Geeni-vähentävä vaikutus kromosomaalisten havaittujen vahinkojen mahasyövistä

Geeni-vähentävä vaikutus kromosomin havaittujen vahinkojen syöpien
Abstract
tausta
taso heterotsygoottisuuden menetys (LOH), joka vähentää geenin annoksen ja kohdistaa solun haitallinen vaikutus tiedetään olevan parametrin geneettiseen lavastus mahasyövistä. Tässä tutkimuksessa tutkittiin jos solu-haitta, joka aiheutuu geenin kanssa vähennys oli nopeutta rajoittava tekijä LOH tapahtumista kaksi erillistä histologista tyyppiä mahasyövistä, The haja- ja suoliston-tyyppejä. Tool Menetelmät
patologisen näytteet on saatu 145 mahasyöpäpotilaista tutkittiin tason LOH käyttäen 40 mikrosatelliittimarkkerin kahdeksan syöpään liittyvän kromosomien (3p, 4p, 5q, 8p, 9P, 13q, 17p ja 18q).
tulokset Dating ja syöpään liittyvien kromosomien havaittiin kuuluvan geenin huono kromosomien ja sisältää muutamia vatsa-geenit, jotka olivat erittäin ilmaistaan. Lähtökohta-tason LOH osallisena yksi tai ei kromosomi ollut usein heikossa-tyypin syöpien. Kromosomissa 17, joka sisältää suhteellisen suuren tiheyden geenien oli yleisesti menetetty suoliston-tyypin syöpiä mutta ei diffuusi-tyypin syöpiä. Korkean tason LOH käsittävät neljä tai useampia kromosomeja taipumus olla yleisempää mahasyövistä suoliston ja sekoitetaan erilaistumista. Taudin pahenemiseen oli tavallista mahasyövistä korkean tason Loh kautta sekä hematogenous (38%) ja ei-hematogenous (36%) reitit, ja että lähtötilanteessa tason Loh tapausten kautta ei-hematogenous reittiä (67%).
Johtopäätökset
solu-haitallinen vaikutus geenin väheneminen on enemmän siedetty suoliston tyyppisten syöpien kuin diffuusi-tyypin syöpiä, ja menetys korkean annoksen geenien liittyy hematogenous etäpesäkkeitä.
Background
Mahalaukun syöpien läpi hypermutaatiot yksinkertaisissa toistosekvenssit ja epätasapainoinen kromosomi tappioita, ja nämä geneettiset muutokset havaitaan kuin mikrosatelliittien epävakaus (MSI) ja heterotsygotian menetys (LOH), vastaavasti, käyttämällä erittäin polymorfisia mikrosatelliittimarkkerin [1-4]. Pathobiological käyttäytyminen ja ennusteen mahasyövistä on liittynyt taso LOH ja läsnäolo MSI [3-6]. Syvyys invaasion ja imusolmuke etäpesäke ovat huomattavasti kehittyneet tapauksissa pienikokoisten syövät korkean tason Loh, ja nämä histologisten parametrien taipumus lineaarisesti sidoksissa syövän koko matalan tason LOH tapauksissa [7]. Koska yksittäinen mikrosatelliittimerkkien genotyyppi on samalla havaitaan koko kirurgisen kudosten sekä endoskooppinen biopsia näytteen [3, 7], on mahdollista ennustaa todennäköisyys taudin uusiutumisen ja päättää asianmukaisen resektio menettely perustuu mikrosatelliittimerkkien analyysi esikäsittely biopsiakudoksesta.
kaksi osumaa hypoteesi ehdottaa, että kromosomaalisen menetys ja pistemutaatio tulos bialleelisen inaktivoimiseksi tuumorisuppressorigeeneille [8]. Kromosominen tappiot jotka kohdistavat haitallinen vaikutus solujen kasvuun ovat paljon vähemmän siedetty kuin kromosomi voittoja, ja kaksi geneettistä osumia tarjoaa kasvuetua voisi suojata syövän esisolut tappava LOH tapahtumista [9, 10]. Lisäksi aiemmat tutkimukset ovat ehdottaneet, että metyloitu geeni-ohjaus alueet ovat vähenevässä metyloitu on LOH-tason riippuvaisella tavalla mahalaukun syövistä [11, 12] kautta annostus korvausmekanismia, joka ylläpitää geeni tai transkriptio annosta myöhemmissä solunjakautumissykliä [9 ]. Mitä tulee annostuksen korvausjärjestelmästä, kromosomaalisia vahvistus ja LOH liittyvä demetylaatio voi johtua annoksesta korvaavia geneettiset ja epigeneettiset vastauksia vähenemiseen kromosomi annos [11-14]. Siksi LOH tapahtumia yhdistettynä solun kielteistä vaikutusta ja annos-korvaavia vaste lisäksi tuumorisuppressorigeenin inaktivoimiseksi ovat todennäköisesti määrittää pathobiological käyttäytymisen syövän kantasolujen.
Mahalaukun syövistä on luokiteltu kahteen eri histologista tyyppiä , eli haja- ja suoliston-tyypit [15, 16]. Diffuusi-tyyppi syövät ovat yleisiä nuorilla-vuotiaiden potilaiden, joilta puuttuu precancerous vaurio, kun taas suolen-tyyppinen syövät ovat yleisiä vanhoissa-ikäisillä potilailla liittyy precancerous suoliston metaplasiaa muistuttavia suoliston rauhaset [17]. Olettaen, että luuytimestä johdettujen kantasolujen sopeutuvat vatsan kudosta-ympäristö [18], vasta-kiinteä kantasoluja, jotka voivat olla ei-yhtenäinen ja levittäytyä nuoret henkilöt, kehittyä hajanainen-tyyppinen syöpä. Suoliston-tyypin syövät ovat yleisempiä vanha-ikäisten potilaiden, joilla on pitkän aikavälin mukauttaminen vasta-kiinteän kantasoluja mahalaukun kudoksen ympäristön. Tässä suhteessa tietyn LOH tapahtuma voi vaikuttaa erillisiä annoksia transkription välillä haja- ja suoliston-tyypin syöpien, jotka luovat erillisiä geeniekspressiomalleja.
Tässä tutkimuksessa korrelaatiot tehtiin välillä LOH tapahtumia ja pathobiological käyttäytymistä syöpien kannalta solun haittavaikutuksia geenin vähentämiseen. Kahdeksan syöpään liittyvien kromosomien tutkimme oli alhainen tiheys geenien ja ilman vatsa-spesifisten geenien, jotka voisivat johtaa lievä solun haitallinen vaikutus LOH. LOH tapahtumat olivat yleisiä suoliston-tyypin syöpien, jossa menetys kromosomissa vaikuttaisi pienellä annoksella transkription ja käyttää mietoa solu-haitallisia vaikutuksia. Tool Menetelmät
valinta tapauksista
Sata ja neljäkymmentäviisi potilailla mahalaukun syövän, joille tehtiin parantava kirurginen resektio välillä helmikuu 1996 ja kesäkuun 2003 välisenä otettiin tässä tutkimuksessa. Ennusteeseen viittaavia ja radiologisia tiedot saatiin tarkistamalla yksityiskohtaista kirjaa potilaista. Satakuusitoista tapausta aiemmin analysoitiin Multifokaalisen geneettinen tutkiminen heterogeeninen tuumorikohdat [3]. Jäljellä olevat 29 potilasta tutkittiin käyttäen yhden kudoksen lohkon kunkin kasvaimen.
Mikroskooppiset objektilasit uudelleen ja sitten kasvaimen, joka oli tyypillinen histologinen ominaisuus on valittu. Histologinen tyyppi mahalaukun syövän määriteltiin suoliston (rauhas, yhtenäinen tai kiinteä), hajanainen, ja sekoitetaan mukaan Lauren luokitusta [15, 16] ja erottelua luokiteltiin WHO: n mukaan luokitusta. Kasvain sijainnit katsoi olivat cardia, kehon, ja antrum. Ennusteeseen viittaavia kasvain vaihe määräytyy Kasvaimen-Node-Metastasis (TNM) perusteet [19]. Useimmat mahasyöpäpotilaista (140 145, 97%) oli tehty R0 gastrectomy ja D2 tai useamman laajennetun imusolmukkeiden poiston. Yleistä keskiarvo 28,6 (mediaani: 33) imusolmukkeet poistettiin yhdessä näytteen. Kukaan potilaista sai ennen leikkausta kemoterapiaa ja sädehoitoa.
Seuranta Tietoja sairauden uusiutumisesta ja selviytymistä
yhdistelmähoidon laskimoon mitomysiini, fluoriurasiili ja sytarabiini (MFC) suun kautta fluorourasiili annettiin standardina postoperatiivinen adjuvanttihoitoa mukaan lääkärin harkinnan yleisestä ennusteeseen tapauskohtaisesti. Aikana seuranta-ajan, lääkärintarkastus, laboratoriokokeet, rintakehän röntgenkuvaus, vatsan ultraääni tai tietokonetomografia, ja gastrofiberscopy suoritettiin joka 3 tai 6 kuukauden ajan ja taudin pahenemiseen oli histologisesti varmennettu, jos mahdollista. Kun useampi kuin yksi toistumisen sivuston havaittiin ensimmäistä kertaa epäonnistumisen, yksittäiset uusiutumista laskettiin erikseen. Uusiutuminen site luokiteltiin hematogenous etäpesäke joihin keuhko-, maksa- tai muut etäiset elimiin, ja ei-hematogenous etäpesäke, joka sisälsi solmukohtien osallistuminen ja vatsakalvon levittämiseen. Mahalaukun jäännös syöpiä jätettiin toistumisen malli analyysi.
Eloonjäämisaste aika laskettiin alkaen poistettu kirurgisella kunnes joko päivänä viimeisen seurannan kontakti tai syöpään liittyvät kuolemat. Tiedot potilaista, jotka kuolivat muista syistä sensuroitiin aikaan kuolema. Tilastollinen analyysi suoritettiin huhtikuussa 2007. Keskimääräinen seuranta-aika kaikkien elossa olevien potilaiden oli 40 kuukautta (vaihteluväli: 5-96 kuukautta) ja saatiin päätökseen 98% osallistuneista potilaista. Aikana selviytyminen analyysi, 50 potilasta oli kuollut seurauksena niiden syöpien ja 12 potilasta oli kuollut muista syistä.
Tissue mikrodissektion ja DNA: n monistuksen
Viisi sarja 7 pm paksun osaa kustakin formaliinilla kiinnitetyt parafinoidut kudosnäyte poistettiin parafiini ja lyhyesti värjättiin hematoksyliinillä ja eosiinilla. Yksittäinen kasvain-solu-rikas painopiste valittiin mikroskooppinen tutkimus ja kasvaimen kooltaan 5 mm 7 mm halkaisijaltaan manuaalisesti leikeltiin stereomikroskoopin alla (suurennus, × 40) leikkausspaattelia käyttäen. Mikropaloitelluista kudos palat mikroskooppisesti jos kasvain solun pitoisuus oli > 70%, joka oli vahvistettu heijastaa eroa geneettisen sisällön normaalin ja kasvaimen kudokset [3, 7].
Noin 1000 mikropaloitelluista kasvainsoluja inkuboitiin 20 ui DNA-uuttopuskuria (0,5% Tween-20 , 1 mM EDTA, pH 8,0, 50 mM Tris, pH 8,0, 0,5 mg /ml proteinaasi K) 37 ° C: ssa 24 tunnin ajan. Formaliini-parafiiniin upotettujen kudosten DNA yleensä huonosti monistettiin PCR: llä vanhempien yksilöiden. Useimmat DNA: t uutetaan viiden vuoden kuluttua valmistuksen patologiset näytteet joka varmistaa DNA: n laatua PCR. DNA-määrä, vaihtelevalla ominaisuuksia, kudoksen lysaattia määritetään perustuen PCR-vyöhyke intensiteetti 5-10 ng /ul DNA, joka monistettiin käyttämällä microsatellite alukesarjaa, D19S226
(eteenpäin: 5 ' - CCA GCA GAT TTT GGT GTT GTC TA - 3 "käänteinen: 5 '- ACA GAG CCA GAG CCA GTA GGA GT - 3', amplikonin koko: 164 emäsparia). PCR-monistus suoritettiin kuumassa-start kunnossa käyttämällä radioisotoopilla (α- 32P dCTP, PerkinElmer, Boston, MA, USA) kuten aiemmin on kuvattu [3, 7]. Lyhyesti, yhteensä 10 ui PCR-seos tehtiin 32 sykliä järjestysnumero monistuksen vaihe, joka koostui 94 ° C: ssa 50 sekuntia, alukkeen-spesifinen hehkutus lämpötilassa 50 sekunnin ajan ja 72 ° C 1 min. Radioisotooppi-leimatun microsatellite sekvenssit erotettiin 6% polyakryyliamidigeelillä, joka sisälsi 7 M ureaa, ja ne visualisoitiin toistuvat altistukset kunkin autoradiogrammi ja käyttäen radioluminograph skannerin (BAS 2500, Fuji Photo Film Co. Ltd., Kanakawa, Japani) .
Analyysi Mikrosatelliittimarkkerien alleelien
suuntaviivat teki tilan LOH ja MSI ovat yksityiskohtaisesti aiemmissa tutkimuksissa käytetty samoja paneeli mikrosatelliittimarkkerin [7]. Vertailua tyyppi mikrosatelliittimerkki alleelien, me hakenut dinukleotidi toista merkkiaineiden vaihtelivat 88 bp 247 bp amplikonin koko ja joilla oli heterotsygoottinen taajuus > 50%. Erittäin polymorfisia mikrosatelliittimarkkerin 8 syöpään liittyvän kromosomien (3p, 4p, 5q, 8p, 9P, 13q, 17p ja 18q), joka usein kärsi LOH mahasyövän [3, 7, 20], käytettiin lisäämään määrä heterotsygoottinen alleeleja kustakin varteen (kuvio 1A). Viisi mikrosatelliittimarkkerin kummallakin kromosomi ryhmässä esiintyi selkeä PCR bändejä Heterotsygoottisten alleelien ja kohdistettava koko pituudeltaan kahdeksasta kromosomien [3, 5]. Varmistaakseen kromosomi vähentäminen, kromosomaalinen tappio siirrettiin kun LOH tapahtuma mukana enemmän kuin kaksi mikrosatelliittimarkkerin yhtä kromosomi-käsi [13]. Neljäkymmentä paria microsatellite alukkeita sekoitettiin yhteensä 22 reaktioputket ja joista kukin sisälsi yhden (4 seokset) tai kaksi (18 seokset) alukesarjat, joka kesti erikokoisia amplikoneja samalla hehkutuslämpötiloja. Tuloksena yksiselitteinen mikrosatelliittimerkkien kaistojen korkea spesifisyys multiplex PCR ehto, joka oli hyödyllinen pieniä määriä microdissected patologisen kudoksiin. Kuvio 1 PCR-pohjainen microsatellite analyysi (A) ja geneettisen luokittelu syöpien (B). Pilliset autoradiografit näytteet, jotka tutkittiin PCR-pohjainen microsatellite analyysi (A) ja geneettisen luokittelu suoliston-tyypin ja diffuusi-tyypin syöpien perustuu heterotsygoottisuuden menetys (LOH) ja mikrosatelliitti epävakaus (MSI) (B). (A) vasen geelielektroforeesi osoittaa korkean taajuuden MSI yli 40% 15 homotsygoottisten markkereita. Oikea geelielektroforeesi osoittaa korkean tason LOH joista kromosomien 3p, 4p, 5q, 9P, 13q, 17p ja 18q. Normaali (N) ja vastaavat kasvain (T) DNA: t on osoitettu edellä jokaisessa alleeliset kaistalla. Tähti osoittaa MSI ja LOH. Genominen DNA microdissected peräisin formaliinilla upotettu parafiiniin-kiinteä kudos monistettiin ja leimattiin [α-32P] dCTP vuonna kuumakäynnistyksen kunnon multiplex PCR. Kaikkiaan 80 mikrosatelliittimerkkien amplikonien kustakin näytteestä ajettiin samanaikaisesti kahdella sekvensointi geelit. (B) paneelia käyttämällä 40 mikrosatelliittimarkkerin kahdeksan syöpään liittyvän kromosomit, LOH tulkittiin tällä heterotsygoottista markkereita, jos 40% tai vähemmän homotsygoottinen merkkiaineiden näytteillä MSI. Laajuus kromosomaalisen tappiot, kun teki mukaan määrä LOH-positiivisten kromosomit, jaettiin korkean tason (LOH-H) ja matalan tason (LOH-L) menetyksiä sekä suolen-ja diffuusi-tyyppejä. Tapauksissa hajakuormituksen tyypin syöpien, nolla tai yksi kromosomi tappio luokiteltiin lähtötilanteen tason (LOH-B).
Perustuu samaan luokitukseen mikrosatelliittimerkkien genotyyppien että sovellettiin edellisessä tutkimuksessa (kuvio 1 B) [ ,,,0],7], alleelinen profiilit 40 mikrosatelliittimarkkerin analysoitiin MSI on homotsygoottinen merkkiaineiden osoitti muutaman varjo tai änkyttää bändejä pari normaalin ja kasvaimen DNA: t. Koska MSI hämärtää heterotsygoottinen alleeliset tila, alleelinen profiilit 40 mikrosatelliittimerkkien sekvenssit perin analysoitiin MSI on homotsygoottinen markkereita. LOH tila määritettiin perustuen alleeliset tappio heterotsygoottista markkeri (kuvio 1 B). Laajuus kromosomi tappioiden kulloinkin pisteytettiin lukumäärän mukaan perustuslain kromosomi tappiot mukana useampia Mikrosatelliittimarkkerien alleeli.
Analyysi in-silico
tiedot geenin tiheyden ja transkriptio yksittäisten kromosomien
yhteensä 17723 viite tunnistettujen geenien julkiseen tietokantaan (http: //genomin. UCSC. edu /, maaliskuu 2006 kokoonpano) [21] analysoitiin laskea määrä geenejä per 1-Mb nukleotidin segmentti. Serial analyysi geenien ilmentymistä (SAGE) data normaalia mahalaukun limakalvon saatiin julkisesta tietokannasta (http: //www. NCBI. NLM. NIH. Gov /geo /"SAGE_Stomach_normal_B_antrum"). Transkriptionaalista aktiivisuutta yksittäisten geenien laskettiin yhdistämällä viite-geenin kartan ja ilmaisi geenin tunnisteet. Perustuen vertailun microarray ja SAGE tietojen arvioinnissa geeniekspressioprofiilien määrä transkriptien lasketa SAGE tiedot todettiin arvioida tarkasti suuri ero geenin toiminnan välillä mahassa-geenien ja siivous geenit [21].
tilastollinen analyysi
Fisherin testiä ja χ
2 testiä käytettiin vertaamaan viittaavia tekijöitä kanssa mikrosatelliittimerkkien genotyyppi syöpien. Todennäköisyys käyrät laskettiin Kaplan-Meier menetelmällä ja verrattiin käyttäen log-rank-testi. Monimuuttujamenetelmin suoritti Coxin suhteellisten riskien menetelmää käyttäen portaittain menettelyjä. Todennäköisyys arvot olivat kaksisuuntaisia, jossa P
arvo on alle 0,05, pidetään tilastollisesti merkittävinä. Tilastollinen ohjelmistopaketti SPSS 11.0 (SPSS Inc., Chicago, IL, USA) käytettiin analyysiin.
Tulokset
analyysi LOH tapahtumista mahasyövistä Dating mahalaukun syövistä (116 ulos 145 tapausta) tutkittiin edellisessä multifokaalinen analyysi heterogeeninen tuumorikohdat tietystä mahasyöpä [3]. Yhdeksänkymmentä viisi prosenttia syöpien tutkittu havaittiin joko samantasoista LOH tai MSI ovat yhteisiä heterogeeninen tuumorikohdat ja sitten jokainen mahasyövän luokiteltiin yhdeksi microsatellite genotyyppi, eikä sekoitettu genotyyppi. Mikrosatelliittimerkki genotyypit 27 lisätapauksia pisteytettiin mukaan tason LOH ja läsnäolo MSI, jotka havaittiin yhdessä kudoksessa kappale jossa on edustava histologinen komponentti.
Kukin kromosomi tappion korreloi ennusteeseen viittaavia parametrien syöpien (taulukko 1). Useimmat kromosomi tappiot (4p, 5q, 9P, 13q, 17p ja 18q) liittyivät ilmenee myöhemmin (P
< 0,05). Kaksi tai useampi kromosomi tappiot samanaikaisesti sidoksissa antral sijainti (9p ja 18q tappiot), suolen-tai seka-tyyppinen histologia (5q, 17p ja 18q tappiot), ja huono selviytyminen (3p, 9p ja 13q tappiot) (P
< 0,05). 17p tappio oli yleisintä suoliston-tyypin syöpiä (67%). 13q tappio oli yleisintä diffuusi-tyypin syöpiä (47%). Taulukko 1 Relationships n ennusteeseen viittaavia ominaisuuksia ja yhden kromosomi tappio
Ominaisuudet

3p menetys
4p menetys
5q menetys
8p menetys
9p menetys
13q menetys
17p menetys
18q menetys
No. potilaista
130
47
47
51
30
50
57
77
55
Ikä
Mean
60
61
63
63
63
64
63
63
63
± SD
± 12,60
± 10,18
± 10.49
± 9,28
± 10,24
± 10,28
± 10,43
± 10,94
± 11,20
P
0,290
0,029
0,014
0,102
0,003
0,030
< 0,0001
0,030
Sukupuoli
Mies
86
37
34
36
18
37
42
52
36
Nainen
44
10
13
15
12
13
15
25
19
P
0,033
0,335
0,450
0,510
0,182
0,136
0,710
1,000
Kasvain sijainti
Cardia
13
4
3
5
1
2
5
8
3
Body
48
16
16
13
10
14
16
24
16
antrum
69
27
28
33
19
34
36
45
36
P
0,743
0,424
0,078
0,267
0,018
0,119
0,253
0,043
histologisen tyypin
suoliston
54
19
19
23
13
22
20
36
27
Diffuusi
32
9
9
6
5
8
15
11
7
Mixed
44
19
19
22
12
20
22
30
21
P
0,395
0,395
0,018
0,480
0,176
0,404
0.004
0,026
Tuumorikoko
Mean
5,3
5,8
5,1
4,9
5,1
4,9
5,7
5,2
5.5
± SD
± 3,01
± 2,86
± 2,64
± 2,29
± 2,42
± 2,73
± 3,02
± 2,86
± 3.13
P
0,129
0,631
0,131
0,705
0,181
0,179
0,564
0,483
Stage
I & II
64
20
21
20
14
22
21
36
24
III & IV
66
27
26
31
16
28
36
41
31
P
0,277
0,469
0,075
0,836
0,372
0,014
0,593
0,292
uusiutuminen
Peritoneaalisille
24
10
9
8
5
10
12
16
11
Imusolmuke
10
4
3
3
2
5
4
6
3
hematogenous
22
13
11
14
8
11
14
15
10
Yhteensä
56
27
23
25
15
26
30
37
24
P

0,422
0,507
0,070
0,428
0,826
0,415
0,899
0,663
Vital tila
119
42
41
47
29
44
51
68
48
Alive
70
19
21
26
16
20
24
36
27
Dead
49
23
20
21
13
24
27
32
21
P
0,021
0,152
0,330
0,402
0,019
0,019
0,094
0.389
P
arvot olivat alle 0,05 on merkitty lihavoituna tulostaa.
Suurella osalla (52%) diffuusi-tyypin syöpien ollut yksi tai ei yhtään kromosomaalisesta tappioita, jotka luokiteltiin lähtötilanteen tason LOH (LOH-B), koska suurin osa suoliston -ja mixed-tyypin syöpiä (86%) oli kaksi tai useampia kromosomaalinen tappiot (kuvio 2) [7]. Korkean tason LOH tapauksissa neljä tai enemmän kromosomi tappiot olivat yleisimpiä seka eriyttäminen tapauksissa sekä intestinal- ja hajanainen-tyypin syöpien (44%). Kaiken kaikkiaan 15 LOH-B (10%), 65 LOH-L (45%), 50 LOH-H (35%), ja 15 MSI (10%) tapauksista tunnistettiin 145 kirurgisista näytteistä. Kuvio 2 väliset suhteet histologisen tyypin ja no. Kromosomi tappioiden syöpien. Histologinen tyyppi mahalaukun syövän määriteltiin haja- (n = 32, suljettu kotelo), intestinal- (n = 54, harmaa laatikko), ja mixed-tyypit (n = 44, avoin laatikko), mukaan Lauren luokituksen.
analyysi geenin tiheys ja erittäin ilmaisi geenien syöpään liittyvien kromosomien
tiheys geenien per 1-Mb segmentti, top 100 aktiivista geenejä, joita ilmentyy suuresti vatsassa, ja taajuus LOH genotyypit havaittu syöpien analysoitiin kussakin kromosomissa (taulukko 2). Vertailun kahdeksasta syöpään liittyvien kromosomien tarkastelimme ja loput 14 kromosomia, tiheys geenien (4,8 geenit vs. 6,9 geenit per 1-Mb segmentti) ja keskimäärin hyvin ilmaisi geenit (3,3 geenit vs. 5,3 geenejä) olivat alemmat syöpään liittyvien kromosomien kuin muissa kromosomeja. Keskimääräinen lukumäärä selostukset arvioidaan kussakin erittäin ilmaistu geeni oli myös alhainen syöpään liittyvän kromosomia (54 vs. 69 selostukset kutakin geeniä). Yksittäiset autosomeiksi ryhmiteltiin suuruusluokkaa geenin tiheydet. Kromosomien 2, 3, 4, 5, 8, 13 ja 18 oli luokiteltu alhaisen geenin tiheyden ryhmä on vähemmän kuin viisi geeniä per 1 Mb segmenttiin. Kromosomien 11, 16, 17, 19, 20 ja 22 oli korkea tiheys geenien yli kahdeksan geenejä per 1 Mb segmentti. Näin ollen kahdeksan syöpään liittyvien geenien, jotka tutkittiin, kuusi (kromosomit 3, 4, 5, 8, 13 ja 18), kuului geenin huono kromosomia, ja loput kaksi geenit kuului keski- (kromosomi 9 ) ja korkea (kromosomin 17) geeni-density ryhmiä. Kromosomit 17 ja 13 sisälsivät korkean ja matalan tiheydet geenien (13,4 ja 2,7 geenien per 1-Mb segmentti), tässä järjestyksessä. Kromosomi 17 osoitti tiheä LOH että LOH-L (49%), mutta ei LOH-B-tapauksia (13%). Taajuus kromosomi 13 menetys oli samanlainen LOH-L (25%) ja LOH-B-tapauksia (27%). Taulukko 2 Geeni tiheys, erittäin ilmaistuna geenejä, ja LOH tasolla yksittäisten kromosomien arvioitu vatsassa syöpä- ja noncancerous kudoksiin

No. Geenien per 1-Mb segmentti *
Top 100 erittäin ilmentyvien geenien
(lkm selostukset per geeni) *
taso LOH (%) §




Baseline
(n = 15)
Alhainen
(n = 65)
korkea
(n = 50)
syöpään liittyvän kromosomien
3
4,9
3 (76) B-1 (7) B 18 (28) B- 28 (56) B-4
3,6
5 (53) B-2 (13) B 12 (18) B-33 (66) B 5
4.4
4 (44) B 0 (0)
14 (22) B-37 (74) B-8
4.1
3 (32) B 0 (0)
9 (14) B 21 (42) B-9
5,2
4 (60) B-1 (7) B 15 (23) B 34 (68)
13
2,7
2 (121) B-4 (27) B 16 (25) B 37 (74) B-17
13,4
5 (42)
2 (13) B 32 (49) B 43 (86) B-18
3,2
0 (0) B 1 (7) B 18 (28)
36 (72) B-keskiarvot
4,8
3,3 (54)
Muut kromosomeissa
1
7,7
8 (47) B-2
4.7
9 (132)
6
5,8
7 (39) B-7
5,2
6 (45) B-10
5,0
2 ( 37) B-11
8,9
9 (85) B-12
7,3
10 (62) B-14
5,3
6 (43) B- 15
5,3
2 (90) B-16
8,6
3 (34) B-19
19,8
8 (61) B-20
8.3
2 (76) B-21
5.1
1 (268)
22
8,4
1 (55) B-keskiarvot
6,9
5.3 (69) B * määrä transkriptien 17723 geenien analysoitiin käyttäen aikaisemmin julkaistuja tietoja. [21]
§The yksityiskohdat on kuvattu materiaalit ja menetelmät jaksossa.
väliset suhteet viittaavia tekijöitä ja mikrosatelliittimarkkereita genotyypit
145 mahasyövistä analysoitiin väliset suhteet tason LOH ja viittaavia tekijöitä (taulukko 3). Sekä LOH-H ja LOH-B mahasyövistä olivat yleisesti liittyvät korkean riskin fenotyypit kuten imusuonten invaasio (P
= 0,006), laskimoiden invaasio (P
= 0,005), pitkälle edennyt (P
< 0,0001), toistuminen (P
= 0,023) ja huono eloonjäämisprosentti (P ​​
< 0,0001), kun taas LOH-L ja MSI mahasyövistä korreloivat hyvin ja kohtalainen eriyttäminen (P
= 0,033) ja varhaisessa kasvain vaiheessa (P
< 0,0001). Kaksi genotyypit liittyvät korkean riskin-fenotyyppi oli erilaisia ​​mukaan kyseisessä kehon esiintymisen ja rakenteessa toistumisen. LOH-H tapaukset usein tapahtunut antral osa (70%) ja ne toistui läpi hematogenous leviämässä maksan, keuhkojen ja muut etäiset elimiin (38%), samoin kuin ei-hematogenous etäpesäke kuten vatsakalvon kylvö ja solmukohtien osallistuminen ( 36%). Useimmat LOH-B tapaukset olivat läsnä sydämen ja runko-osan (94%) ja ne uusiutunut vatsaontelossa (67%), eikä etäinen elimissä (13%). Puhkeaminen ikä LOH-B (45 vuotta) ja LOH-H (65 vuotta) tapauksissa oli merkitsevästi erilainen (P
< 0,0001) .table 3 väliset suhteet mikrosatelliitti genotyyppien ja viittaavia tekijöitä mahasyövistä
Ominaisuudet

korkean riskin genotyyppien


Vähäriskinen genotyyppien

P
arvo

(%)
LOH H (%) *
LOH-B (%) *
P
arvo
LOH-L (%) *
MSI (%) *
P
arvo

No. Potilaan
145
50
15
65
15
Ikä (vuosi) B < 0,0001
0,038
0,710
Mean
61
65
45
60
67
SD
± 12,5
± 9,8
± 12,7
± 11,6
± 9,8
Sex
0,118
0,008
0,393
Mies
90 (62) B-36 (72) B-7 (47) B-43 (66) B-4 (27) B Nainen
55 (38) B 14 (28) B-8 (53) B 22 (34)
11 (73) B Tuumorikoko
0,247
0,502
0,394
Mean
5,34
5,3
6,34
5,0
5.6
SD
± 2,94
± 2,62
± 3,77
± 3,10
± 2,33
erilaistuminen
0,052
0,094
0,033
Well
11 (8) B 3 (6) B-8 (12) B Kohtalainen
53 (36) B 17 (34) B-1 (7) B 25 (39)
10 (67) B Huono
81 (56) B 30 (60) B-14 (93) B 32 (49) B-5 (33) B-kasvain sijainti
< 0,0001
0,037
0,791
Cardia
13 (9) B-3 (6) B-4 (27) B-6 (9) B Body
50 ( 35) B-12 (24) B 10 (67) B 26 (40) B-2 (13) B antrum
82 (56) B 35 (70)
1 (6) B 33 (51) B 13 (87) B Lauren luokitus
< 0,0001
0,016
< 0,0001
Suoliston
58 (40) B 19 (38) B 0 (0)
35 (54) B-4 (27) B Diffuusi
32 (22 )
9 (18) B-15 (100) B-8 (12) B 0 (0) B Mixed
55 (38) B 22 (44) B- 0 (0)
22 (34) B 11 (73) B Growth kuvio
0,600
< 0,0001
< 0,0001
Laajentaminen
20 (14) B-1 (2) B-1 (7) B-9 (14) B-9 (60) B Infiltrative
70 (48 )
32 (64) B 10 (67) B 28 (43) B Mixed
55 (38) B 17 (34) B-4 (26) B- 28 (43) B-6 (40) B lymfaattiset invaasio
1,000
0,771
0,006
Ei
44 (30) B-9 (18) B-3 (20) B-34 (52) B-5 (33) B Kyllä
101 (70) B 41 (82) B 12 (80) B 31 (48)
10 (67)
Laskimoperäiset invaasio
0,351
0,113
0,005
Ei
112 (77) B 35 (70) B-8 (53)
54 (83) B 15 (100) B Kyllä
33 (23) B 15 (30) B-7 (47) B 11 (17) B-kasvain vaihe
0,757
0,763
< 0,0001
Early
75 (52) B 16 (32) B-6 (40) B-42 (65) B 11 (73) B Advanced
70 (48 )
34 (68) B-9 (60) B 23 (35) B-4 (27) B uusiutuminen
0,035
0,517
0,023
Ei-

• Vaikutus Laktuloosin toleranssiedustaja mahalaukun ruokinta pitkällä aikavälillä ICU patients
• Muuttunut ilmentyminen oletetun esisolujen markkeri DCAMKL1 rotalla mahalaukun limakalvon uudistumista, metaplasiaa ja dysplasia