Epstein-Barr virus okužen želučanog adenokarcinoma izražava latentne i litičke viralnih transkripata i ima izrazitu ljudski genetski profil izlučivanja

Epstein-Barr virus okužen želučanog adenokarcinoma izražava latentne i litičke viralnih transkripata i ima izrazitu profil ljudskog izražavanja gena
apstraktne pregled pozadine
EBV DNA je pronašao u malignim stanicama 10% želučanih karcinoma. Moderna molekulska tehnologija omogućuje identifikaciju virusa povezanih biokemijskih učinaka koji mogu pomoći u ranoj dijagnozi i kontrolu bolesti.
Methods
U ovom istraživanju, ekspresija RNA profiliranje provedeno je na 326 macrodissected parafin uklopljenih tkivima uključujući 204 karcinoma i, kad raspolaganju, uz nemaligne sluznica. Nanostring nCounter probe ciljanih 96 RNA (20 virusnih, 73 ljudi, i 3 nagli skok RNA). Pregled Rezultati
U 182 tkiva s odgovarajućim domaćica RNA, različite profile pronađeni su u inficiranih u odnosu na Netlogu nezaraženih raka, a maligni u odnosu na Netlogu susjedne benigna sluznice. EBV inficirane gastrični karcinomi izraženi gotovo svih 18 latentne i razorena EBV RNA na testiranje. Razine EBER1
i EBER2 pregled RNA bila najviša, a bili su proporcionalne količini EBV genomima kao što je mjereno pomoću Q-PCR. Među kodiraju protein EBV RNA, EBNA1
Od Q promotor i BRLF1 pregled su vrlo izražene dok EBNA2 pregled, bile su niske pozitivno u samo 6/14 zaraženih raka. Istovremena regulaciju staničnih čimbenika podrazumijeva da virus nije nevin promatrač već je povezana s NFKB signalizacije (FCER2, TRAF1
) i imunološkog odgovora (TNFSF9, CXCL11, IFITM1, FCRL3, MS4A1 i PLUNC) Netlogu s PPARG pregled izraz implicating izmijenjen stanični metabolizam. U usporedbi sa susjednim ne-malignom sluznice, karcinome želuca uporno INHBA, SPP1, THY1, SERPINH1, CXCL1, FSCN1, PTGS2 (COX-2), BBC3, ICAM1, TNFSF9, SULF1, SLC2A1, TYMS
, tri kolagene, staničnu proliferaciju markeri myc pregled i PCNA pregled i EBV BLLF1 pregled, a oni nisu imali CDH1 (E-kadherina), CLDN18 pregled, PTEN, SDC1 pregled (CD138), GAST pregled (gastrin) i njegov daljnji efektor CHGA pregled (kromogranin). U usporedbi s lymphoepithelioma nalik karcinoma vrata maternice, želučani karcinom izrazio CLDN18, EpCAM, REG4, BBC3, OLFM4, PPARG pregled i CDH17
dok su se smanjila razina IFITM1 Netlogu i HIF1A Netlogu. Druggable ciljevi erbB2 (HER2), Met i HIF put, ali i nekoliko drugih potencijalnih pokazatelja Farmakogenetičke (uključujući EBV infekciju same, kao i SPARC, TYMS, FCGR2B pregled i REG4 pregled) identificirani su u nekim uzorci tumora. pregled Zaključak pregled Ova studija pokazuje kako je moderna molekularna tehnologija primijenjena na arhivskim fiksne tkiva prinosa novi uvid u virusnom onkogcnczom koje bi mogle biti korisne u upravljanju utjecati na pacijente.
ključne riječi
Želučani adenokarcinom Epstein-Barr virus izraz RNA profil stanice strome Farmakogenetička Test Pozadina pregled, raka želuca je drugi vodeći uzrok globalnog smrtnosti od raka, s gotovo milijun novih slučajeva godišnje [1, 2]. Oko deset posto želučanog adenokarcinoma su Epstein-Barrov virus (EBV) zaraženo i EBV se smatra klasa 1 onkogeni patogen Svjetska zdravstvena organizacija [3-6]. Incidencija raste za one rakova u bližeg želuca (cardia, corpus), gdje se češće uključeni EBV [7-14].
Novijim podacima iz programa nadziranja rak National Cancer Institute-a pokazuje zabrinjavajući porast karcinoma želuca incidencija među mladima u SAD-u [7, 8, 15]. Emerging ciljanu terapiju čini sve više važno identificirati zaražene raka i za karakterizaciju biokemijske defekte kao što su erbB2 prekomjernom ekspresijom koja povećava vjerojatnost odgovora na trastuzumab u metastatskih bolesnika s karcinomom želuca [16-18]. EBV-om u odnosu na uninfected raka želuca ima povoljan prognozu [19], a klinička ispitivanja počinju istraživati ​​terapije virus ciljane kao što su 1) unosi EBV-specifičnih citotoksične T-stanice ili NK stanice [20-23], 2) unazad EBV se odnose methylator fenotip [24], 3) pokreće lize replikaciju virusa koji onda bi mogao potaknuti tijela urođene i prilagodljivo imuni odgovor ubiti zaražene stanice tumora [25-33] i 4) razorena indukcije terapija u kombinaciji s antivirusnom nukleozida analogni, kao što ganciklovirom koji se fosforilira i na taj način aktivira virusnih kinaze promiču citotoksičnost [34-41].
Klinička ispitivanja ispituju učinkovitost ciljane terapije će imati koristi od laboratorijske testove koji pomažu prepoznati kandidate koji bi mogli odgovoriti, a može imati koristi od laboratorija Analize koje označavaju učinak intervencije na namjeravanih biokemijskim putovima. Moderna molekularna tehnologija sada omogućava analizu kliničko-grade od više relevantnih analita pomoću izraza RNA profila [42]. Proizvođači uređaja proizveli su osjetljive, specifične i prilagodljive sonde polja istovremeno mjerenje više RNA, uključujući i ne-coding RNA kao što su EBV-kodirana RNK 1 ili 2 koje su u izobilju izražene u zaraženim tumora. Nedavni napredak u strategijama osiguranja kvalitete sazrio do te mjere da ekspresije RNA profili se provode u kliničkim laboratorijskim postupcima [42].
Biti praktično u kliničkim uvjetima, pokus mora biti primjenjiv na rutinski prikupljaju uzorke poput arhiviranja, parafin -embedded tkiva [42]. U trenutnoj studiji, izmjerili smo virusnih i ljudsku gensku ekspresiju u arhivskim želučanog karcinoma iu susjednoj sluznice i kontrola razviti sustava za ispitivanje koje bi mogle biti korištene za pouzdano okarakterizirati potpisa prediktivan za odgovor na ciljane terapije. 96-RNA niz test sustav koji smo presnimavati na v1 ™ panel Gastrogenus je prilagođena za mjerenje relevantnih latentne i litičke virusne RNA uz klinički relevantnih ljudskih mRNA koje su prethodno izvijestila da se 1) rak želuca specifičan, 2) indikativno upale i /ili 3) predvidivih odgovora na specifične lijekove. Ovi testovi, kao šiljcima i endogeni kontrolne RNA, mjerena u macrodissected parafinskih rezova koriste test sustav Nanostring nCounter [43-45]. Korelat histološki i molekularne studije su učinili da pokažu da je test sustav obavlja kako treba. Naši rezultati pokazuju da je rak EBV vezane izraziti više latentne i litičke transkripte nego su prethodno priznati i da zaraženi karcinomi imaju jedinstvene biološke karakteristike u usporedbi s nezaraženih raka. pronađena su dva glavna podtipa rak, što znači da je rak želuca strategija ranog otkrivanja ili Testovi za nadzor može biti prilagođen za otkrivanje relevantnih potpisa karakteriziraju velike molekularne podtipova. Konačno pilot podacima otkriva ekspresiju odabranih virusne i rakom gena u susjednim ne-malignih sluznicu, sugerira polje učinak koji bi mogao biti važan u razvoju karcinoma ili održavanja. Pregled Rezultati
Gene Expression profiliranja se izvodi na ukupno od 326 tkiva, uključujući 187 želučanog karcinoma, 17 lymphoepithelioma nalik raka grlića maternice, a 118 usklađen bez malignog sluznice iz istog operativnog postupka (ako je dostupno). Nakon normalizacije podataka, karta topline 182 tkiva imaju najbolje kvalitete RNA, procijenjene po najvišoj razini prosjeka od četiri domaćinstva RNA, otkrila uzorke ekspresije gena koji razlikovale u želuca u odnosu pregled vrata maternice kontrolnih tkiva. Nadalje, u oba želučanih i cerviksa, maligni i klastera nemalignih tkiva liječi pomiješaju, podržavajući sposobnost nCounter testni sustav za mjerenje klinički važnih bioloških značajki. (Vidi Slika 1). Slika 1. profile ekspresije 182 tkiva za 20 virusnih gena i 73 ljudskih gena. Karta topline prikazuje nadzirane hijerarhijski nakupljanje svako tkivo u poseban stupac, i svaki RNA u zasebnom retku. Podaci medijan usmjeren crveno što znači relativni ekspresiju i zelena ukazuje na relativno pod-izraza za svaki gen. Korelacijsko podataka iznad mapi označava PATOHISTOLOŠKA klasifikaciju s daljnjim subklasifikacije želučanog skupine raka u 14. EBV inficirane i 104 EBV negativnih karcinoma na temelju razine EBV DNA. Ispod karte, svaki karcinom želuca je kategoriziran po udjelu malignih stanica, a prikazan je zemljopisno podrijetlo svakog tkiva.
Jedna skupina želučanog karcinoma jako izražen gotovo sve EBV RNA. Da bi se odredilo koji želuca karcinomi trebala biti označena kao EBV-om, a 71 tkiva s najvišim kombiniranim razinama EBER1 Netlogu i EBER2 pregled RNA Nanostring nCounter niz dodatno ispitani su na razinama EBV genoma unutar istog tkiva Q PCR-om. Došlo je linearni odnos između količine EBER1 Netlogu i EBER2 pregled, RNA i iznos EBV genoma. (Vidi Slika 2). Naša prethodno utvrđen gušeći [46] za razinu EBV genoma odgovara lokalizaciju virusa na malignih stanica je rezultiralo u 14 vrsta raka koje se stavlja na EBV-om kategoriju. Preostale želučani karcinom pozvani EBV-negativni, a među njima najviše zabilježene razine RNA 174,016 za EBER1 Netlogu i 27,972 za EBER2 Netlogu. Nasuprot tome, kod želučanih karcinoma EBV-om najniža EBER1 razina pregled je bio 263.589, a najniža razina EBER2 pregled bio je 140.081. Predložene razgraničenja za identifikaciju tkivo što EBV-om prikazani su na Slika 2. Slika 2 RNA EBV-kodirane su visoke u zaraženom raka želuca i udio na razini EBV genoma. A. Box parcela EBER1 Netlogu i EBER2 Netlogu u benignih i malignih tkiva otkrivaju da EBV-om karcinom želuca ima znatno višu razinu EBER1 Netlogu i EBER2 pregled, non-kodiranja RNA nego učiniti nezaražene rakova i kontrolu tkiva. Predložene pragovi za EBER1 Netlogu ili EBER2 pregled prikazani su iza kojeg rak želuca pouzdano može biti određen kao EBV-om. Svaka točka predstavlja pojedinačni analitički rezultat na log2 normalizirana jedinica (NU) skali. B. parovima usporedba EBER1 Netlogu i EBER2 pregled razini RNA Nanostring nCounter polja i EBV DNA virusa u krvi s Q-PCR otkriva linearnu povezanost između razine svakog od tih analita. prikazati; Pearson koeficijenata korelacije (0,86 P >). Prethodno provjerena razina EBV DNA virusa u krvi je prikazan iznad koje Eber pregled uvijek je lokaliziran na malignih stanica po Eber in situ hibridizacije pregled (prag 10,558 EBV genoma na 100.000 stanica, što je ekvivalent za 13,37 na ovoj log2 skali ) [46]. Predložene razgraničenja za razine RNA su pokazala kako za EBER1 Netlogu (200.000 NU, odnosno 17,61 na ovoj log 2 razmjera) i EBER2 pregled (100.000 NU, odnosno 16,61 na ovoj log2 skali). Onaj van neke je ne-maligne želučane sluznice koja se nalazi u susjedstvu na rak želuca EBV-om, a to je sluznica imala opterećenja ekvivalent EBV DNK s onom zaraženih raka, ali to bi bio pravilno isključen iz EBV-om raka grupe, ako se koristi bilo EBER1 pregled ili EBER2 pregled, RNA, ili ako su korišteni histologiju na zaslonu za maligne bolesti EBV se odnose. pregled Geni izraženo u EBV-om u odnosu na EBV-negativnih karcinoma želuca pregled Dvadeset osam gena značajno su s različitiom ekspresijom u karcinomima EBV inficirane u usporedbi s negativnim EBV želučanih tumora (p < 0.05). Zanimljivo, svi su 28 doreguliran umjesto regulirani u zaraženim karcinoma, i to odstupanje objašnjeno barem djelomično naš izbor pozitivne nego negativne markera infekcije pri odabiru se RNA se profilirani za ovu studiju. Neuspjeh da identificirati bilo regulirani gene je još uvijek čudi s obzirom izvješća da EBV je povezana s CpG otok methylator fenotipa i dodatno se virus može destabilizirati stanične mRNA globalno [47].
Među gena značajno reguliran u zaraženim raka su svi 18 EBV RNA ispitani, kao što je citomegalovirus pp65 (UL83). Citomegalovirusa pp65 (UL83) rezultat je vjerojatno da će biti lažno pozitivni (sumnja se da sonda križ hibridizacije), kao što pokazuje odsutnost drugog litičke RNA, citomegalovirus pol (UL54), u rakova EBV-om. Nadalje, ali ne i UL83 UL54 je izražen u EBV inficirane, ali ne u EBV-negativna kontrola stanične linije (podaci nisu prikazani). Drugo moguće objašnjenje za lažno pozitivan virusne ekspresije RNA je sonda ukrižene s virusnom DNA. Devet ljudskih RNA značajno reguliran u EBV-om u odnosu na EBV negativne želučanog raka: FCER2, MS4A1 (CD20), PLUNC, TNFSF9, TRAF1, CXCL11, IFITM1, PPARG
i FCRL3
. (Vidi Figure3). Slika 3 Više ljudskih RNA su pretjerano izraženi u EBV-om karcinoma želuca u odnosu na EBV-negativne raka. Kutija čestice pokazuju razinu ljudskih RNA u zaraženim u odnosu na neinficirane želučane rakova i kontrola koja uključuje lymphoepithelioma nalik karcinom cerviksa, cervikalna sluznicu i dobroćudnu gastrointestinalne sluznice. Svaka točka predstavlja pojedinačni analitički rezultat na log2 normalizacijom jediničnom opsegu.
Geni različitiom ekspresijom u karcinomu želuca u usporedbi s ne-malignih gastrointestinalne sluznice pregled Dvadeset šest geni su značajno dereguliran u oblicima raka želuca u usporedbi s ne-malignih želučanu sluznicu ( p < 0.05). Ljudske RNA reguliran u raka želuca su INHBA, SPP1, THY1, SERPINH1, CXCL1, FSCN1, COL1A1, SPARC, COL1A2, PTGS2 (CoX2), BBC3, ICAM1, TNFSF9, myc, SULF1, SLC2A1, COL3A1, PCNA i TYMS
, dok su regulirani RNA su CDH1 (E-kadherina), CLDN18
, CHGA pregled (kromogranin), PTEN, SDC1 pregled (CD138) i GAST
(gastrina). Jedini virusnih faktor koji se različito izražena je BLLF1 pregled što je značajno viša u rak u odnosu na ne-maligne želučane sluznice (p = 0,004). BLLF1 pregled kodira kasno virusne ovojnice proteina gp350 /220, što ukazuje da virusi su znatno češći kod raka nego u ne-malignom želuca tkiva. BLLF1 pregled nije bio specifičan za rak želuca, međutim, kao što je također izražena u nekim benignih i malignih tkiva vrata maternice, također.
Gena povezanih s rakom želuca u odnosu na lymphoepithelioma-kao što su rak vrata maternice
devet gena značajno dereguliran u karcinomu želuca u usporedbi s lymphoepithelioma nalik raka grlića maternice (p < 0.05). Sedam RNA reguliran u raka želuca su CLDN18, EpCAM, REG4, BBC3, OLFM4, PPARG pregled i CDH17 pregled, dok su dva regulirani geni su IFITM1 pregled i HIF1A pregled.
Obrasci latentan i razorena ekspresije virusnih gena u EBV inficirane karcinome želuca
14 EBV inficirane karcinome želuca u ovoj studiji dosljedno coexpressed gotovo sve EBV latentnih i lize gena, što je nešto čudno obzirom da prije literatura opisuje ponešto ograničenu latencija uzorak [48-51]. To je izvedivo da Nanostring nCounter analitički tehnologija je osjetljivija od tradicionalne metode detekcije.
Većina visoko izraženu virusnu RNK je EBER1 pregled u prosjeku više od milijun normalizirala jedinica po EBV-om raka tkiva, nakon čega slijedi EBER2 pregled, BRLF1 pregled i EBNA1 pregled od od Q promotora. EBNA2 pregled je najmanje izražena virusni RNA s prosječnim izrazom samo 10 normalizirala jedinica po zaraženog tkiva i EBNA2 Netlogu bila potpuno odsutna u 8 od 14 zaraženih želučanog karcinoma u. Obrasci virusne ekspresije gena su prikazani u Figure4. Slika 4 Latentni i Litička EBV geni su ko-ekspresionirani na raka želuca. Dio karte topline od Slika1 prikazan visokog kontrasta dešifrirati relativne razine ekspresije gena EBV u 14 EBV inficirane želučanih tumora i okolnih uzorcima. Sva tkiva su želučani karcinom, osim jednog ne-maligne želučane sluznice, koji je prikazan u sivoj boji, izrezanim iz istog parafinskog bloka kao karcinoma želuca EBV-om. Srednja razina ekspresije svakog RNA u EBV-om želuca kohorte raka prikazan na desnoj strani svakog simbola gena. Pregled, zemljopisnog podrijetla i stanica udio tumora nisu prvenstveno povezani s EBV statusu želučanog raka Netlogu ispod karte topline u Slika1 je distribucija slučajeva raka želuca od strane zemljopisnog podrijetla iz Hondurasa (n = 86), Japan (n = 5), odnosno Sjedinjene Američke Države (n = 17). Nije bilo značajne povezanosti između zemljopisnog podrijetla i EBV-pozitivnom odnosu
negativnog klastera želučanog karcinoma (Fisherov egzaktni test p = 0,9), što ukazuje da je zemljopisno podrijetlo nije glavni pokretač hijerarhijskog grupiranja.
Dnu Slika1 također prikazuje distribuciju EBV-inficiranih u odnosu
EBV-negativne želučanog karcinoma raspoređenih u omjeru od ulaza malignih stanica u izrazu profiliranje testa. Nije bilo statistički značajna povezanost između udjela malignih stanica i EBV-zaraženo odnosu
EBV-negativna grupa raka želuca. Iznenađujuće, tkiva raka s niskim sadržajem malignih stanica nije prvenstveno povezati s ne-malignih tkiva želuca. Rak sa niskim sadržajem malignih stanica (1 do 25% malignih stanica) su raspoređeni po različitim segmentima karti topline uz rakova s ​​medijem (26 do 50%) ili visoka (> 50%) sadržaj malignih stanica (Fisher-ov egzaktni test p = 0,5), što ukazuje da je ukupni transcriptome osobine prevagnuti tumorskih stanica udio kao vozač hijerarhijskog grupiranja. Netlogu imajući na umu da su lymphoepithelioma nalik vratne raka u istraživanju bogate limfnog stromi, jer su mnogi EBV-om želučani karcinom , to je nevjerojatno da su te dvije klase raka grupirani odvojeno jedan od drugog, a također postignut prilično dobrom odvajanja od susjedne ne-maligne sluznice. Za većinu gena u ploči, postoji znatno preklapanje vrijednosti preko tipova bolesti. Dok profili su informativne i više nego uvjerljivo su pojedinačni rezultati prijepisu, postoji neka preklapanja u profilima, kao i, što znači da je profiliranje rezultate analize mora biti u korelaciji s histoloških značajki kako bi se precizno klasificirati tkiva kao benigni ili maligni. Pregled Farmakogenetička prediktori i druggable ciljevi
EBV infekcija sama po sebi smatra djelotvoran cilj, barem za 14/108 (13%) zaraženo želučanog karcinoma smo naveli. Ova studija pokazuje novi način da se identificiraju raka virusom zaraženo RNK profiliranje parafinskim rezovima, tako da prognostic i prediktivni informacije mogu se uzeti u obzir u bolesnika upravljačkih odluka. Stanični čimbenici farmakogenetičkog potencijala uključuju HIF puteve, SPARC, TYMS, FCGR2B sastali
i erbB2 (HER2)
. (Vidi Figure5). U usporedbi s želučanog karcinoma, raka vrata maternice obično imaju višu razinu HIF1A Netlogu ukazuje hipoksiju odgovor, iako je jednako visoke razine u ne-maligne sluznicu cerviksa otvaraju mogućnost ex vivo pregled stimulacije ovog faktora kisika ovisan. Daljnje istraživanje je potrebno razlikovati tehničke čimbenike in vivo
ranijim koracima koji bi opravdali razmatranje inhibitori angiogeneze. Slika 5 Neki želučani karcinom imaju značajan deregulacija čimbenika koji pokazuju obećanja kao farmakogenetičkih prediktori. Kutija čestice pokazuju ekspresija odabranih farmakogenetičkih ciljeva u inficiranim odnosu nezaraženih želučanog raka, kao i ne-maligne sluznice želuca i vratne histopathologies. Svaka točka predstavlja pojedinačni analitički rezultat na log2 normalizirana jedinica razmjera. Pregled, utvrdili smo da SPARC pregled je reguliran u rak želuca u odnosu na benigne želučane sluznice. Odgovor na docetakselom, taksan lijek koji inhibira mitoze sklop vretena, navodno utjecali iznosu od SPARC ekspresije proteina u rakom želuca [52]. Želučani i cervikalni karcinom imali su veću thymydylate sintaze (TYMS)
nego što su njihove dobroćudne sluznice kolegama. Visoki TYMS
razine navodno pridonosi stečena otpornost na 5FU kombiniranoj terapiji [53].
Nekoliko želučani karcinom imao izuzetno visoke razine Fc receptora, FCGR2B Netlogu koja bi mogla utjecati na internalizaciju droga i farmakodinamiku terapeutskih antitijela kao što cetuksimab in vivo. pregled Četiri želučani karcinom jako izražena MET
i dodatnih osam slučajeva snažno pojačana ekspresija izražena erbB2 (HER2)
, što otvara mogućnost da se ovaj test može predvidjeti odgovor na tirozin kinaze terapiju. pregled Rasprava
Ova studija koristi suvremene molekularne metode ispitati veliki panel ljudski i virusne RNA u raka želuca. Prema našim saznanjima, ovo je najveći panel virusnih genskih produkata koji se ispituje u dogovoru s ljudskim RNA u arhivskim, uklopljeno u parafin tkiva. EBV-om podvrsta raka želuca je dramatično očituje u odgovarajućoj toplinskoj karti stvorio bez nadzora klastera i EBV infekcija je potvrđena visoka EBV DNA viremije u tim tkivima. Izražavanje odabranih virusne i ljudskih gena u karcinomima potvrdila je nekoliko poznat virusima i raka povezanih učinaka i također otkrila nove spoznaje koje bacaju svjetlo na patogenezi i mogućih strategija upravljanja bolest.
Iznenađujuće zaražene želučani karcinom pojačana ekspresija svih 18 latentni i Litička EBV geni koji su bili testirani. Otkrili smo visoku razinu BRLF1 pregled RNA (kodiraju neposredno ranog virusni protein pokreće lize replikaciju u dogovoru s BZLF1) i umjereno visoke razine BXLF1 Netlogu (virusne timidin kinaze koji pretvara penicyclovir u toksični oblik, što ukazuje na mehanizam za terapiju) [54]. BLLF1 pregled (kodira kasnim virusni protein omotača gp350 /220) je izražena na umjerenim razinama koje su ipak znatno viša nego u ne-malignom sluznice, što ukazuje da infekcija EBV litičku nije zaostao nego je sposoban za proizvodnju kasnu virusne ovojnice proteina gp350 /220. Među latentne gena, EBNA1 pregled iz Q promotora ebna-LP, a EBNA3C
transkripata su najčešći. EBNA2 pregled je fokalno otkriven na niskoj razini, ali je još uvijek znatno viša u zaražene nego nezaraženih želučanog karcinoma. Prije histokemijsko rad općenito nije otkrila izraz proteina na razini od EBNAs ili lize virusnih gena proizvoda, pa daljnji rad je potreban da bi saznali ako su ti virusom koji kodiraju RNA lokaliziran na maligne stanice, limfociti, ili možda čak i exosomes ili viriona izvanstanične miljea.
odnosu na nezaraženih raka, zaražena raka imao značajnu reguliranje prema devet staničnih čimbenika (FCER2, MS4A1 (CD20), PLUNC, TNFSF9, TRAF1, CXCL11, IFITM1, PPARG
i FCRL3
), što znači da je EBV nije nevin promatrač s obzirom na biokemijske utjecaj. Promjene virus povezane smo našli u putovima poznatih virusnih onkologa, naime NFKB a signaliziranje Notch (FCER2, TRAF1, PPARG pregled) i sluznice imunološkog odgovora (PLUNC, TNFSF9, CXCL11, IFITM1, FCRL3
). MS4A1 (CD20) je B stanica specifična, podsjećajući nas da su neki od faktora reguliran u EBV-om u odnosu na nezaraženih želučanog raka mogao izvući iz strome elemenata nego od malignih epitelnih stanica. PLUNC pregled je prethodno opisan kao biljeg želuca i nazofarinksa karcinoma, a kodira izlučeni protein uključen u imunog odgovora [55-57]. TNFSF9, citokina od faktora nekroze tumora obitelji potiče aktiviranje T-stanica i aktivira IFNG proizvodnje koji pak inducira proinflamatornog kemokinskih CXCL11 i urođenu antivirusno faktor IFITM1. PPARG je kao nuklearni receptor kontrolu glukoze metabolizam i mikrotubula mreže, a to je obećavajuća meta za inhibitorne lijekove [58]. U FCRL3 pregled imunološki odgovor gen mutiran u autoimunim bolestima kao što su reumatoidni artritis, lupus, i ozbiljna bolest.
Naši rezultati podupiru rad Lee i sur pregled koji je našao različite ljudske obrasce ekspresije kod inficiranih u odnosu na
neinficirane karcinome želuca [10]. Iako je njihova studija ciljanog proteina i naš ciljani RNA, naši rezultati složio s njihovim za 4 od 5 čimbenika u zajednički dviju studija (BCL2, PTEN, CDH1, PTGS2
). Postoji potencijal odstupanje za erbB2
koji je znatno rjeđe izražen u odnosu na zaražene nezaraženih želučani raka kada se testira na proteinskom nivou [10], dok je struja studija je pokazala da nema značajne razlike u razini RNK transkripta. Čimbenici uključuju: 1) omjer tumorskih stanica prisutnih u uzorcima vrednovati 2) različiti kriteriji za kategorizaciju status izraz, i 3) RNA u odnosu na protein ciljeva.
Općenito, polje tehnologija koja je korištena u ovom istraživanju je radio izvanredno dobro u stvaranju RNA profila koji su bili uvjerljivi na temelju razlikovanja poznat benigna u odnosu na
zloćudne i želuca u odnosu
vrata maternice histopathologies. Nadalje, ko-ekspresija analita u istoj stazi ili od istog uzročnik smisla iz patobiologije i virologiju perspektive. Zanimljivo, sve vratne tkiva grupirani zajedno, i benignih i malignih lezija vrata maternice u velikoj mjeri bili segregirani iako Gastrogenus v1 ™ testa ploča nije bila posebno dizajniran kako bi se postigla ta krajnje točke. Nedostatak multiple co-izražen EBV mRNA u cervikalnim tkiva armirano ono što smo znali o njihovoj EBV-negativnosti po zlatni standard Eber in situ pregled hibridizacije.
Među sedam gena koji su znatno više izražene kod raka želuca (bez obzira na statusa infekcije) u odnosu na lymphoepithelioma-poput raka vrata maternice, četiri su ranije izvijestili kao želučanih markera raka (CLDN18, REG4, OLFM4, CDH17 pregled) [55, 59-63]. Druge dvije (EpCAM epitelnih stanica specifična transmembranskog glikoproteina i kemokina PPARG), kao i REG4, ispituje se na ciljanu terapiju raka [64-66]. Posljednji od sedam, BBC3 (koji se nazivaju p53 regulira prema gore modulatora apoptoze ili PUMA) navodno je reguliran od strane EBV LMP2A i zavlada po EBV Mir-BART5 u staničnoj liniji Models [67, 68], što upućuje da je ovaj BCL2 obitelj član čvrsto regulirana virusa.
jedan od dva RNA koja je bila značajno viša u odnosu na vrata maternice raka želuca je IFITM1 pregled, što se možda sjećate također je utvrđeno da se izraženo u zaražene odnosu na nezaraženih želučanog karcinoma. Potreban je daljnji rad kako bi se proučilo raka vrata maternice (vjerojatno Humani papiloma virus-om) karcinome želuca i EBV-om dijele zajednički mehanizam virusa vezane za prekomjernu ekspresiju ovog imunog faktor odziva. Drugi gen značajno povećana kod vrata maternice u usporedbi s karcinomom želuca je HIF1A pregled čija je ekspresija bila povezana s tim od četiri nizvodno angiogeneze posrednika u našem ploče (VEGFA, SLC2A1, SLC2A3 pregled i EPAS1 pregled), što dokazuju pozitivan Pearson-a koeficijenti korelacije (podaci nisu prikazani). Ako je potvrdio da je operativni in vivo pregled, HIF put stimulacija znači da inhibitori angiogeneze su vrijedni truda. Pregled Benigna odnosu na Netlogu malignih želučanog tkiva imaju tendenciju da se grupiraju odvojeno na karti topline, uz neke iznimke. Područje učinka [69] ili prijenos exosomal faktora na susjedne regije u lokalnoj sredini [70, 71] bi moglo objasniti zašto su neke vrste raka i susjedne reaktivni tkiva imali slične profile. Dok macrodissection se koristi za pažljivo odvojiti dobroćudnih od zloćudnih lezija, ne možemo isključiti okultno malignosti kao suradnik na abcrantnog klastera.
Među 19 gena značajno reguliran u rak želuca u odnosu na susjedne ne-maligne želučane sluznice, a većina su ranije izvijestili kako je specifični markeri raka želuca [72-76] i mi smo sada potvrdili da je njihov uzlazni je prepoznatljiv u arhivskoj parafinske ugrađen tkiva. Niže razine Gast pregled (gastrina) RNA u tkivu raka moglo pomoći objasniti popratni gubitak CHGA Netlogu gastrin signalizaciju faktor (kromogranin). Najdosljednije regulirani čimbenik karcinoma želuca u odnosu na Netlogu susjedne benigne sluznica je tumor supresorski gen CDH1 (E-kadherina) pregled, sugerirajući ili 1) CDH1 pregled promoter Hipermetilacija [77], 2) rijetko mutaci od CDH1
povezana s nasljednog predispozicija za rak želuca [78], ili 3) silazni CDH1 Netlogu strane EBV LMP1 kako je opisano u staničnoj liniji modela [79]. pregled LMP1 ranije je izvijestila da se nema u zaraženom raka želuca osim u rijetkim slučajevima [50, 51, 80, 81]. Stoga je bilo iznenađujuće da Nanostring nCounter niz profiliranje pokazali dosljedni iako niske razine ekspresije LMP1
RNA zajedno s gotovo svim ostalim EBV RNA koje su testirane u zaraženim želučanog karcinoma. Koordinirana suradnja ekspresija više virusnih gena dokazuje da je izraz vrijedi i pozitivna. Naši microarray rezultati otvaraju mogućnost da se virusni RNA smo otkrili ne kodira proteine ​​ili da proteini su: 1) samo prolazno izražena, 2) brzo razgrađuje, 3) lokaliziran rijetkih stanica koje su odmah prepoznali i uništenih od strane imunološkog sustava, ili 4) prisutna na tako niskoj razini da tradicionalni testovi su previše neosjetljiv na njih [82] otkriti. Proizvođač nCounter test sustav tvrdi analitički ekvivalent osjetljivosti na onom rtPCR [43]. Pregled, dok su većina virusni genom izlučuju se gotovo isključivo u zaraženom želuca skupine raka, EBER1 pregled i EBER2 pregled se obično izražava u svakom od benignih i malignih želučanih i vrata maternice skupinama, iako na znatno nižim razinama nego što se vidi u svakoj od želučanog karcinoma EBV-zaražene. Doista, naša studija otkrila novi način da se identificiraju EBV-om raka želuca mjerenjem EBER1
i /ili EBER2 pregled RNA u arhivskoj tkiva, te smo predložili pragove koji uspješno razlikovati zaražene iz nezaražene raka želuca. Pregled Podrška za aktivne virusne infekcije kod inficiranih pacijenata s rakom želuca dolazi iz serološki dokaz viših titra od virusnog kapsidni antigen u usporedbi s oboljelima od raka želuca EBV-negativne i benignih kontrole [83]. litička infekcija Niska razina je prethodno opisan u sluznice limfnih stanica [31, 82, 84] i u zaraženim želučanih epitelne stanične linije [85]. BARF1 Poznato je da se izražava u karcinomu želuca gdje je predložen za latentni nego litičke faktor [50, 51]. Pomoću osjetljivog rtPCR tehnologije, više EBV Litička transkripti su detektirani Luo i ostalih u želudac tkiva raka [50].

• Karakteristike Epstein-Barrov virus varijante povezane s želučanog karcinoma in Southern Tunisia
• Genetske loze nediferencirane tipa želučanog karcinoma analiziranim nekontroliranog klastera genomske DNA microarray data