Pozitív szelekció a bakteriális onkoproteint járó gyomor cancer

pozitív szelekció bakteriális onkoproteint kapcsolódó gyomorrákos katalógusa Háttér katalógusa Helicobacter pylori katalógusa vertikálisan örökölt bél commensal hogy rákkeltő, ha rendelkezik a CAG katalógusa patogenitás sziget (CAG katalógusa PAI); fertőzés H. pylori katalógusa a fő kockázati tényező a gyomorrák, a második vezető halálok a rák világszerte (WHO). CAG katalógusa Pai lokusz kódolja cagA katalógusa gén, melynek fehérje termék fecskendeznek a gyomor hámsejtek keresztül Type IV szekréciós rendszer, továbbá által kódolt CAG katalógusa Pai. Ott, a cagA fehérje kötődik különböző celluláris fehérjék, így a zavara a sejtosztódás és a rákkeltő képességet. Emiatt cagA lehet leírni, mint egy onkoprotein. A világos megértése a hatásmechanizmusa cagA és előnyeit a baktériumok hiányzik. Katalógusa Eredmények
Itt azt mutatják, hogy a cagA katalógusa gén kijelzők erős aláírás pozitív szelekció izolált baktériumok indián népesség a Ka /Ks arány. Gyengébb aláírásokat is kimutatható a gén baktériumokból izolált ázsiai populációk a Ka /Ks arány és az érzékenyebb ágazatok-helyek modellje PAML csomagot. Amikor a cagA
gén izolált indián populáció vizsgáltuk részletesebben azt találtuk, hogy a régió alatt pozitív szelekció tartalmazza a EPIYA doméneket, amelyekről ismert, hogy modulálja a karcinogenitás a gén. Ez azt jelenti, hogy a karcinogenitás moduláló régió a gén megy keresztül alkalmazkodás. Az eredményeket tárgyaljuk viszonyítva magas előfordulása a gyomorrák egyes latin-amerikai és ázsiai populációk. Katalógusa Következtetés
pozitív szelekció cagA jelzi antagonisztikus Koevolúció a gazda és a baktériumokat, amely úgy tűnik, paradox, mivel cagA káros a humán gazda amelyre a baktériumokat függ. Ez arra utal, több, nem kizárólagos lehetőségek; hogy gyomorrák nem volt jelentős szelekciós nyomást az emberi populációkban, hogy cagA van egy meghatározatlan előnye az emberi gazda, vagy, hogy a horizontális átvitel, a H. pylori katalógusa állomások között volt fontosabb az evolúció a H. pylori
, mint azt korábban felismerte, csökkenti a szelekciós nyomás, hogy csökkentse a kórokozó képesség a baktériumok. A különböző minták adaptálása a gén különböző emberi populációkban azt jelzi, hogy a népesség egyedi különbségek az emberi bélben környezet miatt - akár a különbségek fogadó genetika vagy a diéta és egyéb életmódbeli jellemzői. Katalógusa Kulcsszavak katalógusa gyomorrák onkogén pozitív kiválasztás Helicobacter pylori
cagA Bevezetés
Helicobacter pylori
egy Gram-negatív baktérium, amely él az emberi gyomorban, mint része a normál gyomor microbiome [1], és általában jelen van a legtöbb felnőtt lakosság [ ,,,0],2]. A baktériumot együtt fejlődtek az emberi populációkban [3], és jól alkalmazkodik, és nagymértékben specifikus humán gazdának. Az őse a H. pylori katalógusa volt bél- és közben fejlődésének vándoroltak a gyomor, megkönnyítette az evolúció egy ureáz, hogy küzd a gyomor savas körülmények között [4, 5]. H. pylori
törzsek rendelkeznek CAG
patogenitási sziget (CAG
PAI), amely tartalmaz egy cagA
kódoló gén egy 128 kDa-os fehérje [6, 7]. CAG katalógusa Pai úgy tűnik, hogy belépett a H. pylori katalógusa genom laterális géntranszfer után a H. pylori
különböztetni a szülői fajok [2, 8]. Sok a gének a CAG katalógusa PAI részt vesznek transzlokációját a cagA fehérje epiteliális sejtek bélés a gyomrot. Azonban, a funkció a cagA fehérje önmagában ismert. Fertőzés cagA + katalógusa pylori katalógusa erősen összefügg a gyomorrák [9-11]; gyomorrák a második vezető halálok a rák világszerte [12]. Ezen túlmenően, cagA
+ H. pylori
társított krónikus gyomorhurut és a peptikus fekélyek [13].
A mechanizmusa patogenitását cagA +
H. pylori
a következőképpen . A baktérium tulajdonít a gyomor fal és a cagA fehérje injektáljuk egy hámsejt bakteriális IV típusú szekréciós rendszer, szintén által kódolt CAG
Pai lókusz [14]. Amint a sejt belsejében, cagA van foszforilált tirozin maradékok belül található EPIYA domének tagjai által az src kinázok, mint például a c-Src, Fyn, Yes [15], Lyn [16] és a c-Abl [17]. A cagA fehérje a membránhoz kötött, kölcsönhatásba lép számos egyéb celluláris proteinek, köztük a onkoprotein Src-homológ 2. domént tartalmazó tirozin foszfatáz (SHP-2 [18]), mikrotubulus affinitás-szabályozó kináz (mark2 [19]), a növekedési faktor receptorhoz kötött protein 2 (Grb-2 [20]), hepatocita növekedési faktor receptor (c-Met [21]), a C-terminális Src kináz (Csk [22]) és a p38 (CRK [23]). A tirozin foszforilált cagA toboroz, és aktiválja SHP-2, látszólag utánozza a keresetet a Gab1 [24]. Összhangban a mimikri hipotézis cagA katalógusa képes megmenteni Gab1 hiányos Drosophila katalógusa mutánsok [25], ami azért érdekes, mivel a cagA katalógusa nincs szekvencia hasonlóság Gab1, sőt nincs ismert homológ. A kölcsönhatás SHP-2 gátlását okozza annak tumor szuppresszáló aktivitása [18]. Hámsejtek, amelyek megbomlik elfogadja a hosszúkás kolibri fenotípus [26]. Ezen túlmenően, cagA aktiválja a transzkripciós faktor NF-kB vezető indukciós interleukin-8 (IL-8) és az azt követő gyulladás [27]. Az NF-kB keresztül megy végbe SHP-2.
Variációk az EPIYA doménjei cagA eredményezi változás a virulences különböző cagA +
H. pylori
törzsek [28]. A EPIYA motívumok találhatók a C-terminális felét a cagA fehérje és fajta A-D. A EPIYA motívumok a főbb helyszínek a tirozin foszforiláció a cagA fehérje. A keleti EPIYA-D motívum megtalálható ázsiai populációk társul erősebb kötődés SHP-2, míg a nyugati EPIYA-C motívum nem. A jelenléte a EPIYA-D motívum ázsiai cagA katalógusa szekvenciák lehetnek felelősek a magas H. pylori katalógusa összefüggő betegség ázsiai populációk [28].
A tanulmány szerint itt vizsgálja evolúciós dinamikája a cagA katalógusa gén különböző emberi populációkban, és azt mutatja, hogy a gén kijelzők különböző mennyiségű pozitív szelekció, ami befogadó népesség genetikai különbségek a válasz H. pylori fertőzés katalógusa, és jelzi a javára a gén H. pylori
. A régió a cagA katalógusa gén szelekciós nyomás alatt tartalmazza EPIYA területen. Ezek a megfigyelések egy látszólagos paradoxon, mivel a káros hatásai onkoproteint az emberi szervezetben; különböző forgatókönyvek tárgyalja, amelyek magyarázatul szolgálhatnak az adatokat. katalógusa Módszerek katalógusa Sorozatok és filogenetikai analízis
Teljesítsd cagA katalógusa szekvenciák különböző emberi populációk nyerték a génbanki adatbázisban (NCBI), és az 1. táblázatban felsorolt. Bár izolált fehér amerikai Tennessee, USA szekvencia egy afrikai eredetű [29], ezért azt jelöli afrikai (USA). Két cagA katalógusa gének perui genom jelöljük Peru1 és Peru2. Van egy további cagA
gén a venezuelai genomban, azonban ez valószínűleg egy pszeudogén, mert egy 119 aminosav deléció az N terminálison. Keresés a génbanki adatbázis és más Helicobacter katalógusa fajok nem mutattak jelentős homológ a cagA. DNS nyomvonalakat épültek először igazítsa a protein szekvenciák felhasználásával MAFFT programot [30], majd használja ezt a beállítás, mint a sablon a DNS-igazítás, a PAL2NL programot [31]. Bayes filogenetikai következtetés a cagA katalógusa DNS-szekvenciák segítségével végeztük el a program MrBayes [32], egy GTR modell- és gamma paraméter 0,84, kiválaszthatók a jModelTest programot [33]. A szimuláció fut 90000 generáció, a mintavétel 100 generáció. A burn-in 25% végeztek, és a konszenzus fán épült az utolsó 25% a mintában generations.Table 1 cagA katalógusa szekvenciákat a vizsgálat során alkalmazott katalógusa H. pylori törzs Matton Példányazonosító
Eredeti Matton 26695 katalógusa GenBank: NC000915 katalógusa UK katalógusa J99 katalógusa GenBank: NC000921 katalógusa Afrika (USA ) hotelben HPAG1 katalógusa GenBank: NC008086 katalógusa Svédország katalógusa Shi470 katalógusa génbank: NC010698; katalógusa YP001910308 (Peru1) katalógusa YP001910294 (Peru2) hotelben Peru katalógusa G27
GenBank: NC011333
Olaszország katalógusa P12 katalógusa GenBank: CP001217 katalógusa Németország katalógusa V225 katalógusa GenBank: CP001582 katalógusa Venezuela katalógusa VietnamHP-No36 katalógusa GenBank: FJ798973
Vietnam
MEL-HP27
GenBank: DQ306710 katalógusa Közép-Kína katalógusa F28 katalógusa GenBank: AB120418
Japán katalógusa 3K katalógusa GenBank: DQ985738 katalógusa India
15818 katalógusa GenBank: AF083352
Ausztria katalógusa 42g katalógusa GenBank: FJ389581
Hong Kong katalógusa részleges rRNS szekvenciák különböző Helicobacter katalógusa fajok nyerték génbanki; ezek H.fennelliae katalógusa (Génbank: AF348747), H.acinocychis katalógusa (Génbank: NR_025940), a H. pylori katalógusa (Génbank: DQ202383), H.nemestrinae katalógusa (Génbank: AF363064), H.heilmannii katalógusa (GenBank: AF506794), H.cetorum katalógusa (Génbank: FN565164), Helicobacter sp. "Katalógusa Solnick 9A1-T71 '(GenBank: AF292381), H.bizzozeronii katalógusa (Génbank: NR026372), H.salomonis katalógusa (Génbank: NR026065) és H.felis katalógusa (Génbank: NR025935) . A szekvenciák illesztését a MAFFT programot és filogenetikai segítségével határoztuk meg MrBayes és HKY modell kiválasztása a jModelTest programot. A szimuláció futtatása 10000 generáció, a mintavétel 100 generáció. A burn-in 25% végeztek, és a konszenzus fán épült az utolsó 25% a mintában generációk.
Pozitív szelekciós analízissel katalógusa A cagA katalógusa gén szekvenciákat elemezték jelenlétére pozitív szelekció likelihood ratio vizsgálat, összehasonlítva beágyazott modellek, null és alternatív, a PAML programot [34]. Három tesztet hajtottunk végre; az ágak vizsgálat [35, 36], helyszínek vizsgálat [37] és ágak-helyek vizsgálat [38]. Egy gyökértelen fa nélkül ághosszak használunk az elemzéshez, az által generált filogenetikai analízis, a kodon-gyakorisági táblázatban opciót került felhasználásra minden elemzésekre. Likelihood-arány vizsgálatot végeztek, hogy meghatározzák a signficance a 2Δl, a különbség a log tanújel a két modell (ahol l log valószínűség), egy χ 2 eloszlású 12 szabadsági fokkal az ágak modell, a χ 2 forgalmazása és 2 szabadsági fokkal a helyszínek modell és a χ 2 eloszlású 1 szabadsági foka az ágak-helyek modell. A null használt modell az ágak teszt egy arány modell, ahol Ka /Ks (ω) azonos volt minden ága, míg az alternatív modell a szabad arány modell, ahol ω hagytuk változhat. A null modell a helyszínek teszt modell 1a (semleges; modell = 0, NSsites = 1, fix_omega = 0), és az alternatív modell modell 2a (kiválasztás; modell = 0, NSsites = 2, fix_omega = 0). A null modell az ágak-oldalok teszt szerint módosított Yang és mtsai. [39] (semleges; modell = 2, NSsites = 2, fix_omega = 1, omega = 1). Az alternatív modell modell A (kiválasztás; modell = 2, NSsites = 2, fix_omega = 0). Katalógusa Eredmények és katalógusa pozitív szelekció cagA
topológia a filogenetikai fa a teljes H. pylori
cagA
szekvenciák átveszi a kapcsolatok különböző emberi populációk világszerte (1. ábra), és összhangban van a nagyobb léptékű vizsgálatok segítségével láncolt szekvenciák, amelyek azt mutatják, hogy a H. pylori katalógusa már együtt vándorolt ​​emberek után kilépés Afrikában [3]. A reprodukció az evolúciós történelem az emberi populációk topológia a cagA katalógusa fa azért az eredmény szoros szövetség a H. pylori katalógusa annak host [3, 40, 41]. A cagA katalógusa kapott szekvencia egy indiai egyedi belül található kládot által alkotott Európai szekvenciák, összhangban eredmények azt mutatják, hogy az indiai cagA katalógusa szekvenciák interkalálódni európai sorozatok [42], és a legtöbb pylori katalógusa Indiából kapcsolódnak az európai törzsekkel [43]. A fa azt is jelzi, hogy a perui cagA katalógusa szekvencia átesett egy újabb gén párhuzamos; ez látható az operon szerkezet (2. ábra). Erős pozitív szelekció Peru2 azt jelzi, hogy neofunctionalization a gén fordul elő. Feltételezhető, hogy a gén párhuzamos eredményeket gén-dózis hatás; hogyan hat ez az patogenitású törzs tisztázott. Jelenléte pseudogenized cagA katalógusa gén H. pylori katalógusa genom izolált egy venezuelai indián (lásd Módszerek) érdekes; az oka a különbség között a sors a duplikált cagA katalógusa gének a két rokon törzsek is tisztázatlan. A ághosszak a filogenetikai fán mutat hasonlóságot egymással, kivéve a vietnami törzse; ez az ág mutat jelentős gyorsított evolúció. 1. ábra Pozitív szelekció cagA különböző H. pylori törzsek. A filogenetikai konszenzus fa épült leírtak a Methods segítségével teljes cagA
gén szekvenciákat. Szám alatt és felett ágak jelzik az értékek Ka /Ks számítani az egyes sejtvonal felhasználásával PAML ágak vizsgálat, míg a számok után perjeleket vannak hátsó valószínűségek a megfelelő csomópontok. A skála utal átlagos helyettesítések számát egy oldalon.
2. ábra diagramja CAG Pai a perui törzs. Az ábra szerint a helyzet a duplikált cagA katalógusa gén.
2Δl számítottuk 73,6 az ágak teszt, ami statisztikailag szignifikáns. KA /Ks értéke nagyobb, mint 1 volt megfigyelhető 5 ág (1. ábra); azokra, amelyek a Venezuela (1,56), Peru1 (1,04) és Peru2 (3.10) szekvencia, a közös őse indián szekvenciák (1,03), és a vonal vezet a közös őse az ázsiai sorozatok (1,29). Ezek az ágak alá pozitív szelekció, míg az indiánok közös őse semleges hosszában a gén.
2Δl számították 161 között a null és az alternatív modelleket, a helyszínek teszt, ami statisztikailag szignifikáns. Becslések paraméterek a következők voltak: p 0 = 0,51, p 1 = 0,49, ω 0 = 0,03, ω 1 = 1 (semleges modell), p 0 = 0,47 , p 1 = 0,38, p 3 = 0,14, ω 0 = 0,03, ω 1 = 1, ω 2 = 3,74 (szelekciós modell). Meghatározott területek alatt lévőnek pozitív szelekció, és a statisztikai szignifikancia szerinti Bayes empirikus Bayes teszt [39], a következők voltak: 101, 206, 306, 378, 532, 542, 548, 604, 651, 774, 793, 815, 831, 834, 869, 876, 886, 892, 901, 998, 1004. a számozás alapult Peru1 sorrend.
Egy ág-helyek tesztet hajtottunk végre minden ága a fa. Azok vonalak talált megjelenítéséhez pozitív szelekció a 2. táblázatban Ezek közé tartozott a vonalak által előzőleg azonosított ágak teszt, és ezen felül az afrikai, olasz, svéd és vietnami vonalak. Az eredmények mutatják a pozitív szelekció cagA
izolált különböző populációkban összhangban vannak a McDonalds-Kreitman teszt azt mutatja, hogy a részleges cagA katalógusa szekvenciákat izoláltak a mexikói populáció alatt pozitív szelekció [44]. Párhuzamos evolúció maradékok vagy különböző régióiban a cagA fehérje nem tartják be, bár maradványok a 900 aminosav régió szerint erősebb diverzifikálása kiválasztása, amikor a venezuelai és Peru2 gének vizsgálatát a tolóablak elemzés (3. ábra). Ez egy érdekes eredményt ebben a régióban a cagA katalógusa gén kódolja EPIYA ismétli, amelyek szerepet moduláló rákkeltő a cagA katalógusa gént. Így úgy tűnik, hogy a hatás az diverzifikálása szelekció közvetlen szerepe moduláló carcinogenesis.Table 2 Statisztika az ágak-helyek pozitív szelekció elemzése katalógusa Lineage fa katalógusa
2⊗ l Matton maradékai várhatóan alatt katalógusa pozitív szelekció (p < 0,05) Matton Venezuela katalógusa 48.82 katalógusa 794, 834, 837 katalógusa Vietnam
288,56
202, 274, 275, 277, 278, 279, 281, 282, 283, 287, 461, 834, 895, 896, 899, 900, 901, 903, 905, 908, 910, 911 , 912, 913, 914, 915, 916, 917, 918, 919, 920, 921, 922 katalógusa Svédország katalógusa 25,6 katalógusa 1008 katalógusa Peru1
66,2 katalógusa 665, 799, 803
Peru2
3,24 katalógusa 186, 198, 667, 808 katalógusa ősi törzse indián törzsek katalógusa 30 katalógusa 650 katalógusa ősi törzse ázsiai törzsek
21,8 katalógusa -
Afrika (USA) hotelben 11.42 -
Olaszország katalógusa 9.52 -
vonalak jósolt a pozitív szelekció azonosítottunk az ágak-helyek teszt. Maradékokat azonosították a Bayes empirikus Bayes statisztika [43], csak azokat, amelyek statisztikailag szignifikáns volt látható. A számozás alapját minden egyes szekvencia.
3. ábra Csúszó ablak elemzése két cagA géneket. Gének a venezuelai és a perui törzs (Peru2) elemezték. Tolóablak elemzés páronként cagA katalógusa igazítás végeztek a DNASP5.0 programot [82], a Nei és Gojobori [83] számítási módszerét Ka /Ks. Az összehangolás épült leírt módszerek. A csúszó ablak a 100 nukleotid, és egy lépéssel 10 használtunk. Hiányosságok figyelmen kívül hagyták.
Population egyedi különbségek pozitív szelekciós
pozitív szelekció on cagA
valószínűleg miatt elkerülésére az adaptív immunválasz, IgG-t, vagy hogy fokozza kötődését sejtreceptorokhoz, amelyek ellentétesen társ- fejlődik. Van egy erős immunválasz ellen, a cagA fehérje (cagA van immundomináns); ez oda vezetett, hogy "fegyverkezési verseny" a gazda és a baktériumokat, és ezáltal az aláírás pozitív szelekció. Ez gyakran előfordul a extracelluláris fehérjék a kórokozók, akár található a sejtek felszínén vagy szekretálódik. Van egy precedens a baktériumokban, a porB
porin gén a Neisseria gonorrhoeae
és meningitidis
[45], és a különböző extracelluláris fehérjék Escherichia coli-ból katalógusa [46]. Kiválasztódik slr fehérjék pylori
is mutatják aláírások pozitív szelekció [47]. Ez a forgatókönyv azt jelentené, hogy a régiók cagA
a pozitív szelekció immunogén.
Pylori cagA katalógusa egy sor lakosság világszerte bizonyítékot pozitív szelekció (a fiókok-helyek teszt); ezek közé tartoznak a szekvenciák Venezuela, Vietnam, Svédország, Peru, Afrikában és Olaszországban. Azonban, ahogy az emberek és a H. pylori katalógusa törzsek együtt fejlődött, cagA katalógusa gének egyes törzsek mentek erősebb pozitív szelekció, különösen a törzsek felmenői az emberi csoportok legutóbb vándoroltak, az ázsiaiak és a indián [48, 49]. Az ok a különbségek ereje a kiválasztás a cagA katalógusa gének feltehetően abban rejlik genetikai különbségek a fogadó szinten, de az is lehetséges közvetíti különböző válaszokat indukált cagA fehérje eredő funkcionális különbségek a különböző cagA fehérje. A populáción belüli genetikai távolságok kisebbek az emberi csoportok vándoroltak ki keletre Afrikából [50]. Host-specifikus különbségek lehetnek eltérések az immunválaszban, vagy különbségek tevékenységének celluláris cagA-kötő fehérjék. Kodonhasználat analízis (3. táblázat) azt mutatja, hogy kodon adaptációs index hasonló a különböző cagA
géneket, ami arra utal, hogy nincs erős különbségek transzlációs kiválasztás közötti cagA
gének különböző H. pylori
törzsek, amelyek jelezheti nincs jelentős funkcionális különbség a gének vagy egyszerűen hiányát tükrözik transzlációs kiválasztás nagymértékben expresszált gének genomot [51]. Ez az adat segít, hogy tájékoztassa a tolóablak elemzés; transzlációs kiválasztás kimutatták, hogy eredményez hamis jelzések a pozitív szelekció [52]: ez nem valószínű, hogy a jelen esetben, mert hiányzik a transzlációs kiválasztás a következő genes.Table 3 kodonhasználat elemzést a cagA katalógusa gének
Gene Matton H. pylori törzs Matton CAI Matton UK katalógusa 26695 katalógusa 0,699 katalógusa Afrika (USA)
J99
0.697
Sweden
HPAG1
0.695
Peru1
Shi470
0.712
Peru2
Shi470
0.698
Italy
G27
0.693
Germany
P12
0.690
Venezuela
V225
0.702
Vietnam
VietnamHP-No36
0.695
Central China
MEL-HP27
0.700
Japan
F28
0.700
India
3K
0.691
Austria
15818
0.686
Hong Kong
42g
0,701
kodon adaptációs index (CAI) a következők szerint számítottuk. A kodonhasználat táblázatot a teljes H. pylori
genomjának törzs HPAG-1, amely áll 1544 ORF, kapunk a kodon-használat Database: http: //www. Kazusa. Or. JP /kodon . Ezt kiszámításához használt CAI minden egyes ORF.
Polimorfizmus az IL-1 géncsoport módosítani gyomorrák kockázatát [53]. Az indukció IL-8 szekréciójának CAG
PAI jelentős inger az immunválasz [49]. Így különbségek fogadó interleukin genotípusok különbséget okozhat a kimenetele a betegség progressziójának és a különbségek a szelekciós nyomás a cagA katalógusa gének különböző populációkban. Indián ment lakosság szűk átállás során őseik Ázsiából [48]. Fenotípusos bizonyíték erre az egyetemesség az O vércsoport között indián [54], ez vezethetett a homogenitás immunválaszt. Ez hatással lehet a törzsek képesek kötődni nem O emberi vér antigének; legtöbb H. pylori
törzsek képesek kötődni az A, B és O antigének keresztül Baba adhezin, míg indián törzsek Dél-Amerikából kötődnek a legjobb, hogy O antigének [55]. Érdekes megjegyezni, hogy a kelet-ázsiai lakosság is viszonylag genetikailag homogén [49]. Katalógusa Mind kommenzalista és patogén baktériumok rendelkeznek mechanizmusok elkerülésére a gazdaszervezet immunrendszere. Számos mechanizmus kimutatták, hogy részt vesz elkerülésére az immunrendszer által H. pylori katalógusa. Azonban cagA katalógusa + törzsek kiváltani megerősített immunválaszt, és fokozott gyulladás [56-58]. A gyulladás lehet egy olyan mechanizmus, így a tápanyagok [59], azonban ha cagA katalógusa fejlődik, hogy elkerüljék az immunrendszert, miközben egyidejűleg stimuláló, akkor ez ellentmondásosnak tűnik. Katalógusa megoszlása ​​gyomorrák világszerte és kapcsolata erőssége pozitív szelekció cagA
is óriási eltérések mutatkoznak az előfordulási gyomorrák világszerte, alkatrészek Kelet-Ázsia és Latin-Amerika bemutató nagy eseményekre, míg más részei a világon, mint Afrika és Európa egyes részein mutató alacsony előfordulása (4. táblázat). Az előfordulási aránya nem korrelál fertőzések aránya H. pylori katalógusa. Például vannak olyan magas a H. pylori katalógusa kapcsolódó patogenitási Japánban, Koreában és Kína egyes részein, de alacsony Thaiföldön és Indonéziában annak ellenére, hogy a magas fertőzési ráta; ez a "ázsiai paradoxon" [60]. Ehelyett előfordulási úgy tűnik, hogy kapcsolódik a frekvencia és genotípusa cagA katalógusa [61], míg más tényezők is valószínűleg szerepet játszik, mint a magasság, az étrend és a fogadó genotípus. Emellett az újabb munka azt mutatja, hogy a közelmúlt migráció és a népesség mozgását eredményezte a bevezetése "nem bennszülött" H. pylori katalógusa törzsek különböző cagA katalógusa allél a megállapított emberi populációkban [42, 62], ez ad hozzáadott szintje complexity.Table 4 Halálozási adatok a gyomorrák populációkra tanulmányunkban katalógusa Region Matton incidenciája gyomorrák (egy 100000) hotelben
incidenciája nyelőcsőrák (egy 100000) Matton Peru katalógusa 21,2 katalógusa 1.1 katalógusa Venezuela katalógusa 10,4 katalógusa 1.5 katalógusa Japán katalógusa 31,1 katalógusa 5.7
Közép-Kínában katalógusa 29,9 katalógusa 16,7 katalógusa Hong Kong
29.5
12.7
Vietnam
18.9
1.9
Austria
7
2.6
Germany
7.7
3.8
India
3.8
5.3
Italy
10.9
1.9
Sweden
4.3
2.2
U.K.
5.6
6.6
Africa
4
5
Az adatok származnak GLOBOCON projekt Nemzetközi Ügynökség Rákkutató Egészségügyi Világszervezet és Egészségvédelmi Központ, az Egészségügyi Minisztérium, kormányának a Hongkong Különleges Közigazgatási Terület (Hong Kong).
Tekintettel arra, hogy indián, és az ősi ázsiai cagA katalógusa szekvenciák mutatják erősebb jeleit pozitív szelekció, és hogy az ázsiai és latin-amerikai populációk nagyhozzáadott gyakoribb a gyomorrák, ez arra enged következtetni közötti kapcsolat erőssége pozitív szelekció a cagA katalógusa gén és a onkogenitási a a gént. Az eredmények a csúszó ablak elemzés, ahol a cagA régiót tartalmazó EPIYA doméneket alatt pozitív szelekció, összhangban vannak ezt a hipotézist. További munkára van szükség. Ha ellenőrizte, ebben a formában a szekvencia analízis segítségével megállapítható a veszélyeztetett populációk.
Evolúciós előnye cagA a H. pylori

aláírása pozitív szelekciós megfigyelhető a cagA katalógusa gén azt jelzi, hogy a cagA fehérje megy keresztül adaptív evolúció egyes törzsek, és előnyös a baktériumok. Különbségek az alkalmazkodás jelenti gazdaspecifikusnak különbségeket. Az előny, hogy a baktérium közvetíti a szerepe cagA katalógusa belül patogenitási sziget; sajátos szerepét cagA katalógusa, és hogy a PAI, továbbra is meg kell határozni. Általánosságban, Pais szerepe van túlélésének elősegítésére bakteriális kórokozók [63]. A pozitív szelekciós megfigyelhető a cagA
onkogén szokatlan, mivel ez az első eset megfigyelt pozitív szelekció egy onkogént egy vertikálisan terjedő kórokozó. Pozitív szelekció egyik jellemzője antagonisztikus Koevolúció, ami azt jelenti, káros hatással van a fogadó, hanem mutualista Koevolúció, ami azt jelenti, előnyöket. Pozitív szelekciós volt megfigyelhető az Epstein-Barr-vírus - kódolt onkogén LMP1 [64], valamint a humán papillomavírus típusú 16 onkogén [65, 66], azonban ezek vízszintesen terjedő kórokozók, ahol az egyensúlyt között várható virulencia és fertőző [67]. Ez arra utalhat, hogy a H. pylori katalógusa már vízszintesen továbbított nagyobb mértékben, mint a korábban elismert. Katalógusa virulencia következtében fokozott reprodukció kórokozó. A korai modellek azt javasolta, hogy a parazita hajlamosak lennének fejlődni csökkent virulencia, tekintettel arra, hogy a mortalitás a gép egy hátránya. Ennek a nézetnek a kritika érte, támaszkodva csoport kiválasztása [68]. Azonban függőlegesen örökölt kórokozók várhatóan kevésbé patogén idővel; ha a kórokozó függ a fogadó az átviteli és az átviteli rendkívül hatékony, akkor ez nem az az érdeke, hogy a kórokozó, hogy jelentősen csökkenti a fitness a host [69]. H. pylori katalógusa megjeleníti két jellemző, amellett, hogy a pozitív szelekció megfigyelt cagA katalógusa, amely úgy tűnik, hogy ennek ellentmond paradigma. Először is, a megszerzése a CAG katalógusa Pai során speciációjának kapcsolt nem kórokozó bél helicobacters (4a ábra) azt jelzi, hogy a H. pylori katalógusa átesett a kezdeti növekedés patogenitásában. Másodszor, az evolúció a több patogén EPIYA-D motívumok cagA katalógusa gén bizonyos ázsiai törzsek (4b ábra) azt jelzi, hogy néhány cagA + katalógusa pylori katalógusa átesett egy újabb további emelkedését patogenitásában . Bizonyos mértékig ez az ellentmondás azzal magyarázható, a javaslat, hogy valójában egy host - jótékony összetevő cagA, vagy hogy nem gyakorolt ​​kellő káros hatást a befogadó. Egy kérdés, amely előírja, üzenetrögzítő van, hogy e törzsek, amelyek alatt a nagyobb fokú pozitív szelekció egyre kórokozó. 4. ábra A genetikai tényezők, amelyek miatt növekedését virulenciájának Helicobacter pylori. a) kis alegység rRNS filogenetikai konszenzus fán baktériumfaj az emberi emésztőrendszer kapcsolatos pylori katalógusa, amely bemutatja a nemrég megvásárolta a cagA katalógusa; b) a EPIYA domének, amelyek jelen vannak a cagA katalógusa gént és az evolúció a EPIYA-D tartományok az ázsiai vonalak. Fa (a) épült leírt módszerek, számok jelzik hátsó valószínűségek, fa (b) az 1. ábra szerinti katalógusa Ezen túlmenően a potenciális jótékony hatásai cagA
a lakosság szintjén keresztül megszüntetése az idősek már javasolta [13] (ez a magyarázat támaszkodik az elmélet inkluzív fitness [70]). Ez lényegében nézetek cagA
mint egy olyan gént, amely növeli intrinsic mortalitás régi egyének, azonban nem világos, hogy intrinsic mortalitást egy alcsoport a lakosság valaha is kiválasztva. Míg pylori katalógusa nagyrészt tekinthető kórokozó, egyre több bizonyíték van a pozitív előnyöket az emberi egészségre. Például H. pylori
jótékony szerepet megelőzésében nyelőcsőrák, azáltal, hogy csökkenti a savas reflux [71, 72], azonban a múltban ez volt valószínű, hogy a nyújtott sok evolúciós előny, hogy az emberi populáció tekintettel arra, hogy több mint 90 % a betegek több mint 55 [73], míg mielőtt a 20 században az átlagos várható élettartam az emberi populációk kisebb volt, mint 40. a legerősebb inverz korrelációt nyelőcsőrák előfordulása és fertőzés H. pylori katalógusa van Kelet-Ázsiában, tulajdonítható, hogy a rendkívül interaktív (keleti) formájában cagA katalógusa, ami pán és corpus- uralkodó gyomorhurut és csökkenti a savtermelést. [13] Van is egy fordított összefüggést a H. pylori katalógusa és az asztma és az allergia [74-76], elhízás [77] és a csecsemő hasmenés [78]. Asztma és az elhízás a modern betegségek, így nem valószínű, hogy szerepet játszott az evolúciós dinamikája a baktériumokat. Katalógusa fekélyek modern betegség [79], míg a gyomorrák lett felvéve ősidők óta. Azonban ez a legelterjedtebb 55 évesek és annál nagyobb, ez azt jelzi, hogy a történelmileg nem valószínű, hogy fejtett erős szelekciós nyomást, tekintettel arra, hogy mielőtt a 20 században az átlagos várható élettartam jóval alacsonyabb volt. Ezek a megfontolások arra engednek következtetni, hogy a cagA katalógusa gént vagy nem eléggé káros az emberi gazda, hogy a cagA fehérje jótékony összetevője a gazda, vagy, hogy a horizontális átvitel óta fontos jellemzője a H. pylori katalógusa a közelmúltban. Egyre több bizonyíték van, hogy a fejlődő országokban, horizontális átvitel, a H. pylori katalógusa miatt előfordul, hogy rossz higiéniai körülmények között [80, 81].

• Gyomor- Lipoma bemutatása, mint egy óriás domború tömeg egy oligosymptomatic beteg: egy esetismertetés
• Csatlakozó cső okozó vékonybél elzáródás és a vastagbél erózió ritka szövődménye után laparoszkópos gyomor sávozás: a esetismertetés