Arizona COVID-19 Genomics Union for å studere hvordan viruset kan utvikle seg

Translational Genomics Research Institute (TGen), en tilknyttet City of Hope, Pathogen and Microbiome Institute ved Northern Arizona University, og Institutt for økologi og evolusjonsbiologi ved University of Arizona har dannet en fagforening dedikert til å spore COVID-19 coronavirus, ble det kunngjort i dag.

Utnytte kraften i den nyeste teknologien og analyse av "big data", forskere ved den nyopprettede Arizona COVID-19 Genomics Union (ACGU) ønsker å bedre forstå hvordan dette viruset kan utvikle seg, hvordan det overføres, og hvordan den beveger seg gjennom befolkningen generelt. Denne molekylære epidemiologiske tilnærmingen kombinerer tradisjonelle epidemiologimetoder med evolusjonær modellering basert på høyoppløselig analyse av virusets genom.

ACGU vil sekvensere prøver fra COVID-19 pasienter for å analysere virusets genetiske koder, spore de forskjellige stammene, vise hvor hver prøve stammer fra, hvor det kan ha blitt overført, og - muligens - avsløre detaljer som kan gi kritisk informasjon for diagnostikk, antivirale legemiddelmål, og vaksineutvikling.

Bare ved å bruke genomisk sekvensering og avanserte analyser, kan vi begynne å forstå denne sykdommen fullt ut på molekylært nivå, på jakt etter nøkler for å låse opp mysteriene. Vi har evnen til å sekvensere genomet til hver stamme fra hver pasient - det er det vi jobber mot. "

Dr. David Engelthaler, Meddirektør og førsteamanuensis i TGen's Pathogen and Microbiome Division, smittsomme grenen i Flagstaff kjent som TGen North

Dr. Engelthaler er Arizona tidligere statlige epidemiolog og statlige biologiske forsvarskoordinator. Han var tidligere med CDC, og har ledet undersøkelser av lokale, nasjonale og internasjonale sykdomsutbrudd i over 25 år, starter med Arizona's hantavirusutbrudd 1993-94. Han vil koordinere den nye ACGUs genomiske sekvensering av SARS-CoV-2-viruset, som forårsaker COVID-19 sykdommen.

Unionens andre medstiftere er to av Arizona ledende forskere innen smittsom sykdom:Dr. Paul Keim og Dr. Michael Worobey.

Dr. Keim er en verdensekspert innen patogener som pest og miltbrann. Han jobbet med FBI for å knekke saken "miltbrannbokstaver" i kjølvannet av 11. september. På NAU, han er professor i biologi, har en begavet stol i mikrobiologi, og er administrerende direktør for Pathogen and Microbiome Institute (PMI). Han er en utmerket professor ved TGen, Meddirektør i TGen North, og vil fungere som direktør for ACGU.

"Genomsekvenser er ideelle for distribuert vitenskapelig forskning, og Arizona Union vil stole sterkt på nasjonale og globale studier for å spore sykdommen. Likevel, det er kritisk at regionale eksperter engasjerer seg i denne prosessen for å maksimere fordelene for borgere i Arizona, "sa Dr. Keim.

Dr. Worobey er leder for University of Arizona Department of Ecology and Evolutionary Biology, og er verdenskjent for sitt arbeid med virale pandemier. Ved hjelp av genomisk epidemiologi, han har definitivt sporet opprinnelsen og verdensomspennende spredning av HIV, og bestemte også hvorfor "spansk influensa" -pandemien i 1918 drepte millioner av unge voksne.

"Molekylær analyse av virus gir viktige ledetråder om hvordan pandemier begynner og hvordan de kan bekjempes, "sa Dr. Worobey." Vi vil utnytte Arizona's rikdom av talent og infrastruktur i dette arbeidet. "

Arizona COVID-19 Genomics Union ligner andre grupper over hele verden, jobber for å få fotfeste på dette nye koronaviruset. Rask deling av data og analyse har vært, og fortsetter å være, kritisk til vitenskapelig, medisinsk og folkehelseforståelse av pandemien. Ironisk, det første amerikanske episenteret av COVID-19, Seattle, er også hjemmet til NextStrain, internett -hjemmet for genomsporing av dette og andre patogener.

Konsortiet av forskere i Arizona håper at deres regionale sekvensering vil gi helsepersonell i Arizona og beslutningstakere i Arizona et forsprang på å svare på denne pandemien.

Som NextStrain, ACGU vil offentliggjøre funnene sine; åpent tilgjengelig for epidemiologer og virologer over hele verden.

• AGA publiserer ny COVID-19 veiledning for gastroenterologer som behandler pasienter med IBD
• Feil mobil opprydding under nevroutvikling kan forårsake livslang atferdsproblemer