Epstein-Barr virusu užkrėstų skrandžio adenokarcinoma išreiškia nematomus ir lizės virusinėmis nuorašai ir turi atskirą žmogaus genų ekspresijos profilio

Epstein-Barr virusu užkrėstų skrandžio adenokarcinoma išreiškia nematomus ir lizės virusinėmis nuorašai ir turi atskirą žmogaus genų ekspresijos profilio
tezės
Background pervežimas EBV DNR Rasta per piktybinių ląstelių 10% skrandžio vėžio. Šiuolaikinės molekulinės technologijos palengvina identifikavimą virusų susijusių biocheminių reiškinių, kurie galėtų padėti ankstyvą diagnozę ir ligos valdymu.
Metodai
Šiame tyrime RNR išraiška profiliavimas buvo atliktas 326 macrodissected parafino įterptųjų audinių įskaitant 204 vėžio ir, kai prieinamas, greta Labdabīgs gleivinė. Nanostring nCounter zondai tiksliniai 96 RNR (20 virusinės, 73 žmones, o 3 Spygliuota RNR).
Rezultatai
182 audinių, tinkamų namų šeimininkė RNR, skirtingi profiliai buvo rasti užkrėstas prieš
sveikų vėžio, o piktybiniai prieš
gretimame gerybinės gleivinę. EBV-užsikrėtę skrandžio vėžio išreiškė beveik visi 18 latentinės ir lizės EBV RNR bandymo skydelyje. Lygiai EBER1
ir EBER2
RNR buvo didžiausias ir buvo proporcingas EBV genomų kiekio, išmatuoto pagal Q-PGR. Tarp baltymų kodavimo EBV RNR, EBNA1
iš Q promotoriaus ir BRLF1
buvo labai išreikšta, o EBNA2
lygis buvo žemas teigiamas tik 6/14 užkrėstų vėžio. Kartu ląstelę korinio veiksnių rodo, kad virusas nėra nekaltas stebėtojas, o yra susijęs su NFKB signalizacijos (FCER2, TRAF1 pervežimas) ir imuninio atsako (TNFSF9, CXCL11, IFITM1, FCRL3, MS4A1 ir PLUNC)
, su PPARG
išraiška implicating pakeisti ląstelių metabolizmą. Palyginti su gretimų nepiktybinis gleivinės, skrandžio vėžio nuosekliai išreiškė INHBA, SPP1, THY1, SERPINH1, CXCL1, FSCN1, PTGS2 (COX2), BBC3, ICAM1, TNFSF9, SULF1, SLC2A1, TYMS
, trys kolagenai, ląstelių proliferaciją žymekliai MYC parsisiųsti ir PCNA
ir EBV BLLF1
, o jie neturėjo CDH1 (E-cad), CLDN18
, PTEN, SDC1
(CD138), GAST
(gastrinas) ir jos pasroviui efektorinių CHGA
(chromogranin). Palyginti su lymphoepithelioma-kaip karcinoma gimdos kaklelio, skrandžio vėžio išreiškė CLDN18, EpCAM, REG4, BBC3, OLFM4, PPARG
ir CDH17
o jie sumažėjo lygius IFITM1
ir HIF1A
. Druggable tikslai erbb2 (HER2), RER ir HIF kelias, taip pat keletas kitų potencialių Farmakogenetinis rodikliai (įskaitant patį EBV infekcijos, taip pat SPARC, TYMS, FCGR2B parsisiųsti ir REG4
) buvo nustatyti kai naviko bandiniai.
Išvada
Šis tyrimas rodo, kaip moderni molekulinė technologija taikoma archyvinių fiksuoti audinių derlius naujų Įžvalgos virusinės onkogenezėje, kurie galėtų būti naudingi sergantiems pacientams valdyti.
Raktiniai žodžiai
skrandžio adenokarcinoma Epstein-Barr virusas RNR raiškos aprašymą stromos ląstelėse Farmakogenetinis testas faktai
Skrandžio vėžys yra antra pagrindinė priežastis pasaulinės mirtingumo nuo vėžio beveik vienas milijonas naujų atvejų per metus [1, 2]. Maždaug dešimt procentų skrandžio adenokarcinomos yra Epstein-Barr virusas (EBV) užkrėstas, ir EBV yra laikomas 1 klasės onkogeninė patogenas Pasaulio sveikatos organizacijos [3-6]. Sergamumas didėja tiems vėžio proksimalinio segmento skrandį (CARDIA, corpus), kur Baro dažniau dalyvauja [7-14].
Naujausi duomenys iš Nacionalinio vėžio instituto Vėžio priežiūros programos rodo susirūpinimą keliančią didėja skrandžio vėžio paplitimas tarp jaunų suaugusiųjų JAV [7, 8, 15]. Kylančios tikslinę terapija daro jį labiau svarbu nustatyti užkrėstus vėžio ir apibūdinti biocheminius defektų, tokių kaip erbb2 raiškos, kuris padidina tikimybę, reaguojant į trastuzumabo skrandžio vėžiui pacientų [16-18]. EBV užsikrėtę palyginti su neužteršto skrandžio vėžiu turi teigiamą prognozę [19], ir klinikiniai tyrimai, pradeda tyrinėti terapija virusų orientuojasi, pavyzdžiui, 1) suleidžiama EBV konkrečių citotoksiniais T ląstelių arba NK ląstelės [20-23], 2) atbulinės eigos EBV susijusių methylator fenotipas [24], 3) suveikimo lizės virusų replikaciją tada, kad gali kurstyti organizmo įgimtų ir įgyto imuninio atsako nužudyti užkrėstus navikines ląsteles [25-33] ir 4) lizės indukcijos terapija kartu su antivirusiniu nukleozidų Analog pvz gancyclovir kad fosforilinamas ir taip aktyvuojama virusinių kinazės skatinančių citotoksiškumo [34-41].
Klinikiniai tyrimai nagrinėjant tikslinio gydymo veiksmingumas būtų naudinga laboratorinių tyrimų, kurie padeda nustatyti kandidatus, galinčius reaguoti, ir gali pasinaudoti laboratorija tyrimai, kurie reiškia intervencijos poveikį numatomiems biocheminių kelius. Šiuolaikinės molekulinės technologijos dabar leidžia klinikinė laipsnio analizę keliais susijusių analičių per RNR raiškos profiliavimo [42]. Prietaiso gamintojai pagamino jautrus, specialius ir pritaikoma probe masyvus vienu metu matuoti kelis RNR, įskaitant ne kodavimo RNR kaip EBV koduotas RNR 1 arba 2, kad gausiai išreikštą užkrėstų navikų. Naujausi pažangos kokybės užtikrinimo strategijas subrendo iki taško, kad RNR raiškos profiliai įgyvendinamas klinikinių laboratorinių parametrų [42].
Būti praktiška klinikinių parametrų, kiekybinėje analizėje turi būti taikomas nuolat renkami pavyzdžius, pavyzdžiui, archyvinės, parafino -embedded audinių [42]. Atsižvelgiant į dabartinę tyrime mes matuojamas virusinio ir žmogaus genų ekspresiją archyvinių skrandžio vėžio ir gretimų gleivinės ir kontrolės sukurti bandymų sistemas, kurios gali būti naudojamos siekiant patikimai apibūdinti parašų prognozuoti atsaką į tikslinę terapija. 96 RNR matrica testas sistema, kad mes įterpiamas į Gastrogenus V1 ™ skydelį buvo pritaikytas matuoti susijusius nematomus ir lizės virusinės RNR kartu kliniškai reikšmingomis žmogaus iRNR, kuri anksčiau buvo pranešta, kad 1) skrandžio vėžys specifinis, 2) rodo uždegimą ir /arba 3) prognozuoti atsaką į konkrečius vaistus. Šie tyrimai, taip pat Spygliuota ir endogeninė kontrolės RNR, buvo matuojamas macrodissected parafino skyriuose naudojant Nanostring nCounter bandymo sistemą [43-45]. Koreliacinė histologinę ir molekuliniai tyrimai buvo padaryta, siekiant parodyti, kad bandymų sistema atliekami taip, kaip tikėtasi. Mūsų duomenys rodo, kad EBV susijusių vėžio išreikšti daugiau nematomus ir lizės nuorašai, nei anksčiau buvo pripažintos ir kad užsikrėtę vėžio turi unikalius biologinius požymius, palyginti su sveikų vėžio. Du pagrindiniai potipiai vėžio buvo rasta, o tai reiškia, kad skrandžio vėžys anksti aptikimo strategijos arba monitoringo testai gali būti pritaikytos, siekiant nustatyti atitinkami parašai charakterizuojančios pagrindinius molekulinės potipius. Galiausiai, bandomasis duomenys rodo išraišką pasirinktų virusinių ir vėžio susijusių genų gretimose nepiktybinis gleivinės, rodo lauko poveikis, kuris gali būti svarbus vėžio išsivystymo arba priežiūra.
Rezultatai
Genų ekspresijos buvo atliktas ant viso 326 audinių įskaitant 187 skrandžio vėžio, 17 lymphoepithelioma-kaip gimdos kaklelio vėžio atvejų ir 118 suderinta nepiktybinis gleivinės iš tos pačios chirurginės procedūros metu (jei yra). Po duomenų normalizavimo, šilumos žemėlapis 182 audinių, turinčių geriausią kokybės RNR, kaip vertinami pagal aukščiausio vidutinio lygio keturių namų ruošą RNR, atskleidė modelius genų ekspresiją, kad skyrėsi skrandžio palyginti
gimdos kaklelio kontrolės audiniuose. Be to, tiek skrandžio ir gimdos kaklelio grupių, piktybiniai ir nepiktybinių audiniai linkę burtis kartu, remiant nCounter bandymo sistemos gebėjimą įvertinti kliniškai svarbius biologinius bruožus. (Žr 1 pav.) 1 pav reiškinio profilius 182 audinių 20 virusinių genų ir 73 žmogaus genų. Šilumos žemėlapis rodo be priežiūros hierarchinę klasterių kiekvieno audinio atskirame stulpelyje, ir kiekvieną RNR atskira eilutė. Duomenys yra mediana orientuotą su raudona nurodant santykinį raiška ir žalia nurodant giminaitį pagal saviraiškos kiekvienam geno. Koreliacinius duomenų virš žemėlapyje rodo histopatologinis klasifikaciją su toliau grupuoti skrandžio vėžio kohortos į 14 EBV užsikrėtę, ir 104 EBV neigiamų vėžio remiantis EBV DNR lygiu. Žemiau žemėlapyje, kiekviena skrandžio vėžys yra klasifikuojami pagal tai, piktybinių ląstelių proporcingai, ir yra parodyta geografinę kilmę kiekvieno audinio.
Viena grupė skrandžio karcinomos iš esmės ekspresija visi iš EBV RNR. Norėdami nustatyti, kuri skrandžio vėžio turėtų būti paskirta kaip EBV infekcija, 71 audinių aukščiausius kombinuotų lygių EBER1
ir EBER2
RNR pagal Nanostring nCounter masyvo toliau buvo tiriami EBV genomo lygio per tą patį audinio Q- PGR. Nebuvo tiesinė priklausomybė tarp EBER1
sumos ir EBER2
RNR ir EBV genomo sumos. (Žr Figure2.) Mūsų anksčiau nustatytą nukirpimas [46] už EBV genomo lygio, atitinkančio lokalizacijos viruso piktybinių ląstelių lėmė 14 vėžio padėjus į EBV-užsikrėtę kategorijas. Likusios skrandžio vėžio buvo vadinami EBV neigiamas, ir tarp jų didžiausias užfiksuotas RNR koncentracija buvo 174,016 už EBER1 parsisiųsti ir 27,972 už EBER2
. Priešingai, tarp EBV užsikrėtę skrandžio vėžio žemiausias EBER1
lygis buvo 263.589, o mažiausia EBER2
lygis buvo 140.081. Siūlomi Apipjaustymas dėl identifikavimo audinių EBV užsikrėtę rodomi Figure2. 2 paveikslas EBV koduotas RNR lygis yra aukštas užkrėsto skrandžio vėžio ir yra santykis su EBV genomo lygmenyje. A. Box sklypai EBER1
ir EBER2
gerybinių ir piktybinių audinių rodo, kad EBV užsikrėtę skrandžio vėžys yra gerokai aukštesnio lygio EBER1 parsisiųsti ir EBER2
nekoduojanti RNR nei padaryti sveikų vėžio ir kontrolę audiniuose. Siūlomos ribos EBER1
arba EBER2
yra parodyta, kurią peržengus skrandžio vėžys patikimai gali būti paskirtas EBV užsikrėtę. Kiekvienas taškas yra individualus analitinis rezultatas dėl log2 normalizuotas vienetas (NS) skalę. B. Pairwise palyginimas EBER1
ir EBER2
RNR koncentracijos pagal Nanostring nCounter masyvo ir EBV DNR virusinės apkrovos Q-PGR atskleidžia linijinį ryšį tarp lygių kiekvienas iš šių analičių. Pearson koreliacijos koeficientai (p > 0,86) yra parodyta. Anksčiau patvirtinta lygis EBV DNR virusinės apkrovos rodomas kuri Ebera už
visada buvo lokalizuotas piktybinių ląstelių pagal Ebera in situ hibridizacijos
(riba 10,558 EBV genomų 100000 ląstelių, kuris yra lygiavertis 13.37 apie šį log2 mastu ) [46]. Siūlomi Apipjaustymas dėl RNR koncentracijos nurodomi tiek EBER1
(200000 NU arba 17.61 apie šį žurnalą 2 mastu) ir EBER2
(100000 NU arba 16.61 šiuo log2 mastu). Vienas Outlier yra Labdabīgs skrandžio gleivinės, kad buvo išdėstyta greta į EBV-užkrėstas skrandžio vėžio, ir tai gleivinė turėjo EBV DNR apkrovos taip pat, kaip infekuotų vėžio, bet ji būtų tinkamai pašalinti iš EBV-užkrėstas vėžio grupei, jei buvo naudojami arba EBER1
arba EBER2
RNR, arba jei histologija buvo naudojami, kad ekranas EBV susijusių piktybinių navikų.
genai ekspresija ir EBV-užsikrėtę prieš EBV-neigiamas skrandžio vėžio
dvidešimt aštuoni genai buvo žymiai skirtingai išreikštas EBV-užkrėstas vėžio, palyginti su EBV neigiamų skrandžio vėžio (p < 0,05). Įdomu tai, kad visi 28 buvo aktyvinama, o ne downregulated užkrėstų vėžio, ir šis poslinkis yra paaiškinta bent jau iš dalies mūsų atrankos teigiamų, o ne neigiamų infekcijos žymenų, kai pasirenkant RNR turi būti profiliuoti šiame tyrime. Nesugebėjimas nustatyti bet kokius downregulated genus vis dar stebina, atsižvelgiant pranešimų, kad EBV yra susijęs su CpG sala methylator fenotipo ir papildomai virusas gali destabilizuoti korinio mRNR visame pasaulyje [47] iš.
Tarp genų žymiai aktyvinama infekuotų vėžio buvo visi 18 EBV RNR išbandytas, taip pat citomegalovirusas pp65 (UL83) antigeno dalių. Citomegaloviruso pp65 (UL83) antigeno rezultatas gali būti klaidingai teigiamas (įtariama, kad zondas kryžminio hibridizacija), kaip liudija nesant kitos lizės RNR, citomegalo POL (UL54), į EBV užkrėstas vėžiu. Be to, UL83 bet ne UL54 buvo išreikštas EBV užsikrėtę, bet ne EBV-neigiamas ląstelių linijos kontrolę (duomenys neparodyti). Kitas galimas paaiškinimas klaidingos teigiamos virusinės RNR išraiškos zondas crossreactivity su virusinės DNR. Devyni žmogaus RNR buvo žymiai aktyvinama į EBV užsikrėtę palyginti su EBV neigiamų skrandžio vėžio: FCER2, MS4A1 (CD20), PLUNC, TNFSF9, TRAF1, CXCL11, IFITM1, PPARG
ir FCRL3
. (Žr 3 pav). Pav 3 Kelios žmogaus RNR yra per išreikštas EBV-užsikrėtę skrandžio vėžiu, palyginti su EBV-neigiamas vėžio. Dėžutė sklypai pademonstruoti žmogaus RNR kiekį infekuotas, palyginti su sveikų skrandžio vėžio ir kontrolės, kurios apima lymphoepithelioma-kaip gimdos kaklelio vėžys, gimdos kaklelio gleivinę, ir gerybinis virškinimo trakto dalies gleivinę. Kiekvienas taškas yra individualus analitinis rezultatas dėl log2 normalizuotas vienetų skale.
Genai skirtingai išreikštas skrandžio vėžiu, palyginti su ne piktybinis virškinimo trakto gleivinės
dvidešimt šeši genai buvo žymiai dysregulated skrandžio vėžiu, palyginti su nepiktybinių skrandžio gleivinės ( p < 0,05). Žmogaus RNR aktyvinama skrandžio vėžio buvo INHBA, SPP1, THY1, SERPINH1, CXCL1, FSCN1, COL1A1, SPARC, COL1A2, PTGS2 (COX2), BBC3, ICAM1, TNFSF9 Myc, SULF1, SLC2A1, COL3A1, PCNA ir TYMS
, o downregulated RNR buvo CDH1 (E-cad), CLDN18
, CHGA
(chromogranin), PTEN, SDC1
(CD138) ir Gast
(gastrino). Vienintelis virusinė veiksnys, kuris buvo skirtingai išreiškiama buvo BLLF1
kuris buvo žymiai didesnis vėžio nei nepiktybinių skrandžio gleivinės (p = 0,004). BLLF1
koduoja vėlai virusinė apvalkalo baltymo gp350 /220, o tai rodo, kad virusas atsiskiria yra žymiai labiau paplitę vėžio nei nepiktybinių skrandžio audinio. BLLF1
nėra specifinis skrandžio vėžio, tačiau, nes ji taip pat buvo išreikštas tam tikrais gerybinių ir piktybinių gimdos kaklelio audinių, taip pat.
Genus su skrandžio vėžio, palyginti su lymphoepithelioma-kaip gimdos kaklelio vėžio
devyni genai buvo žymiai dysregulated skrandžio vėžio, palyginti su lymphoepithelioma-kaip gimdos kaklelio vėžio (p < 0,05). Septynios RNR aktyvinama skrandžio vėžio buvo CLDN18, EpCAM, REG4, BBC3, OLFM4, PPARG
ir CDH17
, o du downregulated genai buvo IFITM1 parsisiųsti ir HIF1A
.
Dėsningumai latentinė ir lizės virusinė genų ekspresija EBV užsikrėtę skrandžio vėžio
14 EBV užsikrėtę skrandžio vėžio šiame tyrime nuosekliai persipynusių beveik visi EBV latentinių ir lizės genų, kuris yra šiek tiek stebina, nes iki literatūra apibūdina šiek tiek apribota latentinis modelį [48-51]. Įmanoma, kad Nanostring nCounter analitinės technologijos yra jautresnis nei tradicinių metodų aptikimo.
Labiausiai išreikštą virusinės RNR buvo EBER1
už daugiau nei 1 mln normalizuotų vienetų vidutiniškai per EBV-užsikrėtę vėžio audinyje, po EBER2
, BRLF1 parsisiųsti ir EBNA1
iš Q rengėjas. EBNA2
buvo mažiausiai išreikšta virusinė RNR, kurios vidutinė išraiška tik 10 normalizuotų vienetų per užkrėsto audinio ir EBNA2
buvo visiškai nėra 8 iš 14 užsikrėtusių skrandžio vėžio. Raštai virusinių genų ekspresijos pavaizduotos Figure4. 4 pav Latentinis ir lizės EBV genai bendrai išreikštas skrandžio vėžio. Iš šilumos žemėlapyje iš 1 pav dalis rodomas didelio kontrasto iššifruoti santykinius raiškos lygius EBV genų 14 EBV užsikrėtę skrandžio vėžio ir aplinkinių egzempliorių. Visi audiniai, yra skrandžio vėžio, išskyrus vieną ne-piktybinio skrandžio gleivinės, rodomas pilkai, supjaustytinų iš tos pačios parafino bloko kaip EBV-užkrėstas skrandžio vėžio. Reiškia išraiška lygis kiekvienoje RNR į EBV-užsikrėtę skrandžio vėžio kohortos yra įrodyta, kad kiekvieno geno simbolio dešinėje.
Geografinę kilmę ir naviko ląstelių dalis yra ne pirmenybė susijęs su EBV būklės skrandžio vėžiu
Žemiau šilumos žemėlapyje į 1 pav yra skrandžio vėžio atvejų pasiskirstymas pagal geografinę kilmę iš Hondūras (n = 86), Japonija (n = 5), ar Jungtinėse Amerikos Valstijose (n = 17). Nebuvo reikšmingas ryšys tarp geografinės kilmės ir EBV-teigiamas, lyginant su pervežimas neigiamas grupavimo skrandžio vėžio (Fisherio tikslusis testas p = 0,9), o tai rodo, kad geografinė kilmė nėra pagrindinis veiksnys hierarchinę grupavimas.
Iš 1 pav apačioje taip pat rodo, EBV infekuotų palyginti
EBV-neigiamas skrandžio vėžio suskirstytas pagal piktybinių ląstelių sąnaudų dalis į ekspresijos tyrimas, paskirstymą. Nebuvo reikšmingas ryšys tarp piktybinių ląstelių proporcingai ir EBV infekuotų palyginti
EBV-neigiamas grupių skrandžio vėžio. Keista, vėžinių audinių su mažu piktybinės ląstelės turinį nebuvo pirmenybė klasteris su nepiktybinių skrandžio audinius. Vėžiai su mažu piktybinės ląstelės turinio (nuo 1 iki 25% piktybinių ląstelių) buvo platinami įvairiose segmentuose šilumos žemėlapyje kartu su vėžio su terpe (26 iki 50%) arba didelis (> 50%) piktybinės ląstelės turinio (Fišerio tikslusis testas p = 0,5), o tai rodo, kad apskritai transcriptome savybės nusveria auglio ląstelių proporciją kaip hierarchinio grupavimo vairuotojas.
turint omenyje, kad lymphoepithelioma-kaip gimdos kaklelio vėžio šiame tyrime buvo gausu limfinių stromos, kaip ir daugelis EBV-užsikrėtę skrandžio vėžio , ji yra puikus, kad vienoje iš šių klasių vėžio sugrupuotos atskirai vienas nuo kito, ir taip pat pasiekė pakankamai geros atskyrimo nuo gretimo nepiktybinių gleivinę. Daugumai genų skydelyje, ten yra daug sutapimų lygių visoje ligų tipų. Nors profiliai yra labiau informatyvus ir labiau įtikinantis nei individualūs stenograma rezultatai, yra tam tikrų profilių sutampa, taip pat, reiškiantis, kad profiliavimas tyrimo rezultatai turi būti susieti su histologiniai funkcijų, siekiant tiksliai klasifikuoti audinių gerybiniai ar piktybiniai.
Farmakogenetinis prognozuoti ir druggable tikslai
pati EBV infekcija laikomas naudingą tikslą, bent jau 14/108 (13%) užsikrėtę skrandžio vėžio mes nustatyti. Šis tyrimas rodo, naujas būdas nustatyti viruso infekuotų vėžio iki RNR profiliavimo parafino skyriuose taip, kad prognozės ir prognozavimo informacija gali būti atsižvelgta į pacientų valdymo sprendimus. Mobilieji veiksniai farmakogenetinis potencialo apima HIF kelią, SPARC, TYMS, FCGR2B RER, parsisiųsti ir erbb2 (HER2)
. (Žr Figure5). Palyginti su skrandžio vėžio, gimdos kaklelio vėžio linkę turėti didesnį HIF1A
nurodant hipoksijai atsakymą, nors vienodai aukštą lygį nepiktybinis gimdos kaklelio gleivinės padidinti ex vivo
stimuliacijos šio deguonies aptikimo faktorius galimybę. Reikia atlikti daugiau tyrimų, kad atskirti techninius veiksnius in vivo pervežimas ląstelę, kad būtų pakankamas pagrindas svarstyti angiogenezės inhibitoriais. 5 Kai skrandžio vėžio pav turi didelę reguliacijos sutrikimas veiksnių, kurie rodo pažadą kaip Farmakogenetinis prognostinius. Dėžutė sklypai įrodyti išraišką pasirinktų Farmakogenetinis taikinius užkrėstų palyginti neužkrečiama skrandžio vėžio, taip pat nepiktybinis skrandžio gleivinės ir gimdos kaklelio histopathologies. Kiekvienas taškas yra individualus analitinis rezultatas dėl log2 normalizuotas vienetų skale.
Mes patvirtino, kad "SPARC
yra aktyvinama skrandžio vėžiu, palyginti su gerybine skrandžio gleivinę. Atsakas į docetakselio, taksano vaistas, kuris slopina mitozinę suklio surinkimas, kaip pranešama, trenkiasi į SPARC baltymų raiškos sumą skrandžio vėžio [52]. Skrandžio ir gimdos kaklelio vėžio ir turėjo aukštąjį thymydylate sintezės (TYMS)
nei padarė savo atitinkamus nepiktybiniai gleivinės kolegomis. Aukšti TYMS
lygiai Pranešama prisideda prie įgytas atsparumas 5FU kombinuotą gydymą [53].
Keletas skrandžio vėžio buvo labai aukšto lygio Fc receptorių, FCGR2B
, kuris gali turėti įtakos narkotikų internalizavimo ir farmakodinamikos terapinių antikūnų Keturi pvz cetuksimabo in vivo.
skrandžio vėžio stipriai išreikšta RER, parsisiųsti ir dar aštuonerius atvejų stipriai ekspresija išreiškė erbb2 (HER2)
, didinant galimybę, kad šis tyrimas gali nuspėti atsakymą į tirozino kinazės inhibitoriais.
Diskusijos
Šis tyrimas naudojamas šiuolaikinių molekulinės metodus ištirti didelį skydelio žmogiškuosius ir virusinės RNR skrandžio vėžio. Mūsų žiniomis, tai didžiausia skydelis virusinių genų produktų, kurie bus nagrinėjami koncertą su žmogaus RNR archyviniuose, parafino įdėta audiniuose. EBV-užsikrėtę potipis skrandžio vėžys yra labai akivaizdus atitinkamos šilumos Žemėlapis sukurtas neprižiūrimą grupavimo ir EBV infekcija buvo patvirtinta aukštų EBV DNR virusų šių audinių. Išraiška pasirinktų virusinių ir žmogaus genų į vėžio patvirtino kelios žinomos virusus ir vėžį susijusios pasekmės ir taip pat atskleidė naujų išvadas, kad nušviesti patogenezės ir galimas ligos valdymo strategijas.
Keista, užkrėstus skrandžio vėžio ekspresija visus 18 latentinis ir lizės EBV genai, kurie buvo išbandyti. Mes nustatėme aukštą BRLF1
RNR (koduojandias nedelsiant anksti virusinės baltymų suveikimą lizės replikaciją koncertą su BZLF1) ir vidutiniškai aukšto lygio BXLF1
(virusinės timidinkinaze, kuri konvertuoja penicyclovir į toksinių forma, rodo mechanizmą gydymui) [54]. BLLF1
(kodavimas vėlai virusinė apvalkalo baltymo gp350 /220) buvo išreikšta saikingas, kad vis tiek buvo gerokai didesnis nei nepiktybinis gleivinę, tai rodo, kad EBV lizės infekcija nėra Nerealus bet yra pajėgi gaminti vėlai virusinės voką baltymų gp350 /220. Tarp latentinių genų, EBNA1
iš Q promotoriaus, EBNA-LP, ir EBNA3C pervežimas nuorašai buvo labiausiai paplitusi. EBNA2
buvo iš pagrindų aptikti žemo lygio, bet vis tiek buvo gerokai didesnis užkrėstų nei sveikų skrandžio vėžio. Prieš histocheminiam darbas apskritai neatskleidė baltymų lygio išraišką EBNAs ar lizės virusinių genų produktų, todėl reikalingas tolesnis darbas siekiant sužinoti, ar šie virusu kodavimo RNR yra lokalizuota į piktybinės ląstelės, limfocitai, arba galbūt net exosomes ar virusų dalelėms į tarpląstelinio Milieuģ.
Palyginti su sveikų vėžio, užsikrėtę vėžio turėjo reikšmingą ląstelę devynių korinio veiksnių (FCER2, MS4A1 (CD20), PLUNC, TNFSF9, TRAF1, CXCL11, IFITM1, PPARG
ir FCRL3
) tai reiškia, kad EBV nėra nekaltas stebėtojas atsižvelgiant į biocheminių poveikį. Virusas susijusių pokyčių mes rasti buvo kelių žinomų virusinių onkologai, ty NFKB ir Notch signalizacijos (FCER2, TRAF1, PPARG
) ir gleivinės imuninės reakcijos (PLUNC, TNFSF9, CXCL11, IFITM1, FCRL3 pervežimas). MS4A1 (CD20) yra B ląstelių specifinė, primindamas mums, kad kai kurie iš veiksnių, aktyvinama į EBV užsikrėtę, palyginti su sveikų skrandžio vėžio gali gauti iš stromos elementų, o ne nuo piktybinių epitelio ląstelių. PLUNC
anksčiau buvo apibūdinamas kaip naviko persekiotoją skrandžio ir nosiaryklės karcinoma, ir ji koduoja baltymas dalyvauja įgimto imuniteto atsaką [55-57]. TNFSF9, iš auglio nekrozės faktoriaus šeimos citokinų, stimuliuoja T limfocitų aktyvinimą ir sukelia IFNG gamybą, kuri savo ruožtu skatinantis prouždegiminių chemokino CXCL11 ir prigimtinę antivirusinį faktorius IFITM1. PPARG yra kaip branduolinės receptorių kontroliuoti gliukozės metabolizmą ir mikrotubulės tinklus, ir tai yra perspektyvus tikslas, slopinamasis narkotikų [58]. Į FCRL3
imuninis atsakas genas mutavo į autoimuninių ligų, tokių kaip reumatoidinis artritas, raudonoji ir bazedovo liga.
Mūsų išvados remti Lee et al
kuris rado skirtingus žmogaus raiškos modelius užkrėstų palyginti
neinfekuotiems skrandžio vėžio [10]. Nors jų tyrimas skirta baltymų ir mūsų tikslinė RNR, mūsų išvados sutiko su jiems priklauso už 4 5 veiksnių bendro tarp šių dviejų tyrimų (BCL2, PTEN, CDH1, PTGS2
). Nebuvo potencialus neatitikimas už erbb2
, kuris buvo žymiai rečiau išreikštas infekuotas, palyginti su sveikų skrandžio vėžio, kai atlikę baltymų lygį [10], kadangi dabartinis tyrimas neparodė reikšmingo skirtumo tuo RNR stenograma lygiu. Trikdantys veiksniai apima 1) vėžinių ląstelių, esančių egzempliorių dalį įvertino 2) skirtingi kriterijai kategorijas ekspresijos būklė ir 3) RNR palyginti baltymų tikslus.
Apskritai, masyvas technologija, kuri buvo naudojama šiame tyrime dirbo nepaprastai gerai generuoti RNR profilius, kurie buvo tikėtina pagal skiriamasis žinomas gerybinis palyginti
piktybiniai ir skrandžio palyginti
gimdos kaklelio histopathologies. Be to, bendro išraiška analičių pačiu keliu arba paties infekcijos sukėlėjo prasmę iš Patobiologijos ir virusologijos perspektyvos. Įdomu tai, kad visi gimdos kaklelio audinių sugrupuotos kartu, ir gerybinių ir piktybinių gimdos kaklelio pakitimus buvo daugiausia išskirta nors Gastrogenus V1 ™ Test Panel nebuvo specialiai sukurta siekiant pasiekti šiuos rodiklius. Trūksta kelių bendrai išreiškė EBV mRNR gimdos kaklelio audinių gelžbetoninių ką mes žinojome apie jų EBV-negatyvumo, kai aukso standartas Ebera in situ
hibridizacijos metodu.
Tarp septynių genų, kurie buvo žymiai daugiau, išreikštų skrandžio vėžio (nepriklausomai pacientų infekcijos būklę), palyginti su lymphoepithelioma-kaip gimdos kaklelio vėžio, keturi buvo pranešta anksčiau kaip skrandžio vėžio žymenų (CLDN18, REG4, OLFM4, CDH17
) [55, 59-63]. Du kiti (EpCAM epitelio ląstelių konkretūs tarpvalstybiniai membrana glikoproteino ir PPARG chemokino), taip pat REG4, yra tiriamos tiksliniam vėžio gydymo [64-66]. Paskutinis iš septynių, BBC3 (taip pat vadinamas P53 iki reguliuojama moduliatorių apoptozės ar PUMA), kaip pranešama, aktyvinama iki EBV LMP2A ir karaliavo iki EBV miR-BART5 į ląstelių linijos modelius [67, 68], o tai rodo, kad ši BCL2 šeima narys yra glaudžiai reglamentuoja virusu.
vienas iš dviejų RNR, kuri buvo žymiai didesnis gimdos kaklelio, palyginti su skrandžio vėžio buvo IFITM1
, kurį gali atšaukti taip pat buvo nustatyta, kad ekspresija užkrėstų palyginti su sveikų skrandžio vėžio. Reikia toliau dirbti siekiant išnagrinėti, ar gimdos kaklelio vėžio (matyt nuo žmogaus papilomos užsikrėtę) ir EBV-užsikrėtę skrandžio vėžio turi bendrą virusų susijusių mechanizmą raiškos šio įgimto imuniteto atsako faktoriumi. Kitas genas gerokai ekspresija gimdos kaklelio palyginti su skrandžio vėžio buvo HIF1A
kurio išraiška buvo susijęs su tuo iš keturių paskesnių angiogenezės tarpininkų mūsų skyde (VEGFA, SLC2A1, SLC2A3 parsisiųsti ir EPAS1
), kaip liudija teigiami Pearson koreliacijos koeficientai (duomenys neparodyti). Jei patvirtinta, kad ši sistema veiks in vivo
, HIF kelias stimuliacija reiškia, kad angiogenezės inhibitoriai yra verta tirti.
Gerybinė palyginti
piktybinių skrandžio audinių linkę burtis atskirai nuo šilumos žemėlapyje, su kai kuriomis išimtimis. Lauko poveikis [69] arba exosomal perdavimo veiksnių, į gretimų regionų vietos aplinkai [70, 71] galėtų paaiškinti, kodėl kai kurių vėžio formų ir gretimų reaktyvinės audiniai turėjo panašius profilius. Nors macrodissection buvo naudojamas atidžiai atskirti gerybinis nuo piktybinių pažeidimų, mes negalime atmesti slaptasis piktybinių navikų kaip prisideda prie nukrypusiu nuo normos grupavimas.
Tarp 19 genų žymiai aktyvinama skrandžio vėžiu, palyginti su gretimų nepiktybinių skrandžio gleivinės, dauguma anksčiau buvo pranešta, skrandžio vėžio specialūs žymekliai [72-76], o dabar mes patvirtiname, kad jų ląstelę yra aptinkamas archyvinės parafiną įdėta audinio. Menkesnis Gast
(gastrinas) RNR vėžiu audinių galėtų padėti paaiškinti vartojo praradimą gastrinas signalizacijos faktoriaus CHGA
(chromogranin). Patys nuosekliai downregulated veiksnys skrandžio vėžiui palyginti
gretimame gerybinės gleivinės buvo navikas slopintuvas genų CDH1 (E-cad)
rodo arba 1) CDH1
promotoriaus hypermethylation [77], 2) retas gemalo mutacija CDH1
susijęs su paveldimos polinkį į skrandžio vėžio [78], arba 3) downregulation iš CDH1
pagal EBV LMP1 kaip aprašyta ląstelių linijos modelius [79].
LMP1 buvo pranešta anksčiau, kad būtų išvykęs į užkrėstą skrandžio vėžio išskyrus retus atvejus [50, 51, 80, 81]. Todėl buvo keista, kad Nanostring nCounter masyvo profiliavimas parodė atitinka nors mažo lygio išraiška LMP1 pervežimas RNR kartu su beveik visų kitų EBV RNR tirtų užkrėstų skrandžio vėžio. Koordinuoja bendro išraiška kelių virusinių genų teigia, kad sąvoka yra teisinga teigiamas. Mūsų mikrogardeliq rezultatai padidinti galimybę, kad virusinės RNR mes aptiktos nėra koduojantis baltymus arba kad baltymai yra: 1) tik laikinai išreiškė, 2) sparčiai degradavo, 3) lokalizuota retų ląstelių, kurios yra greitai pripažintų ir sugriauto imuninei sistemai, arba 4) dalyvauti tokio žemo lygio, kad tradiciniai tyrimai yra pernelyg nejautrus aptikti jų [82]. NCounter testas sistemos gamintojas teigia, analitinis jautrumas lygiavertis rtPCR [43].
Nors dauguma virusinių genų buvo išreikštas beveik išimtinai užkrėsto skrandžio vėžio kohortos, EBER1 parsisiųsti ir EBER2
buvo plačiai išreikštą kiekvienam iš gerybinių ir piktybinių skrandžio ir gimdos kaklelio kohortos, nors daug mažesnių lygių nei buvo pastebėtas kiekvienas EBV-užkrėstų skrandžio vėžio. Iš tiesų, mūsų tyrimas atskleidė naujas būdas nustatyti EBV-užsikrėtę skrandžio vėžį matavimo EBER1 parsisiųsti ir /arba EBER2
RNR archyvinės audinio, ir mes pasiūlėme ribas, kurios sėkmingai atskirti užsikrėtusius iš neužteršto skrandžio vėžio.
parama ūminės virusinės infekcijos infekuotų skrandžio vėžiu sergančių pacientų ateina iš serologinis įrodymų aukštojo titrai nuo virusinių kapsidės antigeno, palyginti su EBV-neigiamas skrandžio vėžiu sergantiems pacientams ir gerybinių kontrolės [83]. Žemas lygis lizės infekcija anksčiau buvo aprašyta gleivinės limfinių ląstelių [31, 82, 84] ir užkrėstų skrandžio epitelinių ląstelių linijų [85]. BARF1 yra žinoma, kad būti išreikštas skrandžio vėžio punktą, kur siūloma veikti kaip latentinis, o ne lizės faktorius [50, 51]. Naudojant jautrią rtPCR technologiją, daug EBV lizės nuorašai buvo aptikta Luo et al skrandžio vėžio audiniuose [50].

• Charakteristikos Epstein Barr viruso variantai susijęs su skrandžio karcinoma Pietų Tunisia
• Genetiniai linijas iš nediferencijuotą tipo skrandžio karcinoma išnagrinėtų neprižiūrimą grupavimo genomo DNR microarray data