H. pylori kliniske isolater har forskjellige babAB genotype utdelinger over ulike topografiske områder av magen med korrelasjon til klinisk sykdom outcomes

H. pylori
kliniske isolater har variert babAB
genotype utdelinger over ulike topografiske områder av magen med korrelasjon til kliniske sykdoms utfall
Abstract
Bakgrunn
Intragenomic rekombinasjon mellom Baba Hotell og babb
medierer antigene varianter og kan bidra til H. pylori
kolonisering. Denne studien bestemmes om variable genotyper av Baba Hotell og Babb
relateres til ulike kliniske sykdoms utfall, og kan fordele seg på de ulike mage nisjer.
Resultater
Denne studien registrert 92 kliniske stammer (45 fra magesår 27 av gastritt, og 20 fra magekreft) for å finne ut om Baba
og babb
er på locus A eller B ved PCR reaksjoner ved bruk av primere utformet fra oppstrøms og variable region av Baba
og Babb
gener. Fire genotyper av Baba Hotell og babb product: (A B, AB B, A AB, AB AB) ble funnet. Fordelingen av de 4 genotyper i 92 kliniske stammer var signifikant forskjellig hos pasienter med forskjellige gastriske sykdommer (p
&0,05). Isolatene fra mage kreftpasienter hadde en høyere rate av AB AB genotype enn de fra ikke-kreftpasienter (40,0% vs.
9,7%, p
< 0,05). Den AB AB genotype var assosiert med en høyere intensitet av intestinal metaplasi (p
< 0,05), men ikke korrelerer med en høyere betennelse og kolonisering tetthet i mage histologi (p
> 0,05). Dessuten studie inkluderte 19 pasienter for å verifisere om variable genotyper av babAB
eksisterte i de ulike mage nisjer. Blant pasienter infisert med mer enn én babAB
genotyper enn antrum og corpus, var det høyere rate av genotyper som AB eller AB AB i isolater fra antrum enn i de fra corpus (75,0% vs.
16,7%, p
. < 0,05)
Konklusjoner
H. pylori
isolere med AB AB genotype korrelerer med økt magekreftrisiko, og kolonisere i en antrum dominerende måte
Bakgrunn Helicobacter pylori-infeksjon
øker risikoen for magesår og gastrisk adenokarsinom i magesekken hos mennesket [1-3]. H. pylori
tilslutning til mage epitel og leverer effektorer å indusere betennelse [4, 5]. En av de mest studerte adhesiner er blodtype antigenbindende adhesin (BABA), som binder Lewis b (Leb) og beslektede ABO-antigener [6, 7]. Antatte Adhesin, Babb, kodes av Babb
, som deler nesten identisk N- og C-terminale sekvenser med Baba product: [7, 8]. De reverserte kromosom steder av Baba Hotell og babb
mellom belastning J99 og 26695 bevise rekombinasjon mellom disse to genene [9, 10]. De to genene viser også både geografisk og allelisk variasjon [11]. Videre duplisering av Baba
eller Babb
genet er mediert av genet konvertering mellom de forskjellige kromosom loci [12-14]. Bäckström et al
. [14] viste at den tause Baba
gen av en Leb-ikke-bindende belastning kan aktiveres ved rekombinasjon inn i Babb
genet. Den rhesus ape modellen viste at de fleste gjenvunnet isolater har erstattet Baba
med en ekstra kopi av Babb
etter flere uker med infeksjon [12].
I vestlige land, pasienter infisert med Baba
-positivt H . pylori
isolater er assosiert med økt risiko for magesår sykdommer [15, 16]. Imidlertid er denne foreningen ikke bekreftet hos pasienter fra Øst-Asia, eller noen andre vestlige land [17-19]. Colbeck et al
. [20] brukes PCR for å påvise om nedstrøms hpyD plakater (locus A) og S18 plakater (locus B) er Baba
eller Babb Hotell og funnet single-koloni isolere med blandet Baba
og Babb
genotype på samme locus, som indikerer subpopulasjoner innenfor bakteriepopulasjon avledet fra en enkelt koloni. Det er verdt å svare på om de genetiske profiler av Baba Hotell og babb
kan være relatert til de ulike kliniske sykdoms utfall eller spesifikke H. pylori
-relaterte histologiske funksjoner.
Det er ulike dominerende celle typer i antrum og corpus. Parietalceller produserer HCl finne i corpus og gjøre en annen pH gradient til antrum. Vår tidligere studie viste pasienter med kronisk H. pylori
infeksjon uttrykt en høyere intensitet av Lewis bi mage epitel av corpus enn i antrum [17]. Rekombinasjon mellom Baba Hotell og babb
kan hjelpe H. pylori
å endre sin heft evne til å tilpasse forskjellige nisjer i magen [21]. Følgelig er det verdig til å bestemme genotypen fordeling av Baba Hotell og babb
i H. pylori
infeksjon i løpet av de forskjellige topografiske steder som enten antrum eller corpus i menneskets mage. I denne studien analyserte vi den kliniske betydningen av Baba Hotell og babb
genotyper og tilstedeværelsen av Baba Hotell og babb
på locus A og B av flere kolonier fra ulike mage nisjer å forstå babAB
genetiske profilen av H. pylori
isolerer over mage regioner innen samme vert.
Resultater
Utdeling av Baba og babb genotyper hos pasienter med ulike kliniske sykdommer
Påvisning av babAB
genotyper var basert på primeren som er vist i figur 1. av 92 stammer, fordelingen av de fire genotyper (AB, AB B, A og AB AB AB) var 46 (50%), 21 (22,8%), 10 (10,9%) og 15 (16,3%), henholdsvis. Det var ingen forskjell i kjønnsfordelingen blant de forskjellige genotyper (Chi-kvadrat test, p
> 0,05). Gjennomsnittsalderen for pasienter infisert med genotype som AB AB var marginalt eldre enn de som er smittet med andre genotyper (57,6 vs. 50,3 år, uavhengige utvalg t-test, p
= 0,09). Fordelingen av de fire genotypene var signifikant forskjellig hos pasienter med ulike kliniske sykdommer (tabell 1, Chi-kvadrat test, p
= 0,04). Gjennomsnittsalderen til GC pasientene var høyere enn de andre ikke-kreftpasienter (58,6 vs
49,5 år, uavhengige utvalg t test, p
= 0,01). Hastigheten for den AB AB genotypen hos pasienter med GC var høyere enn i de tre grupper av ikke-cancerpasienter (40,0% [8/20] vs.
9,7% [7/72], Fisher eksakte test, p
< 0,05, odds ratio: 6,2; 95% CI: 1.9-20.3) .table en Baba og babb genotyper av H. pylori fra ulike kliniske pasientgrupper
N (%)

DU product: (n = 18)
GU product: (n = 27)
gastritt product: (n = 27)
GC
(n = 20)
Total product: (n = 92)
statistikker og p
verdi
AB
11 (61,1)
14 (51,9)
15 (55,6)
6 (30)
46 (50)
0,039
AB B
6 (33,3)
fire (14,8)
7 (25,9)
4 (20)
21 (22,8), En AB
0 (0)
fire (14,8)
fire (14,8)
2 (10)
10 (10,9)
AB AB
1 (5,6)
5 (18,5)
1 (3,7)
8 (40)
15 (16,3 )
DU: magesår. GU: magesår. GC: magekreft. Forskjellen mellom de fire genotyper i mage sykdommer ble vurdert av Chi-kvadrat test.
Som AB AB genotype var høyere hos pasienter med magekreft, vi testet videre om en slik genotype kan føre til en høyere rate av forstadier endringer eller mer alvorlig histologisk betennelse. I pasienter med GC, ble AB AB genotype assosiert med en høyere intensitet av intestinal metaplasi (IM) i antrum sammenlignet med ikke-AB AB genotype (2,0 vs.
0,27, p
= 0,02). Men i de ikke-kreftpasienter, AB AB genotype ble ikke assosiert med høyere akutt betennelse score (summen av antrum, corpus og Cardia: 3,43 vs.
2,94, p
> 0,05), kronisk betennelse score (summen av antrum, corpus og Cardia: 7,29 vs.
7,22, p
> 0,05), H. pylori
tetthet (summen av antrum, corpus og Cardia: 8,14 vs.
8,84 , p
> 0,05), eller intensiteten av IM (0,43 vs
0,51, p
>. 0,05) sammenlignet med ikke-AB AB genotype
forskjell i Baba og babb genotype mellom isolater fra antrum og corpus
for de 19 pasientene som har gitt isolater fra ulike mage nisjer over antrum og corpus, genotypen sammensetningen av Baba Hotell og babb
på locus A og B i sin antrum og korpus isolater er vist i tabell 2. Fire pasienter (nr. 7, 12, 29, 30) ble infisert med en AB-genotype belastning på tvers av antrum og corpus, og 15 pasienter ble funnet å ha en blandet genotypen stammer (AB B, A eller AB AB AB) i bare corpus, eller begge mage nisjer. I disse 15 pasienter, 3 pasienter (nr. 28, 2, 4) hadde de samme blandede genotyper på tvers av antrum og corpus. Åtte av resterende 12 pasientene hadde en stor genotype over begge mage nisjer. Ved å kombinere med 7 pasienter (nr. 7, 12, 29, 30, 28, 2, 4) med bare en genotype, 78,9% (15/19) av pasientene hadde en større genotype fordelt over to niches.Table 2 Genotypen komposisjoner av antrum og corpus H. pylori isolater fra 19 pasienter
sak nr
babAB
genotype av isolater
Major babAB
genotype over antrum & corpus
Dominant genotype i antrum /corpus
AB eller AB AB som dominerende genotype av 12 pasienter infisert med mer enn en genotype
antrum (n) <.no> corpus (n)
antrum
corpus
7
AB (4)
AB (4)
AB
AB /AB
x
x
12
AB (4)
AB (4)
AB
AB /AB
x
x
29
AB (4)
AB (4)
AB
AB /AB
x
x
30
AB (4 )
AB (4)
AB
AS /AB
x
x
28
A AB (4), En AB (4)
A AB, En AB /A AB
x
x
2
AB AB (4)
AB AB (4)
AB AB
AB AB /AB AB
x
x
4
AB AB (4)
AB AB (4)
AB AB
AB AB /AB AB
x
x
1
AB AB (3)
AB AB (2)
AB AB
AB AB /-
+ -
AB B (1)
AB B (2)
3
AB B (3)
AB B (4)
AB B
AB B /AB B -
-
AB (1)
6
AB AB (3), En AB (1)
AB AB (4)
AB AB
AB AB /AB AB
+
+
10
AB AB (3)
AB B (4) -
AB AB /AB B
+ -
AB B (1)
19
AB (3)
AB (3)
AB
AB /-
+ -
A AB (4)
21
AB (4)
AB (3)
AB
AS /AB
+
+
AB B (1)
25
AB (4)
AB (1) -
AB /AB B
+ -
AB B (3)
14
AB (4)
AB (2 )
AB
AB /-
+ -
AB B (2)
AB B (2) AB AB (2)
24
AB (3 )
AB (1) -
AB /-
+ -
A AB (1)
AB B (1), En AB (2)
27
A AB (3)
AB (1), En AB, En AB /A AB -
-
AB AB (1)
A AB (3)
11
AB (4), En AB (2) -
AB /-
+ -
AB B (1 )
AB AB (3)
AB AB (2)
17
AB (3)
AB (3)
AB
- /-
-
-
AB B (3), En AB (1), En AB (2)
AB AB (2)
pasient nr. 1, 3, 6, 19 og 21, som ble smittet av 2 genotyper, har fortsatt en stor en på tvers av både mage nisjer, og det var også til stede i to (nr. 14, 27) pasienter som har tre, og en (no. 17) pasient har 4 genotyper representert i sine infeksjoner. - Indikerer at pasientene har ikke-dominante Baba Hotell og babb
genotype i isolater fra antrum eller corpus. Pasientenes nummer var i henhold til vår tidligere studie [22].
Blant de 12 pasienter infisert med mer enn en genotype (tabell 2), idet frekvensen av de store dominerende genotype, AB i kombinasjon med AB AB, i antrum var høyere sammenlignet med i corpus (75% [9/12] vs.
16,2% [2/12], p
= 0,012, odds ratio: 15). Imidlertid 6 av 12 pasienter manglet en dominerende genotype i sin corpus isolater.
Sekvensanalyse og sammenligning
Ved locus A, den enkelte pasients antrum og corpus isolatene hadde spesifikke substitusjoner av aminosyrer i regionen av Baba (figur 2 og tabell 3). Imidlertid var det ingen åpenbar forskjell mellom antrum og corpus-isolater i sekvenserings region, bortsett fra pasient nr. 27 (aminosyre 134 og 198). Vi har også funnet 5 forskjellige nonsynonymous substitusjoner ved aminosyre 161 i 6 pasientenes isolater, sammenlignet med strekk J99. Den samme scenario (sekvens spesifisitet i pasientens individuelle stammer, men ikke mellom antrum og corpus isolerer) var i Babb
sekvenser. Figur 1 PCR banding mønstre av babAB genotyper. (A) Primer parene som brukes til genetisk testing på locus A og B. Termin grunning, HypDF1 og S18F1, som ligger i oppstrøms delen av Baba
eller Babb
, er paret med BabAR1 eller BabBR1 primere for å avgjøre om gen ved locus A og B er Baba
eller Babb
. (B) PCR banding mønstre av genotype A B, AB B, A AB og AB AB. Den AB B genotype viste to bakteriepopulasjoner i single-koloni isolat, den dominerende som Baba Hotell og den mindreårige som Babb
, på locus A. stamme med A AB genotype representerte en dominerende populasjon av Babb og en mindre befolkningen i Baba
på locus B. kombinasjonen av AB B og A AB ble definert som en AB AB genotype. Lane M1, en 100 bp molekylær markør; lane M2, l HindIII markør. Størrelsen på PCR-produktene ved locus A og B var 2,1-2,6 kb og 1,0-1,5 kb, respektivt.
Tabell 3 Aminosyre-substitusjoner i Baba kodet av Baba ved locus A
plassering av amino- -substitusjoner
sak nr
6
9
37
92
131
134
136
161
165
166
198
202
204
206
212
218
25
L
T
A
N
N
K
T
R
Y
G
N
S
T
T
E
S
27
L
A
A
N
N
T, K
T
En
D
G
N, K
S
T
T
Q
P
2
L
A
S
S
N
E
T
K
Y
S
N
S
T
T
E
S
24
L
A
A
N
N
K
jeg
T
Y
G
N
E
S
T
E
D
6
L
A
A
N
H
Q
T
P
Y
G
N
N
T
T
A
S
26
F
En
A
N
N
K
T
S
Y
G
N
S
N
En
E
S
CT gjentakelser av Baba og babb i locus B
Gener på locus B er regulert av CT gjentar i 5 'kodende region, og antall CT gjentar (5, 8 og 11) gjør i leseramme proteinekspresjon mulig [12, 20]. CT gjentakelser av Babb
genet på locus B er vist i tabell 4. corpus isolerer i 7 av 12 pasienter hadde en endring av CT gjentakelser av Babb
genet på locus B, og antrum isolater av disse pasientene alltid har samme CT gjentar, unntatt pasient 17 (tabell 4) .table 4 antall CT gjentar i 5 'kodende område av Babb på locus B
sak nr
antrum isolater (n = 2) product: (CT gjenta nummer)
Corpus isolater (n = 2) plakater (CT gjenta nummer)
Concordance
Endring av CT gjenta i corpus
2
8, 8
8, 8
+ -
12
8, 8
8, 8
+
-
24
7, 7
7, 7
+ -
30
11, 11
11, 11
+
-
1 8, 8
7, 10 -
+
11
8, 8
7, 9 -
+
26
8, 8
8, 9 -
+
6
9, 9
9, 12 -
+
21
7, 7
9, 10 -
+
27
9, 9
9, 8 -
+
14
8, 8
7, 7 -
-
17
7, 10
8, 7 -
+
Fire pasienter (no. 2, 12, 24, 30) ble infisert med isolatene med en slags CT gjenta (7, 8 og 11) på tvers av antrum og corpus, men bare en av dem (nr. 24) hadde en ute av ramme Babb
. I andre pasienter (nr. 1, 11 og 26), isolatene deres antrum inneholdt 8 CT gjentar men corpus isolater endret til 7, 9 eller 10 gjentas. For pasientene (nr. 6, 21 og 27) som ble smittet av antrum isolater med 7 eller 9 CT gjentar, deres corpus isolater også hadde en endring av CT gjentar, men antall CT repetisjoner var fortsatt ute av rammen (9 , 10 og 12), bortsett fra i ett isolat fra pasient nr. 27 (CT gjentar = 8) Genotype og Baba uttrykk.
Å bestemme effekten av Baba
på locus A og B på Baba uttrykk (figur 3A), fant vi at Baba
locus B ikke åpenbart påvirke nivået av Baba ekspresjon, sammenlignet med den isolater 19C3 (A AB) og 19C1 (AB). Alle isolater (26A1, A4, C2 og C3) hadde A AB genotype, men CT gjentakelser av Baba
locus B C2 var ute av rammen. Uttrykket av Baba ble ikke påvirket av om Baba
locus B var i eller ut av rammen. Vi videre fastslått om en blandet genotype på locus A vil påvirke Baba uttrykk, og fant 14C2 og 14C3 med AB B genotype (Baba /hsp60 ratio: 0,76 og 0,70) hadde noe lavere uttrykk enn 14A2 og 14A4 med AB genotype (Baba /hsp60-forhold: 0,90 og 0,87, figur 3B). AB AB genotype hadde også lavere Baba uttrykk enn A B (Baba /hsp60 ratio: 1.09 og 0.89, Figur 3C). Figur 2 baba sekvenser på locus En av antrum og corpus isolerer. Cardinal tall indikerer ulike pasientenes isolater. A1-4 og C1-4 var enkeltkoloni isolere isolert fra antrum og corpus, respektivt. Hvit utheving indikerer aminosyrer forskjellige fra konsensus.
Diskusjon
Forekomsten av intragenomic rekombinasjon mellom Baba Hotell og babb
har blitt vist i in vitro
og in vivo
eksperimenter, impliserer dette mekanismen~~POS=HEADCOMP kan muligens hjelpe H. pylori
å tilpasse i magesekken hos mennesket [12, 14]. I tillegg blandede genotyper av Baba Hotell og babb
på locus A eller B er vist [20]. Den kliniske sammenslutning av Baba Hotell og babb
genotype av H. pylori
stammer og genetiske profil med infeksjoner i antrum og corpus av en enkelt vert er fortsatt uklart. I denne studien viste vi at AB AB genotype, en dominerende genotype i antrum, var assosiert med forstadier lesjon som IM, og korrelert med magekreft. Men H. pylori
infeksjon av en slik AB AB genotype har ikke ført til en mer tett kolonisering eller betennelse alvorlighetsgrad i mage histologi. Våre data indikerer H. pylori Baba
og babb
genotyper som AB AB bør minst øve med bedre tilpasning til mage miljøet under kreftutvikling.
Colbeck et al
. [20] fant 9 genotyper (A og B, AB B, A AB, A A, B og B, B A, B C, C B og B AB) i sin studie. Likevel vår undersøkelse fant bare fire genotyper (A B, A AB, AB B og AB AB) i 168 isolater fra 19 pasienter 'antrum og corpus (tabell 2). Det indikerer genotypen mangfold av babAB
i taiwanske isolater kan være åpenbart mindre komplisert. Dessuten, i det minste en Baba
gen ved locus A eksisterte i hver av isolatene. Dette funnet er kompatibelt med vår forrige rapport for å avsløre den taiwanske H. pylori
isolater er nesten 100% Baba
-positivt [17], og støtter høyere forekomst av Baba
i H. pylori
stammer fra østasiatiske land enn de fra vestlige verdens [23]. Videre Matteo et al
. [24] viste at ni av 34 pasienter (26,5%) hadde bab
genet variasjon på tvers av antrum og corpus av en enkelt vert på et bestemt tidspunkt. Vi fant at 12 av 19 pasienter (63,2%) infisert med mer enn en genotype i enten en eller begge gastriske nisjer. Forekomsten uoverensstemmelse mellom to studiene kan skyldes analyse av bab
genotype fra bakteriell bassenget eller single-koloni isolat.
Analyse av sekvenser av Baba Hotell og babb
avslørte at nonsynonymous erstatninger av aminosyrer skjedde mellom de enkelte stammer (figur 2, tabell 3 og data ikke vist), men var ikke forskjellig mellom mage nisjer. Pride et al
. [11] viste også høy allel mangfold innenfor Baba Hotell og babb
i stammene fra ulike pasienter. Mayor av 6 forskjellige nonsynonymous erstatninger aminosyre 161 i de 6 pasientenes stammer, at kodon var en svært variabel nettsted. Dette er verdt nærmere undersøkelse, da det kan være en spesiell side ansvarlig for å tilpasse seg forskjeller i individuelle mager.
CT gjentar i 5 'kodende område av Baba Hotell og babb
er mer vanlig å finne på locus B enn locus A [20]. Vi fant ut at corpus isolater hadde en høyere frekvens av endringer i antall CT gjentakelser av Babb
locus B enn antrum isolater (tabell 4). Blant disse 7 pasienter infisert av corpus isolater med en endring av CT gjentas, bare en (pasient nr. 27) hadde isolatet endre CT gjentas til i leseramme (CT = 8) (tabell 4). Disse dataene indikerer at Babb uttrykk kan bli kontrollert av fase variasjon på grunn av ut av ramme gjentar i corpus. Blant 12 pasienter smittet av isolatene med mer enn en genotype, deres isolater fra antrum har en høyere rate av AB og AB AB som dominerende genotyper enn corpus (9/12 vs.
2/12, p
< 0,05 ). Videre halvparten av disse pasientene manglet en dominerende genotype i deres corpus isolerer. Disse resultatene tyder på miljøet i corpus kan favorisere forskjellig tilpasning for de isolater med forskjellige H. pylori
genetiske forskjeller.
Nærvær av AB AB genotype var høyere i GC pasienter med høy alder (tabell 1). I tillegg er det AB AB genotype ikke korrelert med mer alvorlig betennelse eller forstadium for kreftforandringer i de ikke-kreftpasienter. Basert på denne tverrsnitts klinisk histologiske data, tyder det på AB AB stammer kan ha en bedre tilpasning til kreft miljøet i magen, i stedet for som fører til mer toksisitet i mage kreftutvikling. I figur 3A, viser vi at Baba
genet på locus En dominant bestemmer Baba uttrykk, og blandet genotype som AB på locus A kan redusere baba uttrykk (Figur 3B og 3C). Det er således mulig med en blandet genotype som AB ved locus A kan gjøre H.pylori
isolater for å inneholde en subpopulasjon miste BABA uttrykk. Alternativt kan den blandede genotype som AB ved locus B muligens tillate H. pylori
å endre Babb ekspresjon og således fortjener videre studier.
I tillegg har våre tidligere data vist at intensiteten av Lewis b blir redusert i antrum atrofi, men kan bli bevart i corpus å megle høyere kolonisering av bug there [17]. Så skal det også implicative å teste om AB AB genotype dominant i antrum kan ha fordel å tilpasse gastrisk epitel med svak Lewis b uttrykk i fremtiden.
Konklusjoner
H. pylori
isolere med Baba Hotell og Babb
genotype som AB AB genotype korrelerer med økt magekreftrisiko, og kolonisere i en antrum dominerende måte. Slike AB AB genotype skal være knyttet til en bedre tilpasning til mage forstadier eller kreft miljø, og muligens generere subpopulasjoner miste BABA eller Babb.
Metoder
Pasienter og bakteriell isolerer
Totalt 92 H. pylori
stammene ble dyrket fra lige snitt av pasienter med ulike kliniske sykdommer som magesår (DU, n = 18), magesår (GU, n = 27), gastritt (n = 27), eller magekreft (GCA, n = 20), definert ved endoskopi med histologisk bekreftelse. Alle pasientene hadde gitt informert samtykke og gjennomgikk panendoscopy i vårt institutt. Under panendoscopy for hver pasient, ble fem biter av mage biopsi, inkludert to fra antrum, to fra corpus, og en fra Cardia oppnådd. Den bakteriekultur og histologisk undersøkelse ble brukt som den forrige artikkelen [17]. Denne studien ble godkjent av menneske Eksperimenter og etikkomiteen av National Cheng Kung universitetssykehus '(No. HR-98-023).
Single-koloni isolater fra antrum og corpus ble tilfeldig plukket fra de primære kulturplater. For hvert område ble minst 3-4 enkeltkoloni isolater tilfeldig valgt til å bestemme babAB
genotype. Koloni kultur for DNA-ekstraksjon var mindre enn 8 passasjer for å redusere muligheten for genetisk variasjon in vitro. Hver av de 19 pasienter smittet i antrum og corpus av isolater med samme RAPD banding mønster ble beskrevet tidligere [22].
Påvisning av Baba og babb genotyper
påvisning av Baba
og babb
genotyper var basert på fremgangsmåten til Colbeck et al product: [20]. HypDF1-BabAR1 og HypDF1-BabBR1 primere ble benyttet for å bestemme om genet ved locus A var Baba
eller Babb
. På samme måte ble S18F1-BabAR1 og S18F1-BabBR1 primere brukes for å avgjøre om genet på locus B var Baba
eller Babb
(figur 1A). De 40 amplifikasjonssykluser reaksjoner ble utført med 20 pmol primer, 0,15 mM av hver deoxynucleosid trifosfat, reaksjonsbuffer med MgCl 2 og en U Taq DNA-polymerase (New England Biolabs, Beverly, MA, USA) i et sluttvolum på 50 pl. Betingelsene for termiske sykluser ble tidligere beskrevet [20]. Hver amplifisert produkt (20 pl) ble analysert på en 1% agarosegel farget med etidiumbromid. Figur 3 Baba på locus En dominant bestemt BABA uttrykk. (A) Effekt av Baba
på locus B på Baba
expression.The isolere (19C3) hadde Baba
på locus A og i-frame CT gjentakelser av Baba
på locus B, som var sammenlignet med isolatet bare å ha Baba
på locus A (19C1). Tilstedeværelsen av Baba
på locus A og B var i isolater 26A1, A4, C2 og C3, men C2 hadde en ut av rammen Baba
locus B. (B) Effekt av blandet genotype på locus A på baba
uttrykk. Isolatene fra en pasient (nr. 14) hadde en blandet genotype ved locus A (14C2 og C3), som ble sammenlignet med de med Baba
bare ved locus A (14A2 og A4). (C) Sammenligning av Baba
mellom AB AB og A B genotyper. Hsp60 var som en intern kontroll.
Genotype definisjon
Baba
og babb
genotype av hver enkelt koloni isolat var basert på forrige beskrivelse [20]. En J99-lignende isolat viste de forventede PCR band av Baba
på locus A og babb
på locus B og ble definert som "A B genotype" (Figur 1B-en). En enkelt-koloni isolat inneholder både Baba Hotell og babb
på samme locus ble definert som "mixed genotype" (slik som AB B, A AB, og AB AB), noe som indikerer at det var subpopulasjoner innenfor bakteriepopulasjon avledet fra en enkelt koloni. Et isolat med en AB B genotype inneholdt en befolkning med Baba Hotell og den andre befolkningen med Babb
på samme locus A (Figur 1B-b). A AB genotype representert to bakteriepopulasjoner, den dominerende med Babb Hotell og den mindreårige med Baba
locus B, selv om begge stammer fra en enkelt koloni (figur 1B-c). En blandet genotype detektert ved både locus A og B ble definert som en AB AB (figur 1B-d).

• Uvanlig årsaken til mage utsalgsstedet hindringer: giant gastric trichobezoar: en kasuistikk
• Laparoskopisk anterior Gastropexy for kronisk tilbakevendende tarmslyng: en kasuistikk