Lo studio pilota fornirà dati per ulteriori test dell'analisi del microbioma intestinale

Il microbiota intestinale, composto dai microrganismi che vivono nel nostro intestino, può darci informazioni sulla nostra salute, poiché la sua composizione può dipendere da fattori quali la dieta, lo stile di vita o le nostre patologie. Inoltre, sapere quali sono i batteri specifici nel nostro intestino potrebbe aiutare a prevedere malattie come il cancro del colon. Nuovi progressi nei metodi di sequenziamento del genoma, e strumenti bioinformatici che ci consentono di analizzare i dati, ci hanno aiutato ad identificare migliaia di nuovi microrganismi presenti nel nostro intestino attraverso l'analisi del loro genoma.

Un team di ricercatori dell'Istituto di ricerca biomedica Bellvitge (IDIBELL) e dell'Istituto catalano di oncologia (ICO) ha effettuato un test pilota nell'analisi del genoma del microbiota intestinale. In questo studio, hanno analizzato, con due diversi metodi di sequenziamento, biopsie del colon e campioni fecali di nove pazienti. L'obiettivo è stato quello di implementare tecniche di sequenziamento e strumenti di analisi bioinformatica.

È il primo studio di un progetto che vuole essere molto più ampio. I dati ottenuti in questo test pilota serviranno come base per la progettazione del metodo di analisi per il progetto Colonbiome. Questo ampio progetto mira a trovare marcatori del microbiota che possono essere utilizzati per la diagnosi precoce del cancro del colon. Per fare questo, biopsie del colon e campioni fecali saranno raccolti da pazienti sani e pazienti in diversi stadi di cancro del colon-retto. Quindi il genoma del microbiota sarà sequenziato per identificare le differenze tra i gruppi.

Dati a disposizione di tutti

Tutti i dati ottenuti in questo studio pilota sono stati inseriti nell'European Nucleotide Archive, un database pubblico e collaborativo, dove tutti i tipi di sequenze genomiche sono condivisi a beneficio dell'intera comunità scientifica. Inoltre, tutti i risultati di questo primo test pilota sono stati pubblicati nel Dati scientifici rivista, anche un giornale pubblico, dove sono dettagliate sia le sequenze che i metodi di analisi bioinformatica utilizzati.

Questo studio non si propone solo di essere utile per il futuro lavoro del gruppo, ma mira anche ad essere utile per tutti i gruppi di ricerca che stanno effettuando analisi simili o provando nuovi strumenti bioinformatici, che hanno libero accesso a tutti i risultati ottenuti in questo studio. Inoltre, i ricercatori assicurano che renderanno pubblici anche tutti i dettagli degli studi successivi, continuare a contribuire alla collaborazione e al progresso nel campo.

I due metodi di sequenziamento

Nello studio sono stati confrontati due metodi di sequenziamento:il 16s e lo Shotgun. Il primo è incentrato sulla sequenza di un singolo gene dei microrganismi, mentre il secondo ci fornisce la sequenza completa dell'intero genoma. Sebbene il sequenziamento di un singolo gene implichi una minore sensibilità, può essere più economico. Per di più, il sequenziamento di un gene presente solo nel microbiota ci permette di analizzare campioni bioptici senza l'interferenza del genoma umano. Inoltre, il test pilota ha dimostrato che entrambe le tecniche sono coerenti. Sebbene il sequenziamento completo sia più sensibile e possa distinguere più specie di microrganismi, i risultati non sono in contraddizione con il sequenziamento di un singolo gene.

• TGen intensifica i test per COVID-19 per combattere la minaccia alla salute globale
• L'editoriale sfida il sistema sanitario statunitense a riconsiderare le cure convenzionali per la diverticolite