adenocarcinoma gástrico virus de Epstein-Barr infectados expresa transcritos virales latentes como líticos y tiene una expresión de genes humanos profile

de Epstein-Barr virus de distinta infectados adenocarcinoma gástrico expresa transcritos virales latentes como líticos y tiene un perfil de expresión génica humana distinta
Resumen Antecedentes
EBV ADN
se encuentra dentro de las células malignas del 10% de los cánceres gástricos. La tecnología molecular moderna facilita la identificación de los relacionados con los virus efectos bioquímicos que podrían ayudar en el diagnóstico precoz y el tratamiento de la enfermedad.
Métodos
En este estudio, el perfil de expresión de ARN se realizó en 326 tejidos embebidos en parafina macrodissected incluyendo 204 tipos de cáncer y, cuando disponible, mucosa no maligno adyacente. Nanostring sondas dirigidas NCounter 96 ARNs virales (20, 73 humana, y 3 de pinchos ARN).
: Resultados de la A 182 tejidos con ARN ama de llaves adecuadas, se encontraron perfiles distintos en los infectados en relación
cánceres no infectados, y en maligna frente
mucosa benigna adyacente. cánceres gástricos infectadas con EBV expresan casi todo el 18 latente y lítico EBV ARN en el panel de ensayo. Los niveles de EBER1 Opiniones y EBER2
ARN fueron más altas y fueron proporcionales a la cantidad de genomas EBV, medido por Q-PCR. Entre los ARN que codifica la proteína EBV, EBNA1
a partir del promotor Q y BRLF1
se expresa altamente mientras EBNA2
niveles eran bajos positivo en solo 6/14 cánceres infectadas. regulación al alza concomitante de factores celulares implica que el virus no es un espectador inocente, sino que está ligado a la señalización de NFkB (FCER2, TRAF1
) y la respuesta inmune (Tnfsf9, CXCL11, IFITM1, FCRL3, MS4A1 y PLUNC)
, con PPARg
expresión que implican a alterarse el metabolismo celular. En comparación con la mucosa no maligna adyacente, cánceres gástricos expresan consistentemente INHBA, SPP1, thy1, SERPINH1, CXCL1, FSCN1, PTGS2 (COX2), BBC3, ICAM1, Tnfsf9, SULF1, SLC2A1, TYMS
, tres colágenos, la proliferación celular marcadores myc
y PCNA
, y EBV BLLF1
mientras que carecían de CDH1 (e-cadherina), CLDN18
, PTEN, SDC1 gratis (CD138), GAST gratis (gastrina) y su efector aguas abajo CHGA gratis (cromogranina). En comparación con el carcinoma linfoepitelioma de cuello uterino, cáncer gástrico expresan CLDN18, EPCAM, REG4, BBC3, OLFM4, PPARg
, y CDH17
mientras que habían disminuido los niveles de IFITM1 Opiniones y HIF1A
. El objetivos ErbB2 druggable (Her2), MET, y la vía HIF, así como varios otros indicadores potenciales de farmacogenética (incluyendo la propia infección por EBV, así como SPARC, TYMS, FCGR2B Opiniones y REG4
) fueron identificados en algunos las muestras de tumor.
Conclusión
Este estudio muestra cómo moderna tecnología molecular aplicada al archivo tejidos fijados rendimientos nuevos conocimientos sobre la oncogénesis viral que podrían ser útiles en el tratamiento de pacientes afectados.
Palabras clave
adenocarcinoma gástrico virus de Epstein-Barr expresión de ARN de células estromales perfil farmacogenético prueba de fondo
el cáncer gástrico es la segunda causa principal de la mortalidad mundial del cáncer con casi un millón de nuevos casos por año [1, 2]. Aproximadamente el diez por ciento de los adenocarcinomas gástricos son virus de Epstein-Barr (EBV) infectados, y EBV se considera una clase 1 patógeno oncogénica por la Organización Mundial de la Salud [3-6]. Incidencia va en aumento para aquellos cánceres en el segmento proximal del estómago (cardias, corpus), donde VEB está implicado con más frecuencia [7-14].
Los datos recientes del programa de vigilancia del cáncer del Instituto Nacional del Cáncer muestra un aumento preocupante en el cáncer gástrico incidencia entre los adultos jóvenes en los EE.UU. [7, 8, 15]. Emergente terapia dirigida hace que sea aún más importante para identificar cánceres infectados y caracterizar los defectos bioquímicos como la sobreexpresión de ERBB2 que aumenta la probabilidad de respuesta al trastuzumab en pacientes con cáncer gástrico metastásico [16-18]. Infectadas con EBV en comparación con el cáncer gástrico no infectado tiene un pronóstico favorable [19], y los ensayos clínicos están empezando a explorar la terapia dirigida por virus tales como: 1) células infundidas específicas de VEB T citotóxicas o células NK [20-23], 2) de marcha atrás methylator el fenotipo relacionado con EBV [24], 3) la activación de la replicación viral lítico, que luego podrían incitar a la respuesta inmune innata y adaptativa del cuerpo para eliminar las células tumorales infectadas [25-33], y 4) la terapia de inducción lítica coadministrado con nucleósido antiviral analógicos, tales como ganciclovir que es fosforilada y de este modo activado por quinasas virales que promueven la citotoxicidad [34-41].
los ensayos clínicos que examinan la eficacia de la terapia dirigida se beneficiaría a partir de ensayos de laboratorio que ayudan a identificar posibles candidatos para responder, y podría beneficiarse de laboratorio los ensayos que indican el efecto de la intervención en los procesos bioquímicos destinados. La tecnología molecular moderna permite ahora el análisis de grado clínico de múltiples analitos pertinentes a través de la expresión del ARN de perfiles [42]. Los fabricantes de dispositivos han producido matrices de sondas sensibles, específicos y personalizables para medir simultáneamente múltiples ARN, incluyendo ARN no codificantes de ARN como EBV-codificado 1 o 2 que se expresa abundantemente en los tumores infectados. Los recientes avances en las estrategias de control de calidad han madurado hasta el punto de que los perfiles de expresión de ARN están llevando a cabo en el laboratorio clínicos [42].
a ser prácticos en el ámbito clínico, un ensayo debe ser aplicable a los especímenes recogidos rutinariamente tales como archivos, parafina -embedded tejido [42]. En el estudio actual, se midió la expresión del gen viral y humano en el cáncer gástrico de archivo y en la mucosa y los controles adyacente a desarrollar un sistema de ensayo que podrían ser utilizados para caracterizar de forma fiable firmas predictivos de la respuesta a la terapia dirigida. Un sistema de prueba de matriz 96-RNA que doblaje de la panel de Gastrogenus v1 ™ se ha personalizado para medir los ARN virales latentes como líticos pertinentes junto con los ARNm humanos clínicamente relevantes que se había informado anteriormente a ser 1) cáncer gástrico específico, 2) indicativa de la inflamación, y /o 3) predicen la respuesta a medicamentos específicos. Estos ensayos, así como los ARN de control de púas y endógena, se midieron en secciones de parafina macrodissected utilizando el sistema de prueba Nanostring nCounter [43-45]. histológico correlativa y estudios moleculares se realizaron para demostrar que el sistema de prueba lleva a cabo como se esperaba. Nuestros resultados muestran que los cánceres relacionados con el VEB transcripciones expresar más latentes como líticos que fueron reconocidos con anterioridad, y que los cánceres infectados tienen características biológicas únicas en comparación con los cánceres no infectadas. Se encontraron dos subtipos principales de cáncer, lo que implica que las estrategias de detección temprana de cáncer gástrico o pruebas de control podrían ser adaptados para detectar las firmas pertinentes que caracterizan los subtipos moleculares mayores. Finalmente, los datos piloto revela la expresión de genes virales y relacionados con el cáncer seleccionados en mucosa no maligno adyacente, lo que sugiere un efecto de campo que podría ser importante en el desarrollo del cáncer o de mantenimiento.
Resultados
perfiles de expresión génica se realizó en un total de 326 tejidos, incluyendo 187 cánceres gástricos, cánceres de cuello uterino 17 linfoepitelioide y 118 emparejados mucosa no maligna del mismo procedimiento quirúrgico (cuando esté disponible). Después de la normalización de datos, un mapa de calor de los 182 tejidos que tienen la mejor calidad del ARN, a juzgar por el nivel más alto promedio de cuatro ARNs de limpieza, reveló patrones de expresión de genes que diferían en gástrica frente
control de los tejidos del cuello uterino. Además, tanto en la gástricas y cervicales clusters, tejidos malignos y no malignos tienden a agruparse juntos, el apoyo a la capacidad del sistema de prueba nCounter para medir clínicamente importantes características biológicas. (Ver Figura 1). Figura 1 perfiles de expresión de 182 tejidos de 20 genes virales y 73 genes humanos. Un mapa de calor muestra la agrupación sin supervisión jerárquica de cada tejido en una columna separada, y cada ARN en una fila separada. Los datos son centrado en la mediana con rojo que indica la sobreexpresión relativa y verde que indica relativa en la expresión de cada gen. los datos correlativos por encima del mapa indica la clasificación histopatológica con subcategorías adicionales de la cohorte de cáncer gástrico en 14 VEB infectados y 104 cánceres negativos EBV basado en los niveles de ADN del VEB. Debajo del mapa, cada cáncer gástrico se clasifica por la proporción de células malignas, y se muestra el origen geográfico de cada tejido.
Un grupo de carcinomas gástricos sobreexpresa prácticamente la totalidad de los ARN de EBV. Para determinar qué tipos de cáncer gástrico debe ser designado como infectadas con EBV, los 71 tejidos con los más altos niveles combinados de EBER1 Opiniones y EBER2
ARN mediante matriz Nanostring nCounter también se estudiaron los niveles del genoma del VEB en el mismo tejido por Q- PCR. Hubo una relación lineal entre la cantidad de EBER1
y ARN EBER2
y la cantidad de genoma EBV. (Ver Figura 2). Nuestra corte previamente establecida [46] para el nivel de genoma EBV correspondiente a la localización del virus a las células malignas resultado en 14 cánceres de ser colocado en la categoría infectadas por EBV. Los cánceres gástricos restantes fueron llamados EBV-negativo, y entre ellos los más altos niveles de ARN registrados fueron 174.016 para EBER1
y 27.972 para EBER2
. Por el contrario, entre los cánceres gástricos infectadas con EBV la EBER1
nivel más bajo fue de 263.589 y el más bajo nivel de EBER2
era 140.081. puntos de corte propuestos para la identificación de un tejido tan infectada por el VEB se muestran en la Figura 2. Figura 2 niveles de ARN codificada por EBV son elevados en el cáncer gástrico infectados y son proporcionalmente al nivel del genoma de EBV. parcelas A. En la casilla de EBER1 Opiniones y EBER2
en los tejidos benignos y malignos revelar que el cáncer gástrico infectados por EBV tiene niveles sustancialmente más altos de EBER1
y EBER2
los ARN no codificantes que lo hacen los cánceres y de control no infectadas tejidos. umbrales propuestos para EBER1
o EBER2
se muestran más allá del cual un cáncer gástrico fiable podrían ser designados como infectados por el VEB. Cada punto representa un resultado analítico individuo en una escala log2 unidad normalizada (NU). B. comparación por parejas de EBER1 Opiniones y EBER2
los niveles de ARN de matriz Nanostring nCounter y la carga viral de ADN EBV por Q-PCR revela una asociación lineal entre los niveles de cada uno de estos analitos. se muestran; los coeficientes de correlación de Pearson (0,86 P >). El nivel previamente validado de la carga viral de ADN EBV se muestra más allá del cual EBER
siempre se localizó en las células malignas por EBER in situ
hibridación (umbral de 10.558 genomas EBV por 100.000 células, lo que es equivalente a 13,37 en esta escala log2 ) [46]. puntos de corte propuestos para los niveles de ARN están indicados tanto para EBER1 gratis (200.000 NU, o 17.61 en esta escala log 2) y EBER2 gratis (100.000 NU, o 16,61 en esta escala log 2). El valor atípico es una mucosa gástrica no maligno que se encuentra adyacente a un cáncer gástrico infectadas con EBV, y esto mucosa tenido una carga equivalente de ADN EBV a la de los cánceres infectados, pero habría sido excluido correctamente desde el cáncer infectadas con EBV grupo si se utilizan ya sea EBER1
o EBER2
niveles de ARN, o si se utiliza la histología, para la detección de tumores malignos relacionados con el VEB.
Los genes sobreexpresados ​​en infectados por EBV contra el cáncer gástrico negativa al VEB
Veinte ocho genes fueron significativamente expresados ​​diferencialmente en el cáncer infectadas con EBV en comparación con los cánceres gástricos negativas EBV (p < 0,05). Curiosamente, todos los 28 fueron upregulated en lugar de downregulated en los tipos de cáncer infectados, y este sesgo se explica al menos en parte por nuestra selección de marcadores positivos en vez de negativos de la infección cuando la elección de los ARN que se perfilan para este estudio. El fracaso para identificar cualquier genes downregulated era todavía sorprendentes informes dado que el virus está asociado con un fenotipo isla CpG methylator y, además, el virus puede desestabilizar ARNm celulares a nivel mundial [47]. Estar entre los genes regulados positivamente de manera significativa en los cánceres infectados eran todos de la 18 ARN EBV probados, así como citomegalovirus pp65 (UL83). El resultado citomegalovirus pp65 (UL83) es probable que sea falso positivo (se sospecha que la sonda de hibridación cruzada), como se evidencia por la ausencia de otro RNA lítico, pol citomegalovirus (UL54), en los cánceres infectadas por EBV. Además, UL83 pero no UL54 se expresó en EBV infectado, pero no en los controles de la línea celular EBV negativo (datos no presentados). Otra posible explicación de la expresión del ARN viral de falsos positivos es la reactividad cruzada de la sonda con el ADN viral. Nueve ARNs humanos se upregulated significativamente en los infectados por el VEB en comparación con EBV cánceres gástricos negativos: FCER2, MS4A1 (CD20), PLUNC, Tnfsf9, TRAF1, CXCL11, IFITM1, PPARg
, y FCRL3
. (Ver Figura 3). Figura 3 ARNs humanos múltiples están sobreexpresados ​​en el cáncer gástrico infectados por EBV en comparación con el cáncer de VEB-negativo. Los diagramas de caja demuestran los niveles de ARN humanos en infectada en comparación con el cáncer gástrico no infectados y controles que incluyen el cáncer de cuello de útero linfoepitelioma, la mucosa cervical y mucosa gastrointestinal benigna. Cada punto representa un resultado analítico individual en un log2 escala de unidades normalizadas.
Los genes expresados ​​diferencialmente en el cáncer gástrico en comparación con la mucosa gastrointestinal no maligno
Veinte seis genes fueron significativamente dysregulated en el cáncer gástrico en comparación con mucosa gástrica no maligno ( p < 0,05). Los ARN humanos regulados positivamente en el cáncer gástrico fueron INHBA, SPP1, thy1, SERPINH1, CXCL1, FSCN1, COL1A1, SPARC, COL1A2, PTGS2 (COX2), BBC3, ICAM1, Tnfsf9, MYC, SULF1, SLC2A1, COL3A1, PCNA, y TYMS
, mientras que los ARNs downregulated eran CDH1 (e-cadherina), CLDN18
, CHGA gratis (cromogranina), PTEN, SDC1 gratis (CD138) y GAST gratis (gastrina). El único factor viral que se expresa de forma diferente era BLLF1
que fue significativamente mayor en el cáncer de que en la mucosa gástrica no maligno (p = 0,004). BLLF1
codifica la proteína de la envoltura vírica finales de gp350 /220, lo que sugiere que los viriones son significativamente más frecuente en el cáncer gástrico que en tejido no maligno. BLLF1
no era específico para el cáncer gástrico, sin embargo, como también se expresa en algunos tejidos cervicales benignos y malignos, también.
Genes asociados con el cáncer gástrico en comparación con el cáncer cervical linfoepitelioma
nueve genes eran dysregulated significativamente en el cáncer gástrico en comparación con el cáncer de cuello uterino linfoepitelioma (p < 0,05). Los siete ARN regulados positivamente en el cáncer gástrico fueron CLDN18, EPCAM, REG4, BBC3, OLFM4, PPARg
, y CDH17
, mientras que los dos genes downregulated eran IFITM1 Opiniones y HIF1A
. Los patrones de
la expresión del gen viral latente y lítico en EBV infectado cánceres gástricos
los 14 cánceres gástricos infectadas con EBV en este estudio coexpressed consistente prácticamente todos los genes latentes como líticos EBV, que es algo sorprendente, dado que la literatura anterior describe un patrón de latencia algo restringido [48-51]. Es factible que la tecnología analítica Nanostring nCounter es más sensible que los métodos tradicionales de detección. México La ARN viral más alta expresión fue EBER1
a un promedio de más de 1 millón de unidades normalizadas por el tejido de cáncer infectadas con EBV, seguido de EBER2
, BRLF1 Opiniones y EBNA1 En venta del promotor Q. EBNA2
era el RNA viral expresado menos con una expresión media de sólo 10 unidades normalizadas por el tejido infectado y EBNA2
estaba completamente ausente en 8 de los 14 cánceres gástricos infectados. Los patrones de expresión de genes virales se representan en Figure4. Figura 4 VEB genes latentes como líticos se co-expresan en el cáncer gástrico. Una porción del mapa de calor de Figura 1 se muestra en alto contraste de descifrar niveles relativos de expresión de genes de EBV en los 14 cánceres gástricos infectadas con EBV y las muestras de los alrededores. Todos los tejidos son cánceres gástricos, excepto una única mucosa gástrica no maligno, que se muestra en gris, diseccionado del mismo bloque de parafina como un cáncer gástrico infectadas por EBV. La media de nivel de expresión de cada ARN en la cohorte de cáncer gástrico infectados por EBV se muestra a la derecha de cada símbolo de genes.
Origen geográfico y la proporción de células tumorales no se asocian preferentemente con VEB estado del cáncer gástrico
Debajo del mapa de calor en la Figura 1 es la distribución de los casos de cáncer gástrico por origen geográfico de Honduras (n = 86), Japón (n = 5), o en los Estados Unidos (n = 17). No se encontró asociación significativa entre el origen geográfico y VEB positivo frente
agrupación negativo de los cánceres gástricos (prueba exacta de Fisher p = 0,9), lo que sugiere que el origen geográfico no es el principal impulsor de la agrupación jerárquica. Francia El fondo de Figura1 también muestra la distribución de los infectados por EBV frente a los cánceres gástricos EBV negativo
clasificados por la proporción de entrada de células malignas en la expresión de perfiles de ensayo. No se encontró asociación significativa entre la proporción de células malignas y el infectadas con EBV frente a los grupos EBV negativo
de cáncer gástrico. Sorprendentemente, los tejidos de cáncer con bajo contenido de células malignas no se agrupan preferentemente con los tejidos gástricos no malignas. Los cánceres con contenido de células malignas baja (del 1 al 25% de células malignas) se distribuyen a través de diversos segmentos del mapa de calor junto con los cánceres con el medio (26 a 50%) o alta (> 50%) de contenido de células malignas (exacta de Fisher p test = 0,5), lo que sugiere que las características generales del transcriptoma superan la proporción de células tumorales como el conductor de la agrupación jerárquica.
Teniendo en cuenta que los cánceres de cuello uterino linfoepitelioma en este estudio eran ricas en estroma linfoide, al igual que muchos cánceres gástricos infectadas con EBV , es notable que estas dos clases de cáncer agruparon por separado unos de otros y también logrado razonablemente buena separación de la mucosa no maligno adyacente. Para la mayoría de los genes en el panel, hay una considerable superposición en los niveles en los tipos de enfermedades. Mientras que los perfiles son más informativos y más convincente que son resultados individuales de transcripción, existe cierta superposición en los perfiles, así, lo que significa que los perfiles de los resultados del ensayo debe estar correlacionada con características histológicas con el fin de clasificar con precisión un tejido como benignas o malignas.
Farmacogenética predictores y objetivos druggable
la propia infección por VEB se considera un objetivo accionable, al menos por el 14/108 (13%) infectados cánceres gástricos que hemos identificado. Este estudio demuestra una forma novedosa para identificar cánceres infectadas por virus de RNA de perfiles de secciones de parafina para que la información pronóstico y predictivo puede ser considerado en las decisiones de gestión de pacientes. Factores celulares de potencial farmacogenética incluyen la vía HIF, SPARC, TYMS, FCGR2B, MET, España y ErbB2 (HER2)
. (Ver Figura5). En comparación con los cánceres gástricos, cánceres cervicales tienden a tener niveles más altos de HIF1A
indicando respuesta a la hipoxia, aunque los niveles igualmente elevados en la mucosa cervical no maligno plantean la posibilidad de estimulación ex vivo Red de este factor con sensor de oxígeno. Se necesitan más estudios para distinguir los factores técnicos de la regulación positiva in vivo
que justifiquen la consideración de los inhibidores de la angiogénesis. Figura 5 Algunos cánceres gástricos tiene una desregulación significativa de los factores que parecen ser prometedores como predictores farmacogenéticos. Los diagramas de caja demuestran la expresión de objetivos seleccionados farmacogenéticos en histopatologías infectados en comparación con el cáncer gástrico no infectados, así como de la mucosa gástrica y no maligno del cuello del útero. Cada punto representa un resultado analítico individual en un log2 escala de unidades normalizadas.
Se confirmó que SPARC
se regula positivamente en el cáncer gástrico en comparación con la mucosa gástrica benigna. Respuesta a docetaxel, un taxano que inhibe montaje de huso mitótico, se informa afectado por la cantidad de expresión de la proteína SPARC en el cáncer gástrico [52]. Gástricas y cáncer de cuello uterino tanto tuvieron mayor thymydylate sintasa (TYMS)
que lo hicieron sus respectivas contrapartes benigno de las mucosas. Los altos niveles de TYMS
los informes, contribuye a la resistencia adquirida a 5FU terapia combinada [53].
Unos pocos cánceres gástricos tenían niveles extremadamente altos de los receptores Fc, FCGR2B
, lo que podría afectar a la internalización de drogas y la farmacodinámica de anticuerpos terapéuticos como cetuximab en vivo.
Cuatro cánceres gástricos expresó enérgicamente MET, España y otros ocho casos fuertemente sobreexpresados ​​expresan erbB2 (HER2)
, aumentando la posibilidad de que este ensayo podría predecir la respuesta al tratamiento con inhibidores de la tirosina quinasa. Discusión

Este estudio utilizó métodos moleculares modernos para examinar un gran panel de ARN virales humana y en el cáncer gástrico. Para nuestro conocimiento, este es el mayor grupo de productos de los genes virales para ser analizadas en forma conjunta con los ARN humanos en los tejidos de archivo, incluidos en parafina. El subtipo infectadas con EBV del cáncer gástrico es dramáticamente evidente en el mapa de calor que corresponde creado por la agrupación sin supervisión, y la infección por VEB fue confirmada por una alta carga viral de ADN EBV en estos tejidos. La expresión de los genes virales y humanos seleccionados en los cánceres confirmó varios conocidos por virus y los efectos relacionados con el cáncer y también reveló nuevos hallazgos que arrojan luz sobre la patogénesis y las posibles estrategias de control de enfermedades.
Sorprendentemente, los cánceres gástricos infectados sobreexpresa en los 18 de la genes EBV latente y lítico que se probaron. Descubrimos altos niveles de BRLF1
RNA (que codifican la proteína viral temprano inmediato de disparo replicación lítica en concierto con BZLF1) y niveles moderadamente altos de BXLF1
(la timidina quinasa viral que convierte penicyclovir a una forma tóxica, lo que sugiere un mecanismo para la terapia) [54]. BLLF1
(que codifica la tarde viral gp350 proteína de la envoltura /220) se expresó en niveles moderados, que resultaban significativamente mayor que en mucosa no maligna, lo que sugiere que la infección lítica EBV no es abortiva sino más bien es capaz de producir la envoltura viral tarde gp350 proteína /220. Entre los genes latentes, EBNA1
a partir del promotor Q, EBNA-LP, y EBNA3C
transcripciones fueron más prevalentes. EBNA2
se detectó de manera focal en el nivel bajo, pero todavía era significativamente mayor en los infectados que en los cánceres gástricos no infectadas. trabajo histoquímica anterior generalmente no ha revelado la expresión a nivel de proteínas de las EBNAs o productos génicos virales líticas, por lo que es necesario seguir trabajando para saber si estos ARN viral que codifican se localizan en malignas células, los linfocitos, o posiblemente incluso a exosomas o viriones en el extracelular milieu.
En comparación con los cánceres no infectados, los cánceres infectados tenían regulación al alza significativa de nueve factores celulares (FCER2, MS4A1 (CD20), PLUNC, Tnfsf9, TRAF1, CXCL11, IFITM1, PPARg
, y FCRL3
), lo que implica que el virus no es un espectador inocente con respecto al impacto bioquímico. Los cambios asociados a virus que encontramos eran en las vías conocidas por los oncólogos virales, a saber NFKB y señalización Notch (FCER2, TRAF1, PPARg
) y la respuesta inmune de la mucosa (PLUNC, Tnfsf9, CXCL11, IFITM1, FCRL3
). MS4A1 (CD20) es una célula B específica, que nos recuerda que algunos de los factores upregulated en infectados por EBV en comparación con el cáncer gástrico no infectadas podría derivar a partir de elementos del estroma en lugar de a partir de células epiteliales malignas. PLUNC
se ha descrito anteriormente como un marcador tumoral de carcinomas gástricos y nasofaríngeos, y codifica una proteína secretada que participan en la respuesta inmune innata [55-57]. Tnfsf9, una citoquina de la familia del factor de necrosis tumoral, estimula la activación de las células T y desencadena la producción IFNG que a su vez induce la CXCL11 quimiocinas proinflamatorias y el factor antiviral innata IFITM1. PPARG es como un receptor nuclear control de las redes de microtúbulos y metabolismo de glucosa, y es un objetivo prometedor para fármacos inhibidores [58]. El FCRL3
gen está mutado respuesta inmune en enfermedades autoinmunes como la artritis reumatoide, el lupus y la enfermedad de Graves.
Nuestros hallazgos apoyan el trabajo de Lee y col
que encontró distintos patrones de expresión humanos de los infectados en relación
cánceres gástricos no infectados [10]. Aunque su estudio dirigido proteínas y ARN dirigida nuestra, nuestros resultados coincidieron con las de ellos para 4 de los 5 factores en común entre los dos estudios (BCL2, PTEN, CDH1, PTGS2
). Hubo una discrepancia potencial de ErbB2
que se expresó significativamente menos frecuente de los infectados en comparación con el cáncer gástrico no infectados cuando se analizaron a nivel de proteínas [10], mientras que el presente estudio no mostró diferencias significativas en el nivel de transcripción de ARN. Los factores de confusión incluyen 1) la proporción de células tumorales presentes en las muestras evaluadas, 2) diferentes criterios para la clasificación de estado de la expresión, y 3) el ARN frente a dianas proteicas.
En general, la tecnología de matriz que se utilizó en este estudio trabajaron notablemente así en la generación de perfiles de ARN que eran creíbles en virtud de distinguir conocido benigna frente
maligno y gástrica frente histopatologías cervicales
. Además, la co-expresión de analitos en la misma vía o por el mismo agente infeccioso tiene sentido desde una perspectiva patobiología y virología. Curiosamente, todos los tejidos del cuello uterino agrupados juntos, y las lesiones cervicales benignos y malignos fueron segregados en gran medida a pesar de que el panel de ensayo Gastrogenus v1 ™ no había sido diseñado específicamente para lograr estos criterios de valoración. La falta de múltiples co-expresada EBV ARNm en tejidos cervicales reforzó lo que sabíamos sobre su VEB-EBER negatividad por el estándar de oro in situ
ensayo de hibridación. Estar entre los siete genes que fueron significativamente más expresan en el cáncer gástrico (sin tener en cuenta del estado de infección) en comparación con el cáncer de cuello de útero linfoepitelioma, cuatro fueron reportados previamente como marcadores de cáncer gástrico (CLDN18, REG4, OLFM4, CDH17
) [55, 59-63]. otros dos (células epiteliales EPCAM específica glicoproteína transmembrana, y PPARg quimiocinas), así como REG4, se están explorando para la terapia dirigida contra el cáncer [64-66]. El último de los siete, BBC3 (también llamada p53 modulador de la apoptosis hasta reguladas, o PUMA) según los informes, está regulada positivamente por EBV LMP2A y reinó en por EBV miR-BART5 en los modelos de línea celular [67, 68], lo que sugiere que esta familia BCL2 miembro está estrechamente regulada por el virus.
Uno de los dos ARN que fue significativamente mayor en comparación con el de cuello uterino cáncer gástrico fue IFITM1
, que se recordará también se encontró que se sobreexpresa en infectada en comparación con el cáncer gástrico no infectadas. Es necesario seguir trabajando para explorar si los cánceres cervicales cáncer gástrico (papilomavirus humanos infectados presumiblemente) y infectadas con EBV comparten un mecanismo común relacionada con el virus de la sobreexpresión de este factor de respuesta inmune innata. El otro gen sobreexpresado de manera significativa en el cuello del útero en comparación con el cáncer gástrico fue HIF1A
cuya expresión se asoció con la de cuatro mediadores de la angiogénesis aguas abajo en nuestro panel (VEGFA, SLC2A1, SLC2A3 Opiniones y EPAS1
) como se evidencia por Pearson positiva los coeficientes de correlación (datos no mostrados). Si se confirma para ser operativa en vivo
, la estimulación vía HIF implica que inhibidores de la angiogénesis son vale la pena investigar.
Benigna frente
tejidos gástricos malignos tienden a agruparse por separado en el mapa de calor, con algunas excepciones. efecto de campo [69] o transferencia exosomal de factores a regiones adyacentes del entorno local [70, 71] podría explicar por qué algunos tipos de cáncer y tejidos adyacentes reactivos tuvieron perfiles similares. Si bien se utilizó macrodissection para separar cuidadosamente las lesiones benignas de malignas, no podemos excluir neoplasia oculta como factor que contribuye a la agrupación aberrante. Estar entre los 19 genes regulados positivamente de manera significativa en el cáncer gástrico en comparación con mucosa gástrica no maligno adyacente, la mayoría fueron reportados previamente como marcadores de cáncer gástrico específicos [72-76], y que ahora se certifica que su regulación al alza es detectable en tejido incluido en parafina de archivo. Los niveles más bajos de GAST
ARN (gastrina) en tejidos de cáncer podrían ayudar a explicar la pérdida concomitante de la señalización del factor de gastrina CHGA gratis (cromogranina). El factor más downregulated consistente en el cáncer gástrico en comparación con
mucosa benigna adyacente fue el CDH1 gen supresor de tumores (E-cadherina)
que sugiere o bien 1) CDH1
la hipermetilación del promotor [77], 2) rara mutación de línea germinal de CDH1
asociado con la predisposición hereditaria al cáncer gástrico [78], o 3) regulación a la baja de CDH1
por EBV LMP1 como se describe en los modelos de línea celular [79].
LMP1 se había informado anteriormente a estar ausente en el cáncer gástrico infectada excepto en casos raros [50, 51, 80, 81]. Era, por tanto, sorprendente que Nanostring nCounter gama de perfiles mostró coherente aunque bajo nivel de expresión de LMP1
ARN junto con la práctica totalidad de los otros ARN EBV que se probaron en los cánceres gástricos infectados. Coordinado co-expresión de múltiples genes virales sostiene que la expresión es verdadera positiva. Nuestros resultados de microarrays plantean la posibilidad de que los ARN virales que detectamos no se codifican las proteínas o que las proteínas son 1) sólo se expresa transitoriamente, 2) se degrada rápidamente, 3) localizados en células raras que son reconocidas y destruidas rápidamente por el sistema inmune, o 4) presente en un nivel tan bajo que los ensayos tradicionales son demasiado insensible para detectarlos [82]. El fabricante del sistema de prueba nCounter afirma analítica sensibilidad equivalente a la de rtPCR [43].
Aunque la mayoría de los genes virales se expresan casi exclusivamente en los infectados cohorte cáncer gástrico, EBER1
y EBER2
se expresaron comúnmente en cada uno de las cohortes gástricas y cervicales benignos y malignos, aunque a niveles mucho más bajos de lo que se observa en cada uno de los cánceres gástricos infectadas por EBV. De hecho, nuestro estudio revela una nueva forma de identificar el cáncer gástrico infectados por EBV midiendo EBER1
y /o EBER2
ARN en el tejido de archivo, y hemos propuesto que los umbrales de éxito distinguen infectadas por cáncer gástrico no infectada.
apoyo a la infección viral activa en pacientes con cáncer gástrico infectados proviene de la evidencia serológica de los títulos más altos frente al antígeno de la cápside viral en comparación con los pacientes con cáncer gástrico EBV negativos y controles benignos [83]. infección lítica de bajo nivel se ha descrito anteriormente en las células linfoides de la mucosa [31, 82, 84] y en líneas de células infectadas gástricos epiteliales [85]. BARF1 se sabe que se expresa en el cáncer gástrico en los que se propone para actuar como un latente en lugar de un factor lítico [50, 51]. Utilizando la tecnología de rtPCR sensible, múltiples transcripciones EBV líticas se detectaron por Luo et al en tejidos de cáncer gástrico [50].

• Características de los virus de Epstein Barr variantes asociadas con el carcinoma gástrico en el sur de Túnez
• los linajes genéticos de los carcinomas gástricos de tipo indiferenciado analizados por la agrupación sin supervisión de microarrays de ADN genómico data