Epstein-Barr virusa okuženih želodčni adenokarcinom izraža latentne in litičen virusne transkriptov in ima posebno humani genski ekspresijski profil

virus Epstein-Barr okuženih želodca adenokarcinom izraža latentne in litičen virusne transkriptov in ima izrazito človeško izražanje genov profil
Abstract
Ozadje
EBV DNK najdemo v maligne celice 10% želodčnega raka. Sodobna molekularna tehnologija omogoča identifikacijo povezanih z virusom biokemične učinke, ki lahko pomagajo pri zgodnjem diagnosticiranju in zdravljenju bolezni.
Metode
V tej študiji je bila RNA izraz profiliranje izvedli na 326 macrodissected-parafin vgrajeni tkivih vključno 204 raka, in če je razpolago, ki mejijo brez maligne sluznico. Nanostring nCounter sonde ciljno 96 RNA (20 virusne, 73 človeških in 3 primešani RNA).
Rezultati
V 182 tkiv z ustreznimi gospodinja RNA, so različni profili so v okuženih primerjavi
neokuženih raka in malignega versus
sosednji benigni sluznice. želodčni rak, EBV okuženih izražena skoraj vseh 18 latentni in litičen EBV RNA v testni plošči. Ravni EBER1
in EBER2
RNA je bila najvišja in so sorazmerna s količino EBV genomov, merjena s Q-PCR. Med beljakovinami, ki kodira EBV RNA, EBNA1
od promotorja Q in BRLF1
so zelo izražene, medtem ko so EBNA2
ravni v samo 6/14 okuženih raka nizka pozitivna. Sočasno Povecanje celičnih dejavnikov, pomeni, da je virus ni nedolžna druge navzoče, ampak je povezana z NFKb signalizacijo (FCER2, TRAF1
) in imunski odziv (TNFSF9, CXCL11, IFITM1, FCRL3, MS4A1 in PLUNC)
, z PPARG
izraz implicating spremeni celično presnovo. V primerjavi s sosednjo niso maligne sluznico želodca raka dosledno izražala INHBA, SPP1, THY1, SERPINH1, CXCL1, FSCN1, PTGS2 (COX2), BBC3, ICAM1, TNFSF9, SULF1, SLC2A1, TYMS
, tri kolagena, razmnoževanje celic označevalci MYC
in PCNA
in EBV BLLF1
, ko ti niso CDH1 (E-kadherina), CLDN18
, PTEN, SDC1
(CD138), GAST
(gastrin) in njen nadaljnji efektor CHGA
(chromogranin). V primerjavi z lymphoepithelioma podobnih raka materničnega vratu, želodčni rak izražena CLDN18, EpCAM, REG4, BBC3, OLFM4, PPARG
in CDH17
, medtem ko so zmanjšali raven IFITM1
in HIF1A
. Druggable cilji erbB2 (Her2), MET in HIF pot, kot tudi nekaj drugih potencialnih kazalcev farmakogenetiãni (vključno z EBV okužbe same, kot tudi SPARC, TYMS, FCGR2B
in REG4
) so bile ugotovljene v nekaterih tumorske vzorce.
Zaključek
Ta študija kaže, kako sodobna molekularna tehnologija uporablja za arhivske osnovna tkiv donosi nove vpoglede v virusni onkogenezo ki so lahko koristne pri upravljanju prizadetih bolnikov.
Ključne besede
adenokarcinomom želodca virus Epstein-Barr RNA izraz profil stromalnih celicah Farmakogenetsko preizkus Ozadje
raka želodca je drugi najpogostejši vzrok globalnega smrtnosti zaradi raka s skoraj milijon novih primerov na leto [1, 2]. Približno deset odstotkov želodca adenokarcinoma so Epstein-Barr virus (EBV) okuženi, in EBV velja za razred 1 onkogeni patogen, ki ga je Svetovna zdravstvena organizacija [3-6]. Incidenca se povečuje za tiste raka v proksimalnem segmentu želodcu (Cardia, corpus), kjer se pogosteje sodeluje EBV [7-14].
Zadnje podatke iz programa nadzorovanja raka National Cancer Institute, kaže na zaskrbljujoče naraščanje raka želodca incidenca med mlajšimi odraslimi v ZDA [7, 8, 15]. Nastajajoča usmerjenega zdravljenja je še toliko bolj pomembno, da se opredelijo okuženih raka, in za opredelitev biokemijske napak kot erbB2 prekomerno, ki povečuje verjetnost odziva trastuzumab pri bolnikih z metastatskim želodca z rakom [16-18]. EBV okuženih v primerjavi z neokuženih raka želodca ima ugodno prognozo [19], in kliničnih preskušanj so se začeli, da razišče, ciljane virus terapijo kot 1) vlile celica ubijalka EBV specifične ali naravnih celic ubijalk [20-23], 2) vzvratno s tem povezana, EBV methylator fenotip [24], 3) sproži litičen razmnoževanje virusa, ki bi lahko nato napeljujejo prirojene in adaptivni imunski odgovor organizma, da bi ubil okužene tumorske celice [25-33], in 4) litičen indukcijsko zdravljenje sočasno s protivirusno nukleozidnimi analogni kot ganciklovir, ki je fosforilirata in s tem aktivira virusne kinaz, ki spodbujajo citotoksičnost [34-41].
Klinična preskušanja pregledujejo učinkovitost ciljnega zdravljenja bi imele koristi od laboratorijskih testih, ki pomagajo identificirati kandidate, ki bi lahko, da se odzove, in bi lahko imeli koristi od laboratorija testi, ki izrazijo učinek intervencije na namenjenih biokemijskih poti. Sodobna molekularna tehnologija sedaj omogoča analizo klinični razreda večjega števila ustreznih analitov preko RNA izražanja profiliranje [42]. proizvajalci naprav so proizvedeni občutljive, posebne in prilagodljive matrike sonda za sočasno merjenje več RNA, vključno nekodiranih RNA podobno EBV kodiran RNA 1 ali 2, ki bodo bogato izraženo v okuženih tumorjev. Nedavni napredek na področju strategij za zagotavljanje kakovosti so dozorele do te mere, da so RNA izraz profili, ki se izvajajo v kliničnih laboratorijskih okoljih [42].
Za praktično v kliničnih okoljih, mora test se uporablja za rutinsko zbirajo vzorce, kot arhivsko, parafin -embedded tkiva [42]. V sedanji raziskavi smo merili virusne in človeške genske ekspresije v arhivskih želodčnih raka in v sosednjih sluznici in nadzora, da se razvijejo testnih sistemov, ki se lahko uporabljajo za zanesljivo označevanje podpisov Predvideno odziva na usmerjeno zdravljenje. 96-RNA preskusni niz sistem, ki ga presnamete na Gastrogenus v1 ™ plošča je bila prilagojena za merjenje ustrezne latentne in litičen virusne RNA ob klinično pomembnih človekovih mRNA, ki so bili pred tem poročali, da je specifična 1) raka želodca, 2) kaže na vnetja, in /ali 3) napovedujejo odziv na posebne zdravil. Ti testi, kot tudi obogatenih in endogeni kontrolni RNA, smo izmerili v macrodissected parafinski odsekov uporabljajo testni sistem Nanostring nCounter [43-45]. Korelacijskih histološko in molekularne študije so bile izvedene, da dokaže, da sistem test izvede v skladu s pričakovanji. Naše ugotovitve kažejo, da je rak v zvezi z EBV izražajo bolj latentne in litičen transkriptov, kot so bile prej priznane, in da so okužene raka imajo edinstvene biološke lastnosti v primerjavi z neokuženih raka. Dva glavna podvrste raka je bilo ugotovljeno, kar pomeni, da bi se rak želodca strategije zgodnjega odkrivanja ali testi za spremljanje prilagojene za odkrivanje ustrezne podpise, značilne velike molekulske podtipe. Končno pilot podatkov razkriva izražanje izbranih virusnih in povezanih z rakom genov v sosednjem non-malignega sluznico, kar kaže učinek polja, ki je lahko pomembna pri razvoju in vzdrževanju raka.
Rezultati
genske ekspresije profiliranja smo izvedli na skupno od 326 tkivo, vključno z 187 želodčnih rakov, 17 lymphoepithelioma podobnih primerov raka materničnega vratu, in 118 izravnane ne maligno sluznice z enim samim kirurškim posegom (če je na voljo). Po normalizaciji podatkov, toplotna karta 182 tkiv, ki imajo najboljše kakovosti RNA, kot najvišji povprečni ravni štirih oskrbniška RNA ocenjuje, razkrila vzorce izražanja genov, ki se razlikujejo v želodčni primerjavi
materničnega vratu za nadzor tkiv. Poleg tega, tako v želodcu in na materničnem vratu grozdov, maligne in ne maligne tkiva večinoma grozda skupaj, podpira sposobnost testnega sistema nCounter za merjenje klinično pomembne biološke funkcije. (Glej Slika 1). Slika 1 izražanja profile 182 tkiv za 20 virusnih genov in 73 človeških genov. Toplotna map prikazuje nenadzorovano hierarhično grozdenje vsako tkivo v ločenem stolpcu, in vsak RNA v svoji vrstici. Podatki so mediana osredotočen z rdečo kaže relativno čezmerno in zelena označuje relativno pod-izraz za vsak gen. Korelacijskih podatkov nad karti označuje razvrstitev Histopatološka z nadaljnjo subclassification v želodcu kohorte raka v 14 EBV okužene in 104 EBV negativne raka temelji na ravneh EBV DNA. Pod zemljevidu, vsak želodčni rak razvrsti delež malignih celic, ki je prikazan geografsko poreklo vsakega tkiva.
Ena skupina želodčnih karcinomov prekomerno praktično vse EBV RNA. Če želite ugotoviti, kateri želodčnega raka, je treba označiti kot EBV okuženih, so 71 tkiva z najvišjo kombinacijo ravni EBER1
in EBER2
RNA ga Nanostring nCounter paleto dodatno preučiti za raven EBV genoma v istem tkiva q- PCR. Prišlo je linearno razmerje med zneskom EBER1
in EBER2
RNA in zneskom EBV genoma. (Glej Figure2.) Naš prej določenega cutoff [46] za raven EBV genoma, ki ustreza lokalizacijo virusa do malignih celic je povzročilo 14 vrst raka, ki se postavi v EBV okuženih kategoriji. Preostali želodca raka bili imenovani EBV-negativna, in med njimi so bili najvišji zabeleženi RNA 174,016 za EBER1
in 27,972 za EBER2
. V nasprotju s tem, med želodcu raka na EBV okuženih je bila najnižja raven EBER1
263.589 in je najnižja raven EBER2
je bilo 140.081. Predlagani Cutoffs za identifikacijo tkiv kot EBV okuženi so prikazani v Figure2. Slika 2-EBV kodiran RNA so visoko v okuženem raka želodca in so del na ravni EBV genoma. A. Box parcele EBER1
in EBER2
v benignih in malignih tkivih, kažejo, da ima rak želodca-EBV okuženih bistveno višjo stopnjo EBER1
in EBER2
RNA nekodiranih kot storiti neinficirane raka in nadzor tkiva. Predlagane mejne vrednosti za EBER1
ali EBER2
so prikazani po katerem bi se lahko želodčni rak zanesljivo označi kot EBV okuženih. Vsaka pika predstavlja individualno rezultat analize na log2 normalizirana enota (NU) lestvici. B. parno primerjavo EBER1
in EBER2
RNA po Nanostring nCounter paleto in EBV DNA virusni obremenitvi s Q-PCR kaže linearno povezavo med ravnmi vsakega od teh analitov. Pearson korelacijski koeficienti (P ​​> 0,86), so prikazani. Predhodno potrjena stopnja EBV DNA virusnega bremena je prikazan po katerem Eber je
vedno lokaliziran malignih celic z Eber in situ
hibridizacije (prag v višini 10,558 EBV genomov na 100.000 celic, ki je enakovredna 13.37 na log2 lestvici ) [46]. Predlagani Cutoffs za RNA so označeni tako EBER1
(200.000 NU ali 17.61 na tej log 2 lestvici) in EBER2
(100.000 NU ali 16.61 na tej log2 lestvici). Ena outlier je ne-maligne želodčni sluznici, ki se je nahajal v bližini raka na-EBV okuženih želodcu, in to sluznica imela nalaganja enakovreden EBV DNA tistemu okuženih raka, vendar pa bi bil pravilno izključen iz raka, EBV okuženih skupine, če so bili uporabljeni bodisi EBER1
ali EBER2
RNA, ali če so bili uporabljeni histologijo, da se zaslon za povezane z EBV malignosti.
Geni izraženi pri EBV-okuženih v primerjavi z rakom želodca EBV-negativna
Twenty osem geni so znatno različno izražena v rakih EBV okuženih primerjavi z negativnimi želodčnega raka EBV (p < 0,05). Zanimivo je, da vsi 28 so bili molekul namesto navzdol reguliranih v okuženih raka, in to pristranskosti je razloženo vsaj delno našem izboru pozitivnih namesto negativnih označevalcev okužbe pri izbiri je RNA se profilirane za te študije. Ni mogoče opredeliti vse navzdol reguliranih genov je še vedno presenetljivo glede na poročila, da se EBV, povezane z CpG otok methylator fenotip in dodatno virus lahko destabilizira mobilnih mRNK v svetovnem merilu [47].
Med geni bistveno povečana pri okuženih raka so bile vse 18 EBV RNA testirani, kakor tudi citomegalovirusom pp65 (UL83). Citomegalovirusni pp65 (UL83) rezultat bo verjetno lažno pozitiven (sumi, da je sonda navzkrižne hibridizacije), kar dokazuje odsotnost druge litičen RNA, citomegalovirus pol (UL54), na raka EBV okužbe. Poleg tega je bil UL83 vendar ne UL54 izražena v EBV okužene vendar ne v kontrolah EBV-negativna celični liniji (podatki niso prikazani). Druga možna razlaga za lažno pozitivne virusne RNA izražanja je sonda crossreactivity virusne DNK. Devet človekovih RNA so znatno povečana pri EBV-okuženih v primerjavi z EBV negativnih želodčnega raka: FCER2, MS4A1 (CD20), PLUNC, TNFSF9, TRAF1, CXCL11, IFITM1, PPARG
in FCRL3
. (Glej Figure3). Slika 3 Več človekovih RNA so prekomerno izražene v raka želodca, EBV okuženih v primerjavi z rakom EBV-negativna. Box parcele dokazati raven človekovih RNA v okuženih primerjavi neokuženih želodca raka in nadzora, ki vključujejo lymphoepithelioma podobnih raka na materničnem vratu, materničnega vratu sluznico in benigno sluznici prebavil. Vsaka pika predstavlja individualno rezultat analize na log2 normalizirane odmerno skalo.
Geni različno izražena v raka želodca v primerjavi z ne-malignega sluznico prebavil
bilo dvajset šest genov bistveno dysregulated pri raku želodca v primerjavi z ne-malignega želodčne sluznice ( p 0.05). Človekovih RNA povečana pri raku želodca so INHBA, SPP1, THY1, SERPINH1, CXCL1, FSCN1, COL1A1, SPARC, COL1A2, PTGS2 (COX2), BBC3, ICAM1, TNFSF9, MYC, SULF1, SLC2A1, COL3A1, PCNA in TYMS
, medtem ko so se navzdol reguliranih RNA CDH1 (E-kadherina), CLDN18
, CHGA
(chromogranin), PTEN, SDC1
(CD138) in Gast
(gastrin). Le virusna dejavnik, ki je različno izražena bil BLLF1
ki je bil rak bistveno višja kot v ne-maligne želodčne sluznice (p = 0,004). BLLF1
kodira pozno virusna ovojnica beljakovine gp350 /220, kar kaže, da so virioni bistveno bolj razširjena raka kot pri drugih ne-malignega želodčnega tkiva. BLLF1
ni specifičen na raka želodca, vendar pa, kot je bilo izraženo tudi v nekaterih benignih in malignih na materničnem tkivu, kot dobro.
Geni povezani z rakom želodca v primerjavi z rakom lymphoepithelioma podobnih materničnega vratu
devet genov bistveno dysregulated pri raku želodca v primerjavi z rakom materničnega vratu lymphoepithelioma podobno (p < 0,05). Sedem RNA povečana pri raku želodca so CLDN18, EpCAM, REG4, BBC3, OLFM4, PPARG
in CDH17
, medtem ko sta navzdol reguliranih genov so IFITM1
in HIF1A
.
Vzorci latentna in litičen virusni izražanje genov v EBV okuženih želodčni rak
14 želodčni rak, EBV okuženih v tej študiji dosledno hkrati izraženi skoraj vse EBV latentnih in litičnih genov, ki je nekoliko presenetljivo glede na to, da je pred literatura opisuje nekoliko omejeno latence vzorec [48-51]. Možno je, da je analitična tehnologija Nanostring nCounter bolj občutljiva kot tradicionalne metode odkrivanja.
Najbolj izražen virusne RNA je EBER1
v povprečju več kot 1 milijon normiranih enot na-EBV okuženih raka tkiva, ki ji sledi EBER2
, BRLF1
in EBNA1
od predlagatelja Q. EBNA2
je najmanj izražena virusne RNA s povprečno izražanje le 10 normiranih enot na okuženega tkiva in EBNA2
bil popolnoma odsoten v 8 okuženih želodčnega raka 14. Vzorci virusne genske ekspresije so prikazani v Figure4. Slika 4 Latentni in litičen EBV geni so sodelovali izražene v rakom želodca. Del toplote zemljevida iz Slika 1 je prikazana v visokim kontrastom dešifrira relativne nivoje izražanja EBV genov v želodcu raka 14-EBV okuženih in okoliških osebkov. Vsa tkiva so želodčni rak, razen ene same niso malignega želodčne sluznice, prikazano v sivi, raztelesiti iz istega parafina bloku kot rak na-EBV okuženih želodca. Pomeni raven izražanja vsakega RNA v-EBV okuženih želodca kohorte raka je prikazano na desni strani vsakega simbola genov.
Poreklo in tumorske celice delež niso prednostno povezana s statusom EBV želodčnega raka
Pod toplote zemljevid v Slika 1 je porazdelitev primerov raka želodca, ki geografskega porekla iz Hondurasa (n = 86), Japonska (n = 5) ali ZDA (n = 17). Ni bilo signifikantne povezave med geografskega porekla in EBV-pozitivni v primerjavi
negativno grozdenja želodčnega raka (Fisherjev test, p = 0,9), kar nakazuje, da je geografsko poreklo ni glavno gonilo hierarhičnega grozdenja.
Dno Slika 1 prikazuje tudi porazdelitev EBV-okuženega primerjavi
želodcu raka EBV-negativne razvrščenih po deležu malignih celic vložek v izrazu profiliranje testom. Ni bilo pomembno povezavo med deležem malignih celic in-EBV okuženi primerjavi
EBV negativnih skupin raka želodca. Presenetljivo, rak tkiva z nizko vsebnostjo maligno celično ni prednostno grozda s nemaligne želodčnega tkiva. Raka z nizko vsebnostjo malignih celic (od 1 do 25% malignih celic) so bili razdeljeni po različnih segmentih toplote zemljevidu, skupaj z raka s srednje (od 26 do 50%) ali visoko (> 50%), vsebnost malignih celic (Fisherjev test, p = 0,5), kar kaže, da je skupni lastnosti transkriptome odtehtajo tumorske celice delež kot voznik hierarhičnega grozdenja.
ob upoštevanju, da so bili lymphoepithelioma podobnih raka na materničnem vratu v tej študiji, bogata z limfnem strome, saj so mnogi, EBV okuženih želodčni rak , je presenetljivo, da ta dva razreda raka zbrani ločeno drug od drugega in tudi dosegla razmeroma dobro ločitev od sosednjih ne maligno sluznice. Za večino genov na plošči, je precej prekrivajo ravni po vrstah bolezni. Medtem ko so profili več informacij in bolj prepričljivo kot so posamezni rezultati prepisovali, obstaja določeno prekrivanje profilov, kot tudi, kar pomeni, da profiliranje rezultate testa s mora biti povezana z histološke značilnosti, da bi natančno razvrstiti tkiva kot benigni ali maligni.
Farmakogenetsko napovednika in druggable cilji
EBV okužba sama obravnava kot kazniva cilj, vsaj za 14/108 (13%) okuženih želodčni rak smo ugotovljene. Ta študija kaže nov način za identifikacijo virusom okuženih raka, ki ga RNK profiliranje parafinskih oddelkov, tako da se napovedni in predvidevanjem informacije lahko obravnavamo bolnikov odločitev glede upravljanja. Cellular dejavniki farmakogenetsko možnosti vključujejo HIF pot, SPARC, TYMS, FCGR2B, MET,
in ErbB2 (HER2)
. (Glej Figure5). V primerjavi z želodčnih raka, raka na materničnem vratu imajo ponavadi višjo stopnjo HIF1A
kaže odziv hipoksije, čeprav ravno tako visoki ravni v non-malignega materničnega vratu sluznice dvigniti možnost ex vivo
stimulacijo te kisikom zaznavanje faktorjem. Nadaljnja raziskava je potrebno razlikovati tehnične dejavnike iz vivo
pozitivni vpliv, ki bi jih bilo potrebno obravnavo inhibitorjev angiogenezo. Slika 5 Nekateri želodčni rak imajo pomembno frakcijo dejavnikov, ki kažejo obljubo kot farmakogenetskih napovedujejo. Box zemljišče dokazati izražanje izbranih ciljev farmakogenetskih v okuženih primerjavi zunaj okuženih želodčnega raka, kot tudi ne-maligne želodčni sluznici in materničnega histopathologies. Vsaka pika predstavlja individualno rezultat analize na log2 normalizirane odmerno skalo.
Smo potrdili, da SPARC
je povečana pri raku želodca v primerjavi z benigne želodčne sluznice. Odziv na docetaksel, je taksan zdravilo, ki inhibira mitotićno vreteno sklop, domnevno vplivala na količino SPARC proteinske ekspresije raka želodca [52]. Želodca in raka na materničnem vratu sta imela višjo thymydylate sintaze (TYMS)
kot ga je imel svoje benigne kolegi sluznice. Visoka TYMS
ravni domnevno prispeva k pridobljene odpornosti na 5-FU kombiniranega zdravljenja [53].
Nekaj ​​želodčni rak imela izjemno visoko raven Fc receptor, FCGR2B
, ki bi lahko vplivale na internalizacijo drog in farmakodinamiko terapevtskih protiteles štiri želodca raka kot cetuksimab in vivo.
močno izražena MET,
in dodatnih osem primerov močno prekomerno izražen erbB2 (HER2)
, kar povečuje možnost, da bi lahko ta test lahko napovedali odziv na tirozin zdravljenje z zaviralcem kinaze.
Razprava
Ta študija uporablja sodobnih molekularnih metod za preizkus velike plošče človeka in virusne RNA v rakom želodca. Za naše znanje, to je največja plošče virusnih genskih produktov je treba preučiti, v dogovoru s človeškimi RNA v arhivih, parafin vgrajeni tkiva. The-EBV okuženih podtip raka želodca, je dramatično kaže v ustreznem toplote zemljevid, ki ga nenadzorovano povezovanjem ustvaril, in okužba EBV je bila potrjena z visoko virusno breme EBV DNA v teh tkivih. Izražanje izbranih virusnih in človeških genov v raka potrdil nekaj znanih virusom podobni organizmi in učinki, povezani z rakom in tudi razkrila nove ugotovitve, ki osvetljujejo na patogenezo in možne strategije za obvladovanje bolezni.
Presenetljivo je, da so okužene želodčni rak prekomerno vseh 18 od latentne in litičen EBV geni, ki so bili testirani. Ugotovili smo visoko stopnjo BRLF1
RNA (kodirajo takojšnje predčasno virusni protein proženje litičen replikacijo v dogovoru z BZLF1) in zmerno visoko stopnjo BXLF1
(virusna timidin kinaze, ki pretvarja penicyclovir v obliki strupi, kar kaže na mehanizem za zdravljenje) [54]. BLLF1
(kodira pozno virusna ovojnica beljakovine gp350 /220) je bila izražena na zmerni ravni, ki so bile vseeno občutno višja kot v ne-maligni sluznice, kar kaže, da je EBV litičen okužba ne neuspela, ampak je sposobna proizvajati pozno virusno ovojnico beljakovine gp350 /220. Med latentnih genov, so bili najbolj razširjena EBNA1
od promotorja Q, EBNA-LP, in EBNA3C
prepisov. EBNA2
je focally odkrita na nizki ravni, vendar je bila še vedno v okuženih bistveno višja kot v neokuženih želodca raka. Pred histokemična delo na splošno ni razkrila izražanje ravni beljakovin od EBNAs ali litičnih virusnih genskih produktov, zato je potrebna še nadaljnja prizadevanja, da se naučijo, če so ti virusno kodira RNA lokalizirana maligne celice, limfociti, ali morda celo eksozomov, prostazomov ali virione v zunajcelični milieu.
primerjavi neokuženih raka, je bilo okužene raka pomembno uravnavanjem devetih celičnih dejavnikov (FCER2, MS4A1 (CD20), PLUNC, TNFSF9, TRAF1, CXCL11, IFITM1, PPARG
in FCRL3
), kar pomeni, da EBV ni nedolžna druge navzoče v zvezi z biokemijske vpliva. Virus povezano spremembe, ki smo jih našli so v poti je znano, da virusne onkologe, in sicer NFKb in zareza signalizacijo (FCER2, TRAF1, PPARG
) in sluznic imunskega odziva (PLUNC, TNFSF9, CXCL11, IFITM1, FCRL3
). MS4A1 (CD20) je B celic specifična, nas opozarjajo, da bi lahko nekateri dejavniki povečana pri EBV-okuženih primerjavi neokuženih želodčnega raka izhajajo iz stromalnih elementov in ne od malignih epitelijskih celic. PLUNC
smo že prej opisali kot tumorski marker za želodčnih in nazofaringealni karcinomov, in kodira izločenega proteina vpletena v prirojenega imunskega odziva [55-57]. TNFSF9, citokin v tumor nekrotizirajočega faktorja družine, stimulira aktivacijo T-celic in sproži IFNG proizvodnjo kar inducira v vnetnih kemokinom CXCL11 in prirojeno protivirusni faktor IFITM1. PPARG je kot jedrska receptor obvladujoči glukoze metabolizma in mikrotubulov omrežja, in to je obetaven tarča za zaviralne drog [58]. V FCRL3
gen imunski odziv je mutiral v avtoimunskih bolezni, kot so revmatoidni artritis, lupus, in hude bolezni.
Naše ugotovitve podpirajo delo Lee et al
, ki je našel različne človeške vzorce izražanja v okuženih primerjavi
neokuženih želodca raka [10]. Čeprav je njihova raziskava usmerjena beljakovin in naša usmerjena RNA, naše ugotovitve strinjal z njihovim za 4 od 5 dejavnikov v skupni med obema študij (BCL 2, PTEN, CDH1, PTGS2
). Tam je potencialna razlika za erbB2
, ki je bil precej manj pogosto izražene v okuženih primerjavi neokuženih želodčnega raka pri testiranih na ravni proteina [10], medtem ko je trenutna študija ni pokazala pomembne razlike na ravni kopije RNA. Moteči dejavniki vključujejo 1) delež tumorskih celic, prisotnih v vzorcih ocenilo, 2), različna merila za kategorizacijo statusa izraz, in 3) RNA v primerjavi s cilji beljakovin.
Na splošno array tehnologija, ki je bila uporabljena v tej študiji potekalo izjemno tudi pri ustvarjanju RNA profilov, ki so bili verjetna zaradi razlikovanja znano benigne primerjavi
maligne želodca v primerjavi
materničnega vratu histopathologies. Nadalje, ko-ekspresija analitov v isti poti, ali z istim infekcijskega sredstva smiselna od patobiologije in virologije perspektivi. Zanimivo je, da vsi materničnega vratu tkiv nagnetene skupaj, in benignih in malignih sprememb na materničnem vratu so se večinoma ločeni čeprav je Gastrogenus preskusna plošča v1 ™ ni bil posebej zasnovan za doseganje teh končnih točk. Pomanjkanje večkratno sočasno izražena EBV mRNA v materničnem vratu tkivih ojačanih, kar smo vedeli o svojem EBV-negativnosti, ki ga je zlato standardni Eber in situ
hibridizacijski test.
Med sedmimi genov, ki so bistveno bolj izražene v rakom želodca (glede na status okužbe), v primerjavi z rakom materničnega vratu lymphoepithelioma podobno, štiri so že poročali kot želodca označevalcev raka (CLDN18, REG4, OLFM4, CDH17
) [55, 59-63]. Dve drugi (EpCAM epitelijskih celic poseben trans-membrane glikoproteina in PPARG kemokinskih), kot tudi REG4 se preučuje za usmerjeno terapijo raka [64-66]. Zadnji od sedmih, BBC3 (imenovan tudi p53 reguliran modulator apoptoze ali PUMA), je po poročanju molekul s EBV LMP2A in vladal s EBV pokoj-BART5 pri modelih s celičnimi linijami [67, 68], kar kaže, da je to BCL 2 družina član je strogo nadzorovana z virusom.
Eden od dveh RNA, ki je bila bistveno višja v materničnega vratu v primerjavi z rakom želodca je IFITM1
, ki spomnimo lahko bilo tudi ugotovljeno, da je treba močno izraženi pri okuženih v primerjavi z neokuženih želodčnega raka. Nadaljnje delo je potrebno raziskati ali raka na materničnem vratu želodca raka (predvidoma človeško papiloma okuženih) in EBV okuženi delijo skupno povezanih z virusom mehanizem za prekomerno tega prirojenega imunskega faktor odzivnosti. Drugi gen močno izraženi pri materničnega vratu v primerjavi z rakom želodca je HIF1A
katerih izraz je bila povezana s tem štirih angiogenezo mediatorjev na nižji stopnji v naši plošči (VEGFA, SLC2A1, SLC2A3
in EPAS1
), kar dokazuje pozitiven Pearson je korelacijske koeficiente (podatki niso prikazani). Če ugotovimo, da je operativna in vivo
, HIF pot stimulacija pomeni, da so zaviralci angiogeneze vredno preiskave.
Benigna primerjavi
malignih želodčnega tkiva ponavadi ločeno grozda na toplotno zemljevidu, z nekaj izjemami. Učinkom polja [69] ali prenos exosomal dejavnikov na sosednjih območjih lokalnega okolja [70, 71] bi lahko pojasnili, zakaj nekatere vrste raka in sosednje reaktivne tkiva imeli podobne profile. Medtem ko je bila macrodissection uporablja za natančno ločevanje benigne od malignih lezij, ne moremo izključiti okultno maligne bolezni, kot prispeva k odklonskega grozdov.
Med 19 genov, ki bistveno povečana pri raku želodca v primerjavi s sosednjo non-malignega želodčne sluznice, najbolj so se prej poročali rak želodca posebne markerji [72-76], in zdaj potrdili, da je njihov Povecanje zaznati v arhivsko-parafin vgrajeni tkiva. Nižje stopnje Gast
(gastrin) RNA v tumorskih tkivih lahko pomaga razložiti sočasno izgubo CHGA
gastrin signalizacijo faktorja (chromogranin). Najbolj dosledno navzdol reguliranih dejavnik pri raku želodca v primerjavi
sosednji benigne sluznice je tumor supresorski gen CDH1 (E-kadherina)
kaže bodisi 1) CDH1
promotor hypermethylation [77], 2) redki zarodne imunoglobulinske proge mutacijo CDH1 PODJETJA
povezana z dednega nagnjenost k raku želodca [78], ali 3) downregulation od CDH1
ga EBV LMP1, kot je opisano v modelih celične linije [79]. bila
LMP1 smo že poročali, da je ni v okuženem rakom želodca razen v redkih primerih [50, 51, 80, 81]. Zato je bilo presenetljivo, da Nanostring nCounter niz profiliranje pokazala skladu čeprav nizko izražanje ravni LMP1
RNA skupaj s skoraj vsemi drugimi EBV RNA, ki so bili testirani v okuženih želodčnega raka. Usklajeni co-ekspresija več virusnih genov trdi, da je izraz res pozitivna. Naši mikromrežnem rezultati povečajo možnost, da se virusne RNA smo ugotovljene ne kodira proteine ​​ali da so proteini 1) samo prehodno izražen, 2) hitro razgradijo, 3) lokaliziran redkih celice, ki se hitro priznane in uniči imunski sistem, ali 4) prisoten na tako nizki ravni, da so tradicionalne analize preveč občutljiva, da jih [82] odkriti. Proizvajalec nCounter preskusni sistem trdi, analitične občutljivosti, ki je enakovredna rtPCR [43].
Medtem ko je bila večina virusnih genov izražene skoraj izključno v okuženem želodca kohorte raka, EBER1
in EBER2
so pogosto izražene v vsaki izmed benignih in malignih želodcu in materničnega vratu generacij, čeprav na precej nižjih ravneh, kot je bilo videti v vsaki od želodca raka na EBV okuženih. Dejansko je naša raziskava pokazala, nov način za ugotavljanje raka na želodcu, EBV, okuženih z merjenjem EBER1
in /ali EBER2
RNA v arhivski tkiva, in smo predlagali pragove, ki razlikovali uspešno okužene neokuženega rakom želodca.
Podpora za aktivne virusne okužbe, pri bolnikih, okuženih z rakom želodca prihaja iz serološki dokaz višje titre proti virusnim kapsidnega antigena v primerjavi z bolniki z rakom želodca EBV-negativna in benignih nadzora [83]. Okužba litičen nizka stopnja je bila prej opisana v sluznici limfoidnih celic [31, 82, 84] in v okuženih želodčne epitelijskih celičnih linijah [85]. BARF1 je znano, da se izrazi v raka želodca, kjer je predlagano, da deluje kot latentna namesto litičen faktor [50, 51]. Uporaba občutljive rtPCR tehnologijo, je bilo več EBV litičen prepisi zazna Luo et al v želodčnih tkivih raka [50].

• Značilnosti Epstein Barr virus variante, povezano z rakom želodca v južni Tuniziji
• Genetski rodbin v nediferencirani tipa želodčnega karcinoma analiziral nenadzorovan povezovanjem genomske mikromrež DNA data