Pozitivna selekcija na bakterijske onkoproteina povezan s želučane cancer

pozitivna selekcija na bakterijske onkoproteina povezana s rakom želuca pregled pozadine pregled Helicobacter pylori pregled je vertikalno naslijedio gut istim stolom koji je kancerogen ako se ima CAG
patogenost otok (CAG pregled PAI); infekcija s H. pylori Netlogu je glavni faktor rizika za rak želuca, drugi vodeći uzrok smrti od raka u svijetu (WHO). CAG pregled Pai lokus kodira CagA pregled gena, čiji proteinski proizvod koji se ubrizgava u epitelnim stanicama želuca kroz sustav izlučivanja tip IV, također kodirana pomoću CAG
Pai. Tamo je CAGA protein veže se na različitim staničnim proteinima, što rezultira poremećajem regulacije stanične diobe i karcinogeneze. Iz tog razloga, CAGA može opisati kao onkoproteina. Jasno razumijevanje mehanizma djelovanja CagA i njegovu korist bakterija nedostaje. | Rezultati
Ovdje ćemo otkriti da je CagA pregled gena pokazuje jaki potpisi pozitivne selekcije u bakterije izolirane iz indijanskog stanovništva, uz odnos Ka /KS. Slabiji potpisi su također otkrivena u genu od bakterija izoliranih iz azijskih populacija, uz odnos Ka /Ks i više osjetljive grane stranicama model PAML paket. Kada je CAGA pregled gen izolira se iz indijanskog populacija ispituje detaljnije je nađeno, da je područje ispod pozitivne selekcije sadrži EPIYA domena, koje se zna da moduliraju kancerogenost gena. To znači da je karcinogenost modulaciju regija gena prolazi prilagodbe. Rezultati se razmatraju u odnosu na visoke učestalosti raka želuca u nekim latinoameričkim i azijskih populacija. Pregled Zaključak
pozitivna selekcija na CagA pokazuje antagonistički coevolution između domaćina i bakterije, koje se pojavljuje paradoksalno s obzirom da CagA štetno je za ljudskog domaćina na kojima se bakterije ovisi. To sugerira nekoliko ne-ekskluzivne mogućnosti; da je rak želuca nije bio glavni selekcijski pritisak na ljudsku populaciju, koja CagA ima određenu korist za ljudskog domaćina, ili da je horizontalno prenošenje H. pylori Netlogu između domaćina je bio važniji u evoluciji H. pylori
od prethodno priznati, smanjujući selektivni pritisak na niže patogenost bakterija. Različiti obrasci prilagodbe gena u različitim ljudskim populacijama pokazuje da postoji populacija određene razlike u ljudskim crijevima okoliš -. Bilo zbog razlika u genetici domaćina ili prehrani i drugih načina života značajke pregled Ključne riječi pregled, karcinom želuca onkogena pozitivno izbor Helicobacter pylori pregled CagA Uvod pregled, Helicobacter pylori pregled je gram negativna bakterija koja živi u ljudskom želucu kao dio normalnog želučane microbiome [1], a općenito je prisutan u većini odrasle populacije [ ,,,0],2]. Bakterija je co-evoluirala s ljudskim populacijama [3] i dobro je prilagođen i uglavnom specifične za ljudskog domaćina. Predak H. pylori Netlogu bio crijevne i tijekom evolucije premješten na želucu, olakšano evolucije ureaze koja bori se protiv kisele uvjete želuca [4, 5]. H. pylori pregled sojevi mogu imati CAG
patogenosti otok (CAG pregled PAI) koji sadrži CagA pregled gena koji kodira 128 kDa protein [6, 7]. CAG pregled Pai čini se da je ušao u H. pylori pregled genom bočnim transfer gena, nakon što je H. pylori
razlikuju od roditeljskih vrsta [2, 8]. Mnogim genima CAG pregled PAI uključeni u translokacije CAGA proteina u stanicama epitela sluznice želuca. Međutim, funkcija samog CAGA proteina nepoznata. Infekcija s CagA + pregled H. pylori pregled jako povezana sa želučanom karcinomu [9-11]; karcinom želuca je drugi vodeći uzrok smrti od raka u svijetu [12]. Osim toga, CagA pregled + H. pylori pregled povezana s kroničnim gastritisom i čirom na želucu [13].
Mehanizam patogenosti CagA + pregled H. pylori pregled je sljedeći , Bakterije se montira na zid želuca i CagA proteina se ubrizgava u epitelnih stanica pomoću sustava za izlučivanje bakterija tipa IV, također kodirana pomoću CAG
Pai lokusa [14]. Jednom unutar ćelije, CagA fosforilacije tirozinskih ostataka koji se nalaze u EPIYA domene tako da se članovi src kinaza kao što su c-src, Fyn, Da [15], Lyn [16] i c-Abl [17]. CAGA protein membrane povezani i u interakciji je s brojnim dodatnim staničnih proteina, uključujući onkoprotein Src homologije 2 domene sadrži tirozin fosfataze (SHP-2 [18]) mikrotubula afinitet za regulaciju kinaza (MARK2 [19]), faktor rasta receptor-vezanog protein 2 (Grb-2 [20]), faktor rasta hepatocita (c-Met [21]), C-terminalni Src kinaza (Csk [22]) i p38 (Crk [23]). Tirozin fosforiliran CagA regruta i aktivira SHP-2, očito oponašajući akciju Gab1 [24]. U skladu s mimika hipoteze, CagA pregled može spasiti Gab1 manjkav Drosophila pregled mutanata [25], što je zanimljivo s obzirom da CagA pregled nema sličnosti sekvenci s Gab1, dapače, nema poznatih homologa. Interakcija s SHP-2 uzrokuje inhibiciju njegove tumor za smanjivanje aktivnosti [18]. Epitelne stanice koje su nereguliranog usvojiti izduženi ptice fenotip [26]. Osim toga, CAGA aktivira transkripcijski faktor NF-kB dovodi do indukcije interleukina 8 (IL-8), i zatim upale [27]. Aktivacija NF-kB odvija putem SHP-2.
Varijacija u EPIYA domena CagA rezultira varijacije u virulences različitih CagA +
H. pylori pregled sojeva [28]. A EPIYA motivi su smješteni u C-terminalnoj polovici proteina CAGA i tipova A-D. U EPIYA motivi su glavna nalazišta fosforilacije tirozina unutar CagA proteina. Istočna EPIYA-D motiv, pronašao u azijskim populacijama, povezana je s jače vezivanje za SHP-2, dok je zapadni EPIYA-C motiv nije. Prisutnost EPIYA-D motiva u azijskim CagA
sekvenci može biti odgovoran za visoke stope H. pylori pregled povezanih bolesti kod azijskih populacija [28].
Studija izvijestio ovdje istražuje evolucijske dinamike u CagA pregled gena iz različitih ljudskih populacija, i pokazuje da gen prikazuje različite količine pozitivne selekcije, što znači domaćin populacijske genetičke razlike u odgovoru na H. pylori pregled infekcije, a što ukazuje na korist od gena do H. pylori
. Području CagA pregled gena pod selekcijom sadrži EPIYA domene. Ova zapažanja su očito paradoksalno, s obzirom na štetni učinci onkoproteina na ljudskog domaćina; razni scenariji su raspravljali koji bi mogli objasniti podatke.
Metode pregled Nizovi i filogenetski analiza
potpunu CagA pregled sekvence iz različitih ljudskih populacija dobivene su iz Genbank banci podataka (NCBI), a navedene su u tablici 1. Iako izoliran od bijele Amerike iz Tennessee, SAD slijed ima afričkog podrijetla [29], pa se obilježeni afrički (USA). Bile su dvije CagA
gena u peruanskim genoma, označen Peru1 i Peru2. Postoji dodatni CAGA pregled gena u genomu venecuelanski, no to je vjerojatno da će biti pseudogen zbog brisanja 119 amino kiselina na N kraju. U potrazi za Genbank banci podataka i drugih Helicobacter
vrste nije otkrila značajnu homologa CagA. DNA poravnanja su konstruirani tako da se najprije poravnate proteinske sekvence, koristeći MAFFT programa [30], a zatim koristite ovu poravnanje kao predložak za poravnanje DNA, koristeći PAL2NL programa [31]. Bayesian filogenetski izvodu CAGA pregled sljedova DNA provedeno je pomoću programa MrBayes [32] pomoću supstitucije modela GTR i gama parametar 0,84, izabrani korištenjem jModelTest program [33]. Simulacija je vođena 90000 generacije, na svakih 100 generacija. Burn-in od 25% je provedeno i konsenzus stablo je izgrađena od posljednje 25% uzorkovanih generations.Table 1 CagA pregled sekvencama koje se koriste u istraživanju pregled H. pylori soj
pristupni broj

Origin
26695 pregled GenBank: NC000915 pregled UK pregled J99 pregled GenBank: NC000921 pregled Afrika (USA ) pregled HPAG1 pregled GenBank: NC008086 pregled Švedskoj pregled Shi470
Genbank: NC010698; pregled YP001910308 (Peru1), pregled YP001910294 (Peru2)
Peruu pregled G27
GenBank: NC011333
Italije pregled P12
GenBank: CP001217 pregled njemačke pregled V225
GenBank: CP001582 pregled Venezueli pregled VietnamHP-No36
GenBank: FJ798973
Vijetnam
MEL-HP27
GenBank: DQ306710 pregled središnjoj Kini pregled F28 pregled GenBank: AB120418
Japan pregled 3K pregled GenBank: DQ985738 pregled Indiji
15.818 pregled GenBank: AF083352
Austrija pregled 42g pregled GenBank: FJ389581
Hong Kong pregled djelomični rRNA sekvenci za razne Helicobacter pregled vrsta dobiveni su iz Genbank; to su H.fennelliae pregled (GenBank: AF348747), H.acinocychis pregled (GenBank: NR_025940), H. pylori pregled (GenBank: DQ202383), H.nemestrinae pregled (GenBank: AF363064), H.heilmannii pregled (GenBank: AF506794), H.cetorum pregled (GenBank: FN565164), Helicobacter sp. 'Pregled solnick 9A1-T71 "(GenBank: AF292381), H.bizzozeronii pregled (GenBank: NR026372), H.salomonis pregled (GenBank: NR026065) i H.felis pregled (GenBank: NR025935) , Sekvence su poravnate pomoću MAFFT programa i filogenetske određena MrBayes i HKY model odabran pomoću jModelTest programa. Simulacija je vođena 10000 generacije, na svakih 100 generacija. Burn-in od 25% je provedeno i konsenzus stablo je izgrađena od posljednje 25% uzorkovanih generacija.
Pozitivna analiza odabira
CagA pregled genske sekvence su analizirane na prisutnost pozitivne selekcije strane ispitivanje omjer vjerojatnosti, uspoređujući ugnjezđenih modele, null i alternativne, koristeći PAML programa [34]. Tri ispitivanja provedena su; Grane test [35, 36], mjesta test [37], a grane-stranicama test [38]. Neukorijenjene stablo bez područnih duljina se koristi za analizu, generira filogenetskom analize, a opcija stol kodon frekvencija je korištena u svim analizama. Omjer vjerojatnosti Ispitivanje je provedeno kako bi se utvrdilo bi značaj za 2Δl, razlika između log vjerojatnosti dvaju modela (gdje je L log vjerojatnost), pomoću χ 2 distribuciju s 12 stupnjeva slobode za model grane, A χ 2 distribucija i 2 stupnjeva slobode za web stranice model i χ 2 distribuciji s 1 stupanj slobode za grane terenima modela. Nul model koji se koristi za ispitivanje grane bio je jedan odnos modela gdje je Ka /Ks (ω) je isti za sve grane, dok se alternativni model bio slobodni omjer model u kojem ω je ostavljena da se razlikuju. Nul model za ispitivanje mjesta bio je model 1a (neutralno; Model = 0, NSsites = 1, fix_omega = 0), a alternativni model bio je model 2a (izbor; Model = 0, NSsites = 2, fix_omega = 0). Nul model za ispitivanje grane terenima je izmijenjen u skladu s Yang i sur. [39] (neutralno; Model = 2, NSsites = 2, fix_omega = 1, omega = 1). Alternativa je model bio model A (izbor; Model = 2, NSsites = 2, fix_omega = 0). Pregled Rezultati i rasprava pregled pozitivna selekcija na CagA
topologija filogenetskom stabla kompletnog H. pylori pregled CagA pregled sekvence reproducira odnose između različitih ljudskih populacija širom svijeta (slika 1), te je u skladu s većim studijama razmjera pomoću spojene sekvence koje pokazuju da H. pylori pregled je ko-migrirao s ljudima nakon njihova izlaz iz Afrike [3]. Reprodukcija evolucijskoj povijesti ljudske populacije u topologija CagA pregled stabla stoga je rezultat uske udruge H. pylori pregled sa svojim domaćinom [3, 40, 41]. U CagA pregled slijed dobiven iz jednog indijskog pojedinca se nalazi u sklopu clade formira europskih sekvencama, u skladu s rezultatima koji pokazuju da indijski CagA pregled sekvence umetnuti s europskim sekvence [42] te da je većina H. pylori Netlogu iz Indije odnose se na europskim sojevima [43]. Stablo je također ukazuje na to da je peruanska CagA pregled slijed je doživjela nedavni dupliciranje gena; To se vidi u strukturi operon (slika 2). Jaka pozitivna selekcija na Peru2 pokazuje da neofunctionalization gena događa. Vjerojatno, gen umnožavanje rezultira učincima doza gena; kako to utječe na patogenost soja u nejasno. Prisutnost pseudogenized CAGA
gena u H. pylori pregled genoma izoliran iz venecuelanski indijanskog (vidi Metode) je zanimljiva razlog razlikama između sudbinama dvostruki CagA pregled gena u dvije srodne sojevima Također je nejasno. Granski duljine u filogenetskom stabla pokazuju sličnosti jedni s drugima, s izuzetkom vijetnamski loze; ova grana pokazuje značajnu ubrzani razvoj. Slika 1 Pozitivna selekcija na CagA iz različitih sojeva H. pylori. Filogenetskog konsenzus stablo je izgrađen kao što je opisano u Metodama koje koriste potpune CagA sekvence pregled gena. Brojevi iznad i ispod grane ukazuju na vrijednosti Ka /Ks izračunate za svakog roda pomoću PAML grane testa, dok su brojevi nakon kose crte su stražnji vjerojatnosti pojedinih čvorova. Ljestvica odnosi se na prosječan broj supstitucija po licu.
Slika 2 Dijagram CAG Pai od naprezanja Peruu. Označene na slici je položaj dvostruki CagA
gena.
2Δl izračunata je kao 73,6 za test grane, što je bilo statistički značajno. Ka /Ks vrijednosti veće od 1 su promatrane tijekom 5 grane (Slika 1); koji dovodi do Venecuela (1.56), Peru1 (1.04) i (3.10) Peru2 sekvence, na zajedničkog pretka indijanskog sekvencija (1,03), te na lozi vodi od zajedničkog pretka azijskog sekvencija (1,29). Te grane su podložni pozitivnom odabiru, a indijanskog zajednički predak je neutralan po duljini gena.
2Δl je izračunata kao 161 između nula i alternativnih modela, za web stranice testa, što je statistički značajna. Procjene parametara bile su kako slijedi: p 0 = 0,51, p 1 = 0,49, ω 0 = 0,03, ω 1 = 1 (neutralni model), p 0 = 0,47 , p 1 = 0,38, p 3 = 0,14, ω 0 = 0,03, ω 1 = 1, ω 2 = 3,74 (izbor modela). Stranice identificirana kao pod pozitivne selekcije, uz statističku značajnost u skladu s Bayes empirijska Bayesova testa [39], bili su: 101, 206, 306, 378, 532, 542, 548, 604, 651, 774, 793, 815, 831, 834, 869, 876, 886, 892, 901, 998, 1004. Brojčano se temelji na Peru1 slijedu.
grane-stranice ispitivanje je provedeno na svakoj grani stabla. Ti loze pronađeni prikazati pozitivnu selekciju navedene su u tablici 2. Među njima su se loza ranije prepoznati po testu grane, i dodatno afričke, talijanski, švedski i vijetnamski loza. Rezultati pokazuju pozitivnu selekciju u CagA
izoliran iz različitih populacija su u skladu s McDonald-Kreitman test koji pokazuje da je parcijalni CagA
sekvence izolirani iz meksičke populacije su u pozitivnoj selekciji [44]. Paralelno evolucija u ostacima ili različitim regijama CagA proteina ne poštuje, iako ostaci u kiselom području od 900 amino pod jačim diverzificiranom izbor, kada su venecuelanski i Peru2 geni ispituje u klizni prozor analize (Slika 3). Ovo je zanimljiv rezultat, jer to područje od CagA pregled gen kodira EPIYA ponavlja, koji imaju ulogu u modulaciji kancerogenost u CagA pregled gena. Dakle, čini se da su učinci diversifikacije izbor može imati izravnu ulogu u modulaciji carcinogenesis.Table 2 Statistika grane terenima pozitivne analize odabira pregled Lineage na stablu pregled
2⊗ l
Ostaci predvidio da se pod
pozitivne selekcije (p < 0,05)
Venecuela pregled 48.82 pregled, 794, 834, 837 pregled Vijetnamu pregled 288,56 pregled 202, 274, 275, 277, 278, 279, 281, 282, 283, 287, 461, 834, 895, 896, 899, 900, 901, 903, 905, 908, 910, 911 , 912, 913, 914, 915, 916, 917, 918, 919, 920, 921, 922 pregled Švedskoj pregled 25.6 pregled 1008 pregled Peru1
66,2
665, 799, 803 pregled Peru2
3,24
186, 198, 667, 808 pregled predaka lozu indijanskog sojeva
30 pregled 650 pregled predaka loze azijskih sojeva
21,8
- pregled Afrika (USA)
11,42
- talijanska pregled 9.52
- loza je predvidio da se pod pozitivna selekcija su identificirani korištenjem grane stranicama test. Ostaci su identificirani korištenjem statističke Bayes empirijska Bayesova [43], oni koji su bili statistički značajni su prikazani samo. Numeriranje se temelji na svaki pojedini slijed.
Slika 3 Klizni prozor analizu dva CagA gena. Analizirani su geni iz Venezuele i Perua sojeva (Peru2). Klizna analiza prozor parnom CagA
usklađivanje provedeno je pomoću DNASP5.0 program [82], u [83] način obračuna Ka /Ks Nei i Gojobori. Poravnavanje je izgrađen kao što je opisano u Postupcima. Korištena je klizanje prozor od 100 nukleotida, s korakom 10. Propusti su zanemareni.
Stanovništva određene razlike u pozitivne selekcije pregled pozitivna selekcija na CagA Netlogu vjerojatno da će biti zbog izbjegavanja adaptivnog imunološkog odgovora, IgG, ili kako bi se poboljšala vezivanje na stanične receptore koji su antagonistički ko razvojni. Postoji jak imuni odgovor protiv proteina CAGA (CAGA je imunodominantan); to je možda dovelo do 'utrke u naoružanju' između domaćina i bakterija, a time i potpisom pozitivne selekcije. To je često slučaj staničnih proteina patogena, bilo koji se nalazi na površini stanice ili se izlučuje. Tu je presedan u bakterijama, uz porB pregled Porin gena Neisseria gonorrhoeae pregled i meningitidis Netlogu [45], te razne izvanstaničnog proteina iz Escherichia coli
[46]. Luče SLR proteini iz H. pylori
također pokazuju potpise pozitivne selekcije [47]. Ovaj scenarij bi značilo da su područja CagA
pod pozitivne selekcije su imunogeni
H. pylori CagA pregled iz niza populacija širom svijeta pokazuju dokaz pozitivne selekcije (pomoću grane stranicama test). to uključuje sekvence iz Venezuela, Vijetnam, Švedska, Peruu, Africi i Italiji. Međutim, kao što je ljudski i H. pylori pregled sojevi su zajedno razvili, CagA pregled geni iz nekih sojeva su prošli jači pozitivan izbor, naročito soja sa precima u ljudske skupine koje je nedavno premješten, Azijci i Američkih indijanaca [48, 49]. Uzrok razlike u snazi ​​za izbor na CagA pregled gena vjerojatno leži u genetskim razlikama na razini domaćina, ali je također potencijalno posreduju različite odgovore koje je inducirao CagA proteina, proizlazi iz funkcionalne razlike između različitih CagA proteina. Na intra-populacijska genetika udaljenosti su manji u ljudskim skupinama kao što su migrirali na istok iz Afrike [50]. Host-specifične razlike mogu uključivati ​​razlike u imunološkom odgovoru, ili razlike u aktivnosti staničnih CagA veznih proteina. Kodon analiza korištenja (Tablica 3) ukazuje na to da je indeks kodon adaptacija je sličan za različite CagA
gena, što ukazuje da ne postoje velike razlike u translacijske izbor između CagA pregled gena iz različitih H. pylori pregled sojeva, koje može ukazivati ​​bez većih funkcionalne razlike između gena ili jednostavno odražava nedostatak translacijske selekcije na vrlo izraženih gena genoma širom [51]. Ovaj podatak pomaže obavijestiti klizna analizu prozor; translacijska Izbor je pokazala da rezultira lažnim indikacije pozitivne selekcije [52]: ovo nije vjerojatno da će biti slučaj ovdje zbog nedostatka translacije selekcije na ovim genes.Table 3 kodon analize korištenju CagA pregled gena
Gene
H. pylori soj
Cai
Velikoj Britaniji pregled, 26.695 pregled 0,699 pregled Hrvatska (USA)
J99
0.697
Sweden
HPAG1
0.695
Peru1
Shi470
0.712
Peru2
Shi470
0.698
Italy
G27
0.693
Germany
P12
0.690
Venezuela
V225
0.702
Vietnam
VietnamHP-No36
0.695
Central China
MEL-HP27
0.700
Japan
F28
0.700
India
3K
0.691
Austria
15818
0.686
Hong Kong pregled 42g
0.701 pregled indeksa kodona za adaptaciju (CAI) se izračunava na sljedeći način. O upotrebi kodona stol za potpunu H. pylori pregled genoma soja HPAG-1, koja je obuhvaćala 1544 ORF, koji je dobiven od kodona Korištenje baze http:.. //Www kazusa ili JP /kodon. , To se koristi za izračunavanje Cai za svaki pojedini ORF.
Polimorfizama u genu klasteru IL-1 mijenjati želučane rizik od raka [53]. Indukcija sekrecije IL-8 pomoću CAG
Pai je glavni podražaj imunosne reakcije [49]. Dakle, razlike u genotipova domaćina interleukin može dovesti do razlike u rezultatu za progresiju bolesti i razlika u selektivnog pritiska na CagA pregled gena u različitim populacijama. Američkim indijancima doživio usko grlo populacije tijekom migracija svojih predaka iz Azije [48]. Fenotipske dokaz za to je univerzalnost grupe O krvi među Američkim indijancima [54], to je možda dovelo do homogenosti imunog odgovora. To može utjecati na sposobnost sojeva vezanja non O ljudske krvi antigena; većina H. pylori pregled sojevi su u mogućnosti da se vežu antigene A, B i O putem Baba Adhesin, dok indijanskog sojevi iz Južne Amerike vežu najbolje O antigene [55]. Zanimljivo je napomenuti da je za istočnoazijske stanovništvo je također relativno genetski homogena [49]. Pregled Oba istim stolom i patogene bakterije posjeduju mehanizme za izbjegavanje imunosnog sustava domaćina. Različiti mehanizmi su pokazali da se uključe u izbjegavanju imunološkog sustava od strane H. pylori
. Međutim, CagA pregled + sojevi izazivaju pojačan imunološki odgovor i povećan upalu [56-58]. Upala može biti mehanizam za dobivanje hranjivih tvari [59], no ako CagA pregled razvija kako bi izbjegli imunološki sustav, dok u isto vrijeme je poticajno, onda to izgleda kontradiktorno. Pregled Raspodjela karcinoma želuca u svijetu i njegov odnos s snaga pozitivne selekcije na CagA
Postoje velike varijacije u incidenciji karcinoma želuca u svijetu, s dijelovima istočne Azije i Latinske Amerike pokazuje visoku slučajeve, dok su ostali dijelovi svijeta kao što su Afrika i dijelovima Europe pokazuje niske incidencije (Tablica 4). Stope incidencije nisu u korelaciji s cijenama od infekcije s H. pylori Netlogu. Na primjer, postoje visoke stope H. pylori pregled povezane patogenosti u Japanu, Koreji i dijelovima Kine, ali niska u Tajlandu i Indoneziji, iako oni imaju visoke stope infekcija; to je "azijski paradoks" [60]. Umjesto toga, incidencija Čini se da je povezan s učestalošću i genotipa CagA pregled [61], dok su drugi faktori su također vjerojatno da igraju ulogu kao što je nadmorska visina, prehrane i domaćina genotip. Osim toga, nedavna rad pokazuje da su nedavne migracije i kretanja stanovništva rezultirao je uvođenjem "non-native 'H. pylori pregled sojeva sa različitim CagA
alela u utvrđenih ljudskih populacija [42, 62], to daje dodatna razina complexity.Table 4 smrtnosti figure od raka želuca za populacije ispitivanih u ovom istraživanju pregled Regija
Incidencija karcinoma želuca (po 100.000) pregled
Incidencija raka jednjaka (po 100.000)
Peru pregled 21.2 pregled 1.1 pregled Venecuela pregled 10.4 pregled 1.5 pregled Japanu pregled 31,1 pregled 5.7
Srednja Kina pregled 29,9 pregled 16.7 pregled Hong Kong
29.5
12.7
Vietnam
18.9
1.9
Austria
7
2.6
Germany
7.7
3.8
India
3.8
5.3
Italy
10.9
1.9
Sweden
4.3
2.2
U.K.
5.6
6.6
Africa
4
5
Podaci su dobiveni iz GLOBOCON projekta, Međunarodna agencija za istraživanje raka, Svjetske zdravstvene organizacije i Centar za zaštitu zdravlja, Ministarstva zdravstva, Vlada Hong Kong Posebnog upravnog područja (Hong Kong).
Obzirom da indijanskog i nasljeđen azijski CagA
sekvence pokazuju jače znakove pozitivne selekcije, te da azijski i Latinske Amerike populacije mogu pokazivati ​​visoke incidencija karcinoma želuca, to bi značilo i vezu između snage pozitivne selekcije na CagA pregled gena i onkogenosti od gen. Rezultati klizna analize prozora, gdje je CagA regija sadrži EPIYA domena je pod pozitivne selekcije, u skladu s ovom hipotezom. Daljnji je rad potreban. Ako je provjereno, ovaj oblik analizu sekvencija može pomoći identificirati u populacijama rizika.
Evolucijska prednost CagA na H. pylori

potpis pozitivne selekcije vidjeti na CagA pregled gena ukazuje na to da je CagA proteina u tijeku je adaptivni evolucija u nekim sojevima, te je korisno za bakterije. Razlike u stopama prilagodbe podrazumijevaju domaćin određene razlike. Korist bakteriji posreduje ulogu CAGA pregled u patogenosti otoka; specifična uloga CagA Netlogu te da u Pai, ostaju treba utvrditi. Općenito, Pais imaju ulogu u promicanju opstanak bakterijskih patogena [63]. Pozitivna selekcija vidjeti na CagA pregled onkogena je neobična, jer je prvi slučaj primijetio pozitivne selekcije na onkogena u vertikalno prenose uzročnika. Pozitivna selekcija je značajka antagonističke coevolution, što podrazumijeva štetne učinke na domaćina, ali i uzajamne coevolution, što podrazumijeva prednosti. Pozitivna selekcija je uočeno na Epstein-Barrov virus - kodirani onkogcni LMP1 [64] i vrsti papiloma virus humani 16 onkogena [65, 66], no oni su vodoravno prenose uzročnike bolesti, gdje se očekuje ravnoteža između virulentnosti i prenosivosti [67]. To može podrazumijevati da H. pylori pregled je vodoravno prenosi u većoj mjeri nego što je prethodno priznato. Pregled virulentnosti je rezultat poboljšane reprodukcije patogena. Rani modeli predložio da parazit će biti skloni da se razvije smanjeni virulencije, s obzirom da je smrtnost od domaćina je nedostatak. Međutim, ovaj pogled je bio kritiziran kao oslanjajući se na izbor grupe [68]. Međutim, vertikalno naslijeđenih patogeni se očekuje da će postati manje patogeni tijekom vremena; ako je uzročnik ovisi o domaćinu za prijenos i prijenos je vrlo učinkovit onda to nije u interesu patogena značajno smanjiti sposobnosti domaćina [69]. H. pylori pregled prikazuje dvije mogućnosti, osim pozitivne selekcije promatranom na CagA Netlogu, koji se pojavljuju u suprotnosti ovu paradigmu. Prvo, stjecanje CAG
Pai tijekom specijacija od povezanih nepatogenih crijeva helicobacters (slika 4a), ukazuje na to da H. pylori pregled prošao početni porast patogenosti. Drugo, evolucija više patogenih EPIYA-D motivi u CagA pregled gena u nekim azijskim sojeva (slika 4b), ukazuje na to da su neki CagA + pregled H. pylori pregled prošao je kroz noviju dodatno povećanje patogenosti , U određenoj mjeri, to proturječje može objasniti prijedlog da postoji zapravo domaćin - blagotvoran komponente u CagA, ili da nije izvršio dovoljno štetan učinak na domaćina. Jedno pitanje na koje treba odgovoriti je da li su oni sojevi koji prolaze kroz veći stupanj pozitivne selekcije postaju patogene. SLIKA 4 genetski faktori koji dovode do povećanja virulencije Helicobacter pylori. a) male podjedinice rRNA filogenetski konsenzus drvo vrsta bakterija u ljudskom probavnom sustavu u vezi s H. pylori Netlogu, pokazuje nedavne akvizicije CagA pregled; b), EPIYA domena koje su prisutne u CagA pregled gena i evolucije EPIYA-D domene u azijskoj loza. Tree (a) konstruiran je kao što je opisano u Metodama, brojevi ukazuju na stražnje vjerojatnosti, drvo (b) kao na Slici 1. Netlogu Osim toga, potencijalni korisni učinci CagA
na nivou populacije putem eliminacije starije je predložili [13] (ovo objašnjenje oslanja na teoriju inclusive fitness [70]). To u osnovi pregleda CagA
kao gen koji povećava intrinzičnu smrtnost kod starih osoba, no nije jasno je li unutarnja smrtnost u podskupini stanovništva ikada izabran je za. Dok H. pylori pregled uglavnom se smatra patogen, postoji sve više dokaza o svojim pozitivnim pogodnosti za ljudsko zdravlje. Na primjer, H. pylori pregled ima pozitivnu ulogu u prevenciji raka jednjaka, smanjujući refluksa kiseline [71, 72], no u prošlosti to je bilo malo vjerojatno da su dali puno evolucijsku korist ljudske populacije s obzirom da je više od 90 % pacijenata su starije od 55 godina [73], dok je prije 20 og stoljeća je prosječni životni vijek ljudske populacije je manje od 40. najjači inverzna korelacija između jednjaka pojave raka i infekcija s H. pylori pregled je u Istočna Azija, pripisuje vrlo interaktivnom (istočni) obliku CagA Netlogu, što uzrokuje pan i corpus- dominantnu gastritis i smanjuje kiselina proizvodnje [13]. Tu je i inverzni odnos između H. pylori Netlogu i astme i alergija [74-76], pretilost [77] i dojenčadi proljeva [78]. Astma i pretilost su moderne bolesti, tako da je malo vjerojatno da su odigrali ulogu u evolucijskom dinamikom bakterija.
ČIR smo moderna bolest [79], dok je rak želuca je zabilježeno još od antičkih vremena. Međutim, to je najviše rasprostranjen u 55-godišnjaka i više, to ukazuje da je povijesno malo je vjerojatno da su izvršili snažan selektivni pritisak, s obzirom da je prije 20 stoljeća prosječni životni vijek bio znatno manji. Ova razmatranja može se zaključiti da je CagA pregled gena je bilo dovoljno štetni za ljudsko domaćina, da CagA proteina ima povoljan komponentu na host ili da horizontalna mjenjač je važna značajka H. pylori Netlogu u nedavnoj prošlosti. Sve je više dokaza da je u zemljama u razvoju, horizontalni prijenos H. pylori Netlogu nastaje zbog loših sanitarnih uvjeta [80, 81].

• Želučani lipoma predstavlja kao div ispupčen mase u jednom oligosymptomatic pacijenta: prikaz slučaja
• Priključak cijevi uzrokuje malu crijeva opstrukcije i debelog erozije kao rijetka komplikacija nakon laparoskopske želučanog banding: prikaz slučaja