Tout a commencé avec des échantillons de tout l'ouest des États-Unis arrivant au laboratoire du biologiste évolutionniste Crystal Hepp, qui travaille à la fois avec l'École d'informatique, L'informatique, et Cyber Systems (SICCS) et le Pathogen and Microbiome Institute (PMI) de la Northern Arizona University. Elle collabore avec une douzaine de services de santé publique différents à travers l'Ouest. Ils lui envoient des échantillons du Nil occidental (VNO) trouvés dans leurs régions, et son équipe séquence les génomes viraux et analyse les données pour reconstruire l'arbre généalogique de chaque échantillon, ce qui lui permet de déterminer comment le virus se déplace au fil du temps et dans toute la région.
Dans ce cas, Le département de la santé du comté de Coconino lui a envoyé les deux échantillons, un trouvé dans des moustiques au lac Mary et un dans la région de Cheshire, tous les deux fin août. Hepp a séquencé les génomes des souches virales, les a comparés aux souches de virus qu'elle avait séquencées dans d'autres régions, et a constaté que les deux souches virales ne résultaient pas d'une circulation locale du virus, ce qui signifie qu'ils n'ont pas été transmis parmi les oiseaux et les moustiques dans le comté. La souche Cheshire est étroitement liée aux souches circulant dans le comté de Maricopa, tandis que la souche Lake Mary est plus étroitement liée à une souche que son équipe a séquencée du Montana en 2018, bien que la souche Lake Mary ait montré plusieurs mutations différentes de la souche Montana.
C'était inattendu, dit Hepp. C'est aussi probablement une bonne chose pour le comté de Coconino.
Nous pensons souvent que la réponse la plus simple est la réponse la plus probable. Il aurait été logique que ces deux souches, séparés de seulement 10 milles, étaient dus au même événement d'importation. Du point de vue de la santé publique, constater que ces deux souches proviennent de deux endroits différents est une bonne nouvelle. S'ils étaient étroitement liés, cela signifierait que le WNV a probablement été parcouru par des oiseaux et des moustiques sur 10 miles du comté de Coconino. Nous espérons que les deux introductions distinctes viennent de faire du vélo dans les emplacements géographiques très localisés où elles ont été trouvées, plutôt que sur 10 miles, et qu'ils s'estompent."
Cristal Hepp, biologiste évolutionniste, NAU
Le laboratoire de Hepp est un chef de file dans l'effort visant à mieux comprendre comment le virus du Nil occidental circule dans le sud-ouest américain. Ses partenaires de santé publique font le diagnostic initial, envoyez-lui ensuite des souches pour déterminer si le virus est originaire. Connaître et cartographier ces données peut aider les gouvernements à mieux prévoir et se préparer à l'éventualité d'un Nil occidental dans leurs régions. Ces partenaires comprennent :
Cette recherche inclut les étudiants de premier cycle Daryn Erickson, Breezy Brock, Samuel Poidmore, et Majesté Greer-Gipson, spécialiste de la recherche Jill Cocking, étudiant diplômé Chase Ridenour, Krystal Sheridan et Heidie O'Neill du noyau de séquençage PMI ainsi que Darrin Lemmer, Mike Valentine et Dave Engelthaler du Translational Genomics Research Institute.
"Nous sommes très intéressés à comprendre la connectivité entre les souches circulant dans le Sud-Ouest, " Hepp a dit. "Cela nous permet de déterminer, par exemple, la situation du VNO dans le comté de Maricopa concerne d'autres localités du sud-ouest. Le VNO du comté de Maricopa s'est également répandu dans le comté de Washington, Utah; Comté de Riverside, Californie; et le comté de Yuma, Arizona dans le passé, et nous aimerions aller de l'avant avec un modèle prédictif qui pourrait informer les comtés des risques sur la base de modèles historiques et de données environnementales. »
Aucun cas humain de West Nile n'a été signalé dans le comté de Coconino depuis 2010.
Le Nil occidental est la maladie transmise par les moustiques la plus courante dans l'État, bien que son étendue soit difficile à mesurer car seulement environ 20 pour cent des personnes infectées se rendent même compte qu'elles sont malades. La plupart de ceux qui présentent des symptômes ont l'impression d'avoir la grippe, mais environ une personne infectée sur 150 développe une maladie grave telle qu'une encéphalite ou une méningite, ce qui peut être fatal.
En 2018, Hepp a reçu une subvention du Centre de recherche biomédicale de l'Arizona pour enquêter sur la circulation et les emplacements des sources du Nil occidental dans l'État.
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