Hyödyntämällä huipputekniikan ja "big data" -analyysin voimaa, äskettäin perustetun Arizonan COVID-19 Genomics Unionin (ACGU) tutkijat haluavat ymmärtää paremmin, miten tämä virus voi kehittyä, miten se lähetetään, ja miten se kulkee väestön läpi. Tämä molekyyliepidemiologinen lähestymistapa yhdistää perinteiset epidemiologiset menetelmät evoluutiomallinnukseen, joka perustuu viruksen genomin korkean resoluution analyysiin.
ACGU järjestää näytteitä COVID-19-potilaista analysoidakseen viruksen geneettiset koodit, seurata sen eri kantoja, näyttää, mistä kukin näyte on peräisin, missä se on mahdollisesti lähetetty, ja - mahdollisesti - paljastamaan yksityiskohtia, jotka voivat tarjota kriittistä tietoa diagnostiikkaa varten, viruslääkkeiden kohteet, ja rokotteiden kehittäminen.
Vain käyttämällä genomista sekvensointia ja kehittyneitä analyysejä, Voimmeko alkaa ymmärtää tätä tautia täysin molekyylitasolla, etsii avaimia salaisuuksiensa avaamiseksi. Meillä on kyky sekvensoida jokaisen kannan genomi jokaiselta potilaalta - siihen pyrimme. "
Tohtori David Engelthaler, TGenin patogeenien ja mikrobiomien osaston apulaisjohtaja ja apulaisprofessori, tartuntataudin haara Flagstaffissa, joka tunnetaan nimellä TGen North
Engelthaler on Arizonan entinen osavaltion epidemiologi ja valtion biodefense -koordinaattori. Hän oli aiemmin CDC:ssä, ja hän on johtanut paikallisten, kansalliset ja kansainväliset tautitapaukset yli 25 vuoden ajan, alkaen Arizonan hantaviruksen puhkeamisesta vuosina 1993-94. Hän koordinoi uuden ACGU:n SARS-CoV-2-viruksen genomisekvensointia, joka aiheuttaa COVID-19-taudin.
Unionin muut perustajat ovat kaksi Arizonan johtavaa tartuntatautitieteilijää:tohtori Paul Keim ja tohtori Michael Worobey.
Keim on maailman asiantuntija taudinaiheuttajissa, kuten rutto ja pernarutto. Hän työskenteli FBI:n kanssa katkaistakseen "pernaruttokirjeet" -tapauksen syyskuun 11. päivän jälkeen. NAU:ssa, hän on Regentsin biologian professori, hänellä on mikrobiologian tuoli, ja on Pathogen and Microbiome Institute (PMI) -pääjohtaja. Hän on arvostettu professori TGenissä, TGen Northin apulaisjohtaja, ja toimii ACGU:n johtajana.
"Genomisekvenssit ovat ihanteellisia hajautetulle tieteelliselle tutkimukselle, ja Arizonan unioni luottaa vahvasti kansallisiin ja maailmanlaajuisiin tutkimuksiin taudin seuraamiseksi. on ratkaisevan tärkeää, että alueelliset asiantuntijat osallistuvat tähän prosessiin maksimoidakseen Arizonan kansalaisten hyödyt, "sanoi tohtori Keim.
Worobey on Arizonan yliopiston ekologian ja evoluutiobiologian osaston johtaja, ja on maailmankuulu viruspandemioita koskevasta työstään. Käyttämällä genomista epidemiologiaa, hän on lopullisesti seurannut HIV:n alkuperää ja maailmanlaajuista leviämistä, ja selvitti myös, miksi vuoden 1918 espanjalainen influenssapandemia tappoi miljoonia nuoria aikuisia.
"Virusten molekyylianalyysi tarjoaa ratkaisevia vihjeitä siitä, miten pandemiat alkavat ja miten niitä vastaan taistellaan, "sanoi tohtori Worobey." Me hyödynnämme Arizonan lahjakkuutta ja infrastruktuuria tässä pyrkimyksessä. "
Arizonan COVID-19 Genomics Union on samanlainen kuin muut ryhmät ympäri maailmaa, pyrkii saamaan jalansijaa uudessa koronaviruksessa. Tietojen ja analyysien nopea jakaminen on ja on edelleen, kriittinen tieteelle, lääketieteellinen ja kansanterveydellinen käsitys pandemiasta. Ironisesti, ensimmäinen Yhdysvaltojen COVID-19-keskus, Seattle, on myös koti NextStrainille, Internet -koti tämän ja muiden patogeenien genomin seurantaan.
Arizonan tiedemiesten yhteenliittymä toivoo, että niiden alueellinen sekvensointi antaa Arizonan terveydenhuollon tarjoajille ja julkisen päätöksentekijöille edun reagoida tähän pandemiaan.
Kuten NextStrain, ACGU julkistaa havaintonsa; avoimesti saatavilla epidemiologeille ja virologeille ympäri maailmaa.