Pilotná štúdia poskytne údaje pre ďalšie testovanie analýzy črevných mikrobiómov

Črevná mikrobiota, zložené z mikroorganizmov, ktoré žijú v našich črevách, nám môže poskytnúť informácie o našom zdraví, pretože jeho zloženie môže závisieť od faktorov, ako je strava, životný štýl alebo naše patológie. Navyše, Vedieť, aké konkrétne baktérie sa nachádzajú v našich črevách, by mohlo pomôcť predpovedať choroby, ako je rakovina hrubého čreva. Nové pokroky v metódach sekvenovania genómu, a bioinformatické nástroje, ktoré nám umožňujú analyzovať údaje, nám pomohli identifikovať tisíce nových mikroorganizmov prítomných v našich črevách pomocou analýzy ich genómu.

Tím vedcov z Bellvitge Biomedical Research Institute (IDIBELL) a Katalánskeho onkologického ústavu (ICO) vykonal pilotný test v analýze genómu črevnej mikrobioty. V tejto štúdii, analyzovali, dvoma rôznymi spôsobmi sekvenovania, biopsie hrubého čreva a vzorky výkalov od deviatich pacientov. Cieľom bolo implementovať sekvenčné techniky a nástroje na analýzu bioinformatiky.

Ide o prvú štúdiu projektu, ktorého cieľom je byť oveľa rozsiahlejší. Údaje získané v tomto pilotnom teste budú slúžiť ako základ pre návrh analytickej metódy pre projekt Colonbiome. Tento široký projekt si kladie za cieľ nájsť mikrobiotické markery, ktoré je možné použiť na včasnú detekciu rakoviny hrubého čreva. Robiť to, od zdravých pacientov a pacientov v rôznych štádiách rakoviny hrubého čreva a konečníka budú odobraté biopsie hrubého čreva a vzorky výkalov. Potom bude genóm mikrobioty sekvenovaný, aby sa identifikovali rozdiely medzi skupinami.

Údaje dostupné každému

Všetky údaje získané v tejto pilotnej štúdii boli vložené do Európskeho archívu nukleotidov, verejná a kolaboratívna databáza, kde sú všetky typy genómových sekvencií zdieľané v prospech celej vedeckej komunity. Navyše, všetky výsledky tohto prvého pilotného testu boli uverejnené v Vedecké údaje časopis, aj verejný časopis, kde sú podrobne uvedené sekvencie a použité metódy bioinformatickej analýzy.

Cieľom tejto štúdie je nielen byť užitočnými pre budúcu prácu skupiny, ale chce byť tiež nápomocný pre všetky výskumné skupiny, ktoré vykonávajú podobné analýzy alebo skúšajú nové nástroje bioinformatiky, ktorí majú otvorený prístup ku všetkým výsledkom získaným v tejto štúdii. Navyše, vedci zabezpečujú, že zverejnia aj všetky podrobnosti o následných štúdiách, naďalej prispievať k spolupráci a pokroku v tejto oblasti.

Dve metódy sekvenovania

V štúdii boli porovnané dve metódy sekvenovania:16. roky a brokovnica. Prvý je zameraný na sekvenciu jedného génu mikroorganizmov, zatiaľ čo druhý nám dáva úplnú sekvenciu celého genómu. Aj keď sekvenovanie jedného génu znamená menšiu citlivosť, môže to byť lacnejšie. Okrem toho, sekvenovanie génu prítomného iba v mikrobiote nám umožňuje analyzovať vzorky biopsie bez rušenia ľudského genómu. Navyše, pilotný test ukázal, že obe techniky sú zhodné. Aj keď je úplné sekvenovanie citlivejšie a dokáže rozlíšiť viac druhov mikroorganizmov, výsledky nie sú v rozpore so sekvenovaním jedného génu.

• TGen urýchľuje testovanie na COVID-19 v boji proti globálnej hrozbe pre zdravie
• Redakcia vyzýva americký zdravotnícky systém, aby prehodnotil konvenčnú starostlivosť o divertikulitídu