Вирус Эпштейна-Барр инфицированных аденокарциномы желудка выражает скрытые и литические вирусных транскриптов и имеет ярко выраженную экспрессию человеческого гена profile

Эпштейна-Барр инфицированных вирусом аденокарциномы желудка выражает скрытые и литические вирусных транскриптов и имеет ярко выраженный профиль экспрессии гена человеческого
Аннотация
Справочная информация
ДНК EBV обнаружен в злокачественных клетках 10% от рака желудка. Современная молекулярная технология облегчает идентификацию вируса связанных биохимических эффектов, которые могли бы помочь в ранней диагностике и лечении заболеваний.
Методы
В этом исследовании, экспрессия РНК профилирование была проведена на 326 macrodissected парафиновых срезах тканей в том числе 204 видов рака и, когда доступны, прилегающих незлокачественная слизистую оболочку. Nanostring nCounter зонды 96 целевых РНК (20 вирусных, 73 человека и 3 подсыпали РНК).
Результаты
В 182 тканях с адекватными Домработница РНК, различные профили были обнаружены у инфицированных по сравнению с незараженных
рака, и в злокачественные по сравнению с доброкачественной
смежной слизистой оболочки. EBV-инфицированных видов рака желудка выражено почти все 18 латентной и литический EBV РНК в испытательной панели. Уровни EBER1
и EBER2
РНК были самыми высокими и были пропорциональны количеству EBV геномов, как измерено с помощью Q-PCR. Среди кодирующей белок EBV РНК, EBNA1 продажу из Q промотора и BRLF1
были высоко выраженной в то время как EBNA2
уровни были низкими положительными лишь 6/14 инфицированных раковых образований. Сопутствующая регуляция клеточных факторов означает, что вирус не является невинным наблюдателем, а скорее связан с сигнализацией NFkB (FCER2, TRAF1
) и иммунного ответа (TNFSF9, CXCL11, IFITM1, FCRL3, MS4A1 и PLUNC)
, с PPARG
выражение вовлекая изменили клеточный метаболизм. По сравнению с соседней доброкачественных слизистой оболочки, рака желудка последовательно выражали INHBA, SPP1, Thy1, SERPINH1, CXCL1, FSCN1, PTGS2 (COX2), BBC3, ICAM1, TNFSF9, SULF1, SLC2A1, TYMS
, три коллагенов, клеточную пролиферацию маркеры MYC
и PCNA
и EBV BLLF1
в то время как у них не было CDH1 (Е-кадгерин), CLDN18
, PTEN, sdc1
(CD138), GAST
(гастрин) и его вниз по течению эффектор КВУА
(хромогранина). По сравнению с lymphoepithelioma, как рак шейки матки, рак желудка выражается CLDN18, EpCam, REG4, BBC3, OLFM4, PPARG
и CDH17
в то время как они уменьшились уровни IFITM1
и HIF1A
. Druggable цели ERBB2 (HER2), MET и HIF путь, а также ряд других потенциальных показателей фармакогенетические (в том числе самого EBV-инфекции, а также SPARC, TYMS, FCGR2B
и REG4
) были выявлены в некоторых опухолевые образцы.
Заключение
это исследование показывает, как современная молекулярная технология, применяемая к архивным урожайности фиксированных тканей новые идеи в вирусного канцерогенеза, которые могли бы быть полезными в управлении пострадавших пациентов.
Ключевые слова
аденокарциномы желудка вирус Эпштейна-Барр экспрессии РНК профиль стромальных клеток фармакогенетических тест фона
рака желудка является второй ведущей причиной глобальной смертности от рака с почти одного миллиона новых случаев в год [1, 2]. Примерно десять процентов желудка аденокарциномы являются вирус Эпштейна-Барр (EBV) инфицированных и EBV считается 1-го класса онкогенными патоген Всемирной организации здравоохранения [3-6]. Заболеваемость повышается для тех видов рака в проксимальном сегменте желудка (кардиального, Corpus), где EBV чаще участвуют [7-14].
Последние данные из программы наблюдения рака Национального института рака показывает вызывающий тревогу рост заболеваемости раком желудка заболеваемость среди молодых взрослых в США [7, 8, 15]. Возникающие целевой терапии делает это тем более важно, чтобы выявлять инфицированных рака и охарактеризовать биохимические дефекты, такие как ERBB2 избыточной экспрессии, что повышает вероятность ответа на трастузумаба в метастатических больных раком желудка [16-18]. EBV-инфицированных по сравнению с неинфицированными рака желудка имеет благоприятный прогноз [19], и клинические испытания начинают исследовать вирус-мишенью терапии, такие как 1) инфузией EBV-специфические цитотоксические Т-клетки или NK-клетки [20-23], 2) заднего хода ВЭБ связанных с methylator фенотип [24], 3) запуск литического репликацию вируса, которые могут затем подстрекать врожденного и адаптивного иммунного ответов организма, чтобы убить инфицированные клетки опухоли [25-33], и 4) литическую индукционная терапия вводят совместно с противовирусной нуклеозида аналоговые, такие как ганцикловир, который фосфорилируется и таким образом активируется вирусных киназ, способствующих цитотоксичность [34-41].
Клинические испытания, исследующие эффективность таргетной терапии выиграют от лабораторных анализов, которые помогают определить кандидатов может ответить, и может извлечь выгоду из лаборатории анализы, которые показывают эффект вмешательства на предполагаемых биохимических путей. Современная молекулярная технология в настоящее время позволяет проводить анализ клинико-класса нескольких соответствующих аналитов с помощью экспрессии РНК профилирование [42]. Производители устройств разработали чувствительные, специфические и настраиваемых зондов для одновременного измерения нескольких РНК, включая некодирующие РНК, как EBV-закодированы РНК 1 или 2, которые в большом количестве экспрессируется в инфицированных опухолях. Недавний прогресс в стратегии обеспечения качества созрели до такой степени, что профили экспрессии РНК реализуются в клинических лабораторных условиях [42].
Чтобы быть практичным в клинических условиях, анализ методом должны быть применимы к регулярно собираемые образцы, такие как архивные, парафин -вложено ткани [42]. В настоящем исследовании мы измерили вирусные и человеческого экспрессии генов в архивными рака желудка и прилегающей слизистой оболочки и контроля с целью разработать тест-систем, которые могут быть использованы, чтобы надежно охарактеризовать сигнатуры можно предсказать ответ на целевой терапии. Система испытаний массив 96-РНК, которые мы перезапись панель Gastrogenus v1 ™ был настроен для измерения соответствующих латентных и литических вирусных РНК наряду с клинически значимых человеческих мРНК, которые были ранее сообщалось, что 1) рак желудка специфически, 2) указывает на воспаление, и /или 3) прогнозировать ответ на конкретные препараты. Эти анализы, а также РНК игольчатым и эндогенного контроля, были измерены в macrodissected парафиновых срезах с использованием тест-системы Nanostring nCounter [43-45]. Корреляционная гистологические и молекулярные исследования были проведены, чтобы показать, что тестовая система выполнена как и ожидалось. Наши результаты показывают, что EBV связанные виды рака выражают более скрытые и литических стенограммы, чем ранее были признаны, и что инфицированные раковые заболевания имеют уникальные биологические характеристики по сравнению с незараженных рака. Два основных подтипа рака были найдены, подразумевая, что стратегии раннего выявления рака желудка или тесты мониторинга, могут быть адаптированы для выявления соответствующих сигнатур, характеризующих основные молекулярные подтипы. И, наконец, пилот данные показывают экспрессию выбранных вирусных и связанных с раком генов в соседних доброкачественной слизистой, что указывает на эффект поля, что может иметь важное значение в развитии рака или технического обслуживания.

Результаты по экспрессии генов профилирование осуществляли в общей сложности из 326 тканей, включая 187 рака желудка, 17-lymphoepithelioma, как рак шейки матки, а также 118 совпавшего доброкачественных слизистую оболочку из той же хирургической процедуры (если таковые имеются). После нормализации данных, тепловая карта 182 ткани, имеющей наилучшее качество РНК, если судить по самым высоким средним уровнем четырех домашнего хозяйства РНК, выявили закономерности экспрессии генов, которые различались в желудочном против
шейных тканей контрольных. Кроме того, в обоих желудка и шейки матки кластеров, злокачественные и доброкачественные ткани имели тенденцию группироваться вместе, поддерживая способность тест-системы nCounter для измерения клинически важные биологические функции. (См Figure1). Рисунок 1 профилей экспрессии 182 тканей для 20 вирусных генов и 73 генов человека. Тепловая карта отображает неконтролируемый иерархическую кластеризацию каждой ткани в отдельной колонке, и каждая РНК в отдельной строке. Данные медианного по центру с красным указанием относительной избыточной экспрессии и зеленым цветом, указывая относительно под-экспрессии для каждого гена. Корреляционные выше данные карты указывает на гистологическое классификацию с последующим подклассы желудочного когорты рака в 14 EBV, инфицированных и 104 EBV негативных раковых заболеваний на основе уровней EBV ДНК. Ниже карте, каждый рак желудка классифицируется по доле злокачественных клеток, и географическое происхождение каждой ткани показано.
Одна группа желудочных карцином суперэкспрессированный практически все EBV РНК. Для того, чтобы определить, какие виды рака желудка должны быть назначены в качестве EBV-инфицированных, в 71 ткани с самыми высокими уровнями комбинированных EBER1
и EBER2
РНК с помощью Nanostring nCounter массива были дополнительно проверены на уровни EBV генома в пределах той же ткани с помощью Q- ПЦР. Был линейная зависимость между количеством EBER1
и EBER2
РНК и количества EBV генома. (См Figure2.) Наше ранее установленный порог отсечения [46] и в уровне генома EBV, соответствующей локализации вируса в злокачественных клетках приводило к 14 видов рака помещаются в EBV-инфицированных категории. Остальные рака желудка были вызваны EBV-отрицательными, и среди них самый высокий показатель уровни РНК были 174,016 для EBER1
и 27,972 для EBER2
. В противоположность этому, среди EBV-инфицированных рака желудка самый низкий уровень EBER1
был 263589 и самый низкий уровень EBER2
был 140081. Предлагаемые отсечек для идентификации ткани, как EBV-инфицированных показаны в Figure2. Рисунок 2 EBV-закодирован уровни РНК высоки в зараженном рака желудка и пропорционально уровню EBV генома. А. Вставка участки EBER1
и EBER2
в доброкачественных и злокачественных тканей показывают, что EBV-инфицированных рака желудка имеет значительно более высокие уровни EBER1
и EBER2
некодирующие РНК, чем делать неинфицированных рака и контроля тканей. Предлагаемые пороговые значения для EBER1
или EBER2
показаны, за пределами которого рак желудка достоверно может быть определен как EBV-инфицированных. Каждая точка представляет отдельный аналитический результат на log2 нормированная блок (NU) масштабе. Сравнение B. Pairwise из EBER1
и EBER2
уровней РНК Nanostring nCounter массива и EBV ДНК вирусной нагрузки с помощью Q-ПЦР показывает линейную связь между уровнями каждого из этих аналитов. коэффициенты корреляции Пирсона (P > 0,86) показаны. Ранее подтверждено уровень EBV ДНК вирусной нагрузки показана за которой EBER
всегда локализуется в злокачественных клетках по EBER Ситу
гибридизации (порог 10,558 EBV геномов на 100000 клеток, что эквивалентно 13.37 по этой шкале в log2 ) [46]. Предлагаемые отсечек для уровней РНК указаны для обоих EBER1
(200000 NU или 17.61 по этой шкале журнала 2) и EBER2
(100000 NU, или 16.61 по этому log2 шкале). Один останец представляет собой доброкачественное слизистой оболочки желудка, которая была расположена в непосредственной близости к EBV-инфицированных рака желудка, и это слизистая оболочка имела эквивалентную нагрузку EBV ДНК, чтобы у инфицированных рака, но это было бы правильно исключены из EBV-инфицированных рака группой, если были использованы либо EBER1
или EBER2
уровни РНК, или если были использованы гистологии, чтобы экран для EBV, связанных с новообразованиях.
Гены суперэкспрессированный в EBV-инфицированных по сравнению с EBV-отрицательным раком желудка
Двадцать восемь генов были значительно дифференцированно выражены в EBV-инфицированных раковых заболеваний по сравнению с EBV негативных видов рака желудка (р ≪ 0,05). Интересно отметить, что все 28 были повышающей регуляции, а не подавляются в инфицированных раковых образований, и это смещение объясняется, по крайней мере, частично с помощью нашего широкого выбора положительных, а не отрицательных маркеров инфекции при выборе РНК для профилирования для данного исследования. Неспособность идентифицировать любые подавляются гены, по-прежнему удивительно, учитывая сообщения, что EBV связан с островом methylator фенотипа CpG и дополнительно вирус может привести к дестабилизации клеточных мРНК глобально [47].
Среди генов значительно повышающей регуляции в инфицированных рака были 18 EBV РНК испытаны, а также цитомегаловирус РР65 (UL83). Результат цитомегаловирус РР65 (UL83), вероятно, будет ложно положительный (предположительно перекрестную гибридизацию зонда), о чем свидетельствует отсутствие другого литического РНК, цитомегаловирус Pol (UL54), в EBV-инфицированных рака. Кроме того, было выражено UL83 но не UL54 в EBV инфицированы, но не в EBV-отрицательной контрольной линии клеток (данные не показаны). Другим возможным объяснением ложной положительной экспрессии вирусной РНК-зонд перекрестную с вирусной ДНК. Девять человеческих РНК значительно усиливает свою активность в EBV-инфицированных по сравнению с EBV отрицательным раком желудка: FCER2, MS4A1 (CD20), PLUNC, TNFSF9, TRAF1, CXCL11, IFITM1, PPARG
и FCRL3
. (См рис.3). Рисунок 3 Множественные человека РНК чрезмерно выражены в EBV-инфицированных рака желудка по сравнению с EBV-отрицательным раком. Вставка графики демонстрируют уровни РНК человека в инфицированных по сравнению с незараженных рака желудка и органов управления, которые включают lymphoepithelioma, как рак шейки матки, слизистой оболочки шейки матки и доброкачественных слизистую оболочку желудочно-кишечного тракта. Каждая точка представляет отдельный аналитический результат на log2 нормированной единицы шкалы.
Гены дифференцированно выражены в рака желудка по сравнению с доброкачественной слизистой оболочки желудочно-кишечного тракта
Двадцать шесть генов были значительно дизрегуляции при раке желудка по сравнению с доброкачественной слизистой оболочки желудка ( р &л; 0,05). Человеческие РНК активируемых при раке желудка были INHBA, SPP1, Thy1, SERPINH1, CXCL1, FSCN1, COL1A1, SPARC, COL1A2, PTGS2 (COX2), BBC3, ICAM1, TNFSF9, MYC, SULF1, SLC2A1, COL3A1, PCNA и TYMS
, в то время как подавляются РНК были CDH1 (Е-кадгерина), CLDN18
, КВУА
(хромогранина), PTEN, sdc1
(CD138) и Гаст
(гастрин). Единственный вирусный фактор, который был дифференциально экспрессируются был BLLF1
который был в рак значительно выше, чем в доброкачественной слизистой оболочки желудка (р = 0,004). BLLF1
кодирует конце вирусный белок оболочки gp350 /220, предполагая, что вирионы значительно более распространены в раке, чем в доброкачественной желудочной ткани. BLLF1
не был специфичен для рака желудка, однако, как это было также выражено в некоторых доброкачественных и злокачественных шейных тканей, а также.
Гены, связанные с раком желудка по сравнению с lymphoepithelioma, как рак шейки матки
Девять генов значительно дизрегуляции при раке желудка по сравнению с lymphoepithelioma типа рака шейки матки (р &л; 0,05). Семь РНК активируемых при раке желудка были CLDN18, EpCam, REG4, BBC3, OLFM4, PPARG
и CDH17
, в то время как два подавляются гены были IFITM1
и HIF1A
.
Модели латентный и литический экспрессии генов в вирусный ЭБВ инфицированных рака желудка
14 EBV-инфицированных видов рака в желудке в данном исследовании последовательно коэкспрессируются практически все EBV латентных и литических генов, что несколько удивительно, учитывая, что перед литературе описано несколько ограничены шаблон латентный [48-51]. Вполне возможно, что аналитическая технология Nanostring nCounter более чувствителен, чем традиционные методы обнаружения.
Наиболее высокий уровень экспрессии РНК вируса EBER1
Результаты в среднем более 1 миллиона единиц на нормированных EBV-инфицированных раковой ткани, а затем EBER2
, BRLF1
и EBNA1
от добротности промотора. EBNA2
был наименее выраженный вирусную РНК со средним выражением только 10 нормализованных единиц в инфицированной ткани и EBNA2
полностью отсутствовала в 8 из 14 зараженных видов рака желудка. Модели вирусной экспрессии гена изображены в Figure4. Рисунок 4 Латентные и литические гены EBV являются совместной экспрессии при раке желудка. Часть карты тепла от Figure1 отображается в высокой контрастностью расшифровать относительные уровни экспрессии генов EBV в 14 EBV-инфицированных рака желудка и окружающих образцов. Все ткани рака желудка за исключением одного доброкачественного слизистой оболочки желудка, выделены серым цветом, расчлененный из того же парафиновый блок как EBV-инфицированных рака желудка. Средний уровень экспрессии каждой РНК в EBV-инфицированных желудочной когорты рака показано справа от каждого символа гена.
Географическое происхождение и доля опухолевых клеток не преимущественно связаны со статусом EBV желудка
рака под картой тепла в Figure1 является распределение случаев рака желудка по географическому происхождению из Гондураса (п = 86), Япония (п = 5), или Соединенные Штаты (п = 17). Там не было никакой значимой связи между географическим происхождением и EBV-положительной по сравнению с отрицательным
кластеризация рака желудка (точный критерий Фишера р = 0,9), предполагая, что географическое происхождение не является основным драйвером иерархической кластеризации.
В нижней части Figure1 также показывает распределение EBV-инфицированных по сравнению с
EBV-негативных рака желудка, классифицированных по доле ввода злокачественных клеток в выражение профилированию анализа. Там не было никакой значимой связи между долей злокачественных клеток и EBV-инфицированных по сравнению с
EBV-негативных групп рака желудка. Неожиданно оказалось, что раковые ткани с низким содержанием злокачественных клеток не преимущественно группироваться с доброкачественными желудочных тканей. Раки с низким содержанием злокачественных клеток (от 1 до 25% злокачественных клеток) были распределены по различным сегментам карте тепла наряду с раки со средним (от 26 до 50%) или высокой (&GТ; 50%) злокачественного содержание клеток (Фишера точный тест р = 0,5), предполагая, что общие характеристики транскриптом перевешивают опухоли доли клеток в качестве водителя иерархической кластеризации.
имея в виду, что lymphoepithelioma подобных случаев рака шейки матки в этом исследовании были богаты лимфоидной стромы, как и многие другие EBV-инфицированных рака желудка , примечательно, что эти два класса рака сгруппированы отдельно друг от друга, а также достигнутый достаточно хорошее отделение от соседнего доброкачественных слизистой оболочки. Для большинства генов в панели, существует значительное совпадение в уровнях по видам заболеваний. В то время как профили более информативным и более убедительными, чем отдельные результаты транскриптов, есть некоторые совпадения в профилях, а также, что означает, что профилирование результаты анализа должны быть соотнесены с гистологических признаков для того, чтобы точно классифицировать ткани, как доброкачественные или злокачественные.
Фармакогенетических предсказатели и druggable цели
сама EBV инфекция считается действенную цель, по крайней мере, для 14/108 (13%) инфицированных рак желудка мы определили. Это исследование демонстрирует новый способ выявления зараженных вирусом рака с помощью РНК профилирования парафиновых срезов, так что прогностическое и прогностическое информация может рассматриваться при принятии управленческих решений пациентов. Клеточные факторы фармакогенетического потенциала включают HIF путь, СПАРК, TYMS, FCGR2B, MET,
и ErbB2 (HER2)
. (См Figure5). По сравнению с раком желудка, рак шейки матки, как правило, имеют более высокие уровни HIF1A
ответ с указанием гипоксию, хотя одинаково высокие уровни в доброкачественных слизистой оболочки шейки матки повышают вероятность экс естественных условиях
стимуляции этого кислорода зондирования фактор. Необходимы дальнейшие исследования, чтобы отличить от технических факторов в естественных условиях
повышающую регуляцию, которая оправдывала бы рассмотрение ингибиторов ангиогенеза. Рисунок 5 Некоторые виды рака желудка имеют существенное нарушение регуляции факторов, которые обещают как фармакогенетических предсказателей. Вставка графики демонстрируют экспрессию выбранных целей фармакогенетических в инфицированных по сравнению с неинфицированных рака желудка, а также доброкачественное слизистой оболочки желудка и шейки матки гистопатология. Каждая точка представляет отдельный аналитический результат на log2 нормированной единицы шкалы.
Мы подтвердили, что SPARC
активируется при раке желудка по сравнению с доброкачественной слизистой оболочки желудка. Ответ на доцетаксел, препарат таксана, который ингибирует митотическую сборки веретена, как сообщается, влияет на величину экспрессии белка в СПАРК рака желудка [52]. Язва желудка и рак шейки матки и имели более высокую thymydylate-синтазы (TYMS)
чем их соответствующие доброкачественные слизистых оболочек коллег. Высокие уровни TYMS
как сообщается, способствует приобретенной устойчивости к 5ФУ комбинированной терапии [53].
Несколько рака желудка имели чрезвычайно высокие уровни рецептора Fc, FCGR2B
, которые могли бы повлиять на интернализацию наркотиков и фармакодинамику терапевтических антител такие как цетуксимаб в естественных условиях
. Четыре рака желудка сильно выраженный MET,
и еще восемь случаев сильно суперэкспрессированный выражены ErbB2 (HER2)
, повышая вероятность того, что этот анализ может предсказать ответ на ингибитор тирозинкиназы терапии.
Обсуждение
в настоящем исследовании использованы современные молекулярные методы для изучения большого человека панели и вирусных РНК при раке желудка. Насколько нам известно, это самая большая группа вирусных генных продуктов, которые будут рассмотрены во взаимодействии с человека РНК в архивных, парафином тканей. EBV-инфицированные подтипом рака желудка резко проявляется в соответствующей тепловой карте, созданной неконтролируемого кластеризация и EBV инфекция была подтверждена высокой вирусной нагрузкой EBV ДНК в этих тканях. Экспрессия выбранных вирусных и человеческих генов в раковых образований подтвердили несколько известных вирусоподобные и связанных с раком эффекты, а также выявлены новые выводы, которые проливают свет на патогенез и возможные стратегии борьбы с заболеваниями.
Удивительно, но зараженные рака желудка гиперэкспрессия все 18 латентных и литических гены EBV, которые были обследованы. Мы обнаружили высокие уровни BRLF1
РНК (кодирование Немедленный ранний вирусный белок, инициирующее литическую репликацию в согласии с BZLF1) и умеренно высокий уровень BXLF1
(вирусной тимидинкиназы, который преобразует penicyclovir в токсичную форму, предлагая механизм для терапии) [54]. выражалась BLLF1
(кодирующий конце вирусного белка оболочки gp350 /220) при умеренных уровнях, которые, тем не менее значительно выше, чем в доброкачественной слизистую оболочку, предполагая, что ЭБВ литической инфекции не неравной, но она скорее способна производить позднюю вирусной оболочки белок gp350 /220. Среди скрытых генов, EBNA1
от Q промотора, EBNA-LP и EBNA3C
транскриптов были наиболее распространенными. EBNA2
был очаговым обнаружен на низком уровне, но все еще значительно выше у инфицированных, чем у неинфицированных рака желудка. До гистохимическая работы обычно не выявили экспрессию белка уровня из EBNAs или литических продуктов вирусных генов, поэтому требуется дальнейшая работа, чтобы узнать, есть ли эти вирусно кодирующие РНК локализованы в злокачественные клетки, лимфоциты, или, возможно, даже экзосомы или вирионов во внеклеточной среда.
по сравнению с незараженных раковых заболеваний, инфицированные рака имели значительное повышающую регуляцию девяти клеточных факторов (FCER2, MS4A1 (CD20), PLUNC, TNFSF9, TRAF1, CXCL11, IFITM1, PPARG
и FCRL3
), подразумевая, что ВЭБ не является невинным наблюдателем по отношению к биохимического воздействия. Вирус-ассоциированные изменения, которые мы обнаружили, были в пути известных вирусных онкологов, а именно NFKB и сигнализации NOTCH (FCER2, TRAF1, PPARG
) и слизистую оболочку иммунного ответа (PLUNC, TNFSF9, CXCL11, IFITM1, FCRL3
). MS4A1 (CD20) является В-клеточный специфический, напоминает нам, что некоторые из факторов, активируемых в EBV-инфицированных по сравнению с неинфицированными рака желудка может происходить из стромальных элементов, а не от злокачественных эпителиальных клеток. PLUNC
был ранее описан в качестве опухолевого маркера для желудка и носоглотки карцином, и она кодирует секретируемый белок, участвующий в врожденного иммунного ответа [55-57]. TNFSF9, цитокин из семейства факторов некроза опухолей, стимулирует активацию Т-клеток и вызывает IFNG производство, которое в свою очередь индуцирует провоспалительных хемокинов CXCL11 и врожденный противовирусный фактор IFITM1. PPARG как ядерный рецептор контролирующим метаболизм глюкозы и микротрубочек сети, и это является перспективной мишенью для ингибирующих препаратов [58]. В FCRL3
гена иммунного ответа мутирует при аутоиммунных заболеваниях, таких как ревматоидный артрит, волчанка, болезнь Грейвса.
Наши результаты поддерживают работу Ли и др
который нашел различные паттерны экспрессии человека в инфицированных по сравнению с <бр> неинфицированных рака желудка [10]. Несмотря на то, что их исследование целевой белок и наш целевой РНК, наши результаты согласились с их на 4 из 5 факторов общего между двумя исследованиями (BCL2, PTEN, CDH1, PTGS2
). Был потенциал для несоответствие ERBB2
, что значительно реже, выраженное в инфицированный по сравнению с незараженных раком желудка при испытании на уровне белка [10], в то время как текущее исследование не выявило существенных различий на уровне РНК-транскриптов. Смешанные факторы включают в себя: 1) доля опухолевых клеток, присутствующих в образцах оценивали, 2) различные критерии для классификации статуса экспрессии, и 3) в сравнении с РНК-белковых мишеней.
В целом, технология массив, который был использован в данном исследовании, работали замечательно а в создании профилей РНК, которые были правдоподобными в силу различения доброкачественной известный по сравнению
злокачественные и желудка по сравнению с
шейных гистопатология. Кроме того, совместная экспрессия аналитов в том же пути, или одним и тем же инфекционным агентом, имеет смысл с патобиологии и вирусологии перспективы. Интересно, что все шейных тканей, сгруппированных вместе, и доброкачественных и злокачественных поражений шейки матки в основном были отделены даже если панель тест Gastrogenus v1 ™ не были специально разработаны для достижения этих конечных точек. Отсутствие множественной совместной экспрессии EBV мРНК в тканях шейки матки, армированных, что мы знали об их EBV-негатива по золотым стандартом EBER Ситу
гибридизационного анализа в.
Среди семи генов, которые были значительно более выраженными при раке желудка (независимо статуса инфекции) по сравнению с lymphoepithelioma, как рак шейки матки, четыре были ранее сообщалось в качестве желудочных маркеров рака (CLDN18, REG4, OLFM4, CDH17
) [55, 59-63]. Два других (EpCam эпителиальные клетки специфические трансмембранного гликопротеина, и PPARG хемокинов), а также REG4, в настоящее время изучаются для таргетной терапии рака [64-66]. Последний из семи, BBC3 (также называемый р53 повышающей регуляции модулятор апоптоза, или PUMA), как сообщается, активируемых EBV LMP2A и воцарился по EBV MIR-BART5 в моделях линии клеток [67, 68], предполагая, что это BCL2 семьи член жестко регулируется вирусом.
Одна из двух РНК, которая была значительно выше в цервикальный по сравнению с раком желудка был IFITM1
, который вы можете вспомнить также установлено, что избыточно экспрессируется в инфицированных по сравнению с незараженных рака желудка. Дальнейшая работа необходима для изучения, если рак шейки матки (папилломы-инфицированных предположительно человека) и EBV-инфицированных рака желудка общий механизм, связанных с вирусом для избыточной экспрессии этого врожденного фактора иммунного ответа. Другой ген значительно избыточно экспрессируется в цервикальной по сравнению с раком желудка была HIF1A
экспрессия которого была связана с этим из четырех вниз по течению ангиогенеза медиаторов в нашей панели (VEGFA, SLC2A1, SLC2A3
и EPAS1
), о чем свидетельствует положительная Пирсона коэффициенты корреляции (данные не показаны). Если подтверждено, что оперативное в естественных условиях
, HIF путь стимуляции означает, что ингибиторы ангиогенеза стоит исследовать.
Доброкачественная сравнению
злокачественных тканей желудка имеют тенденцию группироваться отдельно на карте тепла, с некоторыми исключениями. Полевой эффект [69] или передача exosomal факторов в соседних регионах местной окружающей среды [70, 71] может объяснить, почему некоторые виды рака и прилегающих к ним реактивные ткани имели сходные профили. В то время как macrodissection использовали тщательно отделить доброкачественные от злокачественных новообразований, мы не можем исключить оккультные злокачественности, как фактор, способствующий аномальным кластеризация.
Среди 19 генов значительно усиливает свою активность при раке желудка по сравнению с соседней доброкачественных слизистой оболочки желудка, большинство ранее были представлены как рак желудка специфических маркеров [72-76], и мы теперь подтверждают, что их усиление активности можно обнаружить в архивной парафин ткани. Более низкие уровни Гаст
(гастрин) РНК в опухолевых тканях может помочь объяснить сопутствующую потерю гастрин сигнализации фактора КВУА
(хромогранина). Наиболее последовательно подавляются фактором рака желудка по сравнению
смежного доброкачественной слизистой оболочки был ген-супрессор CDH1 (Е-кадгерин)
предполагая, либо 1) CDH1
промотор гиперметилирование [77], 2) редкие мутации зародышевой линии CDH1
связано с наследуемой предрасположенности к раку желудка [78], или 3) понижающей регуляции CDH1 Ру по EBV LMP1, как описано в моделях клеточных линий [79].
LMP1 ранее сообщалось, что отсутствует в зараженном рака желудка за исключением редких случаев [50, 51, 80, 81]. Поэтому удивительно, что Nanostring nCounter массив профилирование показал последовательное хотя и низкий уровень экспрессии LMP1
РНК вместе с практически всеми другими EBV РНК, которые были протестированы в инфицированных рака желудка. Согласованное совместная экспрессия нескольких вирусных генов утверждает, что выражение истинно положительным. Наши результаты микроматричные повышают вероятность того, что вирусные РНК, которые мы обнаружили, не кодирующими белки, или то, что белки являются 1) только скоротечно выражены, 2) быстро деградируют, 3), локализованной в редких клеток, которые быстро признаны и уничтожены иммунной системой, или 4) присутствовать на таком низком уровне, что традиционные анализы слишком нечувствительными, чтобы обнаружить их [82]. Производитель тест-система nCounter утверждает аналитический эквивалент чувствительности к массе rtPCR [43].
В то время как большинство вирусных генов были выражены почти исключительно в инфицированной желудочной когорты рака, EBER1
и EBER2
были обычно выражается в каждом из них из доброкачественных и злокачественных язв желудка и рака шейки когорт, хотя и на гораздо более низком уровне, чем наблюдалось в каждом из EBV-инфицированных рака желудка. Действительно, наше исследование показало новый способ выявления EBV-инфицированных рака желудка путем измерения EBER1
и /или EBER2
РНК в архивной ткани, и мы предложили пороговые значения, которые успешно отличить инфицированных от неинфицированных рака желудка.
Поддержка активной вирусной инфекции у инфицированных больных раком желудка происходит от серологического доказательства более высокие титры против вирусного антигена капсида по сравнению с EBV-негативных больных раком желудка и доброкачественных контроля [83]. Инфекция литический Низкий уровень был ранее описан в слизистой оболочке лимфоидных клеток [31, 82, 84] и в инфицированных эпителиальных желудка клеточных линий [85]. BARF1, как известно, выражается в раке желудка, где предлагается выступать в качестве латентной, а не литический фактор [50, 51]. Применение чувствительной технологии rtPCR, множественные транскрипты ЭБВ литические были обнаружены Ло и др в желудочном раковых тканей [50].

• Характеристики вируса Эпштейна-Барра варианты, связанные с раком желудка в Южной Тунисе
• Генетические происхождений желудочных карцином недифференцированные типа проанализированных неконтролиру…