Pilotstudie liwwert Daten fir weider Tester vun der Darmmikrobiomanalyse

Darmmikrobiota, komponéiert vun de Mikroorganismen, déi an eisen Darm liewen, kann eis Informatiounen iwwer eis Gesondheet ginn, well seng Zesummesetzung vu Faktore wéi d'Diät hänkt, de Liewensstil oder eis Pathologien. Ausserdeem, ze wëssen wat spezifesch Bakterien an eisen Darm sinn, hëllefe kënne Krankheeten wéi Colon Kriibs virauszesoen. Nei Fortschrëtter a Genom Sequencing Methoden, a Bioinformatik Tools déi eis et erméiglechen d'Daten ze analyséieren, hunn eis gehollef Dausende vun neie Mikroorganismen z'identifizéieren, déi an eisen Darm präsent sinn duerch d'Analyse vun hirem Genom.

En Team vu Fuerscher vum Bellvitge Biomedical Research Institute (IDIBELL) an dem katalaneschen Institut fir Onkologie (ICO) huet e Pilot Test an der Analyse vum intestinalen Mikrobiota Genom gemaach. An dëser Etude, si analyséiert, duerch zwou verschidde Sequenzenmethoden, Colon Biopsien a fecal Proben vun néng Patienten. D'Zil war et fir Sequencing Techniken a Bioinformatik Analyse Tools ze implementéieren.

Et ass déi éischt Studie vun engem Projet dee vill méi extensiv wëll sinn. D'Daten, déi an dësem Pilot Test kritt goufen, déngen als Basis fir den Design vun der Analysemethod fir de Colonbiome Projet. Dëse breede Projet zielt fir Mikrobiota Markéierer ze fannen déi kënne benotzt gi fir déi fréi Erkennung vum Colon Kriibs. Fir dëst ze maachen, Colon Biopsien a fecal Proben ginn aus gesonde Patienten a Patienten a verschiddene Stadien vum colorectal Kriibs gesammelt. Da gëtt de Genom vum Mikrobiota sequenzéiert fir Differenzen tëscht Gruppen z'identifizéieren.

Daten verfügbar fir jiddereen

All d'Donnéeën, déi an dëser Pilotstudie kritt goufen, goufen an den Europäesche Nucleotide Archiv aginn, eng ëffentlech a kollaborativ Datebank, wou all Aarte vu genomesche Sequenzen zum Virdeel vun der ganzer wëssenschaftlecher Gemeinschaft gedeelt ginn. Zousätzlech, all d'Resultater vun dësem éischte Pilot Test goufen am verëffentlecht Wëssenschaftlech Donnéeën Journal, och en ëffentleche Journal, wou souwuel d'Sequenzen wéi och déi benotzt Bioinformatik Analysemethoden detailléiert sinn.

Dës Studie zielt net nëmmen nëtzlech ze sinn fir déi zukünfteg Aarbecht vum Grupp, awer et zielt och hëllefräich ze sinn fir all Fuerschungsgruppen déi ähnlech Analysen ausféieren oder nei Bioinformatik Tools probéieren, déi en oppenen Zougang zu all de Resultater an dëser Etude kritt hunn. Zousätzlech, d'Fuerscher versécheren datt se och all d'Detailer vun de spéider Studien ëffentlech maachen, fir weiderzemaachen fir d'Zesummenaarbecht an de Fortschrëtt am Beräich.

Déi zwou Sequenzenmethoden

Zwou Sequenzenmethoden goufen an der Studie verglach:d'16er an de Shotgun. Déi éischt fokusséiert op d'Sequenz vun engem eenzegen Gen vun de Mikroorganismen, wärend déi zweet eis déi komplett Sequenz vum ganze Genom gëtt. Och wann d'Sequenzéierung vun engem eenzegen Gen manner Sensibilitéit implizéiert, et kann méi bëlleg sinn. Ausserdeem, Sequenzen vun engem Gen dat nëmmen an der Mikrobiota präsent ass erlaabt eis Biopsie Proben ze analyséieren ouni Amëschung vum mënschleche Genom. Zousätzlech, de Pilot Test huet gewisen datt béid Technike konsequent sinn. Och wa komplett Sequencing méi sensibel ass a méi Aarte vu Mikroorganismen z'ënnerscheeden, d'Resultater sinn net widderspréchlech fir Single-Gen Sequencing.

• TGen rampéiert Tester fir COVID-19 fir eng global Gesondheetsbedroung ze bekämpfen
• Editorial Erausfuerderunge vum US Gesondheetssystem fir d'konventionell Fleeg fir Divertikulitis nei ze iwwerdenken