Het begon met monsters uit het hele westen van de Verenigde Staten die arriveerden in het laboratorium van evolutionair bioloog Crystal Hepp, die samenwerkt met zowel de School of Informatics, Computeren, en Cyber Systems (SICCS) en het Pathogen and Microbiome Institute (PMI) aan de Northern Arizona University. Ze werkt samen met een tiental verschillende volksgezondheidsafdelingen in het hele Westen. Ze sturen haar West Nile (WNV) monsters gevonden in hun gebieden, en haar team sequeneert de virale genomen en analyseert de gegevens om de stamboom van elk monster te reconstrueren, waarmee ze kan bepalen hoe het virus zich in de loop van de tijd en door de regio verplaatst.
In dit geval, Coconino County Health Department stuurde haar de twee monsters, één gevonden in muggen bij Lake Mary en één in de omgeving van Cheshire, beide eind augustus. Hepp heeft de genomen van de virusstammen gesequenced, vergeleek ze met de virusstammen die ze uit andere gebieden had gesequenced, en ontdekte dat de twee virusstammen niet het gevolg waren van lokale circulatie van het virus, wat betekent dat ze niet werden overgedragen tussen vogels en muggen in de provincie. De Cheshire-stam is nauw verwant aan de stammen die circuleren in Maricopa County, terwijl de Lake Mary-soort het nauwst verwant is aan een soort die haar team in 2018 uit Montana heeft gesequenced, hoewel de Lake Mary-stam verschillende mutaties vertoonde van de Montana-stam.
Dit was onverwacht, zei Hepp. Het is waarschijnlijk ook een goede zaak voor Coconino County.
We denken vaak dat het eenvoudigste antwoord het meest waarschijnlijke antwoord is. Het zou logisch zijn geweest als deze twee stammen, gescheiden door slechts 10 mijl, waren te wijten aan dezelfde invoergebeurtenis. Vanuit het oogpunt van de volksgezondheid, De ontdekking dat deze twee soorten van twee verschillende plaatsen komen, is goed nieuws. Als ze nauw verwant waren, het zou betekenen dat WNV waarschijnlijk door vogels en muggen was gefietst over 10 mijl van Coconino County. We hopen dat de twee afzonderlijke introducties zojuist zijn gefietst op de zeer gelokaliseerde geografische locaties waar ze zijn gevonden, in plaats van over 10 mijl, en dat ze gewoon vervagen."
Kristal Hepp, evolutionair bioloog, NAU
Hepp's lab is een leider in de poging om beter te begrijpen hoe het West Nile Virus circuleert in het Amerikaanse zuidwesten. Haar volksgezondheidspartners stellen de eerste diagnose, stuur haar dan stammen om te bepalen of het virus is ontstaan. Het kennen en in kaart brengen van die gegevens kan regeringen helpen de mogelijkheid van West-Nijl in hun gebieden beter te voorspellen en erop voor te bereiden. Die partners zijn onder meer:
Dit onderzoek omvat niet-gegradueerde studenten Daryn Erickson, Luchtige Brok, Samuel Poidmore, en Majesteit Greer-Gipson, onderzoeksspecialist Jill Cocking, afgestudeerde student Chase Rider, Krystal Sheridan en Heidie O'Neill van de PMI-sequencing-kern en Darrin Lemmer, Mike Valentine en Dave Engelthaler van het Translational Genomics Research Institute.
"We zijn erg geïnteresseerd in het begrijpen van de connectiviteit tussen stammen die in het zuidwesten circuleren, "Zei Hepp. "Dit stelt ons in staat om te bepalen, bijvoorbeeld, de WNV-situatie in Maricopa County is voor andere zuidwestelijke locaties. WNV uit Maricopa County is bovendien overgeslagen naar Washington County, Utah; Rivieroever, Californië; en Yuma County, Arizona in het verleden, en we willen graag verder gaan met een voorspellend model dat provincies kan informeren over risico's op basis van historische patronen en milieugegevens."
Sinds 2010 zijn er geen gevallen van West-Nijl bij mensen gemeld in Coconino County.
West-Nijl is de meest voorkomende door muggen overgedragen ziekte in de staat, hoewel de omvang ervan moeilijk te meten is, omdat slechts ongeveer 20 procent van de geïnfecteerde mensen zich zelfs realiseert dat ze ziek zijn. De meeste van degenen die symptomen ervaren, hebben het gevoel dat ze griep hebben, maar ongeveer één op de 150 geïnfecteerde mensen ontwikkelt een ernstige ziekte zoals encefalitis of meningitis, wat dodelijk kan zijn.
in 2018, Hepp ontving een subsidie van het Arizona Biomedical Research Center om de circulatie en bronlocaties van West-Nijl in de staat te onderzoeken.
COVID-19:hoe de ziekte eruit ziet
Nieuwe computationele modelleringsmethode voorspelt hoe darmmicroben in de loop van de tijd veranderen
Een multi-omics-benadering van de ontwikkeling van medicijnen tegen COVID-19
Patiënten die immuuntherapie krijgen, zouden meer vezels moeten consumeren,
Allergieën die verband houden met een hogere consumptie van junkfood,
Nieuw onderzoek identificeert een verband tussen het darmmicrobioom en beroertes
Nieuw ontdekte grote fagen vervagen de grens tussen leven en niet-leven
Een nieuwe studie gepubliceerd in het tijdschrift Natuur laat zien dat er letterlijk honderden virussen zijn die groot genoeg zijn om bacteriën te consumeren, en met eigenschappen die typisch zijn v
Darmbacteriën in wespen helpen pesticiden te overwinnen
Een intrigerende studie gepubliceerd in februari 2020 in het tijdschrift Celgastheer en microbe meldt dat wanneer wespen worden blootgesteld aan atrazine, een veelgebruikt bestrijdingsmiddel, het da
FLUOstar Omega gebruiken om nieuwe darmbacteriën te bestuderen die onze gezondheid kunnen beïnvloeden
De Microbial Biology and Metagenomics-groep van het Diamantina Institute van de University of Queensland gebruikt de BMG LABTECH FLUOstar Omega-microplaatlezer om nieuwe methoden te ontwikkelen om het