Een team van onderzoekers van het Bellvitge Biomedical Research Institute (IDIBELL) en het Catalan Institute of Oncology (ICO) heeft een piloottest uitgevoerd bij de analyse van het genoom van de darmmicrobiota. In dit onderzoek, zij analyseerden, door twee verschillende sequentiemethoden, colonbiopten en fecale monsters van negen patiënten. Het doel was om sequencing-technieken en bioinformatica-analysetools te implementeren.
Het is de eerste studie van een project dat veel omvangrijker wil worden. De gegevens die in deze pilottest worden verkregen, zullen als basis dienen voor het ontwerp van de analysemethode voor het Colonbiome-project. Dit brede project heeft tot doel microbiota-markers te vinden die kunnen worden gebruikt voor de vroege detectie van darmkanker. Om dit te doen, colonbiopten en fecale monsters zullen worden verzameld bij gezonde patiënten en patiënten in verschillende stadia van colorectale kanker. Vervolgens zal het genoom van de microbiota worden gesequenced om verschillen tussen groepen te identificeren.
Alle gegevens die in deze pilotstudie zijn verkregen, zijn ingevoerd in het European Nucleotide Archive, een openbare en collaboratieve database, waar alle soorten genomische sequenties worden gedeeld ten behoeve van de hele wetenschappelijke gemeenschap. In aanvulling, alle resultaten van deze eerste piloottest zijn gepubliceerd in de Wetenschappelijke gegevens logboek, ook een openbaar tijdschrift, waar zowel de sequenties als de gebruikte bioinformatica-analysemethoden worden beschreven.
Deze studie wil niet alleen nuttig zijn voor het toekomstige werk van de groep, maar het is ook bedoeld om nuttig te zijn voor alle onderzoeksgroepen die soortgelijke analyses uitvoeren of nieuwe bioinformatica-tools uitproberen, die open toegang hebben tot alle resultaten die in dit onderzoek zijn verkregen. In aanvulling, de onderzoekers verzekeren dat ze ook alle details van de volgende studies openbaar zullen maken, blijven bijdragen aan samenwerking en vooruitgang in het veld.
In het onderzoek werden twee sequencing-methoden vergeleken:de 16s en de Shotgun. De eerste is gericht op de sequentie van een enkel gen van de micro-organismen, terwijl de tweede ons de volledige sequentie van het hele genoom geeft. Hoewel de sequencing van een enkel gen minder gevoeligheid impliceert, het kan goedkoper. Verder, Door een gen te sequencen dat alleen in de microbiota aanwezig is, kunnen we biopsiemonsters analyseren zonder tussenkomst van het menselijk genoom. Aanvullend, de pilottest heeft aangetoond dat beide technieken consistent zijn. Hoewel volledige sequencing gevoeliger is en meer soorten micro-organismen kan onderscheiden, de resultaten zijn niet in tegenspraak met single-gen sequencing.
Fastfood kan een hoofdschuldige zijn bij tienerdepressie
Darmmicrobioom gekoppeld aan gedragsproblemen bij kinderen
Plantaardige diëten verbeteren de gezondheid van het hart via het darmmicrobioom
Darmbacteriën in wespen helpen pesticiden te overwinnen
Bloedonderzoek voor microbieel DNA kan waarschuwen voor kanker
IBD komt veel vaker voor dan verwacht,
Schimmels en bacteriën in de darm kunnen evenzeer van invloed zijn op de menselijke gezondheid als op de ernst van de ziekte
Het darmmicrobioom heeft veel aandacht gekregen, maar nieuw onderzoek toont aan dat schimmels in de darm ook een belangrijk micro-organisme zijn voor het functioneren en de gezondheid van de darm, wat
FLUOstar Omega gebruiken om nieuwe darmbacteriën te bestuderen die onze gezondheid kunnen beïnvloeden
De Microbial Biology and Metagenomics-groep van het Diamantina Institute van de University of Queensland gebruikt de BMG LABTECH FLUOstar Omega-microplaatlezer om nieuwe methoden te ontwikkelen om het
Vermelden etiketten op commerciële kefirproducten de microbiële niveaus correct?
Het darmmicrobioom is een essentieel onderdeel van het menselijk organisme, zoals overduidelijk is gebleken uit veel onderzoek dat de afgelopen decennia is uitgevoerd. De International Scientific Asso