Bellvitgen biolääketieteellisen tutkimuslaitoksen (IDIBELL) ja katalaani onkologian instituutin (ICO) tutkijaryhmä on suorittanut pilottitestin suoliston mikrobiota -genomin analysoinnissa. Tässä tutkimuksessa he analysoivat, kahdella eri sekvensointimenetelmällä, paksusuolen biopsiat ja ulosteenäytteet yhdeksältä potilaalta. Tavoitteena on ollut toteuttaa sekvensointitekniikoita ja bioinformatiikan analyysityökaluja.
Se on ensimmäinen tutkimus hankkeesta, jonka tavoitteena on olla paljon laajempi. Tässä kokeilussa saadut tiedot toimivat perustana Colonbiome -hankkeen analyysimenetelmän suunnittelulle. Tämän laajan projektin tavoitteena on löytää mikrobiota -markkereita, joita voidaan käyttää paksusuolen syövän varhaisessa havaitsemisessa. Tehdä tämä, paksusuolen biopsiat ja ulosteenäytteet kerätään terveiltä potilailta ja paksusuolen syövän eri vaiheissa olevilta potilailta. Sitten mikrobiston genomi sekvensoidaan ryhmien välisten erojen tunnistamiseksi.
Kaikki tässä kokeellisessa tutkimuksessa saadut tiedot on syötetty Euroopan nukleotidiarkistoon, julkinen ja yhteistyössä toimiva tietokanta, missä kaikki genomiset sekvenssit jaetaan koko tiedeyhteisön hyödyksi. Lisäksi, kaikki tämän ensimmäisen kokeilun tulokset on julkaistu Tieteelliset tiedot päiväkirja, myös julkinen lehti, jossa sekä sekvenssit että käytetyt bioinformatiikan analyysimenetelmät ovat yksityiskohtaisia.
Tämän tutkimuksen tarkoituksena ei ole vain olla hyödyllinen ryhmän tulevassa työssä, mutta sen tavoitteena on myös olla hyödyllinen kaikille tutkimusryhmille, jotka suorittavat samanlaisia analyysejä tai kokeilevat uusia bioinformatiikan työkaluja, joilla on avoin pääsy kaikkiin tämän tutkimuksen tuloksiin. Lisäksi, tutkijat vakuuttavat julkistavansa myös kaikki myöhempien tutkimusten yksityiskohdat, jatkaa yhteistyötä ja edistymistä alalla.
Tutkimuksessa verrattiin kahta sekvensointimenetelmää:16s ja Shotgun. Ensimmäinen keskittyy mikro -organismien yksittäisen geenin sekvenssiin, kun taas toinen antaa meille koko genomin täydellisen sekvenssin. Vaikka yhden geenin sekvensointi merkitsee vähemmän herkkyyttä, se voi olla halvempaa. Lisäksi, vain mikrobiootissa olevan geenin sekvensoinnin avulla voimme analysoida biopsianäytteitä ilman ihmisen genomin häiriöitä. Lisäksi, pilottitesti on osoittanut, että molemmat tekniikat ovat johdonmukaisia. Vaikka täydellinen sekvensointi on herkempi ja voi erottaa useampia mikro -organismeja, tulokset eivät ole ristiriidassa yhden geenin sekvensoinnin kanssa.
Ihmiset vastaan virukset - Voimmeko välttää sukupuuton lähitulevaisuudessa?
Suoliston mikrobiomi voi vaikuttaa vakavaan COVID-19-tautiin
Emättimen mikrobiomi voi vaikuttaa HIV:n ehkäisyhoidon tehokkuuteen
GSK-3-estäjät osoittavat lupausta koronavirusinfektioiden hoidossa
Kahvi auttaa kehittämään suoliston terveitä mikrobeja ja tukkii suoliston liikkeitä
Emättimen bakteerit liittyvät ennenaikaiseen synnytykseen
Vuotava suolisto ja mikrobien dysbioosi voivat edistää sytokiinimyrskyä vakavasti sairaissa COVID-19-tapauksissa
Kun maailma lähestyy synkkää virstanpylvästä, joka on kolme miljoonaa kuolemaa COVID-19-tautiin, uusi esipainettu tutkimuspaperi, joka on lähetetty bioRxiv * palvelin osoittaa, että suolistobakteeri
Probiootit voivat tarjota terapeuttisia etuja biopolaarisille potilaille
Baltimoren Sheppard Pratt Health -järjestelmän tutkimus on osoittanut, että probiootit voivat toimia mahdollisena terapeuttisena lähestymistapana kaksisuuntaiseen mielialahäiriöön ja muihin psykiatris
Vetyhengitys ei ole Bikini -atollilta
Näinä päivinä, kun kaikki tyhmät puheet ydinsodasta, kun näet sanan vety, saatat heti ajatella sitä köyhää saarta Tyynellämerellä, Bikinin atolli, jossa he testasivat kaikkia niitä ydinpommeja, mukaan