Identifikacija serum Proteom potpisa lokalno uznapredovalim i metastatskim rakom želuca: pilot study

Identifikacija serumu Proteom potpisa lokalno uznapredovalim i metastatskim rakom želuca: pilot studija pregled apstraktne pregled pozadine
raka želuca je jedan od najčešći i smrtno raka u svijetu. Početni asimptomatski razvoj i daljnje nespecifični simptomi dovesti do dijagnoze u uznapredovalom stadiju s lošom prognozom. Ipak, bez klinički korisni biomarkeri su dostupni za ovaj malignosti, a invazivna gastrointestinalne endoskopije ostaje jedini pouzdan izbor u ovom trenutku. Dakle, postoji potreba za otkriće klinički korisnih neinvazivna dijagnostička i /ili prognostički alat kao alternativa (ili dopuna) za tekuće dijagnostičkih alata. Ovdje ćemo cilj za pretragu serumskih proteina karakterističnih za lokalnu i invazivnog karcinoma želuca
metode
uzorci predobrade krvi prikupljeni su od bolesnika s dijagnozom želučanog adenokarcinoma u drugom stadiju bolesti. 35 bolesnika s lokalno uznapredovalim rakom i 18 bolesnika s metastatskim karcinomom; 50 zdravih davatelja također su uključeni kao kontrolna skupina. Niske molekularne težine frakcija u serumu proteome (tj endogeni peptidome) je profilirani od MALDI-TOF masene spektrometrije, a cijeli komponente proteoma su identificirani i kvantificirani od LC-MS /MS sačmarica pristup. Pregled Rezultati
Višekomponentne peptidome potpisa otkrila koja je omogućila dobru diskriminaciju između zdravih i bolesnika od raka, kao i između bolesnika s lokalno uznapredovalim i metastatskim rakom. Štoviše, LC-MS /MS pristup pokazala 49 serumske proteine ​​s različitim brojnost između zdravih donora i bolesnika s karcinomom (pretežno proteina povezanih s upalom i akutnoj fazi). Nadalje, 19 serumski proteini s različitim brojnost između bolesnika s lokalno uznapredovalim i metastatskim rakom identificirano (uključujući proteine ​​povezane s citokina /kemokina odgovora i metabolizam nukleinskih kiselina). Međutim, ni peptidome profiliranje, niti sačmarica proteomika pristup omogućio otkrivanje komponente u serumu razlikovanja dviju podskupina bolesnika s lokalnom bolesti koji su ili su razvili ili ne razvijaju metastaze tijekom praćenja. Pregled Zaključci
molekularnoj razlika između lokalno uznapredovalim i metastatskim rak želuca, kao i očite razlike između zdravih ispitanika i ispitanika oboljelih od raka, obilježili su odraz na razini serumskog proteome. Međutim, mi nemamo dokaza da obilježja predobrade seruma proteome mogao predvidjeti rizik od širenja raka u bolesnika liječenih zbog lokalnih bolesti. Ipak, predstavio podaci potvrdili potencijalnu primjenjivost u serumu Proteom potpis na bazi biomarkera u u dijagnostici raka želuca. Pregled Ključne riječi pregled, karcinom želuca Rana dijagnoza novotvorine Proteomika Biološki markeri Pozadina pregled, raka želuca je četvrti najčešći rak i drugi vodeći uzrok karcinoma povezanih smrti širom svijeta. Ovaj rak posebno pogađa populaciju istočnoj Aziji, Istočnoj Europi i dijelovima Srednje i Južne Amerike, a stopa morbiditet je dvostruko veći za muškarce nego za žene [1]. Malignosti je povezana s nespecifičnih simptoma ili čak i asimptomatske razvoja u svojim ranim fazama, što često rezultira u dijagnozi u naprednim stadijima. Stadij raka želuca je usko povezana s lošom prognozom. Prema izvješću National Cancer bazu, 5-godišnje stopa preživljavanja za pozornicu IA je 78%, a značajno pao u svakoj fazi do oko 7% bolesnika s Stage IIIB ili IV stadiju bolesti dijagnosticiran [2]. Dakle, rana dijagnoza karcinoma želuca može radikalno povećati učinkovitost liječenja i poboljšati prognozu za ovu smrtonosnu bolest. Trenutno najučinkovitiji dijagnostički alat za otkrivanje raka želuca ostaje gastrointestinalne endoskopije, ali ovo invazivna tehnika nije prikladna za velike projekcije. Nažalost, ne postoji alternativa neinvazivni biomarkera na raspolaganju, jer su najčešće korištene gastrointestinalne tumorski markeri kao što su HUP, CA 19-9 i CA 72-4 su nedovoljni za rano otkrivanje raka ove zbog svoje niske osjetljivosti i specifičnosti (20-30 %) [3-5]. Većina slučajeva raka želuca (iznad 90%) se klasificiraju kao adenokarcinoma. U novije vrijeme četiri molekularne podtipova želučanog adenokarcinoma su izdvojeni na temelju genomske profiliranja dostavljenih zahvaljujući projektu Cancer Genome Atlas [6]. Međutim, znanje o molekularnoj heterogenosti i biologije tog raka, uključujući i njegov razvoj i mehanizama napredovanja, i dalje je prilično ograničen još. Stoga, hitna potreba za identifikaciju klinički relevantnim biomarkera odnosi ne samo na ranu dijagnozu, ali i prognozu i predviđanje ishoda liječenja.
Kliničke proteomika je važan pristup otkrivanju biomarkera raka želuca [7]. Općenito je prihvaćeno da je krv Proteom je obećavajući izvor novih biomarkera ovog karcinoma, uključujući osobito vrijednih markera za rano otkrivanje bolesti i praćenja odgovora na liječenje. [8] Masena spektrometrija bazi profiliranje male molekularne težine frakcije seruma proteome tzv endogeni peptidome otkrila više peptidnih potpisa potencijalna primjenjivost u klasifikaciji i dijagnostiku različitih tipova raka [9-13]. Nekoliko radovi objavljivani da istraživao MALDI /SELDI bazi profiliranje serum /plazma petidome za dijagnosticiranje raka želuca, koji je predložio peptidne potpise koje su omogućile razlikovati zdrave donatora i bolesnika s karcinomom želuca, ili potpisa povezane s tijeku bolesti [ ,,,0],14-22]. Nekoliko sastojci takvih potpisa dalje su identificirani kao fragmenti KNG1 [18], APOC1 i Apolipoprotein A2 [19], SSP [20], TBB5 i TYB4 [22] ili FIBA ​​[23, 24]. U novije vrijeme, panel biomarkera u sastavu proteina u serumu prethodno odabrani na temelju pretkliničkih mišjem modelu (afamin, Clustcrin, VDBP i Haptoglobin) bio je ovjeren razlikovati između pacijenata rak želuca i bolesnika s benignim želučanim bolestima [25]. Ipak, niti jedan od predloženih serumu Proteom potpisa raka želuca je široko prihvaćena i primijenjena u kliničkoj praksi.
Ovdje cilj okarakterizirati Proteom značajke serumu prije liječenja povezan s rizikom od metastaziranja raka želuca. Provedena su dva tipa proteomskom analiza: (1) male molekularne težine frakcija u serumu proteome je portret od MALDI-TOF masene spektrometrije, (2) cijele komponente proteoma su identificirane i kvantificirane pomoću LC-MS /MS nakon digestije s tripsina (na "sačmarica proteomika" pristup). Skupine prethodno neliječenih bolesnika s lokalno uznapredovalim rakom želuca i metastatske bolesti su upisani na ovaj studij (a odgovaraju skupina zdravih osoba je analizirana kao referenca); kao konačan proteomske analiza provedena je u skupini bolesnika s rakom bijelaca želuca po prvi put. Serum Proteom potpis da razlikuju između bolesnika s lokalno uznapredovalim rakom i metastatskog karcinoma je otkriven u ovom pilot studije, ipak ima specifičnu za bolesnika s lokalno uznapredovale bolesti u vrijeme postavljanja dijagnoze koje su na kraju razvili metastaze nisu zabilježene na ovoj razini.
Metode
Karakteristike skupine bolesnika
Pedeset i tri bolesnika s prethodno neliječene biopsijom dokazano želučanog adenokarcinoma su kvalificirani u ovoj studiji: 35 bolesnika s lokalno uznapredovalim rakom, uključujući i 16 bolesnika s metastazama razvijenih tijekom terapije ili praćenje i 19 bolesnika s nije otkrivena metastaza tijekom praćenja, te 18 bolesnika s metastatskim karcinomom. Potonja skupina sastojala se od četiri bolesnika s dalekog proširila na jednom organu i 14 bolesnika s proširila na više organa; uključeni organi uključeni peritoneum (13 slučajeva), jetre (osam slučajeva), pluća (tri slučaja), druge lokacije (osam slučajeva). Općenito, kriteriji za uključivanje uključeni: status (ECOG) performanse Eastern Cooperative Oncology Group of 0-2, dob 20-85 godina, serumski nivo kreatinina < 1,5 mg /dl, serum bilirubin razini < 2,0 mg /dl, drži se granulocita > 1500 stanica /ul, a broj trombocita > 100.000 stanica /ul, a kriteriji za isključenje su uključeni: prethodni maligne bolesti, prethodna kirurgija, radioterapija ili kemoterapija. Prethodna obrada inscenacije na temelju fizičkog pregleda, esophagogastroscopy s biopsija, CT abdomena i prsnog pregleda od strane X-ray ili CT. Pedeset starošću i spolom sparenih donora bolesti bez uključene su kao kontrolna skupina. Svi sudionici studije bili bijelci (~ 65% muškaraca) s dobi u rasponu od 34-74 godina. Tablica 1 prikazuje detaljnije informacije o analiziranim skupinama. Istraživanje je odobreno od strane odgovarajućeg etičkog povjerenstva, te sve osobe koje su sudjelovale u ovom istraživanju daje pristanak ukazuje na njihovu svjesno i dragovoljno participation.Table 1 Karakteristike donatorskih grupa upis u radnu
Grupa /parametar pregled
zdravih kontrolnih
raka bolesnika (svih slučajeva)
bolesnika s lokalno uznapredovalim rakom
bolesnici s metastatskim karcinomom pregled
Nema širenja pregled
Spread
broj (n)
50 pregled, 53 pregled, 19 pregled, 16 pregled, 18 pregled, Sex (m /ž) pregled, 30/20
37/16 pregled 12/7 pregled 13/3 pregled 12/6 pregled Starost (godine)
28-60 (medijan 50)
34-74 (medijan 59)
36-70 (medijan 59) pregled, 34-73 (medijan 58) pregled, 35-74 (medijan 60) pregled lokacija tumora pregled gornjoj trećini
- 15 (28%) pregled, 3 (16%) pregled, 6 (37%)
6 (33%) pregled srednjoj trećini
- 31 (59%)
13 (68%)
9 (57%)
9 (50%) pregled, donja trećina
- 7 (13%) pregled, 3 (16%) pregled, 1 (6%)
3 (17%) pregled histološkog stupnja pregled G1-G2
- 16 (30%)
10 (53%) pregled, 3 (19%) pregled 3 ( 17%) pregled G3
- 29 (55%) pregled, 8 (42%)
11 (69%)
10 (56%)
Nije navedeno
- pregled 8 (15%)
1 (5%) pregled, 2 (12%) pregled, 5 (27%) pregled Primarni tumor pregled CT1-T3 pregled -
50 (94%)
19 (100%)
16 (100%)
15 (83%) pregled cT4
- 3 (6%) pregled 0 (0%) pregled, 0 (0%) pregled, 3 (17%) pregled limfnih čvorova pregled cN0
- 20 (38%)
13 (68%) pregled, 5 (31%)
2 (11%) pregled cN1-N3
- 33 (62%) pregled, 6 (32%)
11 (69%) pregled, 16 (89%) pregled Metastaza (početno) pregled cM0
- 35 (66%)
19 (100%)
16 (100%) pregled 0 (0%) pregled CM1
- 18 (34%) pregled, 0 (0%) pregled, 0 (0%)
18 (100%) pregled Group bolesnika s lokalno uznapredovalim rakom u vrijeme postavljanja dijagnoze bila dodatno podijeljen na podskupine, gdje bilo ni namaz (kontrola) ili uzastopnih raka širenja /širenja (udaljene metastaze) otkrivena je pregled Priprema uzoraka seruma
predobrade krv se skuplja u 5 ml vakutainer (Becton-Dickinson), inkubiraju 30 minuta na sobnoj temperaturi kako bi se omogućilo zgrušavanja, a tada je centrifugirana na 1000 g tijekom 10 minuta
ukloniti ugrušak. Serum je podijeljen u alikvote i pohranjen na -70 ° C do uporabe pregled profiliranje male molekularne težine frakcije seruma Proteom
od prije Uzorci za analizu se razrijede 1: 5. S puferom koji sadrži 20% acetonitril (ACN) i 25 mM amonijev bikarbonat, a zatim filtrira centrifugiranjem kroz amicon Ultra jedinica (50 kDa cut-off) za uklanjanje obilje proteina visoke molekularne težine, osobito albumina. Neposredno prije Uzorci analize su oslobođena soli i koncentrira nakon umetanja na ZipTip C18 microcolumns (EMD Millipore), te eluira 1 ul otopine matrice (zasićena otopina alfa-cijano-4-hidroksi-cimetne kiseline u 30% ACN /H _{2O i 0,1% TFA) izravno na 800 um AnchorChip ™ (Bruker Daltonics) ploče. Analiza je provedena pomoću UltrafleXtreme MALDI-TOF masenog spektrometra (Bruker Daltonics); analizator radio u linearnom modu i pozitivni ioni su zabilježene u rasponu masovno između 1000 i 12.000 Da. Uzorci su uočena u duplikatu i za svaku točku dva spektri su stečena. Misa kalibracije je izvršena nakon svakih četiri uzorka pomoću proteina kalibracije standard I (Bruker Daltonics). Randomizacije u blokovima korišten spektra pogona kako bi se izbjeglo moguće šarže učinak. Nakon toga sirovi podaci su izvoze u TXT datoteke i spektralnim komponente su preprocessed pomoću bioinformatičkih algoritama stvorene u našoj grupi, koja je uključivala poravnanje, otkrivanje i uklanjanje van neke profile po Dixon je Q testom (za jednu spektri su uklonjene od oko 5% uzoraka), u prosjeku tehničkih ponavlja, osnovni uklanjanje i normalizacije ukupne ionske struje. Spektar zaglađivanje, vrh branje, košare i statistička analiza provedena su pomoću Spectrolyzer softvera (verzija 1.0.21.3590, MedicWave). Pregled, LC-MS /MS analiza komponenti Proteom serumu pregled Uzorci seruma su smanjene s 5 mM ditiotreitola za 5 min na 95 ° C, zatim se alkilira s 10 mM jodacetamidom 20 minuta u mraku na sobnoj temperaturi, a potom probavlja preko noći na 37 ° C s tripsinom (Promega). Analiza je provedena na Dionex Ultimate 3000 RSLC nanoLC sustav spojen na Q Exactive Orbitrap masenom spektrometru (Thermo Fisher Scientific); Svaki uzorak je analiziran zasebno. Triptinski peptida (2.5 ug peptida) su razdvojeni reverzne faze Acclaim PepMap RSLC nanoViper C18 kolone (75 um × 25 cm, 2 um granulacije) pomoću gradijenta acetonitrila (od 4 do 60%, u 0,1% mravlje kiseline) pri 30 ° C i brzina protjecanja od 250 Nl /min (za 230 min). Spektrometar se posluje u podacima ovisan MS /MS opciji ankete skenira stečenih u rezoluciji od 70.000 na m /z 200 Da u MS modu i 17.500 na m /z 200 Da se u MS2 modu, respektivno. U spektri snimljeni su u skeniranje m /z rasponu 300-2000 u obliku pozitivnih iona. Viša energija kolizijski disocijacije (HCD) ion Fragmentacija je provedena s normalizirani energije sudara postavljeni za 25. identifikacija proteina provedena je pomoću Swiss-Prot ljudsku bazu podataka s preciznošću tolerancije 10 ppm za peptidnih mase i 0,05 Da za fragment ionskih masa. Brojnost identificiranih proteina procijenjene su korištenjem MaxQuant 1.4.1.1 softver. Pregled statističkih i bioinformatika analiza
za svaku komponentu MALDI mase profile usporedbu između skupine donatora izvedena je primjenom Student-ovog testa nakon logaritamske transformacije podataka. Multi-komponentni klasifikatori su izgrađeni i testirani s SVM-pristup temeljen na upotrebom Spectrolyzer softvera (verzija 1.0.21.3590, MedicWave). Značajnost razlike u zastupljenosti proteina kvantificirati pomoću LC-MS /MS određene su pomoću t testa ili Mann-Whitney testa ovisno o normalnosti podataka (vrsta rasprostranjenosti procijenjena je pomoću Shapiro-Wilk testa, test Lilliefor i F test za homogenosti varijance), a Nemenyi test za parnu usporedbu. Općenito, p = 0,05 odabran je kao statistički prag značajnosti, osim MALDI profiliranje u kojem je primijenjena Bonferronijeva korekcija za više ispitivanja. U empirijskom Proteomska Ontologija baze znanja (EPO-KB), koji postavlja bilješku registrirani m /z vrijednosti poznatim peptida /proteina [26], bio zaposlen dodijeliti hipotetski identifikacija komponenti spektra (0,5% granica mase točnost bilo dopušteno). Popis gena koji odgovaraju identificiranih proteina je označena na GO uvjete korištenja gProfiler (http: //biit cs ut ee /gprofiler /...); značenje pojma nad zastupljenosti procijenjena je pomoću testa hipergeometrijska distribucije. Kako bi se vizualizirao funkcionalne odnose između identificiranih proteina koji odgovaraju gene označeni na čep GeneMANIA Cytoscape za put interakcija mreže (http:. //Stranica genemania org /plugin /.) | Rezultati
misa. profili endogenog peptidome seruma (niske molekulske mase frakciju serumskog proteome) karakterizirani su MALDI-TOF spektrometrijom na cijelu skupinu od 53 bolesnika s karcinomom želuca i 50 podudaranjem zdravih donora. Ova analiza nam je omogućilo da procijeniti ukupnu stupanj razlike i sličnosti između podskupina analiziranih pojedinaca. Općenito, 255 spektralne komponente (peptidni ioni) su istaknuti u analiziranom raspona mase (sl. 1a), a brojnost 101 komponenata pokazala je statistički značajne varijacije među usporedbi grupe (nakon Bonferronijeva korekcija protiv višestrukog testiranja). Tablica 2 prikazuje broj komponenata u serumu peptidome da diferencirane određene skupine donatora. uočene su velike razlike u zastupljenosti pojedinih komponenata u serumu između pacijenata oboljelih od raka i zdravih donora (oko 39% registriranih komponenti uživao statistički značajne razlike). Velike razlike su također promatrane bolesnika s lokalno uznapredovalim rakom (svim slučajevima) i bolesnika s metastatskim karcinomom (oko 9% registriranih komponenti uživao statistički značajne razlike); to je napomenuti da su uočeni slični brojevi razlikovanja dijelova kada su uspoređene bolesnika s metastatskim karcinomom s obje podskupine s lokalnim bolesti odvojeno (tj skupina u kojoj je otkriven daleka širenje raka tijekom praćenja i skupine bez dokaza bolesti). Koherentno, dobro obavljaju klasifikatora može biti izgrađena na temelju značajki seruma peptidome da razdvoji u odnosu skupine zdravih davatelja i bolesnika s lokalno uznapredovalim ili metastatskim rakom (AUC mjera za SVM-based klasifikatora je bila iznad 90% u svakom slučaju). Kao veliki kontrast, statistički značajna razlika je otkriven kada su uspoređene dvije podskupine bolesnika s lokalno uznapredovalim rakom (koji ili razvijena ili ne razvijenog metastaza tijekom praćenja) (AUC SVM-based klasifikator bio je ispod 50%). Slika 1b predstavlja primjere komponente u serumu peptidome s bitno različitim brojnost među usporedbi skupina. To je napomenuti da je među petidome komponente koje se razlikuju i zdrava kontrola od pacijenata oboljelih od raka i bolesnika s lokalno uznapredovalim rakom u bolesnika s metastatskim bolesti bilo je nekoliko komponenti koje navodno korespondira sa fragmentima fibrinopeptide A (FIBA). To uključuje komponente s preporučenom m /z vrijednosti 1088.7, 5903.5 i 5916,6 Da značajno regulirani u serumu oboljelih od raka, te komponente 1469.9 i 1626.0 Da sa znatno višim zastupljenosti u serumu bolesnika s metastatskim bolesti nego u bolesnika s lokalno uznapredovalim rakom (vidi sliku . 1b; Dodatni file 1: Tablica S1). Zaključili smo da je molekularna razlika između lokalno uznapredovalim i metastatskim rakom želuca (kao i razlike između zdravih ispitanika i bolesnika s karcinomom želuca općenito) imaju odraz na razini serumskog peptidome. Međutim, značajke peptidome predobrade serumu može biti teško primijeniti za prognozu bolesti proširila tijekom /nakon tretmana. Sl. 1 Profil endogenog serumu peptidome bolesnika s rakom želuca. srednji maseni spektar u rasponu od 1000-10,000 Da. b Primjeri komponente u serumu peptidome, koji brojnost su različiti između uzoraka iz zdravih i različitim skupinama bolesnika s rakom želuca. Boxplots
pokazati minimum, donji kvartil, medijan, gornji kvartil, maksimalne vrijednosti, i grube pogreške; Zvjezdice pregled označena značajne razlike (p < 0.05 s Bonferronijeva korekcija) pregled Tablica 2. Brojevi u serumu peptidome komponenti s brojnost različitih između odnosu skupina pojedinaca
Grupe /razlike
Upravljačka vs. rak (svi predmeti)
lokalno uznapredovalim vs metastatski rak
Lokalna /ne raspršenog vs metastatskog karcinoma
Lokalna /raspršenog vs metastatskog karcinoma
Lokalna /nema širenja vs lokalne raka /namaz
n
50 vs 53 pregled, 35 vs 18 pregled, 19 vs 18 pregled, 16 vs 18 pregled, 19 vs . 16 pregled p < 0.05 pregled 182 pregled 88 pregled, 74 pregled, 75 pregled, 11 pregled, FDR
7%
14%
17%
17% pregled 100% pregled p < 0.05 /Bonferronijev
101 pregled 23 pregled, 11 pregled, 16
0 pregled AUC (SVM)
0,94
0,91
0,92 pregled 0.97 pregled 0.48 pregled Prikazani su brojevi razlikovanje komponente koje su dosegle prag statističke značajnosti p = 0,05 (s odgovarajućim procjenu FDR) ili prag ojačana Bonferronijeva korekcija, i moć SVM klasifikatora izgrađeni od peptidome komponenti (karakterizira AUC vrijednosti)
u drugom koraku odabrali smo uzorke 12 zdravih donora i deset pacijenata iz svake podgrupe raka se osigurao slične dobi (medijani su oko 56 godina) i omjer spolova (oko 80% muškaraca) u odnosu podskupine. Ovi uzorci su korišteni za daljnje analize na osnovu pušku LC-MS /MS pristupa. U principu, oko 450 proteini identificirani su u analiziranim uzorcima seruma. Razine 234 serumskih proteina kvantificirane su na uzorcima uzetim iz svake od 42 pojedinaca, uključujući i 129 pojedinačnih serumskih proteina koji se ne odnose na imunoglobuline (105 imunoglobulina i Ig-sličnih proteina, kao i pretpostavljenim karkaterizirani proteini, bili su isključeni iz daljnje analize); svi podaci su prikazani u dodatne datotečne 1: Tablica S2. Bilo je 49 serumski proteini s brojnost različitih između zdravih donora i bolesnika s karcinomom želuca (p vrijednost 0,05, procijenjena FDR vrijednost = 13%): 41 proteini doreguliran s osam proteini su regulirani u krvi pacijenata s karcinomom (proteina navedene u tablici 3;. primjera na slici 2). To je napomenuti da su slični uzorci karcinoma povezanih s ranijim koracima ili smanjenje serumskih proteina zabilježeno je sve što postoji podskupina pacijenata oboljelih od raka (iako manja veličina analiziranih skupina može smanjiti statističke značajnosti razlika; vidjeti dodatne datoteke 1: Tablica S3). Osim toga, bilo je 19 serumski proteini s brojnost različitih bolesnika s lokalno uznapredovalim i metastatskim rakom (p vrijednost 0,05, procijenjena FDR vrijednost = 34%): Tri proteina su visoko regulirana a 16 proteini su regulirani u krvi pacijenata sa metastatskom bolešću. To je napomenuti da brojnost C-reaktivnog proteina i angiogenin uglavnom reguliran u rak uzoraka dodatno porastao u metastatskih uzorcima, dok je brojnost karboanhidraze 1 općenito regulirani u uzorcima karcinoma dodatno smanjen u metastatskih uzoraka (tablica 3). Nadalje, obrasci razlike između uzoraka iz bolesnika s metastatskim karcinomom i svih bolesnika s lokalnom bolesti su zadržane kada dvije manje podskupine bolesnika s lokalno uznapredovalim rakom bili parovima u usporedbi s metastatskim karcinomom (vidi dodatne datotečne 1: Tablica S4). S druge strane, obilje samo jednog proteina (antitrombina-3) pokazala je statistički značajnu razliku kada su uspoređene obje podskupine bolesnika s lokalno uznapredovalim rakom (obilje tog proteina bila je najviša u skupini bolesnika s lokalnom bolesti koji ne šire u follow-up). Zaključili smo da je multi-protein potpis može biti identificiran za klasifikaciju uzoraka prije tretmana serumu bolesnika s rakom želuca, koji su patili od bilo lokalno uznapredovalim ili metastatskim bolesti. Međutim, značajke serumu proteome nije mogao razlikovati pacijente s lokalnim bolesti koje se šire tijekom praćenja nakon treatment.Table 3 diferenciranog serumskih proteina pregled Protein ime
Protein puno ime
Gene imenom
kontrola /rak
lokalne /metastatskog
Ratio
p vrijednost pregled
Omjer
p vrijednost
pregled A1AG1 pregled alfa-1-kiseli glikoprotein 1 pregled ORM1
0,67
0,0008
1,00 pregled 0,5824 pregled A1AG2 pregled alfa- 1-kiseli glikoprotein 2 pregled ORM2
0,68
0.0006
1,00 pregled 0,7414 pregled A1AT pregled alfa-1-antitripsin pregled SERPINA1 pregled 0,50
< 0.0001
1,03 pregled 0,6441 pregled A1BG pregled alfa-1B-glikoprotein pregled A1BG
0.76
0.0072
pregled 1,04 pregled 0,5824 pregled A2GL pregled leucin bogate alfa-2-glikoprotein pregled LRG1
0,46
0.0016
0,80 pregled 0.4414 pregled AACT pregled alfa-1-antikimotripsin
SERPINA3
0,54
0.0007
0,97
0.9124
ADIPO pregled adiponektina pregled ADIPOQ pregled 0.41
0,0092
1,60 pregled 0,3442 pregled AFAM pregled Afamin pregled AFM pregled 1.30
0,0355 pregled
1,06 pregled 0.5824 pregled Angi pregled angiogenin pregled Ang pregled 0.30
0,0465
0,24
0.0294
APOA1 pregled apolipoproteina AI pregled APOA1
0,47
< 0.0001
1,31
0,0235
APOC1 pregled apolipoprotein CI
APOC1 pregled 0.25
< 0.0001
1,52 pregled 0,1183 pregled APOC3 pregled Apolipoprotein C-III pregled APOC3 pregled 1,82 pregled
0,0108
1,20 pregled 0,5824 pregled ApoE pregled, apolipoproteina E pregled APOE pregled 0.62
0,0040
1,01 pregled 0,6441
APOF pregled apolipoproteina F pregled APOF
0,64
0,0085
0,80 pregled 0,5235 pregled APOM pregled apolipoproteina M pregled APOM
0.92 pregled 0,4275 pregled 1.51
0,0263
C1S pregled Dopuna C1S podkomponentu pregled C1S pregled 0.70
0.0016
1,22 pregled 0,0748 pregled CAH1 pregled karboanhidraze 1 pregled CA1
2,96
0,0173
2,41
0,0143
CBG pregled kortikosteroid-globulin koji veže pregled SERPINA6 pregled 0.53
0,0117
1,08 pregled 0,7749 pregled CD14 pregled monocita antigena CD14 pregled CD14
0.56
0.0033
1,21 pregled 0,1658 pregled CERU pregled ceruloplazmin pregled CP pregled 0.67
0,0013
1,05
0,6129 pregled CFAB
komplementarnog faktora B pregled CFB pregled 0,61
0.0006
1,11 pregled 0,6441
CO2 pregled Dopuna C2
C2
0,64
0,0475
1,57 pregled 0,0679 pregled CO4A
Nadopuniti C4-A
C4A
0,87
0.0435
0,94 pregled 0,7749 pregled CO4B pregled Dopuna C4-B pregled C4B
0.73
0,0127
0,99 pregled 0.5526
CO5 pregled Dopuna C5 pregled C5 pregled 0.77
0,0085
0,91 pregled 0,8776 pregled CO6 pregled komponentu komplementa C6 pregled C6 pregled 0.64
0,0013
0,97 pregled 0,8431 pregled CO8G
komponentu komplementa C8 gama pregled C8G
0,66
0.0137 pregled
1,12 pregled 0,4679 pregled CO9 pregled komponentu komplementa C9
C9
0,42
< 0.0001
0,93 pregled 0,9124 pregled CRP
C-reaktivni protein pregled CRP izvoznici < 0,01
0,0389
0,15
0,0414
CXCL7 pregled trombocita bazični protein
PPBP
0,83 pregled 0,1516 pregled 1.53
0,0030
FETUA pregled alfa-2-HS-glikoproteina pregled AHSG
0.90
0,3095 pregled 1.34
0.0068
FHR1
komplementarnog faktora H vezane Prot. 1 pregled CFHR1
0,66 pregled 0.0725 pregled 1.30
0,0366
GPX3 pregled glutation peroksidaze 3 pregled GPX3 pregled 0,92
0.6065}