Výzvy nájdenie gén zodpovedný za vzácna, autozomálne dominantné syndrómu rakovina žalúdka citlivosti
adenokarcinómu žalúdka a proximálneho polypózy žalúdka (GAPPS) je novo popísané vzácne autozomálne dominantné syndróm, ktorý sa vyznačuje fundusu polypy žľazy s občasným hyperplastické a adenomatóznej polypy. diagnostikovaná sme GAPPS vo veľkom austrálskom (Rodina 1) a dvoch menších severoamerických rodiny (Family 2 a 3). Mutácie v APC
MUTYH
, CDH1
, SMAD4
, BMPR1A
, STK11 stroje a Ptení
boli vo všetkých rodinách sekvenčné analýzou exónov a sprievodných regiónoch vylúčené, ako aj testy na delécií alebo duplikácie exónov. mapované sme gén GAPPS v rodine 1, väzbové analýzy (LOD skóre 4.21) do oblasti 20MB, ktorá obsahuje asi 60 génov. Short tandem repeat genotypu ukázal, že dotknuté rodinní príslušníci 2. akciu haplotypu v tomto 20MB regióne, ale analýza Affymetrix SNP dát 6.0 z troch postihnutých členov rodiny 2 ukázala, že zdieľa aj niekoľko ďalších oblastí genómu. Avšak, obaja Rodina 2 a 3 sú príliš malé pre definitívne väzbové analýzy.
Sme vykonali úplnú sekvenčné exome po dobu troch postihnutých jedincov v rodine 1 (a cielenú sekvenčné spracovanie prepojeného regióne inou osobou), a z troch postihnutých členov pre rodinu 2. sme nenašli žiadne vzácne kódovanie alebo mieste zostrihu varianty v prepojenom regióne, ktoré boli zdieľané všetkými postihnutých členov rodiny 1; ani žiadny z rovnakého regiónu v oboch postihnutých členov rodiny 2. Všetky kódujúcich exónov a génov Mier v prepojenom regióne boli sekvenované najmenej 30X pri každom základni, alebo Sangerovo sekvenovania, s výnimkou siedmich exónov, pre ktoré Sangerovo sekvencovanie ešte len byť dokončená. Budeme tiež používať Sanger sekvenovania k zlepšeniu pokrytia exónov v prepojenom regióne v rodine 2.
Avšak, naša súčasná hypotéza je, že nekódujúca mutácie v prepojenom regióne sú zodpovedné za syndróm GAPPS v oboch rodín 1 a 2 a tak celá analýza sekvencie genómu po dobu dvoch postihnutých členov v rodine 1 bola vykonaná analýza a je v plnom prúde.