Gen-redukčný účinok chromozomálnych strát zistených v karcinómov žalúdku

Účinok génu redukciu chromozómových strát zistených v karcinómov žalúdku
abstraktné
pozadia
úrovni stratu heterozygotnosti (LOH), ktorý znižuje génovú dávku a pôsobí účinok buniek nepriaznivého je známe, že parameter pre genetickú stagingu karcinómov žalúdka. Táto štúdia skúmala účinok v prípade, že bunka-nepriaznivé vyvolaná znížením génu bola faktorom obmedzujúcim rýchlosť pre udalosti Loh v dvoch rôznych histologických typov karcinómov žalúdka, sa Difúzne a črevné-typy.
Metódy
patologických vzorky získané od 145 pacientov s karcinómom žalúdka boli skúmané na úrovni LOH pomocou 40 mikrosatelitních markerov na osem s rakovinou spojené chromozómov (3p, 4p, 5q, 8p, 9p, 13q, 17p a 18q).
Výsledky
Most chromozómov s rakovinou spojené bolo zistené, že patrí do chromozómov gén chudobným a obsahovať niekoľko žalúdočné špecifické gény, ktoré boli vysoko exprimovaný. LOH základná úroveň zahŕňa jednu alebo žiadnu chromozóm bola častá u karcinómov žalúdka difúzna typu. Chromozómu 17, obsahujúce relatívne vysokú hustotu génov bol bežne stratená v rakoviny čreva typu rakoviny, ale nie v difúzny typu. Na vysokej úrovni LOH zahŕňajúce štyri alebo viac chromozómov tendenciu byť častejšie v žalúdočných rakovín čriev a zmiešané diferenciácie. relapsu ochorenia bolo obyčajné pre karcinómov žalúdka s vysokou úrovňou LOH cez oba hematogenního (38%) a non-hematogenního (36%) trasách, a pre prípady základnej úrovni Loh cez non-hematogenního trasy (67%).
Závery
mobilným nepriaznivý účinok zníženia génu je viac tolerovaná karcinómov žalúdka intestinálneho typu, ako u karcinómov difúzne typu, a strata génov vysoké dávky je spojená s hematogénne metastázy.
pozadí
karcinómov žalúdka prejsť hypermutations v jednoduchých opakujúcich sa sekvencií a nevyvážených chromozomálne strát, a tieto genetické zmeny sú detekované ako mikrosatelitních nestabilita (MSI) a stratu heterozygotnosti (LOH), v danom poradí, s použitím vysoko polymorfných mikrosatelitních markerov [1-4]. Patobiologických správanie a prognóza karcinómov žalúdka boli spojené s úrovňou LOH a prítomnosť MSI [3-6]. Hĺbka invázie a metastáz do lymfatických uzlín sú značne pokročila v prípadoch malých nádorov s vysokou úrovňou LOH, a tieto histologické parametre tendenciu byť priamo úmerná s veľkosťou rakoviny u prípadov s nízkou úroveň Loh [7]. Vzhľadom k tomu, je podobne detekovaný jeden mikrosatelitních genotyp v celej chirurgickej tkaniva, rovnako ako endoskopické vzorky biopsie [3, 7], je možné predpovedať pravdepodobnosť relapsu ochorenia a rozhodnutie o vhodnej resekcia na základe analýzy mikrosatelitov z A predčistenia tkanivová biopsia.
dve zásahy hypotézu navrhla, aby chromozomálne straty a výsledok bodová mutácia v biallelic inaktiváciu tumor supresorových génov [8]. Chromozomálne straty, ktoré vyvíjajú škodlivé účinky na rast buniek, sú oveľa menej tolerovaná ako chromozomálne zisky, a dva genetické zásahy poskytujúce rastovú výhodu mohol ochrániť rakoviny progenitorových buniek pred letálna Loh udalosťou [9, 10]. Ďalej, predchádzajúce štúdie navrhuje, že methylata génovej regulačné regióny sú stále menej methylata v LOH-level-spôsobom závislým na karcinómov žalúdka [11, 12], prostredníctvom kompenzačného dávkovanie mechanizmus, ktorý udržuje gén alebo transkripcie dávky počas nasledujúcich bunkových cyklov [9 ]. S ohľadom na vyrovnávací mechanizmus dávkovanie, chromozomálne zisk a LOH asociované demetylácia môže vyplývať z genetických a epigenetických odpovede na dávke kompenzačné na základe zníženia chromozomálne dávke [11-14]. Z tohto dôvodu, udalosti LOH v kombinácii s účinkom buniek nežiaduce a reakcie na dávke vyrovnávacej okrem supresorových génov inaktiváciu je pravdepodobné, že na určenie patobiologických správanie rakoviny progenitorov.
Karcinómu žalúdka boli rozdelené do dvoch odlišných histologických typov , to znamená, že Difúzne a črevné-typy [15, 16]. Difúznu typu rakoviny sú bežné u mladých veku pacientov, ktorí postrádajú prekancerózne lézie, zatiaľ čo rakovina čriev typu sú bežné u pacientov starších veku spojené s prekancerózne črevné metaplázia, ktoré sa podobajú črevnej žľazy [17]. Za predpokladu, že drene odvodené kmeňové bunky sú prispôsobenie sa žalúdočné tkaniva-životného prostredia [18], novo fixované kmeňové bunky, ktoré sú potenciálne nesúdržná a invazívne u mladých jedincov, vyvinúť v rakovinu difúzna typu. rakoviny čriev typu sú časté medzi starými veku pacientov, ktorí majú dlhodobú adaptácii novo pevnými kmeňových buniek na žalúdočné tkaniva prostredie. V tomto ohľade keďže, LOH udalosť môže mať vplyv na rôzne dávky transkripcie medzi Difúzne a črevné typu karcinómov žalúdka, ktoré stanovujú odlišné génovej expresie vzory.
V tejto štúdii, boli korelácia medzi udalosťami Loh a patobiologických správanie karcinómov žalúdka pokiaľ ide o bunkovej nepriaznivé účinky zníženie génu. Osem rakovinou asociovaných s chromozómami sme sa zaoberali mal nízku hustotu génov a žalúdok špecifické gény, ktoré by mohli mať za následok mierne buniek nežiaducim účinkom LOH. Udalosti LOH boli časté v žalúdočných rakovín čriev typu, v ktorom je strata chromozómu by mohli ovplyvniť nízku dávku transkripcie a vyvíjajú mierny bunkovú nepriaznivý účinok.
Metódy
výberu prípadov
Sto a štyridsať päť pacientov s rakovinou žalúdka, ktorí podstúpili kuratívne resekcia v období od februára 1996 do júna 2003 boli zaradení do tejto štúdie. Patologickým a radiologic boli získané informácie kontrolou podrobné záznamy o pacientov. Sto šestnásť prípadov boli predtým analyzované multifokálne genetického vyšetrenia heterogénnych nádorových miest [3]. Zvyšných 29 pacientov boli skúmané s použitím jediného tkaniva blok každého nádoru.
Mikroskopická sklíčka bola preskúmaná a potom bol vybraný nádor miesto, ktoré je reprezentatívne pre histologické vlastnosti. Histologický typ rakoviny žalúdka bola definovaná ako črevnú (žľazovej, koherentného alebo pevné), difúzna, a mieša sa podľa klasifikácie Lauren [15, 16] a stupeň diferenciácie bola odstupňovaná podľa klasifikácie WHO. Nádorové umiestnenie považované bolo kardia, telo, a Antrum. Patologickým štádiom nádoru bola stanovená v súlade s Tumor-Node-metastázy (TNM) kritérií [19]. Väčšina pacientov s rakovinou žalúdka (140 145, 97%) podstúpilo R0 gastrektómii a D2 či viac rozšírené lymfadenektómia. Celkový priemer 28,6 (medián: 33), lymfatické uzliny boli odstránené spolu so vzorkou. Žiadny z pacientov bola predoperačnej chemoterapiu a rádioterapiu.
Následné údaje o recidívy a prežitie
kombinovanej liečby intravenóznej mitomycínu, fluóruracil a cytarabín (MFC) s následným orálnym fluóruracilu bol podávaný ako štandard pooperačná adjuvantná liečba podľa úsudku lekára na celkovej prognóze každého prípadu. Počas follow-up obdobie, fyzikálne vyšetrenie, laboratórne vyšetrenia, röntgenologické vyšetrenie hrudníka, brucha ultrazvukovú alebo počítačová tomografia, a gastrofiberscopy bola vykonávaná každé 3 alebo 6 mesiacov a relapsu ochorenia bol potvrdený histologicky, pokiaľ je to možné. Keď sa viac ako jedna recidíva miesto detekovaná v prvom okamihu poruchy, jednotlivé opakovanie boli počítané oddelene. Namiesto opakovania bola rozdelená do hematogénne metastázy zahŕňajúce pľúc, pečene alebo iných vzdialených orgánov, a non-hematogénne metastázy, ktorý zahŕňal uzlín a peritoneálnej šírenie. Žalúdočné zvyškové rakoviny boli z analýzy spôsobu opakovania vylúčená.
Celkové prežívanie bola vypočítaná odo dňa chirurgickú resekciou, kým buď dňom posledného follow-up kontaktom alebo úmrtia na nádorové ochorenie. Údaje o pacientoch, ktorí zomreli z iných príčin boli vyradené v čase smrti. Štatistická analýza bola vykonaná v apríli 2007. Priemerná doba sledovania-up obdobie všetkých prežívajúcich pacientov bol 40 mesiacov (rozsah: 5 až 96 mesiacov) a bola dokončená o 98% zúčastnených pacientov. Pri analýze prežitia, 50 pacientov zomrelo v dôsledku ich rakovín a 12 pacientov zomrelo z iných príčin.
Tissue mikrodisekcii a amplifikácie DNA
päť sériových 7 um hrubé rezy z každej formalínu fixované do parafínu vložené vzorka tkaniva boli zbavené parafínu a krátko zafarbené hematoxylínom a eosínu. Jediný nádorových buniek bohaté na ostrenie bol vybraný mikroskopickou analýzou a oblasti nádoru v rozmedzí od 5 mm do 7 mm v priemere bol ručne pitvaných stereomikroskopom (zväčšenie x 40) za použitia chirurgického skalpela. Tkanivové kusy microdissected boli mikroskopicky skúmané v prípade, že obsah je nádorové bunka > 70%, čo bolo potvrdené, že odrážať rozdiely v genetickej obsahu medzi normálnou a nádorovom tkanive [3 7].
Približne 1000 microdissected nádorové bunky boli inkubované v 20 ul pufra DNA extrakciou (0,5% Tween-20 , 1 mM EDTA pH 8,0, 50 mM Tris pH 8,0, 0,5 mg /ml proteinázy k) pri teplote 37 ° C počas 24 hodín. Formalínom fixovaných v parafínu zaliate tkaniva DNA býva zle amplifikovanej PCR u starších jedincov. Väčšina DNA boli získané počas piatich rokov po príprave patologické vzorky, čo zaručuje kvalitu DNA pre PCR. Množstvo DNA, s rôznymi vlastnosťami, hodvábneho lyzátu bola stanovená na základe intenzity PCR pásma s 5-10 ng /ul DNA, ktorý bol amplifikovaný pomocou primérov mikrosatelity, D19S226
(vpred: 5 ' - CCA GCA GAT TTT GGT GTT GTC TA - 3 ', zadná strana: 5' - ACA GAG CCA GAG CCA GTA GGA GT - 3 '; veľkosť amplikónu: 164 bp). PCR amplifikácie bola vykonávaná v horúceho štartu stave s použitím rádioizotopu (α- 32P dCTP, PerkinElmer, Boston, MA, USA), ako bolo opísané skôr [3, 7]. Stručne povedané, celkom 10 ul PCR zmesi prešli 32 cyklami amplifikácie sériovej kroku, ktorý sa skladal z 94 ° C počas 50 sekúnd, priméru špecifických pre žíhacie teplote po dobu 50 sekúnd, a 72 ° C po dobu 1 min. Rádioizotopom značené mikrosatelitních sekvencie boli separované na 6% polyakrylamidovom gélu, ktorý obsahoval 7 M močoviny a boli vizualizované opakované expozície každej autoradiografu a pomocou radioluminograph skenera (BAS 2500, Fuji Photo Film Co. Ltd., Kanakawa, Japonsko) .
Analýza mikrosatelitov alel
pokyny pre vyhodnocovanie stavu LOH a MSI boli podrobne popísané v skorších štúdiách, ktoré používali rovnaký panel mikrosatelitních markerov [7]. Ako referenčný typ s mikrosatelitových alel sme načítanie dinukleotid opakované markerov, ktoré sa pohybovali od 88 bp do 247 bp veľkosť amplikónu a ktoré mali heterozygotnou frekvenciu > 50%. Vysoko polymorfné mikrosatelitních markerov na 8 s rakovinou spojené chromozómov (3p, 4p, 5q, 8p, 9p, 13q, 17p a 18q), ktoré sú často trpeli LOH v karcinómu žalúdka [3, 7, 20], boli použité na zvýšenie počet heterozygotných alel v každom ramene (obrázok 1A). Päť mikrosatelitních markerov na každej chromozomálne ramene ukázalo jasné PCR pásma heterozygotné alel a nastaví sa po celej dĺžke ôsmich chromozómov [3, 5]. Aby bolo zaistené zníženie chromozomálne, strata chromozomálne bol pridelený, kedy k udalosti LOH zúčastňuje viac ako dve mikrosatelitních markerov na jednom ramene chromozomálne [13]. Štyridsať páry mikrosatelitních primerov boli zmiešané v celkom 22 reakčných skúmaviek, a z ktorých každý obsahoval jedno (4 zmesi) alebo dva (18 zmesi), sady primérov, ktorá trvala rôzne veľkých amplikónov pri rovnakých teplotách žíhania. Výsledné jednoznačné mikrosatelitních skupiny uvedené vysokú špecifickosť multiplexové PCR stavu, ktorý bol vhodný pre malé množstvo microdissected patologických tkanív. Obrázok 1 na báze PCR analýza mikrosatelitních (A) a genetická klasifikácia karcinómov žalúdka (B). Reprezentatívny autorádiogramami vzoriek, ktoré boli skúmané PCR na báze analýzy mikrosatelitov (A) a genetickej klasifikácie črevnej typu a difúzna typu karcinómov žalúdka na základe stratu heterozygotnosti (LOH) a mikrosatelitních nestabilita (MSI) (B). (A) Elektroforéza ľavej Gél ukazuje vysokofrekvenčné MSI na viac ako 40% z 15 homozygotných markerov. Elektroforéza právo Gél ukazuje na vysokej úrovni LOH zahŕňajúce chromozómoch 3p, 4p, 5Q, 9P, 13q, 17p a 18q. Normálne (N) a zodpovedajúci tumor (T) DNA sú označené nad každým alelické pásme. Hviezdička označuje MSI a LOH. Genómovej DNA microdissected z formalínom vložený parafínu pevné tkaniva bola amplifikovaná a označený [α-32P] dCTP v horúcom stave štarte viacnásobné PCR. Celkom 80 mikrosatelitních amplikónov z každej vzorky boli vykonávané súčasne na dvoch sekvenačnej géloch. (B) za použitia panelu 40 mikrosatelitních markerov na osem s rakovinou spojené chromozómov, LOH bol interpretovaný v heterozygotných markerov, ak 40% alebo menej z homozygotných markerov vykazovali MSI. Rozsah chromozomálnych strát, ako je zaznamenal v závislosti na počte LOH-pozitívnych chromozómov, bola rozdelená na vysokej úrovni (LOH-H) a nízke úrovne (LOH-L) straty ako pre črevné-a difúzneho typu. V prípade rakoviny žalúdka difúzny typ, nula alebo jedna chromozomálne strata bola zaradená do východiskovej úrovne (LOH-B).
Na rovnakej klasifikácii mikrosatelitových genotypov, ktorá sa uplatňovala v predchádzajúcej štúdii (obrázok 1B) [Based ,,,0],7], sú alelické profily 40 mikrosatelitních markerov boli analyzované na MSI na homozygotné markerov, ktoré vykazovali niekoľko tieňových alebo zadrhávania pásma v páre normálnych a nádorových DNA. Vzhľadom k tomu, MSI zakrýva heterozygotných stavu alelickou, že alelické profily 40 mikrosatelitních sekvencií boli najprv analyzované na MSI u homozygotnou markerov. Stav LOH bola stanovená na základe straty alel v heterozygotná markéra (obrázok 1B). Rozsah chromozomálnych strát v každom prípade bol hodnotený podľa počtu ústavných chromozomálnych strát, ktoré zahŕňajú viac ako jednej alely mikrosatelitov.
Analýza in silico
dát pre hustotu génovej transkripcie a jednotlivých chromozómov
celkom 17,723 referenčných génov identifikovaných v databáze verejne (http: .. //genóm UCSC edu /, marec 2006 montáž) [21] boli analyzované pre výpočet počtu génov na 1 Mb nukleotidy segmente. Sériovej analýzy génovej expresie (SAGE), údaje o normálny žalúdočnej sliznice bol získaný z verejne prístupnej databázy (http: .... //Www NCBI NLM NIH gov /geo /, "SAGE_Stomach_normal_B_antrum"). Transkripční aktivitu jednotlivých génov bola vypočítaná kombináciou mapy referenčného génu a exprimovaného génového značky. Na základe porovnania mikročipu a údajov SAGE hodnotiacich profilov génovej expresie na báze, sa zistilo, že počet transkriptov spočítaných v dátach SAGE presne odhadnúť veľký rozdiel v aktivite génu medzi žalúdkom špecifických génov a domácnosti génov [21].
Štatistická analýza
Fisherovho exaktného testu a χ
2 testy boli použité pre porovnanie klinické jednotky funkcie s mikrosatelitních genotype karcinómov žalúdka. Pravdepodobnostné krivky boli vypočítané podľa metódy Kaplan-Meier a porovnané pomocou log-rank testu. Viacrozmerná analýza bola vykonaná podľa Cox pomerného rizika metódou s použitím stupňovitým postupov. hodnoty pravdepodobnosti boli dvojstranný, s hodnotou P
menšie ako 0,05 boli považované za štatisticky významné. Štatistický software SPSS 11.0 (SPSS Inc., Chicago, IL, USA) bol použitý pre analýzu dát.
Výsledky
analýzy udalostí Loh v karcinómov žalúdku
Väčšina karcinómov žalúdka (116 von 145 prípadov) boli skúmané v predchádzajúcom multifokálne analýzy na základe heterogénnych nádorov stránok z danej rakovinou žalúdka [3]. Bolo zistené, deväťdesiat päť percent karcinómov žalúdka vyšetrených mať buď podobnú úroveň LOH alebo MSI všeobecne zdieľané heterogénnymi nádoru miest a potom každý rakovina žalúdka bol roztriedený do jediného mikrosatelitov genotypu a nie zmiešaný genotyp. Tieto mikrosatelitních genotypy 27 ďalších prípadoch boli hodnotené podľa úrovne LOH a prítomnosti MSI, ktoré boli detekované v jednom kúsku tkaniva, ktorý obsahuje reprezentatívne histologické zložku.
Každá strata chromozomálne korelovala s patologickým parametrov rakoviny žalúdka (tabuľka 1). Väčšina chromozómové straty (4p, 5q, 9p, 13q, 17p a 18q) boli spojené s neskorým nástupom ochorenia (P Hotel < 0,05). Dve alebo viac chromozomálne straty boli súbežne súvisí s antrálnej miesta (9P a 18q straty), črevné-alebo zmiešané typu histológia (5q, 17p a 18q straty) a chudobné prežitia (3p, 9P a 13q straty) (P Hotel < 0,05). Strata 17p bol najčastejšie v črevnej typu karcinómov (67%). 13q strata bola najčastejšia u karcinómov difúzneho typu (47%). Tabuľka 1 Vzťahy s patologickým charakteristikám a jediné chromozomálne straty
Charakteristika

3p strata
4p straty
straty 5q straty
8p
9P strata
13q straty
17p strata
18q straty
No. Z pacientov
130
47
47
51
30
50
57
77
55
Age
Stredná
60
61
63
63
63
64
63
63
63
± SD
± 12,60
± 10,18
± 10,49
± 9,28
± 10,24
± 10,28
± 10,43
± 10,94
± 11,20
P
0,290 0,029
0,014 0,102
0,003 0,030
Hotel < 0,0001
0,030
sex
Muž
86
37
34
36
18
37
42
52
36
Žena
44
10
13
15
12
13
15
25
19
P
0,033
0,335 0,450
0,510
0,182 0,136
0,710 1,000
Tumor umiestnenie
Cardia
13
4 Sims 3
5
1
2
5
8 Sims 3
tela
48
16
16
13
10
14
16
24
16
dutine
69
27
28
33
19
34
36
45
36
P
0,743 0,424
0,078 0,267
0,018 predstavujú 0,119
0,253 0,043
histologickom typu
črevnej
54
19
19
23
13
22
20
36
27
Difúzna
32
9
9
6
5
8
15
11
7
Mixed
44
19
19
22
12
20
22
30
21
P
0,395 0,395
0,018 0,480
0,176 0,404

0,004 0,026
veľkosť nádoru
Stredná
5,3
5,8
5,1
4,9
5,1
4,9
5,7
5,2
5,5
± SD
± 3,01
± 2,86
± 2,64
± 2,29
± 2,42
± 2,73
± 3,02
± 2,86 ±
3,13
P
0,129 0,631
0,131 0,705
0,181 0,179
0,564 0,483
Stage
I & II
64
20
21
20
14
22
21
36
24
III & IV
66
27
26
31
16
28
36
41
31
P
0,277
0,469 0,075
0,836 0,372
0,014 0,593
0,292
recidíva
peritoneálnej
24
10
9
8
5
10
12
16
11
lymfatických uzlín
10
4 Sims 3 Sims 3
2
5
4
6 Sims 3
hematogenního
22
13
11
14
8
11
14
15
10
Celkom
56
27
23
25
15
26
30
37
24
P

0,422 0,507
0,070 0,428
0,826 0,415
0,899 0,663
Vital stav
119
42
41
47
29
44
51
68
48
živý
70
19
21
26
16
20
24
36
27
Živí mŕtvi
49
23
20
21
13
24
27
32
21
P
0,021 0,152
0,330 0,402
0,019 0,019
0,094 0,389
P
hodnoty menšie ako 0.05 sú vyznačené tučným písmom tlače.
veľkej časti (52%) karcinómov žalúdka difúzny typ mal jeden alebo žiadne chromozomálne straty, ktoré boli klasifikované do LOH základnej úrovne (LOH-B), pretože väčšina črevnej -A zmiešaný typ rakoviny (86%) malo dve alebo viac chromozomálnych straty (obrázok 2) [7]. Tieto prípady LOH na vysokej úrovni s štyrmi alebo viacerými chromozomálnych straty boli najčastejšie v zmiešaných prípadoch diferenciáciu s oboma intestinal- a difúzne typu rakoviny žalúdka (44%). Celkovo možno povedať, 15 LOH-B (10%), 65 LOH-L (45%), 50 LOH-H (35%), a 15 MSI (10%) boli zistené prípady, 145 chirurgických vzoriek. Obrázok 2 Vzťahy medzi histologickom typu a nie. chromozomálnych straty v karcinómov žalúdku. Histologický typ rakoviny žalúdka bol definovaný ako Difúzne (n = 32, uzavretý v rámčeku), intestinal- (n = 54, šedý kváder), a zmiešaný-typu (n = 44, otvorený box), podľa klasifikácie Laurena.
Analýza hustoty génu a vysoko exprimované gény rakoviny spojené s chromozómami
hustota génov na 1-Mb segmente, vrchol 100 aktívnych génov, ktoré boli vysoko exprimovaný v žalúdku, a frekvencia LOH genotypy zistené v karcinómov žalúdka boli analyzované na každého chromozómu (tabuľka 2). V porovnaní s ôsmimi rakovinou asociovaných chromozómov, ktoré sme skúmali a zvyšných 14 chromozómov, hustota génov (4,8 génov oproti 6,9 génov na 1 MB segmente) a priemerného počtu vysoko exprimovaných génov (3,3 génov oproti 5,3 gény) boli nižšia v chromozómoch s rakovinou spojené ako v ostatných chromozómov. Priemerný počet prepisov odhadovaných v každom vysokú expresiu génu bola tiež nízka v chromozómoch s rakovinou spojené (54 oproti 69 prepisy za každého génu). Jednotlivé autozomy boli zoskupené v poradí génových hustôt. Chromozómy 2, 3, 4, 5, 8, 13 a 18 boli rozdelené do skupiny s nízkou hustotou gén kratšia ako päť génov na 1 Mb segmente. Chromozómy 11, 16, 17, 19, 20 a 22 má vysokú hustotu génov viac ako osem génov na 1 Mb segmente. V dôsledku toho, z ôsmich s rakovinou spojené s génmi, ktoré sa skúmala, šesť (chromozómy 3, 4, 5, 8, 13 a 18), patrí do chromozómov gén chudobných, a zostávajúce dva gény patrí k strednodobo (chromozómu 9 ) a vysokou (chromozómu skupiny 17) gén hustotou. Chromozómy 17 a 13 obsahovali vysoké a nízkej hustoty génov (13,4 a 2,7 génov na 1 Mb segment), resp. Chromozóm 17 vykazovali vysokú frekvenciu LOH v LOH-L (49%), ale nie v prípadoch LOH-B (13%). Frekvencia chromozómu 13 straty bol podobný v LOH-L (25%), a prípady, LOH-B (27%). Tabuľka 2 Hustota gén, vysoko exprimované gény, a úroveň LOH na jednotlivých chromozómoch odhadovaných v žalúdku rakovinových a nerakovinové tkanivá

No. génov na segment 1 Mb *
Top 100 vysoko exprimovaných génov
(počet prepisov za génu) *
Úroveň LOH (%) §




Baseline
(n = 15)
Low
(n = 65)
High
(n = 50)
Rakovina spojená s chromozómami Sims 3
4,9 Sims 3 (76)
1 (7)
18 (28)
28 (56)
4
3,6
5 (53)
2 (13)
12 (18)
33 (66)
5
4,4
4 (44)
0 (0)
14 (22)
37 (74)
8
4,1 Sims 3 (32)
0 (0)
9 (14)
21 (42)
9
5,2
4 (60)
1 (7)
15 (23)
34 (68)
13
2,7
2 (121)
4 (27)
16 (25)
37 (74)
17
13,4
5 (42)
2 (13)
32 (49)
43 (86)
18
3,2
0 (0)
1 (7)
18 (28)
36 (72)
stredné hodnoty
4,8
3,3 (54)
Ostatné chromozómy
1
7,7
8 (47)
2
4,7
9 (132)
6
5,8
7 (39)
7
5,2
6 (45)
10
5,0
2 ( 37)
11
8,9
9 (85)
12
7,3
10 (62)
14
5,3
6 (43)
15
5,3
2 (90)
16
8,6 Sims 3 (34)
19
19,8
8 (61)
20
8.3
2 (76)
21
5,1
1 (268)
22
8,4
1 (55)
Priemerné hodnoty
6.9 5.3
(69)
* Celkový počet prepisov 17,723 génov boli analyzované pomocou skôr publikovaných údajov [21].
§The podrobnosti sú uvedené v časti materiál a metódy.
Vzťahy medzi patologickým funkcií a mikrosatelitních genotypy
145 karcinómov žalúdka boli analyzované pre vzťahy medzi úrovňou LOH a patologickým funkcií (tabuľka 3). Oba žalúdočné rakoviny LOH-H a LOH-B boli bežne spojené s vysokým rizikom fenotypy, ako sú lymfatické invázie (P
= 0,006), žilovej invázie (P
= 0,005), pokročilých štádií (p
a 0,0001), opakovanie (P
= 0,023) a nízka miera prežitia (P Hotel &0,0001), zatiaľ čo LOH-L a karcinómov žalúdka MSI boli korelované s dobre a stredne diferenciácie (P
= 0,033) a fáza čoskoro tumor (P Hotel &0,0001). Obaja genotypy spojené s vysokým rizikom-fenotypu boli odlišné podľa anatomického miesta výskytu a vzor opakovania. Prípady LOH-H často došlo v antrálnej časti (70%), a že sa znovu objavili až hematogénne šíri do pečene, pľúc a ďalších vzdialených orgánoch (38%), rovnako ako non-hematogénne metastázy, ako peritoneálnej siatie a postihnutia uzlín ( 36%). Väčšine prípadov LOH-B boli prítomné v srdcovej a telesnej časti (94%) a relapsu v peritoneálnej dutine (67%), skôr než vo vzdialených orgánoch (13%). Nástup vek LOH-B (45 rokov) a LOH-H (65 rokov) v prípade, bolo významne odlišné (P Hotel &0,0001) .Table 3 Vzťahy medzi mikrosatelitních genotypov a patologickým vlastností karcinómov žalúdka
Charakteristika

Vysoko rizikové genotypy


s nízkym rizikom genotypom

P
hodnoty

(%)
LOH H (%) *
LOH-B (%) *
P
hodnota
LOH-L (%) *
MSI (%) *
P
hodnota

No. pacienta
145
50
15
65
15
Vek (rok) Hotel < 0,0001
0,038 0,710
Mean
61
65 45
60
67
SD
± 12,5 ± 9,8
± 12,7 ± 11,6
± 9,8
Sex
0,118 0,008
0,393
Muž
90 (62)
36 (72)
7 (47)
43 (66)
4 (27)
Žena
55 (38)
14 (28)
8 (53)
22 (34)
11 (73)
veľkosť nádoru
0,247 0,502
0,394
Stredná
5,34
5,3
6,34
5,0
5,6
SD
± 2,94
± 2,62
± 3,77
± 3,10
± 2,33
Diferenciácia
0,052 0,094
0,033
No
11 (8) Sims 3 (6)
8 (12)
Stredná
53 (36)
17 (34)
1 (7)
25 (39)
10 (67)
Poor
81 (56)
30 (60)
14 (93)
32 (49)
5 (33)
umiestnenia nádoru Hotel < 0,0001
0,037 0,791
Cardia
13 (9) Sims 3 (6)
4 (27)
6 (9)
Telo
50 ( 35)
12 (24)
10 (67)
26 (40)
2 (13)
dutine
82 (56)
35 (70)
1 (6)
33 (51)
13 (87)
klasifikácie Laurena Hotel < 0,0001
0,016 Hotel < 0,0001
Črevné
58 (40)
19 (38)
0 (0)
35 (54)
4 (27)
Difúzna
32 (22 )
9 (18)
15 (100)
8 (12)
0 (0)
Mixed
55 (38)
22 (44)
0 (0)
22 (34)
11 (73)
štruktúra rastu
0,600 Hotel < 0,0001 Hotel < 0,0001
Rozšírenie
20 (14)
1 (2)
1 (7)
9 (14)
9 (60)
infiltrative
70 (48 )
32 (64)
10 (67)
28 (43)
Mixed
55 (38)
17 (34)
4 (26)
28 (43)
6 (40)
Lymfatická invázie
1.000
0,771 0,006
Nie
44 (30)
9 (18) Sims 3 (20)
34 (52)
5 (33)
Áno
101 (70)
41 (82)
12 (80)
31 (48)
10 (67)
Žilová invázie
0,351 0,113
0,005
Nie
112 (77)
35 (70)
8 (53)
54 (83)
15 (100)
Áno
33 (23)
15 (30)
7 (47)
11 (17)
štádiom nádoru
0,757 0,763
Hotel < 0,0001
Early
75 (52)
16 (32)
6 (40)
42 (65)
11 (73)
Advanced
70 (48 )
34 (68)
9 (60)
23 (35)
4 (27)
recidíva
0,035
0,517 0,023
nepovin

• Vplyv laktulózy na toleranciu žalúdočné podávanie v dlhodobej intenzívnej starostlivosti patients
• Zmenené expresie predpokladaného progenitorov markeru DCAMKL1 na potkanoch žalúdočnej sliznice pri regenerácii, metapláziou a dysplasia