Os desafios de encontrar o gene responsável por uma doença rara, autossômica dominante susceptibilidade câncer gástrico syndrome

os desafios de encontrar o gene responsável por uma síndrome susceptibilidade câncer gástrico dominante rara, autosomal
gástrica Adenocarcinoma e proximal polipose do Estômago (GAPPS) é um recém-descrita, a síndrome autossômica dominante rara, caracterizada por polipose glândula fúndica com hiperplasia ocasional e pólipos adenomatosos. Nós diagnosticado GAPPS num grande australiano (família 1) e duas famílias norte-americana menores (família 2 e 3). As mutações em APC
, MUTYH
, CDH1
, SMAD4
, BMPR1A
, STK11 Comprar e PTEN
foram excluídos em todas as famílias por análise da sequência de exons e regiões de acompanhamento, bem como por meio de ensaios de eliminação ou duplicação de exões. Nós mapearam o gene GAPPS na Família 1 por análise de ligação (LOD 4,21) para uma região de 20 Mb que contém cerca de 60 genes. Curto repetição em tandem genotipagem mostrou que os membros da família afectados de duas partes um haplótipo nesta região 20 Mb, mas a análise de dados de 6,0 Affymetrix SNP de três membros afectados da família 2 mostrou que eles também partilhada várias outras regiões do genoma. No entanto, ambos Família 2 e 3 são muito pequenos para análise de ligação definitiva.
Temos realizado sequenciamento exome completo para três indivíduos afetados na família 1 (e orientada sequenciamento da região ligada em outra pessoa), e de três membros afetados da Família 2. Nós não encontrou qualquer codificação raras ou site de variantes de processamento na região vinculado que foram compartilhados por todos os membros afetados da família 1; nem qualquer da mesma região em ambos os membros afetados da família 2. exons Todos codificação e genes de miR na região ligada foram sequenciados pelo menos 30X em cada base, ou pelo seqüenciamento Sanger, com exceção de sete exons para os quais Sanger seqüenciamento é ainda ser completada. Também usaremos seqüenciamento Sanger para melhorar a cobertura dos exons na região ligada em Família 2.
No entanto, a nossa hipótese atual é que as mutações não codificantes na região ligada são responsáveis ​​pela síndrome GAPPS em ambas as famílias 1 e 2 e análise da sequência do genoma de modo inteiro por dois membros afetados na família 1 foi realizada ea análise está em curso.

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