A gén-csökkentő hatás a kromoszóma veszteségek kimutatható gyomor cancers

gén-csökkentő hatás a kromoszóma veszteségek kimutatható gyomorrák katalógusa Abstract katalógusa Háttér katalógusa szintje elvesztésének heterozigótaság (LOH), amely csökkenti a géndózisnak és fejt ki a sejt-káros hatás ismert, hogy egy paramétert a genetikai stádium a gyomor rák. Ez a tanulmány vizsgálni, ha a sejt-káros hatást indukált gén csökkenés volt sebességmeghatározó tényező a LOH események két különböző szövettani típusú gyomor rák, a diffuse- és a bél-típusokat.
Módszerek
A patológiás példányok nyert 145 gyomorrákos betegek vizsgáltunk szintjén LOH segítségével 40 mikroszatellit marker nyolc rákkal összefüggő kromoszómák (3p, 4p, 5q, 8p, 9p, 13q, 17p és 18q). katalógusa Eredmények katalógusa legtöbb a rákhoz kapcsolódó kromoszómák találták, hogy tartozik a gén-szegény kromoszómákba, és tartalmaz egy pár gyomor-specifikus géneket, amelyek nagymértékben expresszálódik. A kiindulási szint LOH magában foglal egy vagy nem kromoszóma gyakoribb diffúz típusú gyomorrák. A 17-es kromoszóma tartalmazó viszonylag nagy sűrűségű gének gyakran elveszett a bél típusú daganatok, de nem diffúz típusú rákbetegségek. A magas szintű LOH négy vagy több kromoszóma tendenciózusan gyakori a gyomorrák bél- és vegyes differenciálás. Relapszus közös gyomor rák, magas szintű LOH keresztül mind a hematogén (38%) és nem-hematogén (36%) útvonalak, és az alapvonal-szint LOH esetekben a nem-hematogén útvonal (67%).
Következtetések katalógusa a sejt-mellékhatása gén redukciót több tolerálható bél típusú gyomor rákos megbetegedések, mint a diffúz-típusú rákok, és a veszteség a nagy dózisú gének társított hematogén metasztázis.
Háttér
Gyomor rák mennek hypermutations egyszerű ismétlődő szekvenciák és kiegyensúlyozatlan kromoszóma veszteségeket, és ezek a genetikai változások detektálhatók a mikroszatellit-instabilitás (MSI) és a veszteség heterozigótaság (LOH), illetve ha nagyon polimorf mikroszatellit markerek [1-4]. A patobiológiai viselkedése és prognózisa a gyomor rákos megbetegedések összefüggésbe hozták a szint LOH és a jelenléte a MSI [3-6]. A mélysége invázió és a nyirokcsomó-metasztázis jelentősen előrehaladott esetekben a kis méretű rákos magas szintű LOH, és ezek a szövettani paraméterek hajlamos arra, hogy lineárisan összefügg a rák mérete az alacsony szintű LOH esetekben [7]. Mivel egyetlen mikroszatellita genotípus hasonlóképpen kimutatható a teljes sebészeti szövetek, valamint az endoszkópos biopsziás minta [3, 7], lehetséges megjósolni a valószínűsége a betegség kiújulásának és dönteni a megfelelő reszekció alapuló eljárás mikroszatellit elemzés a előkezelés biopsziás.
a két-találat hipotézis azt javasolta, hogy kromoszomális veszteség és pontmutáció eredményeként a biallelikus inaktiválása tumorszuppresszor gének [8]. Kromoszóma veszteségek fejtenek ki káros hatást gyakorolnak a sejtek növekedését sokkal kevésbé tolerálják, mint a kromoszóma nyereség, és a két genetikai találatok biztosító növekedési előny megvédeni a rákos őssejtek a letális LOH események [9, 10]. Továbbá, a korábbi tanulmányok azt javasolta, hogy a metilezett gén szabályozó régiók egyre kevésbé metilezett egy Loh-szint-függő módon a gyomor rákos megbetegedések [11, 12] keresztül olyan adagolási kompenzációs mechanizmus, amely fenntartja egy gén vagy a transzkripciós dózis a későbbi sejt ciklus [9 ]. Tekintettel az adagolási kompenzációs mechanizmus, kromoszóma erősítés és LOH-asszociált demetilezési eredhet dózis-kompenzációs genetikai és epigenetikai válaszok csökkentése kromoszomális dózis [11-14]. Ezért a LOH események kombinálva egy sejt-káros hatást, és a dózis-kompenzációs válasz mellett tumor szuppresszor gén inaktiválását valószínűleg, hogy meghatározzák a patobiológiai viselkedését rákos őssejtek.
Gyomorrák kialakulása már sorolható két különböző szövettani típusú , azaz, a diffuse- és a bél-típusok [15, 16]. Diffúz típusú rákos megbetegedések gyakori a fiatal korú betegeknél, akik nem egy rákot megelőző lézió, míg a bél típusú daganatok gyakoriak a régi korú betegek társított rákmegelőző intesztinális metaplázia, melyek hasonlítanak a bél mirigyek [17]. Feltételezve, hogy a csontvelő eredetű őssejtek alkalmazkodnak a gyomor szöveti környezet [18], az újonnan rögzített őssejtek, amelyek potenciálisan nem kötött és az invazív fiatal egyének, fejlődni diffúz típusú rák. Bél típusú rákos megbetegedések között gyakori a régi korú betegek esetében, akik a hosszú távú alkalmazkodás az újonnan rögzített őssejtek a gyomor szöveti környezet. Ebben a tekintetben, egy adott LOH esemény befolyásolhatja különböző dózisú transzkripció között diffuse- és bél típusú gyomor rákos megbetegedések, amelyek meghatározzák elkülönülő génexpressziós mintázatok.
Ebben a vizsgálatban korrelációt tenni a LOH események és patobiológiai viselkedését gyomor rák szempontjából a sejt-kedvezőtlen hatásait gén csökkentésére. A nyolc rák-asszociált kromoszómák megvizsgáltuk volt egy kis sűrűségű gének, és nem a gyomor-specifikus géneket, ami azt eredményezheti, enyhe sejt-mellékhatása LOH. A LOH események gyakoribbak bél típusú gyomorrák, ahol a veszteség egy kromoszóma befolyásolná alacsony dózisú transzkripció és gyakoroljunk enyhe sejt káros hatást. Katalógusa módszerei katalógusa kiválasztása esetben katalógusa Száz negyvenöt gyomorrákos betegeknél, akiknél a kuratív sebészi eltávolítását között február 1996 és 2003 júniusa vontak be a vizsgálatba. A klinikai és patológiai és radiológiai adatokat kaptuk áttekintésével részletes nyilvántartást a betegek. Száz és tizenhat esetben korábban elemeztük multifokális genetikai vizsgálata heterogén tumor [3]. A fennmaradó 29 beteget vizsgált, egyetlen szövet blokk az egyes tumorok.
A mikroszkópos metszeteket felül, majd a tumor helyén volt képviselője a szövettani funkciót választottuk. A szövettani típusú gyomorrák definiáltuk bél (mirigyes, kötött, vagy szilárd), diffúz, összekeverjük szerint Lauren osztályozás [15, 16], valamint a mértéke differenciálódás szerint osztályozzák a WHO osztályozás. A tumor helyszínek figyelembe vettük az cardia, a test és antrum. A klinikai és patológiai tumorstádium szerint határoztuk meg a tumor-Node-metasztázis (TNM) kritériumok [19]. A legtöbb gyomor rákos betegek (140 145, 97%) átesett R0 gastrectomia és D2 vagy több kiterjesztett lymphadenectomia. Egy általános középértéke 28,6 (medián: 33) nyirokcsomókat eltávolították együtt a mintát. Egyik beteg kapott műtét előtti kemoterápia és sugárkezelés.
Nyomon követése adatokat kiújulás és a túlélés
egy kombinációs terápia intravénás mitomicin, fluor-uracil, és citarabin (MFC), majd orális fluorouracil adagoltuk, mint a standard posztoperatív adjuváns kezelés szerint az orvos megítélése az általános prognózisa minden esetben. A követési idő alatt, a fizikális vizsgálat, laboratóriumi vizsgálatok, mellkasröntgen, hasi ultrahang vagy komputertomográfia és gastrofiberscopy végeztünk minden 3 vagy 6 hónapos és a relapszus szövettanilag igazolt, ha lehetséges. Ha egynél több kiújulás helyszínen mutattuk először a kudarc, az egyes kiújulás megszámoltuk külön-külön. A kiújulás helyén volt sorolható hematogén áttét járó tüdő, máj, vagy más távoli szervekben, és nem hematogén áttét, amely tartalmazta a nyirokcsomó-érintettség és a peritoneális terjesztését. A gyomor maradék rákos kizárták az ismétlődő minta elemzését.
A teljes túlélési időt attól a naptól számítják a sebészi eltávolítás, amíg vagy a nap az utolsó nyomonkövetési érintkezés vagy rák okozta halál. Az adatok elhunyt betegek más okok is töröltük a halál időpontjában. A statisztikai analízist 2007 áprilisában az átlagos követési idő az összes túlélő betegek 40 hónap (tartomány: 5-96 hónap), és elkészült 98% -kal, a bevont betegek. A túlélési analízis 50 beteg halt meg, mint eredményeként a rák és 12 beteg halt meg egyéb okok miatt.
Tissue mikrodisszekció és DNS amplifikációs katalógusa Öt soros 7 mm vastag metszeteket minden formalin-fixált, paraffinba ágyazott szöveti mintában paraffint, és röviden megfestettük hematoxilin és eozin. Egy tumor-sejt-gazdag fókusz választották mikroszkopikus vizsgálat és egy tumor terület egészen 5 mm és 7 mm átmérőjű manuálisan boncolt alatt egy sztereomikroszkóp (nagyítás, × 40) egy sebészeti szikével. A mikrometszett szövet darabot mikroszkópos vizsgálattal, ha a tumorsejtek tartalom > 70%, amely már megerősítette, hogy az tükrözze a különbséget a genetikai tartalom között a normális és tumoros szövetekben [3, 7].
Körülbelül 1000 mikrodisszektált tumorsejteket inkubáltuk 20 pl DNS-extrakciós pufferrel (0,5% Tween-20 , 1 mM EDTA, pH = 8,0, 50 mM Tris pH = 8,0, 0,5 mg /ml proteináz K), 37 ° C-on 24 óra hosszat keverjük. Formalinnal fixált, paraffinba ágyazott szövet DNS hajlamos arra, hogy rosszul PCR-rel amplifikáltuk az idősebb példányok. A legtöbb DNS-eket kivontuk követő öt éven belül a készítmény a vizsgált mintákban, amely biztosítja a DNS minőségi PCR-hez. Az összeg a DNS-t, különböző tulajdonságok, a szövet lizátum alapján határoztuk meg a PCR-sáv intenzitása 5-10 ng /ul DNS, amely amplifikáltuk egy mikroszatellita primer, D19S226
(előre: 5 ' - CCA GCA GAT TTT GGT GTT GTC TA - 3 '; hátra: 5' - ACA GAG CCA GAG CCA GTA GGA GT - 3 'fragmentum méret: 164 bp). A PCR-amplifikálást végeztünk alatt forró-start állapot használatával radioizotóp (α- 32P dCTP-t, PerkinElmer, Boston, MA, USA) a korábban leírtak szerint [3, 7]. Röviden, összesen 10 ul PCR keverék ment 32 ciklus követett egy soros amplifikációs lépés, amely abból állt, 94 ° C-on 50 másodperc, egy primer-specifikus lágyítási hőmérséklet 50 másodperc, és 72 ° C-on 1 percig. A radioizotóppal jelzett mikroszatellit szekvenciákat választjuk szét, 6% -os poliakrilamid-gélen, hogy a tartalmazott 7 M karbamid és tettük láthatóvá ismételt kitettség az egyes autoradiogram és használata radioluminograph szkenner (BAS 2500, a Fuji Photo Film Co. Ltd., Kanakawa, Japán) .
elemzése mikroszatellit allél
iránymutatások pontozási állapotának LOH és MSI már részletezett korábbi tanulmányok használják ugyanazt a panelt mikroszatellit markerek [7]. Referenciaként típusa mikroszatellit allélok, mi letöltött a dinukleotid ismétlés markerek között mozgott a 88 bp-től 247 bp fragmentum méret, és hogy volt egy heterozigóta frekvencia > 50%. A rendkívül polimorf mikroszatellit markerek 8 rákkal összefüggő kromoszómák (3p, 4p, 5q, 8p, 9p, 13q, 17p és 18q), amelyek gyakran szenvedett LOH gyomorrákban [3, 7, 20], arra használják, hogy növeljék a számú heterozigóta allél mindkét karon (1A). Az öt mikroszatellita markerek mindkét kromoszomális kar mutatta a tiszta PCR-sávok a heterozigóta allélek és felölelik a teljes hossza a nyolc kromoszómák a [3, 5]. Annak biztosítása érdekében, a kromoszómális csökkentése, a kromoszomális veszteség volt rendelve, amikor a LOH esemény részt több mint két mikroszatellita markerek egy kromoszomális kar [13]. Negyven pár mikroszatellit primereket összekeverünk egy összesen 22 reakció csövek és amelyek mindegyike tartalmazott egy (4 keverékek) vagy két (18 keverékek) primer készlet, hogy felölelik a különböző méretű fragmentumok ugyanabban az illesztési hőmérsékleten. A kapott egyértelmű mikroszatellit sáv jelzi a magas specificitását multiplex PCR állapot, ami hasznos volt a kis mennyiségű mikrodisszektált patológiás szövetek. 1. ábra a PCR-alapú mikroszatellit analízis (A) és a genetikai osztályozása gyomor rák (B). Reprezentatív autoradiogrammokat a minták, hogy vizsgáltuk PCR-alapú mikroszatellit analízis (A) és a genetikai besorolás a bél típusú és diffúz típusú gyomorrák kialakulása alapján elvesztése heterozigótaság (LOH) és mikroszatellita instabilitás (MSI) (B). (A) A bal gélelektroforézis mutatja nagyfrekvenciás MSI több mint 40% -a a 15 homozigóta markerekkel. A jobb gélelektroforézis mutatja magas szintű LOH érintő kromoszóma 3p, 4p, 5q, 9p, 13q, 17p és 18q. A normál (N) és a megfelelő tumor (T) DNS-t a fent jelzett mindegyik allél sávban. A csillag jelzi MSI és LOH. A genomi DNS mikrodisszektált formalinnal beágyazott paraffinba ágyazott szövetet felerősített és jelölt [α-32P] dCTP a hot start állapotát multiplex PCR. Összesen 80 mikroszatellita amplikonok mindegyik mintából futtattunk egyidejűleg két szekvenáló gélek. (B) Egy panel 40 mikroszatellit markerek nyolc rákkal összefüggő kromoszómák, LOH értelmezte a heterozigóta markerek, ha 40% vagy annál kevesebb a homozigóta markerek kiállított MSI. A mértéke a kromoszóma veszteségeket szerezte száma szerint LOH-pozitív kromoszómák osztották magas szintű (LOH-H) és alacsony szintű (LOH-L) veszteséget a bél-és diffúz típusokat. Abban az esetben, a diffúz típusú gyomorrák, nulla vagy egy kromoszóma elvesztése sorolták a kiindulási szint (LOH-B). Összehasonlítás alapján a ugyanazt az osztályozást a mikroszatellit genotípusok hogy alkalmazták a korábbi tanulmány (1B) [ ,,,0],7], az allélikus profilok a 40 mikroszatellit markereket analizáltuk MSI a homozigóta markerek mutatott néhány árnyék vagy dadogó sávok egy pár normális és tumor DNS-ek. Mivel MSI elfedi a heterozigóta allél állapot allél profilok a 40 mikroszatellitszekvenciák eredetileg elemeztük MSI a homozigóta markerek. A LOH állapot alapján határoztuk meg allél veszteség a heterozigóta marker (1b ábra). A mértéke kromoszóma veszteségek minden esetben pontozták száma szerint alkotmányos kromoszóma veszteségek egynél több mikroszatellit allél. Katalógusa elemzése in silico katalógusa adatokat a gén sűrűség és átírását egyes kromoszómák katalógusa A összesen 17.723 referencia azonosított gének egy nyilvános adatbázisban (http: //genomban. UCSC. edu /2006. márciusi összeszerelés) [21] elemezték kiszámításához gének száma per 1 Mb nukleotidok szegmensben. Soros elemzés génexpresszió (SAGE) adatai a normál gyomornyálkahártya kaptuk nyilvános adatbázisban (http: //www. NCBI. NLM. NIH. Gov /geo /"SAGE_Stomach_normal_B_antrum"). A transzkripciós aktivitását egyes gének úgy számítottuk ki, a referencia gén térképe és az expresszált gén címkéket. Összehasonlításán alapul a microarray és SAGE adatok értékelésére génexpressziós profilok száma átiratok számít a SAGE adatokat találtak pontosan megbecsülni egy nagy különbség a gén aktivitását a gyomor-specifikus gének és háztartási gének [21].
Statisztikai analízis katalógusa Fisher-teszt és χ katalógusa 2 tesztet alkalmaztunk, hogy összehasonlítsuk a klinikai és patológiai jellemzői mikroszatellit genotípus a gyomor rák. Valószínűségi görbéket szerint Kaplan-Meier-módszerrel, és összehasonlítottuk a log-rank teszt. Többváltozós elemzést végeztünk a Cox-féle arányos kockázati módszer alkalmazásával lépésenkénti eljárásokat. Valószínűségi értékek kétfarkú, mint P katalógusa érték kevesebb, mint 0,05 alatt tekintettük szignifikánsnak. A statisztikai szoftvercsomag SPSS 11.0 (SPSS Inc., Chicago, IL, USA) használtunk az adatok elemzése.
Eredménye
Elemzés a LOH események gyomor rák
legtöbb gyomor rák (116 közül 145 eset) vizsgáltunk egy előző multifokális elemzést a heterogén tumor helyei egy adott gyomorrák [3]. Kilencven öt százaléka a gyomorrák vizsgált Azt találtuk, hogy akár egy hasonló szintű LOH vagy MSI közösen osztozik heterogén tumor majd minden gyomorrák volt sorolható egyetlen mikroszatellit genotípus, és nem vegyes genotípus. A mikroszatellit genotípusok 27 további esetben pontozták szintje szerint az LOH és jelenléte MSI, amelyek érzékelni egyetlen szövet darabot tartalmazó reprezentatív szövettani alkatrész.
Minden kromoszóma elvesztése korrelált klinikopatológiai paraméterei gyomor rák (1. táblázat). A legtöbb kromoszóma veszteségek (4p, 5q, 9p, 13q, 17p és 18q) jártak késői megjelenésű betegség (P katalógusa < 0,05). Két vagy több kromoszóma veszteségeket egyidejűleg összefügg a antrális hely (9p és 18q veszteség), a bél-vagy vegyes típusú szövettan (5q, a 17p és 18q veszteség), és a szegény túlélés (3p, 9p és 13q veszteség) (P
< 0,05). A 17p elvesztése volt a leggyakoribb a bél típusú daganatok (67%). A 13q veszteség leggyakoribbak diffúz típusú daganatok (47%). 1. táblázat kapcsolatok a klinikopatológiai jellemzők és egyetlen kromoszómális veszteség katalógusa Tulajdonságok Matton katalógusa 3p veszteség Matton 4p veszteség Matton 5q veszteség Matton 8p veszteség Matton 9p veszteség Matton 13q veszteség Matton 17p elvesztése Matton 18q veszteség Matton No. A betegek katalógusa 130 katalógusa 47 katalógusa 47 katalógusa 51 katalógusa 30 katalógusa 50 katalógusa 57 katalógusa 77 katalógusa 55 katalógusa Kor
Mean katalógusa 60 katalógusa 61 katalógusa 63 katalógusa 63 katalógusa 63 katalógusa 64 katalógusa 63 katalógusa 63 katalógusa 63 katalógusa ± SD katalógusa ± 12,60 katalógusa ± 10,18 katalógusa ± 10.49 katalógusa ± 9,28 katalógusa ± 10,24 katalógusa ± 10,28 katalógusa ± 10,43 katalógusa ± 10,94 katalógusa ± 11,20 katalógusa P
0.290 katalógusa 0.029 katalógusa 0.014 katalógusa 0,102 katalógusa 0.003 katalógusa 0.030 katalógusa < 0,0001 katalógusa 0.030 katalógusa szex katalógusa Férfi
86 katalógusa 37 katalógusa 34 katalógusa 36 katalógusa 18 katalógusa 37 katalógusa 42 katalógusa 52 katalógusa 36
női
44 katalógusa 10 katalógusa 13 katalógusa 15 katalógusa 12 katalógusa 13 katalógusa 15 katalógusa 25 katalógusa 19 katalógusa P
0.033
0,335
0.450 katalógusa 0.510 katalógusa 0,182 katalógusa 0,136 katalógusa 0,710 katalógusa 1,000 katalógusa tumor helyét katalógusa Cardia
13 katalógusa 4 katalógusa 3
5 katalógusa 1 katalógusa 2 | 5 katalógusa 8 katalógusa 3 katalógusa Body
48 katalógusa 16 katalógusa 16 katalógusa 13 katalógusa 10 katalógusa 14 katalógusa 16 katalógusa 24 katalógusa 16
Antrum katalógusa 69 katalógusa 27 katalógusa 28 katalógusa 33 katalógusa 19 katalógusa 34 katalógusa 36 katalógusa 45
36 katalógusa P Matton 0,743 katalógusa 0.424 katalógusa 0,078 katalógusa 0,267 katalógusa 0.018 katalógusa 0,119 katalógusa 0.253 katalógusa 0,043 katalógusa szövettani típus katalógusa A bél katalógusa 54 katalógusa 19 katalógusa 19 katalógusa 23 katalógusa 13 katalógusa 22 katalógusa 20 katalógusa 36 katalógusa 27 katalógusa Diffúz katalógusa 32 katalógusa 9
9 katalógusa 6 katalógusa 5 katalógusa 8 katalógusa 15 katalógusa 11
7 katalógusa Vegyes katalógusa 44 katalógusa 19 katalógusa 19 katalógusa 22 katalógusa 12 katalógusa 20 katalógusa 22 katalógusa 30 katalógusa 21 katalógusa P Matton 0,395 katalógusa 0,395 katalógusa 0.018 katalógusa 0.480 katalógusa 0,176 katalógusa 0,404
0,004 katalógusa 0.026 katalógusa tumor méretét
Mean katalógusa 5.3 katalógusa 5.8 katalógusa 5.1 katalógusa 4.9 katalógusa 5.1 katalógusa 4.9 katalógusa 5.7 katalógusa 5.2 katalógusa 5.5 katalógusa ± SD katalógusa ± 3,01 katalógusa ± 2,86 katalógusa ± 2,64 katalógusa ± 2,29 katalógusa ± 2,42 katalógusa ± 2,73 katalógusa ± 3,02 katalógusa ± 2,86 ± katalógusa 3.13 katalógusa P
0.129 katalógusa 0,631 katalógusa 0,131 katalógusa 0,705 katalógusa 0,181 katalógusa 0,179 katalógusa 0,564 katalógusa 0.483 katalógusa Stage katalógusa I & II
64 katalógusa 20 katalógusa 21 katalógusa 20 katalógusa 14 katalógusa 22 katalógusa 21 katalógusa 36 katalógusa 24 katalógusa III & IV
66 katalógusa 27 katalógusa 26 katalógusa 31 katalógusa 16 katalógusa 28 katalógusa 36 katalógusa 41 katalógusa 31 katalógusa P
0,277
0,469 katalógusa 0.075 katalógusa 0,836 katalógusa 0.372 katalógusa 0,014 katalógusa 0.593 katalógusa 0.292 katalógusa kiújulása katalógusa peritoneális katalógusa 24 katalógusa 10 katalógusa 9 katalógusa 8
5 katalógusa 10 katalógusa 12 katalógusa 16 katalógusa 11
nyirokcsomó katalógusa 10 katalógusa 4 katalógusa 3 katalógusa 3 katalógusa 2 | 5
4 katalógusa 6 katalógusa 3 katalógusa hematogén katalógusa 22 katalógusa 13 katalógusa 11 katalógusa 14 katalógusa 8 katalógusa 11 katalógusa 14 katalógusa 15 katalógusa 10 katalógusa Összesen katalógusa 56 katalógusa 27 katalógusa 23 katalógusa 25 katalógusa 15 katalógusa 26 katalógusa 30 katalógusa 37 katalógusa 24 katalógusa P katalógusa
0,422 katalógusa 0,507 katalógusa 0.070 katalógusa 0,428 katalógusa 0.826 katalógusa 0,415 katalógusa 0,899 katalógusa 0.663 katalógusa Vital állapot katalógusa 119 katalógusa 42 katalógusa 41 katalógusa 47 katalógusa 29 katalógusa 44 katalógusa 51 katalógusa 68 katalógusa 48 katalógusa Alive katalógusa 70 katalógusa 19 katalógusa 21 katalógusa 26 katalógusa 16 katalógusa 20
24 katalógusa 36 katalógusa 27 katalógusa Holt katalógusa 49 katalógusa 23 katalógusa 20 katalógusa 21 katalógusa 13 katalógusa 24 katalógusa 27 katalógusa 32 katalógusa 21 katalógusa P
0.021 katalógusa 0,152 katalógusa 0.330 katalógusa 0.402 katalógusa 0,019 katalógusa 0,019 katalógusa 0,094 katalógusa 0.389 katalógusa P katalógusa kisebb értékek 0,05 szerepelnek félkövér nyomtatása.
a nagy része (52%) a diffúz típusú gyomorrák kialakulása volt egy vagy nem kromoszomális veszteségek, amelyek soroltuk egy alapvonal-szint LOH (LOH-B), mert a legtöbb bél -és vegyes típusú daganatok (86%) volt, a két vagy több kromoszomális veszteségek (2. ábra) [7]. A magas szintű LOH esetben négy vagy több kromoszómális veszteségek leggyakrabban a kevert differenciálódás esetekben mindkét intestinal- és diffúz típusú gyomor rák (44%). Összességében 15 Loh-B (10%), 65 Loh-L (45%), 50 Loh-H (35%), és 15 MSI (10%) esetben azonosítottuk a 145 sebészeti mintákban. 2. ábra közötti kapcsolatok a szövettani típus és nem. A kromoszóma-veszteség a gyomorrák. A szövettani típusú gyomorrák definiáltuk diffuse- (n = 32, furgon), intestinal- (n = 54, szürke doboz), és a vegyes típusú (n = 44, nyitott doboz) szerint Lauren osztályozás.
Elemzés a gén sűrűség és a nagymértékben expresszált gének rákhoz kapcsolódó kromoszómák
sűrűsége gének per 1-Mb szegmens, a felső 100 aktív géneket, amelyek erősen expresszálódik a gyomorban, és a frekvencia a LOH genotípusok észlelt gyomor rákos elemeztük az egyes kromoszóma (2. táblázat). Összehasonlítva a nyolc rákhoz kapcsolódó kromoszómák megvizsgáltuk, és a fennmaradó 14 kromoszómák, a sűrűsége a gének (4.8 gének versus 6,9 gének per 1-Mb szegmens) és az átlagos száma a nagymértékben expresszált gének (3.3 gének versus 5.3 gének) voltak alacsonyabb az rákhoz kapcsolódó kromoszómák, mint a többi kromoszómák. Az átlagos száma transzkriptumok becsült egyes nagymértékben expresszált gén is alacsony volt a rákhoz kapcsolódó kromoszómák (54 versus 69 transzkriptumok per mindegyik gén). Az egyes autosomes csoportosították sorrendben gén sűrűséget. A kromoszómák 2, 3, 4, 5, 8, 13 és 18 voltak sorolhatóak az alacsony-gén-sűrűségű csoport kevesebb mint öt gén per 1 Mb szegmensben. A kromoszómák 11., 16., 17., 19., 20. és 22. volt egy nagy sűrűségű gének több mint nyolc gén per 1 Mb szegmensben. Következésképpen a nyolc rák-asszociált gének szempontjából a vizsgált hat (kromoszómák 3, 4, 5, 8, 13 és 18) tartozott a gén-szegény kromoszómák, és a fennmaradó két gén tartozott a közepes (a 9. kromoszómán ) és magas (a 17-es kromoszóma) gént sűrűségű csoportok. A kromoszómák 17 és 13 tartalmazott a magas és alacsony sűrűségű gének (13,4 és 2,7 gének per 1-Mb szegmens), ill. 17. kromoszóma mutatott magas frekvenciájú LOH a Loh-L (49%), de nem a Loh-B esetben (13%). A frekvencia a 13. kromoszóma elvesztése hasonló volt a Loh-l (25%) és a LOH-B esetben (27%). 2. táblázat A gén a sűrűség, nagymértékben expresszált gének és LOH szinten egyes kromoszómák becsült gyomor rákos és nem-rákos szövetekből
katalógusa No. gének per egy 1 Mb szegmens * Matton Top 100 nagyon expresszált gének katalógusa (No. átiratát per gén) * Matton szintje LOH (%) § katalógusa
katalógusa katalógusa katalógusa Baseline katalógusa (n = 15) Matton Low katalógusa (n = 65) Matton Nagy katalógusa (n = 50) Matton rákkal összefüggő kromoszómák
3 katalógusa 4.9 katalógusa 3 (76) hotelben 1 (7) hotelben 18 (28) hotelben 28 (56) hotelben 4 katalógusa 3.6 katalógusa 5 (53) hotelben 2 (13) hotelben 12 (18) hotelben 33 (66) hotelben 5 katalógusa 4.4
4 (44) hotelben 0 (0) hotelben 14 (22) hotelben 37 (74) hotelben 8
4,1 katalógusa 3 (32) hotelben 0 (0)
9 (14) hotelben 21 (42) hotelben 9 katalógusa 5.2 katalógusa 4 (60) hotelben 1 (7) hotelben 15 (23) hotelben 34 (68)
13
2,7 katalógusa 2 (121) hotelben 4 (27) hotelben 16 (25) hotelben 37 (74) hotelben 17 katalógusa 13,4 katalógusa 5 (42)
2 (13) hotelben 32 (49) hotelben 43 (86) hotelben 18 katalógusa 3.2 katalógusa 0 (0) hotelben 1 (7) hotelben 18 (28)
36 (72) hotelben Átlagértékek
4,8 katalógusa 3.3 (54) hotelben Egyéb kromoszómákon
1 katalógusa 7.7 katalógusa 8 (47) hotelben 2 | 4.7
9 (132) hotelben 6 katalógusa 5.8 katalógusa 7 (39) hotelben 7
5,2 katalógusa 6 (45) hotelben 10 katalógusa 5.0 katalógusa 2 ( 37) hotelben 11 katalógusa 8.9 katalógusa 9 (85) hotelben 12 katalógusa 7.3 katalógusa 10 (62) hotelben 14 katalógusa 5.3 katalógusa 6 (43) hotelben 15 katalógusa 5.3 katalógusa 2 (90) hotelben 16 katalógusa 8.6 katalógusa 3 (34) hotelben 19 katalógusa 19,8 katalógusa 8 (61) hotelben 20 katalógusa 8.3 katalógusa 2 (76) hotelben 21 katalógusa 5.1 katalógusa 1 (268) hotelben 22 katalógusa 8.4 katalógusa 1 (55) hotelben Átlagértékek
6,9 katalógusa 5.3 (69) hotelben * száma átirata 17.723 gének elemeztük a korábban publikált adatok [21].
§The részleteit az anyag és módszer fejezetben.
közötti kapcsolatok a klinikai és patológiai jellemzői és a mikroszatellit genotípusok
145 gyomorrák elemeztük közötti kapcsolatok szintje LOH és a klinikai és patológiai jellemzői (3. táblázat). Mind a LOH-H és LOH-B gyomor rákos elváltozást gyakran társul magas kockázatú fenotípusok, mint nyirokér invázió (P = 0,006 katalógusa), vénás invázió (P = 0,005 katalógusa), előrehaladott stádiumú (P katalógusa < 0,0001), kiújulás (p
= 0,023), és a rossz túlélési arány (p
< 0,0001), míg a Loh-L és az MSI gyomor rákos elváltozást korrelált jól és mérsékelt differenciálódását (p
= 0,033) és a korai stádiumban a daganat (P katalógusa < 0,0001). A két genotípus kapcsolatos nagy kockázatú-fenotípus nem hasonlóak szerint az anatómiai helyén előfordulása és a minta a kiújulás. A Loh-H esetek gyakran történt az antrális rész (70%), és kiújult keresztül hematogén terjed a máj, tüdő és egyéb távoli szervekben (38%), valamint a nem-hematogén metasztázis, mint a peritoneális vetés és nyirokcsomó-érintettség ( 36%). A legtöbb Loh-B esetekben voltak jelen a szív és a belső rész (94%), és azok relapszusos a hasüregbe (67%), nem pedig a távoli szervekben (13%). A kezdeti életkora LOH-B (45 éves) és LOH-H (65 éves) esetben szignifikáns volt (P katalógusa < 0,0001) .table 3 közötti kapcsolatok mikroszatellit genotípusok és a klinikai és patológiai jellemzői gyomorrák
Tulajdonságok Matton katalógusa Nagy kockázatú genotípus katalógusa
katalógusa alacsony kockázatú genotípus Matton katalógusa P katalógusa érték Matton katalógusa (%) Matton LOH H (%) * Matton LOH-B (%) * Matton P katalógusa érték Matton LOH-L (%) * Matton MSI (%) * Matton P katalógusa érték Matton katalógusa No. A beteg katalógusa 145 katalógusa 50 katalógusa 15 katalógusa 65 katalógusa 15 katalógusa Életkor (év) hotelben < 0,0001 katalógusa 0.038 katalógusa 0,710 katalógusa Mean katalógusa 61 katalógusa 65 katalógusa 45 katalógusa 60 katalógusa 67 katalógusa SD katalógusa ± 12,5 ± 9,8 katalógusa katalógusa ± 12,7 katalógusa ± 11,6 ± 9,8 katalógusa katalógusa szex katalógusa 0.118 katalógusa 0,008 katalógusa 0,393 katalógusa Férfi katalógusa 90 (62) hotelben 36 (72) hotelben 7 (47) hotelben 43 (66) hotelben 4 (27) fiatal női katalógusa 55 (38) hotelben 14 (28) hotelben 8 (53) hotelben 22 (34)
11 (73) hotelben tumor méretét katalógusa 0.247 katalógusa 0,502 katalógusa 0.394 katalógusa Mean katalógusa 5,34 katalógusa 5.3 katalógusa 6,34 katalógusa 5.0 katalógusa 5.6 katalógusa SD katalógusa ± 2,94 katalógusa ± 2,62 katalógusa ± 3,77 katalógusa ± 3,10 katalógusa ± 2,33 katalógusa differenciálás
0,052 katalógusa 0,094 katalógusa 0,033 katalógusa Nos katalógusa 11 (8) hotelben 3 (6) hotelben 8 (12) hotelben Mérsékelt katalógusa 53 (36) hotelben 17 (34) hotelben 1 (7) hotelben 25 (39)
10 (67) hotelben Gyenge katalógusa 81 (56) hotelben 30 (60) hotelben 14 (93) hotelben 32 (49) hotelben 5 (33) hotelben tumor helyét
< 0,0001 katalógusa 0.037 katalógusa 0.791 katalógusa Cardia
13 (9) hotelben 3 (6) hotelben 4 (27) hotelben 6 (9) hotelben Body
50 ( 35) hotelben 12 (24) hotelben 10 (67) hotelben 26 (40) hotelben 2 (13) hotelben Antrum katalógusa 82 (56) hotelben 35 (70)
1 (6) hotelben 33 (51) hotelben 13 (87) hotelben Lauren besorolás katalógusa < 0,0001 katalógusa 0,016 katalógusa < 0,0001 katalógusa Bél katalógusa 58 (40) hotelben 19 (38) hotelben 0 (0) hotelben 35 (54) hotelben 4 (27) hotelben Diffúz katalógusa 32 (22 ) hotelben 9 (18) hotelben 15 (100) hotelben 8 (12) hotelben 0 (0) hotelben Vegyes katalógusa 55 (38) hotelben 22 (44) hotelben 0 (0) hotelben 22 (34) hotelben 11 (73) hotelben növekedési minta katalógusa 0.600 katalógusa < 0,0001 katalógusa < 0,0001 katalógusa bővítése katalógusa 20 (14) hotelben 1 (2) hotelben 1 (7) hotelben 9 (14) hotelben 9 (60) hotelben infiltratív katalógusa 70 (48 ) hotelben 32 (64) hotelben 10 (67) hotelben 28 (43) hotelben Vegyes katalógusa 55 (38) hotelben 17 (34) hotelben 4 (26) hotelben 28 (43) hotelben 6 (40) hotelben nyirokér invázió
1,000 katalógusa 0,771 katalógusa 0,006 katalógusa No katalógusa 44 (30) hotelben 9 (18) hotelben 3 (20) hotelben 34 (52) hotelben 5 (33) hotelben Igen katalógusa 101 (70) hotelben 41 (82) hotelben 12 (80) hotelben 31 (48)
10 (67) hotelben vénás invázió
0.351 katalógusa 0,113 katalógusa 0.005 katalógusa No katalógusa 112 (77) hotelben 35 (70) hotelben 8 (53)
54 (83) hotelben 15 (100) hotelben Igen katalógusa 33 (23) hotelben 15 (30) hotelben 7 (47) hotelben 11 (17) hotelben daganat stádiuma
0,757 katalógusa 0,763 katalógusa < 0,0001 katalógusa Korai
75 (52) hotelben 16 (32) hotelben 6 (40) hotelben 42 (65) hotelben 11 (73) hotelben Részletes katalógusa 70 (48 ) hotelben 34 (68) hotelben 9 (60) hotelben 23 (35) hotelben 4 (27) hotelben kiújulása
0.035 katalógusa 0.517 katalógusa 0.023 katalógusa Nem

• A hatás a laktulóz tolerancia a gyomor etetés a hosszú távú intenzív osztályon a betegek
• Megváltozott expressziója egy feltételezett progenitor sejt marker DCAMKL1 a patkány gyomornyálkahártya regenerációs, metaplázia és diszplázia