Pilotstudier kommer att ge data för ytterligare testning av tarmmikrobiomanalys

Tarmmikrobioten, består av mikroorganismerna som lever i våra tarmar, kan ge oss information om vår hälsa, eftersom dess sammansättning kan bero på faktorer som kost, livsstilen eller våra patologier. Dessutom, att veta vilka specifika bakterier som finns i våra tarmar kan hjälpa till att förutsäga sjukdomar som tjocktarmscancer. Nya framsteg inom genom -sekvenseringsmetoder, och bioinformatikverktyg som gör att vi kan analysera data, har hjälpt oss att identifiera tusentals nya mikroorganismer som finns i våra tarmar genom analys av deras genom.

Ett team av forskare från Bellvitge Biomedical Research Institute (IDIBELL) och Catalan Institute of Oncology (ICO) har genomfört ett pilottest i analysen av tarmmikrobiotgenomet. I den här studien, de analyserade, med två olika sekvenseringsmetoder, kolonbiopsier och avföringsprover från nio patienter. Målet har varit att implementera sekvenseringstekniker och verktyg för bioinformatikanalys.

Det är den första studien av ett projekt som syftar till att bli mycket mer omfattande. De data som erhålls i detta pilottest kommer att fungera som grund för utformningen av analysmetoden för Colonbiome -projektet. Detta breda projekt syftar till att hitta mikrobiotamarkörer som kan användas för tidig upptäckt av tjocktarmscancer. Att göra detta, kolonbiopsier och avföringsprover kommer att samlas in från friska patienter och patienter i olika stadier av kolorektal cancer. Då sekvenseras mikrobiotas genom för att identifiera skillnader mellan grupper.

Data tillgänglig för alla

Alla data som erhållits i denna pilotstudie har lagts in i European Nucleotide Archive, en offentlig och gemensam databas, där alla typer av genomiska sekvenser delas till förmån för hela det vetenskapliga samfundet. Dessutom, alla resultaten av detta första pilottest har publicerats i Vetenskapliga data tidning, också en offentlig tidskrift, där både sekvenserna och de bioinformatiska analysmetoderna som används är detaljerade.

Denna studie syftar inte bara till att vara användbar för gruppens framtida arbete, men det syftar också till att vara till hjälp för alla forskargrupper som genomför liknande analyser eller testar nya bioinformatikverktyg, som har öppen tillgång till alla resultat som erhållits i denna studie. Dessutom, forskarna försäkrar att de också kommer att offentliggöra alla detaljer i de efterföljande studierna, att fortsätta bidra till samarbete och framsteg inom området.

De två sekvenseringsmetoderna

Två sekvenseringsmetoder jämfördes i studien:16 -talet och hagelgeväret. Den första är fokuserad på sekvensen för en enda gen hos mikroorganismerna, medan den andra ger oss den fullständiga sekvensen av hela genomet. Även om sekvensering av en enda gen innebär mindre känslighet, det kan vara billigare. Vidare, sekvensering av en gen som bara finns i mikrobioten tillåter oss att analysera biopsiprover utan störning av det mänskliga genomet. Dessutom, pilotprovet har visat att båda teknikerna är överensstämmande. Även om fullständig sekvensering är mer känslig och kan särskilja fler arter av mikroorganismer, resultaten är inte motsägelsefulla för enkelgen-sekvensering.

• TGen ökar testet för COVID-19 för att bekämpa globala hälsorisker
• Redaktionen utmanar det amerikanska sjukvårdssystemet att ompröva konventionell vård för divertikulit