Pilotna študija bo zagotovila podatke za nadaljnje testiranje črevesne mikrobiomske analize

Črevesna mikrobiota, ki ga sestavljajo mikroorganizmi, ki živijo v našem črevesju, nam lahko posreduje podatke o našem zdravju, ker je lahko njegova sestava odvisna od dejavnikov, kot je prehrana, življenjski slog ali naše patologije. Poleg tega, poznavanje specifičnih bakterij v našem črevesju bi lahko pomagalo napovedati bolezni, kot je rak debelega črevesa. Novi napredki v metodah sekvenciranja genoma, in bioinformatična orodja, ki nam omogočajo analizo podatkov, so nam pomagali identificirati na tisoče novih mikroorganizmov, prisotnih v našem črevesju, z analizo njihovega genoma.

Skupina raziskovalcev z Inštituta za biomedicinske raziskave Bellvitge (IDIBELL) in Katalonskega inštituta za onkologijo (ICO) je izvedla pilotni test pri analizi genoma črevesne mikrobiote. V tej študiji je analizirali so, z dvema različnima metodama zaporedja, biopsije debelega črevesa in vzorci iztrebkov pri devetih bolnikih. Cilj je bil izvesti tehnike zaporedja in orodja za analizo bioinformatike.

To je prva študija projekta, ki naj bi bil veliko obsežnejši. Podatki, pridobljeni v tem pilotnem testu, bodo služili kot podlaga za oblikovanje metode analize za projekt Colonbiome. Namen tega obsežnega projekta je najti označevalce mikrobiote, ki bi jih lahko uporabili za zgodnje odkrivanje raka debelega črevesa. Storiti to, biopsije debelega črevesa in vzorci iztrebkov bodo zbrani pri zdravih bolnikih in bolnikih v različnih fazah kolorektalnega raka. Nato se genom mikrobiote sekvencira, da se ugotovijo razlike med skupinami.

Podatki so na voljo vsem

Vsi podatki, pridobljeni v tej pilotni študiji, so bili vneseni v Evropski arhiv nukleotidov, javno in skupno zbirko podatkov, kjer se vse vrste genomskih zaporedij delijo v dobro celotne znanstvene skupnosti. Poleg tega vsi rezultati tega prvega pilotnega testa so bili objavljeni v Znanstveni podatki dnevnik, tudi javni časopis, kjer so podrobno opisane zaporedja in uporabljene metode bioinformatične analize.

Ta študija ni namenjena le uporabi v prihodnjem delu skupine, vendar je tudi v pomoč vsem raziskovalnim skupinam, ki izvajajo podobne analize ali preizkušajo nova orodja za bioinformatiko, ki imajo odprt dostop do vseh rezultatov te študije. Poleg tega raziskovalci zagotavljajo, da bodo javno objavili tudi vse podrobnosti kasnejših študij, še naprej prispevati k sodelovanju in napredku na tem področju.

Dve metodi zaporedja

V študiji sta primerjali dve metodi zaporedja:16 -ih in Shotgun. Prva je osredotočena na zaporedje enega samega gena mikroorganizmov, drugi pa nam daje popolno zaporedje celotnega genoma. Čeprav zaporedje enega gena pomeni manjšo občutljivost, lahko je ceneje. Poleg tega sekvenciranje gena, ki je prisoten le v mikrobioti, nam omogoča analizo vzorcev biopsije brez vmešavanja človeškega genoma. Poleg tega, pilotni test je pokazal, da sta obe tehniki skladni. Čeprav je popolno zaporedje bolj občutljivo in lahko razlikuje več vrst mikroorganizmov, rezultati niso v nasprotju z zaporedjem z enim genom.

• TGen pospešuje testiranje na COVID-19 za boj proti globalni nevarnosti za zdravje
• Uredništvo izziva ameriški zdravstveni sistem, naj ponovno razmisli o običajni oskrbi za divertikulitis