PLoS One: Ultra Deep szekvenálás feltárja a mikroRNS expressziós mintázata az emberi Stomach

absztrakt katalógusa

Háttér katalógusa

A mikroRNS (miRNS) fontos szerepet játszik a szöveti differenciálódás és fenntartásában bazális fiziológia, keveset tudunk a miRNS expressziós szintek a gyomorban szövetben. Változások a miRNS profilt vezethet sejt dereguláció, amely képes indukálni daganat. Katalógusa

Módszertan /fő eredményei katalógusa

Egy kis RNS-könyvtár gyomor szövetet szekvenáltuk nagy áteresztőképességű SOLiD szekvenálás technológia. Kaptunk 261.274 minőségi olvasás tökéletes egyezés az emberi miRnome, és 42% -a ismert miRNS azonosítottak. Digitális génexpressziós (DG) alapján történt olvasási bőség és megmutatta, hogy a tizenöt miRNS is erősen kifejezett gyomor szöveteit. Ezt követően, az expressziós ezeknek miRNS validáltuk 10 egészséges egyének RT-PCR szignifikáns összefüggést mutatott a 83,97% (P < 0,05). Hat miRNS mutatott alacsony változó expressziós mintázata (miR-29b, miR-29c, miR-19b, miR-31, miR-148a, miR-451), és lehet tekinteni részének expressziós mintázata az egészséges gyomor szöveti.

Következtetések /Jelentés katalógusa

Ezen tanulmány célja, hogy érvényesítse a normál miRNS profilok az emberi gyomor szöveti létrehozni hivatkozási profil az egészséges egyének. Meghatározó szabályozási folyamatok eljárva a gyomorban fontos lesz a terrorizmus elleni gyomorrák, amely a második vezető daganatos halálok világszerte. Katalógusa

Citation: Ribeiro-dos Santos-a, Khayat AS, Silva A , Alencar DO, Lobato J, Luz L, et al. (2010) Ultra Deep szekvenálás feltárja a mikroRNS expressziós mintázata az emberi gyomor. PLoS ONE 5 (10): e13205. doi: 10,1371 /journal.pone.0013205 katalógusa

Szerkesztő: Patrick Tan, Duke-National University of Singapore Graduate Medical School, Singapore katalógusa

Beérkezett: március 30, 2010; Elfogadva: szeptember 8, 2010; Megjelent: október 8, 2010 katalógusa

Copyright © 2010 Ribeiro-dos Santos-et al. Ez egy nyílt hozzáférésű cikk feltételei szerint terjeszthető a Creative Commons Nevezd meg! Licenc, amely engedélyezi a korlátlan használatát, a forgalmazás és a reprodukció bármilyen adathordozón, feltéve, hogy az eredeti szerző és a forrás jóváírásra. Katalógusa

Finanszírozás: A munka támogatta a genoma Paraense de Genomica e Proteomica Project (Governo do Para /SEDECT /FAPESPA), PROPESP /UFPA, FADESP és CAPES (Coordenacao de Aperfeicoamento de Pessoal de Nivel Superior). A finanszírozók nem volt szerepe a tanulmány tervezés, adatgyűjtés és elemzés, döntés, hogy közzéteszi, vagy a készítmény a kézirat. Katalógusa

Érdekütközés: A szerzők kijelentették, hogy nem ellentétes érdekek léteznek. Katalógusa

Bevezető

a közelmúltban, Friedman et al.
2009, kimutatták, hogy a legtöbb emberi gének szabályozása alatt miRNS. A > 45,000 miRNS célhelyek belül emberi 3'UTRs konzerváltak, és > 60% -a az emberi fehérje-kódoló géneket szelekciós nyomás alatt, hogy fenntartsák párosítást a miRNS-ek [1]. miRNS-ek kicsik, nem-kódoló szekvenciák 17-25 bp, hogy szabályozzák a génexpressziót kötődve a 3 'végéhez target mRNS-ek, így a gátlását fordítása a mRNS-ek [2], [3]. 14,000 miRNS azonosítottak az állatok, növények és gombák [4], [5], [6]. Katalógusa

Mechanizmusok érintő miRNS negatív módon szabályozza a génexpresszió hasonló állatok és növények; szabályozzák az alapvető sejtfolyamatokat [6]. Emberekben, körülbelül 3% -a az összes gén jósolt kódolására miRNS prekurzorok, és több mint > 60% fehérje-kódoló géneket lehet szabályozni miRNS [1]. MiRNS esszenciális funkcióit számos celluláris folyamatokat, mint a növekedés és fejlődés, proliferációját, differenciálódását és az apoptózis. Következésképpen, módosított miRNS expressziós hozzájárulhat az emberi betegségek, mint a rák [7], [8].

megváltozása miRNS expressziós mintázatok észleltek számos típusú emberi rák, mint például a mell, vastagbél, tüdő, a prosztata, a leukémia és a gyomorrák. miRNS expressziós változások elvesztéséhez vezethet, vagy nyereség, a funkció és a társított a humán daganatos keresztül változatos mechanizmusok [5]. katalógusa

Itt bemutatunk egy genetikai tanulmány a miRNS az emberi gyomor, mert annak ellenére, annak fontosságát, hogy a szerv kis genetikai adatok állnak rendelkezésre a jelenlétüket és a szabályozás az emberekben. Ez a munka az első teljes miRnome szekvenálása normális gyomor-szövetéből következő generációs szekvenálás technológia. Katalógusa

Eredmények katalógusa

A jelen tanulmányban profilokat kaptunk ultra-mély szekvenálás segítségével a szilárd platform ( Life Technologies, CA, USA). Ez az első tanulmány, amely használja ezt az eljárást, hogy leírja a miRnome normál gyomor szövetet. miRNS izoláltunk normális cardia nyálkahártyájában egyetlen egészséges beteg. A profilok segítségével validált Real Time PCR meghatározására kifejezés a 15 leginkább kifejezni miRNS egy másik 10 egészséges pácienseknek. Katalógusa

ultra-mély SZEKVENÁLÁS katalógusa

Ultra-mély szekvenálás így összesen 104 millió nyers olvas és 5.000.000 beolvassa a cardia miRNS könyvtár. A további elemzés 3200000 olvasás alapján választották szekvencia minőségű (legalább QV≥10 az első 10 bázis) [8]. Miután leképezés ezeket az emberi genom (kiadja 19), a teljes leképezett olvasni gróf 2.534.490 millió olvas (75% -át a minőség olvas). Mintegy 38% -a 2.500.000 olvasás (963460 olvasás) voltak ismétlődő DNS-szekvenciák, tRNS vagy rRNS vagy más kis molekulák; 10% (261.274) fogadtak szól, tökéletesen illeszkedik az ismert érett miRNS (MirBase változat 15, engedje 04/2010) [9]; és a többi olvas (52%) egyezést genomszekvenciákra (1. ábra). katalógusa

Az expressziós analízisét miRNS, csak olvas gyufával érett miRNS szekvenciák (261274 olvasás) vontak be. A cardia, azonosítottunk 404 970 ismert érett miRNS szekvenciák (42%). Elemezni a kifejezés a miRNS-ek, definiáltuk öt tartományok: 1-10 olvasási számít; 11-100; 101 1000; 1001 és 5000; és olvasható száma több mint 5000 (2. ábra) (további részletek a táblázat S1). Az első tartomány (1-10) tartalmaz 40% miRNS megfigyelt; A második tartományban (11-100) tartalmaz 26%; a harmadik tartomány (101 és 1000) tartalmazott 20% -ot; és a negyedik és ötödik tartományok (> 1000 read száma) tartalmaz 14%. katalógusa

Ezzel a besorolás, 347 érett miRNS fejeztük az első és a harmadik tartományok és 57. között a negyedik és az ötödik tartományokat. Jellemzésére a miRnome kiválasztottunk egy sor a 15 miRNS hogy fejeztük a legmagasabb szinten (≥1,000 olvas). Katalógusa

Az 1. táblázat és a 3. ábra listáját a 15 érett miRNS azonosítottak a humán cardia . A Hőtérkép 4. ábra foglalja össze a kifejezés a 15 miRNS-ek a cardia és az egész normális emberi szövetekben, DGE adat, amely elérhető a microRNA.org adatbankban [10], [11]. Érett miRNS expressziós lehet két csoportba sorolhatók: i) cardia-szövetek: miRNS ritkán kifejezett más szövetekben, de kifejezett cardia, beleértve a miR-148a, miR-192, miR-200a és miR-200b; ii) a kvázi-mindenütt jelen: miRNS kifejezett számos szövetben és feltételek, köztük a miR-29c, miR-21, miR-24, miR-29b, miR-29a, miR-451, miR-31, miR-145, miR-26a miR-19b, és hagyja-7b. katalógusa

Real Time PCR katalógusa

a rendkívül mély szekvenálás eredmények ellenőrzése a singleplex Real Time PCR (RT-PCR) módszerrel a 15 miRNS kiválasztott meghatározzák a kifejezést a cardia régió 10 egészséges egyén. A vizsgálati alanyok 60% -a volt férfi, az átlagéletkor 39,1 (± 12,8) év, és 50% a vizsgált alanyok tesztje pozitív H. pylori katalógusa szerint a nemzetközi megállapított kritériumoknak való azonosítás [12], [13] (2. táblázat) (további részletek a táblázat S2). katalógusa

COMPARARISON WITH DGE és RT-PCR katalógusa

Mindkét singleplex (RT-PCR) és multiplex (szilárd platform) technológiák kimutatta magas expressziós (kifejezés több mint 1000 beolvassa a DGE és 7-szeres feletti endogén kontroll RT-PCR) a 15 miRNS (4. és 5). katalógusa

Ugyanez RNS mintákat már elemeztük két különböző platformok: DGE és RT-PCR - Life Technologies. Az eredményeket kísérletek képest, és figyelték közötti lineáris regresszió 2 ^{-ΔCt és négyzetgyöke olvasni számlálószámot. Pearson korreláció magas 83,9%, statisztikailag szignifikáns próba (P < 0,05) és validált szilárd eredményeket. Katalógusa}

Emellett DGE eredményeket összevetettük a számszerűsítésére kifejezés tartományban a miRNS-ek 10 egészséges egyénekben, Real Time PCR. A regresszió átlagosan RT-PCR vizsgálatokat versus katalógusa négyzetgyöke olvasni számlálószámot. Pearson korreláció magas 68,4% -os, statisztikailag szignifikáns próba (P < 0,05). Katalógusa

Lehet megfigyelni miRNS nagy egyéni eltéréseket mutat, az Exempla miR-21, és egy másik kis eltéréseket mutat, így például expressziós mintázat kissé változó (miR-29b, miR-29c, miR-19b, miR-31, miR-148a, miR-451). katalógusa

Vita katalógusa

miRNS szabályozza a legtöbb emberi gének; azonban csak néhány miRNS voltak azok és milyen konkrét funkciókat azonosították [14]. Tanulmányunkban a gyomor mintát kapott egy egyedi nélkül gyomor daganat vagy más előre neoplasia körülmények között, például sorvadás, metaplasia vagy dysplasia. Rákmegelőző, például gyomorhurut előnyét genomiális hypo-metilezés a gyomorban, amely módosítja az expressziós mintázata miRNS [15]. A mintát kaptunk a normális szövetet egy beteg nélkül patológiák, amely segített kockázatának elkerülését gyűjtésének egy látszólag normális szövet minta mikro-inváziói korai stádiumú tumorképző sejtekkel, mint lehetne betegeknél fordulhat elő bármely fenti kórképek.

Ez a tanulmány az első ultra-nagy áteresztőképességű szekvenálása miRNS fiziológiailag normális emberi gyomorban. Csak 5,06% -a miRNS azonosított gyomor szöveti már kimutatható más szövetekben és katalogizált bioinformatikai adatbankok, mint például microRNA.org [10]. Arra számítunk, hogy ez a csoport a miRNS-ek, hogy a szabályozók a háztartási gének, amelyek nagy mennyiségben található az emberi szövetekben. Egy másik 7,84% -a miRNS nem volt egyezés a miRNS expressziós adatbázisok és jelenthet miRNS, amelyek kifejezetten az emésztőrendszer és a gyomor. Katalógusa

Hasonló vizsgálatokat végeztek más normál szövetekben, például a száj, a garat, nyelőcső, végbél és a belekben. Összehasonlítottuk ezeket az adatokat a mi miRNS expressziós adatok, hogy meghatározza az expressziós mintázata a gyomor szövetet. Azt találtuk, magas expressziós szintet 15 miRNS, 13 a már azonosított erősen expresszálódik más szövetekben.

A expresszióját mir-148a és miR-192 már azonosították más normál és rákos emberi szövetek, de nem volt overexpresszált. Mir-192 már kimutatható gasztrointesztinális szövetekben, mint a vastagbél, ileum, duodenum, vékonybél, gyomor, hasnyálmirigy és a máj [16]. Basal expressziója mir-148a észlelték kötőszövet és endokrin szövet [17]. Nemrégiben mir-148a találták elfojtották köldökzsinór vérsejtek [18], és elhallgattatta hipermetiláció vastagbél-daganatok [19]. Megfigyeltük magas kifejezése a mir-200 klaszter (a és b) cardia megfigyelt a Langerhans-szigetek [11]. Egy microarray kísérletben mir-200A és mir-200B detektáltuk alacsony szinten a gasztrointesztinális szövetekben, de magas szinten a vastagbélben, a gyomor és a hasnyálmirigy [16]. Egy nemrég publikált mikroRNS expressziós atlasz azt mutatta, hogy ez a miRNS jellemző az endokrin szövet [17]. Újabb eredmények azt mutatják, hogy az alacsony kifejeződése mir-200 klaszter korrelál petefészekrák [19], [20]. Ezért a mir-200 klaszter fontos lehet integritásának fenntartásában az emésztőrendszerben, mint a cardia, mert ilyen magas expressziót szabályozott kifejeződését e-cadherin, a fehérje felelős a szervezet az építészet, a hámszövet. Továbbá, az eredmények erősen javasolt fontos szerepet a miR-200 család elnyomásának epithelialis-mesenchymalis tranzíció (EMT) és a progresszió a rák. [21] katalógusa

1. és 2. táblázat mutatja a számát lehetséges célpontok az egyes nagymértékben expresszált érett miRNS. A 2. táblázatban néhány célpontjai miRNS által jósolt TargetScan családokkal szemben konzervált miRNS. Kivéve a miR-451, az összes megosztott, legalább két másik gén célokat. A gének ANKD52 katalógusa és UBN2 katalógusa célpontjai tíz tizennégy miRNS elemzett, míg a gén TNRC6B katalógusa van kilenc miRNS és a gének EPS15 katalógusa, NFAT5 katalógusa, BACH2 katalógusa, BRWD1 katalógusa, NUFIP2 katalógusa, PTEN katalógusa, CDK6
és PTPRD DD6 katalógusa célpontjai nyolc miRNS. Ez az eredmény arra utal, hogy ezek a miRNS erős jelölteket kell hallgattatni a cardia régióban. A kísérleti validálása a gének, majd egy elemzést a függvény minden egyes ember felfedi élettani szerepe ezeknek a miRNS-ek a normális gyomor szövetben. Katalógusa

Számos miRNS szabályozhatják fordítását fehérjék eljárni szöveti proliferáció és szövet mintázat, mint mir-200a (amely lehet megcélozni integrin) és mir-145 (amely kölcsönhatásba léphet Erb4 katalógusa mRNS). Sokan úgy vélték, mRNS célokat úgy találták, hogy a közös, hogy több igen kifejezett miRNS. Például a HTR4 katalógusa (5-hidroxi-[szerotonin] receptor) és a AFF2 katalógusa mRNS ( AF4 /FMR2 katalógusa család tagja 2) jósoltak célpontjai lehetnek 13. a 15 leginkább kifejezni miRNS. Egy másik öt mRNS-ek, beleértve a IGF-1
(inzulin-szerű növekedési faktor 1 [szomatomedin C]), gyakori volt megjósolt célokat 12 miRNS. Nyolc miRNS volt 222 megjósolta célok közös; például mir-29b jósolta célozni 196 ilyen. Öt miRNS (19b, 29a, 29b, 29c és 148a) megosztott 70 megjósolt célokat, amelyek közül néhány ( CDK6 katalógusa, PTEN katalógusa, IGF1 katalógusa, FRS2 katalógusa, PDGFRA katalógusa, PIK3R1 katalógusa és MXD1 katalógusa) sejtproliferáció és tumorszuppressziónak. katalógusa

Számos megfigyelés hivatkoznak miRNS a rák. Először is, sok miRNS szerepet játszik a celluláris proliferáció és az apoptózis. Másodszor, sok miRNS loci található sérülékeny területek az emberi genom, a régiókat, amelyek gyakran felerősödik, vagy törölni az emberi daganatok, és okoz nagy különbségek a miRNS expressziós összehasonlítva a normál szövetekben [21], [22], [23], [24 ].

a Real Time PCR technikával (amely relatív mennyiségi) megerősítette 15 miRNS azonosították mutatja a legmagasabb expressziót a szilárd platform (amelynek alapja az abszolút számok) (4. és 5. ábra). Ezért ezeket a miRNS lehet tekinteni, overexpresszált [25], [26], [27], [28]. A korreláció DGE és RT-PCR-vizsgálatokhoz világos volt, és statisztikai szignifikáns. És DGE kísérlet lehet tekinteni reprezentatív szövetek gyomor mintákat izoláltunk 10 Egészség alanyok és meghatározzák része expressziós mintázata az egészséges gyomor szövetben.

, az eredmények mindkét módszerek azt mutatják, hogy miRNS-21 volt a leginkább kifejezett a cardia szövetben. Ez miRNS is forgalmazzák más humán szövetekben (pl dendritikus sejtek, T-sejtek, hasnyálmirigy) és lehetne vonni expresszióját szabályozó háztartási gének ( ATPAF1 katalógusa, KIF3A katalógusa, CYBRD1 katalógusa).

A szilárd platform azt mutatta, hogy a miR-192 és 148a specifikusak gyomor szöveteit. Ezen túlmenően, Real Time PCR megerősítette, hogy ezek miRNS túlzott expresszálódik. Így Összességében ezek miRNS valószínűleg, hogy szabályozza a gének expresszióját kapcsolatos gyomor szöveti homeosztázis. Ezért a szintje alacsony, ezek miRNS összefüggésben lehet a fejlődés egy gyomor daganat. A lehetséges felhasználása az miRNS-192 és miRNS-148a, mint kockázati markerek gyomorrák lehetne a legjobban vizsgálni elemzése révén a miRnomes különböző szövettani típusú gyomorrák. Katalógusa

megértése szabályozási folyamatok, amelyek úgy hatnak az emberi gyomor fontos lesz a terrorizmus elleni gyomorrák, amely a második vezető daganatos halálok világszerte. katalógusa

anyagok és módszerek katalógusa

biológiai anyag katalógusa

a cardia van mikroszkopikus zóna, amely normálisan megtalálható a legtöbb proximális része a gyomor, közel a nyelőcső nyílás (kardiális nyílás vagy cardia), és tartalmazza a kardiális mirigyek. A friss szövet minta az ultra mély szekvenciákat kaptunk egy gasztroszkopikus biopszia (~ 4 mm ^{3). A beteg 33 éves volt, és nincs bizonyíték a rák és a normál gastrooesophagealis csomópont. Makroszkopikus megfigyelése alapján a szövet nem mutatott elváltozások, és a szövettani vizsgálat megerősítette normális és egészséges körülmények között. Katalógusa}

eredményeinek megerősítésére ultra-mély szekvenálás, cardia mintákat, közel a szív nyílás, 10 Emellett az egészséges egyének voltak is kapott endoszkópos biopszia (~ 4 mm ^{3), és miután szövettani vizsgálat nélkül rendellenességeket, elemeztük Real Time PCR. H. pylori
fertőzést alapuló tipikus megjelenése a baktérium mentén nyálkaréteg lefedő gyomor nyálkahártya antrális biopsziát vettünk szövettani értékelés következtében nagyobb sűrűségű, a baktériumok a gyomor antrum, és a kiváló érzékenység e diagnosztikai módszer szerint a nemzetközi megállapított kritériumoknak való azonosítás [12], [13] (további részletek a táblázat S2). katalógusa}

ETIKAI NYILATKOZAT katalógusa

írásos beleegyezését adta minden beteg, és a tanulmány jóváhagyta a Comité de Etica em Pesquisa (CEP) Kórházi Universitário João Barros Barreto (HUJBB) - Federal University of Bahia (UFPA) (Protokoll száma 14052004 /HUJBB). katalógusa

miRNS KÖNYVTÁR katalógusa

a teljes kis RNS-t a mintából nyert szövet felhasználásával Mirvana Isolation Kit (Ambion Inc., US). A koncentráció és a minőség segítségével határoztuk meg egy Nanodrop 1000 spektrofotométer és tisztítását és méretének kiválasztása végeztük 6% -os poliakrilamid gél-elektroforézissel. E szilárd Kis RNS kifejező Kit (Ambion Inc., USA), 200 ng kis RNS 150-200 bp használtunk templátként, hogy megkapjuk a miRNS könyvtár. Minden miRNS A könyvtár megcímkézett egyedi és specifikus amplifikációs primereket, az úgynevezett vonalkód rendszer (Life Technologies, CA, US). Ezután 50 pg a könyvtár egyesítettük, hét másik miRNS könyvtárak ugyanabban a koncentrációban. A frakció a könyvtár medence (0,1 pg) amplifikáltunk és rögzített mágneses gyöngyök felhasználásával emulzió PCR. A EPCR terméket rakódott egyetlen dia és alá kell vetni a multiplex SOLiD szekvenálás reakció. Katalógusa

kemény ultra-mély szekvenálása és adatelemzés katalógusa

A szilárd (version 2.0) szekvenálás rendszer (Life Technologies) használtunk generálására szól, amelyek 35 bp hosszúságú. A második lépés az volt, hogy dekódolni a vonalkódot, megfelelő minden gyöngy szekvenciát a személyazonosságát a minta. Minden kis RNS-szekvenciák cardia állnak rendelkezésre a NCBI szekvenciákat Read Archive (SRA012099). A szekvencia analízist végeztünk a szilárd rendszer kicsi RNS Analysis Tool (Life Technologies) és MiRanalyzer [8]. Először is kiszűri az összes szekvenciák illesztett RNS szennyező anyagok, mint tRNS, rRNS, DNS ismétlődés és adapter molekulákat. Miután kivéve szennyező szól, mi rendezi összes sorozat ellen miRNS prekurzor szekvenciák (MirBase ver. 12), és akkor is csak benne az olvasás, amely illeszkedik az érett miRNS szekvenciák [9]. Összehasonlítani ezeket a véleménynyilvánítás adatokat a többi emberi szövetek, miRNS expressziós adatok beolvasása a microRNA.org adatbázist, és a kifejezés minden érett miRNS normalizálása teljes olvasási száma [10]. Grafikus elemzés alkalmazásával végeztük Genepattern ^{10. A miRNS-biológiai folyamat összefüggéseket megjósolható miRNApath (http://lgmb.fmrp.usp.br/mirnapath/tools.php). Katalógusa}

miRNS real time PCR (jóváhagyás) hotelben

biopszia minták cardia szöveteket gyűjtöttünk 10 egészséges betegeknél. Összegyűjtés után a mintákat azonnal feldolgozásra és -80 ° C-on, amíg az RNS extrakció. Teljes RNS-t extraháltunk homogenizálva 40 milligramm fagyasztott szövet, majd az RNS izolálás TRIzol reagenssel (Life Technologies) alkalmazásával a gyártó utasításai szerint. A koncentráció és minősége miRNS segítségével határoztuk meg egy Nanodrop 1000 spektrofotométer (ND-1000; Nanodrop Technologies, Wilmington, DE). A teljes RNS-t reverz transzkripciónak egy TaqMan @ mikro-RNS reverz transzkripciós készlet (Life Technologies).

elemzése miRNS szintek végeztük a 7500 Real-Time PCR System (Life Technologies) a TaqMan miRNS assay szerint a gyártó utasításai (Life Technologies) tervezett láncindítók alkalmazásával a Primer Express (Life Technologies). A jelent expressziós szintjét három humán endogén kontrollok (Z30, RNU19 és RNU6B - kalibrátor) alkalmaztunk belső kontrollként minden miRNS kísérletek, hogy lehetővé tegye az összehasonlítást a kifejezés eredménye.

A magas expressziós szintjének miRNS azonosított ultra-mély szekvenálás (csökkenő sorrendben: miR-29c, miR-21, miR-148a, miR-29a, miR-24, miR-29b, miR-192, miR-451, miR-145, miR-31, miR-200a, miR-19b, miR-200b let-7b és miR-26a) hagyta jóvá a TaqMan miRNS vizsgálatokkal (Life Technologies). Ezeket az analíziseket mérésére használt expressziós szintjét érett miRNS-ek és az inter-individuális változás a 10 mintát egészséges cardia szövetet. Az expressziós adatok az egyes érett miRNS normalizáltuk a jelent expressziós szintjének a három humán endogén kontrollok (Z30, RNU19 és RNU6B). A relatív miRNS expressziós szinteket úgy számítják ki, az összehasonlító küszöb ciklus (Ct) módszer (2 ^{-ΔCt). Korrelációs tesztet végeztünk Pearson módszer (SPSS V.12). Katalógusa}

alátámasztó információk katalógusa táblázat S1.
identitás és bőség adatokat minden ismert miRNS szilárd szekvencia adatbázisba az emberi gyomorban és miRamda tárol. katalógusa doi: 10,1371 /journal.pone.0013205.s001 katalógusa (0,44 MB PDF) hotelben táblázat S2.
leírása és RT-PCR eredményei 10 minta egészséges egyének nyert endoszkópos biopszia. A mintákat mérete körülbelül ~ 4 mm3. Minden minta esetében végeztük a szövettani vizsgálatra és a H. pylori kimutatására. Katalógusa doi: 10,1371 /journal.pone.0013205.s002 katalógusa (0,03 MB XLS) hotelben

Köszönetnyilvánítás katalógusa

A szerzők köszönetet D. Calcagno és S. Demaschki észrevételeiket, ötleteiket, és segít. katalógusa