Epstein-Barr-virus infisert adenokarsinom i ventrikkel uttrykker latente og lytiske viral transkripsjoner og har en distinkt menneskelig genekspresjon profile

Epstein-Barr-virusinfiserte adenokarsinom i ventrikkel uttrykker latente og lytiske viral transkripsjoner og har en distinkt menneskelig genekspresjon profil
Abstract
Bakgrunn
EBV DNA som er funnet i de ondartede cellene i 10% av gastrisk kreft. Moderne molekylær teknologi muliggjør identifikasjon av virusrelaterte biokjemiske effekter som kan bistå i tidlig diagnose og sykdomshåndtering.
Fremgangsmåter
I denne studien ble RNA-ekspresjon profilering ble utført på 326 macrodissected parafininnstøpte vev, inkludert kreft og 204, når tilgjengelig, tilstøtende ikke-ondartet mucosa. Nanostring NCounter sonder målrettede 96 RNA (20 viral, 73 mennesker, og tre piggete RNA).
Resultater
I 182 vev med tilstrekkelig husholderske RNA, ble tydelige profiler funnet i infiserte versus
friske kreft, og i ondartet versus
tilstøtende godartet slimhinnen. EBV-infiserte gastriske cancere uttrykte nesten alt av 18 latent og lytiske EBV RNA i testpanelet. Nivåer av EBER1
og EBER2
RNA var høyest og var proporsjonal med mengden av EBV-genomet som målt ved hjelp av Q-PCR. Blant proteinkodende EBV RNA, EBNA1
fra Q-arrangøren og BRLF1
ble sterkt uttrykt mens EBNA2
nivåene var lave positive på bare 6/14 infiserte kreft. Samtidig oppregulering av cellulære faktorer tilsier at viruset ikke er en uskyldig tilskuer, men snarere er knyttet til NFkB signalering (FCER2, TRAF1
) og immunrespons (TNFSF9, CXCL11, IFITM1, FCRL3, MS4A1 og PLUNC)
, med PPARG
uttrykk impliserer endret cellenes stoffskifte. Sammenlignet med tilstøtende ikke-ondartet slimhinner, mage kreft konsekvent uttrykt INHBA, SPP1, THY1, SERPINH1, CXCL1, FSCN1, PTGS2 (COX2), BBC3, ICAM1, TNFSF9, SULF1, SLC2A1, TYMS
, tre kollagen, cellen spredning markører MYC Hotell og PCNA
, og EBV BLLF1
mens de manglet CDH1 (E-cadherin), CLDN18
, PTEN, SDC1 plakater (CD138), GAST plakater (gastrin) og sin nedstrøms effektor CHGA plakater (chromogranin). Sammenlignet med lymphoepithelioma lignende karsinom i livmorhalsen, mage kreft uttrykt CLDN18, EpCAM, REG4, BBC3, OLFM4, PPARG
, og CDH17
mens de hadde redusert nivåer av IFITM1 Hotell og HIF1A
. Den druggable mål ErbB2 (Her2), MET, og HIF vei, samt flere andre potensielle farmakogenetiske indikatorer (inkludert EBV infeksjon selv, samt SPARC, TYMS, FCGR2B Hotell og REG4
) ble identifisert i noen vevsprøver.
Konklusjon
Denne studien viser hvordan moderne molekylær teknologi brukes til arkivering faste vev gir ny innsikt i viral onkogenese som kan være nyttig i å håndtere berørte pasienter.
nøkkelord
Gastric adenokarsinom Epstein-Barr virus RNA uttrykk profil stromale celler Farmakogenetisk test Bakgrunn
Magekreft kreft~~POS=HEADCOMP er den nest største årsaken til global kreftdødelighet med nesten en million nye tilfeller per år [1, 2]. Omtrent ti prosent av mage adenokarsinomer er Epstein-Barr virus (EBV) smittet, og EBV regnes som en klasse 1 onkogene patogen av Verdens helseorganisasjon [3-6]. Forekomsten er økende for de kreft i proksimale segmentet av magen (Cardia, corpus) hvor EBV er oftere involvert [7-14].
Nyere data fra National Cancer Institute kreft overvåkningsprogram viser en bekymringsfull økning i magekreft forekomsten blant unge voksne i USA [7, 8, 15]. Emerging målrettet terapi gjør det desto viktigere å identifisere infiserte kreft og for å karakterisere biokjemiske defekter som ErbB2 overuttrykk som øker sannsynligheten for respons på trastuzumab i metastatisk magekreftpasienter [16-18]. EBV-infiserte forhold til uinfiserte magekreft har en gunstig prognose [19], og kliniske studier har begynt å utforske virus-målrettet terapi som 1) infused EBV-spesifikke cytotoksiske T-celler eller NK-celler [20-23], 2) å reversere EBV-relatert methylator fenotype [24], 3) utløser lytisk virusreplikasjon som kunne deretter egge kroppens medfødte og ervervede immunresponser å drepe infiserte tumorceller [25-33], og 4) lytisk induksjonsbehandling gis samtidig med antivirale nukleosid analoge slik som gancyclovir som er fosforylert og dermed aktiveres ved virus kinaser fremme cytotoksisitet [34-41].
Kliniske studier som har undersøkt effekten av målrettet terapi ville ha nytte av laboratorieanalyser som bidrar til å identifisere kandidater sannsynlig til å svare, og kunne ha nytte av laboratorie analyser som betegner effekten av intervensjonen på de tiltenkte biokjemiske mekanismer. Moderne molekylær teknologi tillater nå klinisk kvalitet analyse av flere aktuelle analyttene via RNA uttrykk profilering [42]. Utstyrsprodusenter har produsert sensitive, spesifikke og tilpasses sonde arrays å samtidig måle flere RNA, inkludert ikke-kodende RNA som EBV-kodede RNA en eller to som er rikelig uttrykt i infiserte svulster. Framskritt i kvalitetssikrings strategier har modnet til det punktet at RNA uttrykk profiler blir implementert i kliniske settinger laboratorie [42].
Å være praktisk i kliniske settinger, må en analyse være aktuelt å rutinemessig samlet prøver som arkivering, parafin -embedded vev [42]. I denne studien har vi målt viral og menneskelig genuttrykk i arkiv mage kreft og i tilstøtende slimhinnen og kontroller for å utvikle en testsystemer som kan brukes til pålitelig karakter signaturer prediktiv av respons på målrettet terapi. En 96-RNA rekke testsystem som vi dubbe Gastrogenus v1 ™ panel ble tilpasset for å måle relevante latente og lytiske viral RNA sammen klinisk relevante menneskerettighets mRNA som tidligere ble rapportert å være 1) magekreft bestemt, 2) en indikasjon på betennelse, og /eller 3) prediktive for svar på spesifikke medisiner. Disse analyser, så vel som piggete og endogene kontroll RNA, ble målt i macrodissected parafinsnitt ved hjelp av Nanostring NCounter testsystemet [43-45]. Korrelerende histologisk og molekylære studier ble utført for å demonstrere at testsystemet utført som forventet. Våre funn viser at EBV-relatert kreft uttrykke mer latente og lytiske transkripsjoner enn tidligere anerkjent, og at infiserte kreft har unike biologiske egenskaper sammenlignet med friske kreft. To store undertyper av kreft ble funnet, noe som tyder på at magekreft tidlig deteksjon strategier eller overvåkningstester kan skreddersys for å påvise de aktuelle signaturene som preger store molekylære undergrupper. Til slutt, avslører pilot data uttrykk av utvalgte virus og kreftrelaterte gener i tilstøtende ikke-ondartet slimhinnen, noe som tyder et felt effekt som kan være viktig i kreftutvikling eller vedlikehold.
Resultater
Gene uttrykk profilering ble utført på en total av 326 vev, inkludert 187 mage kreft, 17 lymphoepithelioma lignende livmorhalskreft, og 118 matchet ikke-ondartet slimhinnen fra samme kirurgiske inngrepet (når tilgjengelig). Når dataene normalisering, et varmekart over de 182 vev som har den beste kvaliteten RNA, som bedømmes av høyeste gjennomsnittlige nivået på fire renholds RNA, avslørte genekspresjonsmønster som avvek i mage versus
livmorhalskontroll vev. Videre er det i både mage og cervical klynger, maligne og ikke-maligne vev hadde en tendens til å klynge sammen, støtter evnen til NCounter testsystem for måling av klinisk viktige biologiske egenskaper. (Se Figur 1). Figur 1 Expression profiler av 182 vev for 20 virale gener og 73 menneskegener. En varme kartet viser unsupervised hierarkisk clustering av hver vev i en egen kolonne, og hver RNA i en egen rad. Dataene er median-sentrert med rødt indikerer relativ overekspresjon og grønn indikerer relativ under uttrykk for hvert gen. Trene seg data over kartet indikerer histopathologic klassifisering med ytterligere underklassifikasjon av magekreft kohorten til 14 EBV smittet og 104 EBV negative kreft basert på EBV DNA-nivåer. Under kartet er hver magekreft kategorisert etter andelen av ondartede celler, og den geografiske opprinnelsen til hvert vev er vist.
En gruppe av mage karsinom overexpressed nesten alle de EBV RNA. For å finne ut hvilke magekreft bør utpekes som EBV-infiserte, ble de 71 vev med de høyeste kombinerte nivåer av EBER1 Hotell og EBER2
RNA ved Nanostring NCounter rekke ytterligere undersøkt for EBV genomnivå innenfor samme vev av Q- PCR. Det var et lineært forhold mellom mengden av EBER1
og EBER2
RNA og mengden av EBV-genomet. (Se Figur 2). Våre tidligere etablert cutoff [46] for nivået av EBV-genomet korresponderer til lokalisering av virus til maligne celler resulterte i 14 kreftformer blir plassert i EBV-infiserte kategori. De resterende mage kreft ble kalt EBV-negative, og blant dem de høyeste registrerte RNA-nivåer var 174 016 for EBER1 Hotell og 27972 for EBER2
. I kontrast, blant EBV-infiserte mage kreft den laveste EBER1
nivå var 263 589 og det laveste EBER2
nivået var 140 081. Forslag til tidsavgrensninger for å identifisere en vev som EBV-infiserte er vist i Figur 2. Figur 2 EBV-kodede RNA-nivåene er høye i infisert magekreft og er proporsjonalt med EBV genom nivå. A. Boksplott av EBER1 Hotell og EBER2
i godartede og ondartede vev viser at EBV-infiserte magekreft har betydelig høyere nivåer av EBER1
og EBER2
ikke-kodende RNA enn gjøre infiserte kreft og kontroll vev. Forslag terskler for EBER1
eller EBER2
vises utover som et magekreft kan sikkert bli utpekt som EBV-infiserte. Hver prikk representerer en individuell analyseresultat på en log2 normalisert enhet (NU) skala. B. parvise sammenligningen av EBER1 Hotell og EBER2
RNA nivåer ved Nanostring NCounter matrise og EBV DNA virusmengde ved Q-PCR viser en lineær sammenheng mellom nivåene av hver av disse analyttene. Pearson korrelasjonskoeffisienter (P > 0,86) er vist. Den tidligere validerte nivå av EBV DNA virusmengde er vist utover som EBER
var alltid lokalisert til ondartede celler ved EBER in situ
hybridisering (terskelen til 10,558 EBV genomer per 100.000 celler, noe som tilsvarer 13,37 på denne log2 skala ) [46]. Forslag cutoffs for RNA-nivå er indikert for både EBER1 plakater (200000 NU, eller 17,61 på denne loggen to skala) og EBER2 plakater (100000 NU, eller 16,61 på denne log2 skala). Den ene utligger er en ikke-ondartet gastrisk mucosa som var plassert ved siden av en EBV-infiserte magekreft, og dette mucosa hadde en EBV DNA belastning som tilsvarer infiserte kreftformer, men det ville ha vært fullstendig utelukket fra den EBV-infiserte cancer gruppe hvis enten EBER1
eller EBER2
RNA-nivåer ble anvendt, eller hvis histologisk ble anvendt for å screene for EBV-relatert malignitet.
Genes overuttrykt i EBV-infiserte versus EBV-negative magekreft
Twenty åtte genene var signifikant forskjellig uttrykt i EBV-infiserte kreft sammenlignet med de EBV-negative mage kreft (p 0,05). Interessant, alle 28 ble oppregulert i stedet nedregulert i de infiserte kreft, og denne forspenningen er forklart i det minste delvis av vårt utvalg av positive i stedet for negative markører for infeksjon ved valg av RNA for å være profilert for denne studien. Unnlatelse av å identifisere eventuelle downregulated gener var fortsatt overraskende gitt rapporter om at EBV er assosiert med en CpG island methylator fenotype og i tillegg viruset kan destabilisere cellulære mRNA globalt [47].
Blant de genene betydelig oppregulert i infiserte kreft var 18 av EBV-RNA som ble testet, så vel som cytomegalovirus pp65 (UL83). Den cytomegalovirus pp65 (UL83) Resultatet er sannsynlig å være falsk positiv (mistenkt for å være sonde kryss-hybridisering), som vist ved fravær av en annen lytisk RNA, cytomegalovirus pol (UL54), i EBV-infiserte kreft. Videre ble UL83 men ikke UL54 uttrykt i EBV-infiserte, men ikke i EBV-negative cellelinje kontroller (data ikke vist). En annen mulig forklaring for falsk positiv viral RNA uttrykk er probe kryssreaktivitet med viral DNA. Ni mennesker RNA ble signifikant oppregulert i EBV-infiserte forhold til EBV negative mage kreft: FCER2, MS4A1 (CD20), PLUNC, TNFSF9, TRAF1, CXCL11, IFITM1, PPARG
, og FCRL3
. (Se Figur 3). Figur 3 Flere humane RNA blir over-uttrykt i EBV-infiserte magekreft sammenlignet med EBV-negative kreft. Boksplott demonstrere menneskelige RNA nivåer i infiserte forhold til uinfiserte mage kreft og kontroller som inkluderer lymphoepithelioma lignende livmorhalskreft, livmorhalsslimhinnen, og godartet gastrointestinal slimhinne. Hver prikk representerer en individuell analyseresultat på en log2 normalisert enhet skala.
Gener forskjellig uttrykt i magekreft sammenlignet med ikke-malign gastrointestinal slimhinne
Twenty seks gener ble betydelig dysregulerte i magekreft sammenlignet med ikke-ondartet mageslimhinnen ( p < 0,05). De menneskelige RNA oppregulert i magekreft var INHBA, SPP1, THY1, SERPINH1, CXCL1, FSCN1, COL1A1, SPARC, COL1A2, PTGS2 (COX2), BBC3, ICAM1, TNFSF9, MYC, SULF1, SLC2A1, COL3A1, PCNA, og TYMS
, mens downregulated RNA var CDH1 (E-cadherin), CLDN18
, CHGA product: (chromogranin), PTEN, SDC1 plakater (CD138) og GAST plakater (gastrin). Den eneste virusfaktor som ble uttrykt forskjellig ble BLLF1
som var signifikant høyere i cancer enn i ikke-maligne mageslimhinne (p = 0,004). BLLF1
koder for sent virale kappe-protein gp350 /220, noe som tyder på at viruspartiklene er betydelig mer utbredt i cancer enn i ikke-ondartet gastrisk vev. BLLF1
var ikke spesifikk for magekreft, men som det ble også uttrykt i noen godartede og ondartede cervical vev, så vel.
Gener assosiert med magekreft sammenlignet med lymphoepithelioma lignende livmorhalskreft
ni gener var betydelig dysregulerte i magekreft sammenlignet med lymphoepithelioma lignende livmorhalskreft (p < 0,05). De sju RNA oppregulert i magekreft var CLDN18, EpCAM, REG4, BBC3, OLFM4, PPARG
, og CDH17
, mens de to downregulated genene var IFITM1 Hotell og HIF1A
.
Mønstre latent og lytisk viral genekspresjon i EBV smittet mage kreft
de 14 EBV-infiserte mage kreft i denne studien konsekvent koekspresjon nesten alle de EBV latente og lytiske gener, som er noe overraskende gitt at tidligere litteratur beskriver en noe begrenset ventetid mønster [48-51]. Det er mulig at Nanostring NCounter analytisk teknologi er mer følsomme enn tradisjonelle metoder for påvisning.
Mest uttrykt viral RNA ble EBER1
på et gjennomsnitt på over 1 million normaliserte enheter per EBV-infiserte kreftvev, etterfulgt av EBER2
, BRLF1 Hotell og EBNA1
fra av Q promoter. EBNA2
var det minste uttrykt viral RNA med en gjennomsnittlig uttrykk for bare 10 normaliserte enheter per infisert vev og EBNA2
var helt fraværende i åtte av de 14 smittede mage kreft. Mønstre av viral genekspresjon er avbildet i Figure4. Figur 4 Latente og lytiske EBV gener er co-uttrykt i magekreft. En del av varmekartet fra Figure1 vises i høy kontrast å dechiffrere relative uttrykk nivåer av EBV gener i de 14 EBV-infiserte mage kreft og omliggende prøver. Alle vev er gastriske cancere, bortsett fra en enkelt ikke-ondartet mageslimhinnen, som er vist i grått, dissekert fra den samme parafinblokk som en EBV-infiserte magekreft. Mean uttrykk nivå av hver RNA i EBV-infiserte magekreft kohorten er vist til høyre for hvert gen symbol.
Geographic opprinnelse og tumorcelle andelen ikke er fortrinnsvis knyttet til EBV status av magekreft
Nedenfor kartet varmen i Figure1 er fordelingen av magekrefttilfeller etter geografisk opprinnelse fra Honduras (n = 86), Japan (n = 5) eller USA (n = 17). Det var ingen signifikant sammenheng mellom geografisk opprinnelse og EBV-positive versus
negative gruppering av magekreft (Fishers eksakte test p = 0,9), noe som tyder på at geografisk opprinnelse er ikke den store driveren av hierarkisk clustering.
Bunnen av Figure1 også viser fordelingen av EBV-infiserte versus
EBV-negative gastriske cancere klassifisert av andelen av ondartede celler tilførsel til uttrykk profilering analysen. Det var ingen signifikant sammenheng mellom andelen av maligne celler og den EBV-infiserte versus
EBV-negative grupper av magekreft. Overraskende, kreft vev med lav ondartet celleinnholdet ikke fortrinnsvis klynge med de ikke-maligne mage vev. Kreftformer med lav malign celle-innhold (1 til 25% maligne celler) ble fordelt på tvers av ulike segmenter av varmekartet sammen med kreftformer med medium (26 til 50%) eller høy (mer enn 50%) ondartet celleinnhold (Fishers eksakte test p = 0,5), noe som tyder på at den samlede transkriptom funksjoner oppveier tumorcelle andel som føreren av hierarkisk clustering.
med tanke på at lymphoepithelioma lignende livmorhalskreft i denne studien var rik på lymfoid stroma, som er mange EBV-infiserte mage kreft , er det bemerkelsesverdig at disse to klasser av kreft gruppert adskilt fra hverandre og også oppnådd rimelig god atskillelse fra tilstøtende ikke-ondartet mucosa. For de fleste gener i panelet, det er betydelig overlapping i nivåer over sykdomstyper. Mens profiler er mer informativ og mer overbevisende enn er individuelle karakterutskrift resultater, det er noe overlapping i profiler også, som betyr at profilering analyseresultatene må være korrelert med histologiske funksjoner for å nøyaktig klassifisere en vev som godartet eller ondartet.
Farmakogenetisk prediktorer og druggable mål
EBV-infeksjon i seg selv er ansett som et praktisk mål, i hvert fall for 14/108 (13%) smittet mage kreft vi identifisert. Denne studien viser en ny måte å identifisere virusinfiserte kreft ved RNA profilering av parafinsnitt slik at prognostisk og prediktiv informasjon kan vurderes i pasient beslutninger. Cellular faktorer av farmakogenetiske potensial inkluderer HIF vei, SPARC, TYMS, FCGR2B, MET, etter og ErbB2 (Her2)
. (Se Figure5). Sammenlignet med mage kreft, livmorhalskreft har en tendens til å ha høyere nivåer av HIF1A
indikerer hypoksi respons, selv om like høye nivåer i ikke-ondartet cervical slimhinnen øke muligheten for ex vivo
stimulering av dette oksygen-sensing faktor. Videre studier er nødvendig å skille tekniske faktorer fra in vivo
oppregulering som skulle tilsi vurdering av angiogenese hemmere. Figur 5 Noen mage kreftformer har betydelig feilregulering av faktorer som viser lover som farmakogenetiske prediktorer. Boksplott demonstrere uttrykk for utvalgte farmakogenetiske mål i infiserte versus ikke-infiserte mage kreft, så vel som ikke-ondartet mageslimhinnen og cervical histopathologies. Hver prikk representerer en individuell analyseresultat på en log2 normalisert enhet skala.
Vi bekreftet at SPARC
er oppregulert i magekreft sammenlignet med godartet mageslimhinnen. Response til docetaxel er et taxan stoff som hemmer mitotisk spindelenheten, velig påvirket av mengden av SPARC protein uttrykk i magekreft [52]. Gastric og livmorhalskreft begge hadde høyere thymydylate syntase (TYMS)
enn gjorde sine respektive godartede slimhinne kolleger. Høye TYMS
nivåer bidrar velig å ervervet resistens mot 5FU kombinasjonsbehandling [53].
Noen mage kreft hadde ekstremt høye nivåer av Fc reseptor, FCGR2B
som kan påvirke narkotika intern og farmakodynamikk av terapeutiske antistoffer Fire mage kreftformer som cetuximab in vivo.
sterkt uttrykt MET, etter og ytterligere åtte tilfeller sterkt overuttrykt uttrykte ErbB2 (Her2)
, øke muligheten for at denne analysen kunne forutsi respons på tyrosinkinasehemmer terapi.
diskusjon
Denne studien brukte moderne molekylære metoder for å undersøke et stort panel menneskelig og virale RNA i magekreft. Så vidt vi vet, er dette den største panel av virale genprodukter som skal undersøkes i konsert med menneskelige RNA i arkiv, parafin innebygd vev. EBV-infiserte subtype av magekreft er dramatisk tydelig i den tilsvarende varmekart laget av unsupervised clustering, og EBV infeksjon ble bekreftet av høye EBV DNA-virusmengde i disse vev. Uttrykk av utvalgte virus og menneskelige gener i kreft bekreftet flere kjente virus- og kreftrelaterte effekter, og også avdekket nye funn som belyser patogenesen og mulige sykdomsforvaltningsstrategier.
Overraskende, de infiserte mage kreft overexpressed hele 18 av latente og lytiske EBV gener som ble testet. Vi oppdaget høye nivåer av BRLF1
RNA (som koder umiddelbar tidlig viral protein utløsende lytisk replikasjon i konsert med BZLF1) og moderat høye nivåer av BXLF1 plakater (viral tymidinkinase som konverterer penicyclovir til en giftig form, noe som tyder på en mekanisme for terapi) [54]. BLLF1
(som koder for sent virale kappe-protein gp350 /220) ble uttrykt ved moderate nivåer som ikke desto mindre var signifikant høyere enn i ikke-ondartet slimhinner, noe som tyder på at EBV lytisk infeksjon er ikke mislykket, men heller er i stand til å produsere sen virale kappe protein gp350 /220. Blant de latente gener, EBNA1
fra Q-promoter, EBNA-LP, og EBNA3C
transkripsjoner var mest utbredt. EBNA2
ble fokalt oppdaget på et lavt nivå, men var fortsatt betydelig høyere i infisert enn i uinfiserte mage kreft. Før histokjemisk arbeid har generelt ikke avdekket protein-nivå uttrykk for EBNAs eller lytiske virale genprodukter, så ytterligere arbeid er nødvendig for å lære om disse viralt koder RNA lokalisert til ondartet celler, lymfocytter, eller kanskje til og med å exosomes eller viruspartikler i den ekstracellulære miljøet.
Sammenlignet med friske kreft, infiserte kreft hadde signifikant oppregulering av ni cellulære faktorer (FCER2, MS4A1 (CD20), PLUNC, TNFSF9, TRAF1, CXCL11, IFITM1, PPARG
, og FCRL3
), antyde at EBV er ikke en uskyldig tilskuer med hensyn til biokjemisk effekt. Virusassosiert endringene vi fant var i pathways kjent for virus onkologer, nemlig NFkB og HAKK signalering (FCER2, TRAF1, PPARG
) og mucosal immunrespons (PLUNC, TNFSF9, CXCL11, IFITM1, FCRL3
). MS4A1 (CD20) er B-celle spesifikt, minner oss om at noen av faktorene oppregulert i EBV-infiserte forhold til uinfiserte mage kreft kan komme fra stromal elementer i stedet for fra ondartede epitelceller. PLUNC
er tidligere beskrevet som en tumormarkør for mage og nasofaryngeale karsinomer, og det koder for et utskilt protein som er involvert i medfødte immunrespons [55-57]. TNFSF9, et cytokin av tumornekrosefaktor-familien, stimulerer T-celleaktivering og utløser IFNg produksjon som i sin tur induserer proinflammatorisk kjemokin CXCL11, og den antivirale medfødt faktor IFITM1. PPARG er som en nukleær reseptor kontrollere glukosemetabolismen og mikrotubul-nettverk, og det er et lovende mål for inhibitoriske medikamenter [58]. Den FCRL3
immunrespons genet er mutert i autoimmune sykdommer som revmatoid artritt, lupus, og Graves sykdom.
Våre funn støtter arbeidet til Lee et al
som fant tydelige menneskelige uttrykk mønstre i infisert versus
uinfiserte gastriske cancere [10]. Selv om deres studie målrettet protein og vår målrettede RNA, våre funn enige med deres for 4 av de 5 faktorene i felles mellom de to studiene (BCL2, PTEN, CDH1, PTGS2
). Det var en potensiell avvik for erbB2
som var signifikant mindre hyppig uttrykt i infiserte sammenlignet med ikke-infiserte gastrisk kreft når de testes på proteinnivået [10], mens denne studien viste ingen signifikant forskjell på RNA-transkript nivå. Forvirrende faktorer inkluderer 1) andelen av tumorceller som er til stede i prøvene vurderes, 2) forskjellige kriterier for å kategorisere uttrykk status, og 3) RNA versus protein mål.
Generelt matrisen teknologi som ble brukt i denne studien arbeidet bemerkelsesverdig vel i å generere RNA-profiler som var troverdig i kraft av å skille kjent godartet versus
ondartede og mage versus
cervical histopathologies. Videre co-uttrykk av analytter i samme sti eller av samme smittestoffet er fornuftig fra et patobiologi og virologi perspektiv. Interessant, alle cervical vev gruppert sammen, og godartede og ondartede celleforandringer ble i stor grad segregert selv om Gastrogenus v1 ™ testpanelet ikke hadde blitt spesielt utviklet for å oppnå disse endepunktene. Mangel på flere co-uttrykt EBV mRNA i livmorhalsen vev forsterket det vi visste om deres EBV-negativitet av gullstandarden EBER in situ
hybridisering analysen.
Blant de sju gener som var betydelig mer uttrykt i magekreft (uavhengig infeksjonsstatus) sammenlignet med lymphoepithelioma lignende livmorhalskreft, ble fire tidligere rapportert som magekreft markører (CLDN18, REG4, OLFM4, CDH17
) [55, 59-63]. To andre (EpCAM epitelial cellespesifikke trans-membran glykoprotein, og PPARG kjemokin), så vel som REG4, blir undersøkt for målrettet cancerterapi [64-66]. Den siste av de syv, BBC3 (også kalt p53 oppregulert modulator av apoptose, eller PUMA) er angivelig oppregulert ved EBV LMP2A og regjerte i av EBV MIR-BART5 i cellelinje modeller [67, 68], noe som tyder på at dette BCL2 familie medlem er strengt regulert av viruset.
en av de to RNA som var betydelig høyere i livmorhalsen i forhold til magekreft var IFITM1
, som du kanskje husker ble også funnet å være overuttrykt i infisert forhold til uinfiserte mage kreft. Videre arbeid er nødvendig for å undersøke om livmorhalskreft (formodentlig humant papillomavirus-infeksjon) og EBV-infiserte mage kreft har en felles virus-relatert mekanisme for overekspresjon av denne medfødte immunrespons faktor. Den andre genet betydelig overuttrykt i livmorsammenlignet med magekreft var HIF1A
hvis uttrykket var forbundet med at av fire nedstrøms angiogenese meklere i vårt panel (VEGFA, SLC2A1, SLC2A3 Hotell og EPAS1
) som gjenspeiles av positiv Pearsons korrelasjonskoeffisienter (data ikke vist). Hvis bekreftet å være operativ i vivo
innebærer HIF sti stimulering som angiogenesehemmere er verdt å undersøke.
Benign versus
maligne mage vev tendens til å klynge seg på kartet varmen, med noen unntak. Feltet effekt [69] eller exosomal overføring av faktorene til tilstøtende regioner i det lokale miljøet [70, 71] kan forklare hvorfor noen kreftformer og tilstøtende reaktive vev hadde lignende profiler. Mens macrodissection ble brukt til å nøye skille benign fra maligne lesjoner, kan vi ikke utelukke okkult malignitet som bidragsyter til avvikende gruppering.
Blant de 19 genene betydelig oppregulert i magekreft i forhold til tilstøtende ikke-ondartet mageslimhinnen, mest tidligere ble rapportert som mage~~POS=TRUNC kreft~~POS=HEADCOMP spesifikke markører [72-76], og vi bekrefter nå at deres oppregulering er synlig i arkiv parafin-embedded tissue. Lavere nivåer av GAST plakater (gastrin) RNA i kreftvev kan bidra til å forklare samtidig tap av gastrin signale faktor CHGA plakater (chromogranin). Den mest konsekvent downregulated faktor i magekreft versus
ved godartet slimhinnen var tumorsuppressorgenet CDH1 (E-cadherin)
tyder på enten 1) CDH1
promoter hypermethylation [77], 2) sjelden germline mutasjon av CDH1
forbundet med arvelig predisposisjon for magekreft [78], eller 3) nedregulering av CDH1
av EBV lmp1 som beskrevet i cellelinje modeller [79].
lmp1 ble tidligere rapportert til å være fraværende i infisert magekreft bortsett fra i sjeldne tilfeller [50, 51, 80, 81]. Det var derfor overraskende at Nanostring NCounter rekke profilering viste konsistent riktignok lavt nivå uttrykk for lmp1
RNA sammen med nesten alle de andre EBV RNA som ble testet i de infiserte mage kreft. Koordinert co-uttrykk av flere virale gener hevder at uttrykket er sant positive. Våre microarray resultater øke muligheten for at de virale RNA vi påviste ikke er kodende proteiner eller at proteinene er 1) bare transient uttrykte, 2) hurtig nedbrutt, 3) lokalisert for å sjeldne celler som er umiddelbart gjenkjennes og ødelagt av immunsystemet, eller 4) som er tilstede på et slikt lavt nivå at tradisjonelle analyser er også ufølsomme for å oppdage dem [82]. Den NCounter testsystemet Produsenten hevder analytisk følsomhet som tilsvarer rtPCR [43].
Mens de fleste virale gener ble uttrykt nesten utelukkende i den infiserte magekreft årsklasse, EBER1 Hotell og EBER2
ble ofte uttrykt i hver enkelt av benigne og maligne gastriske og cervical kullene, om enn ved mye lavere nivåer enn det som ble sett i hver av de EBV-infiserte gastrisk kreft. Faktisk vår studie avdekket en ny måte å identifisere EBV-infiserte magekreft ved å måle EBER1
og /eller EBER2
RNA i arkiv vev, og vi har foreslått terskler som vellykket skille infiserte fra infisert magekreft.
støtte for aktiv virusinfeksjon i infiserte magekreftpasienter kommer fra serologisk bevis på høyere titer mot viral kapsid antigen forhold til EBV-negative magekreftpasienter og godartede kontroller [83]. Lavt nivå lytisk infeksjon ble tidligere beskrevet i slimhinne lymfoidceller [31, 82, 84] og i infiserte gastriske epitel-cellelinjer [85]. BARF1 er kjent for å bli uttrykt i magekreft hvor det er foreslått å virke som en latent snarere enn en faktor lytisk [50, 51]. Ved hjelp av sensitive rtPCR teknologi, ble flere EBV lytiske transkripsjoner oppdaget av Luo et al i mage kreft vev [50].

• Kjennetegn på Epstein Barr-virus varianter assosiert med gastrisk karsinom i Sør-Tunisia
• Genetiske linjer av udifferensiert-type mage karsinom analysert ved unsupervised clustering av genomisk DNA microarray data