Exploiter la puissance de la technologie de pointe et de l'analyse « big data », les chercheurs de la nouvelle Arizona COVID-19 Genomics Union (ACGU) veulent mieux comprendre comment ce virus peut évoluer, comment il est transmis, et comment il se déplace dans la population générale. Cette approche d'épidémiologie moléculaire combine des méthodes épidémiologiques traditionnelles avec une modélisation évolutive basée sur une analyse à haute résolution du génome du virus.
L'ACGU séquencera des échantillons de patients COVID-19 pour analyser les codes génétiques du virus, suivre ses différentes souches, montrer d'où provient chaque échantillon, où il a pu être transmis, et - éventuellement - révéler des détails qui pourraient fournir des informations critiques pour le diagnostic, cibles médicamenteuses antivirales, et le développement de vaccins.
Uniquement en utilisant le séquençage génomique et des analyses avancées, pouvons-nous commencer à bien comprendre cette maladie au niveau moléculaire, à la recherche de clés pour percer ses mystères. Nous avons la capacité de séquencer le génome de chaque souche de chaque patient - c'est ce vers quoi nous travaillons."
Dr David Engelthaler, Co-directeur et professeur agrégé de la division Pathogen and Microbiome de TGen, la branche des maladies infectieuses à Flagstaff connue sous le nom de TGen North
Le Dr Engelthaler est l'ancien épidémiologiste de l'État de l'Arizona et coordinateur de la biodéfense de l'État. Il était auparavant au CDC, et a mené des enquêtes sur des foyers de maladies nationales et internationales depuis plus de 25 ans, à commencer par l'épidémie d'hantavirus en Arizona en 1993-94. Il coordonnera le séquençage génomique du nouveau virus SARS-CoV-2 par l'ACGU, qui cause la maladie COVID-19.
Les autres co-fondateurs de l'Union sont deux des principaux scientifiques spécialistes des maladies infectieuses de l'Arizona :le Dr Paul Keim et le Dr Michael Worobey.
Le Dr Keim est un expert mondial des agents pathogènes tels que la peste et l'anthrax. Il a travaillé avec le FBI pour résoudre l'affaire des « lettres à l'anthrax » à la suite du 11 septembre. Chez NAU, il est professeur régent de biologie, titulaire d'une chaire dotée en microbiologie, et est directeur exécutif du Pathogen and Microbiome Institute (PMI). Il est professeur émérite à TGen, Co-directeur de TGen Nord, et exercera les fonctions de directeur de l'ACGU.
« Les séquences du génome sont idéales pour les efforts de recherche scientifique répartis et l'Arizona Union s'appuiera fortement sur des études nationales et mondiales pour suivre la maladie. Néanmoins, il est essentiel que les experts régionaux s'engagent dans ce processus pour maximiser les avantages pour les citoyens de l'Arizona, " a déclaré le Dr Keim.
Le Dr Worobey est à la tête du département d'écologie et de biologie évolutive de l'Université de l'Arizona, et est mondialement connu pour son travail sur les pandémies virales. En utilisant l'épidémiologie génomique, il a définitivement traqué les origines et la propagation mondiale du VIH, et a également déterminé pourquoi la pandémie de « grippe espagnole » de 1918 a tué des millions de jeunes adultes.
"L'analyse moléculaire des virus fournit des indices cruciaux sur la façon dont les pandémies commencent et comment les combattre, " a déclaré le Dr Worobey. "Nous allons capitaliser sur la richesse des talents et de l'infrastructure de l'Arizona dans cette entreprise."
L'Arizona COVID-19 Genomics Union est similaire à d'autres groupes à travers le monde, travailler pour prendre pied sur ce nouveau coronavirus. Le partage rapide des données et des analyses a été, et continue d'être, critique pour la science, compréhension médicale et de santé publique de la pandémie. Ironiquement, le premier épicentre américain de COVID-19, Seattle, abrite également NextStrain, la maison Internet pour le suivi du génome de cet agent pathogène et d'autres.
Le consortium de scientifiques de l'Arizona espère que leur séquençage régional donnera aux prestataires de soins de santé et aux décideurs publics de l'Arizona un avantage pour répondre à cette pandémie.
Comme NextStrain, L'ACGU rendra ses conclusions publiques ; ouvertement accessible aux épidémiologistes et virologues du monde entier.
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