West Nile Virus -prover som hittades 10 mil från varandra kom från olika platser,

NAU -forskare hittar Efter sekvensering av mer än 400 olika genomer av West Nile -viruset, en NAU -forskare upptäckte att de två rapporterna om West Nile Virus i Coconino County kom från två olika platser. En migrerade norrut från Phoenix -området. Den andra är lite mer av ett mysterium.

Det började med prover från hela västra USA som anlände till laboratoriet för evolutionärbiologen Crystal Hepp, som arbetar med både School of Informatics, Datoranvändning, och Cyber ​​Systems (SICCS) och Pathogen and Microbiome Institute (PMI) vid Northern Arizona University. Hon samarbetar med ett dussin olika folkhälsoavdelningar i hela väst. De skickar hennes West Nile (WNV) prover som hittats i deras områden, och hennes team sekvenserar virala genomer och analyserar data för att rekonstruera varje provs släktträd, vilket gör att hon kan avgöra hur viruset rör sig över tid och i hela regionen.

I detta fall, Coconino County Health Department skickade henne de två proverna, en finns i myggor vid Lake Mary och en i Cheshire -området, båda i slutet av augusti. Hepp sekvenserade genomerna av virusstammarna, jämförde dem med virusstammarna som hon hade sekvenserat från andra områden, och fann att de två virusstammarna inte berodde på lokal cirkulation av viruset, vilket betyder att de inte överfördes bland fåglar och mygg i länet. Cheshire -stammen är nära besläktad med stammar som cirkulerar i Maricopa County, medan Lake Mary -stammen är närmast släkt med en stam som hennes lag sekvenserade från Montana 2018, även om Lake Mary -stammen visade flera olika mutationer från Montana -stammen.

Detta var oväntat, Sa Hepp. Det är också troligtvis bra för Coconino County.

Vi tror ofta att det enklaste svaret är det mest troliga svaret. Det hade varit vettigt om dessa två stammar, separerade med bara 10 miles, berodde på samma importhändelse. Ur ett folkhälsoperspektiv, att finna att dessa två stammar är från två olika platser är goda nyheter. Om de var nära släkt, det skulle betyda att WNV sannolikt hade cyklats genom fåglar och mygg över 10 miles av Coconino County. Vi hoppas att de två separata introduktionerna just har cyklat på de mycket lokaliserade geografiska platser de hittades, snarare än över 10 miles, och att de bara bleknar. "

Crystal Hepp, evolutionär biolog, NAU

Hepps laboratorium är ledande i ansträngningarna att bättre förstå hur West Nile -viruset cirkulerar i det amerikanska sydväst. Hennes folkhälsopartners gör den första diagnosen, skicka sedan hennes stammar för att avgöra om viruset har sitt ursprung. Att känna till och kartlägga dessa uppgifter kan hjälpa regeringar att bättre förutse och förbereda sig för möjligheten för West Nile i deras områden. Dessa partners inkluderar:

• Maricopa County Environmental Services, Vector Control Division
• Arizona Department of Health Services
• Yuma County Pest Abatement District
• Coachella Valley District Vector Control
• Southwestern Mosquito Abatement and Control District
• Utah Health Department
• Washington State Department of Health
• Montana Institutionen för folkhälsa och mänskliga tjänster
• Coconino County Health Department
• Södra Nevada Health District

Denna forskning inkluderar studenter Daryn Erickson, Breezy Brock, Samuel Poidmore, och Majestät Greer-Gipson, forskningsspecialist Jill Cocking, doktorand Chase Ridenour, Krystal Sheridan och Heidie O'Neill från PMI -sekvenseringskärnan samt Darrin Lemmer, Mike Valentine och Dave Engelthaler från Translational Genomics Research Institute.

"Vi är mycket intresserade av att förstå anslutningen mellan stammar som cirkulerar i sydväst, "Hepp sa." Detta gör att vi kan bestämma, till exempel, WNV -situationen i Maricopa County är för andra sydvästra platser. WNV från Maricopa County har dessutom runnit över till Washington County, Utah; Riverside County, Kalifornien; och Yuma County, Arizona tidigare, och vi skulle vilja gå vidare med en förutsägbar modell som kan informera riskfylken baserat på historiska mönster och miljödata. "

Inga mänskliga fall av West Nile har rapporterats i Coconino County sedan 2010.

West Nile är den vanligaste myggburna sjukdomen i staten, även om dess omfattning är svår att mäta eftersom bara cirka 20 procent av de smittade människorna inser att de är sjuka. De flesta som upplever symptom känner att de har influensa, men ungefär en av 150 smittade utvecklar en allvarlig sjukdom som encefalit eller meningit, som kan vara dödlig.

År 2018, Hepp fick ett bidrag från Arizona Biomedical Research Center för att undersöka cirkulationen och källplatserna för West Nile i staten.

• Vad du äter kan förändra hur antibiotika påverkar din tarm
• Studien beskriver den initiala baslinjen friska tarmmikrobiomdatabasen och överflödsprofilen