Epstein-Barr-Virus infiziert Adenokarzinom des Magens und drückt latent lytischen viralen Transkripte und hat einen deutlichen Expressionsprofil menschliche Gen

Epstein-Barr-Virus infiziert Adenokarzinom des Magens exprimiert latente und lytische viralen Transkripte und hat einen ausgeprägten menschlichen Genexpressionsprofil
Zusammenfassung
Hintergrund
EBV-DNA wird in den bösartigen Zellen von 10% der Magenkrebs gefunden. Moderne molekulare Technologie erleichtert die Identifizierung des Virus bedingten biochemischen Wirkungen, die bei der frühen Diagnose und Krankheitsmanagement.
Methoden
In dieser Studie wurden RNA-Expressionsprofilerstellung durchgeführt wurde auf 326 macrodissected in Paraffin eingebetteten Gewebe, einschließlich 204 Krebserkrankungen und helfen könnten, wenn vorhanden, benachbarten nicht-maligne Schleimhaut. Nano nCounter Sonden gezielt 96 RNAs (20 virale, 73 menschliche und 3 versetzt RNAs).
Ergebnisse in 182 Gewebe mit ausreichender Haushälterin RNAs
, verschiedene Profile wurden in infizierten gegen
nicht infizierten Krebserkrankungen und bei malignen im Vergleich zu
benachbarten gutartigen Schleimhaut. EBV-infizierten Magenkrebs fast alle der 18 latente und lytische EBV-RNAs in der Testplatte zum Ausdruck gebracht. Ebenen EBER1 Karten und EBER2
RNA waren am höchsten und waren proportional zu der Menge des EBV Genomen, wie durch Q-PCR gemessen. Unter Protein-kodierenden RNAs EBV, EBNA1
von dem Q-Promotor und BRLF1
stark exprimiert wurden, während EBNA2
Ebenen in nur 6/14 infizierten Krebserkrankungen gering positiv waren. Die gleichzeitige upregulation zellulärer Faktoren impliziert, dass Virus kein Unbeteiligter ist, sondern verknüpft ist NFKB-Signalisierung (FCER2, TRAF1
) und Immunantwort (TNFSF9, CXCL11, IFITM1, FCRL3, MS4A1 und PLUNC)
, mit PPARG
Ausdruck zellulären Stoffwechsel verändert Verwicklung. Im Vergleich zu benachbarten nicht-maligne Schleimhaut, ausgedrückt Magenkrebs konsequent INHBA, SPP1, THY1, SERPINH1, CXCL1, FSCN1, PTGS2 (COX2), BBC3, ICAM1, TNFSF9, SULF1, SLC2A1, TYMS
, drei Kollagene, die Zellproliferation Marker MYC
und PCNA
und EBV BLLF1
während sie fehlte CDH1 (E-Cadherin), CLDN18
, PTEN, SDC1
(CD138), GAST
(Gastrin) und seine nachgeschalteten Effektor CHGA
(Chromogranin). Im Vergleich zu Lymphoepitheliom artigen Karzinom des Gebärmutterhalses, ausgedrückt Magenkarzinome CLDN18, EPCAM, REG4, BBC3, OLFM4, PPARG
und CDH17
während sie Niveaus von IFITM1
und HIF1A
abgenommen hatte. Die druggable Ziele ErbB2 (HER2), MET, und der HIF-Weg, sowie mehrere andere potenzielle pharmakogenetische Indikatoren (einschließlich EBV-Infektion selbst, sowie SPARC, TYMS, FCGR2B
und REG4
) wurden in einigen identifiziert Tumorproben.
Fazit
Diese Studie zeigt, wie moderne Technologie angewandt molekulare neue Einblicke in virale Onkogenese Archiv fixierten Gewebe ergibt, dass bei der Verwaltung betroffen Patienten nützlich sein könnte.
Schlüsselwörter Adenokarzinom des Magens Epstein-Barr-Virus RNA-Expressionsprofil Stromazellen pharmakogenetische Test hintergrund und Magenkrebs ist die zweithäufigste Ursache der globalen Krebssterblichkeit mit fast einer Million Neuerkrankungen pro Jahr [1, 2]. Etwa zehn Prozent der Magen-Adenokarzinome sind Epstein-Barr-Virus (EBV) infiziert und EBV ist ein Klasse 1 onkogenen Erreger von der Weltgesundheitsorganisation als [3-6]. Die Inzidenz wird im proximalen Segment des Magens (Cardia, Corpus) für die Krebserkrankungen steigt, wo EBV häufiger beteiligt ist [7-14].
Aktuelle Daten aus dem Krebsüberwachungsprogramm des National Cancer Institute zeigt eine Besorgnis erregende Zunahme der Magenkrebs Inzidenz bei jungen Erwachsenen in den USA [7, 8, 15]. zielgerichtete Therapie Schwellen macht es umso wichtiger, infizierten Krebserkrankungen zu identifizieren und biochemische Defekte wie ErbB2-Überexpression zu charakterisieren, die Wahrscheinlichkeit des Ansprechens auf Trastuzumab bei metastasiertem Magenkrebs-Patienten erhöht [16-18]. EBV-infizierten im Vergleich zu nicht-infizierten Magenkrebs hat eine günstige Prognose [19] und klinischen Studien beginnen Virus-gerichteter Therapie wie 1) infundiert EBV-spezifischen zytotoxischen T-Zellen oder NK-Zellen [20-23], 2) Umkehren zu erkunden die EBV-verwandten Methylator Phänotyp [24], 3) Auslösung lytischen viralen Replikation, die dann den Körper des angeborenen und adaptiven Immunreaktionen verleiten könnten infizierte Tumorzellen [25-33], und 4) lytischen Induktionstherapie gleichzeitiger Verabreichung mit antiviralen Nukleosid zu töten Analog wie Gancyclovir, die durch virale Kinasen Förderung Zytotoxizität [34-41] aktiviert phosphoryliert und damit ist.
Klinische Studien die Wirksamkeit von gezielten Therapie Untersuchung von Labortests profitieren würden, die Kandidaten wahrscheinlich zu reagieren identifizieren helfen, und von Labor profitieren könnten Assays, die die Wirkung von Interventionen auf den beabsichtigten biochemischen Wege bedeuten. Moderne molekulare Technologie erlaubt nun klinisch-Klasse Analyse von mehreren relevanten Analyten über RNA-Expressionsprofilerstellung [42]. Gerätehersteller haben empfindlich, spezifisch und individuell anpassbare Sondenarrays erzeugt gleichzeitig mehrere RNAs messen, einschließlich nicht-kodierenden RNAs wie EBV-kodierte RNA 1 oder 2, die in infizierten Tumoren reichlich exprimiert werden. Die jüngsten Fortschritte in der Qualitätssicherung Strategien gereift sind bis zu dem Punkt, dass die RNA-Expressionsprofile in der klinischen Laborbedingungen umgesetzt werden [42].
Um in der klinischen Einstellungen praktisch sein, muss ein Test angewendet werden, um routinemäßig Proben gesammelt wie Archivierung, Paraffin -embedded Gewebe [42]. In der aktuellen Studie maßen wir viralen und menschlichen Genexpression in Archiv-Magenkrebs und in den angrenzenden Schleimhaut und steuert ein Testsysteme zu entwickeln, die verwendet werden könnten, zuverlässig Signaturen prädiktive der Reaktion auf eine gezielte Therapie zu charakterisieren. Eine 96-RNA-Array-Testsystem, dass wir die Gastrogenus v1 ™ Panel dub wurde angepasst relevante latent und lytischen viralen RNAs neben klinisch relevanten menschlichen mRNAs zu messen, die zuvor berichtet wurden 1) Magenkrebs spezifisch zu sein, 2), der Entzündung und /oder 3) prädiktive der Reaktion auf bestimmte Medikamente. Diese Assays, sowie mit Spikes und endogene Kontrolle RNAs wurden in macrodissected Paraffinschnitten gemessen, um die nano nCounter Testsystem mit [43-45]. Korrelative histologische und molekulare Untersuchungen wurden durchgeführt, um nachzuweisen, dass das Testsystem wie erwartet ausgeführt. Unsere Ergebnisse zeigen, dass EBV-Krebsarten exprimieren mehr latente und lytische Transkripte als bisher erfasst wurden, und dass infizierte Krebserkrankungen haben einzigartige biologische Eigenschaften im Vergleich zu nicht-infizierten Krebserkrankungen. Zwei große Subtypen von Krebs gefunden wurden, was bedeutet, dass Magenkrebs Früherkennung Strategien oder Überwachungsprüfungen zugeschnitten werden, um die relevanten Signaturen zu charakterisieren großen molekularen Subtypen zu erfassen. Schließlich Pilotdaten zeigt Expression ausgewählter viraler und Krebs in Zusammenhang stehenden Genen in benachbarten, nicht-maligne Schleimhaut, einen Feldeffekt-was darauf hindeutet, dass in der Entwicklung von Krebs oder Wartung wichtig sein könnte.
Ergebnisse

• Eigenschaften von Epstein-Barr-Virus-Varianten mit Magenkarzinom assoziiert im südlichen Tunisia
• Genetischen Linien von undifferenzierten Typ Magen durch unüberwachte Häufung von genomischen DNA-Microarray analysiert Karzinome data