PLoS ONE: Ultra Deep Sekos atskleidžia MicroRNA išraiška Planas žmogaus Stomach

Anotacija

Fonas

Nors mikro RNR (miRNAs) vaidina svarbų vaidmenį audinių diferenciacijos ir išlaikant bazinio fiziologiją, mažai žinoma apie Mirna ekspresijos lygį skrandžio audinio. Pakitimai Mirna profilyje gali sukelti ląstelių panaikinimą, kuris gali sukelti neoplazija.

Metodologija /Pagrindinės išvados

maža RNR biblioteka skrandžio audinyje buvo eiliškumą naudojant didelio našumo tvirtą sekvenavimo technologiją. Gavome 261.274 kokybės skaito tobulomis rungtynes ​​į žmogaus miRnome ir buvo nustatyta 42% žinomų miRNAs. Skaitmeniniai Genų ekspresijos (DGE) buvo atliktas remiantis skaityti gausa ir parodė, kad penkiolika miRNAs buvo labai išreikštas skrandžio audinio. Vėliau, šių miRNAs išraiška buvo patvirtintas 10 sveikų asmenų RT-PCR metodu, parodė ryškų koreliaciją 83.97% (P < 0,05). Šeši miRNAs parodė kintama modelis mažai saviraiškos (MIR-29b, PPN-29C, PPN-19b, MIR-31, PPN-148A, PPN-451) ir gali būti laikoma dalis išraiška modelio sveiko skrandžio audinio.

Išvados /Reikšmė

tyrimo tikslas patvirtinti normalus Mirna profilius žmogaus skrandžio audinyje nustatyti etaloninį profilį sveikiems asmenims. Nustatant reguliavimo procesus veikiantys skrandyje bus svarbu kovojant su skrandžio vėžiu, kuris yra antras pagrindinė priežastis, dėl mirtingumo nuo vėžio visame pasaulyje

nurodomoji dalis:. Ribeiro dos-Santos A, Khayat AS Silva , Alencar padaryti, Lobato J, Luz L, ir kt., (2010) Ultra Deep Sekos Atskleidžia MicroRNA Expression Šablonas žmogaus skrandį. PLoS ONE 5 (10): e13205. Doi: 10,1371 /journal.pone.0013205

redaktorius: Patrickas Tan kunigaikštis-Singapūro nacionalinio universiteto Graduate medicinos mokyklos, Singapūras

Įstojo: Kovo 30, 2010; Priimtas rugsėjo 8 ", 2010; Paskelbta: Balandis 8, 2010

Visos teisės saugomos: © 2010 Ribeiro dos-Santos et al. Tai atviros prieigos straipsnis platinama pagal Creative Commons Attribution licencija, kuri leidžia nevaržomai naudotis, paskirstymo ir dauginimąsi bet kokioje laikmenoje sąlygomis, su sąlyga, kad pirmasis autorius ir šaltinis įskaitomos

Finansavimas:. Darbas parėmė Genoma Paraense de Genomica e PROTEOMIKA projekto (Governo padaryti Para /SEDECT /FAPESPA), PROPESP /UFPA, FADESP ir pelerinos (Coordenacao de Aperfeicoamento de Pessoal de Nivel Superior). Į finansuotojai neturėjo vaidmenį studijų dizainas, duomenų rinkimo ir analizės, sprendimų skelbti, ar ruošiant rankraštį

konkuruojančių interesų.. Autoriai pareiškė, kad nėra konkuruojantys interesai egzistuoja

Įvadas

Neseniai Friedman , et al.,
, 2009 įrodė, kad žmogaus genai dauguma pagal miRNAs kontrolę. ≫ 45.000 Mirna tikslinės svetainės per žmogaus 3'UTRs yra užkonservuotas ir > 60% žmogaus baltymų kodavimo genų buvo pagal selektyvus poveikis palaikyti poras į miRNAs [1]. miRNAs yra mažos, ne-kodavimo sekos 17-25 bp, kad reguliuoti genų ekspresiją, prisijungdamas prie 3 'galo tikslinių mRNAs, todėl vertimo į mRNR [2] slopinimo, [3]. Maždaug 14.000 miRNAs buvo nustatyti gyvūnų, augalų ir grybų [4], [5], [6]

Mechanizmai, kuriuose dalyvauja miRNAs neigiamus reguliatoriai genų ekspresijos yra panašūs gyvūnų ir augalų.; jie reguliuoja pagrindines ląstelių procesus [6]. Žmonėms, maždaug 3% visų genų prognozuojama koduoti Mirna pirmtakai, ir per > 60% baltymų kodavimo genų gali būti reguliuojamas miRNAs [1]. MiRNAs turi esmines funkcijas daugelyje korinio procesų, pavyzdžiui, augimo ir vystymosi, ląstelių proliferacija, diferenciacija ir apoptozės. Todėl, keičiant Mirna išraiškos prisidėti prie žmogaus ligų, tokių kaip vėžys [7], [8].

Pasikeitimai Mirna išraiškos būdus buvo pastebėta daugelio tipų žmogaus vėžio, pavyzdžiui, krūties, storosios žarnos, plaučių, prostatos, leukemija ir skrandžio vėžio. Mirna ekspresijos pokyčiai sukelti nuostolių arba pelno funkcijos ir yra susijusios su žmogaus navikų vystymosi per įvairių mechanizmų [5].

Čia mes pristatome genetinį tyrimą žmogaus skrandžio Mirna, nes nepaisant to, organo svarba, mažai genetinių duomenų apie jų buvimą ir reguliavimo žmonėms. Šis darbas yra pirmasis pilnas miRnome seka normalus skrandžio audinyje, naudojant naujos kartos sekvenavimo technologiją.

Rezultatai

Šiame tyrime profiliai buvo gauti itin giliai sekos naudojant tvirtą pagrindą ( gyvenimas technologijos, CA, JAV). Tai pirmasis tyrimas, naudoti šią procedūrą aprašyti miRnome normalus skrandžio audinio. miRNAs buvo išskirtas iš įprasto skrandžio CARDIA gleivinę, pagal vieną sveiką pacientui. Profiliai buvo patvirtintas naudojant realaus laiko PGR nustatyti 15 labiausiai išreikštų miRNAs išraišką dar 10 sveikų pacientų.

ULTRA GILIAI sekos

Itin giliai sekos, gautos iš 104 viso mln žaliavos skaito ir 5 mln irašą skrandžio CARDIA Mirna bibliotekoje. Tolesnei analizei, o 3200000 skaito buvo atrinkti pagal sekos kokybės (bent QV≥10 į 10 pirmųjų bazių) [8]. Po kartografavimo tai žmogaus genomo (Release 19), bendras susieto skaityti skaičius buvo 2.534.490 mln skaito (75% nuo bendro kokybės skaito). Maždaug 38% 2,5 mln skaito (963.460 skaito) buvo pasikartojančių DNR sekas, tRNR, rRNR ar kitų mažų molekulių; 10% (261.274) buvo priimtas skaito, puikiai suderinta su žinomais subrendusių miRNAs (MirBase versija 15, atleiskite 04/2010) [9]; ir poilsio skaito (52%) buvo suderinta genomo sekos (1 paveikslas).

ekspresijos analizės miRNAs, skaito tik su degtukais subrendęs miRNAs sekas (261.274 skaito) buvo įtrauktos. Skrandžio Cardia, mes nustatė 404 970 žinomų brandus Mirna sekų (42%). Analizuoti miRNAs išraiška, mes apibrėžti penkis intervalus: 1 iki 10 skaityti skaičių; 11-100; 101 1000; 1001 iki 5000; ir skaityti Grafas per 5000 (2 paveikslas) (papildomi duomenys pateikti S1 lentelė). Pirmas diapazonas (1-10) sudaro 40% miRNAs pastebėtus; antra diapazonas (nuo 11 iki 100), kurią sudaro 26%; trečioji diapazonas (101 iki 1000), kurią sudaro 20%; ir ketvirta ir penkta diapazonai (> 1000 Skaityti COUNT) sudaro 14%

Šios klasifikacijos, buvo išreikštas 347 brandžios miRNAs tarp pirmojo ir trečiojo svyruoja ir 57 tarp ketvirtojo ir penktojo svyruoja.. Dėl miRnome apibūdinimo, mes atrinko 15 miRNAs, kad buvo išsakytas aukščiausiu lygiu (≥1,000 skaito) rinkinį.

1 lentelė ir 3 pav surašytos 15 brandaus miRNAs nustatytos žmogaus skrandžio Cardia , Iš 4 paveiksle spalvinis duomenų žemėlapis apibendrina šių 15 miRNAs išraišką skrandžio Cardia ir visoje įprastų žmogaus audinių, DGE duomenimis, turimais microRNA.org duomenų bazę [10], [11]. Brandaus Mirna išraiška gali būti skirstomi į dvi grupes: I) CARDIA audinius: miRNAs retai išreikštos kituose audiniuose, bet išreiškė skrandžio Cardia, įskaitant miR-148A, PPN-192, PPN-200A ir Pasaulis-200B; ii) kvazi-visur: miRNAs išreikštas daugelyje audinių ir sąlygų, įskaitant miR-29c, PPN-21, PPN-24, PPN-29b, PPN-29a, PPN-451, PPN-31, PPN-145, PPN-26a , PPN-19b ir tegul-7b.

Nekilnojamas laiko PGR

ultra deep sekvenavimo rezultatai buvo patvirtinti naudojant singleplex Real Time PCR (RT-PCR) metodas, kai 15 miRNAs atrinktų nustatyti jų išraišką skrandžio CARDIA regione iš 10 sveikų asmenų. Iš tiriamųjų, 60% buvo vyrai, amžiaus vidurkis buvo 39,1 (± 12,8) metų ir 50% studijuojamų dalykų testas buvo teigiamas H. pylori
, pagal nustatytus jų identifikavimo tarptautinius kriterijus [12], [13] (2 lentelė) (papildomi duomenys pateikti S2 lentelė).

COMPARARISON SU DGE IR AT-PGR

ir singleplex (AT-PGR) ir Multiplex (kietas platforma) technologijos parodė aukštą raišką (išraiška per 1000 skaito ir DGE ir 7 kartus virš endogeninio kontrolės RT-PCR) iš 15 miRNAs (4 skaičiai ir 5)

patys RNR mėginiai buvo analizuojami dviejų skirtingų platformų: DGE ir RT-PCR - Life technologies ".. Rezultatų eksperimentai buvo palyginti ir buvo pastebėtas tiesinę regresiją tarp 2 ^{-ΔCt ir kvadratinės šaknies skaityti suskaičiuoti. Pearsono koreliacija yra didelė 83,9% statistinę reikšmingą bandymo (p < 0,05). Ir patvirtinti patikimą rezultatais}

Be to, DGE rezultatai buvo palyginti su išraiška diapazonas pateikiamas 10 sveikų miRNAs skaičiais, Real Time PGR. Už vidurkis AT-PGR regresijos versus
kvadratinę šaknį skaityti suskaičiuoti. Pearsono koreliacija yra didelė 68,4% statistinę reikšmingą bandymo (P < 0,05).

galėjo stebėti miRNAs su dideliu interindividiniai variacijos, už exempla Pasaulis-21, o kitas su mažu interindividiniai variacijos, pvz išraiška modelis šiek tiek kintamasis (MIR-29b, PPN-29c, PPN-19b, PPN-31, PPN-148A, PPN-451).

Diskusijos

miRNAs reguliuoti žmogaus genų daugumą; Tačiau tik nedaugelis miRNAs turėjo savo tikslus ir nustatė konkrečias funkcijas [14]. Mūsų tyrime, skrandžio Pavyzdžio buvo gautas iš vieno individo be skrandžio navikų ar kitų iš anksto-neoplazija sąlygų, tokių kaip atrofija, metaplazijos arba displazijos. Priešvėžiniai pažeidimai, pavyzdžiui, gastritas sukelti genomo hipo-metilinimo skrandyje, kuris gali pakeisti sąvoką modelio miRNAs [15]. Mėginys buvo gautas iš normalaus audinio nuo paciento be jokių patologijų, kuris padėjo išvengti surinkimo iš pažiūros normalų audinių mėginį su mikro įsiveržimų jaunesniųjų kancerogeniniam ląstelėse gali atsirasti pacientams, kurių nors iš minėtų patologijų riziką.

Šis tyrimas yra pirmasis ultra aukšto našumo seka miRNAs į fiziologiškai normalus žmogaus skrandį. Tik 5.06% iš miRNAs nustatytas skrandžio audinio jau buvo aptikta kitų audinių ir kataloguoti bioinformatikos duomenų bankus, kaip antai microRNA.org [10]. Mes tikimės, kad šis miRNAs grupė būtų reguliatoriai namų ruošą genų, kurie yra gausu žmogaus audiniuose. Kitas 7.84% iš miRNAs turėjo nerasta tose Mirna raiškos duomenų bazes ir galėtų atstovauti miRNAs, kurie yra būdingi virškinimo sistemos ar skrandį.

Buvo atlikti panašius tyrimus su kitais normaliuose audiniuose, pavyzdžiui, burnos, ryklės, stemplės, išangės ir žarnos. Mes palyginti šiuos duomenis su mūsų Mirna raiškos duomenų apibrėžti sąvoką modelio skrandžio audinio. Mes nustatėme, aukštos raiškos lygį 15 miRNAs, iš kurių 13 jau buvo identifikuoti kaip labai išreikštas kitų audinių.

PPN-148A ir mir-192 išraiška buvo nustatyta kitų normalių ir vėžinių žmogaus audinių, bet buvo ne per išreiškė. Mir-192 jau buvo aptikta virškinimo trakto audinius, tokius kaip gaubtinės žarnos, klubinės žarnos, dvylikapirštės žarnos, plonosiose žarnose, skrandžio, kasos ir kepenų [16]. Bazinis išraiška mir-148A buvo pastebėta jungiamojo audinio ir endokrininės audinio [17]. Neseniai buvo nustatyta Mir-148A turi būti represuoti į virkštelės kraujo ląstelių [18] ir nutildyti hypermethylation į gaubtinės žarnos navikus [19]. Mes pastebėjo aukštą raišką Mir-200 grupės (A ir B) skrandžio Cardia kaip pastebėta, kad Langerhanso salelių [11]. Be mikrogardeliq eksperimentą, Mir-200A ir Mir-200B aptikta nedidelis virškinimo trakto audinių, tačiau didelės koncentracijos gaubtinės žarnos, skrandžio ir kasos [16]. Neseniai paskelbtoje MicroRNA išraiška Atlas parodė, kad ši Mirna būdingas endokrininės audinio [17]. Naujausi duomenys rodo, kad mažos išraiška Mir-200 klasterio koreliuoja su kiaušidžių vėžiu [19], [20]. Todėl Mir-200 klasteris gali būti svarbu palaikyti virškinimo audinių vientisumą, kaip antai skrandžio Cardia nes toks didelis išraiška iki reguliuojama elektroninės cad, baltymų, atsakinga už iš epitelio audinio architektūros organizacijos išraiška. Be to, rezultatai stipriai pasiūlė svarbų vaidmenį Mir-200 šeimos iš epitelio-mezenchiminių perėjimas (EMT) represijų ir vėžio [21] progresavimą.

1 ir 2 lentelė rodo skaičių galimi tikslai kiekvienai labai išreikšta brandaus Mirna. 2 lentelė rodo, kai miRNAs prognozavo TargetScan prieš šeimos užkonservuotas miRNAs tikslus. Su miR-451, išskyrus, visi bendra bent ant dviejų kitų genų tikslus. Genai ANKD52 parsisiųsti ir UBN2
, yra tikslus dešimties keturiolikos miRNAs analizuojami, o genas TNRC6B
yra devynių miRNAs ir genai EPS15
NFAT5
BACH2
BRWD1
NUFIP2
PTEN
CDK6
ir PTPRD DD6
, yra tikslus, aštuoni Mirna. Šis rezultatas rodo, kad šie miRNAs yra stiprūs kandidatai turi būti nutildyti į CARDIA regione. Eksperimentinis įteisinimas šių genų, po to į kiekvieną iš jų gali atskleisti fiziologinį vaidmenį šių miRNAs į normalią skrandžio audinio funkcijos analizę.

Daugelis miRNAs gali reguliuoti baltymų vertimą kad veikti audinių proliferaciją ir audinio raštas, pavyzdžiui, mir-200A (kuris gali nukreipti integrinu) ir Mir-145 (kuri gali sąveikauti su erbB4
mRNR). buvo rasta daug kas pranašavo iRNR tikslai būtų bendra keliems labai išreikštas miRNAs. Pavyzdžiui, HTR4
(5 hidroksitriptamino [serotonino] receptorių) ir AFF2
mRNR ( AF4 /FMR2
šeimos narys 2) buvo prognozuojama, kad tikslai 13 iš 15 labiausiai išreikštų miRNAs. Dar penki mRNR, įskaitant , IGF-1
(į insuliną panašaus augimo faktoriaus 1 [Somatomedin C]), buvo bendri prognozuojama tikslai 12 miRNAs. Aštuoni miRNAs turėjo 222 prognozuoti tikslų bendrų; Pavyzdžiui, Mir-29b buvo prognozuojama nukreipti 196 iš jų. Penki miRNAs (19b, 29a, 29b, 29c ir 148A) pasidalino 70 prognozavo tikslus, kai kurie iš jų ( CDK6
PTEN
IGF1
FRS2
PDGFRA
PIK3R1 parsisiųsti ir MXD1
) reguliuoja ląstelių dauginimąsi bei auglių kritimą.

Keletas pastabų susieti miRNAs vėžį. Pirma, daugelis miRNAs dalyvauja ląstelių proliferaciją ir apoptozės. Antra, daugelis Mirna lokusų yra silpnose vietose žmogaus genomo regionų, kurie dažnai išplėsti arba ištrinti žmogaus neoplasias ir sukelti didelius skirtumus Mirna išraiška, palyginti su sveikų audinių [21], [22], [23], [24 ].

Realaus laiko PGR metodas (kuris naudoja santykinį kiekybiškai) patvirtino 15 miRNAs identifikuoti kaip rodo aukščiausią išraišką kietas platforma (kuri yra grindžiami absoliučiais skaičiais) (4 ir 5 paveikslai). Todėl, šie miRNAs gali būti laikoma per-išreikštas [25], [26], [27], [28]. Tarp DGE ir AT-PGR koreliacija buvo aiškus ir statistika reikšmingas. Ir DGE eksperimentas gali būti laikomas tipišku audinių skrandžio mėginius, išskirtas iš 10 sveikatos temomis ir apibrėžia dalį išraiška modelio sveiko skrandžio audinio.

rezultatai iš abiejų metodikų rodo, kad Mirna-21 buvo labiausiai išreikšta skrandžio CARDIA audinio. Tai Mirna taip pat platinama ir kitose žmogaus audinių (pvz dendritų ląstelių, T-ląstelių, kasos) ir galėtų dalyvauti reguliuojant namų ruošą genų ekspresiją ( ATPAF1
KIF3A
CYBRD1
).

tvirtą pagrindą parodė, kad Pasaulis-192 ir 148A yra būdingi skrandžio audinio. Be to, realaus laiko PGR patvirtino, kad šie miRNAs yra per išreiškė. Taigi, apskritai, šie miRNAs gali reguliuoti genų, susijusių su skrandžio audinių homeostazę išraiška. Todėl, žemos ekspresijos lygis šių miRNAs gali būti susijęs su skrandžio navikinio. Galimas naudojimas Mirna-192 ir Mirna-148A kaip rizikos žymekliai skrandžio vėžio gali būti geriausias ištirtas per skirtingų histologinių tipų skrandžio vėžio miRnomes analizė.

Supratimas reguliavimo procesus, kurie veikia į žmogaus skrandis bus svarbu kovojant su skrandžio vėžiu, kuris yra antras pagrindinė priežastis, dėl mirtingumo nuo vėžio visame pasaulyje.

medžiagos ir metodai

Biologinė medžiaga

skrandžio Cardia yra mikroskopinis zona, kuri paprastai rasti labiausiai proksimalinės dalies skrandžio, netoli stemplės angą (širdies antgaliu arba Cardia) ir yra širdies liaukų. Mūsų švieži audinio mėginys itin giliai sekos buvo gautas iš gastroscopic biopsija (~4 mm ^{3). Pacientas buvo 33 metai, be vėžio įrodymais ir normalus gastroezofaginio sankryžos. Makroskopinis stebėjimas audinio neparodė pažeidimų įrodymus ir histologinis ištyrimas patvirtino normalus ir sveikas darbo sąlygas.}

patvirtinti itin giliai sekos, CARDIA mėginių, šalia širdies angą, rezultatus nuo 10 Be to, sveikų asmenų buvo taip pat gautas endoskopinių biopsijų (~4 mm ^{3), o po histologinio tyrimo išskyrus anomalijų, buvo analizuojami Real Time PCR. h. pylori
infekcija buvo diagnozuota remiantis tipiškų išvaizdos bakterijos palei gleivių sluoksniu, apimantis skrandžio gleivinę antralinių biopsijos buvo imtasi už histologijos vertinimo dėl didesnio tankumo skrandžio antralinėje dalyje bakterijų ir puikų jautrumą diagnostikos metodas , atsižvelgiant į nustatytų jų tapatybę tarptautinius kriterijus [12], [13] (papildomi duomenys pateikti S2 lentelė).}

ETIKA PAŽYMA

Parašė informuotas sutikimas buvo gautas iš visų pacientų, o tyrimas patvirtino Comité de ETICA em Pesquisa (CEP) ligoninės Universitario João Barros Barreto (HUJBB.) - federalinis universitetas Pará (UFPA) (protokolo numeris 14.052.004 /HUJBB)

Mirna BIBLIOTEKA

bendras mažas RNR buvo gauta iš mėginio audinių naudojant mirVana išskyrimas komplektas (Ambion Inc., JAV). Koncentracija ir kokybės buvo nustatomi, naudojant Nanodrop 1000 spektrofotometrą, ir valymas ir dydžio pasirinkimas buvo atliekama naudojant 6% poliakrilamido gelyje. Naudojant tvirtą Mažos RNR Expression komplektas (Ambion Inc., JAV), 200 ng mažas RNR 150-200 bp buvo naudojami kaip šabloną gauti Mirna biblioteką. Visi bibliotekoje miRNAs buvo tagged with unikalus ir konkrečių amplifikacijos pradmenų, žinomas kaip brūkšninių kodų sistemos (Life technologies, CA, JAV). Tada, 50 pg bibliotekos buvo sujungtos su kitomis septyniomis mirna bibliotekų tuo pačiu koncentracijos. A yra bibliotekoje baseinas (0,1 pg) frakcija buvo išplėstos ir pritvirtinti ant magnetinėmis granulėmis, naudojant emulsija PGR. Epcr prekė buvo deponuotas vieno stiklelio ir veikiamas Multiplex tvirtą sekos reakcija.

Solid ULTRA GILIAI sekos IR DUOMENŲ ANALIZĖ

geras (versija 2.0) sekos sistema (Life Technologies ") buvo naudojamas generuoti skaito, kad buvo 35 bp ilgio. Antrasis žingsnis buvo iššifruoti brūkšninį kodą, atitinkančių kiekvienos granulės seka su mėginio tapatybę. Visi maži RNR sekos skrandžio Cardia yra prieinami NCBI sekų Skaityti archyvas (SRA012099). Sekos analizė buvo atlikta naudojant tvirtą sistema Mažos RNR analizės įrankis (Life technologies) ir MiRanalyzer [8]. Pirma, mes filtruoti visas sekas, kurie atitiko RNR priemaišų, pavyzdžiui, tRNR, rRNR, DNR kartojasi ir adapteris molekulių. Po išskyrus teršalų skaito, mes suderinti visas sekas prieš Mirna pirmtakų sekų (MirBase Ver. 12) ir tik tada apėmė skaito, kad suderintos brandus Mirna sekas [9]. Norėdami palyginti šiuos išraiškos duomenis su kitų žmogaus audinių, Mirna išraiškos duomenys buvo importuoti iš microRNA.org duomenų bazėje, ir kiekvieno išraiška subrendęs Mirna buvo normalizavosi visos perskaitytos skaičių [10]. Grafinis analizė atlikta naudojant Genepattern ^{10. Į Mirna biologinis procesas santykiai buvo prognozuojama naudojant miRNApath (http://lgmb.fmrp.usp.br/mirnapath/tools.php~~HEAD=dobj).}

Mirna realaus laiko PGR (patvirtinimas)

Biopsija mėginiai skrandžio CARDIA audiniuose buvo renkami iš 10 sveikų pacientų. Po surinkimo, mėginiai buvo iš karto apdorojamas ir saugomi -80 ° C temperatūroje, kol RNR ekstrakcijos. Iš viso RNR buvo išgauti suliejant 40 miligramų šaldytų audinių, po RNR izoliaciją TRIzol reagento (Life Technologies) pagal gamintojo instrukcijas. Koncentracija ir kokybė miRNAs buvo nustatoma naudojant Nanodrop 1000 spektrofotometru (ND-1000; Nanodrop technologijos Wilmington, DE). Iš viso RNR buvo atvirkštinis transkribuota, naudojant TaqMan @ MicroRNA atvirkštinės transkripcijos rinkinys (Life Technologies).

iš miRNAs lygių analizė buvo atliekama ant 7500 Realaus laiko PGR sistema (Life Technologies) su TaqMan Mirna tyrimai pagal gamintojo instrukcijos (Life technologies "), naudojant pradmenis Sukurta su Primer Express (Life Technologies). Vidutinė išraiška lygis tris žmogaus endogeninio kontrolę (Z30, RNU19 ir RNU6B - kalibratoriai). Buvo naudojamas kaip vidaus kontrolės visose Mirna eksperimentus būtų galima saviraiškos rezultatus palyginti

identifikuojamos Aukštos raiškos lygiai miRNAs Ultra-giliai sekos (mažėjančia tvarka: mir-29c, PPN-21, PPN-148A, PPN-29a, PPN-24, PPN-29b, PPN-192, PPN-451, PPN-145, PPN-31, Pasaulis-200A, PPN-19b, PPN-200B, tegul-7b ir Pasaulis-26a) buvo patvirtintas su TaqMan Mirna tyrimai (Life technologies "). Šios analizės buvo naudojami išmatuoti raiškos lygius subrendusių miRNAs ir kita individualūs svyravimai 10 mėginių sveikos CARDIA audinio. Sąvoka duomenys kiekvienos brandžios Mirna buvo standartizuoti reiškia išraišką lygio trijų žmogaus endogeninio kontrolę (Z30, RNU19 ir RNU6B). Tuomet santykinė Mirna ekspresijos lygis buvo apskaičiuojamas lyginamasis riba ciklas (CT) metodą (2 ^{-ΔCt). Koreliacijos bandymas buvo atliktas naudojant Pearson metodą (SPSS V.12).}

Pagalbinė informacija
S1 lentelėje.
tapatybės ir gausa duomenys visų žinomų miRNAs kietu sekos rinkinį žmonijos skrandžio ir miRamda duomenų bazėje
Doi:. 10,1371 /journal.pone.0013205.s001
(0,44 MB PDF)
S2 lentelėje.
aprašymas ir AT-PGR rezultatai 10 mėginių iš sveikų asmenų gautų endoskopinių biopsijos. Mėginiai dydis yra apie ~4 mm3. Dėl visų mėginių buvo atlikta histologinę egzaminą ir H. pylori nustatymo
Doi:. 10,1371 /journal.pone.0013205.s002
(0,03 MB XLS)

Padėka

autoriai dėkoja D. CALCAGNO ir S. Demaschki už jų pastabas, idėjas ir padeda.

• PLoS ONE: Kelias į Mans širdis per jo pilvo: Ką apie Horses
• PLoS ONE: poveikis energinis gėrimas dėl skrandžio ir kasos Albino žiurkės struktūra:? Ar omega-3 Pateikite apsauga