Utfordringene for å finne genet er ansvarlig for en sjelden, autosomal dominant magekreft mottakelighet syndrom

Utfordringene for å finne genet er ansvarlig for en sjelden, autosomal dominant magekreft mottakelighet syndrom
adenokarsinom i ventrikkel og Proximal polypose av magen (GAPPS) er en nylig beskrevet, sjelden autosomal dominant syndrom, karakterisert av fundus kjertel polypose med sporadisk hyperplastisk og adenomatøse polypper. Vi diagnostisert GAPPS i en stor australsk (Family 1) og to mindre nordamerikanske familier (Family 2 og 3). Mutasjoner i APC
, MUTYH
, CDH1
, SMAD4
, BMPR1A
, STK11 Hotell og PTEN
ble ekskludert i alle familier ved sekvensanalyse av eksoner og flankerer regioner, så vel som av analyser for delesjon eller duplisering av eksoner. Vi kartla GAPPS genet i familien en av bindingsanalysen (LOD scorer 4,21) til en 20Mb region som inneholder ca 60 gener. Kort tandem repeat genotyping viste at de berørte medlemmene av familien to deler en haplotype i denne 20Mb regionen, men analyse av Affymetrix SNP 6,0 data fra tre berørte medlemmer av familien to viste at de også delte flere andre regioner i genomet. Men både familie 2 og 3 er for liten for definitiv kobling analyse.
Vi har gjennomført fullt exome sekvensering for tre berørte enkeltpersoner i familien en (og målrettet sekvensering av den koblede regionen i en annen person), og tre berørte medlemmer av Family 2. Vi fant ikke noen sjeldne koding eller spleisesete variantene i den koblede regionen som ble delt av alle berørte medlemmer av Family 1; eller noen fra samme region i begge berørte familiemedlemmer 2. All koding eksoner og Mir gener i den koblede regionen har blitt sekvensert minst 30X på hver base, eller ved Sanger-sekvensering, med unntak av syv eksoner som Sanger-sekvensering er ennå ikke være fullført. Vi vil også bruke Sanger-sekvensering for å forbedre dekningen av eksoner i den koblede regionen i Family 2.
Men vår nåværende hypotese om at ikke-koding mutasjoner i den koblede region er ansvarlig for GAPPS syndrom i begge familier 1 og 2 og så hele genomet sekvensanalyse for to berørte medlemmer i familien en har blitt utført og analyse er i gang.

• De Chek 2 genmutasjoner og risikoen for Gastric cancer
• Genetisk screening for familiær Gastric Cancer