Využite silu najmodernejších technológií a analýzy "veľkých dát", Vedci z novovzniknutej Arizonskej únie pre genomiku COVID-19 (ACGU) chcú lepšie porozumieť tomu, ako sa tento vírus môže vyvíjať, ako sa prenáša, a ako sa pohybuje v bežnej populácii. Tento molekulárny epidemiologický prístup kombinuje tradičné epidemiologické metódy s evolučným modelovaním založeným na analýze genómu vírusu s vysokým rozlíšením.
ACGU bude sekvenovať vzorky od pacientov s COVID-19, aby analyzovali genetické kódy vírusu, sledovať jeho rôzne kmene, ukážte, odkiaľ každá vzorka pochádza, kde sa to mohlo prenášať, a - prípadne - odhaliť detaily, ktoré by mohli poskytnúť kritické informácie pre diagnostiku, antivírusové liečivé ciele, a vývoj vakcín.
Iba pomocou genómového sekvenovania a pokročilých analýz, môžeme začať plne rozumieť tejto chorobe na molekulárnej úrovni, hľadá kľúče k odomknutiu jeho záhad. Máme schopnosť sekvenovať genóm každého kmeňa od každého pacienta - na tom pracujeme. "
Dr. David Engelthaler, Spolurektor a docent divízie patogénov a mikrobiómov TGen, pobočka infekčnej choroby vo Flagstaffe známa ako TGen North
Dr. Engelthaler je bývalý štátny epidemiológ a štátny koordinátor biologickej obrany v Arizone. Predtým bol u CDC, a viedol vyšetrovanie miestnych, národné a medzinárodné epidémie chorôb viac ako 25 rokov, počnúc vypuknutím hantavírusu v Arizone v rokoch 1993-1994. Bude koordinovať nové genomické sekvenovanie vírusu SARS-CoV-2 od ACGU, ktorá spôsobuje ochorenie COVID-19.
Ďalšími spoluzakladateľmi Únie sú dvaja z popredných vedcov Arizony v oblasti infekčných chorôb:Dr. Paul Keim a Dr. Michael Worobey.
Doktor Keim je svetový odborník na patogény, akými sú mor a antrax. Po 11. septembri spolupracoval s FBI na objasnení prípadu „antraxových listov“. Na NAU, je profesorom biológie, je držiteľom vybavenej stoličky v mikrobiológii, a je výkonným riaditeľom inštitútu pre patogény a mikrobiómy (PMI). Je významným profesorom v TGen, Spoluriaditeľ TGen North, a bude pôsobiť ako riaditeľ ACGU.
„Sekvencie genómu sú ideálne pre distribuované úsilie vedeckého výskumu a Arizonská únia sa bude pri sledovaní choroby silne spoliehať na národné a globálne štúdie. Napriek tomu, je dôležité, aby sa regionálni experti zapojili do tohto procesu s cieľom maximalizovať výhody pre občanov Arizony, “povedal doktor Keim.
Dr. Worobey je vedúcim katedry ekológie a evolučnej biológie na University of Arizona, a je svetovo preslávený svojou prácou o vírusových pandémiách. Pomocou genomickej epidemiológie s konečnou platnosťou sledoval pôvod a celosvetové šírenie HIV, a tiež určil, prečo pandémia „španielskej chrípky“ v roku 1918 zabila milióny mladých ľudí.
„Molekulárna analýza vírusov poskytuje zásadné informácie o tom, ako pandémie začínajú a ako s nimi bojovať, "Doktor Worobey." V tomto úsilí budeme ťažiť z bohatstva talentu a infraštruktúry Arizony. "
Arizonská únia genomiky COVID-19 je podobná ako ostatné skupiny na celom svete, pracuje na presadení sa tohto nového koronavírusu. Rýchle zdieľanie údajov a analýz bolo, a stále je, kritický pre vedu, chápanie pandémie v medicíne a verejnom zdraví. Ironicky, prvé americké epicentrum COVID-19, Seattle, je tiež domovom NextStrain, internetový domov na sledovanie genómu tohto a ďalších patogénov.
Konzorcium vedcov z Arizony dúfa, že ich regionálne poradie poskytne poskytovateľom zdravotnej starostlivosti v Arizone a tvorcom verejných politík výhodu v reakcii na túto pandémiu.
Rovnako ako NextStrain, ACGU zverejní svoje zistenia; voľne dostupné epidemiológom a virológom z celého sveta.