Пилотное исследование предоставит данные для дальнейшего тестирования анализа микробиома кишечника.

Кишечная микробиота, состоит из микроорганизмов, которые живут в нашем кишечнике, может дать нам информацию о нашем здоровье, так как его состав может зависеть от таких факторов, как диета, образ жизни или наши патологии. Кроме того, знание того, какие конкретные бактерии находятся в нашем кишечнике, может помочь предсказать такие заболевания, как рак толстой кишки. Новые достижения в методах секвенирования генома, и инструменты биоинформатики, которые позволяют нам анализировать данные, помогли нам идентифицировать тысячи новых микроорганизмов, присутствующих в нашем кишечнике, с помощью анализа их генома.

Команда исследователей из Института биомедицинских исследований Беллвитжа (IDIBELL) и Каталонского института онкологии (ICO) провела пилотный тест по анализу генома кишечной микробиоты. В этом исследовании, они проанализировали, двумя разными методами секвенирования, биопсия толстой кишки и образцы кала от девяти пациентов. Целью было внедрение методов секвенирования и инструментов биоинформатического анализа.

Это первое исследование проекта, который стремится стать более обширным. Данные, полученные в ходе этого пилотного испытания, послужат основой для разработки метода анализа для проекта Colonbiome. Этот обширный проект направлен на поиск маркеров микробиоты, которые можно использовать для раннего выявления рака толстой кишки. Сделать это, Биопсия толстой кишки и образцы кала будут взяты у здоровых пациентов и пациентов на разных стадиях колоректального рака. Затем геном микробиоты будет секвенирован для выявления различий между группами.

Данные доступны каждому

Все данные, полученные в этом пилотном исследовании, были внесены в Европейский нуклеотидный архив, общедоступная и совместная база данных, где все типы геномных последовательностей используются на благо всего научного сообщества. Кроме того, все результаты этого первого пилотного испытания были опубликованы в Научные данные журнал также публичный журнал, где подробно описаны как последовательности, так и используемые методы биоинформатического анализа.

Это исследование не только направлено на то, чтобы быть полезным для будущей работы группы, но он также направлен на то, чтобы быть полезным для всех исследовательских групп, которые проводят аналогичный анализ или пробуют новые инструменты биоинформатики, которые имеют открытый доступ ко всем результатам, полученным в этом исследовании. Кроме того, исследователи заверяют, что также опубликуют все подробности последующих исследований, продолжать вносить свой вклад в сотрудничество и прогресс в этой области.

Два метода секвенирования

В исследовании сравнивались два метода секвенирования:16 и дробовик. Первый ориентирован на последовательность одного гена микроорганизмов, а второй дает нам полную последовательность всего генома. Хотя секвенирование одного гена подразумевает меньшую чувствительность, это может быть дешевле. Более того, секвенирование гена, присутствующего только в микробиоте, позволяет нам анализировать образцы биопсии без вмешательства человеческого генома. Кроме того, пилотное испытание показало, что оба метода совместимы. Хотя полное секвенирование более чувствительно и позволяет различить больше видов микроорганизмов, результаты не противоречат секвенированию одного гена.

• TGen усиливает тестирование на COVID-19 для борьбы с глобальной угрозой здоровью
• Редакция призывает систему здравоохранения США пересмотреть традиционную помощь при дивертикулите