adenocarcinoma gástrico vírus de Epstein-Barr infectados expressa transcritos virais latentes e líticos e tem um perfil distinto expressão do gene humano

vírus Epstein-barr adenocarcinoma gástrico infectado expressa transcritos virais latentes e líticos e tem um perfil de expressão gênica humana distinta da arte abstracta
Fundo
DNA EBV é encontrada dentro das células malignas de 10% dos cancros gástricos. A tecnologia molecular moderna facilita a identificação dos efeitos bioquímicos relacionados a vírus que podem ajudar no diagnóstico precoce e tratamento da doença.
Métodos
Neste estudo, perfil de expressão de RNA foi realizada em 326 tecidos embebidos em parafina macrodissected incluindo 204 tipos de câncer e, quando disponível mucosa, adjacente não-maligno. sondas Nanostring nCounter alvo 96 RNAs (20 virais, 73 humana, e 3 cravado RNAs).
Resultados Online em 182 tecidos com RNAs governanta adequadas, perfis distintos foram encontrados em infectado contra
cânceres não infectadas e, em maligno contra
mucosa benigno adjacente. cancros gástricos infectadas com EBV expressa quase toda a 18 latente e lítica EBV RNAs no painel de teste. Níveis de EBER1
e EBER2
ARN foram mais elevados e foram proporcionais à quantidade de genomas de EBV, conforme medido por Q-PCR. Entre codificação EBV RNAs, EBNA1
a partir do promotor Q e BRLF1
foram altamente expresso, enquanto os níveis EBNA2
eram baixos positiva em apenas 6/14 cancros infectados proteína. upregulation concomitante de factores celulares implica que o vírus não é um espectador inocente, mas sim está ligada à sinalização de NFkB (FCER2, TRAF1
) ea resposta imune (TNFSF9, CXCL11, IFITM1, FCRL3, MS4A1 e PLUNC)
, com PPARG
expressão implicando alterações no metabolismo celular. Comparado a mucosa não maligno adjacente, câncer gástrico expressaram consistentemente INHBA, SPP1, THY1, SERPINH1, CXCL1, FSCN1, PTGS2 (COX2), BBC3, ICAM1, TNFSF9, SULF1, SLC2A1, Tyms
, três colágenos, a proliferação celular marcadores MYC Comprar e PCNA
e EBV BLLF1
enquanto eles não tinham CDH1 (caderina-e), CLDN18
, PTEN, sdc1
(CD138), GAST
(gastrina) e sua efetoras jusante CHGA
(chromogranin). Em comparação com carcinoma lymphoepithelioma-like do colo uterino, câncer gástrico expressa CLDN18, EPCAM, REG4, BBC3, OLFM4, PPARG
e CDH17
enquanto eles haviam diminuído níveis de IFITM1 Comprar e HIF1A
. O metas druggable ERBB2 (Her2), MET, e da via HIF, bem como vários outros indicadores potenciais de farmacogenética (incluindo a própria infecção pelo EBV, bem como SPARC, Tyms, FCGR2B Comprar e REG4
) foram identificados em alguns espécimes tumorais.
Conclusão
Este estudo mostra como a tecnologia molecular aplicada ao arquivo tecidos fixados rendimentos moderno novos insights sobre oncogênese viral que pode ser útil no tratamento de pacientes afetados.
Palavras-chave
adenocarcinoma gástrico vírus Epstein-Barr expressão RNA células estromais perfil de teste farmacogenética fundo
o câncer gástrico é a segunda principal causa de mortalidade por câncer global, com quase um milhão de novos casos por ano [1, 2]. Aproximadamente dez por cento de adenocarcinomas gástricos são vírus de Epstein-Barr (EBV) infectadas, e EBV é considerada uma classe de um agente patogénico oncogénica pela Organização Mundial de Saúde [3-6]. Incidência está a aumentar em relação aos cancros no segmento proximal do estômago (cárdia, corpus), onde EBV é mais freqüentemente envolvido [7-14].
Dados recentes do programa de vigilância do câncer do Instituto Nacional do Câncer mostra um aumento preocupante no câncer gástrico incidência entre os jovens adultos em os EUA [7, 8, 15]. Emergente terapia-alvo torna ainda mais importante identificar cânceres infectados e caracterizar defeitos bioquímicos, como superexpressão ERBB2 que aumenta a probabilidade de resposta ao trastuzumab em pacientes com câncer gástrico metastático [16-18]. -EBV infectados em comparação com cancro gástrico não infectado tem um prognóstico favorável [19], e os ensaios clínicos estão começando a explorar terapia alvo-vírus, tais como: 1) células infundidas específicos de EBV T citotóxicas ou células NK [20-23], 2) reversão methylator o fenótipo relacionado com EBV [24], 3) provocando a replicação virai lítica que poderia, então, incitar respostas imune inata e adaptativa do corpo para matar as células de tumor infectadas [25-33], e 4) a terapia de indução lítico co-administrado com nucleósido antiviral analógicos, tais como ganciclovir que é fosforilada e assim activado por quinases virais que promovem a citotoxicidade [34-41].
ensaios clínicos examinaram a eficácia da terapia alvo iria beneficiar a partir de ensaios de laboratório que ajudam a identificar candidatos prováveis ​​para responder, e poderia beneficiar de laboratório os ensaios que significam o efeito da intervenção sobre as vias bioquímicas previstas. A tecnologia molecular moderna agora permite a análise de grau clínico de múltiplos analitos pertinentes via expressão do RNA profiling [42]. fabricantes de dispositivos produziram matrizes de sonda sensíveis, específicos e personalizados para medir simultaneamente vários RNAs, incluindo RNAs não-codificantes como RNA codificado-EBV 1 ou 2 que são abundantemente expressa em tumores infectados. Os progressos recentes nas estratégias de garantia de qualidade amadureceram a ponto de perfis de expressão do RNA estão sendo implementadas em configurações de laboratório clínico [42].
Para ser prático em ambientes clínicos, um ensaio deve ser aplicável a coletado rotineiramente espécimes, tais como arquivo, parafina tecido -embedded [42]. No presente estudo, nós medimos a expressão do gene virai e humana em cancros gástricos arquivamento e na mucosa e controlos adjacente para desenvolver um teste que pode sistemas ser utilizados para caracterizar de forma fiável preditivo assinaturas de resposta a terapia-alvo. Um sistema de teste matriz 96-RNA que duplicar o painel de Gastrogenus v1 ™ foi personalizado para medir pertinentes RNAs virais latentes e líticos ao lado de mRNAs humanos clinicamente relevantes que foram previamente relatados para ser 1) câncer gástrico específico, 2) indicativo de inflamação e /ou 3) preditivos de resposta a medicamentos específicos. Estes ensaios, bem como ARN de controlo e cravado endógeno, foram medidos em secções de parafina macrodissected usando o sistema de teste Nanostring nCounter [43-45]. histológica correlativo e estudos moleculares foram realizados para demonstrar que o sistema de ensaio é realizado como esperado. Nossos resultados mostram que cancros relacionados com EBV expressam transcritos mais latentes e líticos que foram reconhecidos anteriormente, e que os cancros infectadas têm características biológicas únicas em comparação com cancros não infectados. Dois dos principais subtipos de câncer foram encontrados, o que implica que as estratégias de detecção precoce de câncer gástrico ou testes de monitoramento poderia ser adaptado para detectar as assinaturas pertinentes que caracterizam principais subtipos moleculares. Finalmente, os dados piloto revela expressão de genes virais e relacionados com o cancro seleccionados na mucosa não maligna adjacente, sugerindo um efeito de campo que pode ser importante no desenvolvimento do cancro ou de manutenção.
Resultados
perfil de expressão do gene foi realizada num total de de 326 tecidos dos quais 187 cancros gástricos, 17 cancros cervicais linfoepitelioma-like, e 118 combinados mucosa não-malignas do mesmo procedimento cirúrgico (quando disponível). Após a normalização de dados, um mapa de calor dos 182 tecidos que têm a melhor qualidade de ARN, a julgar pela maior nível médio de quatro RNAs de limpeza, revelou padrões de expressão genética que diferem em gástrica contra
tecidos de controle cervical. Além disso, nos conjuntos tanto o gástricas e do colo do útero, tecidos malignos e não malignos tendem a agrupar-se, apoiando a capacidade do sistema de ensaio para medir nCounter características biológicas clinicamente importantes. (Ver Figura 1). A Figura 1 os perfis de expressão de tecidos 182 para 20 genes virais e 73 genes humanos. Um mapa de calor exibe agrupamento sem supervisão hierárquica de cada tecido em uma coluna separada, e cada RNA em uma linha separada. Os dados são média centrada com o vermelho indicando a sobre-expressão relativa e verde, indicando relativa sub-expressão de cada gene. dados correlativos acima do mapa indica a classificação histopatológica com mais subclassificação da coorte câncer gástrico em 14 EBV infectados e 104 EBV cancros negativos com base nos níveis de ADN EBV. Abaixo do mapa, cada cancro gástrico é categorizada por a proporção de células malignas, e origem geográfica de cada tecido é mostrado.
Um grupo de carcinomas gástricos sobre-expresso virtualmente todos os ARN de EBV. Para determinar quais tipos de câncer gástrico deve ser designado como infectados com EBV, os 71 tecidos com os mais altos níveis combinados de EBER1 Comprar e EBER2
RNA pela matriz Nanostring nCounter foram ainda examinadas para níveis EBV genoma dentro do mesmo tecido por Q- PCR. Houve uma relação linear entre a quantidade de EBER1 Comprar e EBER2
RNA e da quantidade de genoma EBV. (Ver Figura 2). O ponto de corte previamente estabelecida [46] para o nível do genoma do EBV que corresponde à localização do vírus às células malignas resultou em 14 cancros de serem colocados na categoria infectadas com EBV. Os cancros gástricos restantes foram chamados EBV-negativos, e entre eles os mais altos níveis de ARN registrados foram 174.016 para EBER1 Comprar e 27.972 para EBER2
. Em contraste, entre os cânceres gástricos infectadas com EBV o nível mais baixo
EBER1 era 263.589 e o menor nível EBER2
era 140.081. pontos de corte proposto para a identificação de um tecido como o EBV-infectados são mostrados na Figura 2. A Figura 2 níveis de RNA codificada pelo EBV são ricos em câncer gástrico infectada e são proporcionalmente ao nível de EBV genoma. A. Caixa de parcelas de EBER1 Comprar e EBER2
em tecidos malignos e benignos revelam que o câncer gástrico infectados com EBV tem níveis substancialmente mais elevados de EBER1
e EBER2
RNAs não-codificantes do que os cancros e controle não infectados tecidos. limiares propostos para EBER1
ou EBER2
são mostrados para além do qual um câncer gástrico confiável poderia ser designado como EBV-infectados. Cada ponto representa um resultado analítico indivíduo em uma escala log2 unidade normalizada (NU). comparação B. Pairwise de EBER1 Comprar e EBER2
níveis de ARN de matriz Nanostring nCounter e carga viral DNA EBV por Q-PCR revela uma associação linear entre os níveis de cada um destes analitos. coeficientes de correlação de Pearson (P > 0,86) são mostradas. O nível previamente validado da carga viral DNA EBV é mostrado além do qual EBER
sempre foi localizada em células malignas por EBER in situ
hibridação (limite de 10.558 genomas de EBV por 100.000 células, o que equivale a 13,37 nesta escala log2 ) [46]. cortes propostos para os níveis de ARN são indicados tanto para EBER1
(200.000 NU, ou 17,61 nesta escala log 2) e EBER2
(100.000 NU, ou 16,61 nesta escala log2). A um valor aberrante é uma mucosa gástrica não maligna que foi localizado adjacente a um cancro gástrico infectadas com EBV, e esta mucosa tinham uma carga equivalente de ADN do EBV para que de cancros infectadas, mas que teria sido correctamente excluídos do cancro infectadas com EBV grupo se qualquer EBER1
ou EBER2
níveis de RNA foram utilizados, ou se a histologia foram utilizados, para triagem de malignidade relacionadas com EBV.
Genes sobre-expressos em EBV-infectados contra o cancro gástrico EBV-negativo
Twenty oito genes foram significativamente diferencialmente expressos em cancros infectadas com EBV em comparação com os cancros gástricos EBV negativos (p < 0,05). Curiosamente, todos os 28 foram regulados positivamente regulados negativamente em vez de nos cancros infectados, e esta distorção é explicada, pelo menos em parte, pela nossa selecção de marcadores positivos, em vez de negativos de infecção ao escolher os ARN a ser perfilada para este estudo. Fracasso para identificar quaisquer genes reprimidos foi ainda dado relatórios surpreendentes que EBV é associado com um CpG fenótipo ilha methylator e, adicionalmente, o vírus pode desestabilizar mRNAs celulares em todo o mundo [47].
Entre os genes significativamente upregulated em cancros infectados foram todos 18 da RNAs EBV testados, bem como os citomegalovírus pp65 (UL83). O resultado citomegalovírus pp65 (UL83) é susceptível de ser falso positivo (suspeita de ser hibridação cruzada da sonda), como evidenciado pela ausência de um outro RNA lítico, pol citomegalovírus (UL54), nos cancros infectadas com EBV. Além disso, UL83, mas não UL54 foi expressa em EBV infectados, mas não nos controlos de linha de células negativas para EBV (dados não mostrados). Outra explicação possível para a falsa expressão do RNA viral positivo é cruzada sonda com DNA viral. Nove RNAs humanos foram significativamente upregulated em EBV-infectados em comparação com EBV cancros gástricos negativos: FCER2, MS4A1 (CD20), PLUNC, TNFSF9, TRAF1, CXCL11, IFITM1, PPARG
e FCRL3
. (Ver Figura 3). Figura 3 Várias RNAs humanos são sobre-expressos em câncer gástrico infectados com EBV em relação ao câncer de EBV-negativo. Os diagramas de caixa demonstrar os níveis de RNAs humanos na infectada em comparação com câncer gástrico não infectados e controles que incluem o cancro lymphoepithelioma-like cervical, mucosa cervical, e mucosa gastrointestinal benigna. Cada ponto representa um resultado analítico individual sobre uma escala em unidades de log2 normalizada.
Genes diferencialmente expressos em cancro gástrico em comparação com a mucosa gastrointestinal não-maligna
Vinte seis genes foram significativamente desregulado no cancro gástrico em comparação com a mucosa gástrica não-maligna ( p < 0,05). Os RNAs humanos upregulated no câncer gástrico foram INHBA, SPP1, THY1, SERPINH1, CXCL1, FSCN1, COL1A1, SPARC, COL1A2, PTGS2 (COX2), BBC3, ICAM1, TNFSF9, MYC, SULF1, SLC2A1, COL3A1, PCNA e Tyms
, enquanto os RNAs reprimidos foram CDH1 (caderina-e), CLDN18
, CHGA
(chromogranin), PTEN, sdc1
(CD138) e GAST
(gastrina). O único factor viral que foi expresso diferencialmente foi BLLF1
que foi significativamente mais elevado do que no cancro na mucosa gástrica não-maligna (p = 0,004). BLLF1
codifica a proteína do envelope viral, gp350 tarde /220, o que sugere que os viriões são significativamente mais prevalente no cancro do que em tecido gástrico não-maligno. BLLF1
não era específico para o câncer gástrico, no entanto, como ele também foi expressa em alguns tecidos cervicais benignas e malignas, bem.
Genes associados com câncer gástrico em comparação com o câncer cervical lymphoepithelioma-like
Nove genes eram significativamente desregulado no câncer gástrico em comparação com o câncer cervical lymphoepithelioma-like (p < 0,05). Os sete RNAs upregulated no câncer gástrico foram CLDN18, EPCAM, REG4, BBC3, OLFM4, PPARG
e CDH17
, enquanto os dois genes reprimidos foram IFITM1 Comprar e HIF1A
.
Padrões de a expressão do gene virai lítico latente e em EBV infectados cancros gástricos
14 os cancros gástricos infectadas com EBV neste estudo consistente co-expresso virtualmente todos os genes líticos latentes e EBV, que é um tanto surpreendente, uma vez que a literatura anterior descreve um padrão de latência um pouco restrito [48-51]. É possível que a tecnologia analítica Nanostring nCounter é mais sensível do que os métodos tradicionais de detecção.
O ARN viral mais altamente expresso foi EBER1
a uma média de mais de 1 milhão de unidades normalizadas por tecido de cancro infectadas com EBV, seguido pela EBER2
, BRLF1 Comprar e EBNA1
a partir do promotor Q. EBNA2
foi o RNA viral expressa menos com uma expressão média de apenas 10 unidades normalizadas por tecido infectado e EBNA2
estava completamente ausente em 8 dos 14 cânceres gástricos infectados. Os padrões de expressão de genes virais são descritos na Figura 4. A Figura 4 genes EBV latentes e líticos são co-expressos em câncer gástrico. Uma parte do mapa de calor a partir de Figura 1 é apresentada em alto contraste para decifrar os níveis de expressão relativa de genes de EBV nos cancros gástricos infectadas com EBV e 14 espécimes circundantes. Todos os tecidos são cancros gástricos, excepto um único mucosa gástrica não maligna, mostrado em cinza, dissecados a partir do mesmo bloco de parafina como um cancro gástrico infectadas com EBV. Nível médio de cada RNA na coorte de câncer gástrico infectados com EBV expressão é mostrado à direita de cada símbolo do gene.
Origem geográfica e proporção de células tumorais não são preferencialmente associado com status de EBV de câncer gástrico
Abaixo do mapa de calor na Figura 1 é a distribuição dos casos de câncer gástrico por origem geográfica de Honduras (n = 86), Japão (n = 5), ou nos Estados Unidos (n = 17). Não houve associação significativa entre a origem geográfica e EBV-positiva em relação
agrupamento negativo de câncer gástrico (teste exato de Fisher p = 0,9), sugerindo que a origem geográfica não é o principal motor de agrupamento hierárquico.
A parte inferior da Figura 1 também mostra a distribuição de EBV infectados, versus cancros gástricos EBV-negativa
classificadas por a proporção de entrada de células malignas para o perfil de expressão de ensaio. Não houve associação significativa entre a proporção de células malignas e contra grupos EBV-negativo
de câncer gástrico infectados com EBV. Surpreendentemente, os tecidos cancerosos com o conteúdo da célula maligna baixo não preferencialmente cluster com os tecidos gástricos não-malignas. Cancros com conteúdo de células malignas baixa (1 a 25% de células malignas) foram distribuídos em diversos segmentos do mapa de calor juntamente com cancros com média (26 a 50%) ou alta (> 50%) o conteúdo da célula maligna (exato de Fisher teste p = 0,5), sugerindo que características gerais transcriptoma superam proporção de células tumorais como o motorista de agrupamento hierárquico.
tendo em mente que os cancros cervicais linfoepitelioma-like neste estudo foram rica em estroma linfóide, como são muitos cancros gástricos infectadas com EBV , é notável que estas duas classes de cancro agrupados separadamente uns dos outros e também conseguida razoavelmente boa separação da mucosa não-maligno adjacente. Para a maioria dos genes no painel, há uma sobreposição considerável nos níveis em todos os tipos de doenças. Embora os perfis são mais informativo e mais convincente do que são resultados de transcrição individuais, existe alguma sobreposição de perfis, bem como, o que significa que perfilar os resultados do ensaio devem ser correlacionados com as características histológicas, a fim de classificar com precisão um tecido tão benigno ou maligno.
Farmacogenética preditores e metas druggable
própria infecção EBV é considerado um alvo de recurso, pelo menos para a 14/108 (13%) infectados cancros gástricos foram identificados. Este estudo demonstra uma nova maneira de identificar cancros infectadas pelo vírus pelos perfis de ARN de secções de parafina de modo que a informação de prognóstico e preditivo pode ser considerada nas decisões de tratamento do paciente. fatores celulares de potencial farmacogenética incluem a via de HIF, SPARC, Tyms, FCGR2B, MET,
e ERBB2 (Her2)
. (Ver Figure5). Comparado com cancros gástricos, cancros cervicais tendem a ter níveis mais elevados de HIF1A
indicando resposta à hipóxia, embora os níveis igualmente elevados na mucosa cervical não maligno levantar a possibilidade de estimulação ex vivo
deste fator com sensor de oxigênio. Mais estudos são necessários para distinguir os factores técnicos de in vivo
regulação positiva que justifiquem a consideração de inibidores da angiogénese. Figura 5 Alguns tipos de câncer gástrico tem desregulação significativo de fatores que mostram a promessa como preditores de farmacogenética. Os diagramas de caixa demonstrar a expressão de alvos farmacogenética selecionados na infectados contra cancros gástricos não-infectados, bem como da mucosa gástrica não-malignas do colo do útero e histopathologies. Cada ponto representa um resultado analítico indivíduo em uma escala unidade normalizada log2.
Nós confirmou que SPARC
é regulada no câncer gástrico em comparação com mucosa gástrica benigna. Resposta ao docetaxel, uma droga que inibe taxano montagem do fuso mitótico, é declaradamente influenciado pelo montante da expressão da proteína SPARC no câncer gástrico [52]. Gástricas e cânceres cervicais ambos tiveram maior thymydylate sintase
(Tyms) do que as respectivas contrapartes mucosas benignas. Alto Tyms
níveis contribui supostamente para resistência adquirida à terapia de combinação 5-FU [53].
Alguns cancros gástricos tinha níveis extremamente elevados do receptor Fc, FCGR2B
, o que poderia afetar a internalização de drogas e farmacodinâmica de anticorpos terapêuticos tal como cetuximab in vivo.
Quatro cancros gástricos expressa fortemente MET,
e mais oito casos fortemente sobre-expressos expressa ERBB2
(Her2), levantando a possibilidade de que este ensaio pode prever a resposta aos tirosina terapia de inibidor da quinase.
Discussão
Este estudo utilizou métodos moleculares modernas para examinar um grande RNAs virais humana e painel no câncer gástrico. Para nosso conhecimento, este é o maior grupo de produtos de genes virais para ser examinada em conjunto com RNAs humanos em tecidos de arquivo, embebidos em parafina. O subtipo infectados com EBV de câncer gástrico é dramaticamente evidente no mapa de calor correspondente criado por agrupamento não supervisionado e infecção EBV foi confirmada por cargas virais elevadas de DNA EBV nestes tecidos. A expressão de genes virais e humanos seleccionados nas cancros confirmados vários conhecidos a vírus e os efeitos relacionados ao câncer e também revelou novas descobertas que lançam luz sobre possíveis estratégias de gestão da doença patogenia e.
Surpreendentemente, os cancros gástricos infectados overexpressed todos os 18 da genes EBV latentes e líticos que foram testados. Descobrimos elevados níveis de BRLF1
ARN (que codificam a proteína virai precoce imediato desencadeamento replicação lítica em concerto com BZLF1) e moderadamente elevados níveis de BXLF1
(a timidina quinase viral que converte penicyclovir para uma forma tóxica, sugerindo um mecanismo para a terapia) [54]. BLLF1
(que codifica para a gp350 viral tardia proteína envelope /220) foi expressa em níveis moderados que estavam, no entanto, significativamente mais elevada do que na mucosa não maligna, sugerindo que a infecção lítica EBV não é abortiva, mas sim é susceptível de produzir o envelope viral tardia gp350 proteína /220. Entre os genes latentes, EBNA1
a partir do promotor Q, EBNA-LP, e EBNA3C
transcrições foram mais prevalentes. EBNA2
foi focally detectada em nível baixo, mas ainda foi significativamente maior nos infectados do que em cancros gástricos não infectados. trabalho histoquímica antes geralmente não revelou expressão de nível de proteína das EBNAs ou produtos de genes virais líticas, por isso é necessário mais trabalho para saber se esses RNAs de forma viral que codificam está localizada maligna células, os linfócitos, ou possivelmente até mesmo para exossomos ou virions no extracelular milieu.
comparação com cancros não infectados, os cancros infectados tinham regulação positiva significativa de nove fatores celulares (FCER2, MS4A1 (CD20), PLUNC, TNFSF9, TRAF1, CXCL11, IFITM1, PPARG
e FCRL3
), o que implica que EBV não é um espectador inocente em relação ao impacto bioquímico. As mudanças associadas ao vírus que encontramos foram em vias conhecidas para oncologistas virais, nomeadamente NFKB e sinalização Notch (FCER2, TRAF1, PPARG
) e da mucosa resposta imune (PLUNC, TNFSF9, CXCL11, IFITM1, FCRL3
). MS4A1 (CD20) é de células B específicas, lembrando-nos que alguns dos fatores upregulated em EBV-infectados em comparação com câncer gástrico não infectados poderia derivar de elementos do estroma, em vez de a partir de células epiteliais malignos. PLUNC
foi previamente descrito como um marcador de tumor de carcinomas gástricos e da nasofaringe, e que codifica para uma proteína secretada envolvidas na resposta imune inata [55-57]. TNFSF9, uma citoquina da família do factor de necrose tumoral, estimula a activação de células T e dispara a produção de IFNG que por sua vez induz a CXCL11 quimiocina pró-inflamatório e o factor antiviral inata IFITM1. PPARG é como um receptor nuclear controlar redes de microtúbulos e metabolismo de glucose, e que é um alvo promissor para drogas inibidoras [58]. O FCRL3
gene resposta imune é mutado em doenças auto-imunes, como artrite reumatóide, lúpus e doença de Graves.
Nossas descobertas apoiar o trabalho de Lee et al
que encontrou padrões de expressão humanos distintos em infectados, versus
cancros gástricos não infectadas [10]. Embora seu estudo alvejado proteína e nosso alvo RNA, os nossos resultados concordaram com a deles para 4 dos 5 fatores em comum entre os dois estudos (BCL2, PTEN, CDH1, PTGS2
). Havia uma discrepância potencial para ERBB2
que foi significativamente menos frequentemente expressa em infectada em comparação com câncer gástrico não infectadas quando testado no nível de proteína [10], ao passo que o presente estudo não mostraram diferença significativa no nível de RNA transcrito. Factores de confusão incluem 1) a proporção de células tumorais presentes nas amostras avaliadas, 2) diferentes critérios para categorizar estado expressão, e 3) de ARN contra alvos de proteína.
Em geral, a tecnologia de matriz que foi utilizado no presente estudo funcionado bastante bem na geração de perfis de ARN que foram crível em virtude de distinguir conhecido benigna contra
maligno e gástrica contra histopathologies cervicais
. Além disso, a co-expressão de analitos na mesma via ou por o mesmo agente infeccioso faz sentido a partir de uma perspectiva patobiologia e virologia. Curiosamente, todos os tecidos do colo do útero agrupadas e lesões cervicais benignas e malignas foram em grande parte segregados embora painel de teste v1 ™ da Gastrogenus não tinha sido projetado especificamente para atingir estes parâmetros. Falta de múltiplos co-expressa EBV mRNAs em tecidos cervicais reforçou o que sabíamos sobre sua EBV-negatividade pela EBER padrão ouro no ensaio de hibridização in situ
.
Entre os sete genes que foram significativamente mais expressos em câncer gástrico (independentemente do estado da infecção) em comparação com o câncer cervical lymphoepithelioma-like, quatro foram anteriormente relatados como marcadores de câncer gástrico (CLDN18, REG4, OLFM4, CDH17
) [55, 59-63]. Duas outras (glicoproteína de células epiteliais EPCAM específica trans-membrana, e quimiocina PPARg), bem como REG4, estão a ser exploradas para a terapia do cancro orientada [64-66]. O último dos sete, BBC3 (também chamado p53 modulador da apoptose-regulada, ou PUMA) é declaradamente regulada pelo EBV LMP2A e reinou em pelo EBV miR-BART5 em modelos de linhas celulares [67, 68], sugerindo que esta família BCL2 membro é fortemente regulada pelo vírus.
Um dos dois RNAs que foi significativamente maior no colo do útero em comparação com câncer gástrico foi IFITM1
, que você pode recordar também foi encontrado para ser sobre-expresso em infectada em comparação com câncer gástrico não infectados. É necessário mais trabalho para explorar se os cancros do colo do útero câncer gástrico (infectadas pelo papilomavírus humanos presumivelmente) e EBV-infectados compartilhar um mecanismo relacionado com o vírus comum para a sobre-expressão deste fator de resposta imune inata. O outro gene significativamente sobre-expressos em cervical em comparação com câncer gástrico foi HIF1A
cuja expressão foi associada com a de quatro mediadores da angiogênese jusante no nosso painel (VEGFA, SLC2A1, SLC2A3 Comprar e EPAS1
) como evidenciado pela positiva Pearson coeficientes de correlação (dados não mostrados). Se confirmado para ser operativa in vivo
, a estimulação via HIF implica que inibidores da angiogénese vale a pena investigar.
Benigna contra
tecidos gástricos malignos tendem a agrupar-se, separadamente, no mapa de calor, com algumas exceções. efeito de campo [69] ou transferência exosomal de fatores para regiões adjacentes do ambiente local [70, 71] poderia explicar por que alguns tipos de câncer e tecidos reactivos adjacentes tinham perfis semelhantes. Enquanto macrodissection foi usado para separar cuidadosamente lesões benignas de malignas, não podemos excluir malignidade oculta como um contribuinte para o agrupamento aberrante.
Entre os 19 genes significativamente upregulated no câncer gástrico em comparação com mucosa gástrica não maligno adjacente, a maioria foi relatada anteriormente como marcadores de câncer gástrico específicas [72-76], e que agora confirmar que a sua regulação positiva é detectável no tecido embebido em parafina de arquivo. Níveis mais baixos de GAST
(gastrina) RNA em tecidos de câncer pode ajudar a explicar a perda concomitante do CHGA
gastrina sinalização fator (chromogranin). O fator mais consistente reprimidos no câncer gástrico contra
mucosa benigno adjacente foi o CDH1 gene supressor de tumor (E-caderina)
sugerindo ou 1) CDH1
hipermetilação do promotor [77], 2) mutação germinativa rara de CDH1
relacionado com a predisposição hereditária para cancro gástrico [78], ou 3) a regulação negativa de CDH1
por EBV LMP1 como descrito em modelos de linhas de células [79].
LMP1 foi relatado anteriormente que estavam ausentes em cancro gástrico infectado exceto em casos raros [50, 51, 80, 81]. Foi portanto surpreendente que Nanostring nCounter array de perfis mostrou consistente embora baixo nível de expressão de ARN LMP1
juntamente com virtualmente todos os outros RNAs EBV que foram testados nos cancros gástricos infectados. co-expressão coordenada de múltiplos genes virais argumenta que a expressão é verdadeira positiva. Os nossos resultados de microarray levantam a possibilidade de que os ARN virais que detectados não está a codificar proteínas ou que as proteínas são 1) apenas transitoriamente expressa, 2) rapidamente degradada, 3) localizada em células raras que são prontamente reconhecidos e destruídas pelo sistema imune, ou 4) presente em tal nível baixo que os ensaios tradicionais são muito insensíveis a detectá-los [82]. O fabricante do sistema de teste nCounter afirma analítica sensibilidade equivalente ao de RTPCR [43].
Enquanto a maioria dos genes virais foram expressos quase exclusivamente na infectada coorte câncer gástrico, EBER1 Comprar e EBER2
eram comumente expressa em cada um das coortes gástricas e cervicais benignos e malignos, se bem que em níveis muito inferiores do que foi observado em cada um dos cancros gástricos EBV-infectada. Na verdade, nosso estudo revelou uma nova maneira de identificar câncer gástrico infectados com EBV, medindo EBER1
e /ou EBER2
RNA no tecido de arquivo, e propusemos limites que com sucesso distinguir infectados por cancro gástrico não infectado.
Suporte para a infecção viral ativa em pacientes com câncer gástrico infectados vem de evidências sorológicas de títulos mais altos contra o antígeno do capsídeo viral em comparação com pacientes com câncer gástrico EBV-negativo e controles benignos [83]. infecção lítica baixo nível foi anteriormente descrita em células linfóides das mucosas [31, 82, 84] e em linhas de células epiteliais gástricas infectados [85]. BARF1 é conhecido por ser expresso no cancro gástrico, onde é proposto para actuar como uma imagem latente, em vez de um factor de lise [50, 51]. Usando tecnologia sensível RTPCR, várias transcrições EBV líticas foram detectados por Luo et al em tecidos com câncer gástrico [50].

• Características do vírus de Epstein Barr variantes associadas com o carcinoma gástrico no sul Tunisia
• linhagens genéticas de carcinomas gástricos do tipo indiferenciado analisados ​​pelo agrupamento não supervisionado de DNA genômico microarray data