Gen smanjenje posljedica kromosomskih gubitaka otkrivenih u želučanom cancers

gen-efekt smanjenja kromosomskih gubitaka otkrivenih u želučanim raka pregled apstraktne pregled pozadine
razini gubitka heterozigotnosti (LOH) koji smanjuje dozu gena i ima efekt stanica štetni je poznato da se parametar za genetsku skele želučanih karcinoma. Istraživanje je, ako je učinak na stanice štetno postiže uz smanjenje gena bio faktor koji ograničava brzinu za Loh događanja u dvije različite histoloških tipova karcinoma želuca, a diffuse- i crijevne-vrste.
Metode
patološkog uzorci dobiveni od 145 pacijenata s rakom želuca ispitani su na razini Loh pomoću 40 mikrosatelitnih markera na osam oboljelih od raka povezan s kromosomima (3p, 4p, 5q, 8P, 9p, 13q, 17p i 18q). pregled Rezultati
Most od raka povezane kromosoma Utvrđeno je da spadaju u genskoj siromašni kromosoma i da sadrži nekoliko gena u stomaku specifična koji su bili vrlo izraženi. LOH Polazni razini koja uključuje jednu ili ne kromosom je česta u difuzna tipa želučanog karcinoma. Kromosomu 17 koji sadrži relativno visoku gustoću gena obično je bio izgubljen u karcinomima crijevna tipa, ali ne i kod karcinoma difuzna tipa. Na visokoj razini LOH uključuje četiri ili više kromosoma skloni biti česta u želučanog karcinoma s crijevnih i mješoviti diferencijacije. Bolest relapsa bila uobičajena želučanih karcinoma s visoke razine Loh kroz oba hematogenozni (38%) i ne-hematogenozni (36%) pravaca, a za slučajeve osnovna razina Loh kroz ne-hematogenozni rute (67%).
Zaključci
učinak stanicom štetni redukcije gena se još tolerira intestinalni tipa karcinome želuca nego kod karcinoma difuzna tipa, gubitak gena visoke doze je povezana s hematogenozni metastaza.
Pozadina
Želučani karcinom proći hypermutations u jednostavnim ponovljenih sekvenci i neravnoteže kromosomskih gubitaka, a ove genetske promjene su otkrivena kao nestabilnosti mikrosatelitne (MSI) i gubitak heterozigotnosti (LOH), odnosno, pomoću visoko polimorfne mikrosatelitski markeri [1-4]. Patološko-bioloških ponašanje i prognoze želučanih karcinoma su povezane s razinom Loh i prisutnost MSI [3-6]. Dubina invazije i limfnih čvorova metastaze su znatno napredovala u slučajevima male veličine raka s visoke razine Loh, a ti histoloških parametara najčešće se linearno povezana s veličinom od raka za low-level Loh predmetima [7]. Jer jedan mikrosatelitne genotip slično je otkriven u cijeloj kirurškog tkiva, kao i endoskopske uzorku biopsije [3, 7], moguće je predvidjeti vjerojatnost relapsa bolesti i odlučiti odgovarajući postupak resekcija na temelju analize mikrosatelitne A. predtretman biopsija tkiva.
dvije udarce hipoteza je predložio da se gubitak kromosomske i rezultat točkaste mutacije u Biallelic inaktivacije gena za suzbijanje tumora [8]. Kromosomske gubitke koji ima razarajući učinak na rast stanica su mnogo manje podnosi od kromosomskih dobitke, a dvije genetski hitovi koje daju prednost rasta mogla zaštititi rak ishodišne ​​stanice od smrtonosnih Loh događaja [9, 10]. Osim toga, prethodne studije su predložili da se metilni regije gena za kontrolu su gubiti na metilirani u LOH-level-zavisni način u želučanog raka [11, 12] putem kompenzacije doza mehanizam koji održava dozu gena ili transkripcije tijekom sljedećih ciklusa stanica [9 ]. U odnosu na mehanizam kompenzacije doziranje, kromosomsku dobitak i LOH povezana demetiliranje može biti rezultat dozom kompenzacijski genetskih i epigenetičkim odgovora na smanjenje doze kromosomskom [11-14]. Stoga, Loh događaja u kombinaciji s učinkom stanično štetne i odgovora dozi kompenzacijski uz tumor supresor genski inaktivacije vjerojatno odrediti patološkim ponašanje raka progenitorskih stanica.
Karcinome želuca kategorizirani su u dvije različite histoloških tipova , to jest, diffuse- i crijeva tipovi [15, 16]. Difuzna tipa raka su uobičajeni u mladih dobi bolesnika kod kojih nedostaje u pretkarcinoznog lezija, dok raka crijevna tipa su uobičajeni u starim dobi pacijenata povezanih s pretkarcinomsku intestinalne metaplazije koji nalikuju crijevne žlijezde [17]. Uz pretpostavku da su srži-izvedeni matične stanice prilagođavajući se želudac tkiva-okoliš [18], novo-fiksni matične stanice, koje su potencijalno nisu povezane, i invazivne kod mlađih osoba, razviti u rak difuzna tipa. raka Crijevna tipa su česte među starim dobi pacijenata koji imaju dugoročnu prilagodbu novo fiksnim matičnih stanica u okoliš želučanog tkiva. U tom smislu, s obzirom LOH događaj može utjecati na različite doze transkripcije između diffuse- i crijevni tipa želučanog karcinoma koje uspostavljaju različite ekspresije gena uzorke.
U ovoj studiji, korelacije su se između Loh događaja i patološkim ponašanjem želučanog karcinoma u odnosu na stanično štetne učinke smanjenja gena. Osam povezane s rakom kromosomi ispitali smo imali nisku gustoću gena i bez gena želuca specifična, što bi moglo dovesti do blage stanica-suprotan učinak Loh. U Loh događaji su česti u intestinalni tipa želučanog raka, u kojoj je gubitak kromosoma će utjecati na nisku dozu transkripcije i vrše blagi učinak stanica-nepovoljne.
Metode pregled odabiru slučajeva pregled stotinu četrdeset i pet pacijenata s rakom želuca koji su podvrgnuti ljekovito kiruršku resekciju između veljače 1996. i lipnja 2003. godine bili upisani u ovoj studiji. Kliničko- i radiološka informacije dobivene pregledom detaljni podaci o pacijentima. Stotinu i šesnaest slučajeva prethodno analizirane su multifokalne genetskog ispitivanja tumorskih stranicama heterogenih [3]. Preostalih 29 pacijenata su ispitani pomoću bloka jednog tkiva svakog tumora.
Mikroskopske slajdovi su pregledani, a zatim tumor site koji je bio predstavnik histološke značajke bio izabran. Histološkim vrsta raka želuca je definirana kao crijeva (žljezdanog, povezanu ili krutog), difuzne i miješa se u skladu s klasifikacijom Lauren [15, 16] i stupanj diferencijacije je ocijenjen prema klasifikaciji SZO. Tumorske lokacija, razmatralo se kardija, tijela i antruma. Kliničko- stadij tumora je određena u skladu s kriterijima Tumor-Node-metastaze (TNM) [19]. Većina pacijenata rak želuca (140 od ​​145, 97%) je kroz R0 gastrektomija i D2 ili više proširena Limfadenektomija. Ukupna sredina 28,6 (medijan: 33), limfni čvorovi su uklonjene zajedno sa uzorkom. Nijedan od pacijenata primili predoperativni kemoterapiji i radijacijskoj terapiji. Pregled Daljnje podaci o recidiva i preživljavanje
kombiniranu terapiju intravenske mitomicin, fluorouracil i citarabin (MFC), nakon čega slijedi oralnu fluorouracila je primijenjen kao standard postoperativni tretman adjuvantna prema liječničkoj procjeni na ukupnu prognozu svakom slučaju. Tijekom perioda praćenja, fizički pregled, laboratorijske testove, rendgenske slike, trbušni ultrazvuk ili kompjutorizirana tomografija, a gastrofiberscopy provedena su svakih 3 ili 6 mjeseci i recidiv bolesti histološki potvrđena, ako je moguće. Kada više od jednog ponavljanja stranica je otkrivena na prvi put od neuspjeha, pojedinačni recidivi su broje odvojeno. Ponavljanje site je kategoriziran u hematogenozni metastaza uključuje pluća, jetre ili drugih udaljenih organa, i non-hematogenozni metastaza koja je uključivala limfnim čvorovima uključenost i peritonealnoj širenje. Želučani preostala karcinomi bili su isključeni iz analize ponavljanje uzoraka.
Ukupno vrijeme preživljavanja je izračunata od dana kirurške resekcije do bilo dana posljednjeg follow-up kontakt ili rak smrti. Podaci o bolesnicima koji su umrli od drugih uzroka bio cenzuriran u trenutku smrti. Statistička analiza provedena je u travnju 2007. godine srednja perioda praćenja svih pacijenata preživjelih je 40 mjeseci (raspon: 5 do 96 mjeseci), a dovršena je za 98% od upisanih pacijenata. Tijekom analize preživljavanja, 50 pacijenata je umrlo kao rezultat njihove raka i 12 pacijenata je umrlo od drugih uzroka.
Tkiva Mikrodisek i umnožavanje DNA pregled pet serijskih 7 um debele sekcije iz svake formalinom fiksiranih parafin uklopljenih Uzorci tkiva su deparafmizirani i kratko obojeni hematoksilinom i eozinom. Jedan stanica tumora bogate fokus je izabran pomoću mikroskopskog pregleda i veličini tumora u rasponu od 5 mm do 7 mm je ručno izvađenih pod stereomikroskopom (povećanje, × 40) uporabom kirurške skalpel. U microdissected Komadići tkiva skopirane ako je sadržaj tumorskih stanica bila je > 70%, što je bilo potvrđeno da odražavaju razlike u genetskoj sadržaja između normalnih i tumorskih tkiva [3, 7].
Oko 1.000 microdissected tumorske stanice su inkubirane u 20 uL pufera za ekstrakciju DNA (0,5% Tween-20 , 1 mM EDTA, pH 8,0, 50 mM Tris pH 8.0, 0.5 mg /ml proteinaze K) na 37 ° C tijekom 24 h. Formalinom fiksne parafin uklopljenih DNK tkiva ima tendenciju da se slabo pojačan PCR u starijih primjeraka. Većina DNA ekstrahirani su u roku od pet godina nakon pripreme patoloških uzoraka, što osigurava kvalitetu DNK za PCR. Količina DNA, s različitim kvalitetama, lizata tkiva određena je na osnovu trake intenzitet PCR s 5-10 ng /uL DNA, koji je pojačan korištenjem mikrosatelitne prajmera, D19S226
(naprijed: 5 ' - Agencija OKS GAT TTT GGT GTT GTC TA - 3 '; obrnuti: 5' - ACA GAG CCA GAG CCA GTA GGA GT - 3 '; veličina produkt amplifikacije: 164 bp). PCR amplifikacija je provedena u vrući start stanju s pomoću radioizotop (α- 32P dCTP, Perkin Elmer, Boston, MA, USA) kao što je prethodno opisano [3, 7]. Ukratko, ukupno 10 ul PCR smjese su podvrgnuti 32 ciklusa pojačanja serijskim korak koji se sastojao od 94 ° C tijekom 50 sekundi, temperatura žarenja početnice specifične za 50 sekundi i 72 ° C tijekom 1 min. Radioizotopa obilježenih mikrosatelitni sekvence su razdvojeni na poliakrilamidnom gelu 6% koji je sadržavao 7 M ureu, a oni su vizualizirani ponovljenih izlaganja svakog autoradiograf i korištenjem radioluminograph skener (BAS 2500, Fuji Photo Film Co. Ltd., Kanakawa, Japan) . pregled Analiza mikrosatelitni alela
smjernice za bodovanje status Loh i MSI su detaljno opisani u prethodnim studijama koje koriste istu ploču mikrosatelitne markera [7]. Kao referentna tipa mikrosatelitni alela, uzeo mi je dinukleotid ponoviti markere koji se kretale od 88 bp na 247 bp u veličini produkta amplifikacije i koje su imale heterozigot frekvenciju > 50%. Visoko polimorfni mikrosatelitni markeri na 8 povezane s rakom kromosoma (3p, 4p, 5q, 8P, 9p, 13q, 17p i 18q), koje su često patili od Loh u rak želuca [3, 7, 20], a koristi se za povećanje broj heterozigotnih alela na svakoj ruci (Slika 1A). Pet mikrosatelitni markera na svakom kromosomske rukom pokazao jasne PCR bendova heterozigotni alela i trajala cijelu dužinu od osam kromosoma [3, 5]. Kako bi se osiguralo smanjenje kromosoma, gubitak kromosomski je dodijeljen kad je LOH događaj je sudjelovalo više od dvije mikrosatelitnih markera na jednom kromosomskom ruku [13]. Četrdeset parovi mikrosatelitne primera su pomiješani u ukupno 22 reakcijskih epruveta od kojih je svaki sadržavao jednu (4 smjese) ili dvije (18 smjese) klica postavlja da nategnutim različite veličine amplikona u istim temperaturama žarenja. Dobivene nesumnjivi mikrosatelitni trake pokazala visoku specifičnost multipleksnu PCR uvjetima, što je korisno za male količine microdissected patološkim tkiva. Slika 1 Analiza PCR-based mikrosatelitne (A) i genetski klasifikacija želučanih tumora (B). Reprezentativne autoradiographs uzoraka koje su ispitane pomoću PCR-based analizom mikrosatelitskih (A) i genetskim klasifikaciji crijevni tipa i difuzne tipa želučanog raka na temelju gubitka heterozigotnost (Loh) i mikrosatelitne nestabilnosti (MSI) (B). (A) Lijevi gel elektroforeza pokazuje visoke frekvencije MSI je na više od 40% od 15 homozigota markera. Pravo gel elektroforeza pokazuje visoki LOH uključuje kromosoma 3p, 4p, 5q, 9p, 13q, 17p i 18q. Normalna (N) i odgovarajući tumora (T) DNA su gore navedeno, svaki aleličke sastava. Zvjezdica označava MSI i LOH. Genomska DNA microdissected iz parafinske fiksne tkiva formalinom ugrađen je bio pojačan i označen sa [α-32P] dCTP u vrućim start stanju multipleks PCR. Ukupno 80 mikrosatelitni amplikona iz svakog uzorka su pokrenuti istovremeno na dva redoslijeda gelova. (B) Korištenje ploče od 40 mikrosatelitni markera na osam oboljelih od raka povezan s kromosomima, LOH je tumačiti na heterozigotnih biljega, ako 40% ili manje od homozigota markera izlagao MSI. Opseg gubitka kromosomskih kao postignuto prema broju LOH pozitivnim kromosoma je podijeljen u visokoj razini (LOH-H) i niske razine (LOH-L) vrijednosti i za crijevni i difuzno vrsta. U slučajevima difuzni tip želučanog karcinoma, nula ili jedan kromosomske gubitak je svrstana u osnovnom razine (LOH-B).
Temelju istog klasifikaciji genotipova mikrosatelitni koji je primijenjen u prethodnoj studiji (Slika 1B) [ ,,,0],7], alelskih profili 40 mikrosatelitni markera za analizirani su za MSI na homozigota markera koji su pokazali nekoliko sjena ili mucaju bendova u par normalnih i tumorskih DNA. Zbog MSI zamagljuje heterozigot statusa alela, alelskih profili 40 mikrosatelitni sekvenci u početku su analizirani za MSI na homozigota markera. Status LOH utvrđena je na temelju gubitka aleličke u heterozigotnom marker (Slika 1B). Opseg kromosomskih gubitaka u svakom slučaju je postigao prema broju ustavnih kromosomskih gubitaka koji uključuju više od jedne mikrosatelitni alela. Pregled, analiza in-silico
podacima za gustoću gena i prepisivanje pojedinih kromosoma pregled A ukupno 17,723 referentnih gena identificiranih u javnoj bazi podataka (http:.. //genom UCSC edu /, ožujak skupština 2006.) [21] su analizirani izračunati broj gena po 1 Mb nukleotida segmentu. Serijski analiza ekspresije gena (kadulja) Podaci o normalnoj sluznici želuca dobiven iz javnog baze podataka (http:.... //Www NCBI NLM NIH gov /geo /"SAGE_Stomach_normal_B_antrum"). Transkripcijsku aktivnost pojedinih gena je izračunata kombiniranjem kartu referentnog gena i gena eksprimiranih oznake. Na temelju usporedbe microarray i kadulje podataka vrednovanje profile ekspresije gena, broj transkripata broje u podacima SAGE je utvrđeno da je točno procijeniti veliku razliku u aktivnosti gena između gena želuca specifične i domaćih gena [21]. pregled, Statistička analiza pregled Fisher egzaktni test i χ pregled korištene su 2 testovi za usporedbu kliničko- značajke s mikrosatelitne genotipa želučanog karcinoma. Vjerojatnost krivulje izračunate su prema Kaplan-Meier metodi i uspoređeni pomoću log-rank testa. Multivarijatna analiza provedena je od strane Cox-a proporcionalnih rizika metodom s pomoću postupaka s koracima. Vjerojatnost vrijednosti su dvosmjerni, s P
vrijednosti manje od 0,05 se smatra statistički značajna. Statistički softverski paket SPSS 11.0 (SPSS Inc., Chicago, IL, USA) koji se koriste za analizu podataka. Pregled Rezultati
ANALIZI Loh događaja u želučanog karcinoma pregled Većina želučanog karcinoma (116 iz 145 slučajeva) su ispitani u prethodnom multifokalne analize na heterogenim tumora stranica iz određenog raka želuca [3]. Devedeset i pet posto od želučanog karcinoma ispitanih je utvrđeno da imaju ili sličnu razinu Loh ili MSI obično dijele heterogenim tumorskih mjesta i onda svaki karcinom želuca je kategoriziran u jednu mikrosatelitne genotip, a ne mješoviti genotip. U mikrosatelitni genotipovi 27 dodatnih slučajeva su na osnovi razine Loh i prisutnost MSI, koje su otkrivene u jednom komadu tkiva koja sadrži reprezentativni histološki komponentu.
Svaki gubitak kromosoma je u korelaciji s kliničko parametrima karcinome želuca (Tablica 1). Većina kromosomske gubici (4p, 5q, 9p, 13q, 17p i 18q) su povezani s kasnim početkom bolesti (P ​​pregled i 0.05). Dva ili više kromosomskih gubici su istodobno povezana s antralnog mjestu (9p i 18q gubici), crijevni ili mješoviti tip histologiju (5q, 17p i 18q gubitaka), a siromašne opstanak (3p, 9p i 13q gubici) (P pregled i 0.05). Gubitak 17P bila najčešća u rakova intestinalni tipa (67%). 13q gubitak je najčešći u karcinomima difuzna tipa (47%). Tablica 1 Odnosi se kliničko karakteristike i jednog gubitka kromosomske pregled Karakteristike
pregled 3p gubitak gubitak
4p
gubitka 5q gubitka
8P
9p gubitak
13q gubitak
17p gubitak gubitak
18q
br pacijenata
130 pregled 47 pregled, 47 pregled, 51 pregled, 30 pregled, 50 pregled, 57 pregled, 77 pregled, 55
doba
Srednje pregled 60 pregled, 61 pregled, 63 pregled, 63 pregled, 63 pregled, 64 pregled, 63 pregled, 63 pregled, 63 pregled ± SD pregled ± 12,60 pregled ± 10,18 pregled ± 10,49 pregled ± 9,28 pregled ± 10,24 pregled ± 10,28 pregled ± 10,43 pregled ± 10,94 pregled ± 11,20
P
0,290 pregled 0,029
0,014 pregled 0,102 pregled 0,003 pregled 0.030 izvoznici < 0.0001 pregled 0,030 pregled Sex pregled Muški
86 pregled, 37 pregled, 34
36 pregled, 18 pregled, 37 pregled, 42 pregled, 52 pregled 36
Ženski
44 pregled, 10 pregled, 13 pregled, 15 pregled, 12 pregled, 13 pregled, 15 pregled, 25 pregled, 19
P
0.033 pregled 0,335 pregled 0,450 pregled 0,510 pregled 0,182 pregled 0,136 pregled 0,710 pregled 1,000 pregled lokacija tumora pregled kardija
13 pregled 4
3
5
1 pregled 2 pregled, 5
8
3 pregled tijela
48 pregled, 16 pregled, 16 pregled, 13 pregled, 10
14 pregled, 16 pregled, 24 pregled, 16 pregled antruma pregled 69 pregled, 27 pregled, 28 pregled, 33 pregled, 19 pregled, 34 pregled, 36 pregled 45
36 pregled P
0,743 pregled 0,424 pregled 0,078 pregled 0,267 pregled 0,018 pregled 0,119 pregled 0,253 pregled 0,043
histološki tip Netlogu crijevna pregled 54 pregled, 19 pregled, 19 pregled, 23 pregled, 13 pregled, 22 pregled, 20 pregled, 36 pregled, 27 pregled difuznu pregled 32
9
9 pregled 6
5
8
15 pregled, 11 pregled 7 pregled Mješoviti pregled 44 pregled, 19 pregled, 19 pregled, 22 pregled 12 pregled, 20 pregled, 22 pregled, 30 pregled, 21 pregled P
0,395 pregled 0,395 pregled 0,018 pregled 0,480 pregled 0,176 pregled 0.404
0,004 pregled 0,026 pregled veličina tumora
Srednje pregled 5.3 pregled 5.8 pregled 5.1 pregled 4.9 pregled 5.1 pregled 4.9 pregled 5.7 pregled 5.2 Netlogu 5.5 pregled ± SD pregled ± 3,01 pregled ± 2,86 pregled ± 2,64 ± 2,29 pregled pregled ± 2,42 pregled ± 2,73 pregled ± 3,02 pregled ± 2,86 ± pregled 3.13 pregled P
0.129
0,631 pregled 0,131 pregled 0,705 pregled 0,181 pregled 0.179
0,564 pregled 0,483
Stage pregled i & II
64 pregled, 20 pregled, 21
20 pregled, 14 pregled, 22 pregled, 21 pregled, 36 pregled, 24 pregled, III & IV
66 pregled, 27 pregled, 26
31 pregled, 16 pregled, 28 pregled, 36 pregled, 41 pregled, 31
P
0.277
0.469 pregled 0,075 pregled 0,836 pregled 0,372 pregled 0,014 pregled 0,593 pregled 0.292
Ponavljanje pregled Peritonejska pregled 24 pregled, 10 pregled, 9 pregled 8 pregled 5
10 pregled, 12 pregled, 16 pregled, 11 pregled limfnih čvorova pregled 10
4 pregled 3
3
2 pregled 5
4
6
3
hematogenozni pregled, 22 pregled, 13 pregled, 11 pregled, 14 pregled, 8
11 pregled, 14 pregled, 15 pregled 10 pregled Ukupno pregled, 56 pregled, 27 pregled, 23 pregled, 25 pregled, 15 pregled, 26 pregled, 30 pregled, 37 pregled, 24 pregled P pregled
0.422 pregled 0,507 pregled 0.070
0,428 pregled 0,826 pregled 0.415
0.899
0,663 pregled Vital status pregled 119 pregled 42 pregled, 41 Netlogu 47 pregled, 29 pregled, 44 pregled, 51 pregled, 68 pregled, 48 pregled Alive pregled 70 pregled, 19 pregled, 21 pregled, 26 pregled, 16 pregled 20
24 pregled, 36 pregled, 27 pregled mrtav pregled, 49 pregled, 23 pregled, 20 pregled, 21 pregled, 13 pregled, 24 pregled, 27 pregled, 32 pregled 21 pregled P
0.021
0,152
0.330
0,402 pregled 0,019 pregled 0,019 pregled 0,094 pregled 0,389 pregled P pregled vrijednosti manje od 0.05 prikazane su masnim slovima ispisati.
veliki dio (52%) difuzna tipa želučanog karcinoma je jednom ili nijednom kromosomske gubitke, koji su svrstani u Loh Baseline-level (LOH-B), jer je većina crijeva -i mješoviti tip raka (86%) je imalo dva ili više kromosomskih gubitke (slika 2) [7]. U Loh slučajevi visoke razine s četiri ili više kromosomskih gubici bili su najčešći u mješovitim slučajevima diferencijaciju s obje intestinal- i difuzna tipa želučanog karcinoma (44%). Sve u svemu, 15 LOH-B (10%), 65 LOH-L (45%), 50 LOH-H (35%), i 15 MSI (10%) slučajeva su identificirani u 145 kirurških uzoraka. Slika 2 Odnosi između histološki tip i ne. kromosomskih gubitaka u želučanog karcinoma. Histološkim vrsta raka želuca je definirana kao diffuse- (n = 32, zatvorena kutija), intestinal- (n = 54, siva kutija), i mješoviti tipovi (n = 44, otvorena kutija), u skladu s Lauren klasifikaciji. pregled, analiza gustoće gena, a vrlo izražene gene povezane s rakom kromosoma
gustoću gena po 1-MB segmentu, top 100 aktivnih gena koji su vrlo izraženi u želucu, kao i učestalost Loh genotipovi otkriveni u želučanim raka analizirani su na svakom kromosomu (Tablica 2). U usporedbi osam oboljelih od raka povezan s kromosomima u ispitane i preostalih 14 kromosoma, gustoći gena (4,8 gena u odnosu na 6,9 gena po 1-MB segment), a prosječan broj visoko izraženih gena (3,3 gena u odnosu na 5,3 gena) su niže u rakom kromosoma u odnosu na druge kromosoma. Prosječni broj transkripata procijenjene u svakom visoko eksprimiranog gena također je nizak u kromosome rakom (54 naspram 69 transkripata po svakom genu). Pojedinačni autosomni kromosomi su grupirane u redoslijedu gustoće gena. Kromosomi 2, 3, 4, 5, 8, 13 i 18 su kategorizirani u low-gen gustoće skupine manje od pet gena po 1 Mb segmentu. Kromosomi 11, 16, 17, 19, 20 i 22 imali su veliku gustoću gena više od osam gena po 1 Mb segmentu. Prema tome, od osam gena za rak povezan koje su proučavali, šest (kromosomi 3, 4, 5, 8, 13 i 18) pripadao genskih siromašnim kromosoma, a preostala dva gena pripadao intermediate- (kromosomu 9 ) i High (a kromosoma grupe 17) gen gustoće. Kromosomi 17 i 13 sadržane visoke i niske gustoće gena (13,4 i 2,7 gena po 1 Mb segment), respektivno. Kromosoma 17 pokazao je visoku učestalost Loh u Loh-L (49%), ali ne u slučajevima LOH-B (13%). Učestalost kromosomskih 13. gubitku bio je sličan u Loh-L (25%) i LOH-B slučajeva (27%). Tablica 2. Gustoća gena, vrlo izražene gene, a razina LOH na pojedinim kromosomima procijenjenih u želucu kancerozne i noncancerous tkiva pregled pregled, br gena po 1-Mb segmentu *
Top 100 vrlo izražen geni
(Broj transkripata po gena) *
Razina Loh (%) § pregled
pregled pregled pregled Baseline pregled (n = 15)
Niska pregled (n = 65)
Visoko pregled (n = 50)
povezane s rakom kromosomi
3 pregled 4.9 pregled, 3 (76) pregled, 1 (7)
18 (28) pregled 28 (56) pregled, 4 pregled 3.6 pregled 5 (53) pregled, 2 (13)
12 (18)
33 (66)
5 pregled 4.4
4 (44)
0 (0)
14 (22)
37 (74)
8 pregled 4.1 pregled, 3 (32) pregled, 0 (0)
9 (14)
21 (42)
9 pregled 5.2 pregled, 4 (60) pregled, 1 (7)
15 (23)
34 (68)
13 pregled 2.7 pregled 2 (121) pregled, 4 (27)
16 (25)
37 (74)
17 pregled 13.4 pregled 5 (42)
2 (13)
32 (49)
43 (86)
18
3,2 pregled, 0 (0) pregled, 1 (7)
18 (28)
36 (72) pregled Srednje vrijednosti
4,8 pregled, 3,3 (54)
Ostali kromosomi
1 pregled 7.7 pregled, 8 (47) pregled 2 pregled, 4.7 pregled, 9 (132)
6 pregled 5.8 pregled, 7 (39) pregled, 7 pregled 5.2 pregled, 6 (45)
10 pregled 5.0 pregled 2 ( 37)
11 pregled 8.9 pregled, 9 (85)
12 pregled 7.3 pregled, 10 (62)
14 pregled 5.3 pregled, 6 (43) pregled 15 pregled 5.3 pregled, 2 (90)
16 pregled 8.6 pregled, 3 (34)
19 pregled 19.8 pregled osam (61)
20
8.3 pregled, 2 (76)
21 pregled 5.1 pregled, 1 (268)
22 pregled 8.4 pregled, 1 (55) pregled Srednje vrijednosti
6,9
5.3 (69) pregled * broj transkripata 17,723 gena je analizirana pomoću prethodno objavljenih podataka [21].
§The detalji su opisani u poglavlju Materijali i metode.
Odnosi između kliničko mogućnosti i mikrosatelitni genotipova
145 želučani karcinom su analizirani za odnose između razine Loh i kliničko obilježja (tablica 3). Oba LOH-H i LOH-B karcinome želuca obično su povezane s visokim rizikom fenotipova kao što su limfni invazije (P
= 0.006), venska invazije (P
= 0,005), napredne faze (P Netlogu < 0.0001), ponavljanje (P pregled = 0,023), a loša stopa preživljavanja (P izvoznici < 0.0001), dok je Loh-L i MSI želučanog karcinoma su u korelaciji s dobro i umjereno diferencijacije (P pregled = 0,033) i stadija tumora (P pregled < 0,0001). Dva genotipovi povezane s visokim rizikom-fenotipa su različiti prema anatomskom mjestu nastanka i obrascu recidiva. U LOH-H slučajevi često se dogodila u antralnog dio (70%) i oni se vraćaju kroz hematogenozni širi na jetra, pluća i druge udaljene organe (38%), kao i ne-hematogenozni metastaze, kao što su peritonejskom sijanje i čvora uključenosti ( 36%). Većina slučajeva u LOH-B bili su prisutni u srčanom i dijela tijela (94%), a oni su se obnovili u peritonealnoj šupljini (67%), nego u udaljenim organima (13%). Napad starost Loh-B (45 godina) i LOH-H (65 godina) slučajeva bila je značajno različite (P izvoznici < 0.0001) .table 3 Odnosi između genotipova mikrosatelitni i kliničko obilježja želučanog karcinoma
Karakteristike
pregled genotipovi visokog rizika pregled
pregled genotipova s ​​niskim rizikom
pregled P
vrijednosti
pregled (%) pregled
Loh H (%) *
LOH-B (%) *
P pregled vrijednost
LOH-L (%) *
MSI (%) *
P pregled vrijednost
pregled, br bolesnika
145
50 pregled, 15 pregled, 65 pregled, 15 pregled Dob (godine) izvoznici < 0.0001 pregled 0.038
0,710 pregled Mean pregled 61 pregled, 65 pregled, 45 pregled, 60 pregled, 67 pregled SD pregled ± 12,5 pregled ± 9,8 Netlogu ± 12,7 pregled ± 11,6 pregled ± 9,8 pregled, Sex pregled 0.118
0,008 pregled 0,393 pregled Muški pregled 90 (62)
36 (72)
7 (47)
43 (66)
4 (27) pregled ženskih pregled, 55 (38)
14 (28) pregled, 8 (53)
22 (34)
11 (73) pregled, veličina tumora pregled 0.247
0.502
0,394 pregled Srednja pregled 5,34 pregled 5.3 pregled 6,34 pregled 5.0 pregled 5.6 Netlogu SD pregled ± 2,94 pregled ± 2,62
± 3,77 Netlogu ± 3,10 pregled ± 2,33 pregled Diferencijacija
0,052 pregled 0,094 pregled 0.033
Pa pregled 11 (8)
3 (6) pregled, 8 (12) pregled Umjereno pregled 53 (36)
17 (34) pregled, 1 (7)
25 (39)
10 (67) pregled Poor pregled, 81 (56)
30 (60)
14 (93)
32 (49)
5 (33) pregled tumora lokacija izvoznici < 0.0001 pregled 0,037 pregled 0,791 pregled kardija
13 (9) pregled, 3 (6) pregled, 4 (27) pregled 6 (9) pregled tijela
50 ( 35)
12 (24)
10 (67)
26 (40)
2 (13)
antruma pregled 82 (56)
35 (70)
1 (6)
33 (51)
13 (87)
Lauren klasifikaciju izvoznici < 0.0001 pregled 0,016 izvoznici < 0.0001 pregled crijeva pregled 58 (40)
19 (38) pregled, 0 (0)
35 (54)
4 (27) pregled difuznu pregled 32 (22 )
9 (18)
15 (100)
8 (12) pregled, 0 (0) pregled, Mješoviti pregled 55 (38)
22 (44) pregled 0 (0)
22 (34)
11 (73)
obrazac rasta pregled 0.600 izvoznici < 0.0001 izvoznici < 0.0001 pregled Proširenje pregled 20 (14)
1 (2)
1 (7)
9 (14)
9 (60) pregled Invazivni pregled 70 (48 )
32 (64)
10 (67)
28 (43) pregled, Mješoviti pregled 55 (38)
17 (34) pregled, 4 (26) pregled 28 (43) pregled, 6 (40) pregled Limfna invazija
1.000 pregled 0,771 pregled 0.006 pregled, br pregled 44 (30) pregled, 9 (18) pregled 3 (20)
34 (52)
5 (33)
Da pregled 101 (70)
41 (82)
12 (80)
31 (48)
10 (67)
Venska invazija
0,351
0,113
0,005 pregled Bez pregled 112 (77)
35 (70)
8 (53)
54 (83)
15 (100) pregled, Da pregled 33 (23)
15 (30) pregled, 7 (47)
11 (17)
tumorske pozornicu
0,757 pregled 0,763 izvoznici < 0.0001 pregled Rano
75 (52)
16 (32) pregled, 6 (40)
42 (65)
11 (73)
Napredno pregled, 70 (48 )
34 (68) pregled, 9 (60)
23 (35)
4 (27) pregled Ponavljanje
0.035 pregled 0,517 pregled 0.023
ne-

• Učinak lactulose na toleranciji želučane hranjenja kod kroničnih pacijenata JIL
• Promijenjena ekspresija navodni predak stanica marker DCAMKL1 u želučane sluznice štakora u obnovi, metaplazije i displazije