Pilot studija pružit će podatke za daljnje ispitivanje analize mikrobioma crijeva

Crijevna mikrobiota, sastavljen od mikroorganizama koji žive u našim crijevima, može nam dati informacije o našem zdravlju, budući da njegov sastav može ovisiti o čimbenicima poput prehrane, način života ili naše patologije. Štoviše, poznavanje specifičnih bakterija u našim crijevima moglo bi pomoći u predviđanju bolesti poput raka debelog crijeva. Novi napredak u metodama sekvenciranja genoma, i bioinformatičke alate koji nam omogućuju analizu podataka, pomogli su nam da identificiramo tisuće novih mikroorganizama prisutnih u našim crijevima kroz analizu njihovog genoma.

Tim istraživača s Instituta za biomedicinska istraživanja Bellvitge (IDIBELL) i Katalonskog instituta za onkologiju (ICO) proveo je pilot -test u analizi genoma crijevne mikrobiote. U ovoj studiji, analizirali su, s dvije različite metode sekvenciranja, biopsije debelog crijeva i uzorci izmeta od devet pacijenata. Cilj je bio implementirati tehnike sekvenciranja i alate za analizu bioinformatike.

To je prva studija projekta čiji je cilj biti mnogo opsežniji. Podaci dobiveni ovim pilot -testom poslužit će kao osnova za izradu metode analize za projekt Colonbiome. Ovaj široki projekt ima za cilj pronaći markere mikrobiote koji se mogu koristiti za rano otkrivanje raka debelog crijeva. Uraditi ovo, biopsije debelog crijeva i uzorci izmeta prikupljat će se od zdravih pacijenata i pacijenata u različitim stadijima kolorektalnog karcinoma. Zatim će se genom mikrobiote sekvencirati kako bi se identificirale razlike među skupinama.

Podaci dostupni svima

Svi podaci dobiveni ovom pilot studijom uneseni su u Europski arhiv nukleotida, javna i suradnička baza podataka, gdje se dijele sve vrste genomskih sekvenci u korist cijele znanstvene zajednice. U Dodatku, svi rezultati ovog prvog pilot testa objavljeni su u časopisu Znanstveni podaci časopis, također javni časopis, gdje su i nizovi i metode bioinformatičke analize detaljno opisane.

Ova studija ne samo da ima za cilj biti korisna za budući rad grupe, ali također ima za cilj biti od pomoći svim istraživačkim skupinama koje provode slične analize ili isprobavaju nove alate za bioinformatiku, koji imaju otvoren pristup svim rezultatima dobivenim u ovoj studiji. U Dodatku, istraživači uvjeravaju da će također objaviti sve detalje sljedećih studija, nastaviti doprinositi suradnji i napretku na terenu.

Dvije metode sekvenciranja

U studiji su uspoređene dvije metode sekvenciranja:16 -te godine i Sačmarica. Prvi je usredotočen na slijed jednog gena mikroorganizama, dok nam drugi daje potpuni slijed čitavog genoma. Iako sekvenciranje jednog gena implicira manju osjetljivost, može biti jeftinije. Nadalje, sekvenciranje gena prisutnog samo u mikrobioti omogućuje nam analizu uzoraka biopsije bez smetnji ljudskog genoma. Dodatno, pilot test je pokazao da su obje tehnike dosljedne. Iako je potpuno sekvenciranje osjetljivije i može razlikovati više vrsta mikroorganizama, rezultati nisu kontradiktorni sekvenciranju s jednim genom.

• TGen pojačava testiranje na COVID-19 u borbi protiv globalne prijetnje zdravlju
• Uredništvo izaziva američki zdravstveni sustav da preispita konvencionalnu skrb o divertikulitisu