A kísérleti tanulmány adatokat szolgáltat a bél mikrobióma elemzésének további teszteléséhez

A bél mikrobiota, a belekben élő mikroorganizmusok alkotják, információt adhat egészségünkről, mivel összetétele olyan tényezőktől függhet, mint az étrend, életmódunk vagy patológiáink. Ráadásul, tudva, hogy milyen specifikus baktériumok találhatók a belekben, segíthet megjósolni az olyan betegségeket, mint a vastagbélrák. Új fejlődés a genomszekvenálási módszerekben, és bioinformatikai eszközök, amelyek lehetővé teszik számunkra az adatok elemzését, segítettek a bélünkben jelen lévő új mikroorganizmusok ezreinek azonosításában a genomjuk elemzése révén.

A Bellvitge Biomedical Research Institute (IDIBELL) és a katalán onkológiai intézet (ICO) kutatócsoportja kísérleti tesztet végzett a bél mikrobiota genomjának elemzésében. Ebben a tanulmányban, elemezték, két különböző szekvenálási módszerrel, vastagbél biopsziák és székletminták kilenc betegtől. A cél a szekvenálási technikák és a bioinformatikai elemző eszközök megvalósítása volt.

Ez egy olyan projekt első tanulmánya, amelynek célja, hogy sokkal szélesebb körű legyen. A kísérleti teszt során kapott adatok szolgálnak alapul a Colonbiome projekt elemzési módszerének megtervezéséhez. Ez a széles körű projekt célja olyan mikrobiota markerek megtalálása, amelyek felhasználhatók a vastagbélrák korai felismerésére. Ezt csináld meg, vastagbélbiopsziákat és székletmintákat veszünk egészséges betegektől és a vastagbélrák különböző stádiumaiban szenvedő betegektől. Ezután a mikrobiota genomját szekvenálják, hogy azonosítsák a csoportok közötti különbségeket.

Mindenki számára elérhető adatok

A kísérleti vizsgálat során kapott összes adat bekerült az Európai Nukleotidarchívumba, nyilvános és együttműködő adatbázis, ahol minden típusú genomi szekvenciát megosztanak az egész tudományos közösség érdekében. Továbbá, az első kísérleti teszt összes eredményét közzétették a Tudományos adatok folyóirat, nyilvános folyóirat is, ahol mind a szekvenciák, mind az alkalmazott bioinformatikai elemzési módszerek részletesek.

Ez a tanulmány nemcsak a csoport jövőbeli munkája szempontjából hasznos lehet, de célja, hogy hasznos legyen minden kutatócsoport számára, amelyek hasonló elemzéseket végeznek, vagy új bioinformatikai eszközöket próbálnak ki, akik nyílt hozzáféréssel rendelkeznek a tanulmányban kapott összes eredményhez. Továbbá, a kutatók biztosítják, hogy nyilvánosságra hozzák a későbbi tanulmányok minden részletét, hogy továbbra is hozzájáruljon az együttműködéshez és a fejlődéshez ezen a területen.

A két szekvenálási módszer

A vizsgálat során két szekvenálási módszert hasonlítottak össze:a 16 -osokat és a Shotgun -t. Az első a mikroorganizmusok egyetlen génjének szekvenciájára összpontosít, míg a második megadja a teljes genom teljes szekvenciáját. Bár egyetlen gén szekvenálása kevesebb érzékenységet von maga után, olcsóbb is lehet. Továbbá, a csak a mikrobiotában jelen lévő gén szekvenálása lehetővé teszi, hogy a biopsziás mintákat az emberi genom interferenciája nélkül elemezzük. Ezenkívül a kísérleti teszt megmutatta, hogy mindkét technika következetes. Bár a teljes szekvenálás érzékenyebb, és több mikroorganizmusfajt képes megkülönböztetni, az eredmények nem ellentmondanak az egygénes szekvenálásnak.

• A TGen felgyorsítja a COVID-19 tesztelését a globális egészségügyi veszélyek leküzdése érdekében
• A szerkesztőség kihívást jelent az amerikai egészségügyi rendszer számára, hogy újragondolja a divertikulitisz hagyományos ellátását