H. pylori kliniske isolater har forskellige babAB genotype distributioner over forskellige topografiske steder i maven med korrelation til klinisk sygdom outcomes

H. pylori
kliniske isolater har varieret babAB
genotype distributioner over forskellige topografiske steder i maven med korrelation til kliniske resultater sygdom
Abstrakt
Baggrund
Intragenomic rekombination mellem Baba
og Babb
medierer antigene variationer og kan hjælpe H. pylori
kolonisering. Denne undersøgelse bestemmes, om variable genotyper af Baba
og Babb
korrelere til forskellige resultater klinisk sygdom, og kan distribuere over forskellige gastrisk nicher.
Resultater
Denne undersøgelse indskrevet 92 kliniske stammer (45 fra mavesår , 27 fra gastritis, og 20 fra mavekræft) for at detektere, om Baba
og Babb
er i locus A eller B ved PCR-reaktioner under anvendelse af primere designet fra den opstrøms og variable region af Baba
og Babb
gener. Fire genotyper af Baba
og Babb Hotel (A B, AB B, A AB, AB AB) findes. Fordelingen af ​​de 4 genotyper i 92 kliniske stammer var signifikant forskellig blandt patienter med forskellige mavesygdomme (p Salg < 0,05). De isolater fra mavecancerpatienter havde en højere AB AB genotype end dem fra patienter uden kræft (40,0% vs.
9,7%, p
< 0,05). AB AB genotypen var forbundet med en højere intensitet af intestinal metaplasi (p
< 0,05), men korrelerede ikke med en højere inflammation og kolonisering tæthed i gastrisk histologi (p
> 0,05). Desuden undersøgelsen indskrevet 19 patienter at kontrollere, om variable genotyper af babAB
fandtes i de forskellige gastrisk nicher. Blandt de patienter inficeret med mere end én babAB
genotyper end antrum og corpus, der var højere genotyper som AB eller AB AB i isolater fra antrum end i dem fra corpus (75,0% vs.
16,7%, p
. < 0,05)
konklusioner
H. pylori
isolere med AB AB genotypen korrelerer med en øget gastrisk kræftrisiko, og kolonisere i en antrum fremherskende måde
Baggrund Helicobacter pylori
infektion øger risikoen for mavesår og gastrisk adenocarcinom af den humane mave [1-3]. H. pylori
overholdelse af gastriske epitel og levere effektorer at fremkalde inflammation [4, 5]. En af de bedst undersøgte adhæsiner er blodgruppeantigen bindende adhæsin (Baba), som binder Lewis B (Leb) og beslægtede ABO antigener [6, 7]. Formodede adhæsin, Babb, kodes af Babb
, som deler næsten identisk N- og C-terminale sekvenser med Baba
[7, 8]. De omvendte kromosomale placeringer af Baba
og Babb
mellem stammen J99 og 26.695 bevise rekombinationshændelserne mellem disse to gener [9, 10]. De to gener viser også både geografisk og allel variation [11]. Desuden dobbeltarbejde Baba
eller Babb
gen er medieret af gen-konvertering mellem de forskellige kromosomale loci [12-14]. Bäckström et al
. [14] viste, at den tavse Baba
gen af ​​en Leb-ikke-bindende stamme kan aktiveres ved rekombination ind i Babb
genet. Den rhesus abe model viste, at de fleste genvundet isolater har erstattet Baba
med en anden kopi af Babb
efter flere ugers infektion [12].
I de vestlige lande, patienter inficeret med Baba
-positive H . pylori
isolater er forbundet med en øget risiko for mavesår sygdomme [15, 16]. Men denne forening ikke bekræftet hos patienter fra Østasien, eller nogle andre vestlige lande [17-19]. Colbeck et al
. [20] brugte PCR at afsløre, om det neden for hpyD Hotel (locus A) og S18
(locus B), er Baba
eller Babb
fundet enkelt koloni isolere med blandet Baba
og Babb
genotype på samme locus, hvilket indikerer subpopulationer inden den bakterielle population afledt fra en enkelt koloni. Det er værd at besvare, om de genetiske profiler af Baba
og Babb kunne
være relateret til de forskellige klinisk sygdom resultater eller den specifikke H. pylori
-relaterede histologiske funktioner.
Der er forskellige fremherskende celle typer i antrum og corpus. Parietalcellerne producerer HCI finde i corpus og gøre en anden pH-gradient til antrum. Vores tidligere undersøgelse viste patienter med kronisk H. pylori
infektion udtrykt en højere intensitet af Lewis B i det gastriske epitel af corpus end i antrum [17]. Rekombination mellem Baba
og Babb
kan hjælpe H. pylori
at ændre sin vedhæftning evne til at tilpasse forskellige nicher i maven [21]. Det er følgelig værdig til at bestemme genotypen fordeling af Baba
og Babb
i H. pylori
infektion i løbet af de forskellige topografiske steder som enten antrum eller corpus i menneskelige mave. I denne undersøgelse, analyserede vi den kliniske betydning af Baba
og Babb
genotyper og tilstedeværelsen af ​​Baba
og Babb på
locus A og B i flere kolonier fra forskellige gastrisk nicher at forstå babAB
genetiske profil af H. pylori
isolater tværs gastrisk regioner i den samme vært.
Resultater
Udlodning af Baba og Babb genotyper hos patienter med forskellige kliniske sygdomme
Påvisning af babAB
genotyper var baseret på primeren design vist i figur 1. Blandt 92 stammer, fordelingen af ​​de fire genotyper (AB, AB B, A AB og AB AB) var 46 (50%), 21 (22,8%), 10 (10,9%) , og 15 (16,3%), hhv. Der var ingen forskel i kønsfordelingen blandt de forskellige genotyper (Chi-square test, p
> 0,05). Gennemsnitsalderen for patienter inficeret med genotype som AB AB var marginalt ældre end dem inficeret med andre genotyper (57,6 vs. 50,3 år, Uafhængig-prøve t-test, p
= 0,09). Afgivelsen af ​​de fire genotyper var signifikant forskellige i de patienter med forskellige kliniske sygdomme (tabel 1, Chi-square test, p
= 0,04). Gennemsnitsalderen for GC patienter højere end de andre patienter ikke-cancer (58,6 vs.
49,5 år, Uafhængig-sample t-test, p
= 0,01). Satsen for AB AB genotypen hos patienter med GC var højere end i de tre grupper af patienter ikke-cancer (40,0% [8/20] vs.
9,7% [7/72], Fisher eksakt test, p
< 0,05, odds ratio: 6,2; 95% CI: 1.9-20.3) .table en Baba og Babb genotyper af H. pylori fra forskellige kliniske patientgrupper
N (%)

DU
(n = 18)
GU
(n = 27)
Gastritis
(n = 27)
GC
(n = 20)
Total
(n = 92)
Statistik
p Drømmeholdet værdi
AB
11 (61,1)
14 (51,9)
15 (55,6)
6 (30)
46 (50)
0,039
AB B
6 (33,3)
4 (14,8)
7 (25,9)
4 (20)
21 (22,8)
En AB
0 (0)
4 (14,8)
4 (14,8)
2 (10)
10 (10,9)
AB AB
1 (5.6)
5 (18,5)
1 (3.7)
8 (40)
15 (16,3 )
DU: sår på tolvfingertarmen. GU: mavesår. GC: mavekræft. Forskellen mellem de fire genotyper i gastrisk sygdomme blev vurderet af Chi-square test.
Da AB AB genotypen var højere i patienter med mavekræft, vi yderligere testet, om en sådan genotype kan føre til en højere præcancerøse ændringer eller mere alvorlig histologisk inflammation. I patienter med GC blev AB AB genotype forbundet med en højere intensitet af intestinal metaplasi (IM) i antrum sammenlignet med ikke-AB AB genotype (2,0 vs.
0,27, s
= 0,02). Men hos patienterne ikke-cancer, AB AB genotypen var ikke forbundet med højere akut inflammation score (sum af antrum, corpus og mavemunden: 3,43 vs.
2,94, p
> 0,05), kronisk inflammation score (sum af antrum, corpus og mavemunden: 7,29 vs.
7,22, p
> 0,05), H. pylori
densitet (sum af antrum, corpus og mavemunden: 8.14 vs.
8,84 , p
> 0,05), eller intensiteten af ​​IM (0,43 vs.
0,51, p
>. 0,05) sammenlignet med ikke-AB AB genotype
Forskel i baba og Babb genotype mellem isolater fra antrum og corpus
for de 19 patienter, der leveres isolater fra forskellige gastrisk nicher over antrum og corpus, genotypen sammensætningen af ​​Baba
Babb dele på locus A og B i deres antrum og corpus isolater er vist i tabel 2. Fire patienter (nr. 7, 12, 29, 30) blev inficeret med en AB genotype stamme tværs antrum og corpus, og 15 patienter viste sig at have en blandet genotype stammer (AB B, A AB eller AB AB) i kun corpus, eller begge gastrisk nicher. Under disse 15 patienter, 3 patienter (nr. 28, 2, 4) havde de samme blandede genotyper tværs antrum og corpus. Otte af de resterende 12 patienter havde en større genotype tværs af begge gastriske nicher. Ved at kombinere med de 7 patienter (nr. 7, 12, 29, 30, 28, 2, 4) med kun én genotype, 78,9% (15/19) af vores patienter havde en større genotype fordelt på to niches.Table 2 genotype sammensætninger af antrum og corpus H. pylori isolater fra 19 patienter
sag nr
babAB
genotype af isolater
Major babAB
genotype tværs antrum & corpus
Dominerende genotype i antrum /corpus
AB eller AB AB som dominerende genotype af 12 patienter smittet med mere end én genotype
antrum (n)

corpus (n) Vejviser antrum
corpus
7
AB (4)
AB (4)
AB
AB /AB
x
x
12
AB (4)
AB (4)
AB
AB /AB
x
x
29
AB (4)
AB (4)
AB
AB /AB
x
x
30
AB (4 )
AB (4)
AB
AB /AB
x
x
28
A AB (4)
En AB (4)
A AB
En AB /A AB
x
x
2
AB AB (4)
AB AB (4)
AB AB
AB AB /AB AB
x
x
4
AB AB (4)
AB AB (4)
AB AB
AB AB /AB AB
x
x
1
AB AB (3)
AB AB (2)
AB AB
AB AB /-
+ -
AB B (1)
AB B (2)
3 fotos AB B (3)
AB B (4)
AB B
AB B /AB B -
-
AB (1)
6
AB AB (3)
En AB (1)
AB AB (4)
AB AB
AB AB /AB AB
+
+
10
AB AB (3)
AB B (4) -
AB AB /AB B
+ -
AB B (1)
19
AB (3)
AB (3)
AB
AB /-
+ -
A AB (4)
21
AB (4)
AB (3)
AB
AB /AB
+
+
AB B (1)
25
AB (4)
AB (1) -
AB /AB B
+ -
AB B (3)
14
AB (4)
AB (2 )
AB
AB /-
+ -
AB B (2)
AB B (2) AB AB (2)
24
AB (3 )
AB (1) -
AB /-
+ -
A AB (1)
AB B (1)
En AB (2)
27
A AB (3)
AB (1)
A AB
En AB /A AB -
-
AB AB (1)
A AB (3)
11
AB (4)
En AB (2) -
AB /-
+ -
AB B (1 )
AB AB (3)
AB AB (2)
17
AB (3)
AB (3)
AB
- /-
-
-
AB B (3)
En AB (1)
En AB (2)
AB AB (2)
patienten ikke. 1, 3, 6, 19 og 21, der var smittet af 2 genotyper, har stadig en stor én på tværs af både gastriske nicher, og det var også tilfældet i 2 (nr. 14, 27) patienter, der har 3, og 1 (no. 17) patient med 4 genotyper repræsenteret i deres infektioner. - Indikerer, at patienter har ikke-dominerende Baba
Babb
genotype i isolater af antrum eller korpus. Patienternes nummer var ifølge vores tidligere undersøgelse [22].
Blandt disse 12 patienter inficeret med mere end én genotype (tabel 2) frekvensen af ​​den større dominerende genotype, AB kombineret med AB AB, i antrum blev højere sammenlignet med den i corpus (75% [9/12] vs.
16,2% [2/12], s
= 0,012, odds ratio: 15). Imidlertid 6 af 12 patienter manglede en dominerende genotype i deres corpus isolater.
Sekvensanalyse og sammenligning dele på locus A, hver patients antrum og corpus isolater havde specifikke substitutioner af aminosyrer i regionen Baba (figur 2 og tabel 3). Der var imidlertid ingen indlysende forskel mellem antrum og corpus isolater i sekventering region, bortset fra patient nr. 27 (aminosyre 134 og 198). Vi fandt også 5 forskellige ikke-synonyme substitutioner ved aminosyre 161 i 6 patienternes isolater sammenlignet med stamme J99. Det samme scenario (sekvensspecificitet i individuelle patienters stammer, men ikke mellem antrum og corpus isolerer) var i Babb
sekvenser. Figur 1 PCR båndmønstre af babAB genotyper. (A) primerpar til gen-detektion ved locus A og B. De fremadrettede primere, HypDF1 og S18F1, der ligger i regionen opstrøms for Baba
eller Babb
, er parret med BabAR1 eller BabBR1 primere for at bestemme, om gen på locus A og B er Baba
eller Babb
. (B) PCR båndmønstre af genotype A B, AB B, A AB og AB AB. AB B genotype viste to bakterielle befolkninger i single-koloni isolere, den dominerende som Baba
og den mindre som Babb
på locus A. stamme med en AB-genotype repræsenterede en dominerende befolkning Babb og en mindre befolkning Baba på
locus B. kombinationen af ​​AB B og A AB blev defineret som en AB AB genotype. Lane M1, en 100 bp molekylær markør; lane M2, l Hindlll markør. Størrelsen af ​​PCR-produkter på locus A og B var 2,1-2,6 kb og 1,0-1,5 kb, henholdsvis.
Tabel 3 aminosyresubstitutioner i Baba kodet af Baba ved locus A
Placeringen af ​​amino -substitutioner
sag nr
6
9
37
92
131
134
136
161
165
166
198
202
204
206
212
218
25
L
T
A
N
N
K
T
R
Y
G
N
S
T
T
E
S
27
L
A
A
N
N
T, K
T
A
D
G
N, K
S
T
T
Q
P
2
L
A
S
S
N
E
T
K
Y
S
N
S
T
T
E
S
24
L
A
A
N
N
K
jeg
T
Y
G
N
E
S
T
E
D
6
L
A
A
N
H
Q
T
P
Y
G
N
N
T
T
A
S
26
F
A
A
N
N
K
T
S
Y
G
N
S
N
En
E
S
CT gentagelser af Baba og Babb på locus B
Gener ved locus B reguleres af CT gentager i 5 'kodende region, og antallet af CT gentager (5, 8 og 11) gør i-frame proteinekspression mulig [12, 20]. CT gentagelser af Babb
genet ved locus B er vist i tabel 4. korpus isolater i 7 ud af 12 patienter havde en ændring af CT gentagelser af Babb
genet ved locus B, og antrum isolater af disse patienter altid har de samme CT gentagelser, undtagen patient 17 (tabel 4) .table 4 antallet af CT gentager i 5 'kodende region af Babb på locus B
sag nr
antrum isolater (n = 2) Hotel (CT gentag nummer)
Corpus isolater (n = 2) Hotel (CT gentag nummer)
Overensstemmelse
Ændring af CT gentagelse i corpus
2
8, 8
8, 8
+ -
12
8, 8
8, 8
+
-
24
7, 7
7, 7
+ -
30
11, 11
11, 11
+
-
1
8, 8
7, 10 -
+
11
8, 8
7, 9 -
+
26
8, 8
8, 9 -
+
6
9, 9
9, 12 -
+
21
7, 7
9, 10 -
+
27
9, 9
9, 8 -
+
14
8, 8
7, 7 -
-
17
7, 10
8, 7 -
+
Fire patienter (nr. 2, 12, 24, 30) smittet af isolater med en slags CT gentagelse (7, 8 og 11) på tværs af antrum og corpus, men kun én af dem (nr. 24) havde en ud af rammen Babb
. I de andre patienter (nr. 1, 11 og 26), isolater deres antrum indeholdt 8 CT gentagelser men corpus isolater ændret til 7, 9 eller 10 gentagelser. For patienterne (nr. 6, 21 og 27), der var smittet af antrum isolater med 7 eller 9 CT gentagelser, deres corpus isolater også havde en ændring af CT gentager, men antallet af CT gentagelser var stadig ud af rammen (9 , 10 og 12), undtagen i ét isolat fra patient nr. 27 (CT gentager = 8).
Genotype og Baba udtryk
at bestemme virkningen af ​​Baba på
locus A og B på Baba udtryk (figur 3A), fandt vi, at Baba dele på locus B ikke åbenbart påvirke niveauet for BABA ekspression, sammenlignet med isolater 19C3 (A AB) og 19C1 (AB). Alle isolater (26A1, A4, C2 og C3) havde A AB genotypen, men CT gentagelser af Baba dele på locus B C2 var ud af rammen. Udtrykket af Baba blev ikke påvirket af, om Baba dele på locus B var i eller ud af rammen. Vi yderligere afgjort, om en blandet genotype på locus A ville påvirke Baba udtryk, og fandt 14C2 og 14C3 med AB B genotypen (Baba /Hsp60-forhold: 0,76 og 0,70) havde lidt lavere udtryk end 14A2 og 14A4 med AB genotypen (Baba /hsp60-forhold: 0,90 og 0,87, figur 3B). AB AB genotype havde også lavere Baba udtryk end A B (Baba /Hsp60-forhold: 1,09 og 0,89, figur 3C). Figur 2 Baba sekvenser på locus A i antrum og corpus isolater. Cardinal tal angiver forskellige patienters isolater. A1-4 og C1-4 var enkelt-koloni isolere isoleret fra antrum og corpus hhv. Hvid fremhævning indikerer aminosyrer forskellige fra konsensus.
Diskussion
Forekomsten af ​​intragenomic rekombination mellem Baba
og Babb
er blevet påvist i in vitro
og in vivo
eksperimenter, implicerer dette mekanisme kan muligvis hjælpe H. pylori
at tilpasse sig i den menneskelige mave [12, 14]. Derudover blandede genotyper af Baba
og Babb på
locus A eller B er blevet påvist [20]. Den kliniske association af Baba
og Babb
genotype af H. pylori
stammer og genetiske profil med infektioner i antrum og corpus af en enkelt vært er stadig uklart. I denne undersøgelse har vi påvist, at AB AB genotype, en dominerende genotype i antrum, var forbundet med præcancer læsionen som IM, og korreleret med gastrisk cancer. Men H. pylori
infektion med sådan AB AB genotype har ikke føre til en mere tæt kolonisering eller betændelse sværhedsgraden i gastrisk histologi. Vores data indikerer H. pylori Baba
og Babb
genotyper som AB AB bør i det mindste øve med bedre tilpasning til gastrisk miljø under carcinogenese.
Colbeck et al
. [20] fundet 9 genotyper (A B, AB B, A AB, A A, B B, B A, B C, C B og B AB) i deres undersøgelse. Alligevel vores undersøgelse kun fundet fire genotyper (A B, A AB, AB B og AB AB) i 168 isolater fra 19 patienter 'antrum og corpus (tabel 2). Det indikerer genotypen mangfoldighed babAB
i taiwanske isolater kunne være tydeligvis mindre komplicere. Desuden skal mindst én Baba
genet ved locus A fandtes i hver af isolaterne. Dette fund er kompatibel med vores tidligere rapport at afsløre taiwanske H. pylori
isolater er næsten 100% Baba
-positiv [17], og støtte den højere forekomst af Baba
i H. pylori
stammer fra østasiatiske lande end dem fra vestlige verdener [23]. Desuden Matteo et al
. [24] viste, at 9 ud af 34 patienter (26,5%) havde bab
gen variation på tværs af antrum og corpus af en enkelt vært på et bestemt tidspunkt. Vi fandt, at 12 ud af 19 patienter (63,2%) inficeret med mere end én genotype i enten den ene eller begge gastriske nicher. Forekomsten uoverensstemmelse mellem to undersøgelser kan skyldes analysen af ​​Bab
genotype fra den bakterielle pool eller enkeltstrenget koloni isolat.
Analyse af sekvenserne af Baba
og Babb
afslørede, at ikke-synonyme substitutioner af aminosyrer fandt sted mellem de enkelte stammer (figur 2, tabel 3 og data ikke vist), men var ikke forskellig mellem mavens nicher. Pride et al
. [11] viste også høje allel mangfoldighed inden Baba
og Babb
i stammerne fra forskellige patienter. At dømme efter de 6 forskellige ikke-synonyme substitutioner af aminosyre 161 i de 6 patienternes stammer, at codon var en meget variabel websted. Dette er værd yderligere undersøgelse, da det kan være en særlig hjemmeside er ansvarlig for tilpasning til forskelle i de enkelte maver.
CT gentager i 5 'kodende region af Baba
og Babb
er mere almindeligt findes på locus B end locus A [20]. Vi fandt, at corpus isolater havde en højere frekvens af ændringer i antallet af CT-gentagelser af Babb dele på locus B end antrum isolater (tabel 4). Blandt disse 7 patienter smittet af corpus isolater med en ændring af CT gentagelser, kun en (patient nr. 27) havde isolatet skiftende CT gentager i-ramme (CT = 8) (tabel 4). Disse data indikerer, at Babb udtryk kunne tæt kontrolleret af fase variation på grund af rammen gentagelser i corpus. Blandt 12 patienter inficeret med isolater med mere end en genotype, deres isolater fra antrum har en højere AB og AB AB som dominerende genotyper end corpus (9/12 vs.
2/12, s
< 0,05 ). Endvidere halvdelen af ​​de patienter manglede en dominerende genotype i deres corpus isolater. Disse resultater tyder på miljøet i corpus kan begunstige forskellige tilpasning til de isolater med forskellige H. pylori
genetiske forskelligheder.
Tilstedeværelsen af ​​AB AB genotypen var højere i GC patienter med ældre alder (tabel 1). Desuden er AB AB genotype ikke korreleret med mere alvorlig betændelse eller præcancerøse ændringer i patienter uden cancer. Baseret på denne tværsnit kliniske histologisk data, foreslår blandt AB AB stammer kan have en bedre tilpasning til den cancerøse miljø i maven, i stedet for at føre til mere toksicitet i gastrisk carcinogenese. I figur 3A, viser vi, at Baba
gen på locus A overvejende bestemmer Baba udtryk, og det blandede genotype som AB på locus A kan nedsætte Baba udtryk (figur 3B og 3C). Det er således muligt en blandet genotype som AB ved locus A kan gøre H. pylori
isolater at indeholde en subpopulation miste Baba ekspression. Alternativt kan den blandede genotype som AB ved locus B eventuelt tillade H. pylori
at ændre Babb ekspression og fortjener derfor yderligere undersøgelse.
Desuden har vore tidligere data vist, at intensiteten af ​​Lewis B blive formindsket i antrum atrofi, men kan bevares i corpus at mægle højere kolonisering af bug overthere [17]. Så skal det også implicative at afprøve, om AB AB genotypen overvejende i antrum kan have fordel at tilpasse mavens epitel med svag Lewis B udtryk i fremtiden.
Konklusioner
H. pylori
isolere med Baba
Babb
genotype som AB AB genotype korrelerer med en forøget gastrisk kræftrisiko, og kolonisere i en antrum fremherskende måde. Sådanne AB AB genotype skal være forbundet med en bedre tilpasning til den gastriske præcancer eller cancer miljø, og muligvis generere subpopulationer miste baba eller Babb.
Metoder
Patienter og bakteriel isolerer
alt 92 H. pylori
stammerne blev dyrket fra biopsiprøver fra patienter med forskellige kliniske sygdomme som ulcus duodeni (DU, n = 18), mavesår (GU, n = 27), gastritis (n = 27), eller gastrisk cancer (GCA, n = 20), defineret ved endoskopi med histologisk bekræftelse. Alle patienter havde givet informeret samtykke og gennemgik panendoscopy i vores institut. Under panendoscopy for hver patient, blev der opnået fem bit af gastrisk biopsi, herunder 2 fra antrum, 2 fra corpus, og 1 fra Cardia. Bakteriekulturen og histologisk undersøgelse blev påført som den foregående artikel [17]. Denne undersøgelse blev godkendt af 'Human Experiment og etiske komité for National Cheng Kung University Hospital "(nr HR-98-023).
Single-koloni-isolater fra antrum og corpus blev tilfældigt udvalgt fra de primære dyrkningsplader. For hvert sted, blev udvalgt mindst 3-4 single-koloni isolater tilfældigt at bestemme babAB
genotype. Koloni kultur for DNA-ekstraktion var mindre end 8 passager at mindske muligheden for genetisk variation in vitro. Hver af de 19 patienter smittet i antrum og corpus af isolater med samme RAPD banding mønster er tidligere beskrevet [22].
Påvisning af baba og Babb genotyper
påvisning af Baba
og Babb
genotyper var baseret på metoden til Colbeck et al
[20]. HypDF1-BabAR1 og HypDF1-BabBR1 primere blev anvendt til at bestemme, hvorvidt genet ved locus A var Baba
eller Babb
. På samme måde blev S18F1-BabAR1 og S18F1-BabBR1 primere anvendt til at bestemme, om genet ved locus B var Baba
eller Babb Hotel (figur 1A). De 40 cykler af amplifikationsreaktioner blev udført med 20 pmol af primer, 0,15 mM af hver deoxynucleosidtriphosphat, reaktionsbuffer med MgCl 2 og 1 U Taq-DNA-polymerase (New England Biolabs, Beverly, MA, USA) i et endeligt volumen på 50 pi. Betingelserne for termisk cykling blev beskrevet tidligere [20]. Hver amplificeret produkt (20 pi) blev analyseret på en 1% agarosegel farvet med ethidiumbromid. Figur 3 Baba på locus A overvejende bestemt Baba udtryk. (A) Effekt af Baba på
locus B på Baba
expression.The isolere (19C3) havde Baba på
locus A og i-frame CT gentagelser af Baba på
locus B, som var sammenlignet med isolatet kun have Baba på
locus A (19C1). Tilstedeværelsen af ​​Baba på
locus A og B var i isolaterne 26A1, A4, C2 og C3, men C2 havde en ud af rammen Baba dele på locus B. (B) Effekt af blandet genotype ved locus A på Baba
udtryk. Isolaterne fra en patient (nr. 14) havde en blandet genotype ved locus A (14C2 og C3), som blev sammenlignet med dem med Baba
kun på locus A (14A2 og A4). (C) Sammenligning af Baba
mellem AB AB og A B genotyper. Hsp60 var som en intern kontrol.
Genotype definition
Baba
og Babb
genotype af hver enkelt koloni isolat var baseret på den tidligere beskrivelse [20]. En J99-lignende isolat viste det forventede PCR bånd af Baba på
locus A og Babb på
locus B og blev defineret som "A B genotype" (figur 1 B-a). En enkelt-koloni-isolat, som indeholder både Baba
og Babb
på samme locus blev defineret som "blandet genotype" (såsom AB B, A AB, og AB AB), hvilket indikerer, at der var subpopulationer inden bakteriepopulationen afledt fra en enkelt koloni. Et isolat med en AB B genotype indeholdt en befolkning med Baba
, og den anden population med Babb
på samme locus A (Figur 1B-b). A AB genotype repræsenterede to bakterielle populationer, den dominerende med Babb
den mindre ene med Baba dele på locus B, selvom begge stammer fra en enkelt koloni (Figur 1B-c). En blandet genotype påvist ved både locus A og B blev defineret som en AB AB (Figur 1B-d).

• Usædvanlige årsag til gastrisk stikkontakt obstruktion: kæmpe gastrisk trichobezoar: en case-rapport
• Laparoskopisk forreste gastropexy for kronisk tilbagevendende mavedrejning: en case-rapport