Epstein-Barr-vírussal fertőzött gyomor adenokarcinóma fejezi látens és litikus vírusos átiratok és van egy külön humán gén expressziós profilját

Epstein-Barr-vírussal fertőzött gyomor adenokarcinóma fejezi látens és litikus vírusos átiratok és van egy külön humán gén expressziós profiljának
Abstract
alapon
EBV-DNS-t találtak a rosszindulatú sejtek 10% -ának gyomor rák. A modern molekuláris technológia azonosítását megkönnyíti vírussal kapcsolatos biokémiai hatásai, amelyek segítik a korai diagnózis és a betegség kezelése.
Módszerek
Ebben a vizsgálatban, az RNS expressziós profil végeztük 326 macrodissected paraffinba ágyazott szövetek, beleértve a 204-rákok és, amikor rendelkezésre álló, szomszédos, nem-rosszindulatú nyálkahártyáját. Nanostring nCounter szondák célzott 96 RNS (20 vírusos, 73 ember, és 3 tüskés RNS). Katalógusa Eredmények
182 szövetekben megfelelő házvezetőnő RNS, különböző profilok találtak fertőzött versus katalógusa fertőzött rákok, és a malignus versus katalógusa szomszédos jóindulatú nyálkahártya. EBV-fertőzött gyomor rák kifejezve majdnem az összes, a 18 látens és litikus EBV RNS-ek a vizsgálati panelen. Szintek EBER1
és EBER2
RNS volt a legmagasabb, és arányos volt a a mennyiség az EBV-genomok mért Q-PCR-rel. Között fehérjét kódoló RNS-ek EBV, EBNA1 katalógusa a Q promoter és BRLF1 katalógusa is erősen expresszálódik, EBNA2 katalógusa szintje alacsony volt, a pozitív csak 6/14 fertőzött rákok. Egyidejű felfokozását celluláris faktorok azt jelenti, hogy a vírus nem egy ártatlan szemlélő, hanem inkább kapcsolódik NFkB jelátvitel (FCER2, TRAF1
) és az immunválasz (TNFSF9, CXCL11, IFITM1, FCRL3, MS4A1 és PLUNC) katalógusa, és PPARg
kifejezés hozó megváltozott sejt anyagcserét. Összehasonlítva a szomszédos, nem malignus nyálkahártya, gyomorrák következetesen kifejezte INHBA, SPP1, THY1, SERPINH1, CXCL1, FSCN1, PTGS2 (COX2), BBC3, ICAM-1, TNFSF9, SULF1, SLC2A1, TYMS katalógusa, három kollagének, a sejtburjánzás markerek MYC katalógusa és PCNA katalógusa, és az EBV BLLF1 katalógusa miközben hiányzott Cdh1 (E-cadherin), CLDN18 katalógusa, PTEN, sdc1 katalógusa (CD138), GAST katalógusa (gasztrin) és downstream effektor CHGA katalógusa (chromogranin). Összehasonlítva lymphoepithelioma-szerű carcinoma a méhnyak, gyomor rák kifejezett CLDN18 EpCAM, REG4, BBC3, OLFM4, PPARg katalógusa, és CDH17
míg ők úgy csökkent szintje IFITM1 katalógusa és HIF1A katalógusa. A druggable célok ERBB2 (HER2), MET, valamint a HIF útvonal, valamint számos más lehetséges farmakogenetikai mutatók (beleértve az EBV-fertőzés önmagában, valamint SPARC, TYMS, FCGR2B katalógusa és REG4 katalógusa) azonosítottak néhány daganatminták. katalógusa Következtetés katalógusa Ez a tanulmány azt mutatja, hogy a modern molekuláris technológia alkalmazásával a levéltári fix szöveteket hozamok újszerű betekintést vírusos onkogenezissel, amely hasznos lehet kezelésében érintett betegeknél. katalógusa Kulcsszavak katalógusa Gyomor adenocarcinoma Epstein-Barr vírus RNS expressziós profil kötőszöveti sejtek farmakogenetikai teszt Háttér katalógusa gyomorrák a második vezető oka a globális daganatos halálozás közel egymillió új esetet diagnosztizálnak évente [1, 2]. Körülbelül tíz százaléka gyomor adenocarcinoma Epstein-Barr vírus (EBV) fertőzött, és az EBV class 1 onkogén kórokozó a World Health Organization [3-6]. Előfordulási emelkedik azoknak rák proximális szegmensének a gyomorban (cardia, corpus), ahol az EBV gyakrabban vesz részt [7-14].
Újabb adatok a National Cancer Institute rák felügyeleti programot mutat aggasztó növekedése gyomorrák előfordulása a fiatal felnőttek körében az USA-ban [7, 8, 15]. Feltörekvő célzott terápia tesz még inkább fontos, hogy felismerjük a fertőzött rákok és jellemzése biokémiai hibák, mint a ERBB2 túltermelése, amely növeli a valószínűségét válasz trastuzumab áttétes gyomorrákos betegek [16-18]. EBV-vel fertőzött összehasonlítva fertőzetlen gyomorrák kedvező prognózist [19], és a klinikai vizsgálatok kezdik felfedezni vírus-célzott kezelés, mint például 1) infúzióban EBV-specifikus citotoxikus T-sejtek vagy NK-sejtek [20-23], 2) irányváltó az EBV kapcsolatos metiláltsági fenotípus [24], 3) kiváltó litikus vírus replikációt, amelyek azután buzdítanak a szervezet veleszületett és az adaptív immunválasz megölni fertőzött tumorsejtek [25-33], és 4) litikus indukciós terápia együtt adják vírusellenes nukleozid analóg, mint gancyclovirt hogy foszforilált és így aktiválja a vírus kinázok előmozdítása citotoxicitást [34-41].
klinikai vizsgálatokból hatékonyságát a célzott terápia előnyös lenne a laboratóriumi vizsgálatok, hogy segítsen azonosítani a jelöltek valószínűséggel reagálnak, és hasznot húzhat a laboratóriumi vizsgálatok, amelyek jelzik az intervenció hatása a tervezett biokémiai úton. Modern molekuláris technológia már lehetővé teszi a klinikai minőségű elemzést több lényeges elemzendő keresztül RNS expressziós profil [42]. Készülékgyártók előállított érzékeny, specifikus és testre szabható szonda tömbök egyidejű mérésére több RNS-ek, beleértve a nem-kódoló RNS-ek, mint az EBV által kódolt RNS-t 1 vagy 2, amelyek bőségesen fejezik ki a fertőzött daganatok. Újabb előrelépés minőségbiztosítási stratégiák értek arra a pontra, hogy az RNS expressziós profilok hajtják végre klinikai laboratóriumi beállítások [42].
Hogy a gyakorlati klinikai körülmények között, egy vizsgálati kell alkalmazni rutinszerűen gyűjtött példányok, mint a levéltári, paraffin -embedded szövet [42]. A jelenlegi vizsgálat során mértük a vírus és az emberi génexpresszió levéltári gyomorrák és a szomszédos, nyálkahártya és ellenőrzések kialakítására vizsgálati rendszerek, hogy lehet használni, hogy megbízhatóan jellemezni aláírások előrejelző válasz célzott terápia. A 96-RNS mátrix vizsgálati rendszer, amit másolni a Gastrogenus v1 ™ panel szabott mérésére vonatkozó látens és litikus vírus RNS-ek mellett klinikailag releváns humán mRNS a korábban leírták, hogy 1) gyomorrák egyedi, 2), amely jelzi a gyulladást és /vagy 3) prediktív adott válaszként a gyógyszereket. Ezek a vizsgálatok, valamint a tüskés és az endogén kontroll RNS-eket, mértük macrodissected paraffin szakaszok segítségével Nanostring nCounter tesztrendszert [43-45]. Korrelatív szövettani és molekuláris vizsgálatokat végeztünk annak bizonyítására, hogy a vizsgálati rendszerben történt amire számítottunk. Eredményeink azt mutatják, hogy az EBV kapcsolatos rákok expressz több látens és litikus átiratokat, mint korábban felismerték, és hogy a fertőzött rákok egyedülálló biológiai tulajdonságai képest fertőzött rákok. Két fő altípusát rák találtak, utalva arra, hogy a gyomorrák korai felismerés stratégiák vagy ellenőrző vizsgálatokat lehetne szabni detektálására vonatkozó aláírások jellemző fő molekuláris altípust. Végül, a kísérleti adatok feltárja expresszióját kiválasztott vírusos és daganatos kapcsolatos gének a szomszédos nem malignus nyálkahártya, ami arra utal, egy olyan területen, amely szerint fontos lehet a rák fejlődését vagy karbantartás.
Eredménye
génexpressziós profilozást végeztünk összesen 326 szövetek, köztük 187 gyomorrák, 17 lymphoepithelioma-szerű méhnyakrákot, és 118 illesztett nem malignus nyálkahártyát ugyanazon sebészi eljárás (ha elérhető). Miután az adatokat normalizálás, hő térképet a 182 szövetek, amelyek a legjobb minőségű RNS-t, amint azt megállapítottuk legmagasabb átlagos szintje négy háztartás RNS-ek, kiderült génexpresszálásban hogy különböztek gyomor versus
nyaki kontroll szövetekben. Továbbá, mind a gyomor és a nyaki klaszterek, rosszindulatú és nem malignus szövetek hajlamosak klaszter együtt, amely támogatja, hogy az a nCounter vizsgálati rendszer mérésére klinikailag fontos biológiai funkciókat. (Lásd 1. ábra). 1. ábra Expression profilok 182 szövetek 20 virális gének és 73 emberi gének. A hőtérkép megjeleníti felügyelet nélküli hierarchikus klaszterezést az egyes szövetek egy külön oszlopban, és minden RNS külön sorban. Az adatok medián-központú vörös jelző viszonylagos túltermelése és a zöld jelző viszonylagos alatti kifejezést minden gén. Korrelatív fenti adatok a térkép mutatja szövettani osztályozás további felosztásáról a gyomorrák kohorsz a 14 EBV fertőzött és 104 EBV negatív daganatok alapján EBV DNS. A térkép alatt, minden egyes gyomorrák kategóriába tartozik az a hányada, rosszindulatú sejtek, és földrajzi eredete egyes szövetek látható.
Egyik csoportját gastricus karcinómák overexpresszált gyakorlatilag az összes EBV RNS-ek. Azt, hogy milyen gyomorrák kell kijelölni az EBV-fertőzött, a 71 szöveteket a legmagasabb kombinált szintje EBER1 katalógusa és EBER2 katalógusa RNS Nanostring nCounter tömb tovább vizsgálták az EBV genom szinten belül azonos szöveteinek Q- PCR. Volt között lineáris összefüggést az összeget a EBER1
és EBER2
RNS, és az összeget az EBV genom. (Lásd Figure2.) A korábban megállapított cutoff [46] a szint az EBV genom megfelelő lokalizációja vírus rosszindulatú sejteket eredményezett 14 rákok forgalomba az EBV-fertőzött kategóriában. A fennmaradó gyomorrák hívták EBV-negatív, és ezek közül is a legmagasabb rögzített RNS szintek 174016 a EBER1 katalógusa és 27972 az EBER2 katalógusa. Ezzel szemben, többek között a EBV-fertőzött gyomor rák a legalacsonyabb EBER1
szint volt 263.589 és a legalacsonyabb EBER2
szinten volt 140.081. Javasolt cutoffs azonosítására szövetben EBV-fertőzött van 2. ábrán látható. 2. ábra EBV-kódolt RNS szintje magas a fertőzött gyomorrák és arányosan EBV genom szintjén. A. Box telkek EBER1 katalógusa és EBER2 katalógusa jóindulatú és rosszindulatú szövetek azt mutatják, hogy az EBV-fertőzött gyomorrák lényegében magasabb EBER1 katalógusa és EBER2 katalógusa nem kódoló RNS-ek, mint a nem fertőzött rákok és ellenőrzés szövetekben. Javasolt küszöbértékek EBER1 katalógusa vagy EBER2 katalógusa jelennek amelyen túl a gyomorrák megbízhatóan kell kijelölni az EBV-fertőzött. Minden pont jelenti az egyén analitikus eredmény a log2 normalizált egység (NU) skála. B. páros összehasonlítása alapján EBER1
és EBER2
RNS-szintet Nanostring nCounter tömb és az EBV-DNS vírusterhelés által Q-PCR mutat lineáris összefüggést a szintek minden egyes ilyen analitek. Pearson-féle korrelációs együttható (P > 0,86) jelenik meg. A korábban validált szintje EBV DNS vírusterhelés látható, amelyen túl EBER
mindig lokalizálódik malignus sejtek által EBER in situ
hibridizáció (küszöbérték 10.558 EBV-genomok 100.000-sejtek, amely egyenértékű 13,37 ezen a log2 scale ) [46]. Javasolt cutoffs RNS szintek javallott mindkét EBER1 katalógusa (200000 NU, vagy 17,61 ezen log 2 skála) és EBER2 katalógusa (100000 NU, vagy 16.61 ezen log2 scale). Az egyetlen kiugró egy nem-malignus gyomor nyálkahártyáját, hogy volt található szomszédos egy EBV-fertőzött gyomorrák, és ez a nyálkahártya volt egy EBV-DNS terhelés megegyezik a fertőzött rákok, de ez lett volna helyesen zárva a EBV-fertőzött rák csoport, ha akár EBER1 katalógusa vagy EBER2
RNS-szinteket alkalmazunk, vagy ha a szövettani használtak, szűrésére EBV kapcsolatos rosszindulatú.
Genes túltermelődnek EBV-fertőzött versus EBV-negatív gyomorrák
húsz nyolc gének szignifikánsan eltérően expresszált EBV-fertőzött rákok képest az EBV negatív gyomor rák (p < 0,05). Érdekes, hogy mind a 28 volt túlszabályozott helyett downregulált a fertőzött rákok, és a torzítás magyarázza legalábbis részben kínálatunk inkább pozitív, mint negatív infekciós markerek, amikor kiválasztják a RNS kell profilú ebben a vizsgálatban. Elmulasztása azonosítani bármely játszó gének csökkent még meglepő, mivel jelentések, hogy az EBV társított CpG-szigetre metiláltsági fenotípus, és ezen felül a vírus destabilizálni celluláris mRNS-ek globálisan [47].
Között gének jelentősen fokozódik fertőzött rákok voltak mind a 18, a EBV RNS tesztelt, valamint a citomegalovírus pp65 (UL83). A citomegalovírus pp65 (UL83) eredmény valószínűleg, hogy hamis pozitív (gyaníthatóan szonda kereszt hibridizáció), amint azt a hiányában a másik litikus RNS, citomegalovírus pol (UL54), az EBV-fertőzött rák. Továbbá, UL83 de nem UL54 fejeztük EBV-fertőzött, de nem EBV-negatív sejtvonal kontrollok (az adatokat nem mutatjuk). Egy másik lehetséges magyarázat a hamis pozitív a vírus RNS expresszió szonda keresztreakciót virális DNS-sel. Kilenc ember RNS-eket jelentősen fokozódik az EBV-fertőzött képest EBV negatív gyomorrák: FCER2, MS4A1 (CD20), PLUNC, TNFSF9, TRAF1, CXCL11, IFITM1, PPARg katalógusa, és FCRL3 katalógusa. (Lásd Figure3). A 3. ábra a többszörös humán RNS-ek túlzott kifejezve EBV-fertőzött gyomorrák összehasonlítva EBV-negatív rák. Box ábrán a humán RNS szintek fertőzött képest nem fertőzött gyomorrák és ellenőrzéseket, amelyek tartalmazzák lymphoepithelioma-szerű méhnyakrák, méhnyakrák nyálkahártya és jóindulatú gyomor-nyálkahártyát. Minden pont jelenti az egyedi analitikus eredmény a log2 normalizált egység skála.
Genes eltérően expresszált a gyomorrák, mint a nem-malignus gastrointestinalis nyálkahártya
Huszonhat géneket jelentősen diszreguláit a gyomorrák, mint a nem-malignus gyomor nyálkahártya ( p < 0,05). Az emberi RNS fokozódik gyomorrák voltak INHBA, SPP1, THY1, SERPINH1, CXCL1, FSCN1, COL1A1, SPARC, COL1A2, PTGS2 (COX2), BBC3, ICAM-1, TNFSF9, MYC, SULF1, SLC2A1, COL3A1, PCNA, és TYMS
, míg a downregulált RNS volt Cdh1 (E-cadherin), CLDN18 katalógusa, CHGA katalógusa (chromogranin), PTEN, sdc1 katalógusa (CD138) és GAST katalógusa (gasztrin). Az egyetlen virális faktor, amit eltérően expresszált volt BLLF1
amely szignifikánsan magasabb volt a rák, mint a nem-malignus gyomor nyálkahártya (p = 0,004). BLLF1
kódolja a késői virális burok fehérje gp350 /220, ami arra utal, hogy a virionok szignifikánsan gyakoribb a rák, mint a nem-malignus gyomor szövetet. BLLF1
nem volt specifikus gyomorrák, azonban, ahogy azt is kifejezni néhány jóindulatú és rosszindulatú cervikális szövetben is.
Kapcsolatos gének gyomorrákos képest lymphoepithelioma-szerű méhnyakrák
Kilenc gének voltak jelentősen diszreguláit gyomorkarcinómában képest lymphoepithelioma-szerű méhnyakrák (p < 0,05). A hét RNS fokozódik gyomorrák voltak CLDN18 EpCAM, REG4, BBC3, OLFM4, PPARg katalógusa, és CDH17 katalógusa, míg a két játszó gének voltak IFITM1 katalógusa és HIF1A katalógusa.
Mintái látens és litikus virális génexpresszió EBV-fertőzött gyomor rák
a 14 EBV-fertőzött gyomor- rákok ebben a vizsgálatban következetesen koexpresszált gyakorlatilag az összes EBV látens és litikus gének, ami némileg meglepő tekintve, hogy előzetes irodalom leírja, némileg korlátozott látencia minta [48-51]. Megvalósítható, hogy a Nanostring nCounter analitikus technológia sokkal érzékenyebb, mint a hagyományos módszerek kimutatási.
A leginkább kifejezett virális RNS-t EBER1
átlagosan több mint 1 millió normalizált egység per EBV-fertőzött rákos szövetet, majd EBER2 katalógusa, BRLF1 katalógusa és EBNA1 katalógusa származó, a Q promoter. EBNA2 katalógusa volt a legkevésbé kifejezett virális RNS az átlagos kifejezése csak 10 normalizált egységet fertőzött szövet és EBNA2 katalógusa teljesen hiányzott a 8. 14 fertőzött gyomorrák. Minták virális génexpresszió ábrázolja Figure4. 4. ábra Látens és litikus EBV gének együtt expresszálódik gyomorrák. Egy részét a hő térképet 1. ábra jelenik meg nagy kontrasztú megfejteni relatív expressziós szintjének EBV gének a 14 EBV-fertőzött gyomor rákos megbetegedések és a környező példányok. Minden szöveteket gyomor rák, kivéve egyetlen nem-malignus gyomor nyálkahártya, látható szürke, kivágjuk az azonos paraffin blokkba, mint egy EBV-fertőzött gyomorrák. Jelenti expressziós szintje az egyes RNS az EBV-fertőzött gyomorrák kohorsz jobbra látható az egyes gének szimbólum. Katalógusa földrajzi eredete és a rákos sejtek aránya nem előszeretettel társul EBV állapotát gyomorrák katalógusa alábbiakban a hőtérkép az 1. ábrán a forgalmazása gyomorrák esetek földrajzi származás Honduras (n = 86), Japán (n = 5), illetve az Amerikai Egyesült Államokban (n = 17). Nem volt szignifikáns összefüggés a földrajzi eredete és az EBV-pozitív versus katalógusa negatív csoportosulását gyomorrák (Fisher-teszt p = 0,9), ami arra utal, hogy a földrajzi eredet nem a fő hajtóereje a hierarchikus klaszterezés.
Alja 1. ábra is eloszlását mutatja az EBV-fertőzött versus katalógusa EBV-negatív gyomorrák által minősített aránya rosszindulatú sejtek viszi be az expressziós profil vizsgálattal. Nem volt szignifikáns összefüggés a aránya a rosszindulatú sejtek és az EBV-fertőzött versus
EBV-negatív csoportok gyomorrák. Meglepő módon, a rákos szövet alacsony malignus sejt tartalom nem preferenciálisan klaszter a nem malignus gyomor szövetekben. Rák alacsony malignus sejt tartalommal (1-25% rosszindulatú sejtek) osztottunk különböző szegmenseire hőtérkép együtt rák közepes (26-50%) vagy magas (> 50%) a rosszindulatú sejtek tartalommal (Fisher exact teszt p = 0,5), ami arra utal, hogy az általános transcriptome jellemzői meghaladják a tumorsejtek aránya, mint a vezető hierarchikus klaszterezés. katalógusa Szem előtt tartva, hogy a lymphoepithelioma-szerű méhnyakrák ebben a vizsgálatban gazdag limfoid stroma, mint sok EBV-fertőzött gyomorrák figyelemre méltó, hogy ez a két osztály a rák csoportosulnak egymástól elkülönítve, és is elért ésszerűen jó elválasztást a szomszédos nem rosszindulatú nyálkahártyáját. A legtöbb gén a panel, jelentős átfedés szintjüket betegség típusok. Bár a profilok informatívabb és meggyőzőbb, mint az egyes átirat eredmények, van némi átfedés a profilokat is, jelezve, hogy a profil vizsgálat eredményeit összefüggésben lehet szövettani jellemzői annak érdekében, hogy pontosan minősíteni egy szövet jóindulatú vagy rosszindulatú. Katalógusa Farmakogenetikai előrejelző és druggable célok
EBV fertőzés önmagában minősül megtámadható cél, legalábbis a 14/108 (13%) fertőzött gyomorrák azonosítottunk. Ez a vizsgálat azt mutatja, hogy új módon azonosítani vírussal fertőzött rákok RNS profilalkotás paraffin úgy, hogy az prognosztikai és prediktív információkat is figyelembe lehessen venni a beteg kezelési döntésekben. Cellular tényezők farmakogenetikai potenciállal rendelkező HIF útvonal, SPARC, TYMS, FCGR2B, MET, katalógusa és az ErbB2 (HER2) hotelben. (Lásd Figure5). Összehasonlítva a gyomor rák, méhnyakrák általában magasabb szintjeit HIF1A katalógusa jelezve hipoxia válasz, bár egyaránt magas szintje nem malignus nyaki nyálkahártya emelni a lehetőségét, ex vivo katalógusa stimulálása Ez az oxigén-érzékelő tényező. További vizsgálatok szükségesek elõrejelzésekben in vivo katalógusa upreguláció hogy indokolná mérlegelését angiogenezis inhibitorok. 5. ábra Néhány gyomorrák jelentős zavara tényezők ígéretesnek mutatkozik a farmakogenetikai előrejelzője. Box parcellák bizonyítják expresszióját kiválasztott farmakogenetikai célokat fertőzött, illetve nem fertőzött gyomor rák, valamint a nem-malignus gyomor nyálkahártya és méhnyak histopathologies. Minden pont jelenti az egyén analitikus eredmény a log2 normalizált egység-skálával. Katalógusa Azt megerősítette, hogy a SPARC katalógusa felülszabáiyoződik gyomorrák képest jóindulatú gyomor nyálkahártyáját. Válasz a docetaxel, taxán gyógyszer, amely gátolja a mitotikus orsó szerelvény, állítólag hatással összegét SPARC fehérje expresszió gyomorrákban [52]. Gyomor- és méhnyakrák egyaránt magasabb volt thymydylate szintáz (TYMS) hotelben, mint volt az illető jóindulatú nyálkahártya társaik. Nagy TYMS katalógusa szinten állítólag hozzájárul rezisztenssé 5FU kombinációs terápia [53].
Néhány gyomorrák volt rendkívül magas szintű az Fc-receptor, FCGR2B katalógusa, amely befolyásolhatja a kábítószer internalizáció és farmakodinámiáját terápiás antitestek mint a cetuximab in vivo. katalógusa Négy gyomorrák erősen kifejezett MET, katalógusa, és további nyolc esetben erősen túlzott mértékben kifejezve ERBB2 (HER2) hotelben, felveti azt a lehetőséget, hogy ez a vizsgálat sem tudta megjósolni válasz tirozin-kináz-gátló kezelést.
Megbeszélés
Ez a tanulmány alkalmazott korszerű molekuláris módszerekkel megvizsgálni egy nagy panel emberi és a virális RNS gyomorrákban. Tudomásunk szerint ez a legnagyobb panel virális gén termékek vizsgálni kell összehangoltan emberi RNS archív, paraffinba ágyazott szövetekben. Az EBV-fertőzött altípusát gyomorrák drámaian nyilvánvaló a megfelelő hő térkép által létrehozott felügyelet nélkül clustering, és az EBV-fertőzés igazoltuk magas EBV DNS vírusterhelést ezekben a szövetekben. Expression kiválasztott vírus és az emberi gének rákos megerősítette számos ismert vírus és a rákkal kapcsolatos hatások, valamint kiderült, újszerű eredmények, amelyek rávilágítanak patogenezisének és a lehetséges betegség kezelési stratégiákat.
Meglepő módon a fertőzött gyomorrák túlzott mértékben mind a 18, a látens és litikus EBV gének vizsgáltunk. Felfedeztük a magas BRLF1 katalógusa RNS (kódoló azonnali korai virális fehérje kiváltó litikus replikációs összehangoltan BZLF1) és mérsékelten magas szintű BXLF1 katalógusa (a virális timidin-kináz, amely átalakítja penicyclovir a toxikus formában, ami arra utal, egy olyan mechanizmust, a terápia) [54]. BLLF1
(kódoló késői virális burok fehérje gp350 /220) fejeztük ki mérsékelt szinten voltak mindazonáltal lényegesen magasabb, mint a nem-malignus nyálkahártya, ami arra utal, hogy az EBV litikus fertőzés nem abortív, hanem inkább képes előállítani a késői virális burok fehérje gp350 /220. Között a látens gének EBNA1 katalógusa a Q promoter, EBNA-LP, és EBNA3C katalógusa átiratok legelterjedtebb. EBNA2 katalógusa volt fokálisan észlelt alacsony szintű, de még mindig jelentős mértékben fertőzött, mint nem fertőzött gyomorrák. Előzetes hisztokémiai munka általában nem tárt fel fehérje-szintű expressziója a EBNAs vagy litikus virális gén termékek, így további munkára van szükség, hogy megtanulják, ha ezek a vírus kódoló RNS-ek lokalizálódik rosszindulatú sejtek, limfociták, vagy esetleg akár exoszómák vagy virionok az extracelluláris miliő.
összehasonlítva a nem fertőzött rákok, a fertőzött rákok volt szignifikáns túlszabályzását kilenc celluláris faktorok (FCER2, MS4A1 (CD20), PLUNC, TNFSF9, TRAF1, CXCL11, IFITM1, PPARg katalógusa, és FCRL3 katalógusa), utalva arra, hogy az EBV nem egy ártatlan szemlélő tekintetében biokémiai hatást. A vírus okozta változásokat találtunk: az utak ismert vírus onkológusok, nevezetesen NFKB és Notch (FCER2, TRAF1, PPARg katalógusa) és nyálkahártya immunválasz (PLUNC, TNFSF9, CXCL11, IFITM1, FCRL3 katalógusa). MS4A1 (CD20) B-sejt-specifikus, emlékeztetve minket, hogy néhány olyan tényező, fokozódik az EBV-fertőzött, mint a nem fertőzött gyomorrák eredhetnek stroma elemek helyett a rosszindulatú hámsejtek. PLUNC
korábban le, mint egy tumormarker gyomor- és orr-garat karcinómák, és ez kódol egy szekretált fehérje részt vesz a természetes immunválasz [55-57]. TNFSF9, egy citokin, a tumor nekrózis faktor család, serkenti a T-sejt-aktiválást, és kiváltja IFNg termelést, ami viszont indukálja az proinflammatorikus kemokin CXCL11, és a veleszületett vírusellenes faktort IFITM1. PPARg olyan, mint a nukleáris receptor szabályozására glükóz metabolizmusát, és a mikrotubulusok hálózatok, és ez egy ígéretes célpontot gátló gyógyszerek [58]. A FCRL3
immunválasz gén mutált autoimmun betegségek, mint a reumás ízületi gyulladás, lupus, és Grave-betegség.
Eredményeink munkájának támogatására Lee és munkatársai
aki talált különböző emberi expressziós mintázatok fertőzött versus
fertőzetlen gyomor rákos megbetegedések [10]. Bár a tanulmány célzott fehérje és a miénk célzott RNS, eredményeink egyeztetett övék 4 az 5 tényezők közös a két vizsgálat között (BCL2, PTEN, Cdh1, PTGS2 katalógusa). Volt potenciális ellentmondás az ErbB2
hogy szignifikánsan kevésbé gyakran kifejezve fertőzött összehasonlítva fertőzetlen gyomor rák, amikor teszteltük a protein szinten [10], mivel a jelenlegi tanulmány nem mutatott szignifikáns különbséget jelent az RNS-transzkriptum szintjén. A zavaró tényezők közé tartoznak 1) az aránya a jelen lévő daganatsejtek a példányok értékelték, 2) különböző kritériumok kategorizálásához expressziós státus, és 3) az RNS versus célfehérjék.
Általában a tömb technológia, amelyet ebben a vizsgálatban alkalmazott dolgozott méltóan valamint a termelő RNS profilok, amelyek hihető értelmében megkülönböztető ismert jóindulatú versus katalógusa rosszindulatú és gyomorfekély ellen katalógusa nyaki histopathologies. Továbbá együttes expressziója analitok ugyanaz az útvonal vagy ugyanaz fertőző ágens van értelme egy patobiológiája és virológiai szempontból. Érdekes, hogy mind a nyaki szövetek egy csoportban, és a jóindulatú és rosszindulatú méhnyakelváltozás nagyrészt elkülönítették, bár a Gastrogenus v1 ™ teszt panel nem volt kifejezetten célja, hogy ezeket a végpontok. Hiánya több együtt fejeződik EBV mRNS nyaki szövetekben megerősített, amit tudott a EBV-negativitás a gold standard EBER in situ hibridizáció katalógusa vizsgálattal.
A hét gének szignifikánsan kifejezettebb gyomorrákban (függetlenül a fertőzési állapot) képest lymphoepithelioma-szerű méhnyakrák, négy korábban jelentett gyomorrák markerek (CLDN18, REG4, OLFM4, CDH17 katalógusa) [55, 59-63]. Két másik (EpCAM hámsejt-specifikus transz-membrán glikoprotein, és PPARg kemokin), valamint a REG4, felmérés folyik a célzott rákterápia [64-66]. Az utolsó hét, BBC3 (más néven p53 felülszabályozott modulátor az apoptózis, vagy PUMA) állítólag fokozódik az EBV LMP2A uralkodott az EBV miR-BART5 sejtvonalba modellek [67, 68], ami arra utal, hogy ez a BCL2 család tag szorosan szabályozza a vírus.
az egyik a két RNS hogy szignifikánsan magasabb volt a nyaki képest gyomorrák volt IFITM1 katalógusa, amely akkor visszahívás úgy találták, hogy túlzott mértékben fertőzött, mint a nem fertőzött gyomorrák. További munkára van szükség, hogy vizsgálja meg, ha a méhnyakrákot (feltehetően a humán papillomavírus-fertőzött) és az EBV-fertőzött gyomorrák közös vírussal kapcsolatos mechanizmus túltermelése ez veleszületett immunválasz tényező. A másik gén jelentősen túltermelõdik nyaki képest gyomorrákos volt HIF1A katalógusa, amelynek expressziója járt, hogy a négy alsóbb angiogenezis közvetítők a panel (VEGFA, SLC2A1, SLC2A3 katalógusa és EPAS1 katalógusa), amint azt a pozitív Pearson korrelációs koefficiensek (az adatokat nem mutatjuk). Ha megerősítette, hogy működőképes legyen az in vivo katalógusa HIF útvonal stimuláció azt jelenti, hogy az angiogenezis inhibitorok érdemes vizsgálni. Katalógusa jóindulatú versus katalógusa rosszindulatú gyomor szövetek hajlamosak klaszter külön a hőtérkép, néhány kivételtől eltekintve. Mező hatás [69] vagy exosomal átadása tényezők szomszédos régióiban a helyi környezet [70, 71] megmagyarázhatja, hogy miért bizonyos rákbetegségek és a környező szövetekben reaktív volt hasonló profillal. Míg macrodissection alkalmaztunk óvatosan válassza jóindulatú daganatos elváltozások, nem zárhatjuk ki azt az okkult malignitás közreműködőként rendellenes csoportosítás.
A 19 gén jelentősen fokozódik gyomorrák képest szomszédos, nem rosszindulatú gyomor nyálkahártya, a legtöbb korábban jelentett gyomorrák specifikus markerek [72-76], és most megerősítik, hogy a termelés serkentése kimutatható archivált paraffinba ágyazott szövet. Az alacsonyabb szintű GAST katalógusa (gasztrin) RNS a rákos szövetekben segíthet megmagyarázni az egyidejű elvesztésével gasztrinre jelző tényező CHGA katalógusa (chromogranin). Legkövetkezetesebben downregulált tényező a gyomorrák ellen katalógusa szomszédos jóindulatú nyálkahártya a tumor szuppresszor gén Cdh1 (E-cadherin) hotelben utal vagy 1) Cdh1 katalógusa promoter hipermetilációt [77], 2) a ritka mutációi Cdh1
társított öröklődő hajlam a gyomorrák [78], vagy 3) alulszabályozása Cdh1 katalógusa EBV LMP1 leírtak sejtvonal modellek [79].
LMP1 korábban leírták, hogy hiányzik a fertőzött gyomorrák kivéve a ritka esetekben [50, 51, 80, 81]. Ezért meglepő, hogy Nanostring nCounter tömb profiling azt mutatta, következetes jóllehet alacsony szintű expressziója LMP1 katalógusa RNS együtt gyakorlatilag az összes többi EBV RNS, amelyeket teszteltünk, a fertőzött gyomor rák. Koordinált együttes expressziója több virális gént úgy érvel, hogy a kifejezés igaz pozitív. A microarray eredmények felvetik annak a lehetőségét, hogy a virális RNS-ek észleltünk nem fehérjéket kódoló vagy, hogy a fehérjék 1) csak átmenetileg expresszálódik, 2) gyorsan lebomlik, 3) lokalizálódik ritka sejtek, amelyek azonnal felismerik és megsemmisítik az immunrendszer, vagy 4) jelen ilyen alacsony szinten, hogy a hagyományos vizsgálatok túl érzéketlenek felismerni őket [82]. A nCounter tesztrendszer gyártó állítása analitikus érzékenység megegyezik a rtPCR [43]. Katalógusa Míg a legtöbb vírus gének fejeztük szinte kizárólag a fertőzött gyomorrák kohorsz EBER1 katalógusa és EBER2 katalógusa voltak általánosan kifejezve mindegyik a jóindulatú és rosszindulatú gyomor- és nyaki kohorsz, bár sokkal alacsonyabb szinten, mint volt látható az egyes EBV-fertőzött gyomor rák. Valóban, a tanulmány feltárta újszerű módon azonosítani az EBV-fertőzött gyomorrák mérésével EBER1 katalógusa és /vagy EBER2 katalógusa RNS levéltári szövetben, és azt javasolta, hogy a küszöbértékeket sikeresen megkülönböztetni fertőzött nem fertőzött gyomorrák. Katalógusa támogatása, aktív vírus fertőzés fertőzött gyomorrákos betegek származik szerológiai bizonyítékot nagyobb titer kapszid antigén képest EBV-negatív gyomorrákos betegek és jóindulatú ellenőrzések [83]. Alacsony szintű lítikus fertőzés korábban leírt nyálkahártya limfoid sejtekben [31, 82, 84], valamint a fertőzött gyomornyálkahártya sejtvonalak [85]. BARF1 ismert, hogy kell kifejezni gyomorrák, ahol azt javasolják, hogy jár, mint egy látens, nem pedig egy lítikus tényező [50, 51]. Használata érzékeny rtPCR technológia, többszörös EBV litikus transzkriptumok detektáltuk Luo és munkatársai a gyomorrák szövetekben [50].

• Jellemzői Epstein-Barr vírus variánsok kapcsolódó gyomorrák Dél Tunisia
• Genetikai vonalból differenciálatlan típusú gyomor carcinoma elemeztük felügyelet nélkül klaszterezése genomi DNS microarray data