Проблемы нахождения гена, ответственного за редким, аутосомно-доминантный синдром желудка, предрасположенность к раку
аденокарциномы желудка и проксимального полипоз желудка (GAPPS) недавно описал, редкое аутосомно-доминантный синдром, характеризующийся фундальном полипоза железы с периодическим гиперпластических и аденоматозных полипов. Мы поставили диагноз GAPPS в большом австралийском (Family 1) и два небольших североамериканских семей (семьи 2 и 3). Мутации в APC
, MUTYH
, CDH1
, SMAD4
, Bmpr1a
, STK11
и PTEN
были исключены во всех семьях путем анализа последовательности экзонов и фланкирующих, а также с помощью анализов для удаления или дублирования экзонов. Мы составили карту ген GAPPS в семье 1 путем анализа сцепления (LOD балл 4.21) до 20Мб области, которая содержит около 60 генов. Короткий тандемный повтор генотипирования показал, что затронутые члены семьи 2 доли гаплотипа в этом регионе 20Mb, но анализ Affymetrix SNP 6.0 данных из трех пострадавших членов семьи 2 показали, что они также разделяют несколько других областей генома. Тем не менее, как Family 2 и 3 слишком малы для окончательного анализа сцепления.
Мы провели полный секвенирование экзома для трех пострадавших лиц в семье 1 (и целевой последовательности связанного региона в другой личности), а также из трех пострадавших членов семьи 2. Мы не нашли редкое кодирование или сайта сплайсинга варианты в связанном регионе, которые были общими для всех затронутых членов семьи 1; ни кто-либо из того же региона в обоих пострадавших членов семьи 2. Все кодирующих экзонов и гены MIR в связанном регионе были секвенированы по крайней мере 30X на каждой базе, либо Sanger секвенирования, в течение семи экзонов, для которых Sanger секвенирования еще кроме будет завершена. Мы также будем использовать метод сэнгера для улучшения охвата экзонов в связанной области в семье 2.
Тем не менее, наша текущая гипотеза состоит в том, что некодирующие мутации в связанном области ответственны за синдром GAPPS обоих семейств 1 и 2 и поэтому весь анализ генома для двух пострадавших членов семьи в 1 был проведен анализ и идет полным ходом.