Epstein-Barrin virus tartunnan mahalaukun adenokarsinooman ilmaisee piilevä ja lyyttisiä viruksen transkriptien ja siinä on selkeä ihmisen geenin ilmentymisen profile

Epstein-Barrin virus tartunnan mahalaukun adenokarsinooman ilmaisee piilevä ja lyyttisiä viruksen transkriptien ja siinä on selkeä ihmisen geeniekspressioprofiili
Abstract
tausta
EBV-DNA: ta tavataan pahanlaatuisia soluja 10% mahan syövistä. Nykyaikainen molekyyli teknologia helpottaa tunnistamista virus liittyviä biokemiallisia vaikutuksia, jotka voisivat auttaa varhaisen diagnoosin ja sairauden hallintaan. Tool Menetelmät
Tässä tutkimuksessa RNA ilmentymisen profilointi tehtiin 326 macrodissected parafinoidut kudoksiin, myös 204 syöpien ja, kun käytettävissä, viereisen ei-pahanlaatuisen limakalvolle. Nanostring NCounter antureista suunnattu 96-RNA: t (20 virus-, 73 ihmisen, ja 3 piikki RNA: t).
Tulokset
182 kudoksissa riittävät taloudenhoitaja RNA: t, erilliset profiilit löydettiin tartunnan versus
infektoitumattomien syöpiä ja pahanlaatuiset versus
vieressä hyvänlaatuinen limakalvoa. EBV-tartunnan mahasyövistä ilmaisi lähes kaikki 18 piilevä ja lyyttinen EBV RNA: iden testipaneelin. Tasot EBER1
ja EBER2
RNA olivat korkeimmat ja olivat suhteessa määrään EBV genomien mitattuna Q-PCR. Niistä proteiinia koodaavan EBV RNA: t, EBNA1 myynnissä maassa Q-promoottorin ja BRLF1
olivat erittäin ilmaistaan ​​samalla EB- NA2
tasot olivat alhaiset positiivisia vain 6/14 tartunnan syöpiä. Samanaikainen säätelyä solutekijöiden tarkoittaa, että virus ei ole viaton sivustakatsoja vaan liittyy NFKB signalointia (FCER2, TRAF1
) ja immuunivasteen (TNFSF9, CXCL11, IFITM1, FCRL3, MS4A1 ja PLUNC) B, jossa PPARg
ilmaisu syytetään muuttaa solun aineenvaihduntaan. Verrattuna viereisiin ei-pahanlaatuisen limakalvon, syöpien jatkuvasti ilmaissut INHBA, SPP1, THY1, SERPINH1, CXCL1, FSCN1, PTGS2 (COX2), BBC3, ICAM1, TNFSF9, SULF1, SLC2A1, TYMS
, kolme kollageenien, soluproliferaatioon markkereita MYC
ja PCNA
, ja EBV BLLF1
kun he puuttui CDH1 (E-kadheriinin), CLDN18
, PTEN, SDC1
(CD138), GAST
(gastriini) ja sen alavirtavaikuttajainhibiittorit cHga
(kromograniinilla). Verrattuna lymphoepithelioma kaltainen karsinooma kohdunkaulan, maha- syövät ilmaistuna CLDN18, EPCAM, REG4, BBC3, OLFM4, PPARg
, ja CDH17
kun he olivat pienentyneet tasot IFITM1
ja HF1A
. Druggable tavoitteet erbB2 (Her2), MET, ja HIF-reitin, sekä useita muita mahdollisia farmakogeneettisten indikaattoreita (mukaan lukien EBV-infektio itse, samoin kuin SPARC, TYMS, FCGR2B
ja REG4
) havaittiin joissakin kasvain näytteet.
Päätelmät
Tämä tutkimus osoittaa, miten nykyaikaisen molekyyli teknologia sovellettu arkistointia kiinteiden kudosten sadot novel oivalluksia virusperäisen syövän synnyn, jotka voisivat olla hyödyllisiä hallinnassa vaikutti potilailla.
avainsanat
Mahalaukun adenokarsinooma Epstein-Barrin virus RNA mentymisprofiili stromasoluja Farmakogeneettisellä testi Background
Mahalaukun syöpä on toiseksi suurin syy globaalin syöpäkuolleisuudessa lähes miljoona uutta tapausta vuodessa [1, 2]. Noin kymmenen prosenttia mahalaukun adenokarsinooman ovat Epstein-Barrin virus (EBV) tartunnan, ja EBV on luokan 1 kasvaimia synnyttävän taudinaiheuttajan Maailman terveysjärjestön [3-6]. Esiintyvyys nousee niille syöpiä läheisimmän segmentin mahalaukun (cardia, corpus) jossa EBV on useammin mukana [7-14].
Viimeaikaiset tiedot National Cancer Instituten syöpää valvontaohjelman esittää huolestuttava nousu mahasyövän esiintyvyys nuorten aikuisten keskuudessa Yhdysvalloissa [7, 8, 15]. Kehittyvät täsmähoitoihin tekee sitäkin tärkeämpää tunnistaa tartunnan syöpien ja luonnehtia biokemialliset vikoja, kuten erbB2 yliekspressio, joka kasvattaa todennäköisyyttä vasteen trastutsumabille metastasoituneen mahalaukun syöpäpotilailla [16-18]. EBV-tartunnan verrattuna terveille mahalaukun syöpä on suotuisa ennuste [19], ja kliiniset tutkimukset ovat alkaneet tutkia viruksen täsmähoitoihin kuten 1) infusoitiin EBV-spesifisten sytotoksisten T-solujen tai NK-solujen [20-23], 2) käännetään EBV liittyvä methylator fenotyyppi [24], 3) liipaisu lyyttiset virusreplikaation että voisi yllyttää elimistön luontainen ja mukautuva immuunivaste tappaa tartunnan kasvainsolujen [25-33], ja 4) lyyttiset induktiohoitona kanssa annetaan nukleosidi- analoginen kuten gansikloviiri, joka on fosforyloitu ja siten aktivoida virus kinaasit edistämällä sytotoksisuus [34-41].
Kliiniset tutkimukset tutkii tehoa täsmähoitoihin hyötyisi laboratorio määrityksiä, jotka auttavat tunnistamaan ehdokkaita todennäköisesti vastata, ja voivat hyötyä laboratorio määritykset, jotka merkitsevät vaikutus väliintulon aiotusta biokemiallisia reittejä. Nykyaikainen molekyyli teknologia mahdollistaa nyt kliinisen-luokan analysoidaan eri asiaa analyyttien kautta RNA ilmaisun profilointi [42]. Laitevalmistajat ovat tuottaneet herkkä, erityiset ja muokattavissa koetinmatriiseja mittaamaan samanaikaisesti useita RNA: t, mukaan lukien ei-koodaavat RNA: t, kuten EBV-koodattu RNA 1 tai 2, joita ilmentyy runsaana tartunnan kasvaimia. Viimeaikainen edistyminen Laadunvarmistusstrategioiden ovat kypsyneet siihen pisteeseen, että RNA ekspressioprofiileja toteutetaan kliinisen laboratorion asetuksista [42].
Ollakseen käytännöllinen kliinisissä yhteyksissä, määritys on voitava soveltaa rutiininomaisesti kerätyt näytteet kuten arkistointia, parafiinia -Embedded kudos [42]. Nykyisessä tutkimuksessa mittasimme virus- ja ihmisen geenien ilmentymiseen arkistointia syöpien ja viereisissä limakalvon ja valvontaa kehittää testi järjestelmiä, joita voidaan käyttää luotettavasti luonnehtia allekirjoituksia ennustavat vastaus täsmähoitoihin. 96-RNA array testausjärjestelmän että me kopioida Gastrogenus v1 ™ paneeli räätälöitiin mittaamaan asiaankuuluvat piileviä ja lyyttisiä virus-RNA: iden rinnalla kliinisesti merkittäviä ihmisen mRNA: iden, jotka olivat aiemmin raportoitu olevan 1) mahasyöpä erityinen, 2) osoitus tulehdus, ja /tai 3) ennustavat vastaus erityisiä lääkitys. Näissä määrityksissä sekä teräviä ja endogeeninen kontrolli-RNA: t, mitattiin macrodissected parafiinileikkeet käyttäen Nanostring NCounter testausjärjestelmän [43-45]. Vastaavaa histologiset ja molekyylitason tutkimukset tehtiin osoittamaan, että testijärjestelmä suoritetaan odotetusti. Tuloksemme osoittavat, että EBV liittyvien syöpien ilmaista enemmän piileviä ja lyyttisiä selostukset kuin aiemmin tunnustettu, ja että tartunnan syövät ovat ainutlaatuisia biologinen ominaisuuksia verrattuna infektoimattomaan syöpiä. Kaksi suurta alatyyppejä syöpä todettiin, mikä tarkoittaa, että mahasyövän varhaisen havaitsemisen strategioita tai valvontaa testejä voitaisiin räätälöidä havaitsemaan asiaa allekirjoitukset ominaisia ​​suurten molekyylien alatyyppejä. Lopuksi, pilottidata paljastaa ilmentymisen on valittu virus- ja syöpään liittyvien geenien vieressä olevaan ei-pahanlaatuisen limakalvon, mikä viittaa siihen, kentän vaikutus, joka voisi olla tärkeää syövän kehittymiseen tai sen ylläpitämiseen.
Tulokset
geeniekspressioprofilointi suoritettiin yhteensä 326 kudoksissa, kuten 187 syöpien, 17 lymphoepithelioma kaltainen kohdunkaulan syöpiä, ja 118 Hyväksytty hyvänlaatuisen limakalvoa samasta kirurgisen (jos saatavilla). Kun tietoja normalisointi, lämpöä kartta 182 kudosten jolla parasta laatua RNA, arvioituna korkein keskimääräinen taso neljä taloudenhoito RNA: iden, paljasti malleja geenien ilmentymisen, jotka erosivat mahalaukun verrattuna
kohdunkaulan kontrollisilkkipaperia. Lisäksi sekä maha- ja kohdunkaulan klustereita, pahanlaatuiset ja ei-pahanlaatuiset kudosten taipumus kasaantua yhteen, tukevat kyky NCounter testausjärjestelmän mitata kliinisesti tärkeitä biologisia ominaisuuksia. (Katso Kuva 1..) Kuva 1 Expression profiilit 182 kudosten 20 virus- geenien ja 73 ihmisen geenien. Lämpöä kartta näyttää ilman valvontaa hierarkkinen klusterointi kunkin kudoksen erillisessä sarakkeessa, ja kukin RNA erillisessä rivissä. Tiedot on mediaani-keskitetty punaisella osoittaa suhteellisen yli-ilmentymisen ja vihreä ilmaisee suhteellinen ali-ilmentyminen kunkin geenin. Vastaavaa tietoa kartan yläpuolella osoittaa histopatologisia luokitus edelleen alaluokkiin mahalaukun syövän kohortti osaksi 14 EBV-tartunnan ja 104 EBV negatiivinen syöpien perustuu EBV DNA tasoilla. Kartan alapuolella, kukin mahalaukun syöpä on luokiteltu osuus pahanlaatuisten solujen ja maantieteellisen alkuperän kussakin kudoksessa on esitetty.
Yksi ryhmä mahakarsinoomat yli-ilmentyy lähes kaikki EBV-RNA: iden. Sen määrittämiseksi, mitkä mahasyövistä olisi nimettävä EBV-tartunnan, 71 kudokset, jolla on korkein taso EBER1
ja EBER2
RNA Nanostring NCounter array tutkittiin edelleen EBV genomin tasolla samassa kudoksen Q- PCR. Oli lineaarinen suhde määrää EBER1
ja EBER2
RNA: n ja määrä EBV-genomin. (Katso Figure2.) Meidän aiemmin vahvistettu raja [46] tasoa varten EBV genomin vastaa lokalisointi viruksen pahanlaatuisia soluja johti 14 syöpiä on sijoitettu EBV-tartunnan luokkaan. Loput mahasyövistä kutsuttiin EBV-negatiivisia, ja niiden joukossa korkeimmat RNA-tasot olivat 174016 varten EBER1
ja 27972 varten EBER2
. Sen sijaan joukossa EBV-tartunnan mahasyövistä alimman EBER1
taso oli 263589 ja alin EBER2
taso oli 140081. Ehdotettu cutoffs tunnistamiseen kudoksen kuin EBV-tartunnan esitetään Figure2. Kuvio 2 EBV-koodattu RNA-tasot ovat korkeita tartunnan mahasyövän ja ovat oikeassa suhteessa EBV genomin tasolla. A. Rasiakuvaajat of EBER1
ja EBER2
hyvänlaatuisia ja pahanlaatuisia kudokset paljastavat, että EBV-tartunnan mahasyövän on huomattavasti korkeampi EBER1
ja EBER2
ei-koodaavat RNA: t kuin tehdä infektoimaton syöpiä ja ohjaus kudoksiin. Ehdotettu kynnysarvot EBER1
tai EBER2
näkyvät yli jonka mahasyövän voitaisiin luotettavasti nimetään EBV-tartunnan. Jokainen piste edustaa yksittäisen testituloksen on log2 normalisoitu yksikkö (NU) mittakaavassa. B. Parittainen vertailu EBER1
ja EBER2
RNA-pitoisuutta Nanostring NCounter array ja EBV-DNA-virusten kuorman Q-PCR: llä paljastaa lineaarisen tasojen kunkin näiden analyyttien. Pearsonin korrelaatiokertoimet (P > 0,86) on esitetty. Aiemmin validoitu tason EBV-DNA viruskuorman näytetään, jonka jälkeen Eber
oli aina lokalisoitu pahanlaatuisten solujen eber in situ
-hybridisaatio (kynnys 10558 EBV genomien per 100000 solua, mikä vastaa 13,37 tästä log2 mittakaavassa ) [46]. Ehdotettu cutoffs RNA tasot on merkitty sekä EBER1
(200000 NU, tai 17,61 tästä log 2 asteikko) ja EBER2
(100000 NU, tai 16,61 tästä log2 mittakaavassa). Yksi harha on ei-pahanlaatuinen mahalaukun limakalvon, joka sijaitsee lähellä EBV-tartunnan mahasyövän, ja tämä limakalvo oli EBV-DNA kuormaa vastaava kuin tartunnan syövät, mutta se olisi oikein jätetty EBV-tartunnan syöpä , jos toinen EBER1
tai EBER2
RNA-tasot käytettiin, tai jos histologia käytettiin, seulontaan EBV liittyvien maligniteetti.
Genes yliekspressoituvat EBV-tartunnan versus EBV-negatiivinen mahasyövän
Kaksikymmentä kahdeksan geenejä merkittävästi ilmennetty eri EBV-tartunnan syövät verrattuna EBV negatiivinen syöpien (p < 0,05). Mielenkiintoista, kaikki 28 oli voimistunut sijaan vaimentua tartunta syöpiä, ja tämä puolueellisuus selittyy ainakin osittain valikoimaan myönteinen eikä kielteinen infektiomarkkereiden valittaessa RNA: t voidaan profiloida tätä tutkimusta. Yksilöllisten tahansa vaimentua geenien oli vielä yllättävää, koska raporttien mukaan EBV liittyy CpG-saarekkeen methylator fenotyyppi ja lisäksi virus voi horjuttaa solun mRNA: iden maailmanlaajuisesti [47].
Joukossa geenien merkittävästi yläreguloituja tartunnan syövät olivat kaikki 18 EBV RNA: t testattiin sekä sytomegalovirus pp65 (UL83). Sytomegaloviruksen pp65 (UL83) tulos on todennäköisesti väärä positiivinen (epäillään koetin ristihybridisaation), mistä on osoituksena puuttuminen toisen lyyttisten RNA, sytomegalovirus pol (UL54), että EBV-tartunnan syöpiä. Lisäksi UL83 mutta ei UL54 on ilmaistu EBV-tartunnan, mutta ei EBV-negatiivinen solulinja valvonta (data ei ole esitetty). Toinen mahdollinen selitys vääriä positiivisia viruksen RNA ilme on koetin ristireaktiivisuus kanssa virus-DNA. Yhdeksän ihmisen RNA: t olivat merkittävästi yläreguloituja EBV-tartunnan verrattuna EBV negatiivinen mahasyövistä: FCER2, MS4A1 (CD20), PLUNC, TNFSF9, TRAF1, CXCL11, IFITM1, PPARg
, ja FCRL3
. (Katso Kuva 3). Kuvio 3 Useita ihmisen RNA: t ovat yli-ilmentynyt EBV-tartunnan mahasyövän verrattuna EBV-negatiivisen syövän. Rasiakuvaajien osoittaa ihmisen RNA: t tasot tartunnan verrattuna terveille syöpien ja tarkastuksia, jotka sisältävät lymphoepithelioma kaltaiset kohdunkaulan syöpä, kohdunkaulan limakalvon, ja hyvänlaatuiset ruoansulatuskanavan limakalvolla. Jokainen piste edustaa yksittäisen testituloksen on log2 normalisoitu yksikkömitan.
Geenit ilmentyvät differentiaalisesti mahasyövän verrattuna ei-pahanlaatuinen ruuansulatuskanavan limakalvoille
Kaksikymmentä kuusi geeniä merkittävästi väärin säädellystä mahasyövän verrattuna ei-pahanlaatuisia mahalaukun limakalvon ( p < 0,05). Ihmisen RNA: t yläreguloituja mahasyövässä olivat INHBA, SPP1, THY1, SERPINH1, CXCL1, FSCN1, COL1A1, SPARC, COL1A2, PTGS2 (COX2), BBC3, ICAM1, TNFSF9, MYC, SULF1, SLC2A1, COL3A1, PCNA ja TYMS
, kun taas vaimentua RNA: t olivat CDH1 (E-kadheriinin), CLDN18
, cHga
(kromograniinilla), PTEN, SDC1
(CD138) ja GAST
(gastriini). Ainoa virus tekijä, joka on ilmennetty eri oli BLLF1
joka oli huomattavasti korkeampi syövän kuin hyvänlaatuisen mahalaukun limakalvon (p = 0,004). BLLF1
koodaa myöhään virusvaippaproteiinia gp350 /220, viittaa siihen, että virionien ovat huomattavasti yleisempiä syöpään kuin hyvänlaatuisen mahalaukun kudosta. BLLF1
ei ollut erityinen mahasyövän, mutta koska se oli myös ilmaistu joissakin hyvän- ja pahanlaatuisia kohdunkaulan kudoksissa, samoin.
Genes liittyy mahasyöpä verrattuna lymphoepithelioma kaltainen kohdunkaulan syövän
Yhdeksän geenejä merkitsevästi väärin säädellystä mahasyövän verrattuna lymphoepithelioma kaltainen kohdunkaulan syöpä (p < 0,05). Seitsemän RNA: t yläreguloituja mahasyövässä olivat CLDN18, EPCAM, REG4, BBC3, OLFM4, PPARg
, ja CDH17
, kun taas kaksi vaimentua geenit olivat IFITM1
ja HF1A
.
Patterns of piilevä ja lyyttistä virus- geenien ilmentymiseen EBV-tartunnan mahasyövistä
14 EBV-tartunnan mahasyövistä tässä tutkimuksessa johdonmukaisesti ekspressoidaan lähes kaikki EBV piilevä ja lyyttisiä geenejä, mikä on hieman yllättävää, sillä ennen kirjallisuus kuvaa hieman rajoitettu latenssi kuvio [48-51]. On mahdollista, että Nanostring NCounter analyyttinen tekniikka on herkempi kuin perinteisiä menetelmiä havaita.
Eniten ilmaistuna virus-RNA: ta EBER1
keskimäärin yli 1000000 normalisoitu yksikköä EBV-tartunnan syöpäkudoksessa, minkä jälkeen EBER2
, BRLF1
ja EBNA1 myynnissä maassa Q promoottori. EB- NA2
oli vähintään ilmaistaan ​​viruksen RNA: n keskimääräinen ilmentyminen vain 10 normalisoitu yksikköä per infektoituneen kudoksen ja EB- NA2
oli täysin poissa 8 14 tartunnan syöpien. Patterns viruksen geenien ilmentymisen on kuvattu Figure4. Kuva 4 Piilevä ja lyyttisiä EBV-geenejä koekspressoitu mahasyövän. Osa lämmöstä kartan Kaavio 1 näytetään korkean kontrastin tulkita suhteelliset ekspressiotasot EBV geenien 14 EBV-tartunnan syöpien ja ympäröivä yksilöitä. Kaikki kudokset ovat syöpien paitsi yhden ei-pahanlaatuisia mahalaukun limakalvon, näkyy harmaana, leikeltiin samasta parafiiniblokkiin kuin EBV-tartunnan mahasyövän. Mean ilmentymisen taso kunkin RNA: n EBV-tartunnan mahasyövän kohortti on osoitettu oikealle kunkin geenin symbolin.
Maantieteellinen alkuperä ja kasvainsolun osuus ei ensisijaisesti liittyy EBV asemaan mahasyövän
Alla lämpökartassa in Kaavio 1 on jakelu mahasyövän tapaukset maantieteellisen alkuperän Hondurasista (n = 86), Japani (n = 5), tai Yhdysvalloissa (n = 17). Ei ollut merkittävää yhdistyksen välillä maantieteellisestä alkuperästä ja EBV-positiiviset versus
negatiivinen klusterointi mahasyövistä (Fisherin testiä p = 0,9), mikä viittaa siihen, että maantieteellinen alkuperä ei ole merkittävä tekijä hierarkkinen klusterointi.
Pohja Kuva1 osoittaa myös jakelua EBV-tartunnan versus
EBV-negatiivinen mahasyövistä luokiteltuna osuutta pahanlaatuisten solujen syöttää ilmaisun profilointi määrityksessä. Ei ollut mitään merkittävää assosiaatiota osuus pahanlaatuisten solujen ja EBV-tartunnan versus
EBV-negatiivisten ryhmien mahasyöpä. Yllättäen syöpä kudoksiin alhainen pahanlaatuisten solujen sisältö ei ensisijaisesti klusterin kanssa ei-pahanlaatuinen mahalaukun kudoksiin. Syövät alhainen solujen pahanlaatuista pitoisuus (1 25% pahanlaatuisia soluja) jakautuvat eri segmenttejä lämmön kartalla yhdessä syöpiä keskitason (26 50%) tai korkea (> 50%) solujen pahanlaatuista sisältöä (Fisherin tarkka testi p = 0,5), mikä viittaa siihen, että yleinen transcriptome ominaisuudet ovat suuremmat kuin kasvainsolujen suhteessa kuin kuljettaja hierarkkinen klusterointi.
Pitäen mielessä, että lymphoepithelioma kaltainen kohdunkaulan syöpiä tässä tutkimuksessa olivat rikkaita lymfaattisen strooman, kuten monet EBV-tartunnan mahasyövistä , on huomattavaa, että nämä kaksi luokkaa syövän ryhmitelty erikseen toisistaan ​​ja myös saavuttaa kohtuullisen hyvä erottaminen vieressä olevaan ei-pahanlaatuisen limakalvolle. Useimmille geenit paneelissa, on huomattavia päällekkäisyyksiä huomattavasti koko sairaustyyppien. Vaikka profiilit ovat informatiivisia ja parempi kuin yksittäisiä transkriptio tuloksia, on jonkin verran päällekkäisyyttä profiilien samoin, merkitsee sitä, että profilointi määrityksen tulokset on korreloida histologisen ominaisuuksia jotta voidaan tosiasiallisesti luokitella kudoksen hyvän- tai pahanlaatuinen.
Farmakogeneettisellä ennustajia ja druggable tavoitteet
EBV-infektio itsessään pidetään kannekelpoinen kohde, ainakin 14/108 (13%) tartunnan mahasyövistä tunnistimme. Tämä tutkimus osoittaa uusi tapa tunnistaa viruksen tartunnan syöpiä RNA profilointi parafiinileikkeillä jotta prognostista ja ennakoiva tieto voidaan harkita potilaan johdon päätöksiin. Cellular tekijät farmakogeneettisten mahdollisten kuuluvat HIF reitissä SPARC, TYMS, FCGR2B, MET,
ja erbB2 (Her2)
. (Katso Figure5). Verrattuna syöpien, kohdunkaulasyövän yleensä korkeampi HF1A
osoittaa hypoksiavaste, vaikka yhtä korkealla tasolla kuin pahanlaatuinen kohdunkaulan limakalvon esiin mahdollisuuden ex vivo
stimulaatio tämän happea tunnistava tekijä. Lisäksi tutkimus on tarpeen erottaa teknisten tekijöiden in vivo
ylösajon että vaatisivat huomioon angiogeneesin estäjiä. Kuva 5 Joidenkin syöpien merkittäviä dysregulation tekijöitä, jotka osoittavat lupaavia farmakogeneettisten ennustajia. Rasiakuvaajien osoittaa ilmentymisen valittujen farmakogeneettisen tavoitteiden tartunnan vs. ei-tartunnan saaneet syöpien sekä ei-pahanlaatuisia mahalaukun limakalvon ja kohdunkaulan histopathologies. Jokainen piste edustaa yksittäisen testituloksen on log2 normalisoitu yksikkömitan.
Olemme vahvistaneet, että SPARC
ylössäädellään mahasyövän verrattuna hyvänlaatuinen mahan limakalvoa. Response Dosetakseliin taksaania lääke, joka estää sukkularihmaston kokoonpano, on tiettävästi vaikuttanut määrällä SPARC-proteiinin ilmentymisen mahasyövässä [52]. Mahalaukun ja kohdunkaulan syöpiä molemmilla oli korkeampi thymydylate syntaasi (TYMS) B kuin tekivät niiden hyvänlaatuinen limakalvon kollegansa. Korkea TYMS
tasoilla kuulemma osaltaan kehittynyt resistenssi 5FU yhdistelmähoitoa [53].
Muutama mahasyövistä oli erittäin korkea Fc-reseptorin, FCGR2B
, jotka voivat vaikuttaa lääkkeen sisäistäminen ja farmakodynamiikkaan terapeuttisten vasta-aineiden kuten setuksimabi in vivo.
Neljä mahasyövistä voimakkaasti ilmaisi MET,
ja lisäksi kahdeksassa tapauksessa voimakkaasti yli-ilmentynyt ilmaistaan ​​erbB2 (Her2) B, nostamalla mahdollisuus, että tämä määritys voi ennustaa vastauksena tyrosiinikinaasin estäjä hoitoa.
keskustelu
Tässä tutkimuksessa käytettiin moderni molekyylimenetelmät tutkia suuri paneeli ihmisen ja virus-RNA: t mahasyövän. Tietääksemme tämä on suurin paneeli viruksen geenin tarkastettavien tuotteiden konsertti ihmisen RNA: iden arkistointia, parafiiniin kudoksiin. EBV-tartunnan alatyyppiä mahasyöpä on dramaattisesti ilmeistä vastaava lämpökartassa luoma valvomatta klusterointia, ja EBV-infektio vahvistettiin korkea EBV DNA viruskuormaa näissä kudoksissa. Expression valittujen virus- ja ihmisen geenien syövissä vahvisti useita tunnettuja virus- ja syöpään liittyviä vaikutuksia ja paljasti myös uusia havaintoja, jotka valottavat synnyssä ja mahdollisista tautien hallinta strategioita.
Yllättäen tartunnan mahasyövistä yli-ilmentynyt kaikki 18 piilevä ja lyyttisiä EBV geenejä, jotka testattiin. Havaitsimme korkea BRLF1
RNA (joka koodaa välitön varhainen virusproteiini liipaisu lyyttinen replikointi konsertti BZLF1) ja kohtalaisen korkea BXLF1
(viruksen tymidiinikinaasin joka muuntaa penicyclovir toksiseen muotoon, mikä viittaa mekanismi terapiaan) [54]. BLLF1
(koodaa myöhään viruksen vaippaproteiini gp350 /220) ilmennettiin kohtuullisella tasolla, joka oli kuitenkin merkittävästi suurempi kuin ei-pahanlaatuinen limakalvon, mikä viittaa siihen, että EBV lyyttisen infektio ei ole epäonnistunut, vaan kykenee tuottamaan myöhään viruksen vaippa proteiini gp350 /220. Niistä piilevä geenit, EBNA1 myynnissä maassa Q promoottori, EBNA-LP, ja EBNA3C
transkriptit olivat yleisimpiä. EB- NA2
oli fokaalisesti havaittiin alhaisella tasolla, mutta oli silti merkittävästi korkeampi tartunnan kuin terveillä syöpien. Ennen histokemiallisia työ on yleensä ole paljastanut proteiini-ilmentymiseen EBNAs tai lyyttinen virus- geenin tuotteita, joten lisätoimia tarvitaan oppia, jos nämä viruksen koodaavat RNA: t lokalisoitu pahanlaatuisia soluja, lymfosyyttejä, tai mahdollisesti jopa eksosomeiksi tai virioneja solunulkoisessa miljöö.
verrattuna terveille syöpiin, tartunnan saaneiden syövät ollut merkittävää voimistumista yhdeksän cellular tekijät (FCER2, MS4A1 (CD20), PLUNC, TNFSF9, TRAF1, CXCL11, IFITM1, PPARg
, ja FCRL3
), mikä tarkoittaa, että EBV ei ole viaton sivustakatsoja suhteen biokemiallisia vaikutuksia. Virus liittyvät muutokset löysimme oli väyliä tiedetään virusten onkologit, nimittäin NFKB ja NOTCH signalointia (FCER2, TRAF1, PPARg
) ja limakalvon immuunivasteen (PLUNC, TNFSF9, CXCL11, IFITM1, FCRL3
). MS4A1 (CD20) on B-solu erityinen, muistuttaen, että joitakin tekijöitä yläreguloituja EBV-tartunnan verrattuna terveille mahasyövistä voisivat olla peräisin peruskudoselementeistä pikemmin kuin pahanlaatuiset epiteelisolut. PLUNC
on aiemmin kuvattu tuumorimarkkeri mahalaukun ja nenänielun karsinoomat, ja se koodaa eritettyä proteiinia, joka liittyy synnynnäistä immuunivastetta [55-57]. TNFSF9, sytokiini on tuumorinekroositekijäperheenjäsen, stimuloi T-solujen aktivaation ja laukaisee IFNy tuotantoa, joka puolestaan ​​indusoi tulehdusta edistäviä kemokiinin CXCL11 ja luontaisen antiviraalisen tekijä IFITM1. PPARg on Ydinvoimalaitoksen reseptorin ohjaamiseksi sokeriaineenvaihduntaan ja mikroputkiverkostoa, ja se on lupaava kohde estävien lääkeaineiden [58]. FCRL3
immuunivastetta geeni on mutatoitunut autoimmuunisairauksissa, kuten nivelreumassa, lupus, ja Graven tauti.
Tulosten työn tukemiseksi Lee et al
joka löytyi selvä ihmisilmaisun kuvioita tartunnan versus
infektoimattomat mahasyövistä [10]. Vaikka niiden tutkimus kohdennettuja proteiini ja meidän kohdennettu RNA, meidän havainnot sopinut omansa 4 5 tekijöiden yhteistä kahden tutkimukset (BCL2, PTEN, CDH1, PTGS2
). Oli mahdollinen ristiriita ErbB2
että merkitsevästi harvemmin ilmaistu tartunnan verrattuna terveille mahasyövistä testattaessa proteiinitasolla [10], kun taas nykyinen tutkimus osoitti mitään merkittävää eroa RNA-transkriptin tasolla. Sekoittavat tekijät ovat 1) osuus kasvainsolujen läsnä näytteet arvioitiin, 2) eri kriteerejä luokittelussa ilmentymistilanne, ja 3) RNA versus proteeinikohteet.
Yleensä array tekniikka, jota käytettiin tässä tutkimuksessa toiminut erittäin hyvin tuottaa RNA profiileja, jotka olivat uskottavia nojalla erottava tunnetaan hyvän- vai
pahanlaatuisia ja mahalaukun versus
kohdunkaulan histopathologies. Lisäksi koekspressio analyyttien samaa reittiä tai samat taudinaiheuttajan järkevää peräisin patobiologian ja virologian näkökulmasta. Mielenkiintoista, kaikki kohdunkaulan kudosten ryhmittyivät yhteen, ja hyvänlaatuisia ja pahanlaatuisia kohdunkaulan solumuutoksia suurelta osin erillään, vaikka Gastrogenus v1 ™ testipaneelin ei ollut suunniteltu saavuttamaan näitä vaikutuksia. Puute useita koekspressoidusta EBV mRNA kohdunkaulan kudoksissa vahvistettu mitä tiesimme heidän EBV-negatiivisuus by kultakantaan Eberin in situ
hybridisaatiotesti.
Seitsemästä geenejä, joita on huomattavasti enemmän ilmaistaan ​​mahasyövän (riippumatta infektion tila) verrattuna lymphoepithelioma kaltainen kohdunkaulan syöpää, neljä oli aikaisemmin raportoitu mahasyövän markkereita (CLDN18, REG4, OLFM4, CDH17
) [55, 59-63]. Kaksi muuta (EPCAM epiteelisoluspesifinen transmembraaninen glykoproteiini, ja PPARg kemokiinin) sekä REG4, tutkitaan kohdennettuja syövän hoidossa [64-66]. Viimeinen seitsemästä, BBC3 (kutsutaan myös p53 sääteli modulaattorin apoptoosin, tai PUMA) on tiettävästi voimistuvan EBV LMP2A ja hallitsi EBV miR-BART5 in solulinjassa malleissa [67, 68], mikä viittaa siihen, että tämä BCL2 perhe jäsen on tiukasti säännelty virus.
Toinen kahdesta RNA: iden, joka oli merkitsevästi korkeampi kohdunkaulan verrattuna mahasyövän oli IFITM1
, joka ehkä muistatte havaittiin myös yliekspressoituvan tartunnan verrattuna infektoimattomiin syöpien. Lisätyötä tarvitaan tutkia jos kohdunkaulan syöpiä (oletettavasti ihmisen papilloomaviruksen-tartunnan) ja EBV-tartunnan mahasyövistä yhteinen virus liittyvä mekanismi yliekspressio luontaista immuunivastetta tekijä. Toinen geeni yliekspressoituvat merkittävästi kohdunkaulan verrattuna mahasyöpä oli HF1A
jonka ilmentyminen liittyi että neljä loppupään angiogeneesin välittäjiä meidän paneelissa (VEGFA, SLC2A1, SLC2A3
ja EPAS1
), josta osoituksena Pearsonin korrelaatiokertoimet (tuloksia ei ole esitetty). Jos vahvistettiin operatiivinen in vivo
, HIF-reitin stimulaation merkitsee sitä, että angiogeneesi-inhibiittorit ovat kannattaa tutkia.
Hyvänlaatuinen versus
pahanlaatuisia mahalaukun kudosten taipumus keskittyä erikseen lämpökartassa, muutamin poikkeuksin. Kenttä vaikutus [69] tai exosomal siirto tekijöitä lähialueiden paikallisen ympäristön [70, 71] voisi selittää, miksi joidenkin syöpien ja viereisten reaktiivinen kudokset olivat samanlaiset. Vaikka macrodissection käytettiin huolellisesti erottamaan hyvänlaatuista pahanlaatuiset leesiot, emme voi sulkea pois okkultismin pahanlaatuisen myötävaikuttamassa poikkeavaan klustereiden.
Joukossa 19 geenit merkittävästi yläreguloituja mahasyövän verrattuna viereiseen ole pahanlaatuisia mahalaukun limakalvo, useimmat olivat aikaisemmin raportoitu mahasyöpä spesifisten [72-76], ja nyt vahvistaa, että heidän säätelyyn ylöspäin on havaittavissa arkistointi parafinoidut kudosta. Alhaisempi GAST
(gastriinin) RNA syövän kudoksissa voi auttaa selittämään menetystä gastriinigeenin signaloinnin tekijä cHga
(kromograniinilla). Kaikkein johdonmukaisesti vaimentua tekijä mahalaukun syövän versus
vieressä hyvänlaatuinen limakalvo oli tuumorisuppressorigeenin CDH1 (E-kadheriinin) B viittaa joko 1) CDH1
promoottorin hypermetylaatio [77], 2) harvinainen ituradan mutaation CDH1
liittyy periytyvä alttius syöpään [78], tai 3) alisäätely CDH1
EBV LMP1 kuvatulla solulinjassa malleissa [79].
LMP1 aiemmin raportoitu olevan poissa tartunnan mahasyövän paitsi harvoissa tapauksissa [50, 51, 80, 81]. Sen vuoksi oli yllättävää, että Nanostring NCounter array profiloinnin olivat pysyvästi vaikkakin alhaisen ilmentymisen LMP1
RNA yhdessä lähes kaikkien muiden EBV RNA: t, jotka testattiin tartunta syöpien. Coordinated koekspressoimalla useiden virus- geenejä väittää, että lauseke on tosi positiivinen. Meidän mikrosirun nostavat esiin sen mahdollisuuden, että virus-RNA: t havaitsimme ei koodaa proteiineja, tai että proteiinit ovat 1) vain ekspressoida ohimenevästi, 2) nopeasti hajoavan, 3) paikannettu harvinaiset solut, jotka on nopeasti tunnistaa ja tuhosi immuunijärjestelmä, tai 4) läsnä niin alhaiselle tasolle, että perinteiset määritykset ovat liian herkkiä havaitsemaan ne [82]. NCounter testijärjestelmä Valmistajan mukaan analyyttinen herkkyys vastaa kyseisen rtPCR [43].
Vaikka useimmat virus-geenit lähes yksinomaan tartunta mahasyövän kohortin EBER1
ja EBER2
olivat yleisesti ilmaistaan ​​jokainen että hyvän- ja pahanlaatuiset maha- ja kohdunkaulan ikäluokat, vaikkakin paljon alhaisempi kuin nähtiin kussakin EBV-tartunnan syöpien. Todellakin, meidän tutkimus paljasti uudenlainen tapa tunnistaa EBV-tartunnan mahasyövän mittaamalla EBER1
ja /tai EBER2
RNA arkistointia kudoksessa, ja olemme ehdottaneet kynnysarvot onnistuneesti erotettava toisistaan ​​tartunnan infektoimattomilta mahasyöpä.
Tuki virusinfektio infektoituneissa mahasyöpäpotilaista tulee serologisia osoituksena korkea ainetittereinä viruskapsidi antigeeni verrattuna EBV-negatiivisten mahasyöpäpotilaista ja hyvänlaatuinen valvontaa [83]. Alhainen lyyttistä infektio on aiemmin kuvattu limakalvon imukudossoluissa [31, 82, 84] ja tartunnan mahalaukun epiteelisolujen solulinjat [85]. BARF1 tiedetään ilmentyvän mahasyövän, jossa ehdotetaan toimia piilevä sijaan lyyttisen tekijän [50, 51]. Herkillä rtPCR teknologiaa, useita EBV lyyttisen transkriptit havaittiin Luo et ai mahasyövän kudoksissa [50].

• Ominaisuudet Epstein-Barrin virus variantteja liittyy mahakarsinoo- Etelä Tunisia
• Geneettinen suvusta eriytymättömän-tyyppinen mahakarsinoomat analysoitiin ilman valvontaa klusterointi genomista DNA-siru data