pre ďalšie analýzy založenej na brokovnice LC-MS /MS prístupu. Všeobecne platí, že asi 450 proteíny boli identifikované v analyzovaných vzorkách séra. Hladiny 234 sérových proteínov boli kvantifikované vo vzorkách odobratých z každej z 42 osôb, vrátane 129 unikátnych sérové ​​proteíny, ktoré nesúvisia s imunoglobulíny (105 imunoglobulínov a Ig-príbuzné proteíny, rovnako ako domnelé necharakterizovaných proteínov, boli vylúčení z ďalšej analýzy); Kompletné údaje sú uvedené v dodatkovom súboru 1: Tabuľka S2. Ešte 49 sérové ​​proteíny s hojnosti rôznych medzi zdravých darcov a pacientov s rakovinou žalúdka (p hodnoty menšie ako 0,05, odhadovaná hodnota FDR = 13%): 41 proteíny boli up-regulované, zatiaľ čo osem proteíny boli downregulated v krvi u pacientov s nádorovým ochorením (proteíny sú uvedené v tabuľke 3 ,. príklady na obr 2). To je pozoruhodné, že podobné vzory up-reguláciu alebo down-reguláciu proteínov séra súvisiace s rakovinou sa pozorovala u všetkých tam podskupín pacientov s rakovinou (aj keď menšia veľkosť analyzovaných skupín môže znižovať štatistickú významnosť rozdielov; pozri doplnkovú súboru 1: Tabuľka S3). Okrem toho bolo 19 sérové ​​proteíny s hojnosti rôznych medzi pacientmi s lokálne pokročilým a metastatickým karcinómom (p hodnoty menšie ako 0,05, odhadovaná hodnota FDR = 34%): tri proteíny boli up-regulované, zatiaľ čo 16 proteíny boli downregulated v krvi u pacientov s metastatickým ochorením. To je pozoruhodné, že abundance proteínov a angiogenin C-reaktívneho všeobecne up-regulované u karcinómov vzorkách ďalej zvýšil v metastatických vzoriek, zatiaľ čo abundances karboanhydrázy 1 všeobecne downregulated vo vzorkách s nádorovým ochorením v metastatických vzoriek (tabuľka 3) sa ďalej znížil. Okrem toho vzory rozdiely medzi vzorkami od pacientov s karcinómom a všetkých pacientov s miestnym ochorením boli zachované, keď dve menšie podskupiny pacientov s lokálne pokročilým karcinómom boli po dvoch v porovnaní s karcinómom (pozri doplnkovú súbor 1: Tabuľka S4). Na druhej strane, množstvo iba jeden proteín (antitrombín-3) ukázala štatisticky významný rozdiel, keď boli porovnané obe podskupiny pacientov s lokálne pokročilým karcinómom (množstvo tohto proteínu bola najvyššia v skupine pacientov s lokálnou chorobou, ktorí sa nešíri pri nasleduj). Došli sme k záveru, že podpis multi-proteín by mohol byť pre klasifikáciu pred liečbou vo vzorkách séra pacientov s karcinómom žalúdka, ktorí trpeli buď lokálne pokročilým alebo metastatickým ochorením. Avšak, rysy sérového proteomu nemohol rozlíšiť pacientov s miestnymi ochorenie, ktoré sa šíria v priebehu sledovania po treatment.Table 3 Rozlíšenie sérové ​​proteíny Fotogaléria Meno Protein
Protein celé meno
Fotogaléria Meno Gene
Control /rakovina
Lokálne /metastatické
pomer
hodnotu p
Ratio
hodnotou p

A1AG1
alfa-1-kyslý glykoproteín 1
ORM1
0,67
0,0008
1,00
0,5824
A1AG2
alfa- 1-kyslý glykoproteín 2
ORM2
0,68
0,0006
1,00
0,7414
A1AT
alfa-1-antitrypsín
SERPINA1
0,50
< 0,0001
1,03
0,6441
A1BG
Alpha-1B-glykoproteín
A1BG
0,76
0,0072

1,04
0,5824
A2GL
leucín bohatý na alfa-2-glykoproteín
LRG1
0,46
0,0016
0,80
0.4414
AACT
alfa-1-antichymotrypsinu
SERPINA3
0,54
0,0007
0,97
0.9124
ADIPO
adiponektínu
ADIPOQ
0,41
0,0092
1,60
0,3442
AFAM
Afamin
AFM
1,30
0,0355

1,06
0.5824
Angi
angiogenin
Ang
0,30
0,0465
0,24
0,0294
APOA1
apolipoproteínu AI
APOA1
0,47
< 0,0001
1,31
0,0235
APOC1
apolipoproteín CI
APOC1
0,25
< 0,0001
1,52
0,1183
APOC3
apolipoproteín C-III
APOC3
1,82

0,0108
1,20
0,5824
ApoE
apolipoproteín E
APOE
0,62
0,0040
1,01
0,6441
APOF
apolipoproteín F
APOF
0,64
0,0085
0,80
0,5235
APOM
apolipoproteín M
APOM
0,92
0,4275
1,51
0,0263
C1S
dodatok C1S podsúčasťou
C1S
0,70
0,0016
1,22
0,0748
CAH1
karboanhydráza 1
CA1
2,96
0,0173
2,41
0,0143
CBG
kortikosteroidy viažuci globulín
SERPINA6
0,53
0,0117
1,08
0,7749
CD14
monocytov antigén CD14
CD14
0,56
0,0033
1,21
0,1658
céru
ceruloplazmín
CP
0,67
0,0013
1,05
0,6129
CFAB
komplement faktora B
CFB
0,61
0,0006
1,11
0,6441
CO2
komplement C2
C2
0,64
0,0475
1,57
0,0679
CO4A
komplement C4-A
C4a
0,87
0.0435
0,94
0,7749
CO4B
komplement C4-B
C4B
0,73
0,0127
0,99
0.5526
Co5
komplement C5
C5
0,77
0,0085
0,91
0,8776
CO6
zložky komplement C6
C6
0,64
0,0013
0,97
0,8431
CO8G
zložky komplement C8 gama
C8G
0,66
0,0137

1,12
0,4679
CO9
zložky komplement C9
C9
0,42
< 0,0001
0,93
0,9124
CRP
C-reaktívneho proteínu CRP
Hotel < 0,01
0,0389
0,15
0,0414
CXCL7
doštičiek bázický proteín
PPBP
0,83
0,1516
1,53
0,0030
fetu
Alpha-2-HS-glykoproteínu
AHSG
0.90
0,3095
1,34
0,0068
FHR1
komplement faktora H súvisiace s prot. 1
CFHR1
0,66
0,0725
1,30
0,0366
GPX3
glutathionperoxidázy 3
GPX3
0,92
0.6065</sub>